verbonne zu Silico Analyse vun Gastric carcinoma Serial Analys vum Gene Expression Bibliothéiken verréid mat Herkunft verbonne verschiddene Profiler VerfÜgung méiglech VerfÜgung Worldwide gastric carcinoma geographesch Variatioune huet markéiert a schlecht Resultat an Patienten aus der West am Verglach zu den Osten. Obwuel dës Differenzen huet déi besser diagnostic Critèren, verbessert Stadium Methoden a méi radikal Agrëff erkläert ginn, Beweiser enstanen ënnerstëtzt d'Konzept dass Gentherapie Ausdrock Differenzen verbonne zu Herkunft zu dësem disparate Resultat bäidroen kënnen. Hei, fänke mer Daten aus 4 normal an 11 gastric carcinoma Serial Gene Expression Analys (Salbei) Bibliothéiken aus zwee verschiddene ethnicities. All normal Salbei Bibliothéiken souwéi 7 entholl Bibliothéiken sech aus dem Westen a 4 entholl Bibliothéiken sech aus dem Osten. Dës Daten mir vergläichen Wielerlëschten Analys an eng Ënnerstëtzung Tree Analyse an spezifesch Differenzen an Tags Ausdrock sech duerch Grousses Analys fir Microarray identifizéiert. Tags ze Gentherapie Uerderen sech duerch CGAP-Salbei Genie oder TAGmapper gesuergt. D'Analys vun de globale transcriptome weist eng kloer Trennung tëscht normal a entholl Bibliothéiken mat 90 Tags differentially ausgedréckt. Eng kloer Trennung war och tëscht dem Westen an dem Osten entholl Bibliothéiken mat 54 Tags differentially ausgedréckt fonnt. Tags ze Gentherapie Uerderen identifizéiert 15 Genen, 5 vun hinnen mat däitlech méi Ausdrock an der West Bibliothéiken am Verglach zu der East Bibliothéiken. qRT-Hinnen alleguer zu Zell Linnen vum Westen an Osten Urspronk bestätegt dës Ënnerscheeder. Spannen, hunn zwee vun dësen Genen ze aggressiveness (COL1A1 an KLK10) assoziéiert gouf. An Konklusioun fonnt mir dat zu silico Analyse vun Salbei Bibliothéiken aus zwee verschiddene ethnicities Differenzen an der Gentherapie Ausdrock Profil opzeweisen. Dës Ausdrock Differenzen bäidroen kënnen d'disparate Resultat tëscht dem Westen an dem Osten. VerfÜgung Erschléisse VerfÜgung Gastric carcinoma ass den zweete Spëtzekandidat Ursaach vum Kriibs-Zesummenhang Doud weltwäit ze erklären an huet geographesch Variatioune markéiert [1-3]. D'observéiert Virdeel am 5-Joer Iwwerliewe Taux vu Patienten aus dem Osten wéi aus dem Westen kann Differenzen an diagnostic Critèren spigelen, besser Stadium Methoden a méi radikal Agrëff [4]. Ee enstanen Beweiser ënnerstëtzt d'Konzept dass Herkunft zu der disparate gastric carcinoma Resultater tëscht dem Oste bäidroen kënnen an de West [4, 5]. Serial Analys vum Gene Expression (Salbei) ass eng ëmfaassend profiling Method, déi fir global, unbiased a grouss characterization vun transcriptomes [6] erlaabt. E groussen Virdeel vun Salbei ass dat eemol normalized méiglech ass, fir direkt de Niveau vun Tags vun engem eenheetlechen Experimenter mat all aner sinn [7] generéiert vergläichen. Fir eng Asiicht vun der Differenzen tëscht gastric carcinoma transcriptomes gewannen datt d'disparate Resultater tëscht dem Oste erkläre kéint an de West hei vergläichen mir konsultéieren vun fofzéng Salbei Bibliothéiken ofgeleet aus normal an gastric entholl Stoffer aus japanesch an amerikanesch gastric Kriibs Patienten Wielerlëschten Analys, Ënnerstëtz Bam an Grousses Analys fir Microarray fir significative Tags an der Gentherapie Auswiel. Mir fonnt spezifesch