Análisis in silico de carcinoma gástrico serie Análisis de las bibliotecas de expresión genética revela distintos perfiles asociados a ethnicity

análisis in silico de carcinoma gástrico serie Análisis de las bibliotecas de expresión genética revela distintos perfiles asociados a la etnia
Resumen
carcinoma gástrico Worldwide ha marcado variaciones geográficas y peor pronóstico en pacientes de Occidente en comparación con el Este. A pesar de estas diferencias ha sido explicado por mejores criterios de diagnóstico, métodos mejorados de parada y una cirugía más radical, la evidencia emergente apoya el concepto de que las diferencias de expresión de genes asociados con el origen étnico podrían contribuir a este resultado dispar. A continuación, se recogieron los conjuntos de datos de las bibliotecas 4 normal y 11 de carcinoma gástrico gen de serie Análisis de Expresión (SAGE) a partir de dos grupos étnicos diferentes. Todas las bibliotecas SAGE normales, así como 7 bibliotecas tumorales fueron de Occidente y 4 bibliotecas tumorales eran de Oriente. Estos conjuntos de datos que comparamos mediante análisis específicos y diferencias análisis de correspondencias y árbol de soporte en la expresión de las etiquetas se identificaron mediante análisis de significación para microarrays. Etiquetas a las asignaciones de genes se llevaron a cabo por el CGAP SAGE Genie o TAGmapper. El análisis del transcriptoma mundial muestra una clara separación entre las bibliotecas normales y tumorales con 90 etiquetas expresados ​​diferencialmente. Una clara separación también se encontró entre Occidente y las bibliotecas tumorales del Este con 54 etiquetas expresados ​​diferencialmente. Etiquetas a las asignaciones gen identificado 15 genes, 5 de ellos con un peso significativo la expresión más alta en las bibliotecas West en comparación con las bibliotecas del Este. QRT-PCR en líneas celulares de origen occidental y oriental confirmó estas diferencias. Curiosamente, dos de estos genes se han asociado a la agresividad (COL1A1 y KLK10). En conclusión, se encontró que el análisis in silico de las bibliotecas SAGE de dos etnias diferentes revelan diferencias en el perfil de expresión génica. Estas diferencias de expresión podrían contribuir a explicar los resultados dispares entre Occidente y Oriente.
Introducción
carcinoma gástrico es la segunda causa principal de muerte relacionada con el cáncer en todo el mundo y ha marcado variaciones geográficas [1-3]. La ventaja observada en la tasa de supervivencia a 5 años de los pacientes de Oriente que de Occidente puede reflejar diferencias en los criterios de diagnóstico, mejores métodos de estadificación y la cirugía más radical [4]. Sin embargo la evidencia emergente apoya el concepto de que la etnicidad podría contribuir a los resultados de carcinoma gástrico dispares entre el este y el oeste [4, 5]. Análisis de serie de la expresión génica (SAGE) es un método de perfiles integral que permite la caracterización global, objetiva y cuantitativa de transcriptomes [6]. Una ventaja importante de SAGE es que una vez normalizado es posible comparar directamente los niveles de las etiquetas generadas por un solo experimento con cualquier otro [7] disponible. Para hacerse una idea de las diferencias entre transcriptomes de carcinoma gástrico que podrían explicar los resultados dispares entre el este y el oeste que aquí se comparan los conjuntos de datos de quince bibliotecas SAGE derivadas de tejidos normales y gástricas tumorales de pacientes con cáncer gástrico japoneses y estadounidenses mediante el análisis de correspondencias, Soporte Análisis del árbol y el significado de microarrays para las etiquetas significativas y selección de genes. Hemos encontrado genes específicos expresados ​​diferencialmente entre las bibliotecas SAGE normales y tumorales, así como las bibliotecas de tumores de Oriente y Occidente. Estos genes expresados ​​diferencialmente podría explicar la tasa de supervivencia es peor en Occidente en comparación con el Este.
