Dans l'analyse Silico de carcinome gastrique Analyse série de banques d'expression de gènes révèle différents profils associés à l'appartenance ethnique

Dans l'analyse Silico de carcinome gastrique Analyse série de banques d'expression de gènes révèle différents profils associés à l'appartenance ethnique
Résumé de carcinome gastrique dans le monde a marqué des variations géographiques et plus mauvais résultat chez les patients de l'Ouest par rapport à l'Est. Bien que ces différences ont été expliquées par de meilleurs critères de diagnostic, les méthodes de mise en scène améliorées et la chirurgie plus radicale, les preuves émergentes soutient le concept que les différences d'expression des gènes associés à l'ethnicité pourraient contribuer à ce résultat disparate. Ici, nous avons recueilli des ensembles de données de 4 normal et 11 gastrique Expression carcinome Gene Serial Analysis (SAGE) bibliothèques à partir de deux ethnies différentes. Toutes les bibliothèques SAGE normales ainsi que 7 bibliothèques tumorales étaient de l'Ouest et les bibliothèques 4 tumorales étaient de l'Est. Ces ensembles de données que nous comparons par des différences d'analyse et spécifiques Correspondance Analyse et support d'arbre dans les balises d'expression ont été identifiés par analyse de signification pour les biopuces. Mots à des affectations de gènes ont été réalisées par le CGAP-SAGE Genie ou TAGmapper. L'analyse de transcriptome mondiale montre une nette séparation entre les bibliothèques normales et tumorales avec 90 balises différentiellement exprimés. Une séparation claire a également été trouvé entre l'Occident et les bibliothèques tumorales Est avec 54 balises différentiellement exprimés. Mots-clés à des affectations de gènes identifiés 15 gènes, 5 d'entre eux avec une expression plus élevée significative dans les bibliothèques de l'Ouest par rapport aux bibliothèques de l'Est. qRT-PCR dans des lignées cellulaires d'origine ouest et l'est confirmé ces différences. Fait intéressant, deux de ces gènes ont été associés à l'agressivité (COL1A1 et KLK10). En conclusion, nous avons constaté que dans l'analyse de silico des bibliothèques SAGE de deux ethnies différentes révèlent des différences dans le profil d'expression génique. Ces différences d'expression pourraient contribuer à expliquer les résultats disparates entre l'Occident et le carcinome gastrique Introduction de l'Est. Est la deuxième principale cause de décès liés au cancer dans le monde entier et a marqué des variations géographiques [1-3]. L'avantage observée dans le taux de survie à 5 ans des patients de l'Est que de l'Ouest peut refléter des différences dans les critères de diagnostic, de meilleures méthodes de mise en scène et plus la chirurgie radicale [4]. Cependant preuves émergentes soutient le concept que l'ethnicité pourrait contribuer aux résultats disparates de carcinome gastrique entre l'Orient et l'Occident [4, 5]. Analyse série de l'expression génique (SAGE) est une méthode de profilage complet qui permet la caractérisation globale, impartiale et quantitative du transcriptome [6]. Un avantage majeur de SAGE est qu'une fois normalisée est possible de comparer directement les niveaux de balises générées par une seule expérience avec un autre disponible [7]. Pour avoir un aperçu des différences entre les transcriptomes de carcinome gastrique qui pourraient expliquer les résultats disparates entre l'Orient et l'Occident nous comparons ici les ensembles de données de quinze bibliothèques SAGE dérivées de tissus tumoraux normaux et gastriques provenant de patients atteints de cancer gastrique japonais et américains par l'analyse des correspondances, Soutien Arbre et importance Analyse pour biopuces pour les balises significatives et la sélection génétique. Nous avons trouvé des gènes spécifiques exprimés de manière différentielle entre les bibliothèques normales et SAGE de la tumeur ainsi que les bibliothèques de tumeurs de l'Est et l'Ouest. Ces gènes exprimés de manière différentielle pourraient expliquer le taux de survie pire dans l'Ouest par rapport à l'Est.
