Analisi in silico di gastrico carcinoma analisi in serie di librerie di espressione genica rivela diversi profili connessi con l'etnia

Analisi in silico di gastrico carcinoma analisi in serie di librerie di espressione genica rivela diversi profili connessi con l'etnia
Abstract
carcinoma gastrico in tutto il mondo ha segnato variazioni geografiche e peggio outcome nei pazienti dall'Occidente rispetto al Oriente. Anche se queste differenze è stata spiegata dai criteri diagnostici migliori, migliorare i metodi di sosta e chirurgia più radicale, prove emergenti sostiene il concetto che le differenze di espressione genica associati all'etnia potrebbero contribuire a questo risultato disparate. Qui, abbiamo raccolto set di dati da 4 normali e 11 gastrica carcinoma Gene Serial analisi di espressione (SAGE) le librerie da due etnie diverse. Tutte le librerie SAGE normali e 7 librerie tumorali erano dall'Occidente e 4 librerie tumorali erano dall'Oriente. Questi set di dati si confrontano con le differenze di analisi e di specifiche analisi di corrispondenza e il sostegno di alberi di espressione tag sono stati identificati da analisi di significatività per microarray. Tag per le assegnazioni di geni sono stati eseguiti da CGAP-SAGE Genie o TAGmapper. L'analisi del trascrittoma globale mostra una netta separazione tra normali e tumorali librerie con 90 etichette differentemente espressi. Una separazione chiara è stata trovata anche tra l'Occidente e le librerie di tumore Oriente con 54 tag differentemente espressi. Tag per le assegnazioni gene identificato 15 geni, 5 dei quali con una significativa espressione più alta nelle biblioteche occidentale rispetto alle librerie Oriente. qRT-PCR in linee cellulari di origine occidentale e orientale ha confermato queste differenze. È interessante notare che due di questi geni sono stati associati all'aggressività (COL1A1 e KLK10). In conclusione, abbiamo scoperto che analisi in silico di librerie SAGE da due etnie differenti rivelano differenze nel profilo di espressione genica. Queste differenze di espressione potrebbe contribuire a spiegare l'esito disparate tra l'Occidente e l'Oriente.
Introduzione
carcinoma gastrico è la seconda causa di morte per cancro in tutto il mondo e ha segnato variazioni geografiche [1-3]. Il vantaggio osservata nel tasso di sopravvivenza a 5 anni dei pazienti provenienti dall'Oriente che dall'Occidente può riflettere differenze nei criteri diagnostici, migliori metodi di sosta e chirurgia più radicale [4]. Tuttavia prove emergenti supporta il concetto che l'etnicità potrebbe contribuire ai diversi esiti carcinoma gastrico tra l'Oriente e l'Occidente [4, 5]. Analisi seriale dell'espressione genica (SAGE) è un metodo di profiling completo che permette per la caratterizzazione globale, imparziale e quantitativa di trascrittomi [6]. Un vantaggio importante di SAGE è che una volta normalizzata è possibile confrontare direttamente i livelli di tag generati da un singolo esperimento con un altro disponibile [7]. Per farsi un'idea delle differenze tra trascrittomi carcinoma gastrico che potrebbero spiegare gli esiti disparati tra l'Oriente e l'Occidente qui mettiamo a confronto set di dati di quindici librerie SAGE derivati ​​da normali e gastrici tessuti tumorali da pazienti affetti da cancro gastrico giapponesi e americani per Analisi delle Corrispondenze, Supporto Albero e significato analisi per microarray per i tag significativi e la selezione genetica. Abbiamo trovato specifici geni espressi in modo differenziale tra il normale e salvia tumore librerie e le biblioteche del tumore da Oriente e l'Occidente. Questi geni differenzialmente espressi potrebbero spiegare il tasso di sopravvivenza peggiore in Occidente rispetto ad Est.
