In silico analyysi mahakarsinooman Serial analyysi Gene Expression kirjastojen paljastaa eri liittyviä profiileja etnisyys

In silico analyysi mahakarsinooman Serial analyysi Gene Expression kirjastojen paljastaa eri liittyviä profiileja kansallisuus
Abstract
Worldwide mahakarsinoo- on merkitty maantieteellisistä vaihteluista ja huonompi tulos potilailla lännestä verrattuna itään. Vaikka nämä erot on selitetty paremmin diagnostiset kriteerit, parannettu lavastus menetelmiä ja enemmän radikaaleja, uusia todisteita tukee ajatusta, että geenien ilmentymisen erot liittyvät etnisyyteen voisi edistää tätä erilaisia ​​lopputulokseen. Täällä, keräsimme aineistot 4 normaalista ja 11 mahakarsinoo- Serial Gene Expression Analysis (SAGE) kirjastot kahdesta eri etnisten ryhmien. Kaikki normaalit SAGE kirjastoissa sekä 7 kasvain kirjastot olivat lännestä ja 4 kasvaimen kirjastot olivat idästä. Nämä aineistot vertaamme kirjeitse Analysis and Support Tree analyysi ja tiettyjä eroja tagit ilmaisun tunnistettiin merkitys Analyysi Microarray. Tunnisteita geeni toimeksiantoja suoritettiin CGAP-SAGE Genie tai TAGmapper. Analyysi globaalin transcriptome osoittaa selkeä ero normaalin ja kasvaimen kirjastojen kanssa 90 tageja ilmentyvät eri. Selkeä erottelu todettiin myös lännen ja idän kasvain kirjastojen kanssa 54 tageja ilmentyvät eri. Tunnisteita geenin tehtäviä tunnistettu 15 geenejä, joista 5 on merkittäviä suurempi ekspressio länsimaissa kirjastoissa verrattuna itään kirjastoihin. qRT-PCR solulinjoissa lännestä ja itä alkuperää vahvisti nämä erot. Mielenkiintoisesti kaksi näistä geeneistä on liittynyt aggressiivisuutta (COL1A1 ja KLK10). Lopuksi löysimme että silico analyysi SAGE kirjastojen kahdesta eri etnisten paljastavat eroja geeniekspressioprofiili. Nämä ilmaisun erot saattavat osaltaan selittää erilaisia ​​tulos lännen ja idän.
Johdanto
mahakarsinoo- on toiseksi suurin syy syöpään liittyvät kuolemat maailmanlaajuisesti ja on merkitty maantieteelliset erot [1-3]. Havaittu etu 5 vuoden pysyvyys potilaista idästä kuin lännestä voi heijastaa eroja diagnostiset kriteerit, parempia lavastus menetelmiä ja radikaaleja [4]. Kuitenkin syntymässä näyttö tukee käsitystä, että etnisyys voi edistää erilaisia ​​mahakarsinoo- tulosten välillä idän ja lännen [4, 5]. Serial analyysi Gene Expression (SAGE) on kattava profilointi menetelmä, joka mahdollistaa maailmanlaajuisen, puolueeton ja kvantitatiivinen luonnehdinta transcriptomes [6]. Merkittävä etu SAGE on, että kun normalisoitu on mahdollista suoraan verrata tasoa tunnisteiden syntyy yhden kokeen muu käytettävissä [7]. Saadakseen käsityksen eroista mahakarsinoo- transcriptomes joka voisi selittää erilaisia ​​tuloksia välillä idän ja lännen täällä vertaamme aineistoja viidestätoista SAGE kirjastojen johdettu normaalista ja mahakasvaimen kudoksia japanilaisten ja amerikkalaisten mahalaukun syöpäpotilaiden korrespondenssianalyysi, Support puu ja merkitys analyysi Microarray varten merkitysarvo tagit ja geeni valinta. Löysimme geenit ilmentyvät differentiaalisesti välillä normaalin ja kasvaimen SAGE kirjastot sekä kasvain kirjastot idästä ja lännestä. Nämä differentiaalisesti ilmentyvien geenien selittäisi huonompi eloonjäämisaste länsimaissa verrattuna itään. Tool Menetelmät
