Be Silico analizės Skrandžio vėžiu Serial analizė genų ekspresijos bibliotekų atskleidžia skirtingus profilius, susijusius su ethnicity

in silico analizės Skrandžio vėžiu Serial analizė genų ekspresijos bibliotekų atskleidžia skirtingus profilius, susijusius su etnine kilme
tezės
Worldwide skrandžio karcinoma pažymėjo geografiniai skirtumai ir blogiau baigtis pacientų iš Vakarų palyginti į Rytus. Nors šie skirtumai buvo paaiškinti geresnių diagnostikos kriterijus, patobulintų sustojimo metodų ir radikalesnių operacijos, naujas įrodymai patvirtina koncepciją, kad genų ekspresijos skirtumai, susiję su etnine kilme gali prisidėti prie šio skirtingą rezultatą. Čia mes surinkti duomenis, gaunamus iš 4 normalu ir 11 skrandžio karcinoma Eilės genų ekspresijos analizė (SAGE) bibliotekų iš dviejų skirtingų etninių grupių. Visi normalūs SAGE bibliotekos, taip pat 7 naviko bibliotekos buvo iš Vakarų ir 4 naviko bibliotekos buvo iš Rytų. Šie rinkiniai Mes lyginame susirašinėjimo analizė ir palaikymas medžio analizė ir specifinių skirtumų žymės išraiška buvo identifikuoti pagal reikšmę analizė mikrogardeliq. Žymos genų užduotis vykdė GŪPR-SAGE Genie ar TAGmapper. Pasaulinio transcriptome analizė rodo aiškų atskyrimą tarp normalių ir vėžinių bibliotekų 90 žymeles skirtingai išreikštos. Aiškiai atskirti pat buvo nustatyta tarp Vakarų ir Rytų naviko bibliotekų 54 žymeles skirtingai išreikštos. Žymos genų užduočių nustatė 15 genų, 5 iš jų su didelę aukštojo išraiškos Vakaruose bibliotekų palyginti į Rytus bibliotekose. KRL-PGR ląstelių linijų iš vakarų ir rytų kilmės patvirtino šiuos skirtumus. Įdomu tai, kad du iš šių genų buvo susietas su agresyvumas (COL1A1 ir KLK10). Apibendrinant, mes nustatėme, kad silico analizės šalavijų bibliotekų iš dviejų skirtingų tautybių atskleisti skirtumus genų ekspresijos profilio. Šios išraiškos skirtumai gali prisidėti paaiškinti skirtingą rezultatą tarp Vakarų ir Rytų.
Įvadas
Skrandžio vėžys yra antra pagrindinė priežastis, dėl vėžio susijusių mirčių visame pasaulyje ir pažymėti geografiniai skirtumai [1-3]. Stebėtas privalumas 5 metų išgyvenamumas iš pacientų iš Rytų, nei iš Vakarų gali atspindėti skirtumus diagnostiniai kriterijai geresnių sustojimo metodus ir radikalesnių operacijos [4]. Tačiau atsiranda įrodymai patvirtina koncepciją, kad etniškumas gali prisidėti prie skirtingų skrandžio karcinoma rezultatus tarp Rytų ir Vakarų [4, 5]. Serijos analizė genų ekspresiją (SAGE) yra išsamus profiliavimas metodas, kuris leidžia pasaulio, nešališką ir kiekybinio apibūdinimo transcriptomes [6]. Pagrindinis privalumas SAGE yra tai, kad, kai normalizuotas yra įmanoma tiesiogiai palyginti žymenis, kuriuos sukelia vienas eksperimentas lygiai su bet kokios kitos turimos [7]. Įgyti ryšių tarp skrandžio karcinoma transcriptomes skirtumų, kurie gali paaiškinti, kad skirtingi rezultatai tarp Rytų ir Vakarų čia mes palyginti duomenų rinkinių penkiolika SAGE bibliotekose gautų iš normalių ir skrandžio navikų audiniuose iš Japonijos ir JAV skrandžio vėžiu sergantiems pacientams susirašinėjimo analizė įžvalgų, parama medis ir reikšmė analizė mikrogardeliq už significative žodžius ir genų atrankos. Mes nustatėme, konkrečius genus skirtingai išreikštas tarp normalių ir vėžinių SAGE bibliotekose, taip pat naviko bibliotekų iš Rytų ir Vakarų. Šie skirtingai išreikšti genai galėtų paaiškinti blogiau išgyvenamumas Vakaruose palyginti į Rytus.
