Up-regulacijo CLDN1 na raka želodca, povezana z zmanjšano survival

regulacijo navzgor CLDN1 na raka želodca, povezana z zmanjšanim preživetjem
Abstract
Ozadje
so genetske spremembe v adenokarcinomom želodca zelo zapletene in zanesljive tumorski markerji še niso bile ugotovljene. Obstajajo tudi izjemna geografske razlike v porazdelitvi te bolezni. Naš cilj je bil ugotoviti najbolj različno reguliranih genov v 20 želodčnega adenokarcinoma iz norveškega izbora, v primerjavi z ujemajočo normalno sluznico, in smo povezani naše ugotovitve na prognoze, preživetja in Helicobacter pylori
okužbe kroničnega.
Metode
biopsije iz želodca adenokarcinomov in sosednjim normalno želodčne sluznice smo dobili od 20 bolnikov takoj po kirurški odstranitvi tumorja. Celoten genom, smo cDNA analize mikromrež izvedena na RNA izolirane iz vzorčnih parov primerjati profile genske ekspresije med tumorja proti izravnane sluznico. Vzorci so bili mikroskopsko pregledajo, da razvrsti gastritis. Prisotnost H. pylori
je pregledajo s pomočjo mikroskopije in imunohistokemično.
Rezultati
130 genov, ki so pokazali, diferencialno regulacijo nad vnaprej določeno stopnjo cut-off. Interlevkin-8 (IL-8
) in Claudin-1 (CLDN1
) so bili najbolj konsistentno navzgor reguliranim genov v tumorjih. Zelo je bila visoka CLDN1
izraz v tumorju opredeljena kot samostojna in pomemben napovednik gena zmanjšanim pooperativne preživetje. Bilo je izrazito različne izražanje profilov med skupino tumorjev in sluznice kontrolni skupini, in histološke podskupine mešanega tipa, razpršenega tipa in črevesnega raka tipa dokazano, dodatno sub-grozdov. Up-urejeni so bili geni preslika v celično adhezijo, procesov, povezanih z kolagena in angiogenezo, medtem ko so se normalne črevesne funkcije, kot so prebavo in izločanje povezano z navzdol reguliranih genov. Mi se nanašajo na sedanje ugotovitve naše prejšnje študije o odzivu genov želodca epitelnih celic H. pylori
okužbe.
Sklepi
CLDN1
je zelo reguliran na raka želodca in CLDN1
izraz je neodvisno povezana s slabim pooperativne prognozo, lahko imajo pomembno napovedno vrednost. IL-8
in CLDN1
lahko predstavlja osrednje povezave med odzivom genov videli v akutni H. pylori
okužbo epitelnih celic želodca in raka na koncu želodca.
Ključne besede
rak želodca interlevkin 8 Claudin-1 Helicobacter pylori
cDNA mikromrež Survival Prognoza Ozadje
raka želodca (GC) je le druga za pljučnega raka pri smrti zaradi raka po vsem svetu, vendar pa obstajajo velike geografske razlike v distribuciji GC. Podatki iz leta 2010 kažejo, da je pojavnost GC na Norveškem zelo nizek (moški 6,9, ženske 3,0 na 100.000) [1], v primerjavi z manj razvitih območjih, zlasti v vzhodni Aziji, kjer je incidenca približno 6-krat (moški 42,4, ženske 18,3 na 100.000) [2].