Méthodes
Analyses série de données d'expression génétique
Quinze bibliothèques SAGE gastriques (4 normales et 11 tumorales) du Cancer Genome Anatomy projet (CGAP) [7] ont été combinées pour l'analyse. Seules les bibliothèques avec 10 balises pb et les mêmes enzymes de coupe (BsmFI et NlaIII) ont été inclus dans cette étude. bibliothèques normales se composent d'un pool de tissus (GSM784 et GSM14780) ou des échantillons microdissection (CGAP_MD_13S et CGAP_MD_14S) et ont été produits par El-Rifai et al [8] en Virginie, États-Unis. bibliothèques de tumeur gastrique se composent de cinq bibliothèques, trois microdissection (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329), deux tumeurs primaires (GSM757 et GSM2385) et deux xénogreffes (GSM758 et GSM14760) tous de patients occidentaux et produits par El-Rifai et al [8] aussi en Virginie, États-Unis ( «tumorothèques Ouest») et 4 bibliothèques (GSM7800, GSM8505, GSM8867 et GSM9103) tous de patients japonais produit par Oue et al [9] à Hiroshima, au Japon ( «tumorothèques Est»). Une base de données contenant 121,409 étiquettes différentes a été généré à partir de bibliothèques qui ont entre 9.000 et 34.000 étiquettes uniques. Ainsi, seule GSM9103 bibliothèque a été supprimé car son nombre d'étiquette unique était trop faible (environ 6.000 étiquettes uniques). La fréquence de chaque tag a été normalisé en le divisant par le nombre total d'étiquette de la bibliothèque correspondante et en multipliant par 200.000 balises (format de normalisation CGAP). Un processus de sélection pour réduire le bruit d'une énorme quantité d'étiquettes collectées a été réalisée. Ce critère de sélection était i) "balises trouvées dans toutes les bibliothèques de la normale" vs "balises trouvées dans de toutes les tumeurs bibliothèques" et ii) "balises trouvées dans toutes les bibliothèques de tumeurs West" contre les tags "trouvés dans toutes les tumeurs Est bibliothèques
". L'Institut pour le logiciel Genomic Research MultiExperiment Viewer [10] a été utilisé pour effectuer l'analyse suivante: i) Correspondance analyse (COA) pour explorer les associations entre les échantillons qui ont tendance à avoir des profils similaires ii) Soutien Arbre à montre le soutien statistique après avoir répété au moins 1000 fois l'analyse par rééchantillonnage avec remplacement (méthode bootstrap) pour les échantillons avec des profils similaires et iii) Analyse de signification pour Microarray (SAM) pour sélectionner les balises dont l'expression était significativement différente entre les échantillons. L'association des balises à des gènes a été effectuer par SAGE Genie [11] ou TAGmapper [12] quand aucune association n'a été trouvée par SAGE Genie. Pour prédire les classes fonctionnelles des gènes annotés l'outil Fatigo + de Babelomics [13, 14] a été appliqué. La p-valeur non ajustée donnée par Babelomics a été utilisé parce que le petit nombre de gènes analysés fait qu'il est plus approprié que le ajusté-False Discovery Rate (FDR) valeur.
