In silico analys av magcancer serieanalys av genuttryck bibliotek avslöjar olika profiler i samband med ethnicity

in silico analys av magcancer serieanalys av genuttryck bibliotek avslöjar olika profiler i samband med etnicitet Bild Sammanfattning
Global gastric carcinoma har markerat geografiska variationer och sämre utfall hos patienter från västvärlden jämfört med öst. Även om dessa skillnader har förklarats av bättre diagnostiska kriterier, förbättrade mellan metoder och mer radikal kirurgi, nya bevis stöder tanken att genuttryck skillnader hänför etnicitet skulle kunna bidra till denna disparata resultat. Här samlade vi datamängder från 4 normal och 11 magcancer Serial genexpressionsanalys (SAGE) bibliotek från två olika etniciteter. Alla normala SAGE bibliotek samt 7 tumörbibliotek var från väst och 4 tumörbibliotek var från öst. Dessa datamängder vi jämför med korrespondensanalys och support rädsanalys och specifika skillnader i taggar uttryck identifierades genom Betydelse Analys för microarray. Taggar Gene uppdrag utfördes av CGAP-SAGE Genie eller TAGmapper. Analysen av den globala transkriptom visar en tydlig åtskillnad mellan normala och tumörbibliotek med 90 taggar differentiellt uttryckta. En tydlig åtskillnad konstaterades också mellan västvärlden och tumör bibliotek med 54 taggar differentiellt uttryckta East. Taggar Gene uppdrag identifierades 15 gener, 5 av dem med betydligt högre uttryck i väst bibliotek i jämförelse med öst biblioteken. QRT-PCR i cellinjer från väst och öst ursprung bekräftade dessa skillnader. Intressant, två av dessa gener har satts i samband med aggressivitet (COL1A1 och KLK10). Sammanfattningsvis fann vi att in silico analys av SAGE bibliotek från två olika etniciteter avslöjar skillnader i genuttryck profil. Dessa uttrycksskillnader kan bidra till att förklara den olikartade resultat mellan västvärlden och introduktion
öst.
Gastric cancer är den näst vanligaste orsaken till cancerrelaterad död över hela världen och har markerat geografiska variationer [1-3]. Den observerade fördel i 5-års överlevnad från patienter från öst än från väst kan spegla skillnader i diagnoskriterier, bättre mellanmetoder och mer radikal kirurgi [4]. Men nya bevis stöder tanken att etnicitet kan bidra till de olikartade magkarcinom resultat mellan öst och väst [4, 5]. Serieanalys av genuttryck (SAGE) är en omfattande profilering metod som gör det möjligt för global, opartisk och kvantitativ karakterisering av transcriptomes [6]. En stor fördel med SAGE är att när normaliserad är möjligt att direkt jämföra nivåerna av taggarna som genereras av ett enda experiment med någon annan tillgänglig [7]. För att få en inblick i skillnaderna mellan magcancer transcriptomes som kan förklara de olikartade resultat mellan öst och väst här vi jämföra dataset av femton SAGE bibliotek härledda från normala och gastriska tumörvävnader från japanska och amerikanska patienter magcancer av korrespondensanalys, Support träd och Betydelse Analys för microarray för signifikativa taggar och selektionsgenen. Vi hittade specifika gener differentiellt uttryckta mellan normala och tumör SAGE bibliotek samt tumörbibliotek från öst och väst. Dessa differentiellt uttryckta gener kan förklara sämre överlevnad i västvärlden i jämförelse med öst.
