Up-regulácia CLDN1 v karcinómu žalúdka je v korelácii sa zníži survival

up-regulácia CLDN1 v karcinómu žalúdka je v korelácii so zníženým prežitím
abstraktné
pozadia
genetické zmeny v adenokarcinóme žalúdka sú veľmi zložité a spoľahlivé nádorové markery doteraz neboli identifikované. K dispozícii sú tiež významné geografické rozdiely v distribúcii tohto ochorenia. Naším cieľom bolo identifikovať tie rozdielne regulované gény v 20 žalúdočných adenokarcinómov z nórskeho výberu, v porovnaní so zodpovedajúcimi normálnou sliznicu, a my sme súvisiacich naše zistenia na prognózu prežitie a chronickej infekcie Helicobacter pylori
.
Metódy
Biopsia z žalúdočných adenokarcinómov a priľahlé normálne žalúdočnej sliznice boli získané od 20 pacientov bezprostredne po chirurgickej resekcii nádoru. Celý genóm, cDNA microarray analýza bola vykonaná na RNA izolovanej z dvojíc vzoriek pre porovnanie profilov génovej expresie medzi nádoru proti uzavreté sliznice. Vzorky boli mikroskopicky skúmané klasifikovať gastritídu. Prítomnosť Helicobacter pylori
bola skúmaná pomocou mikroskopie a imunohistochémia.
Výsledky
130 génov ukázala diferenciálnej reguláciu nad vopred definovanú úroveň cut-off. Interleukín-8 (IL-8
) a Claudin-1 (CLDN1
) boli najviac trvalo up-regulované gény v nádoroch. Veľmi vysoká CLDN1
expresie v nádore bol identifikovaný ako nezávislý a významný prediktor génu zníženú pooperačné prežitie. Boli tam zreteľne odlišné profily expresie medzi skupinou nádoru a sliznice skupiny kontrolou a histologických podskupín zmiešaného typu, difúzneho typu a rakoviny čriev typu preukázali, ďalej rozdelené do klastrov. Up-regulované gény boli mapované do bunkovej adhézie, procesy kolagénu spojenej s a angiogenézy, zatiaľ čo normálnej črevnej funkcie, ako je trávenie a vylučovanie boli spojené s génmi, down-regulované. My sa týkajú súčasnej poznatky našej predchádzajúcej štúdii o reakcii génu žalúdočných epitelové bunky H. pylori
infekcie.
Závery
CLDN1
bol vysoko up-regulovaný u karcinómu žalúdka, a CLDN1
expresia bola nezávisle spojené so zlou prognózou pooperačné, a môžu mať dôležitú prognostickú hodnotu. IL-8
a CLDN1
môžu predstavovať centrálnej väzby medzi odpovede génu vidieť v akútnom H. pylori
infekciu žalúdka epitelové bunky a rakovina v konečnom dôsledku žalúdku.
Kľúčové
rakovinou žalúdka interleukíny 8 Claudin-1 Helicobacter pylori
cDNA microarray Survival Prognóza pozadí
Žalúdočné rakoviny (GC) je len druhá na rakovinu pľúc u úmrtí súvisiacich s rakovinou celosvetových však existujú veľké geografické rozdiely v distribúcii GC. Údaje z roku 2010 ukazujú, že výskyt GC v Nórsku je veľmi nízka (muži 6,9 ženy 3,0 na 100.000) [1] v porovnaní s menej rozvinutých oblastiach, najmä vo východnej Ázii, kde je výskyt je približne 6-krát (muži 42,4, ženy 18,3 na 100.000) [2].
