В Silico анализе карциномы желудка последовательного анализа библиотек экспрессии генов показывает различные профили, связанные с ethnicity

В Silico анализе карциномы желудка последовательного анализа библиотек экспрессии генов выявляет различные профили, связанные с этнической
Аннотация
по всему миру рака желудка пометил географические вариации и хуже исход у пациентов с Запада по сравнению с Востоком. Хотя эти различия были объяснены лучшими диагностическими критериями, улучшенные методы постановки и более радикальной операции, возникающие доказательства подтверждают концепцию, что экспрессия генов различия, связанные с этнической принадлежностью может внести свой вклад в этот разрозненной результат. Здесь мы собрали наборы данных из 4 нормальных и 11 желудка Expression карцинома последовательного Gene библиотек анализа (SAGE) из двух разных этнических групп. Все нормальные библиотеки SAGE, а также 7 опухолевые библиотеки были с Запада и 4 библиотеки опухоли были с Востока. Эти наборы данных мы сравниваем с помощью анализа и специфических различий анализ соответствий и поддержка Дерево в выражении теги были идентифицированы с помощью анализа значимости для Microarray. Теги к генных заданий были выполнены CGAP-SAGE Genie или TAGmapper. Анализ глобального транскриптома показывает четкое разделение между нормальными и опухолевыми библиотек с 90 тегами дифференцированно экспрессируется. Четкое разделение было также установлено между Западом и опухолевые библиотек Востока с 54 тегами дифференцированно экспрессируется. Теги к генных присвоений определили 15 генов, 5 из них со значительной большей экспрессией в библиотеках Запада по сравнению с библиотеками Востока. QRT-PCR в клеточных линиях, с запада и востока происхождения подтвердили эти различия. Интересно, что два из этих генов были связаны с агрессивностью (COL1A1 и KLK10). В заключение мы обнаружили, что в силикомарганца анализе библиотек SAGE из двух разных этнических групп показывают различия в экспрессии генов профиль. Эти выражения различия могут внести свой вклад, чтобы объяснить разнородные исход между Западом и Востоком.
Введение
Желудочный рак является второй ведущей причиной рака, связанных смерти во всем мире и отмечены географические вариации [1-3]. Наблюдаемое преимущество в скорости 5-летняя выживаемость у пациентов с Востока, чем с Запада могут отражать различия в диагностических критериях, более эффективные методы постановки и более радикальной операции [4]. Однако новые данные подтверждают концепцию, что этническая принадлежность может способствовать разрозненными желудочных результатов карциномы между Востоком и Западом [4, 5]. Последовательный анализ экспрессии генов (SAGE) представляет собой комплексный метод профилирования, что позволяет глобальной, объективной и количественной характеристики Транскриптом [6]. Основным преимуществом SAGE является то, что когда-то нормализуются можно непосредственно сравнить уровни тегов порожденных одного эксперимента с любой другой доступный [7]. Для того, чтобы получить представление о различиях между желудочных Транскриптом карциномы, которые могли бы объяснить несоизмеримые результаты между Востоком и Западом, здесь мы сравниваем наборы данных пятнадцати библиотек SAGE, полученных из нормальных и желудочных опухолевых тканей от японских и американских больных раком желудка с помощью анализа соответствий, поддержка Дерево и Значение анализа для Microarray для сигнификативных тегов и селекции генов. Мы нашли специфические гены разному экспрессируются между нормальными и опухолевыми SAGE библиотек, а также опухолевые библиотек с Востока и Запада. Эти дифференциально выраженные гены могут объяснить худшую выживаемость на Западе по сравнению с Востока.
Методы
Серийные Анализ данных Gene Expression