Metoder
Serie Analyser av genuttryck uppgifter
Femton gastric bibliotek SAGE (4 normala och 11 tumör) från Cancer Genome Anatomy projektet (CGAP) [7] kombinerades för analysen. Endast bibliotek med 10 bp taggar och samma skär enzymer (BsmFI och Nlalll) ingick i denna studie. Normala bibliotek består av en vävnad pool (GSM784 och GSM14780) eller microdissected prover (CGAP_MD_13S och CGAP_MD_14S) och producerades av El-Rifai et al [8] i Virginia, USA. Gastric bibliotek tumör bestå av fem bibliotek, tre microdissected (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329), två primära tumörer (GSM757 och GSM2385) och två xenotransplantat (GSM758 och GSM14760) alla från västerländska patienter och producerad av El-Rifai et al [8] också i Virginia, USA ( "West tumörbibliotek") och 4 bibliotek (GSM7800, GSM8505, GSM8867 och GSM9103) alla från japanska patienter som produceras av Oue et al [9] i Hiroshima, Japan ( "East tumörbibliotek"). En databas som innehåller 121,409 olika taggar genererades från bibliotek som har mellan 9.000 och 34.000 unika taggar. Således var endast bibliotek GSM9103 bort eftersom dess unika taggräkning var alltför låg (cirka 6000 unika taggar). Frekvensen av varje tagg normaliserades genom att dividera det med det totala tag antalet motsvarande bibliotek och multiplicera med 200.000 taggar (CGAP normalisering format). En urvalsprocess för att minska bullret från en enorm mängd taggar insamlade utfördes. Detta urvalskriterium var i) "taggar hittades i alla normala bibliotek Review," kontra "taggar finns i alla tumör bibliotek Review," och ii) "taggar finns i alla West tumörer bibliotek Review," kontra "taggar hittades i alla East tumörer bibliotek Review, ". Institutet för Genomic Research programvara MultiExperiment Viewer [10] användes för att utföra följande analys: i) Correspondence Analysis (COA) för att undersöka samband mellan prover som tenderar att ha liknande profiler ii) Stöd Tree till visar statistiskt stöd efter att upprepa åtminstone 1000 gånger analys genom omsampling med ersättning (Bootstrap metod) för prover med liknande profiler och iii) Betydelse Analys för microarray (SAM) för att välja taggar vars uttryck var signifikant skillnad mellan proverna. Associationen av taggar till gener var utföra av SAGE Genie [11] eller TAGmapper [12] när ingen förening hittades av SAGE Genie. Att förutsäga funktionella klasser av kommenterade gener i FatiGO + verktygs av Babelomics [13, 14] tillämpades. Den ojusterade p-värde som ges av Babelomics användes eftersom det lilla antal gener analyserade gjorde det mer lämpligt än det justerade-False Discovery Rate (FDR) värde.
Kvantitativ realtids-omvänd-transkription PCR
Kvantitativ real- tids omvänd-transkription-PCR (QRT-PCR) utfördes på två västerländska cellinjer (AGS, N87) och en östlig cellinje (MKN45). Totalt RNA extraherades med användning av Trizol (Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA) enligt tillverkarens rekommendationer. RNA-koncentrationen bestämdes genom att mäta absorbansen vid 260 nm, och kvaliteten verifierades genom integriteten hos 28S och 18S rRNA efter etidiumbromidfärgning av totala RNA-prov som utsatts för 0,8% agarosgelelektrofores. Totalt cDNA syntetiserades med MMLV (Moloney murint leukemivirus) omvänt transkriptas (ThermoScript RT, Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA). Omvänd transkription-PCR utfördes med användning en ug av totalt cellulärt RNA för att generera cDNA. QRT-PCR utfördes med användning av ett LightCycler-Faststart DNA master SYBR Green I kit (Roche Molecular Biochemicals, Mannheim, Tyskland). Vi utformade genspecifika primers för human PDFGR (5 'AGCTGATCCGTGCTAAGGAA 3' och 5 'CGACCAAGTCCAGAATGGAT 3') och RPL13 (5 'GAGGAGGCGGAACAAGTCC 3' och 5 'TCAGCAGAACTGTCTCCCTTC 3') och villkoren för förstärkning kan fås på begäran. En enda smältkurva topp observerades för varje produkt, vilket bekräftar renheten hos alla förstärkta cDNA-produkter. De QRT-PCR-resultat normaliserades till GADPH (5 'CGGGAAGCTTGTCATCAATGG 3' och 5 'CATGGTTCACACCCATGACG 3'), som hade minimal variation i alla testade cellinjer. Analys utförde av LightCycler programvara 3,0. Övergångar (början av PCR exponentiella fasen) bedömdes av andra härleds maximala metod och plottas mot koncentrationerna av standarder.