adenokarcinom želodca je izredno heterogena genetsko, citološko in arhitekturno primerjavi z drugimi prebavil karcinomov. Iskanje zanesljive tumorskih markerjev in skladnih prognostičnih kazalcev je izkazala za težavno. Številni avtorji so poskušali napovedati GC bolezni in prognoze na podlagi enega ali več genov [3-8], vendar obstajajo razlike med raziskavami, in trenutno ni gen podpisu ali biomarkerjev v rutinsko klinično uporabo. Razumevanje mehanizmov osnovno raka na želodcu, je eden od glavnih izzivov na raka genomike. Razvrstitev Lauren deli adenokarcinomov v tri različne histološke podtipe: črevesne in razpršenih vrste in mešani varianta [9], ki so mislili, da se različne poti za rakotvornost. Črevesna tip je pripisati večstopenjski napredovanje iz kronični gastritis z želodčno atrofijo, metaplazijo, displazije in končno maligne bolezni [10]. Razpršeni vrste lahko nastanejo zaradi kroničnega vnetja brez
jasno manifestacijo vmesnih predrakavih korakov [11-13]. Mešanega tipa pokaže niso homogene mešanice obeh črevesne in razpršeni tip arhitekture, in lahko predstavljajo posebno kategorijo raka z ekskluzivnimi genskih mutacij in bolj agresiven potek [14, 15]. Kljub obsežni raziskavi v genskih spremembah GC, mehanizmi, povezane bolezni, so še vedno daleč od razume, in se bolezen ni mogoče enostavno razložiti z modelom za adenom, karcinom kot v kolorektalnega raka. Obstajajo tri molekularne mehanizme, ki vozi v želodcu rakotvornost: kromosomov nestabilnost, mikrosatelitskih nestabilnost in epigenetske predelav [16]. Neto rezultat je aktivacija onkogeni, inaktivacijo zaviralnih genov in deregulacija signalnih poti [11, 12]. regulacija in sprememb v izražanju rastnih faktorjev in citokini odklonski celičnega ciklusa regulirati diferenciacijo in preživetje tumorskih celic. Mutacije celično adhezijo in angiogenih geni igrajo pomembno vlogo v invazivno in metastatskega obnašanja GC celic.
Cilj trenutne študije je bil določiti najbolj različno reguliranih genov v kirurško odstranjenimi adenokarcinomom želodca v primerjavi z ujemajočo normalno sluznico, z uporabo celoten genom cDNA mikromrež profiliranje. Prav tako smo poskušali identificirati gene, ki vplivajo na GC prognozo in preživetje. Rezultati so v primerjavi z želodčno epitela genski celični odziv na H. pylori
okužbo, ki je bil analiziran v predhodno objavljenem dokumentu [17]. Ta študija dodaja podporo pomenu IL-8
in CLDN1
v želodcu rakotvornosti kot kaže pomembne genetske spremembe v GC in njihovo morebitno pomen za H. pylori
okužbe.
Metode
tkiv in značilnosti bolnikov
biopsije so bili pridobljeni iz bolnike z diagnozo, ki niso Cardia adenokarcinomom želodca pri endoskopski ambulanti v Univerzitetni bolnišnici Akershus, Norveška. Thoraco trebušne CT slikanje je zavezala, da bo izključitev bolnic z metastatsko boleznijo. je bilo vključenih 20 bolnikov z obema črevesnih in razpršenih vrst GC. Bolniki in clinicopathological lastnosti so predstavljene v tabeli 1. Na sprejemu za kirurškim posegom, napisana je bila privolitev za sodelovanje v raziskavi pridobljeni od udeležencev. V 5 minutah po odstranitvi glavnih kirurških vzorcu, so bili vzorci odvzeti iz obeh strani meje v tumorju in iz zdravega želodca corpal sluznice v istem želodca, vendar stran od tumorja več kot 5 cm, in shranjeni na RNAlater
(Applied Biosystems , ZDA). Vsi vzorci so bili shranjeni pri + 4 ° C, približno 1-2 tednov, da se omogoči popolno penetracijo tkiva RNAlater
, preden smo vzorce posušili in trajno shranjena pri -80 ° C. Vse pridobitve vzorca in ravnanje smo izvedli z enakimi individual.Table 1 bolniku značilnosti in clinicopathological značilnosti 20 želodčnih tumorjev, ki se uporabljajo v študiji
Sex
samice n = 5, samci n = 15
etnična pripadnost
Bela n = 18, Asian n = 2
starost ob operaciji
Skupaj: 68,7 let (± 12,5)
Samice: 65.7 let (± 21,8)
samci: 69,7 let (± 8,6)
Pooperativno preživetje (pokojne osebe)
Skupaj: 13,2 mesecev (± 8,8)
Samice (n = 4): 16,6 mesecev (± 6,4)
moških (n = 10): 12,0 mesecev (± 9,7 )
pooperativna preživetje (žive osebe na koncu študije)
Skupaj: 45,8 mesecev (± 7,9)
matrici (n = 1): 48,0-mesečni
Moški (n = 5): 44.9 mesecev (± 8.8)
Tumor velikost
49 mm (± 27)
fazi tumor
T1
2
T2
10
T3
5
T4
3
vozliščna stadija
n0
po 10
N1
5
N2
3
N3
2
histološki tip
Črevesne
5
difuzna
12
Mešani
3
značilnosti bolnikov in clinicopathological značilnosti 20 želodčnih tumorjev, ki se uporabljajo v študiji. Vrednosti so srednja plus /minus standardni odklon.
