Kompjutora analizi karcinom želuca Serijski Analiza ekspresije gena knjižnica otkriva različite profile povezane s ethnicity

kompjutora analize karcinom želuca Serijski Analiza ekspresije gena knjižnica otkriva različite profile vezane uz etnicitet pregled apstraktne pregled Worldwide želučanog karcinoma obilježava geografske varijacije i još gore ishod u bolesnika sa Zapada u odnosu na Istok. Iako su ove razlike je objasniti boljim dijagnostičkim kriterijima, poboljšanim metodama odmorišta i više radikalne operacije, u nastajanju dokaza podupire koncept da ekspresije gena razlike vezane za nacionalne pripadnosti mogu doprinijeti ovom disparatne ishod. Evo, prikupili smo skupova podataka iz 4 normalna i 11 karcinom želuca Serijski Gene Expression Analysis (kadulja) knjižnica iz dvije različite nacionalnosti. Svi normalni SAGE knjižnice, kao i 7 tumorske knjižnice bile su sa Zapada i 4 tumorske knjižnice su s Istoka. Ti skupovi podataka usporedimo dopisno analiza i podrška Tree analiza i specifične razlike u ekspresiji oznake su identificirani značaj analize za Microarray. Oznake u gen zadatke su obavljali KDPP kadulje Genie ili TAGmapper. Analiza globalne transcriptome pokazuje jasno razdvajanje između normalnih i tumorskih knjižnica sa 90 tagova diferencijalno izraženi. Jasno razdvajanje je pronađen između Zapada i Istoka knjižnicama tumora sa 54 tagova diferencijalno izraženi. Oznake u gen zadatke identificirati 15 gena, 5 od njih sa značajnom visokog izražaja na Zapadu knjižnica u odnosu na Istok knjižnicama. QRT-PCR u staničnim linijama iz zapadne i istočne podrijetla potvrdili su ove razlike. Zanimljivo, dva od ovih gena su bili povezani na agresivnost (COL1A1 i KLK10). U zaključku otkrili smo da su u silico analizu SAGE knjižnica iz dviju različitih nacionalnosti otkrivaju razlike u ekspresiji gena profilu. Te izraz razlike mogu doprinijeti objasniti nejednako ishod između Zapada i Istoka. Pregled Uvod pregled, karcinom želuca je drugi vodeći uzrok smrti od raka povezanih u svijetu, te je označio geografske varijacije [1-3]. Promatrana prednost u 5-godišnje preživljavanje kod pacijenata s istoka nego sa zapada mogu odražavati razlike u dijagnostičkim kriterijima, bolje metode izvedbe i radikalniji kirurški zahvat. [4] Međutim nastajanju dokaza podupire koncept da etnicitet bi mogli uzrokovati različitih želučanih ishoda karcinoma između Istoka i Zapada [4, 5]. Serijski Analiza ekspresije gena (kadulja) je sveobuhvatan profiliranje metoda koja omogućuje globalnu, nepristran i kvantitativnu karakterizaciju transcriptomes [6]. Glavna prednost od kadulje je da jednom normalizirana je moguće izravno usporediti razine oznaka generira jednog eksperimenta s bilo koje drugo dostupno [7]. Da bi dobio uvid u razlike između transcriptomes želučanog karcinoma koje bi mogle objasniti posve različitih ishoda između istoka i zapada ovdje Usporedimo skupova podataka iz petnaest SAGE bibliotekama izvedenim iz zdravih i želučanih tumora tkiva iz japanskih i američkih pacijenata s rakom želuca dopisivanje analize, podrška Drvo i značaj Analiza za microarray za koji označava oznakama i selekcije gena. Pronašli smo specifične gene različito izražene između normalnih i tumorskih SAGE knjižnicama, kao i knjižnicama tumora s Istoka i Zapada. Ove različito izražena gena može objasniti lošije preživljenje na Zapadu u odnosu na Istok.
