Silico analizo želodca karcinoma Serijska analiza izražanja genov knjižnic razkriva različne profile, povezane z narodnostjo

Silico analizo želodca karcinoma Serijska analiza izražanja genov knjižnic razkriva različne profile, povezane z narodnostjo
je abstraktna
sveta karcinom želodca označenih geografskih razlik in slabše rezultate pri bolnikih z zahoda v primerjavi z vzhodom. Čeprav je te razlike mogoče pojasniti z boljšimi diagnostičnih meril, izboljšane metode počivališčih in bolj radikalno operacijo, nastajajočih dokazov podpira zamisel, da bi gen izraz razlik, povezanih z etnično prispeva k temu neenoten izid. Tukaj smo zbrali podatkovnih nizov iz 4 normalno in 11 želodčnega karcinoma Serijska genske ekspresije Analysis (SAGE) knjižnic iz dveh različnih narodnosti. Vse normalno SAGE knjižnice, kot tudi 7 tumor knjižnice so z zahoda in 4 tumor knjižnice so z vzhoda. Ti nabori podatkov smo primerjali s Korespondenca analize in podpora Tree analize in specifičnih razlik v oznake izražanja so opredeljena pomen analize za mikromrež. Tags do genskih naloge so bile izvedene s CGAP-SAGE Genie ali TAGmapper. Analiza globalne transkriptoma kaže jasno ločevanje med normalnih in tumorskih knjižnic z 90 oznakami različno izraženih. Jasno ločitev je bilo tudi med Zahodom in tumorskih knjižnice vzhodu z 54 oznakami različno izraženih. Tags do genskih naloge opredelili 15 genov, 5 od njih z znatno višjo izražanja v West knjižnicah v primerjavi s knjižnicami vzhoda. QRT-PCR v celičnih linijah iz zahodne in vzhodne izvora potrdil te razlike. Zanimivo je, da dva od teh genov so bile povezane s agresivnost (COL1A1 in KLK10). Na koncu smo ugotovili, da pri analizi siliko žajblja knjižnic iz dveh različnih narodnosti razkrivajo razlike v genske ekspresije profilu. Ta izraz razlike bi lahko prispevale k razložiti nesorazmerno izid med Zahodom in Vzhodom.
Uvod
želodca karcinom je drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi raka po vsem svetu in je označena geografske razlike [1-3]. Opazovana prednost 5-letno preživetje pri bolnikih z vzhoda kot z zahoda lahko odraža razlike v diagnostičnih meril, boljše metode počivališča in bolj radikalno operacijo [4]. Vendar čedalje očitneje, podpira zamisel, da bi etnično prispevajo k različnega želodčnega karcinoma rezultatov med Vzhodom in Zahodom [4, 5]. Serijska analiza izražanja genov (SAGE) je celovit način profiliranje, ki omogoča globalno, nepristransko in kvantitativne opredelitve transcriptomes [6]. Glavna prednost SAGE, da je enkrat normalizirana omogoča neposredno primerjavo vrednosti oznak, ustvarjenih z enim poskusom s katerokoli drugo voljo [7]. Da bi dobili vpogled v razlike med želodčnega karcinoma transcriptomes, ki bi lahko pojasnile raznolike rezultate med vzhodom in zahodom tukaj primerjamo podatkovnih nizov za petnajst SAGE knjižnic, ki izhajajo iz normalnih in želodčnih tumorskih tkiv japonskih in ameriških bolnikih z rakom želodca s korespondenčne analize, podpora drevo in pomen Analiza za mikromrež za significative oznake in izbor genov. Ugotovili smo, posebne gene različno izražene med normalnimi in tumor SAGE knjižnic, kot tudi tumorske knjižnice iz vzhoda in zahoda. Te diferencialno izraženih genov bi lahko pojasnilo slabše preživetje na Zahodu v primerjavi z vzhodom.
