Studija:Sekvenciranje cijelog genoma može poboljšati nadzor,

kontrola gastroenteritisa Nova studija o jednom od vodećih britanskih uzročnika gastroenteritisa pokazala je kako sekvenciranje cijelog genoma može poboljšati njegov nadzor i kontrolu bolesti.

Clostridium perfringens procjenjuje se da su bakterije odgovorne za 80, 000 slučajeva proljeva u Velikoj Britaniji svake godine bilo zbog trovanja hranom ili iz bolničkog podrijetla koji se ne prenosi hranom. Za većinu, simptomi su neugodni, ali obično nestaju u roku od 24 sata.

Međutim, u vrlo rijetkim slučajevima, C. perfringens infekcija se može razviti u teže oblike. Za ugrožene skupine kao što su stariji koji žive u domovima za njegu, može doći do dugotrajnije iscrpljujuće kronične infekcije koja u rijetkim slučajevima može biti smrtonosna.

Kako biste pomogli u suzbijanju ovog problema, trebamo više informacija o tome kako se te bakterije šire i inficiraju ljude. Istraživači Instituta Quadram radili su s Javnim zdravljem Engleske na analizi C. perfringens izbijanja hrane i hrane koja se ne prenosi hranom tijekom 7 godina u Engleskoj i Walesu.

Radeći s kolegama sa Sveučilišta Cambridge, koristili su sekvenciranje cijelog genoma kako bi proveli detaljnu analizu bakterijskih sojeva povezanih s uzročnikom gastroenteritisa kod ljudi. 109 uzoraka C. perfringens izolirani iz slučajeva bolesti ili hrane za koju se sumnja da uzrokuje infekcije u Engleskoj i Walesu u razdoblju od 2011. do 2017. imali su cijeli niz genoma.

To je omogućilo analizu prisutnih gena koji su odgovorni za proizvodnju toksina, kao i srodne karakteristike koje pomažu infekciji, poput antimikrobne rezistencije.

Važno je, usporedna analiza različitih genoma omogućuje istraživačima da vide koliko su različiti sojevi povezani, što je ključni način praćenja odakle su možda došli.

Tim, objavljivanje u časopisu Mikrobna genomika , otkrili su da je devet različitih izbijanja povezanih s domovima za skrb u sjeveroistočnoj Engleskoj u razdoblju od pet godina uzrokovano vrlo bliskim
sojeva od C . perfringens . To ukazuje na potencijalni zajednički izvor koji ih povezuje, iako se točan izvor ne može odrediti nakon događaja.

Koristeći sekvenciranje cijelog genoma za rutinski nadzor, osobito na mjestima kao što su domovi za skrb gdje ugrožene osobe trebaju zaštitu mogle bi biti ključne za sprečavanje budućeg širenja epidemije i za brzo utvrđivanje izvora zagađenja.

Osim praćenja izbijanja, širi nadzor mogao bi pružiti vitalne podatke iz različitih izvora koji će pomoći istraživačima da razumiju više o bakterijama, kako preživljavaju i zašto izazivaju bolest.

'Ovo je uzbudljivo istraživanje koje naglašava snagu suradnje između akademskih institucija poput Instituta Quadram i tijela za javno zdravstvo poput Public Health England, i kako se najsuvremeniji pristupi mogu koristiti za profilisanje i praćenje važnih bakterija povezanih s trovanjem hranom ", rekla je dr. Lindsay Hall s Instituta Quadram.

"Nadamo se da ćemo koristiti prikupljene podatke za identifikaciju potencijalnih sojeva Clostridium perfringens to može biti povezano s epidemijama kako bismo u budućnosti mogli razviti strategije intervencije kako bismo pokušali spriječiti širenje. "

Istraživači su podržani sredstvima Vijeća za istraživanje biotehnologije i bioloških znanosti, Wellcome Trust i Agencija za standarde hrane.

Podaci dobiveni ovom studijom pokazali su da geni koji kodiraju ključni toksin odgovoran za izazivanje gastroenteritisa nisu ograničeni samo na bakterijski kromosom, već se mogu prenijeti i na virulentne plazmide koji se mogu prenijeti oko bakterija.

Daljnji podaci donijet će više znanja o načinu širenja faktora virulencije i pomoći će u identifikaciji rezervoara postojanih bakterija. To će pomoći poboljšati strategije intervencije i načine sprječavanja izbijanja i infekcija te u konačnici zaštititi ugrožene zajednice.

• Nova knjiga Mayo Clinic Press pomaže pacijentima s fibromialgijom pronaći rješenja za bolje zdravlje
• Studija ocjenjuje nove tehnike za poboljšanje komunikacije liječnik-pacijent na kraju života