Metodi
analisi di serie di dati di espressione genica
Quindici librerie SAGE gastriche (4 normali e tumorali 11) dal Cancer Genome Anatomy Progetto (CGAP) [7] sono stati combinati per l'analisi. Solo le librerie con 10 etichette bp e gli stessi enzimi di taglio (BsmFI e NlaIII) sono stati inclusi in questo studio. biblioteche normali sono costituiti da un pool di tessuto (GSM784 e GSM14780) o campioni microdissezione (CGAP_MD_13S e CGAP_MD_14S) e sono stati prodotti da in Virginia, Stati Uniti d'America [8] El-Rifai et al. biblioteche tumore gastrico sono costituiti da cinque librerie, tre microdissezione (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329), due tumori primari (GSM757 e GSM2385) e due xenotrapianti (GSM758 e GSM14760) tutti provenienti da pazienti occidentali e prodotto da El-Rifai et al [8] anche in Virginia, Stati Uniti d'America ( "librerie tumorali occidentale") e 4 librerie (GSM7800, GSM8505, GSM8867 e GSM9103) tutte da pazienti giapponesi prodotte da a Hiroshima, Giappone [9] Oue et al ( "librerie tumorali Oriente"). Un database contenente 121,409 diversi tag è stato generato dalle biblioteche che hanno tra i 9.000 e 34.000 tag univoci. Così, solo GSM9103 biblioteca è stato rimosso perché il suo conteggio tag unico era troppo bassa (circa 6.000 tag univoci). La frequenza di ogni tag è stata normalizzata dividendola con il numero di tag totale della relativa biblioteca e moltiplicando per 200.000 tag (formato normalizzazione CGAP). Un processo di selezione per ridurre il rumore da una quantità enorme di tag raccolti è stata eseguita. Questo criterio di selezione è stato i) "tag trovato in tutte le librerie normali
" contro "tag trovato in tutte le librerie tumorali
" e ii) "tag trovato in tutti i tumori biblioteche ovest
" tag "vs. trovati in tutti i tumori Oriente librerie
". L'Istituto per il software Genomic Research MultiExperiment Viewer [10] è stato utilizzato per eseguire le seguenti analisi: i) Analisi delle corrispondenze (COA) per esplorare le associazioni tra i campioni che tendono ad avere profili simili ii) sostegno Albero di mostra il supporto statistico dopo aver ripetuto almeno 1000 volte l'analisi per ricampionamento con sostituzione (metodo Bootstrap) per campioni con profili simili e iii) Analisi significato per microarray (SAM) per selezionare i tag cui espressione era significativamente differente tra i campioni. L'associazione di tag ai geni era eseguire da SAGE Genie [11] o TAGmapper [12] quando nessuna associazione è stata trovata da SAGE Genie. Per prevedere classi funzionali di geni annotati lo strumento FatiGO + di Babelomics [13, 14] è stato applicato. Il p-valore non rettificato data dal Babelomics è stato utilizzato perché il piccolo numero di geni analizzati ha reso più adeguato rispetto al valore impostato-False Discovery Rate (FDR).
Quantitativa in tempo reale trascrizione inversa PCR quantitativa
reale tempo di trascrizione inversa PCR (qRT-PCR) è stata eseguita su due linee cellulari occidentali (AGS, N87) e una linea cellulare orientale (MKN45). L'RNA totale è stato estratto utilizzando Trizol (Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA) secondo le raccomandazioni del fabbricante. concentrazione di RNA è stata determinata misurando l'assorbanza a 260 nm, e la qualità è stata verificata l'integrità del 28S e 18S rRNA dopo colorazione con etidio bromuro di campioni di RNA totale sottoposti allo 0,8% gel di agarosio. Totale cDNA è stato sintetizzato con MMLV (Moloney Murine Leukemia Virus) transcriptasi inversa (RT Thermoscript; Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA). Reverse trascrizione-PCR è stata effettuata utilizzando 1 ug di RNA cellulare totale per generare cDNA. qRT-PCR è stata effettuata utilizzando un kit di LightCycler-FastStart DNA Maestro SYBR Green I (Roche Molecular Biochemicals, Mannheim, Germania). Abbiamo progettato primer gene-specifici per PDFGR umano (5 'AGCTGATCCGTGCTAAGGAA 3' e 5 'CGACCAAGTCCAGAATGGAT 3') e RPL13 (5 'GAGGAGGCGGAACAAGTCC 3' e 5 'TCAGCAGAACTGTCTCCCTTC 3') e sono disponibili, su richiesta, le condizioni di amplificazione. Una curva di picco singolo-melt è stata osservata per ogni prodotto, confermando così la purezza di tutti i prodotti di cDNA amplificati. I risultati qRT-PCR sono stati normalizzati GADPH (5 'CGGGAAGCTTGTCATCAATGG 3' e 5 'CATGGTTCACACCCATGACG 3'), che aveva la variazione minima in tutte le linee cellulari testate. L'analisi si esibiva dal software LightCycler 3.0. punti di passaggio (inizio della fase esponenziale PCR) sono stati valutati dal secondo metodo della massima Derivate e riportati in funzione delle concentrazioni degli standard.