Po resekcijo tumorja, je bila glavna osebek izpostavljen histolopathological pregleda z dveh visokih strokovnih patologov za potrditev diagnoze in razvrsti tumor v skladu s klasifikacijo Lauren [9]. Antralnih in corpal želodčne sluznice so bili pregledani za gastritis, atrofijo in metaplazijo in prisotnost ali odsotnost H. pylori
bil mikroskopsko pregledati in nato označene z imunohistokemijo. Posodobljeno Sydney sistem je bil uporabljen za razvrščanje in razred stopnjo gastritis [18, 19].
Je bil odobren s norveškega Regionalnega odbora za medicinske in zdravstvene raziskave etike (REC South East) študijo. Vsi vzorci in podatki o bolniku so kodirani in zaslepljen pred analizo.
RNA izolacije, nadzor kakovosti in cDNA sintezo
Total RNA smo izolirali z RNeasy krvi in ​​komplet tkiva (Qiagen GmbH, Nemčija), v skladu s standardom za pripravo protokolu proizvajalca . Koncentracija in kakovost RNA smo določili z uporabo NanoDrop ND-1000 spektrofotometer (NanoDrop Technologies, ZDA) in Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, ZDA). Številka celovitost RNA je bila primerna za sintezo cDNA.
Illumina TotalPrep RNA ojačevanja Kit (Ambion Inc., ZDA) smo uporabili za pomnoževanje RNA za hibridizacijo na Illumina BeadChips. Sintetizirati prvo cDNA sklop z reverzno transkripcijo smo uporabili celotne RNK iz vsakega vzorca zgoraj zbrani. Po drugi sklop cDNA sintezo in cDNA čistilnih korakih, in vitro transkripcijo
da sintetizira Črno smo pripravili preko noči na 12 ur.
CDNA analiza oligonukleotid mikromrež
bile izraz profili gena merijo z Illumina Human HT-12 v3 Expression BeadChip (Illumina, ZDA), ki omogoča genom za celotno analizo izražanja (48800 transkriptov, kar ustreza približno 37.800 genov), 12 vzorcev v vzporedno na isto mikromrež. 35967 sond so bile oblikovane z RefSeq (izgradnjo 36.2, izpusti 22) knjižnico in 12.837 sonde so bile pridobljene iz UniGene (gradnjo 199) podatkovno bazo [20, 21].
Imunohistokemija
prisotnost H. pylori
v kirurških vzorcev smo analizirali z uporabo monoklonsko anti-Helicobacter
-antibody (Dako, Danska, koda B0471, redčenje 1: 200). 4 um odseki-formalinom določen,-parafinski vgrajeni tkiva od zunaj tumorskega sluznico nanesli na premazanih diapozitive. Deparaffinization so rehidracija in epitop priklic izvedemo v Dako PT povezavo (Dako, Danska) pri 97 ° C za 20 minut. Postopek imunskim barvanjem je izvedemo v Dako Autostainer Plus uporabo predstavljate ™ Flex, Visoka pH sistema (Dako, Danska).
Bioinformatika in statističnih podatkov
R /BioConductor [22, 23] s paketom tehnologije BeadArray [24] so bili uporabljeni za predobdelavo podatkov iz mikromrež besedilom iz BeadStudio. Prostorski artefakte smo odstranili z uporabo BASH [25], preden so bili podatki izraz log 2-preoblikoval in kvantil normalizirana. Pregled sprememb 2-krat (FC) vsake sonde na paleto znotraj vsakega tkiva par (tumor vs ujema normalno sluznico) nato izračunamo, in podatki, ki so bili naloženi v paketa J-hitre programske opreme [26]. Testiranje uvrstitev izdelka [27] je bila nato izvedena preveriti, ali je razlika izraz med tumorskega tkiva in se ujema normalne sluznice pomembna. Razlika v izraz je bil razglašen za pomembno, če je prilagojena p-vrednost, to je FDR q vrednost je nižja od 0,05. Hierarhično grozdenje je bila izvedena z uporabo povprečne povezanosti in evklidske ukrep razdalje. Analize so bile izvedene s pomočjo programskega paketa J-izrecno [26]
Za proizvodnjo razmeroma velika seznam najbolj različno izražene gene, manj izraženi geni so bili izločeni na ravni mejno FC >.; 1,5, ki proizvajajo seznam 130 najbolj diferencialno izraženih genov. Ta nabor podatkov je bila uvožena v na-Express in Peš-pot Express [28, 29], ki je del programske zbirke na-orodja, za funkcionalno analizo in razvrščeni v Gene ontologije (GO) pogoji in kegg (Kjoto Enciklopediji genov in genomov) celični signalne poti [30]. Pot Express, izračuna faktorjem vpliva (IF), ki se uporablja za uvrstitev prizadetim signalne poti, ki temelji na krat spremembah, število vključenih genov v poti, in znesek motnje prodajnih genov [31].