Metodai
serijos analizė genų ekspresijos duomenų
nuo vėžio genomo anatomija Penkiolika skrandžio SAGE bibliotekose (4 normaliomis ir 11 auglio) Projektų (CGAP) [7] buvo sujungti analizei. Tik bibliotekos su 10 bp žodžius ir tų pačių pjaustymo fermentų (BsmFI ir NlaIII) buvo įtrauktos į šį tyrimą. Normalus bibliotekos susideda iš audinių Baseinas (GSM784 ir GSM14780) arba microdissected mėginių (CGAP_MD_13S ir CGAP_MD_14S) ir buvo gaminamas El-Rifai et al [8] Virdžinijoje, JAV. Skrandžio naviko bibliotekos susideda iš penkių bibliotekų, trys microdissected (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329), du pirminius navikus (GSM757 ir GSM2385) ir du audiniuose, (GSM758 ir GSM14760) visi iš Vakarų pacientų ir gaminamas El-Rifai ir kt [8], taip pat Virdžinijoje, JAV ( "Vakarų naviko bibliotekos") ir visi iš japonų pacientų pagamintų Hirosima, Japonija Oue et al [9] ( "Rytų naviko bibliotekose") 4 bibliotekų (GSM7800, GSM8505, GSM8867 ir GSM9103). Duomenų bazę, kurioje 121,409 skirtingas žymes buvo gautos iš bibliotekų, kurios turi tarp 9000 ir 34.000 unikalių žymes. Taigi, tik biblioteka GSM9103 buvo pašalintas, nes jo unikali žymė skaičius buvo per mažas (apie 6000 unikalių žymės). Kiekvieno žyma dažnis normalizavosi dalijant jį su visos žymens numerį atitinkamo biblioteką ir dauginant iš 200000 žymės (CGAP normalizavimas formatas). Atrankos procesas siekiant sumažinti triukšmą iš milžinišką kiekį surinktų buvo atliktas žymes. Ši atrankos kriterijus buvo i) vs "rasti visi normalus bibliotekų
žymės" "žodžius randama visuose navikas bibliotekų UAB" ir II) "žodžius randama visuose Vakaruose navikų bibliotekų UAB" rasti vs. "žymės visose Rytų navikų bibliotekos UAB ". Institutas Genomo tyrimų įrangą MultiExperiment peržiūros [10] buvo atlikti tokią analizę: I) Susirašinėjimas analizė (COA) ištirti ryšius tarp mėginių, kurie linkę turėti panašius profilius ii) parama medį rodo statistinę paramą Pakartojus bent 1000 kartus iki mėginių ėmimo su pakeitimo (bootstrap metodu) analizės pavyzdžių panašių profilių ir iII) reikšmės analizės dėl mikrogardeliq (SAM), kad pasirinktumėte žodžius, kurių raiška buvo statistiškai reikšmingai skiriasi tarp mėginių. Iš žymeles į genų asociacija buvo atlikti pagal SAGE Genie [11] arba TAGmapper [12], kai nėra asociacija rado SAGE Genie. Prognozuoti funkcines klases anotuotų genų FatiGO + įrankis Babelomics [13, 14] buvo taikomos. Nekoreguotas p reikšmė apskaičiuojama pagal Babelomics buvo naudojamas, nes mažas tirtų genų tapo labiau tinkama, nei koreguojami-Neteisingų atradimas norma (FDR) vertės.