sarjanumero analyysit Gene Expression data
Viisitoista mahalaukun SAGE kirjastot (4 normaalia ja 11 kasvain) Cancer Genome Anatomy Project (CGAP) [7] yhdistettiin analyysiä varten. Vain kirjastot 10 emäsparin tageja ja sama leikkaus entsyymit (BsmFI ja Nlalll) on mukana tässä tutkimuksessa. Normaali kirjastot koostuvat kudoksen allas (GSM784 ja GSM14780) tai mikropaloitelluista näytteitä (CGAP_MD_13S ja CGAP_MD_14S) ja tuotettiin El-Rifai et ai [8] Virginiassa, Yhdysvalloissa. Mahakasvaimen kirjastot koostuvat viidestä kirjastojen, kolme mikropaloitelluista (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329), kaksi ensisijaista kasvaimet (GSM757 ja GSM2385) sekä kaksi ksenograftit (GSM758 ja GSM14760) kaikki Länsi potilaiden ja tuottama El-Rifai et ai [8] myös Virginia, USA ( "West kasvain kirjastot") ja 4 kirjastot (GSM7800, GSM8505, GSM8867 ja GSM9103) kaikkea japanilainen potilaista tuottama Oue et al [9] Hiroshimassa, Japanissa ( "East kasvain kirjastot"). Sisältävä tietokanta 121409 eri tunnisteita synnytettiin kirjastoja, joilla on välillä 9000 ja 34000 ainutlaatuisia tunnisteita. Näin ollen vain kirjasto GSM9103 poistettiin, koska sen ainutlaatuinen tunniste määrä oli liian alhainen (noin 6000 ainutlaatuinen tunnisteet). Taajuus jokainen merkin normalisoitiin jakamalla se kokonaismäärä tunniste vastaava numero kirjaston ja kertomalla 200000 tunnisteet (CGAP normalisointi muodossa). Valikoima prosessi vähentää melua valtavasti tunnisteet kerätään suoritettiin. Tämä valintakriteeri oli i) "tageja löytyy kaikissa normaaleissa kirjastoissa
" vs. "tageja löytyy kaikista kasvaimen kirjastoissa
" ja ii) "tageja löytyy kaikista West kasvaimet kirjastot
" vs. "tageja löytyi kaikissa Itä kasvaimet kirjastoissa
". Instituutti genomitutkimuksen ohjelmistojen MultiExperiment Viewer [10] käytetään suorittamaan seuraava analyysi: i) korrespondenssianalyysi (COA) tutkimaan assosiaatioita näytteitä, jotka ovat yleensä samanlaisia ​​profiileja ii) tuki Tree esittää tilastollista tukea toistettuasi ainakin 1000 kertaa analyysin resampling korvausinvestointeihin (Bootstrap-menetelmä) näytteissä on samankaltaisia ​​profiileja ja iii) merkitys analyysi Microarray (SAM) valitse tunnisteet, joiden ilmentyminen oli merkitsevästi erilainen näytteiden välillä. Yhdistys tunnisteita geenien oli suoritustyyppi SAGE Genie [11] tai TAGmapper [12], kun ei yhdistys löysi SAGE Genie. Voit ennustaa toiminnallisia luokkien selityksin geenien FatiGO + väline Babelomics [13, 14] sovellettiin. Oikaisemattomaan p-arvo antama Babelomics käytettiin, koska pieni määrä geenejä analysoidaan tehnyt sopivampi kuin oikaistu-False Discovery Rate (FDR) arvo.