Podatkovni niz je začel PASW statistiko (SPSS različica 18.0.2) za opravljanje Dvomjerni korelacijsko analizo izbrati genov, ki so povezani z clinicopathological parametrov. Oba Pearson in Spearman korelacijske koeficiente smo uporabili za identifikacijo korelacijo gene. Med genov, ki korelacijski smo bili še posebej zanima tiste, ki so pokazali podoben izraz v naši prej objavljene študije H. pylori
-exposed želodčnih epitelnih celic [17]. Izbrani geni so nato podvržene Cox multivariatno regresijsko analizo, da razišče, ali je kateri od genov neodvisni napovedniki pooperativne preživetje pri bolnikih, GC, neodvisne od histološki tip, stadij tumorja in velikosti, vozlišča bolezni in starosti ob operaciji. V eni napovednik gena, ki je bilo ugotovljeno, so bile uporabljene različne ravni cut-off za gradnjo visoke in nizke skupin na ravni izražanja, še preden je bila statistična značilnost med skupinama ocenjuje s pomočjo log-rang (Mantel-Cox) testa. Kaplan-Meier preživetje plot je bil ustvarjen za dokazovanje razlike v preživetju med visoko in nizko izražanja skupin.
Podatki mikromrež so na voljo v skladu s pristopno številko E-mtab-1440 v podatkovni bazi ArrayExpress [32].
Rezultati
genske ekspresije
celotnega genoma izraz profiliranje 20 izravnanih želodca vzorcev tumorjev je bila izvedena z cDNA mikromrež. Rank izdelek statistično testiranje [27] dnevnika 2 sprememba krat (FC) izraz vrednosti približno 38.000 genov na mikromrežnem čipu razkrila 2297 genov, ki so bile precej up-urejena in 2259 genov, ki so bili precej dol-urejena v tumor tkiva v primerjavi z ujemajočo normalno sluznico (p < 0,01). Na 130 filtrirani geni, ki so bili različno ureja povprečno FC > 1.5 so navedene v tabeli 2, in ki predstavlja nabor podatkov, na katerih se izvaja nadaljnja analiza. Najbolj različno reguliranih genov, 30 genov izkazan regulacija in 100 geni so navzdol regulirane. IL-8
je bila ena najbolj up-urejena gen, up-urejena v 18 od 20 tkivnih parov, s povprečno FC 2,6 (slika 1), nato pa COL1A1
in CLDN1
(slika 2 ). Najbolj navzdol urejeno gen je PGA4
, da je izredno navzdol urejeno v 18 od 20 tkivnih parov, ki jim sledi GIF
in ATP4A
. Hierarhično kopičenje nabora podatkov (slika 3) je pokazala, da tumorja in kontrolni tkiva so oblikovani izrazito različne genske ekspresije grozdov. Znotraj grozda tumorja, različne histološke kategorije razpršeno, črevesne in mešano rak nastala skoraj izključno posameznih skupin, kar dokazuje tesne genetske podobnosti v vsaki od histoloških podskupin. Med nadzornimi tkiva, in med H. pylori
pozitivnih posameznikov, ni bila posebej povezovanje seen.Table 2 Najbolj različno reguliranih genov tumorja želodca vs nadzorni sluznice