Metode
serijski Analize Gene Expression podataka o pregled petnaest želučanih SAGE knjižnica (4 normalnim i 11 tumora) od raka Genome anatomiju Projekt (KDPP) [7] su kombinirane za analizu. Samo knjižnice s 10 bp oznakama i istim rezanja enzima (BsmFI i NlaIII) su uključene u ovu studiju. Normalni knjižnice sastoji se od bazena tkiva (GSM784 i GSM14780) ili microdissected uzoraka (CGAP_MD_13S i CGAP_MD_14S) i proizvedene su El-Rifai et [8] al u Virginiji, SAD. Želučani tumor knjižnice sastoji se od pet knjižnica, tri microdissected (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329), dvije primarne tumore (GSM757 i GSM2385) i dva stranih tijela (GSM758 i GSM14760) svi iz zapadnih pacijenata i proizveden od strane El-Rifai sur [8] i u Virginiji, SAD ( "West tumorske knjižnice") i 4 knjižnica (GSM7800, GSM8505, GSM8867 i GSM9103), sve od japanske pacijente proizvedenih Oue et al [9] u Hiroshima, Japan ( "istočno knjižnicama tumora"). Baza podataka koja sadrži 121,409 različite oznake je izveden iz knjižnice koje imaju između 9.000 i 34.000 jedinstvenih oznaka. Dakle, jedina knjižnica GSM9103 je uklonjen jer je njegova jedinstvena oznaka count bila preniska (oko 6000 jedinstvenih oznake). Učestalost svake oznake se normalizira ga dijeli s ukupnim brojem oznake odgovarajućeg knjižnice i pomnoži sa 200.000 oznake (KDPP normalizacija format). Postupak odabira za smanjenje buke od ogromne količine oznake prikupljenih je izvršena. Ovaj kriterij odabira bio sam) "oznake se nalaze u svim normalnim knjižnica
" vs "oznake nalaze se u svim knjižnicama tumora
" i II) "oznake nalaze u svim zapadnoeuropskim tumora knjižnica
" vs "oznake pronađenih u svim istočnoeuropskim tumora knjižnice
". Zavod za Genska istraživanja softver MultiExperiment Viewer [10] se koristi za obavljanje sljedećih analiza: i) Dopisi Analiza (COA) da istraže vezu između uzoraka koji imaju tendenciju da imaju slične profile ii) Podrška Stablo se prikazuje statističke potporu nakon ponavljanja najmanje 1000 puta analizi Ponovno uzorkovanje sa zamjenskim (bootstrap metoda) za uzorke sa sličnim profilima i iii) analiza značaja za microarray (SAM) za odabir oznake čiji je izraz lica bio je značajno različita između uzoraka. Udruga oznaka na genima je izvesti tako SAGE Genie [11] ili TAGmapper [12] kad nema Udruga je pronašao SAGE Genie. Predvidjeti funkcionalne klase bilješkama gene FatiGO + alat Babelomics [13, 14] je primijenjena. Nekorigirani p-vrijednost daje Babelomics se koristi jer je mali broj gena analiziranih napravio je prikladnije od namjesti False Discovery Rate (FDR) vrijednosti. Pregled Kvantitativna realnom vremenu reverznom transkripcijom PCR pregled Kvantitativna stvarnost vrijeme reverzne transkripcije PCR (QRT-PCR) na dvije stanične linije zapadnih (AGS, N87) i jedan stanična linija istočne (MKN45). Ukupna RNA je ekstrahirana pomoću Trizola (Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA) u skladu s preporukama proizvođača. Koncentracija RNA se određuje mjerenjem