Пятнадцати желудка библиотек SAGE (4 нормальных и опухолевых 11) от генома рака Анатомия Проект (CGAP) [7] были объединены для анализа. Только библиотеки с 10 метками ВР и теми же режущими ферментов (BsmFI и NlaIII) были включены в данное исследование. Нормальные библиотеки состоят из пула ткани (GSM784 и GSM14780) или микродиссекции образцов (CGAP_MD_13S и CGAP_MD_14S) и были произведены Эль-Рифаи и др [8] Аль в Вирджинии, США. Желудочный библиотеки опухоли состоят из пяти библиотек, три микродиссекции (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329), два первичных опухолей (GSM757 и GSM2385) и двух ксенотрансплантатов (GSM758 и GSM14760) все из западных пациентов и произведенный Эль-Рифаи и др [8] также в Вирджинии, США ( "West опухолевые библиотеки") и 4-х библиотек (GSM7800, GSM8505, GSM8867 и GSM9103) все от японских пациентов, производимых õue и др [9] ал в Хиросиме, Япония ( "Восток библиотек опухоли»). База данных, содержащая 121,409 различные теги был создан из библиотек, которые имеют между 9000 и 34000 уникальных тегов. Таким образом, только библиотека GSM9103 была удалена, потому что его уникальный счетчик тегов был слишком низок (около 6000 уникальных тегов). Частота каждого тега была нормализована путем деления его с общим числом тегов соответствующей библиотеки и умножения на 200000 тегов (CGAP формат нормализации). Процесс отбора для снижения уровня шума от огромного количества тегов, собранных была выполнена. Этот критерий отбора был I) "теги, найденные в всех нормальных библиотек
" против "тегов, найденных во всех опухолевых библиотек
" и II) "тегов, найденных во всех West Опухоли библиотек
" метки против "найдено во всех опухолей Восточной библиотеки
". Институт программного обеспечения геномных исследований MultiExperiment просмотра [10] был использован для выполнения следующего анализа: I) анализ соответствий (COA) для изучения связи между образцами, которые имеют тенденцию иметь аналогичные профили II) Поддержка дерева, чтобы показывает статистическую поддержку после повторения по крайней мере, 1000 раз анализ с помощью передискретизации с заменой (метод Bootstrap) для образцов с аналогичными профилями и III) Значение анализа для Microarray (SAM) для выбора тегов, чья экспрессия существенно отличалась между образцами. Объединение тегов генов было выполнить с помощью SAGE Genie [11] или TAGmapper [12], когда ни одна ассоциация не была найдена SAGE Genie. Для прогнозирования функциональных классов аннотированных генах FatiGO + инструментом Babelomics [13, 14] был применен. Нескорректированные р-значение задается Babelomics использовалось, так как небольшое количество проанализированных генов сделало его более подходящим, чем установленное значение-Ложные Discovery Rate (FDR).
Количественные в режиме реального времени обратной транскрипции PCR
Количественный вещественно время обратной транскрипции ПЦР (QRT-ПЦР) проводили на двух западных линиях клеток (AGS, N87) и одной восточной линии клеток (MKN45). Суммарную РНК экстрагировали с использованием Trizol (Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA) в соответствии с рекомендациями завода-изготовителя. Концентрацию РНК определяли путем измерения оптической плотности при 260 нм, и качество было подтверждено целостности 28S и 18S рРНК после окрашивания бромистым этидием от общего количества образцов РНК, подвергнутых электрофорезу в 0,8% агарозном геле. Всего кДНК синтезировали с ММЛЖ (мышиного лейкоза Молони вируса) обратной транскриптазы (Thermoscript РТ; Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA). Обратную транскрипцию-ПЦР проводили с использованием 1 мкг полной клеточной РНК для генерирования кДНК. QRT-ПЦР проводили с использованием набора LightCycler-FastStart ДНК мастер SYBR Green I (Roche Molecular Biochemicals, Mannheim, Германия). Мы разработали праймеры геноспецифических для человеческого PDFGR (5 'AGCTGATCCGTGCTAAGGAA 3' и 5 'CGACCAAGTCCAGAATGGAT 3') и RPL13 (5 'GAGGAGGCGGAACAAGTCC 3' и 5 'TCAGCAGAACTGTCTCCCTTC 3') и условия амплификации предоставляются по запросу. Один из расплава кривой наблюдается пик для каждого продукта, подтвердив тем самым чистоту всех амплифицированных кДНК продуктов. Результаты QRT-PCR были нормированы на GADPH (5 'CGGGAAGCTTGTCATCAATGG 3' и 5 'CATGGTTCACACCCATGACG 3'), который имел минимальное изменение во всех клеточных линиях. Анализ выполнял с помощью программного обеспечения LightCycler 3.0. Точек пересечения (начало экспоненциальной фазы ПЦР) оценивали с помощью второго образовавшаяся метода максимума и в виде зависимости от концентрации стандартов.