Resultat
Taggar med konsekvent uttryck i normala och tumör SAGE bibliotek
Urvalsprocessen att hitta SAGE-taggar som genomgående uttrycks i "alla normala bibliotek Review," kontra "alla tumörbibliotek
" resulterade i 2.437 taggar. Såsom visas i fig. 1 visar COA tydlig åtskillnad mellan normala bibliotek och öst och väst tumörbibliotek. Samma COA i en tredimensionell plot (som står för 56% av den totala tröghet) visar fler detaljer i positionen för varje bibliotek (se ytterligare en fil 1). Dessa resultat bekräftades av en support träd med hjälp av Pearson Korrelation och genomsnittlig Länkning (se ytterligare en fil 2). Därefter identifiera SAGE-taggar differentiellt uttryckta mellan normala och tumörprover, utförde vi SAM, med ett deltavärde av 1,38 beräknat att upprätthålla FDR nära 0 (sannolikhet att hitta betydande taggar bara av en slump), 1001 unika permutationer och fold change = 10. Detta tillvägagångssätt avslöjade 90 taggar differentiellt uttryckta mellan normala och tumörbibliotek med en liknande beteende för både tumörgrupper (Fig. 2). Bland dessa 90 taggar, 78 var nedregleras och 12 taggar var upp-reglerade. Figur 1 Correspondence Analys av normala och tumör SAGE bibliotek av magen. En tvådimensionell kurva visas där gröna prickar representerar alla normala bibliotek, de blå prickarna är tumörbibliotek öst, och den röda, orange och gula prickar är West tumörbibliotek, microdissected, xenotransplantat och bulk respektive.
Figur 2 Serieanalys för microarray av normala och tumör SAGE bibliotek i magen. Till vänster och visas i grön färg, de betydande taggar med högre uttryck i normala biblioteken; till höger och visas i röd färg, de betydande taggar med högre uttryck i biblioteken tumör.
Val av diskriminerande taggar mellan öst och väst SAGE bibliotek
Eftersom tumör sidan av äkthetsbeviset visar 2 grupper, en som innehåller alla öst bibliotek och det andra innehåller alla West bibliotek, vi sökte diskriminerande element mellan de båda tumörer bibliotek. Således, till en ny urvalsprocess hitta taggar som genomgående uttrycks i "alla East tumörer
" kontra "alla väst tumörer
" resulterade i 3,952 taggar. En annan Support träd med hjälp av Pearson Korrelation och Average Linkage utfördes. Såsom visas i fig. 3 visar trädet en organiserad struktur med en hög tilltro grad i sina grenar (90% -100% stöd), som ges av det stora antalet diskriminerande element (taggar) med distinkta familjer och underfamiljer (tilläggs Fil 3 visar hela dendrogram ). Det finns två huvudsakliga grupper, en innehåller alla väst bibliotek och den andra innehåller alla East bibliotek. Västvärlden kluster innehåller två distinkta subclusters, den första innehåller 3 microdissected bibliotek (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29 och CGAP_MD_G329) och den andra innefattar primära tumörer (GSM757 och GSM2385) och xenotransplantat (GSM758 och GSM14760). Östra klustret innehåller en central par (GSM8505 och GSM8867 bibliotek) som kommer från histologiska väl differentierade tumörer och en tredje bibliotek (GSM7800) som kommer från en histologiska dåligt differentierad tumör. Därefter identifiera SAGE-taggar differentiellt uttryckta mellan västvärlden och tumörbibliotek East, genomförde vi en SAM enligt samma kriterier som nämns ovan. Detta tillvägagångssätt avslöjade 54 taggar differentiellt uttryckta (Fig. 4). Bland dessa 8 taggar var upp-regleras i väst tumörer och 46 taggar var upp-regleras i öst tumörer. Figur 3 Stöd träd normala och tumör SAGE bibliotek i magen. Lanes 1-4 normala bibliotek (CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780), banor 5-11 West tumörbibliotek (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) och gränder 12-14 East tumörbibliotek (GSM7800, GSM8505 och GSM8867). Endast den övre delen av dendrogram visas här. Den fullständiga dendrogram visas i ytterligare en fil 3.
Figur 4 Serieanalys för microarray av öst och väst gastric bibliotek carcinoma SAGE. Till vänster och visas i orange färg, de betydande taggar med högre uttryck i tumörbibliotek väst; till höger och visas i blå färg, de betydande taggar med högre uttryck i tumörbibliotek öst.