Up-reguliranih genov (n = 30)

Dol-reguliranih genov (n = 100)
simbol Gene
Povprečna FC
Gene simbol
Povprečna FC

simbol Gene
povprečnih FC
simbol Gene
Povprečna FC
IL-8
2.58
PGA4
-5.58
MAL
-2.22
AKR7A3
-1.79
COL1A1
2.18
GIF
-5.48
SCNN1B
-2.22
KIAA1324
-1,79
CLDN1
2.14
ATP4A
-5.28
SOX21
-2.22
CCDC121
-1.78
SPP1
2.09
PGA3
-4.72
CAPN9
-2.21
FBP2
-1.76
CLDN2
2.09
ATP4B
-4.71
AGXT2L1
-2.20
FCGBP
-1.75
CEACAM6
2.09
PGA5
-4.34
HDC
-2.18
ORM2
-1.75
SERPINB5
2.06
LIPF
-3.91
GSTA1
-2.18
FAM3B
-1.73
KRT17
2.00
CPA2
-3.78
KLK11
-2.12
TRIM50
-1.73
H19
1.94
GHRL
-3.75
APLP1
-2.12
DUOX1
-1.72
CLDN7
1.93
GKN2
-3.26
MT1H
-2.09
RAP1GAP
-1.70
TFF3
1.92
KCNE2
-3.19
ADH1C
-2.09
EEF1A2
-1.70
OLFM4
1.91
SST
-3.12
DPCR1
-2.06
ANGPTL3
-1.70
THBS2
1.91
CHGA
-3.02
AKR1B10
-2.03
B3GAT1
-1.69
PI3
1.90
PSCA
-3.00
MT1G
-2.03
C6ORF105
-1.68
SULF1
1.89
CHIA
-2.88
CKB
-2.01
FGG
-1.68
BGN
1.82
GKN1
-2.88
SH3GL2
-1.99
ADA
-1.65
KRT6B
1.80
KCNJ16
-2.82
REP15
-1.97
C6ORF58
-1.63
THY1
1.72
GC
-2.66
CKM
-1.95
ZNF533
-1.60
MMP11
1.70
CLIC6
-2.65
FGA
-1.95
RPESP
-1.59
KLK6
1.67
SOSTDC1
-2.53
SLC9A4
-1.92
MT1F
-1.58
SERPINA3
1.65
ESRRG
-2.52
MFSD4
-1.92
PNPLA7
-1.57
FNDC1
1.64
CCKBR
-2.51
ALDOB
-1.89
FUT9
-1.57
COL1A2
1.63
TMED6
-2.44
SCNN1G
-1.87
RPRM
-1.56
CST1
1.63
MT1M
-2.44
IRX2
-1.87
GUCA2B
-1.56
FAP
1.60
GPER
-2,43
SLC26A9
-1.87
TCN1
-1.55
COL6A3
1.60
CKMT2
-2.36
CLCNKA
-1.87
PKIB
-1.55
SFRP4
1.56
VSIG2
-2.36
CAPN13
-1.86
SLC9A2
-1.55
TMEM158
1,53
FLJ42875
-2,33
TTR
-1,86
HOMER2
-1,53
MMP7
1,50
CXCL17
-2.32
GSTA2
-1.85
AKR1C4
-1.50
MMP10
1.50
CA9
-2.32
NKX6-2
-1.83
REG3A
-1.50
AKR1C2
-2,27
CA2
-1,83
PI16
-1,50
ALDH3A1
-2,24
FOLR1
-1,82
MAP7D2
- 1,50
SCGB2A1
-2,23
RDH12
-1,81
AQP4
-2,24
IRX3
-1,80
različno urejene geni s povprečno log2FC o > 1,5 (n = 130). pridobljeni iz celotne izražanja genoma. Povprečne vrednosti log2FC ustrezajo vsak gen, ki so navedene. Devet geni. prikazana v krepkem tisku. je pokazala podobno uredbo tako trenutne študije in v predhodni študiji, v kateri so bili epitelnih celic želodca izpostavljeni H. pylori
[17].
Slika 1 interlevkin-8 na izražanje genov v želodčnih tumorjev vs ustrezno kontrolno sluznice. Polna črta predstavlja relativno razmerje IL-8 pa
izražanja v tumorskem tkivu v primerjavi z ustrezno kontrolno želodčne sluznice, kot se spreminjajo log2 krat (log2 tumorja /nadzor ravni izražanja). Pozitiven rezultat kaže na višjo ekspresijo v tumorja v primerjavi z običajnim želodčne sluznice. IL-8
bil najbolj dosledno navzgor regulirana genska v študiji. Sivo ozadje predstavlja izraz približno 37 800 drugih genov.