apsorbancije na 260 nm, a kvaliteta je potvrđena integritet 28S i 18S rRNA nakon etidij bromid bojanjem uzoraka ukupne RNA podvrgnuta 0.8% agaroza gel elektroforezom. Ukupna cDNA sintetiziran MMLV (Moloney Murine leukemija virus) reverzne transkriptaze (Thermoscript RT; Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA). Reverzne transkripcije-PCR koristeći 1 ug ukupne stanične RNA generirati cDNA. QRT-PCR je izveden uz upotrebu LightCycler-FastStart DNA Master SYBR Green I kita (Roche Molecular Biochemicals, Mannheim, Njemačka). Osmislili smo genski specifičnih primera za ljudsku PDFGR (5 'AGCTGATCCGTGCTAAGGAA 3' i 5 'CGACCAAGTCCAGAATGGAT 3') i RPL13 (5 'GAGGAGGCGGAACAAGTCC 3' i 5 'TCAGCAGAACTGTCTCCCTTC 3') i uvjeti pojačanja su dostupne na zahtjev. Vrhunac krivulja single-melt uočeno je za svaki proizvod, što potvrđuje čistoću svih pojačanih cDNA proizvoda. Rezultati QRT-PCR su normalizirani na GADPH (5 'CGGGAAGCTTGTCATCAATGG 3' i 5 'CATGGTTCACACCCATGACG 3'), koji je imao minimalni varijacija u svih ispitanih staničnih linija. Analiza je izvodio po LightCycler softvera 3.0. Prijelazi (početak PCR eksperimentalnoj fazi) procijenjeni su u drugom derivirani maksimalno metodom i prikazani su prema vrijednostima koncentracija standarda. | Rezultati
Tagovi s dosljednom izražavanja u normalnim i tumorskim SAGE knjižnicama
postupak odabira pronaći kadulje oznake koje su dosljedno su izraženi u "svim normalnim knjižnica u
" vs "svi tumorske knjižnice
" rezultirala 2,437 tagova. Kao što je prikazano na slici. 1, COA pokazuje jasno razdvajanje između normalne knjižnica i Istok i Zapad knjižnicama tumora. Isto COA u trodimenzionalnom parceli (računovodstvo za 56% od ukupne inercije) pokazuje više detalja u položaju svake knjižnice (vidi dodatne datotečne 1). Ovi rezultati su potvrđeni za podršku stabla pomoću Pearson korelacija i Average spajanje (vidi dodatne datotečne 2). Zatim identificirati Kadulja oznake različito izražene između normalnih i tumorskih uzoraka, proveli smo SAM, s delta vrijednosti 1,38 izračunate za održavanje FDR blizu 0 (vjerojatnost za pronalaženje značajnih oznake pukim slučajem), 1001 jedinstvenih permutacija i kauč na promjene = 10. Ovaj pristup otkrila 90 tagove različito izražena između normalnih i tumorskih knjižnica sa sličnim ponašanjem za oba tumora skupine (Sl. 2). Među tim 90 oznaka, 78 podregulirani i 12 oznake su up-regulirana. Slika 1 korespondencije Analiza normalnih i tumorskih SAGE knjižnica u želucu. Dvodimenzionalni zemljište prikazano gdje se zeleni točkice predstavljaju sve normalno knjižnice, plave točkice su tumorske knjižnice istok, a crvena, narančasta i žuta točkice su West tumora knjižnice, microdissected, ksenograft i skupno respektivno. Pregled slika 2 Serial Analiza za mikropolja normalnih i tumorskih SAGE knjižnice želuca. Ulijevo i prikazana u zelenoj boji, značajne oznake s visokom ekspresijom u normalnim knjižnica; s desne strane i prikazana u crvenoj boji, značajnih oznake s višim izrazom u knjižnicama tumora.