adenokarcinóm žalúdka je pozoruhodne heterogénne geneticky, cytologicky a architektonicky v porovnaní s inými gastrointestinálnych karcinómov. Hľadanie spoľahlivé nádorové markery a konzistentných prognostických ukazovateľov ukázalo ako problematické. Niektorí autori sa pokúsili predvídať GC ochorenia a prognóza vychádza z jedného alebo viacerých génov [3-8], ale existujú rozpory medzi štúdiami, a v súčasnej dobe žiadny gén podpis alebo biomarkery sú v bežnej klinickej použitie. Pochopiť mechanizmy rakoviny žalúdka je jedným z hlavných problémov v nádorových genomiky. Klasifikácia Lauren rozdeľuje adenokarcinómov do troch rôznych histologických podtypov: črevných a difúznych typov a zmiešanú variantu [9], ktoré sú myšlienka mať rôzne cesty karcinogenézy. Črevné typu možno pripísať niekoľkostupňovou progresiu chronickej gastritídy cez žalúdočnú atrofia, metaplázia, dysplázia a nakoniec malígnych ochorení [10]. Difúzna typy môžu vyplývať z chronického zápalu, bez
jasný prejav medziproduktov premalignant krokoch [11-13]. Zmesový typu ukazuje, non-homogénnej zmesi oboch črevné a difúzneho typu architektúry, a môže predstavovať samostatnú rakoviny kategórii s exkluzívnymi génových mutácií a agresívnejší priebeh [14, 15]. Aj napriek rozsiahly výskum genetických zmien GC, mechanizmy na ktorých je choroba ešte zďaleka pochopil, a choroba sa nedá ľahko vysvetliť modelu adenóm-karcinóm ako v kolorektálneho karcinómu. Existujú tri molekulárnych mechanizmov, ktoré poháňajú žalúdočné karcinogenéze: Chromosome nestabilita, mikrosatelitních nestabilita a epigenetické prestavby [16]. Čistým výsledkom je aktivácia onkogénov, inaktivácia supresorových génov nádoru a deregulácia signálnych dráh [11, 12]. Aberantne regulácie bunkového cyklu a zmeny v expresii rastových faktorov a cytokínov regulujú diferenciáciu a prežitie nádorových buniek. Mutácie bunkovej adhézie a angiogénny gény hrajú dôležitú úlohu v invazívne a metastatické správanie GC buniek.
Cieľom tejto štúdie bolo identifikovať tie rozdielne regulované gény v chirurgicky resekované adenokarcinóme žalúdka v porovnaní so zodpovedajúcimi normálnou sliznice, s použitím celý genóm cDNA microarray profilovanie. Tiež sa snažíme identifikovať gény, ktoré ovplyvňujú GC prognózu a prežitie. Výsledky sú porovnané s žalúdočné epiteliálne bunkové odpovede génu na H. pylori
infekcie, ktorý bol analyzovaný v minulosti publikované práce [17]. Táto štúdia pridáva podporu význame IL-8
a CLDN1
žalúdočné karcinogenéze, rovnako ako demonštruje významné genetické zmeny v GC a ich možný význam pre H. pylori
infekcie.
Metódy
tkanív a charakteristiky pacientov
biopsie boli získané od pacientov s diagnózou non-kardio adenokarcinómu žalúdka u endoskopia ambulanciu v Akershus University Hospital, Nórsko. Torakoabdominální brušné počítačová tomografia zobrazovacie sa vykonali na vylúčenie pacientov s metastatickým ochorením. bolo zahrnutých 20 pacientov s oboma črevných a difúznych typov GC. Pacienti a klinicko-patologické charakteristiky sú uvedené v tabuľke 1. Pri prijatí na plánovanou operáciou, písomný informovaný súhlas k účasti v štúdii boli získané z účastníkov. Behom 5 minút po vybratí z hlavných preparátu, vzorky boli odobraté z oboch hraníc nádoru a od zdravého žalúdočnej sliznice corpal v rovnakej oblasti žalúdka, ale viac ako 5 cm od nádoru, a uložené na RNAlater
(Applied Biosystems , USA). Všetky vzorky boli skladované v + 4 ° C po dobu približne 1 až 2 týždne, aby umožnil tkanivové penetrácia RNAlater
, predtým, než boli vzorky vysušené a trvalo uložené v -80 ° C. Všetky získavanie vzoriek a manipulácia s nimi boli vykonávané za rovnakých individual.Table 1 charakteristík pacienta a klinicko-charakteristiky 20 nádorov žalúdka používaných v štúdii
Sex
Samice n = 5, muži n = 15
etnicity
kaukazská n = 18, Asian n = 2
Vek pri operácii
celkom: 68,7 rokov (± 12,5)
Ženy: 65,7 rokov (± 21,8)
u mužov: 69,7 rokov (± 8,6)
Pooperačné prežitie (zomrelých)
Celkom: 13,2 mesiacov (± 8,8)
žien (n = 4): 16,6 mesiacov (± 6,4)
mužov (n = 10): 12.0 mesiacov (± 9,7 )
pooperačné prežitia (živé jedinca na konci štúdie)
celkom: 45,8 mesiacov (± 7,9)
žien (n = 1): 48,0 mesiacov
muži (n = 5): 44.9 mesiacov (± 8.8)
nádor veľkosti
49 mm (± 27)
štádiu nádoru
T1
2
T2
10
T3
5
T4
3
Uzlové etape
N0
10
N1
5.