Métodos
Los análisis en serie de los datos de expresión génica
Quince bibliotecas SAGE gástricos (4 normales y tumorales 11) de Anatomía del Genoma del Cáncer proyecto (CGAP) [7] se combinaron para el análisis. Sólo bibliotecas con 10 bp etiquetas y las mismas enzimas de corte (BsmFI y NlaIII) fueron incluidos en este estudio. bibliotecas normales consisten en un tejido piscina (GSM784 y GSM14780) o de las microdisecciones (CGAP_MD_13S y CGAP_MD_14S) y fueron producidos por El-Rifai et [8] al en Virginia, EE.UU.. bibliotecas de tumores gástricos constan de cinco bibliotecas, tres microdisecado (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329), dos tumores primarios (GSM757 y GSM2385) y dos xenoinjertos (GSM758 y GSM14760) todos de los pacientes occidentales y producidos por El-Rifai et al [8] también en Virginia, EE.UU. ( "bibliotecas tumorales West") y 4 bibliotecas (GSM7800, GSM8505, GSM8867 y GSM9103) todos de los pacientes japoneses producidos por [9] ( "bibliotecas tumorales Este") Oue et al en Hiroshima, Japón. Una base de datos que contiene 121,409 etiquetas diferentes se genera a partir de las bibliotecas que tienen entre 9.000 y 34.000 etiquetas únicas. Por lo tanto, sólo se GSM9103 biblioteca fue eliminado debido a que su única cuenta de etiquetas era demasiado bajo (alrededor de 6.000 etiquetas únicas). La frecuencia de cada etiqueta se normalizó dividiendo con el número total de etiquetas de la biblioteca correspondiente y multiplicando por 200.000 etiquetas (formato de normalización CGAP). Un proceso de selección para reducir el ruido a partir de una enorme cantidad de etiquetas recogidos se realizó. Este criterio de selección fue i) "las etiquetas que se encuentran en todas las bibliotecas normales
" frente a "etiquetas encuentran en todas las bibliotecas tumorales
" y ii) "se han encontrado etiquetas en todos los tumores bibliotecas West
" etiquetas "que se encuentran vs. en todos los tumores del este de bibliotecas en ". El Instituto para el software de Investigación Genómica MultiExperiment Visor [10] fue utilizado para realizar el siguiente análisis: i) Análisis de Correspondencias (COA) para explorar las asociaciones entre las muestras que tienden a tener perfiles similares ii) Árbol de Apoyo a la muestra el apoyo estadístico después de repetir al menos 1000 veces el análisis de remuestreo con reemplazo (método Bootstrap) para muestras con perfiles similares y iii) Importancia de Análisis de Microarray (SAM) para seleccionar las etiquetas cuya expresión fue significativamente diferente entre las muestras. La asociación de las etiquetas a los genes era realizar por SAGE Genie [11] o TAGmapper [12] cuando no se encontró asociación por SAGE Genie. Para predecir las clases funcionales de los genes anotados la herramienta FatiGO + de Babelomics [13, 14] se aplicó. Se utilizó el p-valor no ajustado dada por Babelomics debido al pequeño número de genes analizados hizo más apropiado que el valor ajustado por la Tasa de Falso Descubrimiento (FDR).