Metode
serijsko Analize podatkov genske ekspresije
petnajst želodca SAGE knjižnic (4 normalnih in 11 tumor) iz Cancer Genome Anatomy projekt (CGAP) [7] združimo za analizo. Samo knjižnice z 10 bt oznak in istimi rezalnimi encimov (BsmFI in NlaIII) so bili vključeni v to študijo. Normalno knjižnice sestoji iz bazena tkiva (GSM784 in GSM14780) ali microdissected vzorcev (CGAP_MD_13S in CGAP_MD_14S) in so bili proizvedeni s El-Rifai et al [8] v Virginiji, ZDA. Tumorja želodca knjižnice sestavlja pet knjižnic, tri microdissected (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329), dveh primarnih tumorjev (GSM757 in GSM2385) in dvema presadkov (GSM758 in GSM14760) vse od zahodnih bolnikov, ki jih proizvajajo El-Rifai et al [8] tudi v Virginiji, ZDA ( "West tumor knjižnice") in 4 knjižnic (GSM7800, GSM8505, GSM8867 in GSM9103) vse od japonskih bolnikih, ki jih proizvaja Oue et al [9] v Hirošimi na Japonskem ( "East tumorskih knjižnice"). Podatkovna baza, ki vsebuje 121,409 različnih oznak je bila ustvarjena iz knjižnic, ki imajo med 9.000 in 34.000 edinstvene oznake. Tako je le knjižnica GSM9103 odstranili, ker je bila njena edinstvena Število tag prenizka (okoli 6.000 edinstvene oznake). Pogostost vsako oznako je normaliziralo tako, da ga delimo s skupnim številom tag ustrezne knjižnice in pomnoži s 200.000 oznake (CGAP formata normalizacija). Postopek izbire za zmanjšanje hrupa iz ogromno oznak zbranih bila izvedena. To merilo izbire je i) "oznake najdemo v vseh običajnih knjižničnih
" v primerjavi z "oznake najdemo v vseh tumorskih knjižničnih
" in ii) "oznake najdemo v vseh West tumorjev knjižnic
" v primerjavi z "oznakami najdenih v vseh tumorjev vzhodu knjižnice
". Inštitut za programsko opremo genomskih raziskav MultiExperiment Viewer [10] je bila uporabljena za izvedbo naslednjo analizo: i) Correspondence Analysis (COA), da razišče povezave med vzorci, ki se nagibajo, da imajo podobne profile ii) podpora Tree da prikazuje statistične podpore po ponovitvijo vsaj 1000-krat večja od analiz, ki jih resampling z nadomestnim (metodo Bootstrap) za vzorce s podobnimi profili in iii) analizo pomena za mikromrež (SAM) za izbiro oznake, katerih izraz je bil bistveno drugačen od vzorcev. Združenje oznak za genov je opraviti s SAGE Genie [11] ali TAGmapper [12], ko ni bilo združenje našel SAGE Genie. Napovedati funkcionalne razrede označenih genov FatiGO + orodje z dne Babelomics [13, 14] je bila uporabljena. Neprilagojena p-vrednost, ki jo Babelomics je bila uporabljena, ker je majhno število genov, analiziranih je bilo bolj primerno od vrednosti popravite-False Discovery Rate (FDR).