Результаты Теги с последовательным выражением в нормальных и опухолевых библиотек SAGE
Процесс отбора чтобы найти SAGE теги, которые были последовательно выражены в "всех нормальных
библиотеки" против "все опухолевые библиотеки
" привели к 2,437 тегов. Как показано на рис. 1, COA показывает четкое разделение между обычными библиотеками и Востока и Запада библиотек опухолей. То же COA в трехмерном участке (с учетом 56% от общей инерции) показывает больше деталей в позиции каждой библиотеки (см дополнительный файл 1). Эти результаты были подтверждены в дереве поддержки с использованием корреляции Пирсона и Average Linkage (см дополнительный файл 2). Далее, для идентификации SAGE теги дифференцированно выраженных между нормальными и опухолевыми образцов, мы провели SAM, со значением дельта 1,38, рассчитанной для поддержания ФДС вблизи 0 (вероятность найти существенные теги просто случайно), 1001 уникальных перестановок и кратном изменении = 10. Такой подход показал 90-теги дифференцированно выражены между нормальными и опухолевыми библиотек с подобным поведением для обеих групп опухолей (рис. 2). Среди этих 90 тегов, 78 были вниз регулируется и 12 метки были повышающей регуляции. Рисунок 1 Переписка Анализ нормальных и опухолевых SAGE библиотек желудка. Двумерный график показан где зеленые точки представляют все обычные библиотеки, синие точки являются библиотеки опухолевые Востока, а красный, оранжевый и желтые точки являются West опухолевые библиотеки, микродиссекции, ксенографтом и навалочных соответственно. Рисунок
2 Последовательный анализ для Microarray нормальных и опухолевых SAGE библиотек желудка. Слева и показаны зеленым цветом, значительные метки с более высоким уровнем экспрессии в нормальных библиотеках; вправо и показано в красном цвете, существенных тегов с высшим выражением в библиотеках опухолей.
Подборка дискриминационных тегов между Востоком и Западом SAGE библиотеки
Поскольку стороны опухоли сертификата подлинности показывает 2 группы, одна из которых содержит все библиотеки Востока и другие, содержащие все библиотеки запад, мы искали дискриминационных элементов между обеих опухолей библиотек. Таким образом, новый процесс отбора, чтобы найти метки, которые были последовательно выражены в "всех опухолей Восток
" против "всех опухолей Запада
" привело к 3952 тегов. Еще одно дерево поддержки с помощью корреляции Пирсона и средней Linkage проводили. Как показано на рис. 3, дерево показывает организованную структуру с высокой степенью уверенности в своих отраслях (90% -100% поддержки), дается большое количество дискриминационных элементов (тегов) с отличительными семейства и подсемейства (дополнительном файле 3 показывает полный дендрограмму ). Существуют два основных кластера, один содержит все библиотеки Запад, а другой содержит все библиотеки Востока. Кластер Запад содержит две отличительные подкластеры, первая содержит 3 микродиссекции библиотеки (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29 и CGAP_MD_G329), а второй включает в себя первичные опухоли (GSM757 и GSM2385) и ксенотрансплантаты (GSM758 и GSM14760). Кластер Восток содержит центральную пару (GSM8505 и GSM8867 библиотеки), которая исходит от гистологического хорошо дифференцированы опухолей и третья библиотека (GSM7800), что исходит от гистологического малодифференцированных опухоли. Далее, для идентификации SAGE теги дифференцированно выраженных между Западом и библиотеками опухолей Востока, мы провели SAM с использованием тех же критериев, упомянутых выше. Этот подход показал 54 меток дифференцированно выраженных (рис. 4). Среди них, 8-теги были повышающей регуляции на Западе опухолей и 46 метки были повышающей регуляции в опухолях Востока. Рисунок 3 Поддержка Дерево нормальных и опухолевых SAGE библиотек желудка. Дорожки 1-4 нормальные библиотеки (CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780), полосы 5-11 West опухолевые библиотеки (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) и дорожки 12-14 East опухолевые библиотеки (GSM7800, GSM8505 и GSM8867). Только вершина дендрограммой показан здесь. Полный дендрограммы появится в дополнительном файле 3. Рисунок 4
последовательного анализа для Microarray Востока и Запада желудка библиотек карциномы SAGE. Слева и показано в оранжевый цвет, значительные метки с более высоким уровнем экспрессии в библиотеках Западной опухоли; вправо и отображаются синим цветом, значительные метки с более высокой экспрессии в библиотеках опухолевых Востока.
Mapping SAGE тегов генов
Для отображения дифференциально экспрессируются SAGE тегов с генами мы использовали CGAP-SAGE Genie и /или TAGmapper ресурсы. Среди 90-тегов дифференцированно выраженных между нормальными и опухолевыми библиотек, только 53 были успешно теги присвоение специфических генов (таблица S1 и S2 таблицы [Дополнительные файлы 4 &Amp; 5]). Гены, как GIF, CPA2, DRD5, CLIC6, ATP4A, LiPF, GKN1 и PGA5 появляются среди самых репрессированных генов, в то время как гены TRAPPC5, KRT7, MTHFD1, TMBIM1, PDIA3 и PPGB появляются среди суперэкспрессированный генов. С другой стороны, среди 54-тегов дифференцированно выражены между Западом и опухолевые библиотек Востока только 15 тегов, где успешно, связанные с конкретными генами (таблица 1). FatiGO + анализ показал, что опухолевые библиотеки имели значительно более выраженные гены, связанные с "организацией клетки и биогенез" (GO: 0016043), KRT7, PDIA3, PPGB и TRAPPC5 (р = 0,005); и "лигазная активность" (GO: 0016874), UBE2S и MTHFD1 (р = 0,028), чем обычные библиотеки ,. То же самое сравнение показало значительно менее выраженные гены, связанные с "неотъемлемой частью мембраны" (GO: 0016021), ADORA1, UGT2B15, DRD5, SYNE2, ATP5J2, KCNE2, ATP4A, КДР, PTGER3 и PPAP2B (р = 0,016). С другой стороны, сравнение генов дифференцированно выраженных между Западом и библиотеками опухолей Востока показал, что опухоли Запада были значительно более выраженные гены, связанные с "развитием эктодерма" (GO: 0007398). (COL1A1 показан на рис 5, также KLK10, KRT17, EMP1 и CCDC12) (р = 0,018). Тем не менее, опухоли Востоке вблизи значимых более выраженные гены, связанные с "клеточный метаболизм" (GO: 0044237) PDGFRA, MAPK13, MECR, AKR1C2, RPL13, HLX1 ​​и ADH4 (р = 0,066). Поскольку по крайней мере двух из этих "развития эктодерма" генов (COL1A1 и KLK10) были обнаружены повышающей регуляции в пожилом карциномы желудка [9, 15] наши результаты могли бы предложить больше агрессивности опухолей Запада. Рисунок 5 уровней экспрессии COL1A1 связанного тега (TGGAAATGAC) в опухолевых библиотеках. Бары 1-7 соответствуют всем библиотекам Запад опухоли (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 и бары 8-10 соответствуют всем библиотекам опухолевых Востока (GSM7800, GSM8505, GSM8867). Тег нормализуется уровень экспрессии появляется в Значением формат CGAP (метки на 200000) строится в логарифмическом масштабе.
Таблица 1 существенные метки с более высоким уровнем экспрессии значительным анализа для Microarray между Западом и библиотеками опухолей SAGE Востока. только теги, которые были успешно связаны с конкретный ген показаны. теги отсортированы в порядке убывания значимости, сначала теги высоко экспрессируется на Востоке, а затем эти высоко экспрессируется на Западе.
Метки