cuantitativa en tiempo real PCR de transcripción inversa cuantitativa real
tiempo transcripción inversa-PCR (QRT-PCR) se realizó en dos líneas celulares occidentales (AGS, N87) y una línea celular del este (MKN45). El ARN total se extrajo utilizando Trizol (Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA) según las recomendaciones del fabricante. La concentración de ARN se determinó midiendo la absorbancia a 260 nm, y la calidad se verificó por la integridad de 28S y 18S rRNA después de la tinción con bromuro de etidio de muestras de ARN total a electroforesis en gel de agarosa al 0,8%. cDNA total fue sintetizado con MMLV (virus de la leucemia murina de Moloney) transcriptasa inversa (RT ThermoScript; Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA). Transcripción inversa-PCR se realizó con 1 ug de RNA celular total para generar ADNc. QRT-PCR se realizó con un kit LightCycler FastStart DNA-Maestro SYBR Green I (Roche Molecular Biochemicals, Mannheim, Alemania). Hemos diseñado cebadores específicos de genes para PDFGR humana (5 'AGCTGATCCGTGCTAAGGAA 3' y 5 'CGACCAAGTCCAGAATGGAT 3') y RPL13 (5 'GAGGAGGCGGAACAAGTCC 3' y 5 'TCAGCAGAACTGTCTCCCTTC 3') y las condiciones de amplificación están disponibles bajo petición. Se observó un pico de curva de una sola masa fundida para cada producto, lo que confirma la pureza de todos los productos de ADNc amplificados. Los resultados QRT-PCR se normalizaron a GADPH (5 'CGGGAAGCTTGTCATCAATGG 3' y 5 'CATGGTTCACACCCATGACG 3'), que tenía una variación mínima en todas las líneas celulares ensayadas. Análisis realizaba por software LightCycler 3.0. Los puntos de cruce (comienzo de la fase exponencial de la PCR) fueron evaluados por el segundo método de máxima Derivadas y relación con las concentraciones de los estándares.
Resultados
Etiquetas con expresión consistente en las bibliotecas SAGE normales y tumorales comentario El proceso de selección para encontrar SAGE etiquetas que se expresaron en forma consistente "todas las bibliotecas normales
" "todas las bibliotecas tumorales
" vs. dieron lugar a 2.437 etiquetas. Como se muestra en la Fig. 1, COA muestra clara separación entre las bibliotecas normales y tumorales bibliotecas Este y Oeste. Lo mismo COA en un gráfico tridimensional (que representan el 56% de la inercia total) muestra más detalles en la posición de cada biblioteca (véase el archivo adicional 1). Estos resultados fueron confirmados por un árbol de soporte utilizando la correlación de Pearson y varillaje de la media (véase el archivo adicional 2). A continuación, para identificar las etiquetas SAGE expresados ​​diferencialmente entre las muestras normales y tumorales, se realizó SAM, con un valor delta de 1,38 calculada para mantener el FDR cerca de 0 (probabilidad de encontrar etiquetas significativos simplemente por casualidad), 1001 permutaciones únicos y un factor de cambio = 10. Este enfoque reveló 90 etiquetas expresados ​​diferencialmente entre las bibliotecas normales y tumorales con un comportamiento similar para ambos grupos tumorales (Fig. 2). Entre estas etiquetas 90, 78 se redujeron regulado y 12 etiquetas fueron reguladas. Figura 1 Análisis de Correspondencias de las bibliotecas SAGE normales y tumorales del estómago. Un gráfico de dos dimensiones se muestra en los puntos verdes representan todas las librerías normales, los puntos azules son las bibliotecas tumorales del Este, y el rojo, naranja y amarillo son los puntos del oeste bibliotecas tumorales, microdisecado, xenoinjerto y mayor respectivamente.
Figura 2 Análisis de serie de microarrays de las bibliotecas SAGE normales y tumorales del estómago. A la izquierda y se muestra en color verde, las etiquetas significativas con mayor expresión en las bibliotecas normales; a la derecha y se muestra en color rojo, las etiquetas significativas con mayor expresión en las bibliotecas tumorales.
