Исследование:секвенирование всего генома может улучшить наблюдение,

борьба с гастроэнтеритом Новое исследование одной из основных причин гастроэнтерита в Великобритании показало, как секвенирование всего генома может улучшить наблюдение и контроль над заболеванием.

Clostridium perfringens бактерии ответственны за примерно 80, 000 случаев диареи в Великобритании каждый год либо в результате пищевого отравления, либо в результате нозокомиального происхождения, не связанного с пищевыми продуктами. Для большинства, симптомы неприятны, но обычно проходят в течение 24 часов.

Тем не мение, в очень редких случаях, C. perfringens инфекция может перерасти в более тяжелые формы. Для уязвимых групп, таких как пожилые люди, живущие в домах престарелых, может возникнуть более длительная изнурительная хроническая инфекция, которая в редких случаях может привести к летальному исходу.

Чтобы помочь справиться с этой проблемой, нам нужно больше информации о том, как эти бактерии распространяются и заражают людей. Исследователи из Института Квадрам работали с Общественным здравоохранением Англии, чтобы проанализировать C. perfringens вспышки болезней пищевого и непищевого происхождения за 7-летний период в Англии и Уэльсе.

Работая с коллегами из Кембриджского университета, они использовали полногеномное секвенирование, чтобы провести подробный анализ бактериальных штаммов, вызывающих гастроэнтерит человека. 109 образцов C. perfringens В период с 2011 по 2017 год в Англии и Уэльсе были изолированы от случаев заболевания или пищевых продуктов, которые предположительно вызывают инфекции, и был секвенирован весь их геном.

Это позволило провести анализ присутствующих генов, ответственных за выработку токсинов, а также сопутствующие характеристики, способствующие заражению, например, устойчивость к противомикробным препаратам.

Важно отметить, что сравнительный анализ различных геномов позволяет исследователям увидеть, насколько связаны разные штаммы, это ключевой способ отследить, откуда они, возможно, пришли.

Команда, публикация в журнале Микробная геномика , обнаружили, что девять различных вспышек, связанных с домами престарелых в Северо-Восточной Англии в течение пяти лет, были вызваны очень тесно связанными
штаммы C . Perfringens . Это указывает на потенциальный общий источник, связывающий их, хотя точный источник не может быть определен после события.

Использование полногеномного секвенирования для рутинного наблюдения, особенно в таких местах, как дома престарелых, где уязвимые люди нуждаются в защите, может иметь решающее значение для предотвращения распространения вспышки в будущем и быстрого выявления источников заражения.

А также мониторинг вспышек, более широкое наблюдение может предоставить жизненно важные данные из различных источников, которые помогут исследователям больше узнать о бактериях, как они выживают и почему вызывают болезни.

«Это захватывающее исследование, которое подчеркивает силу сотрудничества между академическими учреждениями, такими как Quadram Institute, и органами общественного здравоохранения, такими как Public Health England, и как можно использовать передовые подходы, чтобы выявить и отследить важные бактерии, связанные с пищевыми отравлениями », - сказал д-р Линдсей Холл из Института Квадрам.

"Мы надеемся использовать полученную информацию для определения потенциальных штаммов Clostridium perfringens это может быть связано со вспышками, чтобы в будущем мы могли разработать стратегии вмешательства, чтобы попытаться предотвратить распространение ».

Исследователи получили финансовую поддержку от Исследовательского совета по биотехнологии и биологическим наукам. Wellcome Trust и Агентство пищевых стандартов.

Данные, полученные в этом исследовании, показали, что гены, которые кодируют ключевой токсин, вызывающий гастроэнтерит, не ограничиваются бактериальной хромосомой, но также могут переноситься плазмидами вирулентности, которые могут переноситься вокруг бактерий.

Дальнейшие данные дадут больше информации о том, как распространяются факторы вирулентности, и помогут выявить резервуары устойчивых бактерий. Это поможет улучшить стратегии вмешательства и способы предотвращения вспышек и инфекций и, в конечном итоге, защитить уязвимые сообщества.

• Новая книга Mayo Clinic Press помогает пациентам с фибромиалгией найти решения для улучшения здоровья
• В исследовании оцениваются новые методы улучшения коммуникации между врачом и пациентом в конце жизни.