Up-regulaciju CLDN1 kod raka želuca je u korelaciji sa smanjenim survival

up-regulaciji CLDN1 kod raka želuca je u korelaciji sa smanjenim opstanak pregled apstraktne pregled pozadine pregled Genetske promjene u želučanom adenokarcinoma su izuzetno kompleksni i pouzdani tumorski markeri još nisu identificirani. Tu su i izvanredne geografske razlike u distribuciji ove bolesti. Naš cilj bio je utvrditi najviše diferencijalno regulirani geni u 20 želučanog adenokarcinoma iz norveškog izbora, u odnosu na podudarne normalne sluznice, a mi smo u vezi naše nalaze na prognozu, opstanak i kronične Helicobacter pylori pregled infekcije. Pregled Metode
Biopsije od želučanog adenokarcinoma i susjedni normalnoj sluznici želuca su dobiveni iz 20 bolesnika neposredno nakon kirurške resekcija tumora. Cijeli genom, cDNA analiza mikropločicama provedena je na RNA izolirane iz uzorka parova za usporedbu profila genske ekspresije između tumora protiv podudaraju sluznice. Uzorci su skopirane klasificirati gastritis. Prisutnost H. pylori pregled ispitana je pomoću mikroskopije i imunohistokemijski. Pregled Rezultati
130 gena pokazala diferencijalnu regulaciju iznad definiranu razinu cut-off. Interleukin-8 (IL-8 pregled) i Claudin-1 (CLDN1 pregled) su najkonzistentnije doregulirani gena u tumorima. Vrlo visok CLDN1 pregled izraz u tumor je identificiran kao neovisne i značajan prediktor gena smanjene postoperativne opstanak. Bilo je izrazito različite profile ekspresije između skupine tumora i sluznice grupe kontrolu i histološkim podskupova mješovitog tipa, difuznog tipa i crijevnog raka tipa pokazala daljnje pod-klastera. Up-regulirani geni su mapirani na staničnu adheziju, procesa kolagen se odnose i angiogenezu, dok normalne crijevne funkcije poput probave i izlučivanja su bili povezani s genima dolje regulirano. Mi se odnose na trenutne rezultate u našem prethodnom istraživanju o odgovoru gena želučanog epitela na H. pylori pregled infekcije.
Zaključci
CLDN1 Netlogu bio je vrlo up-regulirana raka želuca, a CLDN1
ekspresija je neovisno povezana s lošom postoperativne prognozom, a može imati značajnu prognostičku vrijednost. IL-8 pregled i CLDN1 pregled može predstavljati središnje veze između odgovora gena vidio u akutnoj H. pylori pregled infekcije želučanog epitela i raka u konačnici želuca.
Ključne riječi
rak želuca Interlukin 8 Claudin-1 Helicobacter pylori pregled cDNA mikropostrojima opstanak Prognoza Pozadina pregled, rak želuca (GC) je rak pluća u smrti izazvane rakom svjetskim tek drugi, međutim, postoje velike geografske razlike u distribuciji GC. Podaci iz 2010. godine pokazuju da je GC pojava u Norveškoj je vrlo nizak (mužjaci 6.9, ženke 3,0 na 100.000) [1] u odnosu na slabije razvijenim područjima, osobito u istočnoj Aziji, gdje je učestalost je oko 6 puta (muškarci 42,4, žene 18,3 po 100.000) [2].
Želučani adenokarcinom je izuzetno heterogena genetski, citološki i arhitektonski usporedbi s drugim gastrointestinalnim karcinomima. Potraga za pouzdane tumorskih biljega i dosljedna prognostičkih pokazatelja je dokazano teško. Nekoliko autora pokušalo predvidjeti GC bolesti i prognoze na temelju jednog ili više gena [3-8], ali postoje razlike između studija, a trenutno ne postoji gen potpis ili biomarkera su u rutinskoj kliničkoj uporabi. Razumijevanje mehanizama koji stoje iza raka želuca je jedan od najvećih izazova u genomike raka. Klasifikacija Lauren dijeli adenokarcinome u tri različite histološke podtipa: crijevnih i difuznih oblika i mješoviti varijanta [9], za koje se smatra da se različitim putevima karcinogeneze. Probavni tipa može se pripisati nekoliko koraka progresije od kroničnog gastritisa kroz želudac atrofije, metaplazije, displazija i na kraju maligne bolesti [10]. Difuzni vrste može nastati zbog kronične upale bez pregled jasnu manifestaciju intermediate premalignih koraka [11-13]. Mješoviti tip pokazuje nehomogene smjese i crijevnih i difuznog tipa arhitekture, a može predstavljati zasebnu kategoriju raka s ekskluzivnim genske mutacije i agresivniji tijek [14, 15]. Usprkos brojnim istraživanjima genetske promjene GC, mehanizmi kojima se temelji bolesti su još uvijek daleko od razumio, a bolest se ne može lako objasniti modelu adenom-karcinom kao u raka debelog crijeva. Postoje tri molekularni mehanizmi koji pokreću želučane karcinogeneze: Kromosom nestabilnost, mikrosatelitne nestabilnosti i Epigenetske izmjenama [16]. Neto rezultat je aktivacija onkogena, inaktivacije gena za suzbijanje tumora i deregulacija signalnih puteva [11, 12]. Aberantna regulacija staničnog ciklusa, a promjene u ekspresiji čimbenika rasta i citokina regulira diferencijaciju i preživljavanje tumorskih stanica. Mutacije staničnu adheziju i angiogeni geni igraju važnu ulogu u invazivnom i metastatskog ponašanja GC stanicama.