Selección de etiquetas discriminatorias entre bibliotecas Este y Oeste SAGE
Desde el lado de tumor de la COA muestra 2 grupos, uno que contiene todos las bibliotecas del este y los demás todas las bibliotecas que contienen West, se realizaron búsquedas de elementos discriminatorios entre las dos bibliotecas tumores. Por lo tanto, un nuevo proceso de selección para encontrar las etiquetas que se expresaron en forma consistente "todos los tumores Este
" frente a "todos los tumores West
" dieron lugar a 3.952 etiquetas. Se realizó otro árbol de soporte utilizando la correlación de Pearson y media de Vinculación. Como se muestra en la Fig. 3, el árbol muestra una estructura organizada con un alto grado de confianza en sus ramas (90% -100% de apoyo), propuesta por el gran número de elementos discriminatorios (tags) con las familias y subfamilias distintivos (el archivo adicional 3 muestra el dendrograma completa ). Hay dos grupos principales, uno contiene todas las bibliotecas del oeste y el otro contiene todas las bibliotecas del Este. El clúster West contiene dos subclusters distintivos, la primera contiene las 3 bibliotecas microdissected (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29 y CGAP_MD_G329) y el segundo incluye tumores primarios (GSM757 y GSM2385) y xenoinjertos (GSM758 y GSM14760). El clúster Este contiene un par central (GSM8505 y GSM8867 bibliotecas) que viene de histológica bien tumores diferenciados y una tercera biblioteca (GSM7800) que proviene de un mal histológico del tumor diferenciado. A continuación, para identificar las etiquetas SAGE expresados ​​diferencialmente entre Occidente y las bibliotecas tumorales del Este, hemos realizado una SAM con los mismos criterios mencionados anteriormente. Este enfoque reveló 54 etiquetas diferencialmente expresados ​​(Fig. 4). Entre estos, 8 etiquetas fueron hasta reguladas en los tumores Oeste y 46 etiquetas fueron hasta reguladas en los tumores del Este. Figura 3 Árbol de apoyo de las bibliotecas SAGE normales y tumorales del estómago. Carriles 1-4 bibliotecas normales (CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780), carriles 5-11 bibliotecas tumorales Occidental (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) y carriles 12-14 bibliotecas tumorales del Este (GSM7800, GSM8505 y GSM8867). Sólo se muestra aquí la parte superior del dendrograma. El dendrograma completa aparece en archivo 3.
Figura 4 Análisis de serie adicional de microarrays de Oriente y bibliotecas SAGE carcinoma gástrico Occidentales. A la izquierda y se muestra en color anaranjado, las etiquetas significativas con mayor expresión en las bibliotecas tumorales Occidental; a la derecha y se muestra en color azul, las etiquetas significativas con mayor expresión en las bibliotecas tumorales Oriente. etiquetas SAGE
Correlación de los genes Opiniones de mapeo expresados ​​diferencialmente SAGE etiquetas a los genes que utilizamos el CGAP SAGE Genie y /o TAGmapper recursos. Entre las 90 etiquetas expresados ​​diferencialmente entre las bibliotecas normales y tumorales, sólo 53 eran etiquetas con éxito la asignación a los genes específicos (Tabla S1 y S2 Tabla [archivos adicionales 4 & 5]). Los genes como GIF, CPA2, DRD5, CLIC6, ATP4A, LIPF, GKN1 y PGA5 aparecen entre los genes más reprimidos, mientras que TRAPPC5, KRT7, MTHFD1, TMBIM1, PDIA3 y PPGB genes aparecen entre los genes sobreexpresados. Por otro lado, entre las 54 etiquetas expresados ​​diferencialmente entre Occidente y las bibliotecas tumorales Oriente sólo 15 etiquetas, donde asocian con éxito a los genes específicos (Tabla 1). FatiGO + análisis mostró que las bibliotecas de tumores tenían genes expresados ​​significativamente más relacionados con "la organización celular y la biogénesis" (GO: 0016043), KRT7, PDIA3, PPGB y TRAPPC5 (p = 0,005); y "actividad ligasa" (GO: 0016874), UBE2S y MTHFD1 (p = 0,028) que las bibliotecas normales ,. La misma comparación reveló significativamente menos genes expresados ​​relacionados con la "parte integral de la membrana" (GO: 0016021), ADORA1, UGT2B15, DRD5, SYNE2, ATP5J2, KCNE2, ATP4A, KDR, PTGER3 y PPAP2B (p = 0,016). Por otra parte, la comparación de los genes expresados ​​diferencialmente entre Occidente y las bibliotecas tumorales del Este demostró que los tumores West tenían genes significativamente más expresadas similares a "desarrollo ectodermo" (GO: 0007398). (COL1A1 se muestra en la figura 5, también KLK10, KRT17, EMP1, y CCDC12) (p = 0,018). Sin embargo, los tumores del Este tenían cerca de importantes genes más expresados ​​relacionados con "metabolismo celular" (GO: 0044237) PDGFRA, MAPK13, MECR, AKR1C2, RPL13, HLX1 ​​y ADH4 (p = 0,066). Dado que al menos dos de estos genes de "desarrollo" ectodermo (COL1A1 y KLK10) se han encontrado hasta reguladas en el carcinoma gástrico avanzado [9, 15] nuestros hallazgos podrían sugerir más agresividad de los tumores Occidentales. Figura 5 Los niveles de expresión de etiqueta asociada COL1A1 (TGGAAATGAC) en las bibliotecas tumorales. Bares 1-7 corresponden a todas las bibliotecas tumorales (West CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 y bares 8-10 corresponden a todas las bibliotecas tumorales Medio (GSM7800, GSM8505, GSM8867). El nivel de expresión normalizado etiqueta aparece en el valor de formato CGAP (variables por 200.000) representan en una escala logarítmica.