N2 Sims 3
N3
2.
histologický typ
Črevné
5
difúznu
12
Mixed Sims 3
charakteristiky pacientov a klinicko-patologické charakteristiky 20 nádorov žalúdka používané v štúdii. Hodnoty sú stredná hodnota plus /mínus štandardná odchýlka.
Po resekcii nádoru, hlavná vzorka bol podrobený skúške histolopathological dvoma staršie špecializovanými patológov na potvrdenie diagnózy a klasifikovať nádor podľa klasifikácie Lauren [9]. Antrálnej a corpal žalúdočnej sliznice boli skúmané na gastritídy, atrofia a metaplázia, a prítomnosť alebo neprítomnosť H. pylori
bola skúmaná mikroskopicky a následne identifikované pomocou imunohistochémia. Aktualizovaná Sydney systém bol použitý ku klasifikácii a stupeň stupeň gastritídu [18, 19].
Štúdia bola schválená nórskym Regionálneho výboru pre lekárske a zdravotné výskum etiky (REC Juhovýchod). Všetky vzorky a údaje o pacientovi boli kódované a oslepený pred analýzou.
Izoláciu RNA, kontrolu kvality a Syntéza cDNA
Celková RNA bola izolovaná s použitím súpravy RNeasy krvi a tkanív kit (Qiagen GmbH, Nemecko) podľa normy príprave protokolu výrobcu , Koncentrácia RNA a kvalita boli stanovené pomocou NanoDrop ND-1000 spektrofotometra (NanoDrop Technologies, USA) a Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, USA). Počet Integrita RNA bola dostatočná pre syntézu cDNA.
Illumina TotalPrep RNA amplifikácie Kit (Ambion Inc., USA) bol použitý na amplifikáciu RNA k hybridizácii na Illumina BeadChips. Syntetizovať prvého reťazca cDNA reverznej transkripciou, sme použili celkové RNA z každej vzorky odobratej zhora. Po syntéze druhého vlákna cDNA a čistenie cDNA, in vitro transkripcie
syntetizovať Crna sa pripraví cez noc po dobu 12 hodín.
CDNA microarray analýzy oligonukleotid
profilov expresie génu sa meria za použitia Illumina Human HT-12 v3 Expression BeadChip (Illumina, USA), ktorý umožňuje celého genómu expresné analýzy (48800 transkripty, čo zodpovedá približne 37800 génov) z 12 vzoriek paralelne na jednom čipe. 35967 sond boli navrhnuté s použitím RefSeq (zostavenie 36,2, uvoľnenie 22) knižnicu a 12.837 sondy boli odvodené z UniGene (zostavení 199) databázy [20, 21].
Imunohistochémia
prítomnosť H. pylori
v chirurgických vzoriek bola analyzovaná s použitím polyklonálnej anti-Helicobacter
-antibody (DAKO, Dánsko, kód B0471, riedenie 1: 200). 4 um sekcie formaldehydom fixované, do parafínu zaliate tkaniva z non-nádorového sliznice boli aplikované na kriedovom sklíčka. Deparafinizace, rehydratácia a epitop vyhľadávania boli vykonané v Dako PT Link (Dako, Dánsko) pri 97 ° C počas 20 minút. Postup imunologické bola vykonaná v Dako Autostainer Plus uplatnenie Envision ™ Flex, vysoké pH systému (DAKO, Dánsko).
Bioinformatiky a štatistiky
R /Bioconductor [22, 23] s balíčkom Beadarray [24] boli použité pre predspracovanie dát z microarray textu BeadStudio na. Priestorové artefakty boli odstránené pomocou BASH [25] predtým, ako výraz údaje boli log 2 transformovaných a kvantilová normalizované. V protokole zmena 2 krát (FC) z každej sondy na maticu v rámci každého páru tkaniva (nádor vs. uzavreté normálne sliznice), potom bola vypočítaná a údaje boli vložené do J-expresné softvérového balíka [26]. Poradie testovanie produktu [27] Potom bola vykonaná na overenie, či je rozdiel medzi expresie nádorového tkaniva a uzavreté normálne sliznice bol významný. Diferenciálnej expresie bola vyhlásená za významné, pokiaľ je nastavená hodnota p, to znamená, že q-hodnota FDR, bola menšia ako 0,05. Hierarchické zhlukovanie bolo vykonané za použitia priemernej väzby a Euclidean meranie vzdialenosti. Analýzy boli vykonané za použitia J-expresné softvérového balíka [26]
Pre vytvorenie primerane veľkosti zoznam najviac odlišne exprimovaných génov, menšie exprimované gény boli odfiltrované na úrovni cut-off FC >.; 1.5, produkovať zoznam 130 najviac odlišne exprimovaných génov. Táto dátová sada bola importovaná do Na-Express a Pathway Express [28, 29], ktorá je súčasťou softvérovej sady na náradie, pre funkčnú analýzu a zoskupené do Gene Ontology (GO) Podmienky a KEGG (Kyoto Encyclopedia of génov a genómov) bunkový signálne dráhy [30]. Pathway Express počíta s impakt faktor (IF), ktorý sa používa na hodnotenie ovplyvnenej signálnych dráh, založený na násobné zmeny, počtu zúčastnených génov v ceste, a množstvo rozrušenie downstream génov [31].
