Tutkimus:Koko genomin sekvensointi voi parantaa valvontaa,

gastroenteriitin hoito Uusi tutkimus yhdestä Yhdistyneen kuningaskunnan johtavista gastroenteriitin syistä on osoittanut, kuinka koko genomin sekvensointi voi parantaa sen seurantaa ja taudin hallintaa.

Clostridium perfringens bakteerit aiheuttavat arviolta 80 000 ripulia Yhdysvalloissa vuosittain joko ruokamyrkytyksestä tai muusta kuin elintarvikeperäisestä sairaalahoidosta. Useimmille, oireet ovat epämiellyttäviä, mutta yleensä häviävät 24 tunnin kuluessa.

Kuitenkin, hyvin harvinaisissa tapauksissa, C. perfringens infektio voi kehittyä vakavammiksi. Haavoittuvassa asemassa oleville ryhmille, kuten vanhuksille, jotka asuvat hoitokodeissa, voi ilmetä pidempään heikentävää kroonista infektiota, joka voi harvoin johtaa kuolemaan.

Tämän ongelman torjumiseksi tarvitsemme lisätietoja siitä, miten nämä bakteerit leviävät ja tartuttavat ihmisiä. Quadram -instituutin tutkijat ovat tehneet yhteistyötä Englannin kansanterveyden kanssa C. perfringens elintarvike- ja ei-elintarvikepurkauksia seitsemän vuoden aikana Englannissa ja Walesissa.

Työskentely kollegoiden kanssa Cambridgen yliopistossa, he ovat käyttäneet koko genomin sekvensointia suorittamaan yksityiskohtaisen analyysin bakteerikannoista, jotka liittyvät ihmisen gastroenteriitin aiheuttamiseen. 109 näytettä C. perfringens eristetty sairaustapauksista tai elintarvikkeista, joiden epäillään aiheuttavan infektioita Englannissa ja Walesissa vuosina 2011--2017, koko genomi sekvensoitiin.

Tämä mahdollisti analyysin läsnä olevista geeneistä, jotka ovat vastuussa toksiinituotannosta, sekä niihin liittyvät ominaisuudet, jotka auttavat tartuntaa, kuten mikrobilääkeresistenssi.

Tärkeää eri genomien vertaileva analyysi antaa tutkijoille mahdollisuuden nähdä eri kantojen väliset suhteet, joka on keskeinen tapa jäljittää, mistä he ovat saattaneet tulla.

Joukkue, julkaiseminen lehdessä Mikrobien genomiikka , havaitsi, että yhdeksän erillistä taudinpurkausta, jotka liittyivät hoitokodeihin Koillis -Englannissa viiden vuoden aikana, johtuivat hyvin läheisesti
kantoja C . perfringens . Tämä osoittaa mahdollisen yhteisen lähteen, joka yhdistää ne, vaikka tarkkaa lähdettä ei voida määrittää tapahtuman jälkeen.

Käyttämällä koko genomin sekvensointia rutiininomaiseen seurantaan, erityisesti sellaisissa paikoissa kuin hoitokodit, joissa haavoittuvaiset ihmiset tarvitsevat suojelua, voivat olla ratkaisevia tulehdusten leviämisen estämisessä ja saastumislähteiden nopeassa tunnistamisessa.

Epidemioiden seurannan lisäksi laajempi valvonta voisi tarjota tärkeitä tietoja eri lähteistä, mikä auttaa tutkijoita ymmärtämään enemmän bakteereista, miten he selviävät ja miksi ne aiheuttavat sairauksia.

Tämä on jännittävä tutkimus, joka korostaa Quadram -instituutin kaltaisten akateemisten instituutioiden ja kansanterveysviranomaisten, kuten Public Health England, ja kuinka edistyksellisiä lähestymistapoja voidaan käyttää profiilin tekemiseen ja tärkeiden ruokamyrkytykseen liittyvien bakteerien seurantaan ", sanoi tohtori Lindsay Hall Quadram-instituutista.

"Toivomme, että voimme käyttää tuotettuja tietoja potentiaalisten kantojen tunnistamiseen Clostridium perfringens jotka voivat liittyä epidemioihin, jotta voimme tulevaisuudessa kehittää interventiostrategioita leviämisen estämiseksi. "

Tutkijoita tuettiin Biotekniikan ja biotieteiden tutkimusneuvoston rahoituksella, Wellcome Trust ja Food Standards Agency.

Tässä tutkimuksessa saadut tiedot ovat osoittaneet, että gastroenteriitin aiheuttajasta vastuussa olevaa toksiinia koodaavat geenit eivät rajoitu bakteerikromosomiin, vaan niitä voidaan myös kuljettaa virulenssiplasmideilla, jotka voidaan siirtää bakteerien ympärille.

Lisätiedot antavat enemmän tietoa virulenssitekijöiden leviämisestä ja auttavat tunnistamaan pysyvien bakteerien säiliöt. Tämä auttaa parantamaan interventiostrategioita ja tapoja ehkäistä tautipesäkkeitä ja infektioita ja lopulta suojella haavoittuvassa asemassa olevia yhteisöjä.

• Mayo Clinic Pressin uusi kirja auttaa fibromyalgiapotilaita löytämään ratkaisuja parempaan terveyteen
• Tutkimus arvioi uusia tekniikoita, joilla parannetaan lääkäri-potilas -viestintää elämän lopussa