Genen differentially tëscht normal a entholl Salbei Bibliothéiken souwéi entholl Bibliothéiken aus dem Osten an de Westen ausgedréckt. Dës differentially ausgedréckt Genen konnt de verschlechtert Iwwerliewe Tarif am Westen an am Verglach zu der East erklären. VerfÜgung Method Serial Analysen vum Gene Expression Donnéeën VerfÜgung Fifteen gastric Salbei Bibliothéiken (4 normal an 11 entholl) VerfÜgung aus Cancer Genom Anatomie Projet (CGAP) [7] sech fir d'Analyse kombinéiert. Nëmmen Bibliothéiken mat 10 BP Tags an der selwechter opzedeelen Enzymen (BsmFI an NlaIII) waren an dëser Etude mat abegraff. Normal Bibliothéiken aus engem Otemschwieregkeeten Pool (GSM784 an GSM14780) oder microdissected Echantillon (CGAP_MD_13S an CGAP_MD_14S) a sech vun El-Rifai et al [8] zu Virginia, USA produzéiert. Gastric entholl Bibliothéiken aus fënnef Bibliothéiken, dräi microdissected (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329), zwee primär erhéijen (GSM757 an GSM2385) an zwou xenografts (GSM758 an GSM14760) all aus westlech Patienten a produzéiert vum El-Rifai et al [8] och zu Virginia, USA ( "West entholl Bibliothéiken") an 4 Bibliothéiken (GSM7800, GSM8505, GSM8867 an GSM9103) all aus japanesch Patienten vun Oue et al [9] zu Hiroshima, Japan ( "Oste entholl Bibliothéiken") produzéiert. Eng Datebank 121.409 verschidden Tags wouvun war aus Bibliothéiken entsteet déi tëscht 9.000 an 34.000 eenzegaarteg Tags hunn. Soumat war nëmmen Bibliothéik GSM9103 geläscht, well déi eemoleg Markéierung zielen ze héich war (ronn 6.000 eenzegaarteg Tags). D'Frequenz vun all Markéierung gouf normalized déi et mat der totaler Markéierung Zuel vun de jeeweilegen Bibliothéik an multiplizéieren vun 200.000 Tags (CGAP normalization Format) deelt. Eng Auswiel Prozess Kaméidi aus enger riseger Quantitéit vun Tags ze reduzéieren standing gesammelt huet. Dëse Choix Critère war ech) "lëtzëbuerger all normal Bibliothéiken VerfÜgung fonnt" vs. an II) vs. "Tags" lëtzëbuerger all West erhéijen Bibliothéiken VerfÜgung fonnt "" lëtzëbuerger all entholl Bibliothéiken VerfÜgung fonnt "fonnt zu all Osten erhéijen Bibliothéiken VerfÜgung ". D'Institut fir Frankräich Research Software MultiExperiment UweiserName [10] war benotzt dëse Analyse ze maachen: i) éischte Analys (Coa) Associatiounen tëscht Echantillon beschen datt ähnlech Profiler II) Support Tree ze hunn éischter d'Statistik Ënnerstëtzung der Widderhuelung mannst zu weist 1000 mol d'Analys vun resampling mat Ersatz (Bootstrap Method) fir en Echantillon mat ähnlechen Profiler an III) Grousses Analys fir Microarray (SAM) Tags déieren deem Ausdrock tëscht Echantillon vill anescht war. D'Associatioun vun Tags ze Genen war vun Salbei Genie [11] oder TAGmapper [12] Leeschtunge wann keen Associatioun vun Salbei Genie fonnt gouf. Ze soe funktionell Klassen vun forcéiert Genen der FatiGO + Outil vun Babelomics [13, 14] applizéiert. D'ofgeblennte p-Wäert vun Babelomics gouf benotzt, well déi kleng Zuel vu Genen analyséiert huet et méi ubruecht wéi d'Taktik-Falsch Discovery Rate (FDR) Wäert. VerfÜgung Chemeschen Real-Time Réckproduktioun-Transkriptioun Hinnen alleguer VerfÜgung Chemeschen real- Zäit ëmgedréint-Transkriptiouns Hinnen alleguer (qRT-Hinnen alleguer) war op zwee westlech Zell Linnen (AGS, N87) an een ëstlechen Zell Linn (MKN45) gesuergt. Total RNS war