гена Symbol

протеин Имя

N ° библиотек Запада, где присутствует

среднем опухоли West (Метки на 200000)

N ° библиотек Востока, где присутствует

среднем опухоли East (Теги) за 200000

TGATTGGTGG
PDGFRA
тромбоцитарный рецептор фактора роста, альфа-полипептид страница 3 1,88 страница 3 115,05
GGCTGGGTTT
HLX1 ​​
H2.0 типа Нотео коробка 1 (Drosophila) страница 2 1,04 3

59,13
TCCGTCCGGA
RPL13
рибосомального белка L13 страница 3 1,36 страница 3 39,56
ATCTGGAGCA
ADH1C
Алкогольдегидрогеназа 1С (класс I), гамма-полипептид страница 3 5,99 страница 3 294,91
TGCTCCTACC
FCGBP
Fc фрагмент IgG-связывающего белка 4
4,91
3
111,10
TACCCTGGAA
ADH4
Алкогольдегидрогеназа 4 (класс II), пи полипептид страница 3 3,35 страница 3 56,30
AGGTCTGCCA
AKR1C2
Альдо-кето-редуктазы семьи 1, член C2 (dihydrodiol дегидрогеназы 2; связывающего белка желчных кислот; 3-альфа гидроксистероиддегидрогеназы, тип III) страница 3 1,53 страница 3 38,50
GCACCACCGG
MAPK13
митоген-активируемая протеинкиназа 13
0
0 страница 3 10,62
GGAGGGGAGG
MECR
митохондриальной транс-2-еноил-редуктазы
1
0.55 страница 3 15,72
CTTCCTTGCC <бр> KRT17
кератина 17
7
220,64
0 0