Risultati
Tag con l'espressione coerente in normali e tumorali librerie SAGE
Il processo di selezione per trovare i tag SAGE che sono stati costantemente espresso in "tutte le biblioteche normali
" contro "tutte le biblioteche tumorali
" portato a 2.437 tag. Come mostrato in Fig. 1, COA mostra netta separazione tra le biblioteche e le librerie normali tumorali est e ovest. Lo stesso COA in una trama tridimensionale (pari al 56% dell'inerzia totale) mostra maggiori dettagli nella posizione di ciascuna biblioteca (vedi File supplementare 1). Questi risultati sono stati confermati da un albero di supporto utilizzando la correlazione di Pearson e Linkage media (vedere Ulteriori File 2). Successivamente, per identificare i tag SAGE differenzialmente espressi tra i campioni normali e tumorali, abbiamo eseguito SAM, con un valore delta 1.38 calcolata per mantenere la FDR prossima a 0 (probabilità di trovare tag significativi solo per caso), 1001 permutazioni uniche e un cambiamento piega = 10. Questo approccio ha rivelato 90 tag differenzialmente espressi tra normali e tumorali librerie con un comportamento simile per entrambi i gruppi di tumore (Fig. 2). Tra questi 90 etichette, 78 sono stati down-regolato e 12 i tag sono stati up-regolati. Figura 1 Analisi delle corrispondenze di normali e tumorali librerie SAGE dello stomaco. Una trama bidimensionale è mostrato dove i puntini verdi rappresentano tutte le librerie normali, i puntini blu sono le librerie tumorali Oriente, e il rosso, arancio e punti gialli sono Occidentale librerie tumorali, microdissezione, xenotrapianto e alla rinfusa, rispettivamente.
Figura 2 Analisi seriale per microarray di normali e tumorali librerie SAGE dello stomaco. A sinistra e mostrata in colore verde, i tag significativi con maggiore espressione nelle librerie normali; a destra e mostrata in colore rosso, i tag significativi con maggiore espressione nelle librerie tumorali.