Slika 2 Claudin 1 izražanje genov v želodčnih tumorjev vs ustrezno kontrolno sluznice. Polna črta predstavlja relativno razmerje CLDN1
izražanja v tumorskem tkivu v primerjavi z ustrezno kontrolno želodčne sluznice, kot se spreminjajo log2 krat (log2 tumorja /nadzor ravni izražanja). Pozitiven rezultat kaže na višjo ekspresijo v tumorja v primerjavi z običajnim želodčne sluznice. Sivo ozadje predstavlja izraz približno 37 800 drugih genov.
Slika 3 hierarhičnega grupiranje genskega izražanja 20 želodčnih tumorjev in nadzorni sluznice. Celoten genom izraz 20 tumorjev /nadzor tkiv pari filtriramo, da pripravi nabor podatkov, ki vsebuje 130 najbolj diferencialno reguliranih genov. Večina vzorcev tumor zbrani ločeno za kontrolne vzorce. Vzorci Tumorske difuzna vrste so označene s svetlo sivo, črevesna tip v srednje sivi in ​​mešan tip v temno sive do ponazoritev subclustering treh različnih histoloških vrst raka.
genov iz trenutnega nabora podatkov so medsebojno primerjajo proti večina različno urejene geni, ugotovljene v prejšnji raziskavi, v kateri so bili epitelnih celic želodca izpostavljeni H. pylori
24 ur in vitro
[17]. Oba H. pylori
-exposed želodca epitelnih celic in tumorski biopsije dokazali pomembno up-ureditev petih skupnih genov (IL-8, CLDN1, KRT17, CLDN7
in MMP7
) in zmanjšanjem števila štirih skupnih genov (GPER, KIAA1324, ADA
in SLC9A2
).
Gene ontologijo
Naprej, nabor podatkov o 130 najbolj različno reguliranih genov smo analizirali za funkcionalno zaznambe uporabo GO pogoje (tabela 3). Med 30 navzgor reguliranih genov, celično adhezijo procesi, zlasti adhezijo kalcija neodvisni celica-celica, so bili med najbolj obogatenih pogoji. Poleg tega so bile sintetične procese, kot morfogenezi kože in razvoj krvnih žil ter tako katabolne in sintetičnih procesov, povezanih s kolagenom izmed pomembnih pogojev, opredeljenih. Le manjši delež navzdol reguliranih genov so preslikani v posebnih ontologij v primerjavi z up-reguliranih genov, kjer so bile prebavo in izločanje najbolj obogatena pogoji. Več presnovnih procesov, regulacija in kobalamin pH in ionske promet so bile tudi bistveno obogatene GO pogoje med navzdol reguliranih genov (tabela 4) .table 3 Gene ontologija združenja v up-reguliranih genov
P-vrednost
število genov, ki sodelujejo
% od genov, ki sodelujejo
Gene ontologije
GO: število
0,00066
3
10,0
Calcium oprijem -independent celica-celica
GO: 0016338
0,0007
2
6.67
morfogeneza kože
GO: 0043589
0,023
5
16.67
celične adhezije
GO: 0007155
0,023
2
6.67
Kolagen Katabolna proces
GO: 0030574
0,023
2
6.67
kolagen fibril organizacija
GO: 0030199
0,027
2
6.67
Blood plovilo development
GO:0001568
0.042
1
3.33
Copulation
GO:0007620
0.042
1
3.33
Regulation za retrovirusni replikacije genoma
GO: 0045870
0.042
1
3,33
Responsen da kortikosteroidi spodbuda
GO: 0031960
0,042
1
3,33
zob mineralizacija
GO: 0034505
znatno obogaten Gene ontologijo izrazi v up-reguliranih genov iz CCD
Tabela 4 gen ontologije združenja v dol-reguliranih genov
P-vrednost
Ne genov vpletenih
% genov, vključenih
Gene ontology

GO:number

0.0
8
7.41
Digestion
GO:0007586
0.00011
5
4.63
Excretion
GO:0007588
0.0005
3
2.78
Creatine presnovni proces
GO: 0006600
0,0019
3
2.78
Cellular proces presnovna aldehid
GO: 0006081
0,0043
3
2.78
uredbo o pH
GO: 0006885
0.013
2
1,85
kobalamin prevoz
GO: 0015889
0,015
9
8.33
Ion transport
GO:0006811
0.015
2
1.85
Secretion
GO:0046903
0.015
2
1.85
Cobalt ion prevoz
GO: 0006824
0.02013
2
1,85
morfogeneze za na epitela
GO: 0002009
znatno obogaten Gene ontologijo izrazi v navzdol reguliranih genov iz nabora podatkov .