TAATTTGCAT
EMP1
Эпителиальное мембранный белок 1
7
43,26
0
0
TAAGGCTTAA
KLK10
Калликреин 10
7
20,35
0 0

TGGAAATGAC
COL1A1
Коллаген, тип I, альфа 1
7
294,99 страница 2 14,36
TGGATGTACA
CCDC12
домен биспиральных, содержащий 12
7
21,69
0
0
Проверка генов дифференцированно выраженных между Востоком и Западом библиотек опухоли SAGE
валидационным нашего анализа данных SAGE два гена значительно более выраженные в опухолях Востока (PDGFRA и RPL13) были дополнительно изучены в трех клеточных линий, два с Запада (AGS и N87) и один из Востока (MKN45). QRT-ПЦР показывает соотношение количества 825 для PDFGR (MKN45 /N87) и 4,68 для RPL13 (MKN45 /AGS) (рис. 6). Таким образом, эти данные подтверждают наблюдаемые различия в экспрессии генов в опухолевых библиотеках SAGE. Интересно отметить, что величины экспрессии генов различия в клеточных линиях, были аналогично в библиотеках опухолевых шалфея. Рисунок 6 амплификация PDGFRA (А) и RPL13 (В) мРНК путем QRT-PCR. В (А) синяя линия клеточная линия Восток (MKN45) и красная линия является клеточная линия West (N87). В (В) синей линии является клеточная линия Восток (MKN45) и красная линия является клеточная линия West (АГС). Оба гена чрезмерно выражены в (MKN45) клеточной линии Восток.
Обсуждение
Наши результаты, основанные на двух неконтролируемых анализов, сертификат подлинности и поддержки Дерево, весьма наводящий другого профиля экспрессии библиотек SAGE опухолей , наряду с различиями между нормальными и опухолевыми образцов. Эти различия в уровнях экспрессии могут иметь влияние на признанной лучшей выживаемости больных Востока по сравнению с Западом. И, COA и поддержка дерева показывают два кластера (микродиссекции и не микродиссекции проб), смешанных нечетко, предполагая, что разнородность нормального образца не уменьшается на микродиссекции. Это может быть объяснено несколькими деятельности клеток нормальных клеток, по сравнению с опухолевыми клетками [16]. Однако среди опухолевых библиотек, тесная группировка микродиссекции опухолей была обнаружена. Эти данные позволяют предположить, что увеличение чистоты образца улучшает однородность результатов. Окрестности ксенотрансплантаты также указывает на увеличение однородности, но отличаются от микродиссекции образцов опухоли, так как они группы в различных подкластеров. Эта разница, вероятно, из-за тонких изменений в Транскриптом, данных различной генетической среды, таких, как микросреды данной окружив тканей животных [17]. С другой стороны, не-микродиссекции библиотеки были найдены более рассеянное в анализе COA, вероятно, из-за загрязнения образца и неоднородностью.
FatiGO + результаты показывают, что опухолевые клетки характеризуются повышающей регуляции генов, связанных с клеточной организации , биогенеза и пролиферацию клеток, а также понижающая регуляция генов, связанных с клетки к клетке связи. После поиска конкретных различий между Западом и библиотеками опухолей Востока, мы обнаружили, что наиболее существенно отличается теги имеют более высокое выражение на Востоке по сравнению с западными опухолями. Таким образом, представляется, что средний уровень экспрессии образцов Запада падает более чем образцы Востока, вероятно, из-за более широкой репрессии генов.
Из 5 генов, идентифицированных с существенно более высокой экспрессии в библиотеках Запада, по крайней мере два (COL1A1 и KLK10) были связаны с инвазивности и прогрессирование заболевания [9, 15]. COL1A1 сообщалось, связанный с более продвинутой стадии опухоли в 46 случаях карциномы желудка [9]. KLK10 было сообщено до регулируемых в желудочном, а также колоректального рака и связанных с вторжением и более продвинутой стадии клинических для обоих типов опухолей [15]. Кроме того KRT17 было обнаружено, повышающей регуляции пищевода плоскоклеточный рак клеток человека (ККСЭ) и связанный с инвазивности [18]. Другой ген, EMP1 был связан с высокой пролиферативной типов клеток в опухолях мозга мыши [19]. Только ген CCDC12 не имеет доступных клинических данных, а также отсутствует GO аннотаций. Анализ QRT-PCR на клеточных линиях подтвердили результаты шалфея и подтверждено избыточная экспрессия PDFGR и RPL13 в библиотеках опухолевых Востока.