Cilj rada bila je utvrditi najviše diferencijalno regulirani geni u kirurškim resected želučanog adenokarcinoma u odnosu na podudarne normalne sluznice, koristeći cijeli genom cDNA mikropostrojima profiliranje. Također, pokušati identificirati gene koji utječu na GC prognozu i opstanak. Rezultati su uspoređeni s želučanog epitela gena stanice kao odgovor na H. pylori pregled, infekcije, koja je analizirana u prethodno objavljenom radu [17]. Ova studija dodaje podršku na značaj IL-8 Netlogu i CLDN1 Netlogu u želučanom karcinogeneze, kao i pokazuje značajne genetske promjene u GC i njihovu moguću važnost za H. pylori pregled infekcije.
Metode
tkiva i karakteristike pacijenta
biopsije dobivene su od bolesnika s ne-cardia želučanog adenokarcinoma na endoskopiju ambulanti kod sveučilišne bolnice Akershus, Norveška dijagnozom. Thoraco trbušne kompjutorizirana tomografija slike poduzeto isključiti bolesnika s metastatskim bolesti. 20 pacijenata s obje crijevne i difuznih vrste GC su uključeni. Pacijenti i kliničkopatološkim karakteristike prikazane su u tablici 1. Na prijemu za izborne operacije, koju je napisao, informirani pristanak za sudjelovanje u istraživanju dobiven je od sudionika. U roku od 5 minuta nakon uklanjanja glavnih kirurškog uzorka, uzorci su uzeti su od granice tumora i zdravih želučane sluznice corpal u istom području želuca, ali više od 5 cm od tumora, te pohranjeni na RNAlater pregled (Applied Biosystems , USA). Svi uzorci su pohranjeni na + 4 ° C tijekom približno 1-2 tjedna da se postigne kompletiranje prodor tkiva RNAlater
se prije uzoraka osušeni i trajno spremiti u -80 ° C. Sve stjecanje uzorka i rukovanje su provedena od strane istih individual.Table 1 bolesnika obilježja i kliničkopatološkim obilježja 20 želučanih tumora koji se koriste u ispitivanju
Sex pregled ženke n = 5, mužjaci n = 15
Etnička pripadnost
Kavkaski n = 18, azijski n = 2 pregled Dob u kirurgiji pregled Ukupno: 68.7 godina (± 12.5) pregled ženki: 65,7 godina (± 21.8)
muškaraca: 69,7 godina (± 8,6)
Postoperativni preživljavanje (umrla osoba) pregled Ukupno: 13,2 mjeseci (± 8,8)
žena (n = 4): 16,6 mjeseci (± 6,4)
muškaraca (n = 10): 12,0 mjeseci (± 9,7 )
poslijeoperacijsko preživljavanje (živih pojedinaca na kraju studija)
ukupno: 45,8 mjeseci (± 7,9)
žena (n = 1): 48,0 mjeseci
muškaraca (N = 5): 44.9 mjeseci (± 8.8) pregled, veličina tumora pregled 49 mm (± 27) pregled tumora fazi pregled T1 pregled 2 pregled, T2 pregled, 10 pregled, T3 pregled 5 pregled T4
3. pregled Nodal fazi pregled, n0 pregled 10 pregled n1 pregled 5 pregled N2 pregled 3
N3 pregled 2 histološki tip tumora
crijeva
5 pregled difuznim
12 pregled Mixed
3 pregled pacijenata karakteristike i kliničkopatološkim značajke 20 želučanih tumora koji se koriste u ispitivanju. Vrijednosti su srednja plus /minus standardna devijacija. Pregled, nakon resekcije tumora, glavni primjerak bio podvrgnut histolopathological ispita dva viši specijalista patologa potvrditi dijagnozu i klasifikaciju tumora prema [9] klasifikaciji Lauren. Antralne i corpal želučane sluznice ispitani su gastritis, atrofija i metaplaziju i prisutnost ili odsutnost Helicobacter pylori pregled je skopirane a zatim identificirati imunohistokemije. Ažurirani Sydney Sustav se koristi za klasifikaciju i ocjena stupnja gastritisa [18, 19].
