Une nouvelle étude a été menée sur un groupe de 32 nourrissons extrêmement prématurés qui ont dû rester sous antibiothérapie pendant 21 mois, un autre groupe de 9 nourrissons qui prenaient des antibiotiques pendant une semaine ou moins mais étaient également extrêmement prématurés, et un groupe témoin de 17 nourrissons nés à terme ou peu prématurés, qui n'avaient reçu aucun antibiotique (ou « naïf d'antibiotiques »). Les scientifiques ont utilisé une combinaison de séquençage d'ADN, des cultures et des algorithmes informatiques pour comprendre le microbiome intestinal et le type de gènes de résistance exprimés chez ces bébés prématurés qui ont été exposés à des antibiotiques pendant et après leur séjour à l'hôpital. Cela a été comparé au microbiome intestinal de bébés en bonne santé qui n'avaient jamais reçu d'antibiotiques.
Micrographie électronique à balayage de neutrophiles ingérant des bactéries Staphylococcus aureus résistantes à la méthicilline.Crédit d'image:NIAID Les résultats ont montré que le nombre d'espèces bactériennes chez les nourrissons ayant reçu une antibiothérapie prolongée était significativement réduit par rapport au groupe n'ayant jamais reçu d'antibiotiques. Deuxièmement, le nombre de gènes dans les bactéries intestinales qui exprimaient la résistance aux antibiotiques était beaucoup plus élevé dans ce groupe. De plus, certains de ces gènes de résistance étaient dirigés contre des médicaments auxquels le bébé n'avait jamais été exposé - car ils ne sont généralement pas utilisés chez les nouveau-nés, comme la ciprofloxacine ou le chloramphénicol. Les chercheurs suggèrent que ces gènes pourraient provenir de bactéries multirésistantes. Dans ce cas, être exposé à l'un des médicaments auxquels la bactérie est résistante peut entraîner la disparition d'autres espèces, tout en laissant proliférer la souche résistante. De plus, l'enfant montrera également une résistance à d'autres médicaments en raison de la résistance multiple conférée par le gène, que ces médicaments aient été utilisés ou non chez ce patient.
De nouveau, des études antérieures montrent une association entre les allergies cutanées, diabète, maladie inflammatoire de l'intestin, l'obésité et le psoriasis, et l'utilisation d'antibiotiques au début de la vie. Les effets peuvent être insignifiants mais pourraient également favoriser la croissance d'espèces pathogènes dans l'intestin, tout en inhibant simultanément la croissance des « bonnes » bactéries.
Les chercheurs appellent ces changements dans le génome « cicatrices du microbiote ». Des études antérieures ont montré une association entre les troubles cutanés allergiques comme le psoriasis ou les allergies cutanées, Diabète, l'obésité et les maladies inflammatoires de l'intestin, et un traitement antibiotique au cours de la première année de vie.
Globalement, les bébés qui avaient reçu des antibiotiques pendant une période prolongée n'ont pas réussi à développer un microbiome intestinal riche et varié comme les bébés naïfs d'antibiotiques. Les bébés exposés aux antibiotiques excrètent également des entérobactéries, un agent pathogène opportuniste qui était, dans ce cas, résistant aux médicaments. Ainsi, les espèces qui se sont établies dans les intestins de ces bébés étaient motivées par leur résistance aux antibiotiques. Le microbiome intestinal peut être déséquilibré en faveur des espèces pathogènes, et les infections résistantes peuvent survenir plus facilement chez ces enfants en raison de leur plus grand résistome (collection totale de gènes résistants aux antibiotiques).
Selon les mots des chercheurs, « Les dommages collatéraux du traitement antibiotique précoce et de l'hospitalisation chez les nourrissons prématurés durent longtemps. Nous demandons instamment le développement de stratégies pour réduire ces conséquences dans les populations néonatales très vulnérables. »
L'article a été publié dans la revue Microbiologie naturelle le 9 septembre 2019.
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