Quantitative Real-Time Reverse-transkriptio PCR
Quantitative real- aika Käänteiskopiointia PCR (qRT-PCR) suoritettiin kaksi Länsi solulinjoissa (AGS, N87) ja yksi Itä solulinja (MKN45). Kokonais-RNA uutettiin käyttäen Trizol (Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA) valmistajan suositusten mukaisesti. RNA-pitoisuus määritettiin mittaamalla absorbanssi 260 nm: ssä, ja laatu varmistettiin eheys 28S ja 18S rRNA etidiumbromidivärjäyksen jälkeen kokonais-RNA näytteistä alistettiin 0,8% agaroosigeelielektroforeesilla. Yhteensä cDNA syntetisoitiin MMLV (Moloney hiiren leukemiavirus) käänteistranskriptaasia (Thermoscript RT; Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA). Käänteistranskriptio-PCR suoritettiin käyttäen 1 ug solun kokonais-RNA: n cDNA-. qRT-PCR suoritettiin käyttäen LightCycler-FastStart DNA Master SYBR Green I -kittiä (Roche Molecular Biochemicals, Mannheim, Saksa). Suunnittelimme geeni-spesifisiä alukkeita ihmisen PDFGR (5 'AGCTGATCCGTGCTAAGGAA 3' ja 5 'CGACCAAGTCCAGAATGGAT 3') ja RPL13 (5 'GAGGAGGCGGAACAAGTCC 3' ja 5 'TCAGCAGAACTGTCTCCCTTC 3') ja edellytykset monistamisen ovat saatavilla pyynnöstä. Yksi sulava käyrä huippu havaittiin kunkin tuotteen, mikä vahvistaa puhtauden kaikkien monistettujen cDNA tuotteita. QRT-PCR tulokset olivat normalisoitiin GADPH (5 'CGGGAAGCTTGTCATCAATGG 3' ja 5 'CATGGTTCACACCCATGACG 3'), joka oli vain hyvin vähäisiä eroja kaikissa testatuissa solulinjoissa. Analyysi suorittamista by LightCyclerin ohjelmisto 3.0. Ylityspaikoista (alussa PCR eksponentiaalisen vaiheen) arvioitiin toisen johdannaistuotteita suurin menetelmä ja kuvattiin funktiona standardien pitoisuudet.
Tulokset
Tunnisteet johdonmukainen ilmentyminen normaalissa ja kasvaimen SAGE kirjastot
valintaprosessi löytää SAGE tunnisteita, jotka johdonmukaisesti ilmaistaan ​​"kaikissa normaaleissa kirjastot
" vs. "kaikki kasvain kirjastot
" johti 2437 tunnisteita. Kuten on esitetty kuviossa. 1, COA osoittaa selkeä erottaminen toisistaan ​​normaalin kirjastojen ja idän ja lännen kasvain kirjastoissa. Sama COA kolmiulotteisen tontti (osuus 56% koko inertia) on tarkempia yksityiskohtia asema kunkin kirjaston (ks Additional File 1). Nämä tulokset varmistettiin Support Tree käyttämällä Pearsonin korrelaatio ja Keskimäärin yhdistäminen (ks Additional File 2). Seuraavaksi tunnistaa SAGE tunnisteita ilmentyvät eri normaalin ja kasvaimen näytteitä, suoritimme SAM, joiden delta-arvo 1,38 laskettuna säilyttää FDR lähellä 0 (todennäköisyys löytää merkittäviä tagit pelkästään sattumalta), 1001 ainutlaatuinen permutaatioiden ja kertamuutos = 10. Tämä lähestymistapa paljasti 90 tagit ilmentyvät eri normaalin ja kasvaimen kirjastoja, joilla on samanlainen käyttäytyminen sekä kasvaimen ryhmille (Fig. 2). Näistä 90 tunnisteet 78 oli alassäädetty ja 12 tunnisteet sääteli. Kuva 1 korrespondenssianalyysi normaalin ja kasvaimen SAGE kirjastoja vatsaan. Kaksiulotteinen tontti näkyy jos vihreitä pisteitä edustavat kaikki normaali kirjastot, siniset pisteet ovat Itä kasvain kirjastot, ja punainen, oranssi ja keltainen pisteet ovat West kasvain kirjastoja, mikropaloitelluista, ksenografti- ja bulk vastaavasti.