Istraživanje je odobreno od strane norveške Regionalni odbor za medicinske i zdravstvene etike istraživanja (REC South East). Svi uzorci i podaci o pacijentu je kodiran i oslijepio prije analize.
Izolaciju RNA, kontrolu kvalitete i Sinteza cDNA pregled Ukupna RNA je izolirana pomoću RNeasy u krvi i komplet tkiva (Qiagen GmbH, Njemačka) prema standardnom protokolu priprema proizvođača , Koncentracija i kvaliteta RNA određene su korištenjem NanoDrop ND-1000 spektrofotometar (NanoDrop Technologies, USA) i Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, USA). Broj Integritet RNA bio adekvatan za sintezu cDNA.
Illumina TotalPrep RNA pojačanje Kit (Ambion Inc., SAD) je bio korišten za pojačavanje RNA za hibridizaciju na Illumina BeadChips. Za sintezu prvog lanca cDNA reverznom transkripcijom, koristili smo ukupne RNA iz svakog uzorka gore prikupljeni. Nakon drugog sintezu trake cDNA i cDNA koraka pročišćavanja, in vitro pregled transkripcije sinteze Crna pripravljen je preko noći 12 h. Pregled cDNA Analiza oligonukleotida mikropločicama pregled ekspresije gena Profili su mjereni pomoću Illumina Human HT-12 v3 Expression BeadChip (Illumina, SAD), koji omogućuje genoma širom analizu ekspresije (48800 transkripte, što odgovara oko 37.800 gena) od 12 uzoraka paralelno na jednom microarray. 35967 sondi su napravljeni pomoću RefSeq (graditi 36,2, oslobodili 22) knjižnica i 12.837 sonde su izvedeni iz UniGene (graditi 199) baze podataka [20, 21]. Pregled Imunohistokem pregled Prisutnost H. pylori
u kirurških uzoraka se analizira koristeći poliklonalno anti-Helicobacter pregled -antibody (Dako, Danska, kod B0471, razrjeđenje 1: 200). 4 um dijelovi formalinom fiksne, parafinske ugrađen tkiva iz ne-tumorske sluznice naneseni su na premazanim slajdovima. Deparaffinization, rehidracija i epitop dohvat su provedene u Dako PT Link (Dako, Denmark) na 97 ° C tijekom 20 minuta. Postupak imunološko se provodi u Dako Autostainer Plus primjenom isplanirati ™ Flex i visokog pH sustav (Dako, Danska). Pregled Bioinformatika i statistiku
R /BioConductor [22, 23] s paketom Beadarray [24] korišteni su za predobradi podataka mikropostrojima tekst iz BeadStudio. Prostorni predmeti su uklonjeni koristiti bash [25] prije nego se podaci izraz su log 2-transformira i kvantilnih normalizira. Dnevnik promjena 2 puta (FC) svake probe na polju unutar svakog para tkiva (tumor vs odgovarao normalnoj sluznici), a zatim je izračunata, a podaci su učitani u J-izričitog programskog paketa [26]. Ispitivanje rang proizvoda [27], a zatim je provedena da se testira da li je diferencijal izraz između tumorskom tkivu i uparen normalne sluznice bio značajan. Diferencijalne ekspresije je proglašen značajni ako se podesi p-vrijednost, tj FDR q-vrijednost bila manja od 0,05. Hijerarhijski klastera provedena je pomoću prosječne povezanost i Euklidova mjeru udaljenosti. Analize su provedene pomoću J-Express softver paket [26]