Kiekybinis Real-Time atvirkštinio Transkribavimas PGR
Kiekybinis Real- laikas atvirkštinio transkripcija PGR (KRL-PGR) buvo atliktas dviejų Vakarų ląstelių linijas (AGS, N87) ir vienas rytinėje ląstelių linijos (MKN45). Iš viso RNR išskirta naudojant Trizol (INVITROGEN Life Technologies, Karlovi Varai, CA) pagal gamintojo rekomendacijas. RNR koncentracija buvo nustatomas matuojant absorbciją prie 260 nm bangos ilgiui, ir jų kokybė buvo tikrinama taikant 28S ir 18S rRNR vientisumą po etidžio bromido dažymo visų RNR bandiniuose, veikiamų iki 0,8% agarozės gelyje. Iš viso kDNR buvo susintetintas su MMLV (Moloney pelių leukemijos viruso) atvirkštinės transkriptazės (ThermoScript RT; INVITROGEN Life technologies ", Carlsbad, CA). Atvirkštinės transkripcijos-PGR buvo atliekama naudojant 1 UG visos ląstelių RNR generuoti kDNR. KRL-PGR buvo atliekama naudojant LIGHTCYCLER-FastStart DNR magistras SYBR Žalioji I komplektą (Roche Molekulinė Biochemicals, Manheimas, Vokietija). Mes sukūrėme genų specifinius pradmenis žmonių PDFGR (5 'AGCTGATCCGTGCTAAGGAA 3 "ir 5" CGACCAAGTCCAGAATGGAT 3 ") ir RPL13 (5' GAGGAGGCGGAACAAGTCC 3" ir 5 "TCAGCAGAACTGTCTCCCTTC 3) ir yra prieinama paprašius sąlygos stiprinimas. Vienas-lydalo kreivė lygis buvo kiekvienam produktui, ir taip patvirtino visų amplifikuotų cDNR produktų grynumą. Į KRL-PGR rezultatai buvo normalizuotas GADPH (5 'CGGGAAGCTTGTCATCAATGG 3 "ir 5" CATGGTTCACACCCATGACG 3), kuris turėjo minimalų pokytį visų ląstelių linijų išbandyti. Analizė buvo atlikti pagal LIGHTCYCLER programinė įranga 3.0. Sienos perėjimo punktai (pradedant PGR eksponentinio etapo) buvo įvertinti antrąja derivated didžiausią metodu ir priklausomybės nuo standartų koncentracijos.
Rezultatai
Žymos nusistovėjusią raiškos normaliomis ir vėžinių SAGE bibliotekų
atrankos proceso rasti SAGE žymes, kurios buvo nuosekliai išreikštas "visi normalus bibliotekų UAB" vs. "visi naviko bibliotekos UAB" lėmė 2,437 žymes. Kaip parodyta Fig. 1, autentiškumo sertifikatas rodo aiškų atskyrimą tarp įprastų bibliotekų ir Rytų ir Vakarų naviko bibliotekose. Tas pats autentiškumo sertifikatas iš trimačio sklypo (ty 56% visos inercijos) rodo daugiau detalių kiekvieno bibliotekoje padėtį (žr Papildoma failą 1). Šie rezultatai buvo patvirtinti paramos Tree naudojant Pearson Koreliacija ir vidutiniškai Sąsaja (žr papildomų failų 2). Be to, siekiant nustatyti SAGE žymes skirtingai išreikštas tarp įprastų ir navikų mėginiuose, mes atliekame SAM, su delta vertės 1,38 apskaičiuotą išlaikyti FDR netoli 0 (tikimybė rasti svarbius žymes tik atsitiktinumas), 1001 unikalių kombinacijų ir kartų kaita = 10. Šis požiūris atskleidė 90 žymes skirtingai išreikštos tarp normalių ir vėžinių bibliotekų su panašiu elgesiu abiem naviko grupes (2 pav.). Tarp šių 90 žymeles, 78 buvo žemyn reguliuojama ir 12 žymės buvo iki reguliuojama. 1 pav Susirašinėjimas analizė normalių ir vėžinių SAGE bibliotekų skrandį. Dviejų dimensijų Sklypas yra parodyta kur žali taškai atstovauti visas normalias bibliotekas, mėlynos taškeliai rytus naviko bibliotekos, ir raudona, oranžinė ir geltona taškeliai Vakarų naviko bibliotekos, microdissected, svetimo ir birių atitinkamai.