kegg celični signalni poti
Nabor podatkov smo nato analizirali na kegg celične signalne poti združenja. 11 od 30 do reguliranih genov so preslikani v 8 večjih poti kegg (p < 0,05). Zlasti celične adhezijske molekule (CAM) poti in levkocitov transendotelijski migracije poti bili dodeljeni visok faktor učinka zaradi močnega up-regulacijo CLDN1, CLDN7
in THY1
genov, in visoke relativne vplivu ti geni na CAM poti. IL-8, COL1A1, COL1A2, THBS2, SPP1, Col6A3
in SFRP4
so preslikani v nekaj zelo vplivali poti: levkocitov transendotelijski migracije, interakcije receptorja zunajcelične matrike, tesen spoj, signalizacijo epitelijskega v H. pylori
okužba, TGFβ signalne poti, signalizacija receptor cestnine podobnih in NT signalizacijo (tabela 5). Nobena od 100 navzdol reguliranih genov so preslikani v vseh pomembnih kegg pathways.Table 5 kegg cellular signalnih poti
Rank
ime Pathway
ČE
P-vrednost
1
Cell adhezijske molekule (v živo)
734,0
0,000129
2
levkocitov transendotelijski migracije
672.1
0,000879
3
ECM receptorja interakcija
10,9
0,00215
4
Tesni stik
10,6
0.000296
5
signalizacijo epitelijskih celic v Helicobacter
7.2
0,006
6
TGF-beta signalne poti
6.3
0.013
7
Goriščna oprijem
6.2
0.014
8
Kalcij signalne poti
5.1
0,035
znatno obogaten kegg celični signalnih poti v bazo podatkov (p < 0,05). Vpliv Factor (IF) se uporablja za uvrstitev prizadetih signalne poti, ki temelji na kratni sprememb, število vključenih genov v poti, in količina motnje zaključnih genov.
Clinicopathological korelacija
Izmed celotnega sklopa od 130 najbolj različno urejene genov, ravni FC izraz za 20 genov, ki so pokazali pomembno povezavo z pooperativne preživetje, 8 geni korelaciji z histološki tip, 5 geni povezana z velikostjo tumorja in 1 gena povezana z odrsko bezgavko (Dodatni datoteka 1 ). Nekateri geni so pokazale korelacijo z več kot enega parametra. Zaradi zmerne velikosti vzorca (n = 20), raven pomembnosti p < 0,01 je bila izbrana.
Cox multivariatna analiza genov, povezanih z pooperativne preživetje je pokazala, da je bil visok CLDN1
nivo izražanja edini neodvisni napovednik gen pooperativne preživetje. CLDN1
izražanja in velikost spremenljivki tumor, pozitivno bezgavko frakcija, histološko vrsto, spol in starost ob operaciji so bile vpisane v linearne regresije modela (tabela 6), ki dokazuje, da je bilo le CLDN1
in pozitivno bezgavka frakcija pomembna prediktorji pooperativne preživetje. Ko so vsi, ki niso pomembni dejavniki kjer odstraniti, je bila močnejša negativna korelacija med CLDN1
izražanja in pooperativne preživetje (R = -0,7, p < 0,001). Ni bilo pomembno povezavo med CLDN1
izražanja in razvrščanje Lauren, H. pylori
okužba, etničnost, velikost tumorja ali metastatskega bezgavko status.Table 6 Dejavniki, ki vplivajo na preživetje po operaciji raka želodca
Co-spremenljivke

Korelacijski koeficient R
P-vrednost
CLDN1
izraz (log2 sprememba krat)
-0,53
0.008
limfnega vozla frakcija
-0,46
0,016
velikost tumorja
-0,27
0,186
starost ob operaciji
-0.13
0,491
histološki tip (črevesne tip)
-0,03
0,888
Moški spol
-0,05
0.792
Linearna regresijska analiza različnih dejavnikov, ki vplivajo pooperativne preživetje pri bolnikih po operaciji raka želodca.