Za proizvodnju razumno veličine popis najvažnijih različito izražena gene, manje izraženi geni su filtrirane na razini porama FC >. 1.5, proizvodnju popis 130 najviše različito izražene gene u. Ovaj set podataka je uvezen u onto-Express i Pathway Express [28, 29], dio onto-Alati softverski paket, za funkcionalnu analizu, a grupirani u Gene ontologije (GO) uvjetima i KEGG (Kyoto Enciklopedija gena i genoma) stanični signalne staze [30]. Put Express izračunava utjecaj Factor (IF), koji se koristi za rangiranje zahvaćeni signalne putove, a na temelju mnogostrukost promjene, broj uključenih gena na putu, te iznos perturbacije nizvodno genima [31]. Pregled Skup podataka je ušao u PASW statistiku (SPSS verzija 18.0.2) za obavljanje bivarijantnih analizu korelacije za odabir gena koji su povezani s kliničkopatološkim parametrima. Oba Pearson i Kopljanik koeficijenti korelacije su korišteni za identifikaciju korelacijom gene. Među genima koji korelirani, bili smo posebno zainteresirani za one koji pokazuju sličnu izraz u našoj prethodno objavljenoj studiji H. pylori pregled izloženoj želučanog epitela [17]. Odabrane geni su potom podvrgnuti Cox multivarijatne regresijske analize istražiti je li bilo koji od gena bili neovisni prediktori postoperativne preživljavanje u bolesnika GC, neovisno o histološkom tipu, tumora fazi i veličine, limfnih čvorova bolesti i starosti na operaciju. U jednom prediktora gena koji je identificiran, različite razine cut-off su primijenjeni za izgradnju visoke i niske razine ekspresije skupine, prije nego što je procijenjeno statistička značajnost između skupina pomoću log-rank (Mantel-Cox) testa. Kaplan-Meier opstanak zemljište je stvoren kako bi pokazali razliku u preživljavanju između visoke i niske ekspresije skupine.
Podaci microarray su dostupni pod pristupnim brojem E-mtab-1440 u ArrayExpress bazi podataka [32].
Rezultati
Gene Expression pregled, cijeli izraz genom profiliranje 20 odgovarajućih uzoraka želučane tumora je izveden korištenjem cDNA čipovi. Pozicija proizvod statističko ispitivanje [27] log 2 puta promjene (FC) izraz vrijednosti oko 38.000 gena na microarray čip otkrila 2297 gena koji su bili značajno je povećana i 2259 gena koji su značajno pale regulirano u tumor tkiva u usporedbi s podudara normalne sluznice (p < 0.01). 130 filtrirani geni koji su različito uređena prosječnom FC > 1,5 su navedeni u Tablici 2, a čine skup podataka na kojima se provodi daljnju analizu. Od najvažnijih različito reguliranih gena, 30 gena pokazala up-regulaciji i 100 gena podregulirani. IL-8 pregled bilo najjače regulira prema gore gena, regulira prema gore u 18 od 20 tkiva parova, s prosječnom FC 2,6 (slika 1), a nakon toga COL1A1 Netlogu i CLDN1 pregled (slika 2 ). Najviše dolje regulira gen PGA4 pregled, što je izuzetno lijepo regulirano u 18 od 20 tkivnih parova, zatim GIF Netlogu i ATP4A Netlogu. Hijerarhijski skupina od skupa podataka (slika 3) pokazali su da su tumorske i kontrole tkiva formiraju izrazito različite ekspresije gena klastera. Unutar klastera tumora, različite histološke kategorije difuzne, crijeva i mješoviti rak nastaje gotovo isključivo pojedinačne klastera, što pokazuje blisku genetsku sličnost unutar svakog od histoloških podskupova. Među kontrole tkiva, a među H. pylori pregled pozitivnih osoba, ne osobito klastera je seen.Table 2 Najviše različito regulirani geni u želučanom tumora vs kontrolnog sluznice
regulira prema gore gena (n = 30)
pregled Down-regulirani geni (n = 100)
Gene simbol