Pav 2 Serijos analizė mikrogardeliq normalių ir vėžinių SAGE bibliotekų skrandį. Į kairę ir parodyta žalia spalva, reikšmingus žodžius, turintys aukštąjį raiškos įprastų bibliotekose; į dešinę ir parodyta raudona spalva, reikšmingų žymių, turinčių aukštąjį raiškos naviko bibliotekose.
pasirinkimas diskriminacinių žymeles tarp Rytų ir Vakarų SAGE bibliotekos
Nuo naviko pusėje COA rodo 2 grupes, vieną, kuriame yra visi rytuose bibliotekos ir kiti, kurių sudėtyje yra visos Vakarų bibliotekos, mes ieškoma diskriminacinių elementų tarp abiejų navikų bibliotekose. Taigi, nauja atranka rasti žodžius, buvo nuolat reiškė "visos EAST navikų UAB" vs. "visų Vakarų navikų UAB" atvedė į 3,952 žymes. buvo atliktas Kita Pagalba medis naudojant Pearson Koreliacija ir vidutinis jungtį. Kaip parodyta Fig. 3, medis rodo organizuotos struktūros su dideliu pasikliovimo lygį savo filialuose (90% -100% paramos), kurį suteikia daugybe diskriminacinių elementų (žymių) su skiriamaisiais šeimoms ir subfamilies (papildomo bylos 3 rodo visišką Dendrogramoje ). Yra du pagrindiniai grupės, vienas yra visi West bibliotekas, o kitas yra visi East bibliotekas. Vakarų klasteris yra du skirtingi subclusters, pirmasis yra 3 microdissected bibliotekas (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29 ir CGAP_MD_G329), o antroji apima pirminius navikus (GSM757 ir GSM2385), ir ksenoimplantai (GSM758 ir GSM14760). Rytų klasteris yra centrinę pora (GSM8505 ir GSM8867 bibliotekos), kuri ateina iš histologinių bei diferencijuotų navikų ir trečioji biblioteka (GSM7800), kuri ateina iš histologinių blogai diferencijuotas navikas. Be to, siekiant nustatyti SAGE žymes skirtingai išreikštas tarp Vakarų ir Rytų naviko bibliotekose, mes atlikome SAM naudojant tuos pačius minėtus kriterijus. Šis metodas atskleidė 54 žymes atskirtinai išreikštas (4 pav.). Tarp jų, 8 žymės buvo iki-reguliuojami Vakarų navikų ir 46 žymės buvo iki reguliuojama rytuose navikų. 3 pav Pagalba medis normaliomis ir vėžinių SAGE bibliotekų skrandį. Lanes 1-4 normalios bibliotekos (CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780), juostos 5-11 Vakarų naviko bibliotekos (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385), ir juostos 12-14 Rytai naviko bibliotekos (GSM7800, GSM8505 , ir GSM8867). Tik į Dendrogramoje viršuje yra parodyta čia. Pilnas dendrograma atsiras papildomų failų 3. 4
pav Serial analizė mikrogardeliq Rytų ir Vakarų skrandžio karcinoma SAGE bibliotekose. Į kairę ir parodyta oranžinės spalvos, reikšmingus žodžius, turintys aukštąjį išraiškos Vakaruose naviko bibliotekose; į dešinę ir parodyta mėlyna spalva, reikšmingų žymių, turinčių aukštąjį išraiškos rytuose naviko bibliotekose.