Mapping SAGE taggar till gener
för kartläggning differentiellt uttryckt SAGE taggar till gener vi använde CGAP-SAGE Genie och /eller TAGmapper resurser. Bland de 90 taggar differentiellt uttryckta mellan normala och tumör bibliotek, bara 53 taggar var framgångsrikt uppdrag till specifika gener (Tabell S1 och tabell S2 [Ytterligare filer 4 & 5]). Gener som GIF, CPA2, DRD5, CLIC6, ATP4A, LiPFe, GKN1 och pGa5 förekommer bland de mest undertryckta generna, medan TRAPPC5, KRT7, MTHFD1, TMBIM1, PDIA3 och PPGB gener förekommer bland de överuttryckta gener. Å andra sidan, bland de 54 taggar differentiellt uttryckt mellan västvärlden och tumörbibliotek East endast 15 taggar där framgång är knutna till specifika gener (tabell 1). FatiGO + analys visade att tumör bibliotek hade betydligt mer uttryckta gener relaterade till "cell organisation och biogenes" (GO: 0.016.043), KRT7, PDIA3, PPGB och TRAPPC5 (p = 0,005); och "ligasaktivitet" (GO: 0.016.874), UBE2S och MTHFD1 (p = 0,028) än vanliga bibliotek ,. Samma jämförelse visade betydligt mindre uttryckta gener relaterade till "integrerad membran" (GO: 0.016.021), ADORA1, UGT2B15, DRD5, SYNE2, ATP5J2, KCNE2, ATP4A, KDR, PTGER3 och PPAP2B (p = 0,016). Å andra sidan, jämförelse av gener differentiellt uttryckta mellan västvärlden och tumörbibliotek öst visade att väst tumörerna hade betydligt mer uttryckta gener relaterade till "ektoderm utveckling" (GO: 0.007.398). (COL1A1 visas i fig 5, också KLK10, KRT17, EMP1 och CCDC12) (p = 0,018). Men öst tumörerna hade nära betydande mer uttryckta gener relaterade till "cellulär metabolism" (GO: 0.044.237) PDGFRA, MAPK13, MECR, AKR1C2, RPL13, HLX1 ​​och ADH4 (p = 0,066). Eftersom åtminstone två av dessa "ektoderm utveckling" gener (COL1A1 och KLK10) har visat sig uppregleras i avancerad magsäckscancer [9, 15] våra resultat kan antyda mer aggressivitet i väst tumörer. Figur 5 Uttrycksnivåer av COL1A1 märka (TGGAAATGAC) i tumörbibliotek. Bars 1-7 motsvarar alla bibliotek West tumör (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 och barer 8-10 motsvarar alla East tumörbibliotek (GSM7800, GSM8505, GSM8867). Visas Taggen normaliserade uttryck nivå format värde den CGAP (etiketter per 200.000) avsatt i en logaritmisk skala.
Tabell 1 de stora taggar med högre uttryck av betydande Analys för microarray mellan västvärlden och tumör SAGE bibliotek East. Endast de taggar som framgångsrikt i samband med en specifik gen visas. taggarna är sorterade i en betydelse fallande ordning, först taggarna högt uttryckta i öst och sedan de i hög grad uttryckt i västvärlden.
Tags
Gene Symbol
Protein Namn
N ° Väst bibliotek i förekommande fall
West tumör i genomsnitt (etiketter per 200.000)
N ° om East bibliotek där föreliggande
East tumör genomsnitt (etiketter per 200.000)
TGATTGGTGG
PDGFRA
blodplättshärledd tillväxtfaktorreceptor, alfa-polypeptid
3
1,88
3
115,05
GGCTGGGTTT
HLX1 ​​
H2.0 liknande homeo box 1 (Drosophila) 2
1,04
3
59,13
TCCGTCCGGA
RPL13
ribosomalt protein L13
3
1,36
3
39,56
ATCTGGAGCA
ADH1C
Alkohol dehydrogenas 1C (klass i), gamma-polypeptid
3
5,99
3
294,91
TGCTCCTACC
FCGBP
Fc-fragment av IgG-bindande protein 4
4,91
3
111,10
TACCCTGGAA
ADH4
Alkohol dehydrogenas 4 (klass II), pi-polypeptid
3
3,35
3
56,30
AGGTCTGCCA
AKR1C2
Aldo-keto-reduktas familj en, medlem C2 (dihydrodiol dehydrogenas 2; gallsyra-bindande protein; 3-alfa hydroxisteroiddehydrogenas, typ III) katalog 3
1,53
3
38,50
GCACCACCGG
MAPK13
mitogenaktiverat proteinkinas 13
0
0
3
10,62
GGAGGGGAGG
MECR
Mitochondrial trans-2-enoyl-CoA-reduktas 1
0,55
3
15,72
CTTCCTTGCC
KRT17
Keratin 17
7
220,64
0
0
TAATTTGCAT
EMP1
Epithelial membranprotein
1 7
43,26
0
0
TAAGGCTTAA
KLK10
Kallikrein 10
7
20,35
0
0