Prosječna FC
Gene simbol
Prosječna FC pregled
simbol Gene
prosječnom FC
Gene simbol
Prosječna FC
IL-8 pregled 2.58
PGA4
-5.58
MAL
-2.22
AKR7A3
-1.79
COL1A1
2.18
GIF
-5.48
SCNN1B
-2.22
KIAA1324 pregled -1,79 pregled CLDN1
2.14
ATP4A
-5.28
SOX21
-2.22
CCDC121
-1.78
SPP1
2.09
PGA3
-4.72
CAPN9
-2.21
FBP2
-1.76
CLDN2
2.09
ATP4B
-4.71
AGXT2L1
-2.20
FCGBP
-1.75
CEACAM6
2.09
PGA5
-4.34
HDC
-2.18
ORM2
-1.75
SERPINB5
2.06
LIPF
-3.91
GSTA1
-2.18
FAM3B
-1.73
KRT17 pregled 2.00
CPA2
-3.78
KLK11
-2.12
TRIM50
-1.73
H19
1.94
GHRL
-3.75
APLP1
-2.12
DUOX1
-1.72
CLDN7
1.93
GKN2
-3.26
MT1H
-2.09
RAP1GAP
-1.70
TFF3
1.92
KCNE2
-3.19
ADH1C
-2.09
EEF1A2
-1.70
OLFM4
1.91
SST
-3.12
DPCR1
-2.06
ANGPTL3
-1.70
THBS2
1.91
CHGA
-3.02
AKR1B10
-2.03
B3GAT1
-1.69
PI3
1.90
PSCA
-3.00
MT1G
-2.03
C6ORF105
-1.68
SULF1
1.89
CHIA
-2.88
CKB
-2.01
FGG
-1.68
BGN
1.82
GKN1
-2.88
SH3GL2
-1.99
ADA
-1.65
KRT6B
1.80
KCNJ16
-2.82
REP15
-1.97
C6ORF58
-1.63
THY1
1.72
GC
-2.66
CKM
-1.95
ZNF533
-1.60
MMP11
1.70
CLIC6
-2.65
FGA
-1.95
RPESP
-1.59
KLK6
1.67
SOSTDC1
-2.53
SLC9A4
-1.92
MT1F
-1.58
SERPINA3
1.65
ESRRG
-2.52
MFSD4
-1.92
PNPLA7
-1.57
FNDC1
1.64
CCKBR
-2.51
ALDOB
-1.89
FUT9
-1.57
COL1A2
1.63
TMED6
-2.44
SCNN1G
-1.87
RPRM
-1.56
CST1
1.63
MT1M
-2.44
IRX2
-1.87
GUCA2B
-1.56
FAP
1.60
GPER pregled -2,43
SLC26A9
-1.87
TCN1
-1.55
COL6A3
1.60
CKMT2
-2.36
CLCNKA
-1.87
PKIB
-1.55
SFRP4
1.56
VSIG2
-2.36
CAPN13
-1.86
SLC9A2 pregled -1.55
TMEM158
1,53 pregled FLJ42875 pregled -2,33 pregled TTR pregled -1,86 pregled HOMER2 pregled -1,53
MMP7 pregled 1.50
CXCL17
-2.32
GSTA2
-1.85
AKR1C4
-1.50
MMP10
1.50
CA9
-2.32
NKX6-2
-1.83
REG3A
-1.50
AKR1C2 pregled -2,27 pregled CA2 pregled -1,83 pregled PI16 pregled -1,50 pregled ALDH3A1 pregled -2,24 pregled FOLR1 pregled -1,82 pregled MAP7D2 pregled - 1,50 pregled SCGB2A1 pregled -2,23 pregled RDH12 pregled -1,81 pregled AQP4 pregled -2,24 pregled IRX3 pregled -1,80
diferencijalno regulirani geni s prosječnom log2FC od > 1,5 (n = 130). izvađen iz cijelog izraza genoma. Prosječne razine log2FC odgovaraju svakom genu su navedeni. Devet geni. prikazani su masnim slovima. pokazao sličnu regulaciju iu trenutnoj studiji i prethodnom istraživanju u kojem želučani epitelne stanice su izložene H. pylori pregled [17].
Slika 1 izražavanje interleukin-8 gena u želučanih tumora vs odgovarajućih kontrolnih sluznice. Puna linija predstavlja relativni omjer IL-8 pregled ekspresije u tkivu tumora u usporedbi sa podešenom kontrolnom želučane sluznice, kao i promjene log2 savijanje (log2 tumora /kontroliranja razina ekspresije). Pozitivan rezultat pokazuje višu ekspresiju u tumor u usporedbi s normalnom želučane sluznice. IL-8 pregled je najdosljednije reguliran up-gen u studiji. Siva pozadina predstavlja ekspresiju oko 37 800 ostalih gena.
Slika 2 Claudin 1 ekspresije gena u gastričnih tumora vs odgovarajućih kontrolnih sluznice. Puna linija predstavlja relativni omjer CLDN1 pregled ekspresije u tkivu tumora u usporedbi sa podešenom kontrolnom želučane sluznice, kao i promjene log2 savijanje (log2 tumora /kontroliranja razina ekspresije). Pozitivan rezultat pokazuje višu ekspresiju u tumor u usporedbi s normalnom želučane sluznice. Siva pozadina predstavlja ekspresiju oko 37 800 ostalih gena.