Kvantitativna v realnem času povratne prepisovanje PCR
Kvantitativna realnem čas obrnjene prepis PCR (QRT-PCR) smo izvedli na dveh zahodnih celičnih linijah (AGS, N87) in eno celično linijo vzhodne (MKN45). Total RNA je bila vzeta s pomočjo TRIzola (Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA), v skladu s priporočili proizvajalca. Koncentracija RNA smo določili z merjenjem absorbance pri 260 nm, in kakovost je bila preverjena z integriteto 28S in 18S rRNA po etidijevim bromidom barvanjem vseh vzorcih RNK ​​izpostavljene 0,8% agaroznem gelu z elektroforezo. Skupaj cDNA smo sintetizirali z MMLV (Moloney glodalcih levkemija Virus) reverzne transkriptaze (ThermoScript RT; Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA). Reverzno transkripcijo-PCR smo izvedli z uporabo 1 ug celotne celične RNA za ustvarjanje cDNA. QRT-PCR smo izvedli z uporabo LightCycler-FastStart DNA Master SYBR Green I kit (Roche Molecular Biochemicals, Mannheim, Nemčija). Oblikovali smo genov specifičnih začetnih oligonukleotidov za prehrano PDFGR (5 'AGCTGATCCGTGCTAAGGAA 3' in 5 'CGACCAAGTCCAGAATGGAT 3') in RPL13 (5 'GAGGAGGCGGAACAAGTCC 3' in 5 'TCAGCAGAACTGTCTCCCTTC 3) in pogoje pomnoževanja so na voljo na zahtevo. En-melt krivulja vrh opazili za vsak izdelek, kar potrjuje čistost vseh pomnoženih cDNA izdelkov. Rezultati QRT-PCR je bila preračunana na GADPH (5 'CGGGAAGCTTGTCATCAATGG 3' in 5 'CATGGTTCACACCCATGACG 3'), ki je imel minimalno razliko v vseh celičnih linijah testiranih. Analiza je opravljal s LightCycler programske opreme 3.0. Prehodi (začetek eksponentne faze PCR), so bili ocenjeni z drugim derivated največje način in v odvisnosti od koncentracije standardov.
Rezultati
Tags z doslednim izražanja v normalnih in tumorskih SAGE knjižnic
postopek izbire najti žajbelj oznake, ki so bile dosledno, izražene v "vseh običajnih knjižnicah
" vs "vse tumor knjižnice
" povzročila 2.437 oznake. Kot je prikazano na sliki. 1, COA kaže jasno ločevanje med normalnimi knjižnic in vzhodom in zahodom tumorskih knjižnic. Enako COA v tridimenzionalni parcele (kar predstavlja 56% skupne vztrajnosti) kaže več podrobnosti v položaju vsako knjižnico (glej dodatno datotek 1). Ti rezultati so bili potrjeni s podporo drevo z uporabo Pearson Korelacija in Povprečni žlice (glej dodatno datoteko 2). Dalje, ugotoviti Sage oznak različno izražene med normalnih in tumorskih vzorcev smo izvedli SAM, z delta vrednosti 1,38 izračunano, da se ohrani FDR blizu 0 (verjetnost, da bi našli pomembne oznake zgolj po naključju), 1001 edinstvenih permutacij in kratno spremembo = 10. Ta pristop je razkrila 90 oznake različno izražena med normalnih in tumorskih knjižnic s podobnim obnašanjem obeh tumorskih skupine (sl. 2). Med temi 90 oznak, 78 je bilo navzdol regulirano in 12 oznake so up-urejena. Slika 1 Korespondenca Analiza normalnih in tumorskih SAGE knjižnic v želodcu. Dvodimenzionalna parcela je prikazano, kjer zelene pike predstavljajo vse običajne knjižnice, modre pike so tumorske knjižnice vzhod, in rdeče, oranžne in rumene pike so West tumorske knjižnice, microdissected, ksenogenskega in v razsutem stanju oz.
Slika 2 Serial Analiza za mikromrež normalnih in tumorskih SAGE knjižnic v želodcu. V levo in prikazan v zeleni barvi, pomembne oznake z višjo izražanja v običajnih knjižnicah; na desno in prikazan v rdeči barvi, pomembnih oznak z višjo izražanja v tumorskih knjižnicah.