mat Trizol (Invitrogen Life Technologies, Karlsbad CA) ofgebaut laut den Hiersteller d'Recommandatiounen. RNS Konzentratioun gouf duerch Miessunge absorbance bei 260 nm alles, an d'Qualitéit vun der Integritéit vun 28s an 18S rRNA der ethidium bromide staining vun insgesamt RNS Echantillon ënnerworf 0,8% agarose gelies electrophoresis Fra war. Total cDNA war mat MMLV (Moloney Murine Samsdeg Virus), ëmgedréint transcriptase (; Invitrogen Life Technologies, Karlsbad CA ThermoScript RT) Wierderbuch. Ëmgekéierte Transkriptiouns-Hinnen alleguer war mat 1 ug vun total bewosst RNS standing cDNA ze generéieren. qRT-Hinnen alleguer war mat engem LightCycler-FastStart DNA Master SYBR Green ech Kit (Roche cuisine Biochemicals, Mannheim, Däitschland) gesuergt. Mir entworf Gentherapie-spezifesch primers fir Mënscherechter PDFGR (5 'AGCTGATCCGTGCTAAGGAA 3 "a 5' CGACCAAGTCCAGAATGGAT 3 ') an RPL13 (5' GAGGAGGCGGAACAAGTCC 3" a 5 'TCAGCAGAACTGTCTCCCTTC 3') a Konditioune vun amplification sinn op Ufro sinn. A Single-schocken rop Héichpunkt war fir all Produkt observéiert, also der Rengheet vun all deenen hire cDNA Produiten confirméiert. D'qRT-Hinnen alleguer Resultater goufen normalized zu GADPH (5 'CGGGAAGCTTGTCATCAATGG 3 "a 5' CATGGTTCACACCCATGACG 3"), déi getest minimal Variant zu all Zell Linnen haten. Analyse war leeschtungsfäeg vun LightCycler Software 3.0. Barrière Punkten (Ufank vun der Hinnen alleguer exponential Phas) huet vun der zweeter derivated maximal Method évaluéieren an d'Spektraltypen géint d'Konzentratioun vun der Standarden. VerfÜgung Resultater VerfÜgung Tags mat konsequent Ausdrock zu normal an entholl Salbei Bibliothéiken VerfÜgung D'Auswiel Prozess Salbei Tags ze fannen dass konsequent ausgedréckt waren am "all normal Bibliothéiken VerfÜgung" vs. "all entholl Bibliothéiken VerfÜgung" zu 2.437 Tags duerchgesat. Als zu Lalumi gewisen. 1, weist Coa kloer Trennung tëscht normal Bibliothéiken an Ost a West entholl Bibliothéiken. D'selwecht Coa zu engem dräi-Dimensiounen Komplott (fir 56% vun der aktiver Obstruktioun Comptabilitéit) weist méi Detailer an der Positioun vun all Bibliothéik (kuckt Weider Fichier 1). Dës Resultater vun enger Support Tree bestätegt sech mat der Pearson Korrelatioun an Duerchschnëttlech Linkage (kuckt Weider Fichier 2). Next, Salbei Tags differentially tëscht normal a entholl Echantillon ausgedréckt ze identifizéieren, standing mir SAM, mat enger Delta Wäert vun 1,38 berechent der FDR bei 0 (Probabilitéit bedeitendst Tags just duerch Chance ze fannen) ze erhalen, 1001 eenzegaarteg dohinner gehéiert an eng fantastesch änneren = 10. Dat Approche réischt 90 Tags differentially tëscht normal a entholl Bibliothéiken mat engem ähnlechen gelooss fir béid entholl Gruppen (Figebam. 2) ausgedréckt. Dorënner 90 Tags, goufen 78 verwandelt-reglementéiert an 12 Tags sech weider-reegelen. Figur 1 éischte Analys vun normal an entholl Salbei Bibliothéiken vun de Moo. A zwee-Dimensiounen Komplott ass gewise wou de grénge dots all déi normal Bibliothéiken vertrieden, sinn déi blo dots Osten entholl Bibliothéiken, an déi rout, orange a giel Punkte sinn West entholl Bibliothéiken, microdissected, xenograft an normaler bzw.. VerfÜgung Dorënner 2 Serial Analys fir Microarray vun normal an entholl Salbei Bibliothéiken vun de Moo. Fir d'Visiteuren a gréng Faarf, déi