dátová sada bola uzavretá IBM SPSS Statistics SPSS (verzia 18.0.2) vykonávať bivariate porovnávaciu analýzu pre výber génov, ktoré spojené s klinicko-parametrami. Obaja Pearson a Oštepár korelačné koeficienty boli použité na identifikáciu génov korelujúce. Medzi gény, ktoré vzájomnom vzťahu, máme záujem predovšetkým o tie, ktoré vykazovali podobný výsledok v našej skôr publikovanej štúdii H. pylori
-exposed žalúdočných epitelové bunky [17]. Vybrané gény boli potom podrobia multivariačný regresnej analýzy Cox skúmať, či niektorý z génov boli nezávislé prediktory pooperačnej prežitia u pacientov, GC, nezávisle na histologickom type nádoru fázy a veľkosti, uzlového ochorenia a vek pri operácii. V jednej předpokladové génom, ktorý bol identifikovaný, rôzne úrovne cut-off boli použité na vytvorenie vysokej a nízkej skupiny úroveň expresie, než štatistická významnosť medzi skupinami bola hodnotená s použitím log-rank testu (Mantel-Cox). Prežitie Kaplan-Meier plot bol vytvorený s cieľom demonštrovať rozdiel v prežitie medzi vysokou a nízkou expresie skupín.
Sú dostupné pod prístupovým číslom E-MTAB-1440 Údaje microarray v databáze ArrayExpress [32].
výsledky
génovej expresie
celého genómu výraz profilácia 20 spárovaných žalúdočných nádorových vzoriek bola vykonaná pomocou cDNA microarrays. Poradie produkt štatistické testovanie [27] v protokole 2 Zmena fold (FC) Výraz hodnoty približne 38.000 génov na microarray čipe odhalila 2297 génov, ktoré výrazne vzrástli regulované a 2259 génov, ktoré významne boli down-regulované v nádore tkanivo v porovnaní so zodpovedajúcimi normálnou sliznice (p 0,01). K dispozícii 130 filtrovanej gény, ktoré boli odlišne regulované priemerné FC > 1.5 sú uvedené v tabuľke 2, a tvoria dátové sady, na ktoré sa vykonáva ďalšia analýza. Z najviac rozdielne regulované gény, gény 30 preukázaná up-regulácia a 100 gény boli down-regulované. IL-8
bol jeden z najdôležitejších up-regulované gén, up-regulované v 18 z 20 dvojíc tkanív, s priemernou FC 2,6 (obrázok 1), a následne COL1A1 stroje a CLDN1
(obrázok 2 ). Najviac down-regulovaný gén bol PGA4
, byť pozoruhodne down-regulované v 18 z 20 párov tkanív, nasleduje GIF stroje a ATP4A
. Hierarchickej zoskupovanie dátovej sady (obrázok 3) ukázala, že nádorové a kontrolné tkanív tvorený zreteľne odlišné génovej expresie klastrov. V rámci klastra nádoru, rôzne histologické kategórie difúzna, črevné a zmiešané rakovina tvorili takmer exkluzívne jednotlivé zhluky, čo dokazuje úzku genetickú podobnosť v rámci každej z histologických podskupín. V rámci kontrolných tkanív, a medzi H. pylori
pozitívnych jedincov, žiadne zvláštne zhlukovanie bolo seen.Table 2 Najväčší rozdielne regulované gény v žalúdku nádoru vs kontrolné sliznice
up-regulované génov (n = 30),

down-regulované gény (n = 100)
Gene symbol
Priemerná FC
Gene symbol
Priemerná FC

Gene symbol
priemerný FC