Izbor diskriminatornih oznake između istoka i zapada SAGE knjižnice pregled Od strane tumora ZOO pokazuje 2 grupe, jedna koja sadrži sve Istočni knjižnice i drugi koji sadrži sve West knjižnice su, tražili smo diskriminacijskih elemenata između dva tumora knjižnicama. Dakle, novi proces selekcije pronaći oznake koje su dosljedno su izraženi u "sve istočnoeuropske tumora
" vs "svi West tumora pregled" rezultirale 3,952 tagova. Još jedna podrška Tree pomoću Pearson korelacija i Prosječno polužje je provedena. Kao što je prikazano na slici. 3, stablo prikazuje organiziranu strukturu s visokim stupnjem povjerenja u njihovim poslovnicama (90% -100% podrške), dao velikog broja diskriminacijskih elemenata (oznake), s prepoznatljivim obitelji i podskupina (Dodatnog File 3 prikazuje punu dendrograma ). Postoje dvije glavne skupine, jedna sadrži sve West knjižnice, a druga sadrži sve East knjižnice. Zapad klaster sadrži dva osebujna subclusters, prvi sadrži 3 microdissected knjižnice (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29 i CGAP_MD_G329), a drugi uključuje primarne tumore (GSM757 i GSM2385) i stranih tijela (GSM758 i GSM14760). Istok klaster sadrži središnji par (GSM8505 i GSM8867 knjižnice) koja dolazi iz histološkom dobro diferenciranih tumora i treće knjižnice (GSM7800) koji dolazi iz histološkom slabo diferenciranog tumora. Zatim identificirati Kadulja oznake različito izražene između Zapada i tumora knjižnica istoka, Izvršili smo SAM koristeći iste kriterije gore navedenih. Ovaj pristup je otkrio 54 oznake različito izražene (sl. 4). Među njima, 8 oznake su up-regulirana u Zapadna tumora i 46 su oznake regulira prema gore na istoku tumora. Slika 3 Potpora drvo normalnim i tumorskim SAGE knjižnice želuca. Lanes 1-4 normalni knjižnice (CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780), uličice 5-11 West tumora knjižnice (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) i linije 12-14 Istok tumora knjižnice (GSM7800, GSM8505 i GSM8867). Samo je prikazana na vrhu dendrogramu. Puni Dendrogram pojaviti u dodatne datotečne 3. pregled Slika 4 Serial Analiza za Microarray istoka i zapada želuca SAGE karcinom knjižnica. S lijeve i prikazano u narančastoj boji, značajne oznake s visokom ekspresijom u knjižnicama tumora West; s desne strane i prikazani su u plavoj boji, značajnih oznake s višim izrazom u knjižnicama tumora istoka. pregled Mapping SAGE oznaka na genima
Za mapiranje različito izražena SAGE oznaka na genima smo koristili KDPP kadulje Genie i /ili TAGmapper resursi. Među 90 tagova različito izražena između normalnih i tumorskih knjižnicama, samo 53 oznake uspješno su zadatak sa specifičnim genima (Tablica S1 i S2 tablici [dodatne datoteke 4 &5]). Geni kao što su GIF, CPA2, DRD5, CLIC6, ATP4A, LIPF, GKN1 i PGA5 pojaviti među potisnutih gena, dok TRAPPC5, KRT7, MTHFD1, TMBIM1, PDIA3 i PPGB geni se pojavljuju među pojačana ekspresija gena. S druge strane, među 54 tagova različito izražena između Zapada i Istoka knjižnicama tumora samo 15 oznake gdje je uspješno povezan sa specifičnim genima (Tablica 1). FatiGO + analiza pokazala da tumorske knjižnice imali su značajno više izražene gene koji se odnose na "organizacija stanica i biogeneza" (GO: 0.016.043), KRT7, PDIA3, PPGB i TRAPPC5 (p = 0,005); i "ligaze aktivnost" (GO: 0016874), UBE2S i MTHFD1 (p = 0,028) nego što je normalno knjižnice ,. Ista usporedba otkrila je znatno manje izražene gene koji se odnose na "integralni membranski" (GO: 0016021), ADORA1, UGT2B15, DRD5, SYNE2, ATP5J2, KCNE2, ATP4A, KDR, PTGER3 i PPAP2B (p = 0,016). S druge strane, usporedba gena različito izražena između Zapada i tumorskih knjižnica istoka pokazala je da Zapad tumori imali su značajno više izražene gene vezane za "razvoj ektoderm" (GO: 0007398). (COL1A1 prikazan na slici 5, također KLK10, KRT17, EMP1 i CCDC12) (p = 0,018). Međutim, Istok tumori imali u blizini značajnih više izražene gene koji se odnose na "stanični metabolizam" (GO: 0044237) PDGFRA, MAPK13, MECR, AKR1C2, RPL13, HLX1 ​​i ADH4 (p = 0,066). Budući da barem dva od tih "razvojnih ektoderm" gena (COL1A1 i KLK10) pronađeni su up-regulirana u naprednom želučanog karcinoma [9, 15] naši rezultati bi mogli ukazivati ​​na veću agresivnost Zapadnog tumora. Slika 5 razina ekspresije COL1A1 povezane oznake (TGGAAATGAC) u knjižnicama tumora. Barovi 1-7 odgovaraju svim West knjižnicama tumora (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 i barovima 8-10 odgovaraju svim istočnoeuropskim knjižnicama tumora (GSM7800, GSM8505, GSM8867). Oznaka normalizirana razina ekspresije pojavljuje u CGAP format vrijednosti (oznaka po 200.000), nacrtane na logaritamskoj skali.