bedeitendst Tags mat héichen Ausdrock vun der normal Bibliothéiken gewisen; zu Recht a rout Faarf, déi bedeitendst Tags mat héichen Ausdrock vun der entholl Bibliothéiken gewisen. VerfÜgung selektionéiert vun diskriminatoresch Tags tëscht Ost a West Salbei Bibliothéiken VerfÜgung Zënter der entholl Säit vun der Coa weist 2 Gruppen, ee mat all Osten Bibliothéiken an déi aner all de West Bibliothéiken wouvun mir fir diskriminatoresch Elementer tëscht béide erhéijen Bibliothéiken gesichte. Sou, eng nei Auswiel Prozess Tags ze fannen dass konsequent an vs. "all West erhéijen VerfÜgung" "all VerfÜgung Osten erhéijen" ausgedréckt huet zu 3.952 Tags duerchgesat. Aner Support Tree der Pearson Korrelatioun an Duerchschnëttlech Linkage benotzt war gesuergt. Als zu Lalumi gewisen. 3, weist de Bam eng organiséiert Struktur mat engem héich Vertrauen Diplome an hir Antennen (90% -100% ënnerstëtzen), déi vun der grousser Zuel vu diskriminatoresch Elementer (Tags) mat charakteristeschen Famillen an subfamilies (den Weider Fichier entscheet 3 weist de voll dendrogram ). Et sinn zwee Haaptgrënn Stärekéip, ee enthält all West Bibliothéiken an der aner enthält all Osten Bibliothéiken. D'West Stärekoup enthält zwou ënnerschiddlech subclusters, déi éischt ass déi 3 microdissected Bibliothéiken (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29 an CGAP_MD_G329) an der zweeter ëmfaasst Primärschoul erhéijen (GSM757 an GSM2385) an xenografts (GSM758 an GSM14760). Den Osten Stärekoup ass eng zentral Pair (GSM8505 an GSM8867 Bibliothéiken) déi aus histological gutt ënnerscheet erhéijen an eng drëtt Bibliothéik (GSM7800) déi vun enger histological schlecht ënnerscheet entholl kënnt kënnt. Next, Salbei Tags differentially tëscht dem Westen an dem Osten entholl Bibliothéiken, standing mir eng SAM benotzt déi selwecht Critèren noliese ausgedréckt ze identifizéieren. Dës Approche réischt 54 Tags differentially ausgedréckt (Figebam. 4). Dorënner, 8 Tags waren an der West erhéijen up-reglementéiert an 46 Tags sech weider-reglementéiert an d'Ost erhéijen. Figur 3 Support Tree vun normal an entholl Salbei Bibliothéiken vun de Moo. Richtung 1-4 normal Bibliothéiken (CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780), Richtung 5-11 West entholl Bibliothéiken (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) a Richtung 12-14 Osten entholl Bibliothéiken (GSM7800, GSM8505 , an GSM8867). Nëmme widdert de dendrogram ass hei ënnendrënner. D'voll dendrogram Agrément zu Weider Fichier 3. VerfÜgung Dorënner 4 Serial Analys fir Microarray vun Ost a West gastric carcinoma Salbei Bibliothéiken. Fir d'Visiteuren an orange Faarf, déi bedeitendst Tags mat méi Ausdrock an der West entholl Bibliothéiken gewisen; zu Recht a blo Faarf, déi bedeitendst Tags mat méi Ausdrock am Osten entholl Bibliothéiken. VerfÜgung Kaartefunktiounen Salbei Tags ze Genen VerfÜgung Fir androën differentially ausgedréckt Salbei Tags ze Genen benotzt mir de CGAP-Salbei Genie an /oder dës TAGmapper Ressourcen. Vun der 90 Tags differentially tëscht normal a entholl Bibliothéiken ausgedréckt, nëmmen 53 Tags waren erfollegräich Aufgab ze bestëmmter Genen (Table S1 an Table S2 [Weider Fichieren 4 & 5]). Genen wéi GIF, CPA2, DRD5, CLIC6, ATP4A, LIPF, GKN1 an PGA5 erschéngen ënnert de meeschte repressed Genen, iwwerdeems TRAPPC5, KRT7, MTHFD1, TMBIM1, PDIA3 