Gene symbol
priemerná FC
IL-8
2,58
PGA4
-5.58
MAL
-2.22
AKR7A3
-1.79
COL1A1
2.18
GIF
-5.48
SCNN1B
-2.22
KIAA1324
-1,79
CLDN1
2.14
ATP4A
-5.28
SOX21
-2.22
CCDC121
-1.78
SPP1
2.09
PGA3
-4.72
CAPN9
-2.21
FBP2
-1.76
CLDN2
2.09
ATP4B
-4.71
AGXT2L1
-2.20
FCGBP
-1.75
CEACAM6
2.09
PGA5
-4.34
HDC
-2.18
ORM2
-1.75
SERPINB5
2.06
LIPF
-3.91
GSTA1
-2.18
FAM3B
-1.73
KRT17
2,00
CPA2
-3.78
KLK11
-2.12
TRIM50
-1.73
H19
1.94
GHRL
-3.75
APLP1
-2.12
DUOX1
-1.72
CLDN7
1,93
GKN2
-3.26
MT1H
-2.09
RAP1GAP
-1.70
TFF3
1.92
KCNE2
-3.19
ADH1C
-2.09
EEF1A2
-1.70
OLFM4
1.91
SST
-3.12
DPCR1
-2.06
ANGPTL3
-1.70
THBS2
1.91
CHGA
-3.02
AKR1B10
-2.03
B3GAT1
-1.69
PI3
1.90
PSCA
-3.00
MT1G
-2.03
C6ORF105
-1.68
SULF1
1.89
CHIA
-2.88
CKB
-2.01
FGG
-1.68
BGN
1.82
GKN1
-2.88
SH3GL2
-1.99
ADA
-1.65
KRT6B
1.80
KCNJ16
-2.82
REP15
-1.97
C6ORF58
-1.63
THY1
1.72
GC
-2.66
CKM
-1.95
ZNF533
-1.60
MMP11
1.70
CLIC6
-2.65
FGA
-1.95
RPESP
-1.59
KLK6
1.67
SOSTDC1
-2.53
SLC9A4
-1.92
MT1F
-1.58
SERPINA3
1.65
ESRRG
-2.52
MFSD4
-1.92
PNPLA7
-1.57
FNDC1
1.64
CCKBR
-2.51
ALDOB
-1.89
FUT9
-1.57
COL1A2
1.63
TMED6
-2.44
SCNN1G
-1.87
RPRM
-1.56
CST1
1.63
MT1M
-2.44
IRX2
-1.87
GUCA2B
-1.56
FAP
1.60
GPER
-2,43
SLC26A9
-1.87
TCN1
-1.55
COL6A3
1.60
CKMT2
-2.36
CLCNKA
-1.87
PKIB
-1.55
SFRP4
1.56
VSIG2
-2.36
CAPN13
-1.86
SLC9A2
-1.55
TMEM158
1,53
FLJ42875
-2,33
TTR
-1,86
HOMER2
-1,53
MMP7
1,50
CXCL17
-2.32
GSTA2
-1.85
AKR1C4
-1.50
MMP10
1.50
CA9
-2.32
NKX6-2
-1.83
REG3A
-1.50
AKR1C2
-2,27
CA2
-1,83
PI16
-1,50
ALDH3A1
-2,24
FOLR1
-1,82
MAP7D2
- 1.50
SCGB2A1
-2,23
RDH12
-1,81
AQP4
-2,24
IRX3
-1,80
diferenčné regulované gény s priemerným log2FC z > 1,5 (n = 130). extrahuje z celého výrazu genómu. sú uvedené priemerné úrovne log2FC zodpovedajúce každého génu. Deväť génov. zobrazené tučným písmom. preukázali podobnú reguláciu ako v súčasnej štúdii a v predchádzajúcej štúdii, kde sa žalúdočné epitelové bunky vystavené H. pylori
[17].
Obrázok 1 Interleukín-8 génovú expresiu v nádorov žalúdku vs zodpovedajúce kontrolné sliznice. Plná čiara predstavuje relatívny pomer IL-8
expresiu v nádorovom tkanive v porovnaní s odpovedajúcou kontrolnou žalúdočnej sliznice, ako sú napríklad zmeny log2 násobné (log2 nádor /riadenie hladiny expresie). Kladné skóre naznačuje vyššiu expresiu v nádore v porovnaní s normálnou žalúdočnú sliznicu. IL-8
bol najviac trvalo up-regulované gén v štúdii. Šedé pozadie predstavuje vyjadrenie asi 37 800 ďalších génov.
Obrázok 2 Claudin 1 génovej expresie v nádoroch žalúdka vs zodpovedajúce kontrolné sliznice. Plná čiara predstavuje relatívny pomer CLDN1
expresiu v nádorovom tkanive v porovnaní s odpovedajúcou kontrolnou žalúdočnej sliznice, ako sú napríklad zmeny log2 násobné (log2 nádor /riadenie hladiny expresie). Kladné skóre naznačuje vyššiu expresiu v nádore v porovnaní s normálnou žalúdočnú sliznicu. Šedé pozadie predstavuje expresiu približne 37 800 ďalších génov.