Izbira diskriminatornih oznak med vzhodom in zahodom SAGE knjižnice
Od strani tumorja na COA kaže, 2 skupini, eno, ki vsebuje vse knjižnice vzhod in druge, ki vsebujejo vse knjižnice West, smo iskali diskriminatornih elementov med obema tumorji knjižnic. Tako nov izbirni postopek, da bi našli oznake, ki so bile dosledno, izražene v "vseh East tumorjev
" v primerjavi z "vsemi West tumorjev
" povzročilo 3,952 oznake. Druga Podpora Tree pomočjo Pearsonov Korelacija in Povprečje Povezava je bila izvedena. Kot je prikazano na sliki. 3, drevo prikazuje organizirano strukturo z visoko stopnjo zaupanja v svojih podružnicah (90% -100% podporo), ki jo je veliko število diskriminatornih elementov (tags), s prepoznavnimi družine in poddrużin (Dodatnega Slika 3 prikazuje celotno dendrogram ). Obstajata dve glavni grozdi, ena vsebuje vse West knjižnice in drugi vsebuje vse knjižnice vzhodu. West grozd vsebuje dve značilne subclusters, prvi vsebuje 3 microdissected knjižnice (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29 in CGAP_MD_G329), drugi vključuje primarne tumorje (GSM757 in GSM2385) in ksenografi (GSM758 in GSM14760). East grozd vsebuje centralni par (GSM8505 in GSM8867 knjižnice), ki prihaja iz histoloških dobro diferenciranih tumorjih in tretjega knjižnice (GSM7800), ki prihaja iz histoloških slabo diferenciran tumorja. Dalje, ugotoviti Sage oznak različno izražene med Zahodom in tumorskih knjižnice vzhod, smo izvedli SAM uporabo enakih zgoraj navedenih meril. Ta pristop je pokazala 54 oznake različno izražene (sl. 4). Med njimi je bilo 8 oznake up-urejena v West tumorjev in 46 oznake so se regulirane v tumorjih vzhoda. Slika 3 Podpora Drevo normalnih in tumorskih SAGE knjižnic v želodcu. Pasovi 1-4 običajne knjižnice (CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780), steze 5-11 West tumor knjižnice (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) in steze 12-14 vzhod tumor knjižnice (GSM7800, GSM8505 in GSM8867). Samo je prikazano tukaj vrh dendrograma. Celotno dendrogram pojavljajo v dodatni Slika 3.
Slika 4 Serial Analiza za mikromrež za vzhod in zahod želodčnega karcinoma SAGE knjižnic. V levo in prikazana v oranžni barvi, pomembne oznake z višjo izražanja v tumorskih knjižnicah West; na desno in prikazan v modri barvi, pomembnih oznak z višjo izražanja v tumorskih knjižnicah vzhoda.
Mapping SAGE oznake genov
Za preslikavo različno izražena SAGE oznake genov smo uporabili CGAP-SAGE Genie in /ali TAGmapper virov. Med 90 oznak različno izraženih med normalnih in tumorskih knjižnice, je bilo samo 53 oznake uspešno uvrstitev v specifičnih genov (preglednici S1 in tabeli S2 [Dodatne datoteke 4 & 5]). Geni, kot GIF, CPA2, DRD5, CLIC6, ATP4A, LIPF, GKN1 in PGA5 pojavljajo med najbolj potlačena genov, medtem ko TRAPPC5, KRT7, MTHFD1, TMBIM1, PDIA3 in PPGB geni se pojavijo med prekomerno genov. Na drugi strani, med 54 oznak različno izražena med Zahodom in tumorskih knjižnice vzhodu le 15 oznak, kjer uspešno povezana z določenimi geni (tabela 1). FatiGO + analiza je pokazala, da ima tumor knjižnice bistveno bolj izražene gene, povezane z "organizacijo in BIOGENESIS celic" (GO: 0016043), KRT7, PDIA3, PPGB in TRAPPC5 (p = 0,005); in "ligaza dejavnost" (GO: 0016874), UBE2S in MTHFD1 (p = 0,028) kot običajne knjižnice ,. Ista primerjava je pokazala bistveno manj izražene gene, povezane z "sestavni del membrane" (GO: 0016021), ADORA1, UGT2B15, DRD5, SYNE2, ATP5J2, KCNE2, ATP4A, KDR, PTGER3 in PPAP2B (p = 0,016). Po drugi strani pa primerjava genov različno izraženih med Zahodom in tumorskih knjižnice vzhoda je pokazala, da so imeli West tumorji bistveno bolj izražene gene, povezane z "razvoj ectoderm" (GO: 0007398). (COL1A1 prikazano na sliki 5, tudi KLK10, KRT17, EMP1 in CCDC12) (p = 0,018). Vendar pa so imeli vzhod tumorji bližini pomembne bolj izražene gene, povezane z "celični metabolizem" (GO: 0044237) PDGFRA, MAPK13, MECR, AKR1C2, RPL13, HLX1 ​​in ADH4 (p = 0,066). Ker vsaj dveh od teh "razvojnih ectoderm" genov (COL1A1 in KLK10) je bilo ugotovljeno, up-urejena v napredovalim karcinomom želodca [9, 15] naše ugotovitve lahko kažejo večjo agresivnost Zahodnega tumorjev. Slika 5 stopenj izražanja COL1A1 povezano oznako (TGGAAATGAC) v tumorskih knjižnicah. Palice 1-7 ustrezajo vsem West tumorskih knjižnice (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 in bari 8-10 ustrezajo vsem tumorskih knjižnice vzhod (GSM7800, GSM8505, GSM8867). Pojavi oznaka normalizirana raven izražanja v format vrednosti CGAP (Tags na 200.000), narisane v logaritemski skali.