В заключение здесь мы сообщаем, что преобладающая повышающая регуляция инвазивных и метастатических генов на Западе опухолевые библиотеки могут привести к более злокачественным заболеванием с низкой выживаемостью. В совокупности эти результаты могли бы предположить, что что дифференцированно выраженные гены могут способствовать объяснить наблюдаемые различия, наблюдаемые в исходе желудочной карциномы между Востоком и Западом. И, наконец, наш анализ является примером того, как вычислительная биология может эффективно помочь биомедицинских исследований в выявлении молекулярных механизмов заболевания [6].
Declarations
Благодарности
Мы выражаем благодарность Дэвид С. Холмс и Гонсало Riadi из Центра Биоинформатика и Геном биологии, Life Science Foundation - Андрес Белло университета, Сантьяго, Чили и Ваэль Эль-Рифаи из отделения хирургической онкологии Вандербильта Ingram Cancer Center, университет Вандербильта, Нэшвилл, штат Теннесси, США, за полезное обсуждение рукописи. Эта работа была поддержана чилийского государственных научно-исследовательских грантов FONDECYT 1030130 и FONIS SA06I20019 к AHC
Электронный дополнительный материал
12943_2007_313_MOESM1_ESM.png Дополнительная Файл 1:. Переписка Анализ нормальных и опухолевых SAGE библиотек желудка в 3-х измерениях. Данные, представленные представляют собой трехмерный график, где зеленые точки представляют все обычные библиотеки, синие точки являются библиотеки опухолевые Востока, а красные, оранжевые и желтые точки являются West опухолевые библиотеки, микродиссекции, ксенографтом и навалочных соответственно. Ось Х серого цвета, Y-ось синего цвета, а Z-оси розовый. Цифра слегка повернута вправо и вниз, чтобы лучше показать положение опухоли библиотек в участке 3-D пространстве. (PNG 25 KB) 12943_2007_313_MOESM2_ESM.png Дополнительная Файл 2: Полная фигура поддержки кластеризации Анализ нормальных и опухолевых SAGE библиотек желудка. На рисунке при условии, представляют нормальные библиотеки CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780 (строки 1-4), Западная опухолевые библиотеки CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 (строки 5-11) и Восточно-опухолевые библиотеки GSM7800, GSM8505, и GSM8867 (полосы 12-14). (PNG 124 КБ) 12943_2007_313_MOESM3_ESM.png Дополнительная Файл 3: Полная фигура поддержки кластеризации Анализ Западной и Восточной опухоли SAGE библиотек желудка. Фигура при условии, представляют Запад опухоли библиотеки (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) (дорожки 1-7) и библиотеки опухолевые Востока (GSM7800, GSM8505, GSM8867 и) (дорожки 8-10). (PNG 209 КБ) 12943_2007_313_MOESM4_ESM.doc Дополнительный Файл 4: Таблица S1. Существенные метки с более высоким уровнем экспрессии в нормальных значительным для анализа Microarray между нормальной и опухолевой библиотек шалфея. Только метки, которые были успешно связаны с конкретным геном, показаны. Теги отсортированы в порядке убывания значимости. (DOC 65 KB) 12943_2007_313_MOESM5_ESM.doc Дополнительная Файл 5: Таблица S2. Существенные метки с более высоким уровнем экспрессии в опухолевой значительным для анализа Microarray между нормальной и опухолевой библиотек шалфея. Только метки, которые были успешно связаны с конкретным геном, показаны. Теги отсортированы в порядке убывания значимости. (DOC 31 KB) авторов оригинальные представленные файлы для изображений изображения Ниже приведены ссылки на авторов оригинала, представленных файлов для изображений. 'Исходный файл для фигурного 1 12943_2007_313_MOESM7_ESM.png Авторского 12943_2007_313_MOESM6_ESM.png авторов исходного файла для Рисунок 2 12943_2007_313_MOESM8_ESM.png Авторского исходного файла для Рисунок 3 12943_2007_313_MOESM9_ESM.png Авторского исходного файла для исходного файла Рисунок 4 12943_2007_313_MOESM10_ESM.png Авторского на рисунке 5 12943_2007_313_MOESM11_ESM.png исходный файл авторов о рисунке 6

• EBNA1 связывания и эпигенетической регуляции генов-супрессоров опухолей gastrokine в желудочных клетках карциномы
• Определение действительных эталонных генов для генной экспрессии исследований рака желудка человека путем …