Obrázok 3 hierarchického zhlukovania génovej expresie 20 nádorov žalúdka a kontrolné sliznice. Celý genóm vyjadrenie z 20. nádorových párov /kontrolná tkanív sa filtrujú a produkovať súbor údajov obsahujúci 130 najviac rozdielne regulované gény. Väčšina vzoriek nádorové zoskupené oddelene na kontrolné vzorky. Tieto vzorky nádorov difúzna typu sú zvýraznené svetlo šedou farbou, črevné typ v stredne šedej a zmiešaný typ v tmavo šedej pre ilustráciu subclustering z troch rôznych histologických typov rakoviny.
Gény z aktuálnej dátovej sady boli cross-uzavreté proti väčšina rozdielne regulované gény identifikované v našej predchádzajúcej štúdie, kde boli žalúdočné epitelové bunky vystavené H. pylori
po dobu 24 hodín in vitro
[17]. Oba H. pylori
-exposed žalúdočné epitelové bunky a nádorové biopsia preukázala významnú up-regulácia piatich spoločných génov (IL-8, CLDN1, KRT17, CLDN7 stroje a MMP7
) a down-reguláciu štyroch spoločné gény (GPER, KIAA1324, ADA stroje a SLC9A2
).
Gene ontológia
Ďalšie dátový súbor z 130 najviac rozdielne regulovaných génov bol analyzovaný pre funkčné anotácii pomocou GO podmienky (tabuľka 3). Medzi 30 up-regulované gény, bunkové adhézne procesy, a najmä na adhéziu nezávislé na vápnika bunka-bunka, sú medzi najviac vysoko obohatených podmienok. Okrem toho, syntetické procesy ako morfogeneze kože a vývoj krvných ciev, rovnako ako obaja katabolických a syntetické procesy kolagénu spojené so medzi významné z hľadiska identifikovať. Iba menšia časť génov down-regulované boli mapované na konkrétne ontológií v porovnaní s up-regulované gény, kde trávenie a vylučovanie bol najviac obohatené podmienok. Niekoľko metabolické procesy, regulácia pH a kobalamínu a ion doprava bola tiež významne obohatené GO podmienky medzi génmi down-regulované (tabuľka 4) .Table 3 Génové ontológia združení v up-regulovaná gény
P-hodnota
nie génov podieľajúcich
% génov podieľajúcich
Gene ontológia Prejsť: počet
0,00066 Sims 3
10,0
Vápnik -independent adhézie bunka-bunka Prejsť: 0016338
0,0007
2
6,67
Skin morfogeneze Prejsť: 0043589
0,023
5
16,67
bunková adhézia Prejsť: 0007155
0,023
2
6,67
kolagén katabolický proces Prejsť: 0030574
0,023
2
6,67
kolagén fibríl organizácie Prejsť: 0030199
0,027
2
6,67
Cievne development
GO:0001568
0.042
1
3.33
Copulation
GO:0007620
0.042
1
3.33
Regulation retrovirového replikácie genómu Prejsť: 0045870
0,042
1
3,33
Responsen na kortikosteroidy stimul Prejsť: 0031960
0,042
1
3,33
zub mineralizácia Prejsť: 0034505
významne obohatili Gene Ontology podmienky v up-regulované gény z dátového súboru
Tabuľka 4 Gene ontológia združenia v down-regulované gény
P-hodnota
Nie génov podieľajúcich
% génov podieľajúcich
Gene ontology

GO:number

0.0
8
7.41
Digestion
GO:0007586
0.00011
5
4.63
Excretion
GO:0007588
0.0005
3
2.78
Creatine metabolický proces Prejsť: 0006600
0,0019 Sims 3
2,78
Cellular aldehydov metabolický proces Prejsť: 0006081
0,0043 Sims 3
2,78
Regulácia pH Prejsť: 0006885
0,013
2
1,85
Kobalamín transport Prejsť: 0015889
0,015
9
8,33
Ion transport
GO:0006811
0.015
2
1.85
Secretion
GO:0046903
0.015
2
1.85
Cobalt ion transport Prejsť: 0006824
0.02013
2.
1,85
morfogeneze epitelu Prejsť: 0002009
významne obohatili Gene Ontology podmienky v génoch down-regulované z dátového súboru .