Selezione di tag discriminatorie tra le biblioteche Oriente e Occidente SAGE
Dal lato del tumore del COA mostra 2 gruppi, uno contenente tutti le librerie est e le altre che contengono tutte le librerie Occidente, abbiamo cercato elementi discriminatori tra le due librerie di tumori. Così, un nuovo processo di selezione per trovare i tag che sono stati costantemente espresso in "tutti i tumori est
" "tutti i tumori ovest
" vs. portato a 3.952 tag. Un altro albero di supporto utilizzando la correlazione di Pearson e media Linkage è stata eseguita. Come mostrato in Fig. 3, l'albero presenta una struttura organizzata con un elevato grado di fiducia nelle proprie filiali (90% -100% di sostegno), proposta dal gran numero di elementi discriminatori (tag) con le famiglie e sottofamiglie distintivi (il file aggiuntivo 3 mostra la piena dendrogramma ). Ci sono due gruppi principali, uno contiene tutte le librerie Ovest e l'altro contiene tutte le librerie Oriente. Il cluster occidentale contiene due sottocluster distintivi, la prima contiene le 3 librerie microdissezione (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29 e CGAP_MD_G329) e la seconda include tumori primari (GSM757 e GSM2385) e xenotrapianti (GSM758 e GSM14760). Il cluster Oriente contiene una coppia centrale (GSM8505 e GSM8867 librerie) che viene da istologico ben tumori differenziati e una terza biblioteca (GSM7800), che viene da una istologico del tumore poco differenziato. Avanti, per identificare i tag SAGE differenzialmente espressi tra l'Occidente e le librerie del tumore Oriente, abbiamo effettuato una SAM utilizzando gli stessi criteri di cui sopra. Questo approccio ha prodotto 54 tag differenzialmente espressi (Fig. 4). Tra questi, 8 erano tag up-regolati nei tumori Ovest e 46 etichette erano up-regolata nei tumori Oriente. Figura 3 Supporto albero di normali e tumorali librerie SAGE dello stomaco. Lanes 1-4 librerie normali (CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780), corsie 5-11 occidentale librerie tumorali (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) e corsie 12-14 Oriente librerie tumorali (GSM7800, GSM8505 e GSM8867). Solo è indicata all'inizio della dendrogramma qui. Il dendrogramma completo appare nel aggiuntive File 3.
Figura 4 Analisi seriale per microarray di Oriente e librerie di carcinoma gastrico SAGE occidentale. A sinistra e mostrata in colore arancione, i tag significativi con elevata espressione nelle librerie tumorali occidentale; a destra e mostrata in colore blu, i tag significativi con maggiore espressione nelle librerie tumorali Oriente.
Mapping SAGE tag ai geni network per la mappatura differenzialmente espressi tag SAGE ai geni abbiamo usato il CGAP-SAGE Genie e /o risorse TAGmapper. Tra i 90 tag espressi in modo differenziale tra normali e tumorali librerie, solo 53 erano i tag con successo l'assegnazione di specifici geni (Tabella S1 e S2 Tabella [file aggiuntivi 4 &Amp; 5]). I geni come GIF, CPA2, DRD5, CLIC6, ATP4A, LIPF, GKN1 e PGA5 appaiono tra i geni più repressi, mentre TRAPPC5, KRT7, MTHFD1, TMBIM1, PDIA3 e PPGB geni appaiono tra i geni sovraespresso. D'altra parte, tra i 54 tag differenzialmente espressi tra l'Occidente e le librerie tumorali Oriente solo 15 tag in cui associati con successo a specifici geni (Tabella 1). FatiGO + analisi ha dimostrato che le biblioteche tumorali avevano geni significativamente più espressi correlate a "organizzazione cellulare e biogenesi" (GO: 0.016.043), KRT7, PDIA3, PPGB e TRAPPC5 (p = 0,005); e "ligasi attività" (GO: 0.016.874), UBE2S e MTHFD1 (p = 0,028) rispetto librerie normali ,. Lo stesso confronto è emerso geni significativamente meno espressi correlate a "parte integrante della membrana" (GO: 0.016.021), ADORA1, UGT2B15, DRD5, SYNE2, ATP5J2, KCNE2, ATP4A, KDR, PTGER3 e PPAP2B (p = 0,016). D'altra parte, il confronto tra i geni espressi in modo differenziale tra l'Occidente e le librerie tumorali Oriente hanno dimostrato che i tumori Occidente aveva geni significativamente più espressi commenti su "sviluppo ectoderma" (GO: 0.007.398). (COL1A1 mostrato in Fig 5, anche KLK10, KRT17, Emp1, e CCDC12) (p = 0,018). Tuttavia, i tumori Oriente era vicino significativi geni più espressi correlate a "metabolismo cellulare" (GO: 0.044.237) PDGFRA, MAPK13, MECR, AKR1C2, RPL13, HLX1 ​​e ADH4 (p = 0,066). Dal momento che almeno due di questi geni "di sviluppo" ectoderma (COL1A1 e KLK10) sono stati trovati up-regolati nel carcinoma gastrico avanzato [9, 15] i nostri risultati potrebbero suggerire più aggressività dei tumori occidentale. Figura 5 livelli di espressione di COL1A1 tag associato (TGGAAATGAC) nelle biblioteche tumorali. Bar 1-7 corrispondono a tutte le librerie occidentale tumorali (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 e bar 8-10 corrispondono a tutte le librerie tumorali Oriente (GSM7800, GSM8505, GSM8867). Il livello di espressione normalizzata tag appare in il valore formato CGAP (tag per 200.000) tracciati in una scala logaritmica.
