„Bellvitge Biomedical Research Institute“ (IDIBELL) ir Katalonijos onkologijos instituto (ICO) tyrėjų komanda atliko bandomąjį žarnyno mikrobiotos genomo analizės testą. Šiame tyrime, jie išanalizavo, dviem skirtingais sekos nustatymo metodais, gaubtinės žarnos biopsijos ir išmatų mėginiai iš devynių pacientų. Tikslas buvo įdiegti sekos nustatymo metodus ir bioinformatikos analizės priemones.
Tai pirmasis projekto, kurio tikslas - būti daug platesnis, tyrimas. Šio bandomojo bandymo metu gauti duomenys bus pagrindas kuriant „Colonbiome“ projekto analizės metodą. Šiuo plačiu projektu siekiama rasti mikrobiotos žymenis, kurie galėtų būti naudojami ankstyvam gaubtinės žarnos vėžio nustatymui. Padaryti tai, storosios žarnos biopsijos ir išmatų mėginiai bus renkami iš sveikų pacientų ir skirtingų kolorektalinio vėžio stadijų pacientų. Tada mikrobiotos genomas bus suskirstytas, kad būtų nustatyti skirtumai tarp grupių.
Visi šio bandomojo tyrimo metu gauti duomenys buvo įtraukti į Europos nukleotidų archyvą, viešą ir bendradarbiavimo duomenų bazę, kur visų rūšių genomo sekos yra bendros visos mokslo bendruomenės labui. Papildomai, visi šio pirmojo bandomojo bandymo rezultatai buvo paskelbti žurnale Moksliniai duomenys žurnalas, taip pat viešas žurnalas, kur išsamios ir sekos, ir naudojami bioinformatikos analizės metodai.
Šio tyrimo tikslas ne tik būti naudingas būsimam grupės darbui, tačiau taip pat siekiama padėti visoms tyrimų grupėms, kurios atlieka panašią analizę arba bando naujas bioinformatikos priemones, kurie turi atvirą prieigą prie visų šio tyrimo rezultatų. Papildomai, tyrėjai tikina, kad jie taip pat paviešins visas vėlesnių tyrimų detales, toliau prisidėti prie bendradarbiavimo ir pažangos šioje srityje.
Tyrimo metu buvo lyginami du sekos nustatymo metodai:16 -as ir „Shotgun“. Pirmasis yra sutelktas į vieno mikroorganizmo geno seką, o antrasis suteikia mums visą viso genomo seką. Nors vieno geno sekos nustatymas reiškia mažesnį jautrumą, gali būti ir pigiau. Be to, tik mikrobiotoje esančio geno sekos nustatymas leidžia mums analizuoti biopsijos mėginius be žmogaus genomo įsikišimo. Be to, bandomasis bandymas parodė, kad abu metodai yra nuoseklūs. Nors visiškas sekos nustatymas yra jautresnis ir gali atskirti daugiau mikroorganizmų rūšių, rezultatai neprieštarauja vieno geno sekos nustatymui.