tabelo 1 pomembne oznake z višjo izražanja po obsežni analizi za mikromrež med Zahodom in Vzhodom tumor SAGE knjižnice. samo oznakami, ki so bili uspešno povezani s poseben gen so prikazani. oznake so razporejene v pomenu padajočem vrstnem redu, najprej oznake zelo izražene na vzhodu in nato te zelo izražena na zahodu.
Tags
Gene Simbol
Protein Ime
št zahodnoafriških knjižnic kjer je prisoten
West tumorja povprečja (Tags na 200.000)
N ° vzhodne knjižnic kjer je prisoten
East tumorja povprečja (Tags na 200.000)
TGATTGGTGG
PDGFRA
trombociti rastni faktor receptor, alfa polipeptid
3
1.88
3
115,05
GGCTGGGTTT
HLX1 ​​
H2.0 podobnih homeo box 1 (Drosophila)
2
1.04
3
59.13
TCCGTCCGGA
RPL13
ribosomske protein L13
3
1,36
3
39.56
ATCTGGAGCA
ADH1C
alkohol dehidrogenaza 1C (razred I), gama polipeptid
3
5.99
3
294,91
TGCTCCTACC
FCGBP
Fc fragment IgG veže protein
4
4,91
3
111,10
TACCCTGGAA
ADH4
alkohol dehidrogenaza 4 (razred II), pi polipeptid
3
3,35
3
56.30
AGGTCTGCCA
AKR1C2
Aldo-keto reduktaze družina 1, član C2 (dihydrodiol dehidrogenaze 2; žolčne vezavo proteina kislina; 3-alfa hidroksisteroid-dehidrogenaze tipa III)
3
1,53
3
38.50
GCACCACCGG
MAPK13
mitogen aktivira protein kinazo 13
0
0
3
10.62
GGAGGGGAGG
MECR
mitohondrije trans-2-enoi-CoA reduktaze
1
0,55
3
15.72
CTTCCTTGCC
KRT17
Keratin 17
7
220,64
0
0
TAATTTGCAT
EMP1
epitelijskih membrane protein 1
7
43.26
0
0
TAAGGCTTAA
KLK10
kallikrein 10
7
20.35
0
0
TGGAAATGAC
COL1A1
kolagena tipa I, alfa 1
7
294,99
2
14.36
TGGATGTACA
CCDC12
Coiled-coil domene, ki vsebujejo 12
7
21.69
0
0
Validacija genov različno izraženih med vzhodom in zahodom tumor SAGE knjižnice
potrditi našo analizo podatkov SAGE dva gena bistveno bolj izražena pri tumorjih vzhodu (PDGFRA in RPL13) so nadalje proučevali v treh celičnih linijah, dva iz zahoda (AGS in N87) in eden iz vzhodnega (MKN45). QRT-PCR kaže razmerje 825 za PDFGR (MKN45 /N87) in 4,68 za RPL13 (MKN45 /AGS) (Sl. 6). Zato ti podatki potrjujejo opaziti razliko v izražanju genov v SAGE tumorskih knjižnic. Zanimivo je, da so bile amplitude genske ekspresije razlik v celičnih linijah podoben tistemu v SAGE tumorskih knjižnicah. Slika 6 Pomnoževanje PDGFRA (A) in RPL13 (B) mRNA s QRT-PCR. V (A) modra črta je celična linija East (MKN45) in rdeča črta je celična linija West (N87). V (B), modre črte je celična linija East (MKN45) in rdeča črta je celična linija West (AGS). Oba geni so prekomerno izražene v vzhodni (MKN45) celične linije.