Quantitative en temps réel réel quantitative
PCR à transcription inverse temps transcription inverse PCR (qRT-PCR) a été réalisée sur deux lignes occidentales cellulaires (AGS, N87) et une lignée de cellules est (MKN45). L'ARN total a été extrait en utilisant Trizol (Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA) selon les recommandations du fabricant. la concentration d'ARN a été déterminée en mesurant l'absorbance à 260 nm, et la qualité a été vérifiée par l'intégrité de l'ARNr 28S et 18S, après coloration au bromure d'éthidium des échantillons d'ARN total soumis à une électrophorèse sur gel d'agarose à 0,8%. L'ADNc a été synthétisé au total avec du MMLV (Moloney Murine Leukemia Virus), transcriptase inverse (RT ThermoScript; Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA). Transcription inverse-PCR a été réalisée en utilisant 1 pg d'ARN cellulaire total pour produire un ADNc. qRT-PCR a été réalisée en utilisant un kit LightCycler-FastStart DNA Master SYBR Green I (Roche Molecular Biochemicals, Mannheim, Allemagne). Nous avons conçu des amorces spécifiques de gènes pour PDFGR humaine (5 'AGCTGATCCGTGCTAAGGAA 3' et 5 'CGACCAAGTCCAGAATGGAT 3') et RPL13 (5 'GAGGAGGCGGAACAAGTCC 3' et 5 'TCAGCAGAACTGTCTCCCTTC 3') et les conditions d'amplification sont disponibles sur demande. Un seul point de fusion courbe pic a été observé pour chaque produit, confirmant ainsi la pureté de tous les produits d'ADNc amplifiés. Les résultats qRT-PCR ont été normalisées par rapport à GADPH (5 'CGGGAAGCTTGTCATCAATGG 3' et 5 'CATGGTTCACACCCATGACG 3'), qui a une variation minimale dans toutes les lignées cellulaires testées. L'analyse a été effectue par le logiciel LightCycler 3.0. Les points de passage (début de la phase exponentielle PCR) ont été évalués par la seconde méthode maximale Dérivées et comploté contre les concentrations des étalons. de résultats de Balises avec une expression cohérente dans les bibliothèques SAGE normales et tumorales
Le processus de sélection pour trouver des balises SAGE qui ont été systématiquement exprimés en contre "toutes les tumeurs bibliothèques
" "de toutes les bibliothèques normales» ont donné lieu à 2.437 tags. Comme on le voit sur la Fig. 1, l'ACO montre une séparation claire entre les bibliothèques normales et les bibliothèques tumorales Est et Ouest. Le même COA dans une parcelle en trois dimensions (représentant 56% de l'inertie totale) montre plus de détails dans la position de chaque bibliothèque (voir fichier supplémentaire 1). Ces résultats ont été confirmés par un arbre d'appui en utilisant la corrélation de Pearson et Linkage moyenne (voir fichier supplémentaire 2). Ensuite, pour identifier les étiquettes SAGE exprimés de manière différentielle entre les échantillons normaux et tumoraux, nous avons effectué SAM, avec une valeur delta de 1,38 calculée pour maintenir le FDR proche de 0 (probabilité de trouver des balises importantes simplement par hasard), 1001 permutations uniques et un facteur de changement = 10. Cette approche a révélé 90 balises exprimés de manière différentielle entre les bibliothèques normales et tumorales avec un comportement similaire pour les deux groupes de tumeurs (Fig. 2). Parmi ces 90 étiquettes, 78 ont été régulés à la baisse et 12 balises ont été régulés à la hausse. La figure 1 correspondance L'analyse des bibliothèques SAGE normales et tumorales de l'estomac. Un tracé à deux dimensions est représenté où les points verts représentent toutes les bibliothèques normales, les points bleus sont les bibliothèques tumorales Est, et le rouge, l'orange et des points jaunes sont Ouest tumorothèques, microdissection, xénogreffe et en vrac respectivement.
Figure 2 l'analyse de série de puces à ADN de banques SAGE normales et tumorales de l'estomac. A gauche et montré dans la couleur verte, les balises significatives avec une expression plus élevée dans les bibliothèques normales; à droite et montré dans la couleur rouge, les balises significatives avec une expression plus élevée dans les bibliothèques de la tumeur.