an PPGB Genen ënnert der overexpressed Genen erschéngen. Op der aner Säit, ënnert de 54 Tags ausgedréckt differentially tëscht dem Westen an dem Osten entholl Bibliothéiken nëmmen 15 Tags wou erfollegräich ze bestëmmter Genen verbonne (Table 1). FatiGO + Analyse gewisen, datt entholl Bibliothéiken hu vill méi ausgedréckt Genen Beräich "Zell Organisatioun an biogenesis" (GO: 0016043), KRT7, PDIA3, PPGB an TRAPPC5 (p = 0.005); an "ligase Aktivitéit" (GO: 0016874), UBE2S an MTHFD1 (p = 0.028) wéi normal Bibliothéiken ,. D'selwecht Verglach réischt vill manner ausgedréckt Genen Beräich "integral un Membran" (GO: 0016021), ADORA1, UGT2B15, DRD5, SYNE2, ATP5J2, KCNE2, ATP4A, KDR, PTGER3 an PPAP2B (p = 0.016). Wéinst dem Verglach vun Genen tëscht dem Westen an dem Osten entholl Bibliothéiken zougedréckt differentially ausgedréckt, datt de West erhéijen Zesummenhang vill méi ausgedréckt Genen missen "ectoderm Entwécklung" (GO: 0007398). (COL1A1 dës op Lalumi 5, och KLK10, KRT17, EMP1, an CCDC12) (p = 0.018). Allerdéngs, no Osten erhéijen bei wichtegen méi ausgedréckt Genen Beräich "bewosst ukuerbelt" (GO: 0044237) PDGFRA, MAPK13, MECR, AKR1C2, RPL13, HLX1 an ADH4 (p = 0.066). Säit op d'mannst zwee vun dësen "ectoderm Entwécklung" Genen (COL1A1 an KLK10) hun fonnt ginn an fortgeschratt gastric carcinoma up-reegelen [9, 15] eis Conclusiounen kéint méi aggressiveness vun der West erhéijen schloen. Figur 5 Expression Niveau vun COL1A1 verbonne Markéierung (TGGAAATGAC) zu entholl Bibliothéiken. Erausgoen 1-7 sëlwecht fir all West entholl Bibliothéiken (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 a Baren 8-10 un all Osten entholl Bibliothéiken entspriechen (GSM7800, GSM8505, GSM8867). D'Markéierung normalized Ausdrock Niveau schéngt an der CGAP Format Wäert (Tags pro 200.000) opgezeechent an engem Mooss. VerfÜgung Table 1 déi bedeitendst Tags mat héichen Ausdrock vun remarkabel Analys fir Microarray tëscht dem Westen an dem entholl Salbei Bibliothéiken Osten. Nëmmen den Tags datt erfollegräich mat engem verbonne waren spezifesch Gene sinn gewisen. d'Tags sinn an enger Bedeitung eroffällt fir zortéiert, éischter den Tags héich am Osten ausgedréckt an dann am Westen déi héich ausgedréckt. VerfÜgung
Tags
Gene Symbol
Protein Numm
N ° vun West Bibliothéiken wou presentéieren
West entholl duerchschnëttlech (Tags pro 200.000)
N ° Ost Bibliothéiken wou presentéieren
Osten entholl duerchschnëttlech (Tags pro 200.000)
TGATTGGTGG VerfÜgung PDGFRA VerfÜgung Platelet-ofgeleet Wuesstem Faktor receptor, alpha polypeptide VerfÜgung 3 VerfÜgung 1,88 VerfÜgung 3 VerfÜgung 115,05 VerfÜgung GGCTGGGTTT VerfÜgung HLX1 VerfÜgung H2.0-wëll homeo Këscht 1 (Villäicht sollte) VerfÜgung 2 VerfÜgung 1,04 VerfÜgung 3 VerfÜgung 59,13 VerfÜgung TCCGTCCGGA VerfÜgung RPL13 VerfÜgung Ribosomal FAQ L13 VerfÜgung 3 VerfÜgung 1,36 VerfÜgung 3 VerfÜgung 39,56 VerfÜgung ATCTGGAGCA VerfÜgung ADH1C VerfÜgung Alkohol dehydrogenase 1c (Klass ech), ESO polypeptide VerfÜgung 3 VerfÜgung 5,99 VerfÜgung 3 VerfÜgung 294,91 VerfÜgung TGCTCCTACC VerfÜgung FCGBP VerfÜgung Fc Brochstéck vun IgG bindend FAQ VerfÜgung 4 VerfÜgung 4,91 VerfÜgung 3 VerfÜgung 111,10 VerfÜgung TACCCTGGAA VerfÜgung ADH4 VerfÜgung Alkohol dehydrogenase 4 (Klass II), PI polypeptide VerfÜgung 3 VerfÜgung 3,35 VerfÜgung 3 VerfÜgung 56,30 VerfÜgung AGGTCTGCCA VerfÜgung AKR1C2