Tabella 1 i tag significativi con l'espressione più alta di Analisi significativo per microarray tra l'Occidente e le librerie del tumore SAGE Oriente. solo i tag che sono stati associati con successo con un gene specifico vengono visualizzati. i tag sono allineati in ordine decrescente importanza, in primo luogo i tag altamente espresse in Oriente e poi quelle altamente espresso in Occidente.
Etichette
Gene Simbolo
proteico Nome
N ° di biblioteche occidentale ove presenti
occidentale medio del tumore (Tag per 200.000)
N ° di biblioteche Oriente, dove presenti
Oriente media del tumore (Tag per 200.000)
TGATTGGTGG
PDGFRA
Platelet-derivato del recettore del fattore di crescita, alfa polipeptide 3
1.88 3
115.05
GGCTGGGTTT
HLX1 ​​
H2.0-like scatola homeo 1 (Drosophila) 2
1.04 Pagina 3
59.13
TCCGTCCGGA
RPL13
ribosomiale proteina L13 3
1.36 3
39.56
ATCTGGAGCA
ADH1C
alcol deidrogenasi 1C (classe I), gamma polipeptide 3
5.99 3
294,91 proteina
TGCTCCTACC
FCGBP
Fc frammento di IgG vincolanti 4
4.91 Pagina 3
111.10
TACCCTGGAA
ADH4
alcol deidrogenasi 4 (classe II), PI polipeptide 3
3.35 3
56.30
AGGTCTGCCA
AKR1C2
Aldo-cheto reduttasi famiglia 1, membro C2 (diidrodiolo deidrogenasi 2; acidi biliari proteina legante; 3-alfa deidrogenasi idrossisteroide, tipo III) 3
1.53 3
38.50
GCACCACCGG
MAPK13 proteina chinasi
mitogeno-activated 13
0 0
3
10.62
GGAGGGGAGG
MECR
mitocondriale trans-2-enoil-CoA reduttasi
1 0.55 3
15.72
CTTCCTTGCC
KRT17
cheratina 17 7
220,64
0 0

TAATTTGCAT
Emp1
proteine ​​di membrana epiteliale 1 7
43.26
0
0
TAAGGCTTAA
KLK10
Kallikrein 10 7
20.35
0 0

TGGAAATGAC
COL1A1
collagene di tipo I, alfa 1 7
294.99 2
14,36
TGGATGTACA
CCDC12
dominio avvolto a spirale contenente 12 7
21.69
0 0

validazione dei geni espressi in modo differenziale tra est e ovest librerie tumore SAGE
convalidato la nostra analisi dei dati SAGE due geni significativamente più espressi nei tumori Oriente (PDGFRA e RPL13) sono stati ulteriormente studiati in tre linee cellulari, due da Ovest (AGS e N87) e uno da est (MKN45). qRT-PCR mostra un rapporto di 825 per PDFGR (MKN45 /N87) e 4,68 per RPL13 (MKN45 /AGS) (Fig. 6). Così, questi dati confermano la differenza osservata di espressione genica nelle biblioteche tumorali SAGE. È interessante notare, le grandezze delle differenze di espressione genica in linee cellulari erano simili a quelle di un tumore librerie SAGE. Figura 6 Amplificazione di PDGFRA (A) e RPL13 (B) mRNA mediante qRT-PCR. In (A) linea blu è la linea cellulare Oriente (MKN45) e la linea rossa è la linea cellulare occidentale (N87). In (B) linea blu è la linea cellulare Oriente (MKN45) e la linea rossa è la linea cellulare occidentale (AGS). Entrambi i geni sono sovra-espressi nella linea cellulare (MKN45) East.