za odkrivanje razlik v post-operative preživetje med posamezniki z visoko in nizko CLDN1
-izražanje tumorjev, so uporabili različne ravni cut-off za ustvarjanje visoko izražajo in nizko izražanje skupine. Uporaba CLDN1
FC srednjo (FC pomeni = 2.14) kot skupina delilnika, visoko in nizko izražanje CLDN1
bolnikov je pokazala bistveno različni vzorci preživetja (p < 0,001), kot je prikazano na Kaplan-Meier parceli Slika 4. Slika 4 Kaplan Meier preživetje parcela bolnikov z reseciranih želodca tumorjev. Polna črta predstavlja podpovprečno CLDN1
-izražanje tumorje (FC < 2,14) in črtkana črta predstavlja nadpovprečno CLDN1
-izražanje tumorjev (FC > 2,14). 6 bolnikov v nizki CLDN1
-izražanje skupini so bili še živi ob koncu študijskega obdobja, kot je razvidno iz trdne linije vertikalnih tikov.
Histopatološke značilnosti sosednjih non-rakasto sluznice
20. ujema sluznice osebki, 10 so opazili niso atrofični gastritis in 10 je pokazala multifokalne atrofični gastritis. Intestinalno metaplazijo je dosegel iz 1-3 na področjih antruma in corpus vzorcev. Tumorji prebavil tipa so statistično pomembno povezane z obema atrofični gastritis in intestinalno metaplazijo (p < 0,001), medtem ko so razpršeni tumorji tip povezan z non-atrofični gastritis (p < 0,001). Oba histološki in imunohistokemični dokaz H. pylori
so dokazali v sluznice kolegom 1 črevesju in 1 razpršenih raka tipa (sliki 5 in 6), tako pri belcih. Ostalih 18 osebki niso pokazale H. pylori
. Ni bilo bistvenih razlik med vrstami raka, vrste gastritis, ali prisotnost H. pylori
na eni strani, in povezava z genske ekspresije CLDN1
ali IL-8
. Slika 5 Histološki prerez H. pylori inducirane non-atrofični kronični gastritis. Puščica opozarja območje aktivnega vnetja z značilnim granulocitne infiltracijo v kripti epitela.
Slika 6 Imunohistološka dokaz H. pylori. H. pylori je bila odkrita v 2 20 sluznici vzorcev. Vzorec iz sliki 5 je bil izpostavljen imunohistokemija zdravljenje, ki ga za boj proti Helicobacter
-antibody, obarvanje H. pylori
rjava.
Razprava
V tej študiji smo prepoznani CLDN1
kot enega izmed najbolj dosledno reguliran genov v GC in močno korelacijo med regulacijo navzgor CLDN1
in zmanjšano preživetje pri 20 bolnikih z želodčnim adenokarcinome. Ta povezava je še močnejši, ko prilagojen za druge parametre, kot so stopnje bezgavk, velikost tumorja in histološki tip. Naša klinični velikost vzorca je majhna, vendar so rezultati skladni.
Claudins so beljakovine, ki sodelujejo pri celični ozkih križiščih in so pomembni za vzdrževanje normalnega epitela, zlasti nastanek ovir, celične polarnosti in signalov v. Disregulacijo od teh genov so bili identificirani v mnogih različnih vrst raka. Na podlagi tumorski biologiji, down-regulacijo CLDN1
bi imelo za posledico uničenje tesnih spojev in izgubo celic v celici oprijema povzroča napredovanje tumorja [33], vendar je v želodčnem rakotvornost klinični pomen je bolj zapletena. Dokazano je, da več od claudins,
CLDN1 vključen, kažejo povečanje ravni kot želodca epitelija napreduje intestinalno metaplazijo in zgodnjega raka želodca [34]. CLDN1
bi lahko vplivali na znotrajcelično signalizacijo, ki jo je Liu et al dokazano. ki so pokazali, da je povišana ekspresija CLDN1 na celice raka dojke prispevali k anti-apoptotske učinek preko dveh mehanizmov: inhibicijo kaspaze-8 cepitvijo in aktivacijo NT /β-catenin signala poti [35]. CLDN1 je bila ugotovljena v jedru raka želodca AGS celic in vitro
, kar kaže na regulatorno vlogo CLDN1 na celično proliferacijo, migracijo in invazivnosti na jedrski ravni [36]. Vsi avtorji prebrali in potrdil končni rokopis.

• Dopolnilne vloge preoblikovanje rastni faktor-a v mehanizmih citoprotekcije iz želodčne sluznice poškodbe
• Združenje tiazolidindionoma z rakom želodca v sladkorno boleznijo tipa 2: študija, ki temelji na prebivalstvo primerov in kontrol