Razprava
naših rezultatov, ki temelji na dveh non-nadzorovanih analiz, pristnosti in podporo drevo, so zelo sugestivna drugačnega izražanja profil tumorskih SAGE knjižnic , skupaj z razlikami med normalnimi in tumorskih vzorcev. Te razlike v stopnjah izražanja lahko vplivajo na priznano boljše preživetje bolnikov vzhodu v primerjavi z zahodom. Oba, COA in podpora Tree kažejo v dveh delih (microdissected in non-microdissected vzorcev) mešane nejasno, kar kaže, da je heterogenost normalnega vzorca ne zmanjša za mikrodisekcijo. To je mogoče pojasniti s številnimi dejavnostmi celic iz normalnih celic v primerjavi s tumorskimi celicami [16]. Vendar med tumorskih knjižnice, je bilo ugotovljeno, tesen skupina microdissected tumorjev. Te ugotovitve kažejo, da je povečanje čistosti vzorca izboljša homogenost rezultatov. Soseska od presadkov kaže tudi povečanje homogenosti vendar se razlikujejo od microdissected vzorcev tumorjev, saj so skupine v različnih subclusters. Ta razlika je verjetno posledica subtilne spremembe v transcriptomes danih z drugačnim genetskim okolju, kot je mikrookolja, ki ga obdaja živalsko tkivo [17]. Po drugi strani pa so ne-microdissected knjižnice dalo več razpršeni v analizi COA, verjetno zaradi kontaminacije vzorca in raznovrstnosti.
FatiGO + Rezultati kažejo, da so tumorske celice, označen s tem navzgor regulacijo genov, povezanih s celično organizacijo , BIOGENESIS in proliferacijo celic, in navzdol ureditev genov, povezanih s komunikacijo celic v celici. Po iskanju posebnih razlik med Zahodom in tumorskih knjižnice vzhod, smo ugotovili, da imajo najbolj bistveno drugačna oznake višjo izraz na vzhodu v primerjavi z Zahodnega tumorjev. Tako se zdi, da je povprečna stopnja izraz West vzorcev pade več kot vzorcev vzhod, verjetno zaradi širšega genov represije.
Od 5 genov, opredeljenih z znatno višjo izražanja v West knjižnicah vsaj dve (COL1A1 in KLK10) je bila povezana z invazivnosti in napredovanja bolezni [9, 15]. COL1A1 Poročali so povezana z več fazi tumorja v 46 želodčnih primerih karcinoma [9]. KLK10 Poročali so up-urejena v želodcu, kot tudi debelega karcinomov in povezana z invazijo in bolj napredno klinično fazi za obe vrsti tumorjev [15]. Poleg tega je bil KRT17 ugotovljeno up-urejena požiralnika karcinom človeška ploščatocelični celica (ESCC) in povezana z invazivnost [18]. Še en gen, je EMP1 povezana z visoko proliferacije tipe celic v miš možganskih tumorjev [19]. Samo CCDC12 gen nima na voljo kliničnih podatkov in tudi nima GO komentarje. Analiza je QRT-PCR na celičnih linijah potrdili rezultate žajbelj in potrjeni tu poroča prekomerno izražanje PDFGR in RPL13 v tumorskih knjižnicah vzhoda.
Povzamemo, da je prevladujoča up-ureditev invazivnih in metastatskim genov na Zahodu tumorske knjižnice lahko povzroči bolj maligne bolezni s slabše preživetje. Skupaj lahko te ugotovitve kažejo, da bi lahko, da so različno izraženi geni prispevajo pojasniti ugotovljene razlike opažene pri izidu želodčnega raka med vzhodom in zahodom. Končno, naša analiza je primer, kako računsko biologije lahko učinkovito pomagajo biomedicinskih raziskovalcev pri ugotavljanju molekularne mehanizme bolezni [6].