Mapping SAGE žymeles į genų
kartografijos skirtingai išreiškiama SAGE žymeles į genus mes panaudojome CGAP-SAGE Genie ir /arba TAGmapper ištekliai. Tarp 90 žymeles skirtingai išreikštas tarp normalių ir vėžinių bibliotekose, tik 53 žodžius sėkmingai buvo priskyrimas konkretiems genų (lentelė S1 ir S2 lentelėje [papildomų failų 4 & 5]). Genai, kaip GIF, CPA2, DRD5, CLIC6, ATP4A, LIPF, GKN1 ir PGA5 rodomas tarp labiausiai represuotų genų, o TRAPPC5, KRT7, MTHFD1, TMBIM1, PDIA3 ir PPGB genai atsiranda tarp ekspresija genuose. Iš kitos pusės, tarp 54 žymeles skirtingai išreikšta tarp Vakarų ir Rytų naviko bibliotekose tik 15 žodžius, kur sėkmingai susijusios su konkrečiais genų (1 lentelė). FatiGO + analizė parodė, kad auglio bibliotekos turėjo žymiai daugiau išreikštus genus, susijusius su "mobilųjį organizavimas ir Biogenesis" (GO: 0.016.043), KRT7, PDIA3, PPGB ir TRAPPC5 (p = 0,005); ir "ligazės veikla" (GO: 0016874), UBE2S ir MTHFD1 (p = 0,028), nei normalių bibliotekų ,. Tas pats palyginimas atskleidė žymiai mažiau išreikštus genus, susijusius su "neatsiejama membrana" (GO: 0016021), ADORA1, UGT2B15, DRD5, SYNE2, ATP5J2, KCNE2, ATP4A, KDR, PTGER3 ir PPAP2B (p = 0,016). Kita vertus, palyginimas genų skirtingai išreikštas tarp Vakarų ir Rytų naviko bibliotekų parodė, kad Vakarų navikai buvo žymiai daugiau išreikštus genus, susijusius su "ectoderm plėtra" (GO: 0007398). (COL1A1 parodyta pav 5, taip pat KLK10, KRT17, EMP1, ir CCDC12) (p = 0,018). Tačiau rytuose navikai buvo netoli reikšmingų daugiau išreikštus genus, susijusius su "Cellular metabolizmas" (GO: 0044237) PDGFRA, MAPK13, MECR, AKR1C2, RPL13, HLX1 ​​ir ADH4 (p = 0,066). Nuo bent dviejų iš šių "ectoderm plėtra" genai (COL1A1 ir KLK10) buvo nustatyta iki reguliuojama pažangių skrandžio karcinoma [9, 15] mūsų išvados gali pasiūlyti daugiau agresyvumą Vakarų navikų. 5 paveikslas raiškos lygiai COL1A1 susijusių žyma (TGGAAATGAC) vėžinių bibliotekose. Barai 1-7 atitinka visus Vakarų naviko bibliotekų (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 ir barų 8-10 atitinka visus Rytų naviko bibliotekų (GSM7800, GSM8505, GSM8867). Žyma normalizuotas išraiška lygis pasirodo CGAP formatas vertė (Žymos per 200.000) brėžiamas logaritminė mastu.
1 lentelę reikšmingos žodžius, turintys aukštąjį išraiškos didelių analizės reikalavimai mikrogardeliq tarp Vakarų ir Rytų navikas SAGE bibliotekose. tik žodžius, sėkmingai susijęs su specifinis genas yra parodyta. žymės rūšiuojami į statinio mažėjančia tvarka pirmiausia žymas labai išreikštas Rytai ir tada tie labai išreikštas Vakarus.