KEGG bunkovej signálnej dráhy
dátový súbor potom bol analyzovaný za KEGG bunkovej signálnej dráhy združenia. 11 z 30 up-regulované gény boli mapované do 8 významných KEGG dráh (p menšie ako 0,05). Najmä bunkové adhézne molekuly (CAM) dráhy a leukocytov transendothelial migrácia cesta bola priradená High Impact faktor, kvôli silnému up-regulácia CLDN1, CLDN7 stroje a THY1
gény, a vysokej relatívnej dopadu tieto gény na CAM dráhy. IL-8, COL1A1, COL1A2, THBS2, SPP1, COL6A3 a
SFRP4
boli mapované do niekoľkých vysoko zasiahnutých leukocytov cestami: transendothelial migrácia, interakcie extracelulárnej matrix receptora, tesného spojenia, epitelu signalizácia buniek v H. pylori
infekcie, TGF signálne dráha, signalizácia receptora toll-like a Wnt signalizácie (tabuľka 5). Žiadny z 100 down-regulované gény boli mapované do akýchkoľvek významných KEGG pathways.Table 5 KEGG mobilné signálnych dráh
Rank
názov Pathway
IF
hodnota p

1
Cell adhézne molekuly (CAM)
734,0
0,000129
2
leukocytov transendothelial migrácie
672.1
0,000879 Sims 3
ECM receptora interakcie
10,9
0,00215
4
Tesné spojenie
10,6
0.000296
5
bunkovej signalizáciu epitelových v Helicobacter
7,2
0,006
6
TGF-beta signálne dráha
6,3
0,013
7
Focal priľnavosť
6,2
0,014
8
vápenatý signálnej dráhy
5,1
0,035
významne obohatili KEGG bunkovej signálnej dráhy v dátovom súbore (p menšie ako 0,05). Impact Factor (IF) sa používa na hodnotenie postihnutej signálnych dráh, na základe násobné zmeny, počet zúčastnených génov v ceste, a množstvo perturbace downstream génov.
Klinicko-korelácia
z celkového súboru z 130 najviac rozdielne regulované gény, hladiny FC expresie 20 génov vykazovali významnú koreláciu s pooperačnou prežitie, 8 gény korelovali s histologický typ, 5 génov koreluje s veľkosťou nádoru, a 1 génu koreluje s pódiom lymfatických uzlín (ďalší súbor 1 ). Niektoré gény ukázali koreláciu s viac ako jedným parametrom. Vzhľadom k menšej veľkosti vzorky (n = 20), hladine významnosti p < 0,01 bol vybraný.
Cox multivariačný analýzy génov spojených s pooperačnou prežitia preukázala, že vysoká CLDN1
hladina expresie bola jediným nezávislým prediktorom gén pooperačné prežitie. CLDN1
výraz a veľkosť nádoru premennými, pozitívne frakcie lymfatických uzlín, histologický typ, pohlavie a vek v čase operácie boli vložené do lineárneho regresného modelu (tabuľka 6), čo ukazuje, že iba CLDN1 stroje a pozitívne frakcie lymfatické uzliny boli významné prediktory pooperačné prežitie. Keď sú všetky non-významné determinanty kde odstránená, tam bol silnejší negatívna korelácia medzi CLDN1
prejavu a pooperačné prežitia (R = -0,7, p < 0,001). Neboli zistené žiadne signifikantné súvislosť medzi CLDN1
prejavu a Lauren klasifikácie, H. pylori infekcie
, etnický pôvod, veľkosť nádoru alebo metastatický lymfatické uzliny status.Table 6 Faktory ovplyvňujúce prežitie po operácii pre rakovinu žalúdka
Co-variate
Korelačný koeficient R
hodnota P
CLDN1
výraz (log2 zmena krát)
-0,53
0,008
lymfatických frakcia node
-0,46
0,016
veľkosť nádoru
-0,27
0,186
Vek pri operácii
-0.13
0,491
histologický typ (črevné typ)
-0,03
0,888
mužské pohlavie
-0,05
0,792
lineárnej regresná analýza mnohopočetných faktorov ovplyvňujúcich pooperačnej prežitia u pacientov, ktorí podstúpili operáciu pre rakovinu žalúdka.
