Štúdia:Sekvenovanie celého genómu môže zlepšiť dohľad,

kontrola gastroenteritídy Nová štúdia jednej z hlavných príčin gastroenteritídy v Británii ukázala, ako môže sekvenovanie celého genómu zlepšiť dohľad a kontrolu nad touto chorobou.

Clostridium perfringens Baktérie sú zodpovedné za odhadom 80, 000 prípadov hnačky v Británii každý rok buď z otravy jedlom, alebo z nozokomiálneho pôvodu, ktorý nie je z potravín. Pre väčšinu, príznaky sú nepríjemné, ale zvyčajne vymiznú do 24 hodín.

Avšak, vo veľmi zriedkavých prípadoch, C. perfringens infekcia sa môže vyvinúť do závažnejších foriem. Pre zraniteľné skupiny, ako sú starší ľudia žijúci v domovoch dôchodcov, môže dôjsť k dlhšie trvajúcej oslabujúcej chronickej infekcii, ktorá môže byť v zriedkavých prípadoch smrteľná.

Aby sme pomohli bojovať proti tomuto problému, potrebujeme viac informácií o tom, ako sa tieto baktérie šíria a infikujú ľudí. Vedci z Quadram Institute spolupracovali na analýze s Public Health England C. perfringens ohniská prenášané potravinami a nepotravinami počas 7 rokov v Anglicku a Walese.

Práca s kolegami z University of Cambridge, použili sekvenovanie celého genómu na vykonanie podrobnej analýzy bakteriálnych kmeňov spojených so zapríčinením ľudskej gastroenteritídy. 109 vzoriek z C. perfringens izolovaný z prípadov chorôb alebo potravín podozrivých zo spôsobenia infekcií v Anglicku a Walese v rokoch 2011 až 2017 bol sekvenovaný celý ich genóm.

To umožnilo analýzu prítomných génov, ktoré sú zodpovedné za produkciu toxínov, ako aj súvisiace vlastnosti, ktoré pomáhajú infekcii, ako je antimikrobiálna rezistencia.

Dôležité je, porovnávacia analýza rôznych genómov umožňuje vedcom zistiť, ako sú rôzne kmene príbuzné, čo je kľúčový spôsob, ako zistiť, odkiaľ prišli.

Tím, publikovanie v časopise Mikrobiálna genomika , zistil, že deväť odlišných ohnísk spojených s opatrovateľskými ústavmi v severovýchodnom Anglicku v priebehu piatich rokov bolo spôsobených veľmi úzko prepojenými
kmene C. . perfringens . To naznačuje potenciálny spoločný zdroj, ktorý ich spája, aj keď po udalosti nie je možné určiť presný zdroj.

Použitie sekvenovania celého genómu na rutinné sledovanie, najmä v miestach, ako sú opatrovateľské ústavy, kde zraniteľní ľudia potrebujú ochranu, by mohli byť zásadné pri predchádzaní budúcemu šíreniu ohniska a pri rýchlom určovaní zdrojov kontaminácie.

Rovnako ako monitorovanie ohnísk, širší dohľad by mohol poskytnúť dôležité údaje z rôznych zdrojov, ktoré pomôžu výskumníkom lepšie porozumieť baktériám, ako prežívajú a prečo spôsobujú choroby.

„Je to vzrušujúca štúdia, ktorá zdôrazňuje silu spolupráce medzi akademickými inštitúciami, ako je Quadram Institute, a úradmi verejného zdravotníctva, ako je Public Health England, a ako je možné použiť najmodernejšie prístupy, profilujte a sledujte dôležité baktérie súvisiace s otravou jedlom, “hovorí doktorka Lindsay Hall z inštitútu Quadram.

„Dúfame, že získané informácie použijeme na identifikáciu potenciálnych kmeňov Clostridium perfringens ktoré môžu byť spojené s ohniskami, aby sme v budúcnosti mohli vyvinúť intervenčné stratégie s cieľom pokúsiť sa zabrániť šíreniu. “

Vedcov podporilo financovanie z Rady pre výskum biotechnológií a biologických vied, Wellcome Trust a Agentúra pre potravinové normy.

Údaje získané v tejto štúdii ukázali, že gény, ktoré kódujú kľúčový toxín zodpovedný za spôsobenie gastroenteritídy, nie sú obmedzené na bakteriálny chromozóm, ale môžu sa tiež prenášať na virulentných plazmidoch, ktoré je možné prenášať okolo baktérií.

Ďalšie údaje prinesú viac znalostí o tom, ako sa šíria faktory virulencie, a pomôžu identifikovať rezervoáre perzistentných baktérií. Pomôže to zlepšiť intervenčné stratégie a spôsoby prevencie ohnísk a infekcií a v konečnom dôsledku to ochráni zraniteľné komunity.

• Nová kniha od Mayo Clinic Press pomáha pacientom s fibromyalgiou nájsť riešenia pre lepšie zdravie
• Štúdia hodnotí nové techniky na zlepšenie komunikácie lekár-pacient na konci života