Studie:Hele genom -sekvensering kan forbedre overvåking,

kontroll av gastroenteritt En ny studie av en av Storbritannias ledende årsaker til gastroenteritt har vist hvordan hele genom -sekvensering kan forbedre overvåking og kontroll av sykdommen.

Clostridium perfringens bakterier er ansvarlige for anslagsvis 80, 000 tilfeller av diaré i Storbritannia hvert år enten fra matforgiftning eller fra ikke-matbåren nosokomisk opprinnelse. For de fleste, symptomene er ubehagelige, men forsvinner vanligvis innen 24 timer.

Derimot, i svært sjeldne tilfeller, C. perfringens infeksjon kan utvikle seg til mer alvorlige former. For sårbare grupper som eldre som bor på omsorgsboliger, en mer langvarig svekkende kronisk infeksjon kan oppstå som i sjeldne tilfeller kan være dødelig.

For å bekjempe dette problemet, vi trenger mer informasjon om hvordan disse bakteriene sprer seg og infiserer mennesker. Forskere ved Quadram Institute har jobbet med Public Health England for å analysere C. perfringens matbårne og ikke-matbårne utbrudd over en 7-års periode i England og Wales.

Arbeider med kolleger ved University of Cambridge, de har brukt hele genom -sekvensering for å utføre en detaljert analyse av bakteriestammene forbundet med å forårsake menneskelig gastroenteritt. 109 prøver av C. perfringens isolert fra sykdomstilfeller eller matvarer som mistenkes for å forårsake infeksjoner i England og Wales mellom 2011 og 2017, ble hele genomet sekvensert.

Dette tillot en analyse av genene som er ansvarlige for toksinproduksjon, samt relaterte egenskaper som hjelper infeksjon, slik som antimikrobiell resistens.

Viktigere, sammenlignende analyse av de forskjellige genomene lar forskerne se hvor beslektede de forskjellige stammene er, som er en viktig måte å spore hvor de kan ha kommet fra.

Teamet, publisering i tidsskriftet Mikrobiell genomikk , fant at ni distinkte utbrudd knyttet til omsorgsboliger i Nordøst -England over en periode på fem år var forårsaket av nært beslektede
stammer av C . perfringens . Dette indikerer en potensiell felles kilde som forbinder dem, selv om den eksakte kilden ikke kan fastslås etter hendelsen.

Bruke hele genom -sekvensering for rutinemessig overvåking, spesielt på steder som omsorgsboliger der sårbare mennesker trenger beskyttelse kan være avgjørende for å forhindre spredning av fremtidige utbrudd og for raskt å finne kilder til forurensning.

I tillegg til overvåking for utbrudd, bredere overvåking kan gi viktige data fra forskjellige kilder som vil hjelpe forskere til å forstå mer om bakteriene, hvordan de overlever og hvorfor de forårsaker sykdom.

'Dette er en spennende studie som fremhever styrken i samarbeidet mellom akademiske institusjoner som Quadram Institute og offentlige helsemyndigheter som Public Health England, og hvordan banebrytende tilnærminger kan brukes til å profilere og spore viktige matforgiftningsrelaterte bakterier, sier Dr. Lindsay Hall fra Quadram Institute.

"Vi håper å bruke informasjonen som genereres for å identifisere potensielle stammer av Clostridium perfringens som kan være forbundet med utbrudd, slik at vi i fremtiden kan utvikle intervensjonsstrategier for å forhindre spredning. "

Forskerne ble støttet av midler fra forskningsrådet for bioteknologi og biologisk vitenskap, Wellcome Trust og Food Standards Agency.

Dataene innhentet i denne studien har vist at genene som koder for nøkkeltoksinet som er ansvarlig for å forårsake gastroenteritt, ikke er begrenset til bakteriekromosomet, men kan også bæres på virulensplasmider som kan overføres rundt bakterier.

Ytterligere data vil gi mer kunnskap om hvordan virulensfaktorene spres og vil hjelpe til med å identifisere reservoarer av vedvarende bakterier. Dette vil bidra til å forbedre intervensjonsstrategier og måter å forhindre utbrudd og infeksjoner og til slutt beskytte sårbare lokalsamfunn.

• Ny bok fra Mayo Clinic Press hjelper fibromyalgi -pasienter med å finne løsninger på bedre helse
• Studien evaluerer nye teknikker for å forbedre lege-pasientkommunikasjon ved slutten av livet