Kuva 2 Serial Analyysi Microarray normaalin ja kasvaimen SAGE kirjastoja vatsaan. Vasemmalle ja näytetään vihreä väri, merkittävät korkeammat tunnisteet ilme normaalissa kirjastoissa; oikealle ja näkyy punaisena, merkittävät korkeammat tunnisteet ilmaisua kasvain kirjastoissa.
valinta syrjivien tunnisteiden idän ja lännen välillä SAGE kirjastot
Koska kasvain puolella COA osoittaa 2 ryhmää, joista toinen sisältää kaikki Itä kirjastot ja muut sisältää kaikki West kirjastot, etsittiin syrjivät elementit molempien kasvainten kirjastojen. Siten uusi valintaprosessi löytää tunnisteita, jotka johdonmukaisesti ilmaistaan ​​"kaikissa Itä kasvaimet
" vs. "kaikki West kasvaimet
" johti 3952 tunnisteita. Toinen tuki Tree käyttäen Pearsonin korrelaatio ja Keskimäärin Kytkös suoritettiin. Kuten on esitetty kuviossa. 3, puu näyttää järjestäytynyt rakenne, jolla on suuri luottamus määrin niiden oksat (90% -100% tuki), antama suuri määrä syrjivät elementit (tagit) erottuva perheiden ja subfamilies (Additional File 3 esittää täyttä dendrogrammia ). On olemassa kaksi pääasiallista klustereita, yksi sisältää kaikki West kirjastot ja muut sisältää kaikki East kirjastoissa. West klusteri sisältää kaksi erillistä subclusters, ensimmäinen sisältää 3 mikropaloitelluista kirjastot (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29 ja CGAP_MD_G329) ja toinen sisältää ensisijaisen kasvaimia (GSM757 ja GSM2385) ja ksenograftit (GSM758 ja GSM14760). Itä klusteri sisältää keskeisen parin (GSM8505 ja GSM8867 kirjastot), joka tulee histologiseen hyvin eriytetty kasvaimia ja kolmas kirjasto (GSM7800), joka on peräisin histologisen huonosti eriytetty kasvain. Seuraavaksi tunnistaa SAGE tunnisteita ilmentyvät eri lännen ja idän kasvain kirjastot, teimme SAM käyttäen samoja edellä mainitut kriteerit. Tämä lähestymistapa paljasti 54 tageja ilmentyvät eri (Fig. 4). Näistä 8 tunnisteet oli säädelty lännessä kasvaimia ja 46 tunnisteet olivat säädelty idässä kasvaimia. Kuva 3 Tuki Tree normaalin ja kasvaimen SAGE kirjastoja vatsaan. Kaistat 1-4 normaalia kirjastot (CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780), kaistat 5-11 West kasvaimen kirjastot (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) ja kaistat 12-14 East kasvaimen kirjastot (GSM7800, GSM8505 ja GSM8867). Vain yläosassa dendrogram- Tässä näytetään. Täydellinen Dendrogrammi näkyvät Additional File 3.
Kuva 4 Serial Analyysi Microarray itään ja länteen mahakarsinoo- SAGE kirjastoissa. Vasemmalle ja esitetään oranssi väri, merkittävät korkeammat tunnisteet ilme West kasvain kirjastot; oikealle ja esitetään sinisellä, merkittävät korkeammat tunnisteet ilme idässä kasvain kirjastoissa.