Tabla 1 las etiquetas significativas con mayor expresión por análisis significativo para microarrays entre Occidente y las bibliotecas SAGE tumor Oriente. Sólo las etiquetas que se asociaron con un éxito gen específico se muestran. las etiquetas están ordenadas en un orden descendente importancia, en primer lugar las etiquetas altamente expresados ​​en el este y luego esos altamente expresado en Occidente.
Etiquetas
Gen Símbolo
Nombre de la proteína
N ° de bibliotecas West cuando está presente
medio del tumor (West Variables por 200.000)
N ° de bibliotecas del Este, donde presente
medio de los tumores del este (Variables por 200.000) guía empresas TGATTGGTGG
PDGFRA
derivado de las plaquetas-receptor del factor de crecimiento, polipéptido alfa página 3
1.88 página 3
115.05
GGCTGGGTTT
HLX1 ​​
H2.0-como la caja homeo 1 (Drosophila)
2 1.04 página 3
59.13
TCCGTCCGGA
RPL13
ribosomal L13 proteína Estrellas: 3
1.36 página 3
39.56
ATCTGGAGCA
ADH1C
alcohol deshidrogenasa 1C (clase I), polipéptido gamma página 3
5.99 página 3
294,91 proteína
TGCTCCTACC
FCGBP
Fc fragmento de unión de IgG
4 de 4,91 Sims 3
111.10
TACCCTGGAA
ADH4
alcohol deshidrogenasa 4 (clase II), polipéptido pi página 3
3.35 página 3
56.30
AGGTCTGCCA
AKR1C2
Aldo-ceto reductasa familia 1, miembro de C2 (dihidrodiol deshidrogenasa 2; ácido biliar proteína de unión; 3-alfa hidroxiesteroide deshidrogenasa, tipo III) página 3
1,53 página 3
38.50
GCACCACCGG
MAPK13 activada por mitógenos proteína quinasa
13
0 0
página 3
10,62
GGAGGGGAGG
MECR
mitocondrial trans-2-enoil-CoA reductasa
1 | página 3 0,55 15,72

CTTCCTTGCC
KRT17
Queratina 17 página 7
220,64
0 0

TAATTTGCAT
EMP1
proteína de membrana epitelial 1 página 7
43.26
0
0
TAAGGCTTAA
KLK10
calicreína 10 página 7
20.35
0 0

TGGAAATGAC
COL1A1
colágeno de tipo I, alfa 1 página 7
294.99
2 14,36
TGGATGTACA
CCDC12
dominio espiral de la bobina que contiene 12 página 7
21.69
0 0

Validación de los genes expresados ​​diferencialmente entre las bibliotecas SAGE tumor Este y Oeste
Para validado nuestro análisis de datos SAGE dos genes significativamente más expresan en los tumores Medio (PDGFRA y RPL13) se estudiaron más de tres líneas celulares, dos de Occidente (AGS y N87) y uno del Este (MKN45). QRT-PCR muestra una proporción de 825 para PDFGR (MKN45 /N87) y 4,68 para RPL13 (MKN45 /AGS) (Fig. 6). Por lo tanto, estos datos confirman la diferencia observada en la expresión génica en las bibliotecas SAGE tumorales. Curiosamente, las magnitudes de genes diferencias de expresión en líneas celulares fueron similares a la de en las bibliotecas SAGE tumorales. Figura 6 La amplificación de PDGFRA (A) y RPL13 mRNA (B) de QRT-PCR. En (A) línea azul es la línea celular del este (MKN45) y la línea roja es la línea celular West (N87). En (B) línea azul es la línea celular del este (MKN45) y la línea roja es la línea celular West (AGS). Ambos genes se expresan sobre-en la línea celular del este (MKN45).