Slika 3 hijerarhije nakupljanje ekspresije gena od 20 želučanih tumora i kontrolne sluznice. Cijeli genom izraz 20 tumorskih parova /kontrola tkiva su filtrirane proizvesti skupa podataka koji sadrži 130 najviše diferencijalno regulirani geni u. Većina uzorci tumora grupirani odvojeno na kontrolnim uzorcima. Uzorci difuzni tip tumora su istaknute u svijetlo sivoj boji, crijevni tip u srednjoj sivoj i mješoviti tip u tamno sive do ilustriraju subclustering triju različitih histoloških tipova karcinoma.
Gena od trenutnog skupa podataka su cross-podudarne protiv većina različito regulirani geni identificirani u našem prethodnom istraživanju, gdje su želučani epitelne stanice su izložene H. pylori Netlogu 24 sata in vitro pregled [17]. Oba H. pylori pregled izloženoj želučani epitelne stanice i tumorske biopsije pokazale značajno doreguliranje pet zajedničkih gena (IL-8, CLDN1, KRT17, CLDN7 pregled i MMP7 pregled) i down-regulacije četiri zajedničke gene (GPER, KIAA1324, ADA pregled i SLC9A2 pregled). pregled, Gene ontologije
Dalje, skup podataka od 130 najviše različito reguliranih gena u analizirano je za funkcionalnu označavanje pomoću GO pojmove (Tablica 3). Među 30 up-reguliranih gena u, stanica procesi adhezije, a posebno adhezije stanica-stanica kalcij-neovisni, bili su među visoko obogaćenog uvjetima. Nadalje, sintetski procesi kao morfogeneze kože i razvoj krvnih žila, kao i kataboličkih i sintetičkih postupaka kolagen vezane su među značajne uvjetima identificirani. Samo manji udio gena dolje regulirane su mapirani na određene ontologija u usporedbi s up-regulirana gena, gdje probavu i izlučivanje su najviše obogaćene uvjeti. Nekoliko metabolički procesi, regulacija pH i cobalamin i transport iona također je značajno obogaćena GO pojmove među genima dolje regulirano (Tablica 4) .table udruženja 3 Gene ontologije u up-regulirana gena pregled P vrijednost
Bez gena uključenih
% gena uključenih pregled
Gene ontologije
GO: broj
0.00066 pregled 3 pregled 10,0
kalcija adhezija neovisnim međustanična pregled GO: 0016338 pregled 0.0007 pregled 2 pregled, 6,67 pregled kože morfologije pregled GO: 0043589 pregled 0.023
5 pregled 16.67 pregled adhezija stanica pregled GO: 0007155 pregled 0.023
2 pregled, 6,67 pregled Kolagen katabolički proces pregled GO: 0030574 pregled 0.023
2 pregled, 6,67 pregled kolagen filament organizacija pregled GO: 0030199 pregled 0.027
2 pregled, 6,67 pregled krvnih žila development
GO:0001568
0.042
1
3.33
Copulation
GO:0007620
0.042
1
3.33
Regulation od replikacije retrovirusa genoma pregled GO: 0045870
0,042
1
3,33
Responsen na kortikosteroidima poticaj
GO: 0031960 pregled 0.042
1 pregled 3.33
Zubni mineralizacija pregled GO: 0034505
značajno su obogatili Gene ontologije pojmove u up-regulirana gena iz skupa podataka
Tablica 4 gena Ontologija udruge u dolje-regulira gene pregled P-vrijednost pregled Ne gena uključenih
% gena koji su uključeni
Gene ontology

GO:number

0.0
8
7.41
Digestion
GO:0007586
0.00011
5
4.63
Excretion
GO:0007588
0.0005
3
2.78
Creatine metabolički proces pregled GO: 0006600 pregled 0,0019 pregled 3
2,78 pregled Cellular aldehid metabolički proces pregled GO: 0006081 pregled 0,0043 pregled 3
2,78
regulacije pH pregled GO:
0006885 pregled 0,013 pregled 2 pregled, 1,85 pregled Kobalamin prijevoz GO: 0015889 pregled 0.015
9
8,33 pregled Ion transport
GO:0006811
0.015
2
1.85
Secretion
GO:0046903
0.015
2
1.85
Cobalt ion prijevoz
GO: 0006824
0.02013
2
1.85
morfologije od epitela pregled GO: 0002009
značajno su obogatili uvjete Gene ontologije u genima dolje reguliran od skupa podataka . pregled KEGG stanični signalni putovi