TGGAAATGAC
COL1A1
Kollagen, typ I, alfa 1
7
294,99 2
14,36
TGGATGTACA
CCDC12
coiled-coil-domän innehållande
12 7
21,69
0
0
Validering av gener differentiellt uttryckta mellan öst och väst tumör SAGE bibliotek
till validerade vår SAGE dataanalys två gener betydligt mer uttrycks i öst tumörer (PDGFRA och RPL13) studerades ytterligare i tre cellinjer, två från väst (AGS och N87) och en från öst (MKN45). QRT-PCR visar ett förhållande på 825 för PDFGR (MKN45 /N87) och 4,68 för RPL13 (MKN45 /AGS) (Fig. 6). Således bekräftar dessa uppgifter den observerade skillnaden i genuttryck i SAGE tumörbibliotek. Interestingly, storlekarna av genuttryck skillnader i cellinjer var liknande den för i SAGE tumörbibliotek. Figur 6 Amplifiering av PDGFRA (A) och RPL13 (B) mRNA genom QRT-PCR. I (A) blå linje är East cellinje (MKN45) och röda linjen är West cellinje (N87). I (B) blå linjen är East cellinje (MKN45) och röda linjen är West cellinje (AGS). Båda generna överuttryckt i öst (MKN45) cellinje.
Diskussion
Våra resultat, baserat på två icke-övervakade analyser, COA och support träd, är mycket tyder på en annan uttrycksprofilen för tumör SAGE bibliotek , tillsammans med skillnader mellan normala och tumörprover. Dessa skillnader i expressionsnivåer kan ha en inverkan på den erkända bättre överlevnad öst patienterna i jämförelse med västvärlden. Både COA och support Tree visar två kluster (microdissected och icke-microdissected prover) blandas otydligt, vilket tyder på att den heterogenitet en normal prov inte reduceras genom microdissection. Detta kan förklaras av flera cell verksamheten i normala celler jämfört med tumörceller [16]. Men bland tumör bibliotek var en tät gruppering av microdissected tumörer. Dessa resultat tyder på att ökningen av renheten hos provet förbättrar homogeniteten hos resultaten. Närheten av de xenotransplantat pekar också på en ökning av homogenitet men skiljer sig från microdissected tumörprover eftersom de grupp i olika subclusters. Denna skillnad beror förmodligen på subtila förändringar i de transcriptomes som ges av en annan genetisk miljö, såsom mikromiljön ges av omgivande djurvävnad [17]. Å andra sidan, var icke-microdissected bibliotek funnit mer spridda i COA analys, förmodligen på grund av förorening prov och heterogenitet. Sälja The FatiGO + Resultaten visar att tumörcellerna kännetecknas av uppreglering av gener relaterade till cell organisation , biogenes och cellproliferation, och en nedreglering av gener relaterade till cell-till-cellkommunikation. Efter att ha sökt efter specifika skillnader mellan västvärlden och tumörbibliotek East, fann vi att de väsentligt olika taggar har en högre uttryck i öst jämfört med väst tumörer. Således verkar det som den genomsnittliga uttrycksnivån i väst proven faller mer än öst prover, troligen på grund av en bredare gen repression.
Av de 5 gener som identifierades med betydligt högre uttryck i väst bibliotek minst två (COL1A1 och KLK10) har förknippats med invasiv och sjukdomsprogression [9, 15]. COL1A1 har rapporterats i samband med mer avancerad tumörstadium i 46 magcancer fall [9]. KLK10 har rapporterats uppregleras i magsäcken samt kolorektala karcinom och i samband med invasionen och mer avancerade kliniska stadiet för båda typerna av tumörer [15]. Dessutom KRT17 har befunnits uppreglerade i human esophageal skivepitelcancer (ESCC) och kopplas till invasivitet [18]. En annan gen, har EMP1 förknippats med mycket proliferativa celltyper i mus hjärntumörer [19]. Endast CCDC12 genen inte har tillgängliga kliniska data och även saknar GO kommentarer. Den QRT-PCR-analys på cellinjer bekräftade SAGE resultat och validerat överuttryck av PDFGR och RPL13 i tumörbibliotek öst.