Aldo-keto reductase Famill 1, Member C2 (dihydrodiol dehydrogenase 2; Bile Seier bindend FAQ; 3-alpha hydroxysteroid dehydrogenase, Typ III) VerfÜgung 3 VerfÜgung 1,53 VerfÜgung 3 VerfÜgung 38,50 VerfÜgung GCACCACCGG VerfÜgung MAPK13 VerfÜgung Mitogen-ageschalt FAQ kinase 13 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung 3 VerfÜgung 10,62 VerfÜgung GGAGGGGAGG VerfÜgung MECR VerfÜgung Kënschtlech Ziel-2-enoyl-Coa reductase VerfÜgung 1 VerfÜgung 0,55 VerfÜgung 3 VerfÜgung 15,72 VerfÜgung CTTCCTTGCC
KRT17 VerfÜgung Keratin 17 VerfÜgung 7 VerfÜgung 220,64 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung TAATTTGCAT VerfÜgung EMP1 VerfÜgung Epithelial Membran FAQ 1 VerfÜgung 7 VerfÜgung 43,26 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung TAAGGCTTAA VerfÜgung KLK10 VerfÜgung Kallikrein 10 VerfÜgung 7 VerfÜgung 20,35 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung TGGAAATGAC VerfÜgung COL1A1 VerfÜgung Collagen, Typ ech, alpha 1 VerfÜgung 7 VerfÜgung 294,99 VerfÜgung 2 VerfÜgung 14,36 VerfÜgung TGGATGTACA VerfÜgung CCDC12 VerfÜgung Coiled-coil Domän mat 12 VerfÜgung 7 VerfÜgung 21,69 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung Validatioun vun Genen differentially ausgedréckt tëscht Ost a West entholl Salbei Bibliothéiken VerfÜgung fir eis Salbei analyteschen zwee Genen validéiert vill am Osten erhéijen ausgedréckt méi (PDGFRA an RPL13) sech weider an dräi Zell Linnen studéiert, zwee aus der West (AGS an N87) an een aus dem Osten (MKN45). qRT-Hinnen alleguer weist engem Verhältnis vun 825 fir PDFGR (MKN45 /N87) an 4,68 fir RPL13 (MKN45 /AGS) (Figebam. 6). Sou, dé dësen Daten der observéiert Ënnerscheed zu Gentherapie Ausdrock am Salbei entholl Bibliothéiken. Spannen, goufen d'Hellegkeet vun der Gentherapie Ausdrock Differenzen zu Zell Linnen gläicht dofir deem vun am Salbei entholl Bibliothéiken. Figur 6 Amplification vun PDGFRA (A) an RPL13 (B) mRNA vun qRT-Hinnen alleguer. An (A) blo Linn ass den Oste Zell Linn (MKN45) a rout Linn ass d'West Zell Linn (N87). An (B) blo Linn ass den Oste Zell Linn (MKN45) a rout Linn ass d'West Zell Linn (AGS). Béid Genen sinn eriwwer-ausgedréckt am Osten (MKN45) Zell Linn. VerfÜgung Diskussioun VerfÜgung Eis Resultater, baséiert op zwee Net-iwwerwaachter gebueden, Coa a Support Tree, sinn héich suggestiv vun engem anere Ausdrock Profil vun entholl Salbei Bibliothéiken , zesumme mat Differenzen tëscht normal a entholl Echantillon. Dës Ënnerscheeder am Ausdrock Niveau kéint en Afloss op d'unerkannt besser Iwwerliewe vun der East Patienten am Verglach zu der West hunn. Béid, Coa a Support Tree weisen zwéi Kéip (microdissected an Net-microdissected Echantillon) indistinctly gemëscht, suggeréiert, dass d'heterogeneity vun engem normalen Prouf net vun der microdissection reduzéiert gëtt. Dëst kéint duerch verschidde Zell Aktivitéite vun den normalen Zellen am Verglach mat entholl Zellen [16] erklärt ginn. Mä ënnert entholl Bibliothéiken, war no enger knapper Glidderung vun microdissected erhéijen fonnt. Dës Conclusiounen hindeit, datt d'Erhéijung vun der Rengheet vum Prouf der homogeneity vun de Resultater verbessert. Der Noperschaft vun der xenografts Punkten och zu enger Erhéijung vun homogeneity mä ënnerscheede vun der microdissected entholl Echantillon well se Grupp vun anescht