Žymos
Genų Akcija
Baltymai Vardas
Nr Vakarų bibliotekų, kuriose dalyvavo

Vakarų naviko vidurkį (Žymos per 200,000)
N ° rytų bibliotekose, kur dalyvavo įmonių katalogas Rytų naviko vidurkį (Žymos per 200.000)
TGATTGGTGG
PDGFRA
trombocitų kilusio augimo faktoriaus receptorius alfa polipeptidas
3
1.88
3
115,05
GGCTGGGTTT
HLX1 ​​
H2.0-kaip Homeo dėžutė 1 (Drosophila)
2
1,04
3
59.13
TCCGTCCGGA
RPL13
ribosomų baltymas L13
3
1,36
3
39,56
ATCTGGAGCA
ADH1C
alkoholio dehidrogenazės 1C (klasė Aš), gama polipeptidas
3
5.99
3
294,91
TGCTCCTACC
FCGBP
Fc fragmentas IgG surišantis baltymas
4
4.91
3
111,10
TACCCTGGAA
ADH4
alkoholio dehidrogenazės 4 (II klasė), Pi polipeptidas
3
3.35
3
56.30
AGGTCTGCCA
AKR1C2
Aldo-keto reduktazės šeima 1 narys C2 (dihydrodiol dehidrogenazės 2; tulžies rūgštis privalomas baltymų; 3-alfa hidroksisteroiddehidrogenaze, III tipo)
3
1.53
3
38.50
GCACCACCGG
MAPK13
mitogenu aktyvinto proteino kinazės 13
0
0
3
10.62
GGAGGGGAGG
MECR
Mitochondrijų Trans-2-enoil-CoA reduktazės
1
0,55
3
15.72
CTTCCTTGCC
KRT17
Keratino 17
7
220,64
0
0
TAATTTGCAT
EMP1
epitelio membranos baltymo 1
7
43.26
0
0
TAAGGCTTAA
KLK10
kalikreino 10
7
20,35
0
0
TGGAAATGAC
COL1A1
kolagenas, I, alfa 1
7
294,99
2
14.36
TGGATGTACA
CCDC12
spiralinės spiralės domeną, turintį 12
7
21.69
0
0
patvirtinimas genų skirtingai išreikštas tarp Rytų ir Vakarų navikas SAGE bibliotekų
patvirtinti mūsų SAGE duomenų analizė du genai žymiai išreikšti rytuose navikų (PDGFRA ir RPL13) buvo toliau tiriamas trijuose ląstelių linijų, du iš Vakarų (MAA ir N87) ir vienas iš Rytų (MKN45). KRL-PGR rodo 825 santykis PDFGR (MKN45 /N87) ir 4.68 už RPL13 (MKN45 /AGS) (6 pav.). Taigi, šie duomenys patvirtina pastebėtas skirtumas genų ekspresiją SAGE naviko bibliotekose. Įdomu tai, kad genų ekspresijos skirtumų ląstelių linijų dydžiai buvo panašus į SAGE naviko bibliotekose. 6 pav amplifikaoija PDGFRA (A) ir RPL13 (B) mRNR atliekant KRL-PGR. (A) mėlyna linija yra Rytų ląstelių linija (MKN45) ir raudona linija yra Vakarų ląstelių linija (N87). (B) punkte mėlyna linija yra Rytų ląstelių linija (MKN45) ir raudona linija yra Vakarų ląstelių linija (AGS). Abu genai per išreikšta Rytuose (MKN45) ląstelių linijos.