tablicu 1 značajne oznake s visokom ekspresijom značajnim Analiza za microarray između Zapada i istoka tumora SAGE knjižnica. samo su oznake koje su uspješno povezani s specifični gen prikazani. oznake su razvrstani u značajnosti silaznom redoslijedu, prvo oznake vrlo izražene na istoku, a zatim one vrlo izražena na Zapadu. pregled Oznake
Gene Symbol
Protein Naziv
N ° Zapadna knjižnica gdje je prisutan
West prosjeka tumora (oznake po 200.000)
N ° East knjižnica gdje je prisutan
prosjeka istočne tumora (oznake po 200.000)
TGATTGGTGG pregled PDGFRA pregled iz trombocita-receptor faktora rasta, a polipeptid pregled 3
1,88 pregled 3
115,05 pregled GGCTGGGTTT pregled HLX1 ​​pregled H2.0 nalik homeo box 1 (Drosophila) pregled 2 pregled, 1,04 pregled 3 pregled 59.13
TCCGTCCGGA pregled RPL13 pregled ribosomskog proteina L13
3
1,36 pregled 3
39.56
ATCTGGAGCA pregled ADH1C pregled alkohol dehidrogenaze 1C (razred I), gama polipeptid pregled 3
5,99 pregled 3
294,91 pregled TGCTCCTACC pregled FCGBP pregled Fc fragment IgG vezanja proteina pregled 4
4,91 pregled 3 pregled 111,10 pregled TACCCTGGAA pregled ADH4 pregled alkohol dehidrogenaze 4 (klasa II), pi polipeptid pregled 3
3,35 pregled 3
56.30
AGGTCTGCCA pregled AKR1C2
Aldo-keto reduktaze obitelji jedan član C2 (dihydrodiol dehidrogenaza 2; žučne kiseline vezanje proteina; 3-alfa hidroksisteroid dehidrogenaze tip III) pregled 3
1,53 pregled 3
38.50
GCACCACCGG pregled MAPK13 pregled mitogenom aktivirane protein kinaze 13 pregled, 0 pregled 0 pregled 3
10,62 pregled GGAGGGGAGG pregled MECR pregled mitohondrijske trans-2--enoilj-CoA reduktaze pregled 1 pregled 0,55 pregled 3
15,72 pregled CTTCCTTGCC
KRT17 pregled keratinski 17 pregled 7 pregled 220,64
0
0 pregled TAATTTGCAT pregled EMP1 pregled epitela membranski protein 1 pregled 7 pregled 43.26
0 pregled, 0 pregled TAAGGCTTAA pregled KLK10 pregled kalikrein 10 pregled 7 pregled 20.35
0
0 pregled TGGAAATGAC pregled COL1A1 pregled Kolagen tipa I, a 1 pregled 7 pregled 294,99 pregled 2 pregled, 14,36 pregled TGGATGTACA pregled CCDC12 pregled domena smotanog klupka koji sadrži 12 pregled 7 pregled 21.69
0 pregled 0 pregled Validacija gena različito izražena između istoka i zapada tumor SAGE knjižnica
za potvrđene naše analize SAGE podataka dva gena znatno više izražene na istoku tumora (PDGFRA i RPL13) dodatno su učili u tri stanične linije, dva sa zapada (AGS i N87) i jedan iz istočne (MKN45). QRT-PCR pokazuje omjer 825 za PDFGR (MKN45 /N87) i 4,68 za RPL13 (MKN45 /AGS) (Sl. 6). Dakle, ti podaci potvrđuju opažene razlike u ekspresiji gena kod SAGE knjižnicama tumora. Zanimljivo je da su veličine od gena izražavanja razlike staničnih linija bila je slična onoj kod SAGE knjižnicama tumora. Slika 6 Pojačanje PDGFRA (A) i (B) RPL13 mRNA QRT-PCR. (A) plava linija je linija stanica Istok (MKN45) i crvena linija je linija stanica West (N87). (B) plava linija je linija stanica Istok (MKN45) i crvena linija je linija stanica West (AGS). Oba gena su prekomjerno izražen u (MKN45) staničnoj liniji istočno. Pregled Rasprava pregled naših rezultata, temelji se na dva non-nadziranih analize, ZOO i podršku stablo, vrlo sugestivan