na zistenie rozdielov v pooperačnej prežitia medzi jednotlivcami s vysokou a nízkou CLDN1
Epidermal Growth Factor nádory, rôzne úrovne cut-off boli použité na vytvorenie vysoko exprimujúcich a nízkou expresiou skupín. Používanie CLDN1
FC priemer (FC znamená = 2,14) ako skupina delič, vysokú a nízku expresiou CLDN1
pacientov sa zistila významne odlišné vzory prežitie (P 0,001), ako je znázornené v Kaplan-Meiera v obrázok 4 obrázok 4 Kaplan-Meierov graf prežitia pacientov s resekcii nádorov žalúdka. Plná čiara predstavuje podpriemernú CLDN1
Epidermal Growth Factor nádory (FC < 2,14) a prerušovaná čiara predstavuje nadpriemernú CLDN1
Epidermal Growth Factor nádorov (FC > 2.14). 6 pacientov v nízkom CLDN1
Epidermal Growth Factor skupinu ešte nažive na konci obdobia štúdie, ako je ukázané plnou čiarou vertikálne tiky.
Histopatologické vlastnosti priľahlé bez rakoviny sliznice
Z 20 uzavreté sliznice vzorky, 10 vykazovalo známky non-atrofickej gastritídy a 10 demonštroval multifokálne atrofickú gastritídu. Črevné metaplázia bola hodnotená z 1-3 v dutine a korpusu oblastiach vzoriek. Nádory črevnej typu boli významne spojené s oboma atrofickej gastritídy, a črevné metaplázia (p 0,001), zatiaľ čo difúzna nádory typu boli spojené s non-atrofická gastritída (p 0,001). Obaja histologické a imunohistochemické dôkaz H. pylori
boli demonštrované na sliznici náprotivok 1 črevných a 1 difúznych rakoviny typu (obrázky 5 a 6), a to ako v kaukazskej pacientov. Ostatné 18 vzorky nepreukázali H. pylori
. Neboli zistené žiadne významné rozdiely medzi typmi rakoviny, druhy gastritídy, alebo prítomnosť H. pylori
na jednej strane, a korelácia s génovou expresiou CLDN1
alebo IL-8
. Obrázok 5 Histologické sekcie H. pylori indukovanej non-atrofickú chronickej gastritídy. Šípka upozorňuje na plochu aktívneho zápalu s charakteristickým granulocytovej infiltráciou v epitelu krýpt.
Obrázok 6 imunohistologické dôkaz H. pylori. H. pylori bol objavený v 2 vzoriek sliznice 20. Vzorka z obrázku 5 bol podrobený imunohistochémia liečbu anti-Helicobacter
-antibody, farbením H. pylori
hnedé. Diskusia
V tejto štúdii sme identifikovali CLDN1
ako jeden z najdôkladnejšie up-regulované gény v GC a silnú koreláciu medzi up-regulácia CLDN1 stroje a zníženej prežitie u 20 pacientov s žalúdočnými adenokarcinómy. Táto korelácia je ešte silnejší, po očistení od iných parametrov, ako je etape lymfatických uzlín, veľkosť nádoru a histologickom typu. Náš klinický veľkosť vzorky je malý, ale výsledky sú konzistentné.
Klaudiny sú proteíny zapojené do bunkových tesných spojení a sú dôležité pre udržiavanie normálneho epitelu, najmä tvorby bariéry, bunkovú polaritu a prenosu signálu. Porucha regulácie týchto génov boli identifikované v mnohých rôznych druhov rakoviny. Na biológie nádorov na báze, down-regulácia CLDN1
by malo za následok zničenie tesných spojení a strata adhézie bunka-bunka, ktorá predstavuje progresie nádoru [33], avšak klinický význam v žalúdočnej karcinogenéze je zložitejšia. Existujú dôkazy, že niekoľko klaudiny, CLDN1
súčasťou, vykazujú stúpajúce hladiny ako žalúdočné epitel postupuje črevné metaplázia a včasného karcinómu žalúdka [34]. CLDN1
by mohli ovplyvniť intracelulárnej signalizácii, svedčí Liu et al. ktorý ukázal, že zvýšená expresia CLDN1 v bunkách rakoviny prsníka prispel k anti proapoptotický efekt prostredníctvom dvoch mechanizmov: inhibícia kaspázy-8 štiepenie a aktiváciu /β-katenin signálne dráhy Wnt [35]. CLDN1 bol identifikovaný v jadre karcinómu žalúdka AGS buniek in vitro
, čo ukazuje na regulačnú úlohu CLDN1 na bunkovú proliferáciu, migráciu a invazívnosti na jadrové úrovni [36]. Všetci autori čítať a schválená konečná rukopis.

• Integračné role transformujúci rastový faktor-alfa v cytoprotekci mechanizmov žalúdočnej sliznice
• Združenie tiazolidíndiónov s rakovinou žalúdka v diabetes mellitus 2. typu: a populačný case-control štúdie