Diskusijos
mūsų rezultatai, remiantis dviem NEkontroliuojamas analizių, COA ir paramos Tree, yra labai įtaigus kitokios ekspresijos profilio naviko SAGE bibliotekose kartu su skirtumais tarp įprastų ir navikų mėginiuose. Šie ekspresijos lygio skirtumai gali turėti įtakos pripažinta geriau išlikimo Rytų pacientų, palyginti su Vakarais. Tiek autentiškumo sertifikatas ir paramos medis parodyti du klasterius (microdissected ir ne microdissected mėginiai) sumaišyti vienodai, o tai rodo, kad normalaus pavyzdžio heterogeniškumas nėra mažinama microdissection. Tai gali būti paaiškinama keliais ląstelių veiklą normalių ląstelių, lyginant su vėžinių ląstelių [16]. Tačiau tarp naviko bibliotekose, buvo rastas stora grupavimas microdissected navikų. Šie rezultatai rodo, kad mėginio grynumas padidėjimas pagerina rezultatų vienarūšiškumą. Iš audiniuose, kaimynystėje taip pat nurodo į vienodi padidėjimas, bet skiriasi nuo microdissected navikų mėginiuose, nes jie grupės įvairiose subclusters. Šis skirtumas yra tikriausiai dėl subtilių pokyčių transcriptomes duotų skirtingą genetinę aplinkoje, pavyzdžiui, mikroaplinka suteiktą aplinkinių gyvūnų audinius [17]. Kita vertus, ne-microdissected bibliotekos buvo rasta daugiau pasklidę COA analizės, tikriausiai, nes mėginio užteršimo ir heterogeniškumo.
FatiGO + rezultatai rodo, kad auglio ląstelės pasižymi iki-regulation genų, susijusių su ląstelių organizacijos , biogenesis ir ląstelių proliferacija ir žemyn reguliavimas genų, susijusių su ląstelių-to-ląstelių komunikacijos. Po ieškome konkrečių skirtumų tarp Rytų ir Vakarų naviko bibliotekose, mes nustatėme, kad labiausiai gerokai skiriasi žymės turi didesnę raišką Rytuose, palyginti su Vakarų navikų. Taigi, atrodo, kad vidutinis išraiška lygis Vakarų mėginių patenka daugiau nei rytų pavyzdžius, turbūt dėl ​​platesnės genų represijų.
Iš 5 genų nustatytų su gerokai didesniu raiškos Vakarų bibliotekų bent du (COL1A1 ir KLK10) buvo susijęs su invazijos ir ligos progresavimą [9, 15]. COL1A1 buvo pranešta, susijusi su daugiau pažangių naviko stadijos 46 skrandžio karcinoma atvejais [9]. KLK10 buvo pranešė, kad iki-reguliuojamas skrandžio, taip pat gaubtinės ir tiesiosios žarnos karcinomos ir susijęs su invazija ir daugiau pažangius klinikinius etape abiejų navikų [15] tipų. Be to KRT17 buvo nustatyta, iki reguliuojama į žmogaus stemplės suragėjusių ląstelių karcinomos (ESCC) ir susietas su invazijos [18]. Kitas genas, EMP1 buvo susijęs su labai proliferacijos ląstelių tipų pelių smegenų auglių [19]. Tik CCDC12 genų neturi klinikinių duomenų, o taip pat trūksta GO komentarus. KRL-PGR analizė ląstelių linijų patvirtino Sage rezultatus ir patvirtinti pernelyg išraiška PDFGR ir RPL13 rytuose naviko bibliotekose.
Apibendrinant čia mes pranešti, kad dominuojantis iki reguliavimas invazinių ir metastazavusiu genų Vakaruose naviko bibliotekos gali sukelti daugiau piktybinės ligos su prastesne išlikimui. Kartu šie faktai gali teigti, kad skirtingai išreikšti genai gali prisidėti paaiškinti pastebimus skirtumus pastebėtas skrandžio karcinoma tarp Rytų ir Vakarų rezultatus. Galiausiai, mūsų analizė yra kaip kompiuterinės biologijos gali veiksmingai padėti biomedicinos mokslininkų nustatyti molekulinius mechanizmus ligos pavyzdys [6].