Discussione
I nostri risultati, sulla base di due analisi non vigilati, COA e supporto albero, sono altamente suggestivo di un diverso profilo di espressione di librerie SAGE tumorali , insieme con le differenze tra i campioni normali e tumorali. Queste differenze nei livelli di espressione potrebbero avere un'influenza sulla migliore sopravvivenza dei pazienti riconosciuto est rispetto all'Occidente. Entrambi, COA e supporto albero mostrano due cluster (campioni microdissezione e non microdissezione) mescolati indistintamente, suggerendo che l'eterogeneità di un campione normale non è ridotta dalla microdissezione. Questo può essere spiegato con molteplici attività cellulari delle cellule normali rispetto alle cellule tumorali [16]. Tuttavia tra le biblioteche del tumore, è stato trovato uno stretto gruppo di tumori microdissezione. Questi risultati suggeriscono che l'aumento della purezza del campione migliora l'omogeneità dei risultati. Il quartiere degli xenotrapianti evidenzia anche un aumento della omogeneità, ma differiscono da campioni tumorali microdissezione in quanto gruppo in diversi sottocluster. Questa differenza è probabilmente dovuta a cambiamenti sottili nelle transcriptomes fornite da un ambiente genetico diverso, come il microambiente circostante in tessuto animale [17]. D'altra parte, le librerie non microdissezione stati trovati più sparsi nell'analisi COA, probabilmente a causa della contaminazione del campione ed eterogeneità.
I FatiGO + risultati dimostrano che le cellule tumorali sono caratterizzate da up-regolazione dei geni legati alla organizzazione cellulare , biogenesi e la proliferazione delle cellule, e una down-regolazione dei geni legati alla comunicazione cellula-cellula. Dopo la ricerca di differenze specifiche tra l'Occidente e le librerie del tumore Oriente, abbiamo scoperto che i tag più significativamente differenti hanno una espressione più alta in Oriente rispetto ai tumori occidentale. Così, sembra che il livello medio espressione dei campioni West Falls più campioni Oriente, probabilmente a causa di una repressione gene ampia. Illustrazione Di 5 geni identificati con espressione significativa più elevata nelle librerie occidentali almeno due (COL1A1 e KLK10) sono stati associati con invasività e la progressione della malattia [9, 15]. COL1A1 stato segnalato associato con lo stadio del tumore più avanzato in 46 casi di carcinoma gastrico [9]. KLK10 stato segnalato up-regolati in gastrica, così come i carcinomi del colon-retto e associati con l'invasione e stadio clinico più avanzato per entrambi i tipi di tumori [15]. Inoltre KRT17 è stato trovato up-regolati in esofageo carcinoma a cellule squamose umane (ESCC) e associato ad invasività [18]. Un altro gene, Emp1 è stato associato a tipi di cellule altamente proliferative nei tumori cerebrali del mouse [19]. Solo gene CCDC12 non dispone di dati clinici disponibili e manca anche andare annotazioni. L'analisi qRT-PCR su linee cellulari ha confermato i risultati di salvia e convalidato l'eccessiva espressione di PDFGR e RPL13 nelle librerie tumorali Oriente.
In sintesi Qui riportiamo che la predominante up-regolazione dei geni invasivi e metastatici in Occidente biblioteche tumorali potrebbero causare una malattia più maligna con una sopravvivenza più poveri. Nel loro insieme questi risultati potrebbero suggerire che che i geni differenzialmente espressi potrebbero contribuire a spiegare le differenze osservate osservate nel risultato del carcinoma gastrico tra l'Oriente e l'Occidente. Infine, la nostra analisi è un esempio di come la biologia computazionale in grado di assistere efficacemente i ricercatori biomedici a identificare i meccanismi molecolari della malattia [6].