Discusión
Nuestros resultados, basados ​​en dos análisis no supervisados, COA y el árbol de apoyo, son muy sugestivos de un perfil de expresión diferente de las bibliotecas SAGE tumorales , junto con las diferencias entre las muestras normales y tumorales. Estas diferencias en los niveles de expresión podrían tener una influencia en la mejor supervivencia de los pacientes reconocidos del Este en comparación con Occidente. Ambos, COA y el árbol de soporte muestran dos grupos (muestras microdissected y no microdissected) mezclados indistintamente, lo que sugiere que la heterogeneidad de una muestra normal no se reduce por la microdisección. Esto podría ser explicado por múltiples actividades celulares de las células normales en comparación con células tumorales [16]. Sin embargo entre las bibliotecas tumorales, se encontró una agrupación apretada de los tumores microdissected. Estos hallazgos sugieren que el aumento de la pureza de la muestra mejora la homogeneidad de los resultados. El barrio de los xenoinjertos también apunta a un aumento de la homogeneidad, pero difieren de las muestras tumorales microdissected ya que el grupo en diferentes subgrupos. Esta diferencia se debe probablemente a cambios sutiles en la transcriptomes dado en un entorno genético diferente, como el microambiente propuesta por el tejido circundante de los animales [17]. Por otra parte, las bibliotecas no microdissected se encontraron más dispersos en el análisis del COA, probablemente debido a la contaminación de la muestra y la heterogeneidad.
Los resultados + FatiGO muestran que las células tumorales se caracterizan por la sobre regulación de genes relacionados con la organización de células , la biogénesis y la proliferación celular, y una baja regulación de genes relacionados con la comunicación de célula a célula. Después de buscar las diferencias específicas entre Occidente y las bibliotecas tumorales Oriente, se encontró que las etiquetas más significativamente diferentes tienen una mayor expresión en el Este en comparación con los tumores del oeste. Por lo tanto, parece que el nivel de expresión promedio de las muestras West cae más de las muestras del Este, probablemente debido a una represión de genes más amplio.
De los 5 genes identificados con significativa mayor expresión en las bibliotecas West al menos dos (COL1A1 y KLK10) se han asociado con la invasividad y la progresión de la enfermedad [9, 15]. COL1A1 ha informado asociado con el estadio del tumor más avanzado en 46 casos de carcinoma gástrico [9]. KLK10 se ha informado hasta reguladas en gástrico, así como carcinomas colorrectales y asociados con la invasión y estadio clínico más avanzado para ambos tipos de tumores [15]. Además KRT17 se ha encontrado hasta reguladas en el carcinoma esofágico de células escamosas humano (CECA) y asociado a la invasividad [18]. Otro gen, EMP1 se ha asociado a tipos de células altamente proliferativas en los tumores de cerebro de ratón [19]. Sólo gen CCDC12 no dispone de datos clínicos disponibles y también carece de GO anotaciones. El análisis de QRT-PCR en líneas celulares confirmó los resultados de SAGE y validó la sobre-expresión de RPL13 PDFGR y en las bibliotecas de tumores del Este.