Izjave
Zahvala
Zahvaljujemo David S. Holmes in Gonzalo Riadi iz Centra za bioinformatika in Genome Biology, Life Science Foundation - Andres Bello University, Santiago, Čile in Wael El-Rifai iz Surgical Oncology Branch Vanderbilt Ingram Cancer Center, Vanderbilt University, Nashville, TN, ZDA, za koristno razpravo rokopisa. To delo je bilo podprto s Čilski državnih raziskovalnih štipendij FONDECYT 1030130 in FONIS SA06I20019 v ACH
Electronic dodatno gradivo
12943_2007_313_MOESM1_ESM.png Dodatna Slika 1:. Korespondenca Analiza normalnih in tumorskih SAGE knjižnice želodca v 3 dimenzijah. Podatki, ki predstavljajo tridimenzionalno parcelo, kjer zelene pike predstavljajo vse običajne knjižnice, modre pike so tumorske knjižnice vzhod, in rdeče, oranžne in rumene pike so West tumorske knjižnice, microdissected, ksenogenskega in v razsutem stanju oz. Os X je siv, Y-os je modra, in Z-os je roza. Na sliki je rahlo vrti v desno in navzdol, da bolje prikazujejo položaj tumorja knjižnice na parceli 3-D prostoru. (PNG 25 KB) 12943_2007_313_MOESM2_ESM.png Dodatna Slika 2: Complete figura podporo gruče Analiza normalnih in tumorskih SAGE knjižnic v želodcu. Podatek, ki ga predstavljajo običajne knjižnice CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780 (vrstice 1-4), West tumor knjižnice CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 (linije 5-11) in East tumorske knjižnice GSM7800, GSM8505, in GSM8867 (steze 12-14). (PNG 124 KB) 12943_2007_313_MOESM3_ESM.png Dodatna Slika 3: Complete figura podporo gruče Analiza zahod in vzhod tumor SAGE knjižnic v želodcu. Podatek, ki ga predstavljajo West tumorske knjižnice (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) (proga 1-7) in vzhod tumorske knjižnice (GSM7800, GSM8505 in GSM8867) (proga 8-10). (PNG 209 KB) 12943_2007_313_MOESM4_ESM.doc Dodatna Slika 4: Tabela S1. Pomembne oznake z višjo izražanja v Normal s pomembnimi analiza za mikromrež med normalnimi in tumor SAGE knjižnice. Samo oznake, ki so bili uspešno povezani s posebnim genom so prikazani. Oznake so razporejene v pomenu padajočem vrstnem redu. (DOC 65 KB) 12943_2007_313_MOESM5_ESM.doc Dodatna Slika 5: Tabela S2. Pomembne oznake z višjo izražanja v tumorjev po obsežni analizi za mikromrež med normalnimi in tumor SAGE knjižnice. Samo oznake, ki so bili uspešno povezani s posebnim genom so prikazani. Oznake so razporejene v pomenu padajočem vrstnem redu. (DOC 31 KB) avtorjev originalnih predloženi datoteke za slike
Spodaj so povezave do avtorjev prvotna predloženih spisov za slike. "Izvirno datoteko na sliki 1 12943_2007_313_MOESM7_ESM.png avtorjev 12943_2007_313_MOESM6_ESM.png avtorjev prvotni datoteki Slika 2 12943_2007_313_MOESM8_ESM.png avtorjev prvotni datoteki Slika 3 12943_2007_313_MOESM9_ESM.png avtorjev prvotne datoteke za izvirno datoteko Slika 4 12943_2007_313_MOESM10_ESM.png avtorjev za sliki 5 12943_2007_313_MOESM11_ESM.png izvirno datoteko avtorjev na sliki 6

• vezavo EBNA1 in epigenetsko regulacijo gastrokine zaviralnih genov v želodcu zavezujoč karcinom cells
• Identifikacija veljavnih referenčnih genov za študij izražanja genov človeškega raka na želodcu z reverzno transkripcijo-qPCR