Skup podataka je zatim analizirana KEGG staničnog signalnog puta udruga. 11 30 up-reguliranih gena koji su bili su mapirani na 8 značajne KEGG puteva (p < 0.05). Posebno su molekule stanične adhezije (CAM) put i leukocita transendotelnu migraciju put dodijeljena je visok faktor utjecaja, zbog jakog regulaciji CLDN1, CLDN7 Netlogu i THY1 pregled gena, kao i visokoj relativnoj utjecaju ovi geni na CAM puta. IL-8, COL1A1, COL1A2, THBS2, SPP1, COL6A3 pregled i SFRP4 pregled preslikani su u nekoliko visoko ugrožena puteva: leukocita transendotelne migracije, izvanstaničnog matriksa interakcije receptora, čvrsti spoj, epitelnih stanica signalizaciju u H. pylori
infekcija, TGF-beta signalnu stazu, toll-like receptora signalizacije i Wnt signalizacije (Tablica 5). Nitko od 100 down-reguliranih gena u preslikani su u svih značajnih KEGG pathways.Table 5 KEGG staničnih signalnih putova pregled Pozicija
naziv Put
AKO
p-vrijednost
1 pregled stanične adhezije molekula (CAMs)
734,0 pregled 0,000129 pregled 2 pregled leukocita kako transendotelne migracije
672.1 pregled 0,000879 pregled 3
ECM receptor interakcija pregled 10.9 pregled 0,00215 pregled 4
čvrsti spoj
10,6
0.000296
5 pregled epitelnih stanica signalizaciju u Helicobacter pregled 7.2 pregled 0,006
6 pregled TGF-beta signalnog puta pregled 6.3 pregled 0,013 pregled 7 pregled Focal prianjanje pregled 6.2 pregled 0,014 pregled osam pregled Kalcij signalnog puta pregled 5.1
0.035
značajno obogaćena KEGG staničnih signalnih putova u skup podataka (p < 0,05). Utjecaj Factor (IF) se koristi za rangiranje zahvaćeni signalne putove, na temelju mnogostrukost promjene, broj uključenih gena u putu, a količina perturbacije nizvodno gena. Pregled kliničkopatološkim korelacija
Među ukupnom setu 130 najviše različito reguliranih gena u, razina FC ekspresije 20 gena pokazala je značajnu korelaciju s postoperativne preživljavanje, 8 geni u korelaciji s histološki tip, 5 geni u vezi s veličinom tumora, a jedan gen u korelaciji s limfni čvor pozornice (Dodatni datoteke 1 ). Neki geni pokazala korelaciju s više od jednog parametra. Zbog umjerene veličine uzorka (n = 20), razini značajnosti od p < 0.01 je izabran. Pregled Cox multivarijatna analiza gena povezanih s postoperativne preživljavanja pokazala da visoka CLDN1 pregled razina ekspresije bio jedini nezavisni prediktor gen postoperativne opstanak. CLDN1 pregled, izražavanje i veličina kovarijable tumora, pozitivni limfni čvor frakcija, histološki tip, spol i dob u kirurgiji su ušli u linearnom regresijskom modelu (Tablica 6), što pokazuje da je samo CLDN1 pregled i pozitivnim limfnim čvorovima frakcija bile su značajne prediktori postoperativne opstanak. Kada se sve beznačajne odrednice gdje maknuti, došlo je jača negativna korelacija između CLDN1 pregled izražavanja i postoperativnog opstanak (R = -0,7, p < 0,001). Nije bilo značajne povezanosti između CLDN1 pregled izražavanja i Lauren klasifikaciji, H. pylori pregled infekcija, etnicitet, veličina tumora ili metastatski limfni čvor status.Table 6 Čimbenici koji utječu na preživljavanje nakon operacije za rakom želuca pregled ko-varijablu
pregled Korelacija između
P vrijednost
CLDN1 pregled izraz (log2 puta promjene) pregled -0,53 pregled 0,008 pregled limfnih čvorova frakcija
-0,46 pregled 0,016 pregled veličina tumora pregled -0,27 pregled 0.186 pregled Dob u kirurgiji pregled -0.13 pregled 0,491 pregled histološkog tipa (crijevna tip) pregled -0,03 pregled 0,888 pregled Muški spol pregled -0,05 pregled 0,792 pregled Linearna regresijska analiza višestrukih čimbenika koji utječu na postoperativnu opstanak u bolesnika podvrgnutih operaciji raka želuca.