subclusters. Dës Differenz ass wahrscheinlech wéinst dezent Ännerungen an de vun engem anere genetesch Ëmfeld, wéi de microenvironment vun Ëmfeld Déier Otemschwieregkeeten [17] entscheet entscheet transcriptomes. Op der aner Hand, goufen d'Net-microdissected Bibliothéiken méi Fragmenter vun der Coa Analyse fonnt, wahrscheinlech wéinst Prouf kontaminéierte an heterogeneity. VerfÜgung D'FatiGO + Resultater weisen, datt d'entholl Zellen vun up-Regulatioun vun Genen charakteriséiert sinn zu Zell Organisatioun Zesummenhang , biogenesis an Zell Prolifératioun, an engem Ugrëff-Regulatioun vun Genen zu Zell-ze-Zell Kommunikatioun ze dinn. Der Recherche fir spezifesch Differenezn tëscht dem Westen an dem Osten entholl Bibliothéiken, fonnt mir dass déi vill verschidden Tags enger héijer Ausdrock am Osten am Verglach mat der West erhéijen hunn. Sou, wéi et schéngt, datt der Moyenne Ausdrock Niveau vun der West Echantillon bësschen méi wéi am Osten Echantillonen, wahrscheinlech wéinst engem breeden Gentherapie Repressioun. VerfÜgung Vun der 5 Genen mat däitlech méi Ausdrock an d'Bibliothéiken West identifizéiert mannst zwee (COL1A1 an KLK10) goufen mat invasiveness a Krankheet Werdegang [9, 15] assoziéiert. COL1A1 gouf zu 46 gastric carcinoma Fäll [9] mat méi fortgeschratt entholl Etapp gemellt assoziéiert. KLK10 ass fir zwou Zorte vun erhéijen [15] an-reglementéiert gastric souwéi colorectal carcinomas an Zesummenhang mat der Invasioun an eng méi fortgeschratt Medeziner Etapp matgedeelt. Ausserdeem gouf KRT17 fonnt an-reglementéiert Mënsch esophageal squamous Zell carcinoma (ESCC) an verbonne zu invasiveness [18]. Aner Gentherapie, EMP1 huet ze héich proliferative Zell Zorte vun Maus Gehir erhéijen verbonne ginn [19]. Nëmmen CCDC12 Gentherapie muss net sinn Medeziner Donnéeën an Éloquence och configuréieren GO. D'qRT-Hinnen alleguer Analyse op Zell Linnen bestätegt d'Resultater Salbei a validéiert der Regioun-Ausdrock vun PDFGR an RPL13 am Osten entholl Bibliothéiken. Hei Am Resumé VerfÜgung mir mellen, datt d'predominant up-Regulatioun vun invasiv an metastatic Genen am West entholl Bibliothéiken zu engem méi malignant Krankheet mat engem aarmen Iwwerliewe Resultat kéint. Geholl zesumme kéint dëse Conclusiounen hindeit, datt dat differentially ausgedréckt Genen kéint d'observéiert Differenzen am Ausgang vun gastric carcinoma tëscht dem Osten a Westen observéiert ze erklären bäidroen. Endlech ass eis Analys e Beispill wéi computational Biologie effektiv biomedical Chercheuren hëllefen kann de molekulare Mechanisme vun Krankheet an Erkenntnesser [6]. VerfÜgung Deklaratioune VerfÜgung Merci VerfÜgung Mir David S. Holmes a Gonzalo Riadi aus Center Merci fir Bioinformatik an Genom Biologie, Life Science Foundation - Andres Bello University, Santiago de Chile an Wael El-Rifai aus Surgical Zukunft Branch Barnard Neuguinea Cancer Center, Vanderbilt University, gesteiert, TN, USA, fir hëllefsbereet Diskussioun vun der mëttelalterlech Handschrëft. Dëst Wierk war vun Bankreiber Regierung Fuerschung Subventioune FONDECYT 1030130 an FONIS SA06I20019 zu AHC ënnerstëtzt VerfÜgung Electronic zousätzlecht Material VerfÜgung 12943_2007_313_MOESM1_ESM.png Weider Fichier 1:. Éischte Analys vun normal an entholl Salbei Bibliothéiken vun de Mo an 3 Dimensiounen. Déi gëtt Daten déi dräi-Dimensiounen Komplott