Sélection des balises discriminatoires entre les bibliothèques Est et Ouest SAGE
Depuis le côté de la tumeur de l'ACO montre 2 groupes, l'un contenant tous les bibliothèques de l'Est et les autres contenant toutes les bibliothèques de l'Ouest, nous avons cherché des éléments discriminatoires entre les deux bibliothèques de tumeurs. Ainsi, un nouveau processus de sélection pour trouver les balises qui ont été systématiquement exprimés en contre "toutes les tumeurs de l'Ouest
" "de toutes les tumeurs de l'Est" ont abouti à 3.952 tags. Un autre arbre de soutien en utilisant la corrélation de Pearson et moyenne Linkage a été réalisée. Comme on le voit sur la Fig. 3, l'arbre montre une structure organisée avec un haut degré de confiance dans leurs branches (90% de soutien -100%), compte tenu du grand nombre d'éléments discriminatoires (tags) avec les familles et sous-familles distinctes (le fichier supplémentaire 3 montre le dendrogramme complet ). Il y a deux groupes principaux, l'un contient toutes les bibliothèques de l'Ouest et l'autre contient toutes les bibliothèques de l'Est. Le pôle Ouest contient deux sous-groupes distincts, le premier contient les 3 bibliothèques microdissection (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29 et CGAP_MD_G329) et la seconde comprend les tumeurs primaires (GSM757 et GSM2385) et xénogreffes (GSM758 et GSM14760). Le cluster East contient une paire centrale (bibliothèques GSM8505 et GSM8867) qui vient de bien histologique des tumeurs différenciées et une troisième bibliothèque (GSM7800) qui vient d'un mal histologique de la tumeur différenciée. Ensuite, pour identifier les étiquettes SAGE exprimés de manière différentielle entre l'Occident et les bibliothèques tumorales Est, nous avons effectué un SAM en utilisant les mêmes critères mentionnés ci-dessus. Cette approche a révélé 54 balises exprimés de manière différentielle (Fig. 4). Parmi ceux-ci, 8 balises étaient régulés à la hausse dans les tumeurs de l'Ouest et 46 balises étaient régulés à la hausse dans les tumeurs de l'Est. Figure 3 Arbre de soutien des bibliothèques SAGE normales et tumorales de l'estomac. Lanes 1-4 bibliothèques normales (CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780), les voies 5-11 tumorothèques Ouest (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) et les voies 12-14 tumorothèques Est (GSM7800, GSM8505 et GSM8867). Seul le haut de la dendrogramme est montré ici. Le dendrogramme complet apparaît additionnels fichier 3.
Figure 4 Analyse série pour biopuces de l'Est et les bibliothèques de carcinome gastrique SAGE Ouest. A gauche et montré dans la couleur orange, les balises significatives avec une expression plus élevée dans les bibliothèques tumorales Ouest; à droite et montré dans la couleur bleue, les balises significatives avec une expression plus élevée dans les bibliothèques tumorales Est.
Cartographie étiquettes SAGE à des gènes
Pour cartographie différentiellement exprimés étiquettes SAGE à des gènes, nous avons utilisé le CGAP-SAGE Genie et /ou ressources TAGmapper. Parmi les 90 balises exprimés de manière différentielle entre les bibliothèques normales et tumorales, seulement 53 balises ont été avec succès l'affectation à des gènes spécifiques (tableau S1 et S2 Tableau [Fichiers supplémentaires 4 & 5]). Les gènes comme GIF, CPA2, DRD5, CLIC6, ATP4A, LIPF, GKN1 et pGa5 figurent parmi les gènes les plus refoulés, tandis que les gènes TRAPPC5, KRT7, MTHFD1, TMBIM1, PDIA3 et PPGB apparaissent parmi les gènes surexprimés. De l'autre côté, parmi les 54 balises différentiellement exprimés entre l'Occident et les bibliothèques tumorales Est seulement 15 tags où associés avec succès à des gènes spécifiques (tableau 1). Fatigo + analyse a montré que les bibliothèques tumorales avaient des gènes significativement plus exprimés liés à "l'organisation et la biogenèse des cellules" (GO: 0016043), KRT7, PDIA3, PPGB et TRAPPC5 (p = 0,005); et "activité ligase" (GO: 0016874), UBE2S et MTHFD1 (p = 0,028) que les bibliothèques normales ,. La même comparaison a révélé des gènes significativement moins exprimés liés à «partie intégrante de la membrane" (GO: 0016021), ADORA1, UGT2B15, DRD5, SYNE2, ATP5J2, KCNE2, ATP4A, KDR, PTGER3 et PPAP2B (p = 0,016). D'autre part, la comparaison des gènes exprimés de manière différentielle entre l'Occident et les bibliothèques tumorales Est a montré que les tumeurs de l'Ouest avaient des gènes significativement plus exprimées à propos "développement ectoderme" (GO: 0007398). (COL1A1 indiqué sur la figure 5, également KLK10, KRT17, EMP1 et CCDC12) (p = 0,018). Cependant, les tumeurs de l'Est avaient des gènes à proximité d'importantes plus exprimées à propos "métabolisme cellulaire" (GO: 0044237) PDGFRA, MAPK13, MECR, AKR1C2, RPL13, HLX1 ​​et ADH4 (p = 0,066). Depuis au moins deux de ces "développement ectoderme" gènes (COL1A1 et KLK10) ont été trouvés régulés à la hausse dans le cancer gastrique avancé [9, 15] nos résultats pourraient suggérer plus d'agressivité des tumeurs de l'Ouest. Figure 5 niveaux d'expression de COL1A1 tag associé (TGGAAATGAC) dans les bibliothèques tumorales. Bars 1-7 correspondent à toutes les bibliothèques tumorales Ouest (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 et bars 8-10 correspondent à toutes les bibliothèques tumorales Est (GSM7800, GSM8505, GSM8867). Le niveau d'expression normalisé de tag apparaît dans la valeur de format CGAP (tags par 200,000) tracé dans une échelle logarithmique.