Deklaracijas
Padėka
Dėkojame Davidas S. Holmes ir Gonzalo Riadi nuo centro Bioinformatika ir genomo biologija, Gyvybės mokslo fondas - Andrés Bello universitetas, Santjagas, Čilė ir Wael El-Rifai iš Chirurginės onkologijos filialas Vanderbilt Ingram Cancer Center, Vanderbilt universiteto, Nashville, TN, JAV, naudingos aptarti rankraščio. Šis darbas buvo remiamas Čilės vyriausybės mokslinių tyrimų stipendijų FONDECYT 1030130 ir FONIS SA06I20019 į AHC
Elektroninės papildomą medžiagą
12943_2007_313_MOESM1_ESM.png Papildoma Failo 1:. Susirašinėjimas analizė normaliomis ir vėžinių SAGE bibliotekų 3 matmenų skrandį. Pateikti duomenys atstovauti trimatę sklypą, kur žali taškai atstovauti visas normalias bibliotekas, mėlynos taškeliai rytus naviko bibliotekos, ir raudona, oranžinė ir geltona taškeliai Vakarų naviko bibliotekos, microdissected, svetimo ir birių atitinkamai. X ašis yra pilka, Y ašis yra mėlynas, o "Z-ašis yra rožinės spalvos. Šis skaičius šiek tiek pasukti į dešinę ir žemyn, siekiant geriau parodyti navikas bibliotekų padėtį sklypo 3-D erdvėje. (PNG 25 KiB) 12943_2007_313_MOESM2_ESM.png Papildoma Failo 2: Pilnas figūra paramos klasterizacijos analizė normaliomis ir vėžinių SAGE bibliotekų skrandį. Numatyta figūra atstovauja normalus bibliotekas CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780 (linijas 1-4), Vakarų naviko bibliotekos CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 (linijos 5-11) ir Rytų naviko bibliotekas GSM7800, GSM8505, ir GSM8867 (juostos 12-14). (PNG 124 KB) 12943_2007_313_MOESM3_ESM.png Papildoma Failo 3: Užbaigti figūra paramos klasterizacijos analizė Vakarų ir Rytų navikas SAGE bibliotekų skrandį. Numatyta figūra atstovauja Vakarų auglio bibliotekos (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) (juostomis 1-7) ir Rytų auglio bibliotekas (GSM7800, GSM8505, GSM8867 ir) (juostomis 8-10). (PNG 209 KB) 12943_2007_313_MOESM4_ESM.doc Papildoma Failo 4: Lentelė S1. Reikšmingos žodžius, turintys aukštąjį raiškos Normalus didelių analizė mikrogardeliq tarp normalaus ir naviko SAGE bibliotekose. Tik žodžius, kurie buvo sėkmingai susietos su specifine geno rodomi. Žymės rūšiuojami reikšmingumo mažėjimo tvarka. (DOC 65 KiB) 12943_2007_313_MOESM5_ESM.doc Papildoma Failo 5: Lentelė S2. Reikšmingos žodžius, turintys aukštąjį išraiškos naviko didelių analizė mikrogardeliq tarp normalaus ir naviko SAGE bibliotekose. Tik žodžius, kurie buvo sėkmingai susietos su specifine geno rodomi. Žymės rūšiuojami reikšmingumo mažėjimo tvarka. (DOC 31 KiB) Autorių originalios pateikti failai vaizdų
Žemiau išvardintos nuorodos į autorių originalus pateiktų failų vaizdų. 12943_2007_313_MOESM6_ESM.png Autorių originalus failas 1 pav 12943_2007_313_MOESM7_ESM.png Autorių originalaus failo 2 pav 12943_2007_313_MOESM8_ESM.png Autorių originalios 3 pav 12943_2007_313_MOESM9_ESM.png Autorių originalaus failo 4 pav 12943_2007_313_MOESM10_ESM.png Autorių originalaus failo 5 paveiksle 12943_2007_313_MOESM11_ESM.png autorių originalų failą 6 pav

• EBNA1 privalomas ir epigenetinius reguliavimas gastrokine auglio slopinamojo genų skrandžio karcinoma ląstelių
• Identifikavimas galiojančios orientacinės genų genų ekspresijos tyrimus žmogaus skrandžio vėžio atvirkštinės transkripcijos-qPCR