vertrieden wou de grénge dots all normal Bibliothéiken vertrieden, sinn déi blo dots Osten entholl Bibliothéiken, an rout, orange a giel Punkte sinn West entholl Bibliothéiken, microdissected, xenograft an normaler bzw.. D'X-Achs ass gro, den Y-Achs ass blo, an der Z-Achs ass rosa. D'Figur ass liicht un der rietser rotated an Ugrëff ze besser d'entholl Bibliothéiken Positioun am Komplott 3-D Plaz weisen. (PNG 25 KB) 12943_2007_313_MOESM2_ESM.png Weider Fichier 2: Komplett Figur vun Support Käre Analys vun normal an entholl Salbei Bibliothéiken vun de Moo. D'Figur gëtt vertrieden normal Bibliothéiken CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780 (Linnen 1-4), Bibliothéiken West entholl CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 (Linnen 5-11) an Osten entholl Bibliothéiken GSM7800, GSM8505, an GSM8867 (Richtung 12-14). (PNG 124 KB) 12943_2007_313_MOESM3_ESM.png Weider Fichier 3: Komplett Figur vun Support Käre Analys vu West an Ost entholl Salbei Bibliothéiken vun de Moo. D'Figur gëtt vertrieden West entholl Bibliothéiken (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) (Richtung 1-7) an Osten entholl Bibliothéiken (GSM7800, GSM8505, an GSM8867) (Richtung 8-10). (PNG 209 KB) 12943_2007_313_MOESM4_ESM.doc Weider Fichier 4: Table S1. Déi bedeitendst Tags mat héichen Ausdrock vun Normal déi Grouss Analys fir Microarray tëscht Normal an entholl Salbei Bibliothéiken. Nëmmen den Tags datt erfollegräich mat engem spezifeschen Gentherapie verbonne waren si gewisen. Den Tags sinn an enger Bedeitung eroffällt fir zortéiert. (Intrigue 65 KB) 12943_2007_313_MOESM5_ESM.doc Weider Fichier 5: Table S2. Déi bedeitendst Tags mat héichen Ausdrock vun entholl déi Grouss Analys fir Microarray tëscht Normal an entholl Salbei Bibliothéiken. Nëmmen den Tags datt erfollegräich mat engem spezifeschen Gentherapie verbonne waren si gewisen. Den Tags sinn an enger Bedeitung eroffällt fir zortéiert. (Intrigue 31 KB) Auteuren 'original deposéiert Fichieren fir Biller VerfÜgung sinn ennen d'Linken op d'Auteuren' original deposéiert Fichieren fir Biller. 12943_2007_313_MOESM6_ESM.png Auteuren 'original Datei fir Figur 1 12943_2007_313_MOESM7_ESM.png Auteuren' original Datei fir Figur 2 12943_2007_313_MOESM8_ESM.png Auteuren 'original Datei fir Figur 3 12943_2007_313_MOESM9_ESM.png Auteuren' original Datei fir Figur 4 original Datei '12943_2007_313_MOESM10_ESM.png Auteuren fir Figur 5 12943_2007_313_MOESM11_ESM.png 6 Auteuren 'original Datei fir Figur
Vaginale Bakterien verbonne mat virzäiteger Gebuert
Eng nei Studie am Journal publizéiert Grenzen an der Mikrobiologie am Abrëll 2020 bericht datt Fraen déi fréi liwweren méi wahrscheinlech eng méi grouss Varietéit u Bakterien an hire Gebuertskanäl h
D'Kompositioun an d'Struktur vum nasopharyngealen Mikrobiom bezéien sech op d'Gravitéit vun der COVID-19 Krankheet
Viral Infektiounen si verbonne mat Verännerungen am ieweschten Atmungstrakt/Nasopharyngeal (NP) Mikrobiom. Zousätzlech, vill Studien hypothetizéieren dMéiglechkeeten vun Super Infektiounen wéinst ënne
Mënschen versus Virussen - Kënne mir Ausstierwen an nächster Zukunft vermeiden?
Expert behaapt datt mënschlech verursaacht Ännerungen an der Ëmwelt zu der Entstoe vu Pathogener féiere kënnen, net nëmme vu baussen awer och vun eisem eegene Mikrobiom, déi de Wee fir grouss Skala Ze