za otkrivanje razlike u postoperativne opstanak između pojedinaca s visokim i niskim CLDN1
-eksprimirajući tumora, različite razine cut-off su iskorišteni za stvaranje visoko-izražavanja i niske ekspresije skupine. Koristeći CLDN1 pregled FC srednju (FC znači = 2.14), kao grupa šestar, visoke i niske izražavanje CLDN1 pregled pacijenata pokazuje znatno različite obrasce preživljavanja (p < 0,001) koja je prikazana u Kaplan-Meier zemljište u Slika 4. Slika 4 Kaplan Meier opstanak zemljište bolesnika s resekcijom želuca tumora. Puna linija predstavlja ispod prosjeka CLDN1
-eksprimirajući tumora (FC < 2,14), a isprekidana linija predstavlja iznad prosjeka CLDN1
-eksprimirajući tumora (FC > 2.14). 6 pacijenata u niskom CLDN1
-eksprimirajući grupu još uvijek živ na kraju promatranog razdoblja, kao što je prikazano punom crtom vertikalne tikovima.
Patohistološko obilježja susjedne ne-kancerozne sluznice Netlogu 20. podudaraju sluznica primjerci, 10 je pokazala ne-atrofični gastritis, a 10 je pokazao multifokalne atrofičnog gastritisa. Intestinalne metaplazije ocijenjen je od 1-3 u antruma i Corpus područja uzoraka. Crijevne tumori tipa su značajno povezane s oba atrofičnog gastritisa i intestinalne metaplazije (p < 0.001), dok je difuzna tumori tipa su povezane s ne-atrofični gastritis (p < 0.001). I histološka i imunohistokemijska dokaz H. pylori
su prikazani na sluznicu pandan 1 crijevnog i 1 difuzne raka tipa (slike 5 i 6), i u kavkaski pacijenata. Druge 18 primjeraka otkrili nikakve dokaze o H. pylori Netlogu. Nije bilo značajne razlike između vrsta raka, vrste gastritisa, ili prisutnost H. pylori
s jedne strane, i korelacija s genske ekspresije CLDN1 Netlogu ili IL-8 Netlogu. Slika 5 Histološka sekcija H. pylori inducirane ne atrofičnog kronični gastritis. Strelica ukazuje na površini od aktivne upale s karakterističnim granulocitne infiltracije u kripti epitela.
Slika 6 Imunohistokemijska dokaz H. pylori. H. pylori otkriven je u 2. uzoraka 20 sluznice. Uzorak iz slike 5. je bio podvrgnut imunohemije tretman s anti-Helicobacter pregled -antibody, bojenje H. pylori
smeđe. Rasprava
U ovom istraživanju smo identificirali CLDN1 pregled kao jedan od najdosljednije regulira prema gore gena u GC i snažnu korelaciju između up-regulaciji CLDN1 Netlogu i smanjene preživljavanja u 20 bolesnika sa želučanim adenokarcinoma. Ova korelacija je još jači kada se uzme u ostalim parametrima kao što su limfni čvor faze, veličini tumora i histološkog tipa. Naša klinička veličina uzorka je mala, ali rezultati su konzistentni.
Claudins su proteini koji sudjeluju u staničnim čvrstih veza i važni su za održavanje normalnog epitela, posebno formiranju barijere, stanične polarnosti i prijenos signala. Deregulacija ovih gena je identificiran u mnogim različitim raka. Temelju biologije tumora, down-regulaciju CLDN1 pregled će rezultirati uništavanje čvrstih veza i gubitka stanice do stanice adhezijom uzrokuje napredovanje tumora [33], no klinički značaj u želučanom karcinogenezi je kompleksniji. Postoje dokazi da je nekoliko claudins, CLDN1
uključeni, pokazuju povećanje razine kao želučani epitel napreduje do intestinalne metaplazije i ranog karcinoma želuca [34]. CLDN1 pregled može utjecati na unutarstanični prijenos signala, što je iskazano Liu et al. koji je pokazao da je pojačana ekspresija CLDN1 u stanicama raka dojke pridonijela anti-apoptotičkog djelovanja putem dva mehanizma: inhibiciju kaspaze-8 cijepanja i aktiviranje /β-katenina signalnog puta Wnt [35]. CLDN1 je identificiran u jezgri AGS stanica raka želuca in vitro pregled, što ukazuje na regulatornu ulogu CLDN1 na proliferaciju stanica, migraciju i invazivnost na nuklearni razini [36]. Svi autori pročitali i odobrili konačnu rukopis. Pregled

• Integrativni uloge transformirajući faktor-a u citozaštitne mehanizmima želučane ozljede sluznice
• Udruga tiazolidindioni s rakom želuca kod dijabetesa tipa 2 mellitus: a stanovništvo se temelji sudska kontrola study