Tableau 1 les balises significatives avec une expression plus élevée par analyse significative pour Microarray entre l'Occident et les bibliothèques SAGE de la tumeur Est. Seules les étiquettes qui ont été associés avec succès avec un gène spécifique sont affichés. les balises sont classifiées dans un ordre décroissant d'importance, d'abord les balises fortement exprimés dans l'Est puis celles fortement exprimé dans l'Ouest.
tags
Gene Symbole
Protein Nom
N ° de bibliothèques Ouest où présente
moyenne de la tumeur de l'Ouest (tags par 200,000)
N ° de bibliothèques Est où présente
moyenne de la tumeur Est (tags par 200,000)
TGATTGGTGG
PDGFRA
récepteur du facteur de croissance dérivé des plaquettes, polypeptide alpha 3
1,88 3
115.05
GGCTGGGTTT
HLX1 ​​
H2.0-like homeo box 1 (Drosophila) 2
1,04
3
59.13
TCCGTCCGGA
RPL13
protéine ribosomique L13 3
1,36 3
39,56
ATCTGGAGCA
ADH1C
alcool déshydrogénase 1C (classe I), polypeptide gamma 3
5.99 3
294.91 protéines
TGCTCCTACC
FCGBP
Fc fragment d'IgG de liaison 4
4,91
3
111.10
TACCCTGGAA
ADH4
alcool déshydrogénase 4, polypeptide pi (classe II) 3
3.35 3
56.30
AGGTCTGCCA
AKR1C2
famille Aldo-céto réductase 1, membre C2 (dihydrodiol déshydrogénase 2; la protéine de liaison des acides biliaires; 3-alpha-hydroxystéroïde déshydrogénase, type III) 3
1,53 3
38,50
GCACCACCGG
MAPK13 protéine kinase activée par un mitogene
13
0
0 3
10,62
GGAGGGGAGG
MECR
mitochondrial trans-2-énoyl-CoA réductase 1
0,55 3
15,72
CTTCCTTGCC
KRT17 de kératine 17
7
220,64
0
0
TAATTTGCAT
EMP1
épithéliale protéine membranaire 1
7
43.26
0
0
TAAGGCTTAA
KLK10
kallicréine 10
7
20.35
0
0
TGGAAATGAC
COL1A1
collagène de type I, alpha 1
7
294,99 2
14,36
TGGATGTACA
CCDC12
domaine Coiled-coil contenant 12
7
21.69
0
0
validation des gènes exprimés de manière différentielle entre les bibliothèques SAGE de la tumeur est et ouest
Pour valider notre analyse des données SAGE deux gènes significativement plus exprimés dans les tumeurs de l'Est (de PDGFRA et RPL13) ont encore été étudiés dans trois lignées cellulaires, deux de l'Ouest (AGS et N87) et une de l'Est (MKN45). qRT-PCR a un ratio de 825 pour PDFGR (MKN45 /N87) et 4,68 pour RPL13 (MKN45 /AGS) (Fig. 6). Ainsi, ces données confirment la différence observée dans l'expression des gènes dans les bibliothèques de tumeurs SAGE. Fait intéressant, les amplitudes des différences d'expression génique dans des lignées cellulaires étaient similaires à celles des bibliothèques tumorales SAGE. La figure 6 Amplification de PDGFRA (A) et RPL13 (B) de l'ARNm par qRT-PCR. Dans (A) la ligne bleue est la lignée cellulaire Est (MKN45) et la ligne rouge est la lignée cellulaire de l'Ouest (N87). En (B) ligne bleue est la lignée cellulaire Est (MKN45) et la ligne rouge est la lignée cellulaire de l'Ouest (AGS). Les deux gènes sont sur-exprimés dans le (MKN45) lignée cellulaire Est. De la discussion
Nos résultats, sur la base de deux analyses non supervisées, COA et support d'arbre, sont très évocateurs d'un profil des bibliothèques SAGE tumorales d'expression différent , ainsi que des différences entre des échantillons normaux et tumoraux. Ces différences dans les niveaux d'expression peuvent avoir une influence sur la meilleure survie reconnue des patients de l'Est par rapport à l'Ouest. Les deux, l'ACO et le soutien Arbre montrent deux grappes (échantillons microdissection et non microdissection) mélangés indistincte, ce qui suggère que