od različitog izražavanja profilu tumorskih SAGE knjižnicama uz razlike između normalnih i tumorskih uzoraka. Te razlike u razinama ekspresije mogu imati utjecaja na priznate bolje preživljavanje pacijenata istoka u odnosu na Zapadu. Oboje, COA i podrška Tree prikazuju dva klastera (microdissected i ne-microdissected uzoraka) pomiješana nejasno, što sugerira da je heterogenost normalnog uzorka ne umanjuje se za mikrodisekcijom. To se može objasniti više staničnih aktivnosti normalnih stanica u usporedbi s tumorskim stanicama [16]. Međutim među knjižnicama tumora, pronađeno je široka grupiranje microdissected tumora. Ovi rezultati pokazuju da je povećanje čistoće uzorka poboljšava homogenost rezultata. Susjedstvu ksenografta također ukazuje na povećanje homogenosti, ali se razlikuju od uzoraka microdissected tumora jer su grupe u različitim subclusters. Ova razlika je vjerojatno zbog suptilnih promjena u transcriptomes dali nekom drugom genetskom okruženju, kao što su mikro dao okolnim životinjskog tkiva [17]. S druge strane, ne-microdissected knjižnice pronađeni su više raspršena u analizi COA, vjerojatno zbog kontaminacije uzorka i heterogenost.
FatiGO + rezultati pokazuju da su tumorske stanice karakteriziraju up-regulaciji gena koji se odnose na organizaciju stanica , biogeneza i stanične proliferacije, te dolje reguliranje gena koji se odnose na stanice do stanice komunikacije. Nakon pretraživanja za određene razlike između Zapada i tumora knjižnica Istok, otkrili smo da većina značajno razlikuje oznake imaju višu ekspresiju na istoku u usporedbi sa zapadnoeuropskim tumora. Dakle, čini se da je prosječna razina ekspresije uzoraka West padne više od uzoraka istoka, vjerojatno zbog šireg gena represije. Pregled Od 5 geni identificirani sa značajnim visokog izražaja na Zapadu knjižnicama najmanje dva (COL1A1 i KLK10) su povezani s invazivnost i napredovanja bolesti [9, 15]. COL1A1 je izvijestila povezan s više uznapredovalom stadiju tumora u 46 slučajeva karcinoma želuca [9]. KLK10 je izvijestila up-regulirana želuca, kao i kolorektalnog karcinoma, a povezana je s invazijom i naprednijoj fazi kliničkog ispitivanja za obje vrste tumora [15]. Osim KRT17 Nađeno je doregulirana u ljudskog karcinoma pločastih stanica jednjaka (ESCC) i povezana na invazivnost [18]. Drugi gen, EMP1 je povezana s vrlo proliferacije staničnih tipova tumora mišjeg mozga [19]. Samo CCDC12 gen nema dostupnih kliničkih podataka i također nedostaje GO komentare. QRT-PCR analiza na staničnim linijama potvrdila rezultate kadulje i procijenili prekomjerna ekspresija PDFGR i RPL13 u knjižnicama tumora istoka.
Ukratko evo nas izvješćuju da je dominantna up-regulacija invazivnih i metastatskih gena na Zapadu tumorske knjižnice može rezultirati u više malignih bolesti s lošijom opstanak. Uzeti zajedno, ti rezultati bi se moglo zaključiti da je da različito izražena geni mogu doprinijeti objasniti uočene razlike uočene u ishodu želučanog karcinoma između Istoka i Zapada. Naposljetku, naša analiza je primjer kako se računalna biologija može učinkovito pomoći biomedicinskih znanstvenika u identificiranju molekularne mehanizme bolesti [6].
