Študija:Zaporedje celotnega genoma lahko izboljša nadzor,

nadzor gastroenteritisa Nova študija o enem izmed vodilnih vzrokov gastroenteritisa v Združenem kraljestvu je pokazala, kako lahko sekvenciranje celotnega genoma izboljša njegov nadzor in nadzor bolezni.

Clostridium perfringens bakterije so odgovorne za približno 80, 000 primerov driske v Združenem kraljestvu vsako leto zaradi zastrupitve s hrano ali bolnišničnega izvora, ki se ne prenaša s hrano. Za večino, simptomi so neprijetni, vendar običajno izginejo v 24 urah.

Vendar pa v zelo redkih primerih, C. perfringens okužba se lahko razvije v hujše oblike. Za ranljive skupine, kot so starejši, ki živijo v domovih za nego, lahko pride do dolgotrajnejše izčrpavajoče kronične okužbe, ki je v redkih primerih lahko usodna.

Za pomoč pri boju proti tej težavi, potrebujemo več informacij o tem, kako se te bakterije širijo in okužijo ljudi. Raziskovalci na Inštitutu Quadram so sodelovali z Javnim zdravjem Anglije pri analizi C. perfringens izbruhi, ki se prenašajo s hrano in ne s hrano, v 7-letnem obdobju v Angliji in Walesu.

Sodelovanje s kolegi na Univerzi v Cambridgeu, uporabili so sekvenciranje celotnega genoma za podrobno analizo sevov bakterij, povezanih s povzročiteljem gastroenteritisa pri ljudeh. 109 vzorcev C. perfringens izolirani iz primerov bolezni ali živil, za katere obstaja sum, da povzročajo okužbe v Angliji in Walesu med letoma 2011 in 2017, so imeli zaporedje celotnega genoma.

To je omogočilo analizo prisotnih genov, ki so odgovorni za proizvodnjo toksinov, kot tudi z njimi povezane lastnosti, ki pomagajo pri okužbi, kot je protimikrobna odpornost.

Pomembno je, primerjalna analiza različnih genomov omogoča raziskovalcem, da vidijo, kako so povezani različni sevi, kar je ključni način sledenja, od kod so morda prišli.

Ekipa, objavljanje v reviji Mikrobna genomika , ugotovili, da je devet različnih izbruhov, povezanih z domovi za oskrbo v severovzhodni Angliji v obdobju petih let, povzročili zelo povezani
sevi C . perfringens . To kaže na možen skupni vir, ki jih povezuje, čeprav natančnega vira po dogodku ni mogoče določiti.

Z uporabo zaporedja celotnega genoma za rutinski nadzor, zlasti na mestih, kot so domovi za oskrbo, kjer ranljive osebe potrebujejo zaščito, bi lahko bile ključnega pomena pri preprečevanju širjenja izbruha v prihodnosti in pri hitrem določanju virov kontaminacije.

Poleg spremljanja izbruhov, širši nadzor bi lahko zagotovil pomembne podatke iz različnih virov, ki bodo raziskovalcem pomagali bolje razumeti bakterije, kako preživijo in zakaj povzročajo bolezni.

"To je razburljiva študija, ki poudarja moč sodelovanja med akademskimi ustanovami, kot je Quadram Institute, in organi javnega zdravja, kot je Public Health England, in kako se lahko uporabijo najsodobnejši pristopi za profiliranje in sledenje pomembnim bakterijam, povezanim z zastrupitvijo s hrano, "je povedala dr. Lindsay Hall z inštituta Quadram.

"Upamo, da bomo pridobljene podatke uporabili za identifikacijo možnih sevov Clostridium perfringens ki so lahko povezani z izbruhi, tako da bomo v prihodnosti lahko razvili intervencijske strategije za preprečevanje širjenja. "

Raziskovalce je podprlo financiranje raziskovalnega sveta za biotehnologijo in biološke znanosti, Wellcome Trust in Agencijo za standarde hrane.

Podatki, pridobljeni v tej študiji, so pokazali, da geni, ki kodirajo ključni toksin, odgovoren za povzročanje gastroenteritisa, niso omejeni le na bakterijski kromosom, ampak se lahko prenašajo tudi na virulentne plazmide, ki se lahko prenašajo okoli bakterij.

Nadaljnji podatki bodo dali več znanja o širjenju dejavnikov virulence in bodo pomagali identificirati rezervoarje obstojnih bakterij. To bo pripomoglo k izboljšanju intervencijskih strategij in načinov preprečevanja izbruhov in okužb ter na koncu zaščitilo ranljive skupnosti.

• Nova knjiga Mayo Clinic Press pomaga bolnikom s fibromialgijo najti rešitve za boljše zdravje
• Študija ocenjuje nove tehnike za izboljšanje komunikacije med zdravnikom in bolnikom ob koncu življenja