Mapping SAGE tunnisteita geenien
kartoittamiseen ilmentyvät eri SAGE tunnisteita geenejä käytimme CGAP-SAGE Genie ja /tai TAGmapper resursseja. Niistä 90 tagit ilmentyvät eri normaalin ja kasvaimen kirjastoja, vain 53 tageja olivat onnistuneesti tehtävän geenit (taulukko S1 ja Taulukko S2 [Additional tiedostoja 4 & 5]). Geenit kuten GIF, CPA2, DRD5, CLIC6, ATP4A, LiPF, GKN1 ja PGA5 näkyvät kaikkein tukahdutettu geenejä, kun taas TRAPPC5, KRT7, MTHFD1, TMBIM1, PDIA3 ja PPGB geenit näyttävät joukossa yli-ilmennetty geenejä. Toisaalta, joukossa 54 tagit ilmentyvät eri lännen ja idän tuumorikirjastoista vain 15 tageja jossa onnistuneesti liittyvät geenit (taulukko 1). FatiGO + analyysi osoitti, että kasvaimen kirjastot oli merkitsevästi enemmän ilmaisi liittyvistä geeneistä "solu organisaatio ja biogeneesin" (GO: 0016043), KRT7, PDIA3, PPGB ja TRAPPC5 (p = 0,005); ja "ligaasiaktiivisuus" (GO: 0016874), UBE2S ja MTHFD1 (p = 0,028) kuin normaali kirjastoista ,. Sama vertailu osoitti merkitsevästi vähemmän ilmaisi liittyvistä geeneistä "kiinteä aikaan solukalvon" (GO: 0016021), ADORA1, UGT2B15, DRD5, SYNE2, ATP5J2, KCNE2, ATP4A, KDR, PTGER3 ja PPAP2B (p = 0,016). Toisaalta, vertailu geenien differentiaalisesti ilmaisi lännen ja idän kasvaimen kirjastoista osoittivat, että Länsi-kasvaimia oli merkittävästi enemmän ilmentyvien geenien, jotka liittyvät "ectoderm kehitys" (GO: 0007398) (COL1A1 esitetty Fig. 5, myös KLK10, KRT17, EMP1, ja CCDC12) (p = 0,018). Kuitenkin Itä kasvaimia oli lähellä merkittävää enemmän ilmaisi liittyvistä geeneistä "solujen aineenvaihduntaan" (GO: 0044237) PDGFRA, MAPK13, MECR, AKR1C2, RPL13, HLX1 ​​ja ADH4 (p = 0,066). Koska ainakin kaksi näistä "ectoderm kehittämistä" geenejä (COL1A1 ja KLK10) on todettu säädellään ylöspäin kehittynyt mahasyöpä [9, 15] meidän havainnoista saattaisi ehdottaa lisää aggressiivisuutta lännen kasvaimia. Kuva 5 Expression tasoa COL1A1 liittyvän tunnisteen (TGGAAATGAC) kasvainkirjastoista. Bars 1-7 vastaavat kaikkiin West kasvaimen kirjastot (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 ja baareja 8-10 vastaavat kaikkiin East kasvaimen kirjastot (GSM7800, GSM8505, GSM8867). Tunniste normalisoitu ekspressiotaso näkyy CGAP muoto arvo (Tags per 200000) piirretään logaritmisella asteikolla.
Taulukko 1 merkittävän korkeammat tunnisteet ilmentymisen merkittävä Analyysi Microarray lännen ja idän kasvain SAGE kirjastoissa. Vain tunnisteet onnistuneesti liitetty geenistä esitetään. tunnisteet lajitellaan on merkitys alenevassa järjestyksessä, ensin tunnisteet ilmentyy suuresti idässä ja sitten ne ilmentyy suuresti länsimaissa.