l'hétérogénéité d'un échantillon normal ne soit pas réduite par la microdissection. Ceci pourrait être expliqué par des activités cellulaires multiples des cellules normales par rapport aux cellules tumorales [16]. Cependant, parmi les bibliothèques tumorales, un regroupement serré des tumeurs microdissection a été trouvé. Ces résultats suggèrent que l'augmentation de la pureté de l'échantillon améliore l'homogénéité des résultats. Le quartier des xénogreffes souligne également à une augmentation de l'homogénéité, mais diffèrent des échantillons de tumeurs microdissection car ils groupe dans différents sous-groupes. Cette différence est probablement due à des changements subtils dans les transcriptomes données par un environnement génétique différent, comme le micro-environnement donné par les tissus des animaux [17] environnant. D'autre part, les bibliothèques non-microdissection ont été trouvés plus dispersées dans l'analyse de l'ACO, probablement à cause de la contamination de l'échantillon et de l'hétérogénéité.
Les + résultats Fatigo montrent que les cellules tumorales sont caractérisées par la régulation des gènes liés à l'organisation des cellules , la biogenèse et la prolifération cellulaire et une régulation négative des gènes liés à la communication de cellule à cellule. Après avoir recherché des différences spécifiques entre l'Occident et les bibliothèques tumorales Est, nous avons constaté que les tags les plus significativement différents ont une expression plus élevée à l'Est par rapport aux tumeurs de l'Ouest. Ainsi, il semble que le niveau d'expression moyenne des échantillons de l'Ouest tombe plus que les échantillons de l'Est, probablement en raison d'une répression génique plus large
Sur les 5 gènes identifiés avec une expression plus importante dans les bibliothèques de l'Ouest au moins deux (COL1A1. Et KLK10) ont été associés au caractère invasif et à la progression de la maladie [9, 15]. COL1A1 a été rapporté avec le stade tumoral plus avancé dans 46 cas de carcinome gastrique [9]. KLK10 a été rapporté régulés à la hausse dans l'estomac, ainsi que les carcinomes colorectaux et associés à l'invasion et le stade clinique plus avancé pour les deux types de tumeurs [15]. En outre KRT17 a été trouvé régulés à la hausse dans le cancer humain à cellules squameuses de l'œsophage (ESCC) et associé à invasivité [18]. Un autre gène, EMP1 a été associé à des types cellulaires hautement proliferatives dans les tumeurs du cerveau de souris [19]. Seul gène CCDC12 ne dispose pas de données cliniques disponibles et manque également GO annotations. L'analyse qRT-PCR sur des lignées cellulaires a confirmé les résultats de SAGE et validé la surexpression de PDFGR et RPL13 dans les bibliothèques tumorales Est.
En résumé, nous rapportons ici que la régulation positive prédominante des gènes invasives et métastatiques dans l'Ouest bibliothèques tumorales pourraient entraîner une maladie plus maligne avec un faible taux de survie. Pris ensemble, ces résultats pourraient suggérer que que les gènes exprimés de manière différentielle pourraient contribuer à expliquer les différences observées observées dans l'issue d'un carcinome gastrique entre l'Orient et l'Occident. Enfin, notre analyse est un exemple de la façon dont la biologie computationnelle peut effectivement aider les chercheurs biomédicaux à identifier les mécanismes moléculaires de la maladie [6].