En resumen Aquí mostramos que la predominante sobre regulación de los genes invasivos y metastásicos en el Oeste bibliotecas tumorales podrían resultar en una enfermedad más maligna con una peor supervivencia. Tomados en conjunto estos resultados podrían sugerir que que los genes expresados ​​diferencialmente pueden contribuir a explicar las diferencias observadas observados en el resultado de carcinoma gástrico entre el este y el oeste. Por último, nuestro análisis es un ejemplo de cómo la biología computacional puede ayudar eficazmente a los investigadores biomédicos en la identificación de los mecanismos moleculares de la enfermedad [6].
Declaraciones
Agradecimientos
Agradecemos a David S. Holmes y Gonzalo Riadi del Centro de bioinformática y Biología del Genoma de la Fundación Ciencias de la vida - Universidad Andrés Bello, Santiago de Chile y Wael el-Rifai quirúrgico de Oncología Vanderbilt Ingram Cancer Center de la Universidad de Vanderbilt, Nashville, TN, EE.UU., útil para el debate del manuscrito. Este trabajo fue apoyado por becas de investigación del gobierno chileno FONDECYT 1030130 y FONIS SA06I20019 a AHC
material complementario Electrónico
12943_2007_313_MOESM1_ESM.png Archivo 1:. Análisis de Correspondencias de las bibliotecas SAGE normales y tumorales del estómago en 3 dimensiones. Los datos proporcionados representan la trama tridimensional donde los puntos verdes representan todas las librerías normales, los puntos azules son las bibliotecas tumorales del Este, y los puntos rojos, naranjas y amarillos son bibliotecas tumorales, microdisecado, xenoinjerto y mayor, respectivamente, del oeste. El eje X es de color gris, el eje Y es de color azul, y el eje Z es de color rosa. La cifra está ligeramente girado hacia la derecha y hacia abajo para mostrar mejor la posición de las bibliotecas de tumores en el gráfico del espacio 3-D. (PNG 25 KB) 12943_2007_313_MOESM2_ESM.png Archivo 2: Figura completa de Apoyo análisis de la agregación de las bibliotecas SAGE normales y tumorales del estómago. La cifra proporcionada representan las bibliotecas normales CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780 (líneas 1-4), bibliotecas tumorales West CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 (líneas 5-11) y bibliotecas tumorales Medio GSM7800, GSM8505, y GSM8867 (carriles 12-14). (PNG 124 KB) 12943_2007_313_MOESM3_ESM.png de Archivo 3: Figura completa de Apoyo análisis de la agregación de Este y Oeste SAGE bibliotecas de tumores de estómago. La cifra proporcionada representan las bibliotecas West tumorales (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) (carriles 1-7) y bibliotecas tumorales del Este (GSM7800, GSM8505, GSM8867 y) (carriles 8-10). (PNG 209 KB) 12943_2007_313_MOESM4_ESM.doc archivo adicional 4: Tabla S1. Las etiquetas significativas con mayor expresión en normal por un análisis significativo de microarrays entre las bibliotecas SAGE normales y tumorales. Sólo se muestran las etiquetas que se asociaron con éxito con un gen específico. Las etiquetas están ordenados en un orden descendente importancia. (DOC 65 KB) 12943_2007_313_MOESM5_ESM.doc archivo adicional 5: Tabla S2. Las etiquetas significativas con mayor expresión en el tumor mediante un análisis significativo de microarrays entre las bibliotecas SAGE normales y tumorales. Sólo se muestran las etiquetas que se asociaron con éxito con un gen específico. Las etiquetas están ordenados en un orden descendente importancia. (DOC 31 KB) de los autores originales presentados archivos para imágenes
A continuación se presentan los enlaces a los archivos de los autores presentados original para imágenes. 'archivo original para la figura 1 12943_2007_313_MOESM7_ESM.png autores 12943_2007_313_MOESM6_ESM.png Autores archivo original para la figura 2 12943_2007_313_MOESM8_ESM.png autores archivo original para la figura 3 12943_2007_313_MOESM9_ESM.png autores archivo original para el archivo original de la figura 4 12943_2007_313_MOESM10_ESM.png los autores de la figura 5 12943_2007_313_MOESM11_ESM.png archivo original de los autores de la figura 6

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