Tags
Gene Symbol
Protein Name
nro Länsi kirjastot, joissa esillä
West kasvaimen keskimääräinen (Tags per 200000)
N: Itä kirjastot, joissa esillä
East kasvaimen keskimääräinen (Tags per 200000)
TGATTGGTGG
PDGFRA
Verihiutalekasvutekijät kasvutekijän reseptorin, alfa-polypeptidiä
3
1.88
3
115,05
GGCTGGGTTT
HLX1 ​​
H2.0 kaltainen homeo box 1 (Drosophila) B 2
1,04
3
59.13
TCCGTCCGGA
RPL13
ribosomaalinen proteiini L13
3
1,36
3
39,56
ATCTGGAGCA
ADH1C
alkoholidehydrogenaasi 1C (luokka I), gamma-polypeptidi
3
5,99
3
294,91
TGCTCCTACC
FCGBP
Fc-fragmentti IgG sitovan proteiinin
4
4,91
3
111,10
TACCCTGGAA
ADH4
alkoholidehydrogenaasi 4 (luokka II), pi polypeptidi
3
3,35
3
56,30
AGGTCTGCCA
AKR1C2
Aldo-keto-reduktaasin perhe 1 jäsen C2 (dihydrodioliksi dehydrogenaasi 2; sappihappoa sitova proteiini; 3-alfa hydroksisteroididehydrogenaasi, tyyppi III) B 3
1,53
3
38.50
GCACCACCGG
MAPK13
mitogeeniaktivoidut proteiinikinaasi 13
0
0
3
10,62
GGAGGGGAGG
MECR
Mitokondrioiden trans-2-enoyyli-CoA
1
0,55
3
15.72
CTTCCTTGCC
KRT17
Keratiini 17
7
220,64
0
0
TAATTTGCAT
EMP1
Epiteelikalvon proteiini 1
7
43.26
0
0
TAAGGCTTAA
KLK10
Kallikrein 10
7
20.35
0
0
TGGAAATGAC
COL1A1
Kollageeni, tyyppi I, alfa 1
7
294,99
2
14,36
TGGATGTACA
CCDC12
Coiled-kela domain sisälsi 12
7
21.69
0
0
validointi geenien differentiaalisesti ilmaisi idän ja lännen välissä kasvaimen SAGE kirjastot
To validoitu meidän SAGE tietojen analysointi kaksi geeniä merkittävästi enemmän ilmaistu idässä kasvaimet (PDGFRA ja RPL13) tutkittiin edelleen kolmessa solulinjoissa, kaksi lännestä (AGS ja N87) sekä yksi idästä (MKN45). qRT-PCR esittää suhdetta 825 PDFGR (MKN45 /N87) ja 4,68 varten RPL13 (MKN45 /AGS) (Fig. 6). Näin ollen nämä tiedot vahvistavat havaittu ero geenin ilmentymisen SAGE kasvaimen kirjastoissa. Mielenkiintoista on, että suuruudet geeniekspression eroja solulinjoissa olivat samanlaisia ​​kuin on SAGE kasvaimen kirjastoissa. Kuvio 6 monistaminen PDGFRA (A) ja RPL13 (B) mRNA: n qRT-PCR: llä. (A) sininen viiva on Itä solulinja (MKN45) ja punainen viiva on West solulinja (N87). (B) sininen viiva on Itä solulinja (MKN45) ja punainen viiva on West solulinja (AGS). Molemmat geenit yliekspressoitujen idässä (MKN45) solulinjassa.
Keskustelu
Tuloksemme, jotka perustuvat kahden ei-valvottua analyysit, COA ja tuki Tree, viittaavat kuitenkin suuressa määrin erilaista ilmaisua profiilia kasvain SAGE kirjastojen sekä erot normaalin ja kasvaimen näytteitä. Nämä erot ilmennystasoissa saattaa olla vaikutusta tunnustettu parempi eloonjäämisen Itä potilaiden verrattuna länteen. Sekä, COA ja tuki Tree esittävät kahta klustereiden (microdissected ja ei-mikropaloitelluista näytettä) sekoitetaan epäselvästi, mikä viittaa siihen, että heterogeenisyys normaali näyte ei vähentää mikrodissektion. Tämä saattaa selittyä useiden solun toimintaan normaalien solujen verrattuna kasvainsolujen [16]. Kuitenkin joukossa kasvain kirjastot, tiukka ryhmittymä mikropaloitelluista kasvainten havaittiin. Nämä havainnot viittaavat siihen, että kasvu puhtauden näytteen parantaa homogeenisuus tuloksia. Naapurustossa ksenograftien korostetaan myös kasvua homogeenisuuden mutta eroavat mikropaloitelluista kasvain näytteet koska ne ryhmän eri subclusters. Tämä ero johtuu todennäköisesti hienovaraisia ​​muutoksia transcriptomes antaa erilainen geneettinen ympäristö, kuten mikroympäristön annetaan ympäröivien eläinten kudoksiin [17]. Toisaalta, ei-mikropaloitelluista kirjastoja havaittiin enemmän hajallaan COA analyysi, luultavasti siksi näytteen saastuminen ja epäyhtenäisyys.