Déclarations
Remerciements
Nous remercions David S. Holmes et Gonzalo Riadi du Centre pour Bioinformatique et Genome Biology, Life science Foundation - Université Andres Bello, Santiago, Chili et Wael El-Rifai de la Direction générale oncologie chirurgicale Vanderbilt Ingram Cancer Center, Université Vanderbilt, Nashville, TN, États-Unis, pour la discussion utile du manuscrit. Ce travail a été soutenu par des subventions de recherche du gouvernement chilien FONDECYT 1030130 et Fonis SA06I20019 à AHC
matériel supplémentaire électronique
12943_2007_313_MOESM1_ESM.png Fichier supplémentaire 1:. Correspondance Analyse des bibliothèques SAGE normales et tumorales de l'estomac en 3 dimensions. Les données fournies représentent le terrain en trois dimensions où les points verts représentent toutes les bibliothèques normales, les points bleus sont les bibliothèques tumorales Est, et les points rouges, oranges et jaunes sont Ouest tumorothèques, microdissection, xénogreffe et en vrac respectivement. L'axe des X est gris, l'axe Y est bleu, et l'axe Z est rose. Le chiffre est légèrement tourné vers la droite et vers le bas pour mieux montrer la position des bibliothèques tumorales dans la parcelle d'espace 3-D. (PNG 25 Ko) 12943_2007_313_MOESM2_ESM.png Fichier supplémentaire 2: chiffre complet de soutien Clustering Analyse des bibliothèques SAGE normales et tumorales de l'estomac. Le chiffre fourni représente les bibliothèques normales CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780 (lignes 1-4), les bibliothèques tumorales Ouest CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 (lignes 5-11) et les bibliothèques tumorales East GSM7800, GSM8505, et GSM8867 (pistes 12-14). (PNG 124 KB) 12943_2007_313_MOESM3_ESM.png Fichier supplémentaire 3: chiffre complet de soutien Clustering Analyse des bibliothèques de l'estomac SAGE tumorale Ouest et Est. Le chiffre fourni représente les bibliothèques Ouest tumorales (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) (pistes 1-7) et les bibliothèques tumorales Est (GSM7800, GSM8505 et GSM8867) (pistes 8-10). (PNG 209 KB) 12943_2007_313_MOESM4_ESM.doc fichier complémentaire 4: Tableau S1. Les balises significatives avec une expression plus élevée en mode Normal par analyse significative pour Microarray entre les bibliothèques SAGE normales et tumorales. Seules les balises qui ont été associés avec succès avec un gène spécifique sont présentés. Les balises sont classés dans un ordre décroissant de signification. (DOC 65 Ko) 12943_2007_313_MOESM5_ESM.doc Fichier supplémentaires 5: Tableau S2. Les balises significatives avec une expression plus élevée dans la tumeur par analyse significative pour Microarray entre les bibliothèques SAGE normales et tumorales. Seules les balises qui ont été associés avec succès avec un gène spécifique sont présentés. Les balises sont classés dans un ordre décroissant de signification. (DOC 31 Ko) Auteurs de fichiers originaux soumis pour les images
Voici les liens vers les auteurs originaux soumis les fichiers pour les images. de fichier d'origine pour la figure 1 12943_2007_313_MOESM7_ESM.png Auteurs Auteurs 12943_2007_313_MOESM6_ESM.png fichier d'origine pour la figure 2 Auteurs 12943_2007_313_MOESM8_ESM.png de fichier d'origine pour la figure 3 Auteurs 12943_2007_313_MOESM9_ESM.png de fichier original pour le fichier d'origine de la figure 4 Auteurs 12943_2007_313_MOESM10_ESM.png pour la figure 5 12943_2007_313_MOESM11_ESM.png fichier d'origine des auteurs pour la figure 6

• la liaison EBNA1 et la régulation épigénétique des gènes suppresseurs de tumeurs gastrokine dans des cellules de carcinome gastrique
• L'identification des gènes de référence valables pour les études d'expression génique du cancer de l'estomac humain par transcription inverse-qPCR