Dichiarazioni
Ringraziamenti
Ringraziamo David S. Holmes e Gonzalo Riadi dal centro per Bioinformatica e Genome Biology, life Science Foundation - Andres Bello Università, Santiago, Cile e Wael El-Rifai da Surgical Oncology Branch Vanderbilt Ingram Cancer center, Vanderbilt University, Nashville, TN, Stati Uniti d'America, per utile la discussione del manoscritto. Questo lavoro è stato sostenuto da governo cileno borse di ricerca FONDECYT 1030130 e FONIS SA06I20019 per AHC
materiale supplementare elettronica
12943_2007_313_MOESM1_ESM.png Ulteriori file. 1: analisi delle corrispondenze di normali e tumorali librerie SAGE dello stomaco in 3 dimensioni. I dati forniti rappresentano la trama tridimensionale dove i puntini verdi rappresentano tutte le librerie normali, i puntini blu sono le librerie tumorali Oriente, ed i puntini rossi, arancio e giallo sono Occidentale librerie tumorali, microdissezione, xenotrapianto e alla rinfusa, rispettivamente. L'asse X è grigio, l'asse Y è blu, e l'asse Z è rosa. Il dato è leggermente ruotato verso destra e verso il basso per mostrare meglio la posizione librerie tumorali nella trama spazio 3-D. (PNG 25 KB) 12943_2007_313_MOESM2_ESM.png file aggiuntive 2: figura completa di supporto Analisi Clustering di normali e tumorali librerie SAGE dello stomaco. Il dato fornito rappresentano le librerie normali CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780 (linee 1-4), le biblioteche occidentale tumorali CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 (linee 5-11) e biblioteche Oriente tumorali GSM7800, GSM8505, e GSM8867 (corsie 12-14). (PNG 124 KB) 12943_2007_313_MOESM3_ESM.png file aggiuntive 3: la figura completo di supporto clustering Analisi di Occidente e Oriente librerie tumore SAGE dello stomaco. Il dato fornito rappresentano le librerie occidentale tumorali (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) (corsie 1-7) e le librerie tumorali Oriente (GSM7800, GSM8505 e GSM8867) (corsie 8-10). (PNG 209 KB) 12943_2007_313_MOESM4_ESM.doc file aggiuntive 4: Tabella S1. I tag significativi con più alta espressione in normale da Analysis significativo per microarray tra biblioteche SAGE normali e tumorali. Solo i tag che sono stati associati con successo un gene specifico sono mostrate. I tag vengono ordinati in ordine decrescente importanza. (DOC 65 KB) 12943_2007_313_MOESM5_ESM.doc file aggiuntive 5: Tabella S2. I tag significativi con più alta espressione nel tumore da Analysis significativo per microarray tra biblioteche SAGE normali e tumorali. Solo i tag che sono stati associati con successo un gene specifico sono mostrate. I tag vengono ordinati in ordine decrescente importanza. (DOC 31 KB) degli autori fascicoli presentati originali per
di seguito sono riportati i link ai file degli autori originali inviati per le immagini. 'file originale per la figura 1 12943_2007_313_MOESM7_ESM.png Autori 12943_2007_313_MOESM6_ESM.png autori file originale per la figura 2 12943_2007_313_MOESM8_ESM.png Autori file originale per la figura 3 12943_2007_313_MOESM9_ESM.png Autori file originale per il file originale figura 4 12943_2007_313_MOESM10_ESM.png degli autori per la figura 5 12943_2007_313_MOESM11_ESM.png file originale degli autori per la figura 6

• vincolanti EBNA1 e regolazione epigenetica di gastrokine tumorali geni soppressori in gastrica carcinoma cells
• L'identificazione di geni di riferimento validi per studi di espressione genica del cancro allo stomaco umano di trascrizione inversa-qPCR