FatiGO + Tulokset osoittavat, että kasvainsolut ovat ominaista ylössäätöä liittyvien geenien soluorganisaatiota , biogeneesissä ja soluproliferaatiota ja alas-säätely liittyvistä geeneistä solu-solu viestintä. Haun jälkeen tiettyjä eroja lännen ja idän kasvain kirjastot, huomasimme, että suurin osa merkittävästi erilainen tunnisteita on suurempi ilmaus idässä verrattuna lännen kasvaimia. Näyttää siis siltä, ​​että keskimääräinen ekspressiotaso West näytteiden laskee enemmän kuin idässä näytteet, luultavasti siksi laajempaa geenin tukahduttamisesta.
Niistä 5 geenit tunnistetaan aiempaa suurempi ilme länsimaissa kirjastoissa vähintään kaksi (COL1A1 ja KLK10) on yhdistetty invasiivisuus ja taudin etenemiseen [9, 15]. COL1A1 on raportoitu liittyvän kehittyneempiä kasvain vaiheessa 46 mahakarsinoo- tapauksissa [9]. KLK10 on raportoitu säädellään ylöspäin mahalaukun sekä peräsuolen karsinoomat ja liittyy hyökkäyksen ja kehittyneempien kliinisessä vaiheessa molempien kasvainten [15]. Lisäksi KRT17 on todettu säädellään ylöspäin ihmisen ruokatorven okasolusyöpä (ESCC) ja liittyvät invasiivisuus [18]. Toinen geeni, EMP1 on liittynyt erittäin proliferatiivisen solutyyppejä hiiren aivojen kasvaimissa [19]. Vain CCDC12 geeni ei ole saatavissa kliinisiä tietoja ja puuttuu myös GO merkintöjä. QRT-PCR-analyysi solulinjoissa vahvistettiin SAGE tulokset ja vahvisti yli-ilmentyminen PDFGR ja RPL13 idässä kasvain kirjastoja.
Yhteenvetona me raportoimme tässä, että vallitseva säätely ylöspäin invasiivisen ja metastaattisen geenien West kasvain kirjastot saattavat johtaa entistä pahanlaatuinen sairaus, jossa on huonompi selviytymisen. Yhdessä nämä havainnot voisi päätellä, että ilmennetty eri geenit saattavat myötävaikuttaa selittää havaittu eroja havaittu tulos mahakarsinooman välillä idän ja lännen. Lopuksi meidän analyysi on esimerkki siitä, miten laskennallisen biologian voivat tehokkaasti auttaa biolääketieteen tutkijat tunnistamaan molekyylitason mekanismeja taudin [6].
Julistukset
Kiitokset
Kiitämme David S. Holmes ja Gonzalo Riadi keskustasta for bioinformatiikan ja Genome Biology, Life Science Foundation - Andres Bello yliopisto, Santiago, Chile ja Wael El-Rifai päässä Surgical Oncology Branch Vanderbilt Ingram Cancer Center, Vanderbilt University, Nashville, TN, USA, on aina hyödyllistä keskustella käsikirjoituksen. Tätä työtä tukivat Chilen hallituksen tutkimusapurahoja FONDECYT 1030130 ja FONIS SA06I20019 sen AHC.