Izjavama pregled Zahvale pregled Zahvaljujemo David S. Holmes i Gonzalo Riadi iz Centra za bioinformatike i Genome Biology, Life Science Foundation - Andres Bello Sveučilište, Santiago, Čile i Wael El-Rifai iz Kirurški onkologiju Branch Vanderbilt Ingram Cancer Center Sveučilišta Vanderbilt, Nashville, TN, USA, za korisne rasprave o rukopisu. Ovaj rad je podržan od strane Čileanski državnih potpora za istraživanja FONDECYT 1030130 i FONIS SA06I20019 na AHO
Elektronski dopunski materijal pregled 12943_2007_313_MOESM1_ESM.png Dodatna datoteka 1. Korespondencija Analiza normalnih i tumorskih SAGE knjižnicama želucu u 3 dimenzije. Dobiveni podaci predstavljaju trodimenzionalnu zemljište gdje se zeleni točkice predstavljaju sve normalno knjižnice, plave točkice su Istok tumora knjižnice, a crvene, narančaste i žute točkice su West tumora knjižnice, microdissected, ksenograft i skupno respektivno. The X-os je siva, Y-os je plava, a Z-os je ružičasta. Lik je malo zakrenuti u desno i dolje kako bi se bolje pokazati knjižnicama tumora poziciju na parceli 3-D prostoru. (PNG 25 KB) 12943_2007_313_MOESM2_ESM.png Dodatna File 2: Cijela figura podršku clustering Analiza normalnih i tumorskih SAGE knjižnica u želucu. Lik pod uvjetom predstavlja normalni biblioteke CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780 (linija 1-4), West tumora knjižnice CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 (linije 5-11) i East knjižnicama tumora GSM7800, GSM8505, i GSM8867 (stupci 12-14). (PNG 124 KB) 12943_2007_313_MOESM3_ESM.png Dodatna File 3: Cijela figura podršku određivanja klastera Zapadne i Istočne tumor SAGE knjižnica u želucu. Lik pod uvjetom predstavlja West tumora knjižnice (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) (stupci 1-7) i istok tumorske knjižnice (GSM7800, GSM8505 i GSM8867) (stupci 8-10). (PNG 209 KB) 12943_2007_313_MOESM4_ESM.doc Dodatne datoteke 4: Tablica S1. Značajne oznake s visokom ekspresijom u normalnim značajnim Analiza za Microarray između normalnih i tumorskih SAGE knjižnica. Prikazuju se samo oznake koje su uspješno povezani s određenim genom. Oznake su razvrstani u značajnosti silaznom redoslijedu. (DOC 65 KB) 12943_2007_313_MOESM5_ESM.doc Dodatne datoteke 5: Tablica S2. Značajne oznake s visokom ekspresijom u tumorskom značajnim Analiza za Microarray između normalnih i tumorskih SAGE knjižnica. Prikazuju se samo oznake koje su uspješno povezani s određenim genom. Oznake su razvrstani u značajnosti silaznom redoslijedu. (DOC 31 KB) autora originalnih dostavljeni datoteke za slike
Ispod su linkovi na autora izvornika dostavljenih datoteka za slike. Izvorna datoteka za Slika 1 12943_2007_313_MOESM7_ESM.png autorskim 12943_2007_313_MOESM6_ESM.png autora izvorne datoteke za sliku 2 12943_2007_313_MOESM8_ESM.png autorskim izvorne datoteke na Slici 3 12943_2007_313_MOESM9_ESM.png autorskim izvorne datoteke za Slika 4 12943_2007_313_MOESM10_ESM.png autorskim izvorne datoteke za lik 5 12943_2007_313_MOESM11_ESM.png autorov izvorni dokument za slici 6

• EBNA1 obvezujuća i epigenetičko regulacija gastrokine tumor supresor gena u stanicama karcinoma želuca
• Identifikacija važećih referentnih gena za ekspresiju gena studijama ljudskog raka želuca reverznom transkripcijom-qPCR