Sammanfattningsvis här rapporterar vi att den dominerande uppreglering av invasiva och metastatiska gener i väst tumörbibliotek kan resultera i en mer elakartad sjukdom med en sämre överlevnad. Sammantaget dessa fynd kan tyda på att det differentiellt uttryckta gener kan bidra till att förklara de observerade skillnader som observerats i utfallet av magcancer mellan öst och väst. Slutligen är vår analys ett exempel på hur beräkningsbiologi effektivt kan hjälpa biomedicinska forskare att identifiera de molekylära mekanismerna bakom sjukdomen [6].
Förklaringar
Tack
Vi tackar David S. Holmes och Gonzalo Riadi från Center for bioinformatik och Genome Biology, Life Science Foundation - Andres Bello University, Santiago, Chile och Wael El-Rifai från Surgical Oncology Branch Vanderbilt Ingram Cancer Center, Vanderbilt University, Nashville, TN, USA, för hjälp diskussion om manuskriptet. Detta arbete stöddes av chilenska regeringen forskningsanslag FONDECYT 1030130 och FONIS SA06I20019 till AHC
Elektronisk kompletterande material
12943_2007_313_MOESM1_ESM.png ytterligare en fil 1. Korrespondens analys av normala och tumör SAGE bibliotek i magen i 3 dimensioner. De uppgifter som lämnats representerar tredimensionella diagram där de gröna prickarna representerar alla normala bibliotek, de blå prickarna är tumörbibliotek öst, och de röda, orange och gula prickar är West tumörbibliotek, microdissected, xenotransplantat och bulk respektive. X-axeln är grå, Y-axeln är blå, och Z-axeln är rosa. Figuren är roteras något åt ​​höger och nedåt för att bättre visa den tumörbibliotek positionen i ytan 3-D space. (PNG 25 KB) 12943_2007_313_MOESM2_ESM.png Ytterligare File 2: Komplett siffran Support Kluster analys av normala och tumör SAGE bibliotek i magen. Siffran tillhandahålls representerar vanliga bibliotek CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780 (linjerna 1-4), West tumörbibliotek CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 (linjer 5-11) och East tumör bibliotek GSM7800, GSM8505, och GSM8867 (banorna 12-14). (PNG 124 KB) 12943_2007_313_MOESM3_ESM.png Ytterligare Fil 3: Komplett siffran Support Kluster Analys av väst och öst tumör SAGE bibliotek i magen. Siffran tillhandahålls representerar West tumörbibliotek (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) (spår 1-7) och East tumörbibliotek (GSM7800, GSM8505 och GSM8867) (spår 8-10). (PNG 209 KB) 12943_2007_313_MOESM4_ESM.doc Ytterligare File 4: Tabell S1. De betydande taggar med högre uttryck i normal av betydande Analys för microarray mellan normala och tumörbibliotek salvia. Endast de taggar som framgångsrikt i samband med en specifik gen visas. Taggarna är sorterade i en betydelse fallande ordning. (DOC 65 KB) 12943_2007_313_MOESM5_ESM.doc Ytterligare File 5: Tabell S2. De betydande taggar med högre uttryck i tumör av betydande Analys för microarray mellan normala och tumörbibliotek salvia. Endast de taggar som framgångsrikt i samband med en specifik gen visas. Taggarna är sorterade i en betydelse fallande ordning. (DOC 31 KB) Författarnas ursprungliga inlämnade handlingarna Images of Nedan finns länkar till författarnas ursprungliga inlämnade filer för bilder. 12943_2007_313_MOESM6_ESM.png Författaroriginalfilen för figur 1 12943_2007_313_MOESM7_ESM.png Författaroriginalfilen för figur 2 12943_2007_313_MOESM8_ESM.png Författaroriginalfilen för figur 3 12943_2007_313_MOESM9_ESM.png Författaroriginalfilen för figur 4 12943_2007_313_MOESM10_ESM.png Författaroriginalfilen för figur 5 12943_2007_313_MOESM11_ESM.png författar~~POS=TRUNC för figur 6

• EBNA1 bindande och epigenetisk reglering av gastrokine tumörsuppressorgener i gastric cancerceller
• Identifiering av giltiga referens gener för genuttryck studier av human magcancer genom omvänd transkription-qPCR