Elektroninen oheismateriaali
12943_2007_313_MOESM1_ESM.png Additional Tiedosto 1: korrespondenssianalyysi normaalin ja kasvaimen SAGE kirjastoja mahan 3 mitat. Tiedot tarjotaan edustavat kolmiulotteinen juoni, jossa vihreitä pisteitä edustavat kaikki normaali kirjastot, siniset pisteet ovat Itä kasvain kirjastot, ja punainen, oranssi ja keltainen pisteet ovat West kasvain kirjastoja, mikropaloitelluista, ksenografti- ja bulk vastaavasti. X-akseli on harmaa, Y-akselilla on sininen, ja Z-akseli on vaaleanpunainen. Luku on hieman kierretään oikealle ja alas paremmin osoittaa kasvaimen kirjastojen aseman tontti 3-D avaruudessa. (PNG 25 KB) 12943_2007_313_MOESM2_ESM.png Muita Tiedosto 2: Täydellinen luku Tuki klusterointi Analyysi normaalin ja kasvaimen SAGE kirjastoja vatsaan. Luku edellyttäen edustavat normaali kirjastojen CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780 (linjat 1-4), West kasvain kirjastot CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 (linjat 5-11) ja Itä tuumorikirjastoista GSM7800, GSM8505, ja GSM8867 (kaistat 12-14). (PNG 124 KB) 12943_2007_313_MOESM3_ESM.png Muita Tiedosto 3: Täydellinen luku Tuki klusterointi Analyysi Länsi- ja Itä-kasvain SAGE kirjastoja vatsaan. Luku edellyttäen edustavat West kasvain kirjastot (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) (kaistat 1-7) ja Itä kasvaimen kirjastot (GSM7800, GSM8505 ja GSM8867) (kaistat 8-10). (PNG 209 KB) 12943_2007_313_MOESM4_ESM.doc Muita Tiedosto 4: Taulukko S1. Merkittävä korkeammat tunnisteet ilmaisua Normal Merkittäviä Analyysi Microarray Normaali tai kasvain SAGE kirjastoissa. Vain tunnisteet onnistuneesti liittyvät tiettyyn geenin näkyvät. Tunnisteet lajitellaan on merkitys alenevassa järjestyksessä. (DOC 65 KB) 12943_2007_313_MOESM5_ESM.doc Muita Tiedosto 5: Taulukko S2. Merkittävä korkeammat tunnisteet ilmaisua kasvain Merkittäviä Analyysi Microarray Normaali tai kasvain SAGE kirjastoissa. Vain tunnisteet onnistuneesti liittyvät tiettyyn geenin näkyvät. Tunnisteet lajitellaan on merkitys alenevassa järjestyksessä. (DOC 31 KB) Tekijät "alkuperäiset toimitti asiakirjat kuville
Alla linkkejä kirjoittajien alkuperäiset toimitti asiakirjat kuville. 12943_2007_313_MOESM6_ESM.png Kirjoittajien alkuperäinen tiedosto kuvio 1 12943_2007_313_MOESM7_ESM.png Kirjoittajien alkuperäinen tiedosto kuvio 2 12943_2007_313_MOESM8_ESM.png Kirjoittajien alkuperäinen tiedosto kuvio 3 12943_2007_313_MOESM9_ESM.png Kirjoittajien alkuperäinen tiedosto kuvio 4 12943_2007_313_MOESM10_ESM.png Kirjoittajien alkuperäisen tiedoston luku 5 12943_2007_313_MOESM11_ESM.png Kirjoittajien alkuperäisen tiedoston luku 6

• EBNA1 sitova ja epigeneettiset sääntelyn gastrokine tuumorisuppressorigeeneille mahalaukun karsinooma cells
• Tunnistaminen voimassa viite geenien geeniekspression tutkimuksia ihmisen mahasyöpä käänteistranskriptiolla-qPCR