Román difúzna žalúdočné variantu rakovina citlivosť u E-cadherinu (CDH1) intronom 2: Kontrolný Prípadová štúdia v talianskej population

román difúzna žalúdočné variantu rakovina citlivosť u E-cadherinu (CDH1
) intronom 2: kontrola Prípadová štúdia talianska populácia
abstraktné
pozadia
zdedené genetické faktory, ako je E-cadherin (CDH1
) promotorové varianty sa predpokladá, že ovplyvňujú riziko smerom sporadické difúzneho karcinómu žalúdka (DGC). V poslednej dobe nový regulačný región zásadný význam pre CDH1
transkripciu bol identifikovaný v CDH1
intronom 2.
metódy
genotyp sme všetky známe polymorfizmy sa nachádzajú v konzervatívnych sekvencií CDH1
intronom 2 (rs10673765, rs9932686, rs1125557, rs9282650, rs9931853) v talianskej populácie, ktorú tvorí 134 prípadov DGC a 100 zdravých kontrol (55 príbuzných pacientov a 45 nepríbuzných jedincov, uzavreté). Vplyv jednotlivých variantov na DGC riziká bola hodnotená pomocou χ 2-testy a logistická regresia. Relatívny podiel alel bola odhadnutá na základe analýzy haplotypu
Výsledky
Pozorovali sme významné. (P < 0,0004) Združenie výrobcov CDH1
163 + 37235G > Variant (rs1125557) s DGC riziká. Vzájomné pomery bolo 4,55 (95% CI = 2,09 - 9,93) a 1,38 (95% CI = 0,75 - 2,55) pre AA a GA nosičov, resp. Po očistení o veku, pohlaví, fajčenie, konzumácia alkoholu a H. pylori
infekcii boli odhady rizika zostal veľmi významné pre AA nosičov. Analýza haplotypu navrhol 163 + 37235-alel prispieva k riziku ochorenia nezávisle na ostatných variantov študoval
Záver
CDH1
163 + 37235G >. polymorfizmus môže predstavovať nový variant citlivosti na sporadické DGC ak sa potvrdila ostatné populácie. Vzhľadom na širokú expresiu E-cadherinu v epitelu, táto výskumná štúdia nabáda k ďalšiemu zhodnoteniu 163 + 37235 alely ako variant citlivosť u iných karcinómov.
Pozadie
rakovinou žalúdka je hlavnou príčinou úmrtia súvisiace s rakovinou a je obvykle rozdeliť do dvoch histologických typov, črevných a difúzna forma (Lauren klasifikácie [1]). Všeobecné percenta výskytu rakoviny žalúdka sú v stabilnom poklesu, a to predovšetkým v dôsledku zníženia sadzby črevnej rakoviny typu. Tento klesajúci frekvencia sa predpokladá, že je dôsledkom zlepšené výživy a hygienických podmienok. Na rozdiel od toho sa výskyt difúzneho karcinómu žalúdka (DGC) sám sa zdá stabilný v priebehu niekoľkých posledných desaťročí [1, 2]. Taký konštantnú rýchlosť naznačuje väčší prínos zdedeného genetickým rizikom skôr než environmentálnych faktorov na difúzne formu rakoviny žalúdka.
Vzhľadom k svojmu ranom vývoji pod žalúdočnej sliznice [3], DGC je obvykle diagnostikovaná v pokročilom štádiu a v dôsledku toho spojená s horšie výsledky [1]. Z tohto dôvodu genetickej DGC markery môžu uľahčiť identifikáciu osôb ohrozených a tým prispieť k zlepšeniu DGC diagnostike a terapii.
Na molekulárnej úrovni, DGC sa odlišuje od črevnej typu na základe jeho abnormálne expresiou bunky P-buniek adhezívne molekula E-cadherin [4]. E-cadherin je kľúčovou súčasťou križovatky epitelu adhézne a ako taký je potrebný pre funkčné intercelulárnej adhézie v epiteliálnych listov [5]. Na rozdiel od mnohých iných epiteliálnych rakovín, E-cadherin sa downregulated veľmi skorom štádiu vývoja DGC, čo môže hrať úlohu v iniciácii tejto choroby [3]. Mutácie a propagátor hypermetylace na E-cadherin génu (CDH1
) sú najviac konzistentné genetické zmeny pozorované pri sporadické GŘC [6, 7]. Okrem toho, CDH1
zárodočnej mutácie predurčujú k dedičné GŘC [8], v súlade s iniciačný funkcie deficitu E-cadherinu v GŘC. CDH1
zárodočnej mutácie zvyčajne ko-segregáciu s dominantným vzorom ochorenia u postihnutých rodinách, a niekedy možno nájsť v ojedinelých prípadoch DGC diagnostikovaných v mladom veku (menej ako 45 y) [9]. Avšak, oni tvoria len asi 1% všetkých prípadov DGC [9], a preto nemôže vysvetliť genetickej etiológie predpokladal prispieť k zjavnej sporadických prípadov DGC. Genetické zmeny iné ako CDH1
zárodočnej mutácie je teda pravdepodobné, že pridať k riziku vzniku DGC pri absencii jasného rodinnej anamnézy alebo mladom veku v čase diagnózy.
Spoločné alelické varianty s miernym funkčné efekt môže ovplyvniť riziko na sporadické chorôb. Naozaj, jednonukleotidové polymorfizmus (SNP) v CDH1
promótorom (-160C > A) bolo spojené s výrazne zvýšeným rizikom sporadické GŘC v niektorých populáciách s vysokým výskytom [10-13]. O študovanej CDH1
SNP sa -160 promótor alela je doteraz jedinou variantu podieľa na DGC riziká, ale zdá sa, pôsobí v kombinácii s inými CDH1
polymorfizmov [10, 13]. V poslednej dobe
, nový CDH1
regulačné oblasť bola popísaná [14]. Táto oblasť je obsiahnutá v CDH1
IntronA 2, najväčší nekódujúca CDH1
segmentu (66% z celkového poradia), a bolo preukázané, že sa vyžaduje ako pre iniciáciu a udržiavanie transkripčný CDH1
činnosti diferencovane epitelu. Dôležité je, že intronom 2 sekvencie sú nutné pre normálne CDH1
transkripcie v priebehu života v dospelosti, ktorý poskytuje možnosť, že variantov v tejto oblasti môže mať vplyv na difúzne žalúdočné karcinogenéze.
V tejto štúdii sme genotyp všetkých známych variantov nachádzajúce sa na konzervovaných sekvenciách z CDH1
intronom 2 a určí ich alelické frekvencie v skupinách po talianskych ojedinelých prípadoch DGC a zdravých jedincov, aby odhalili možné asociácie s ochorením.
metódy
pacientov
vzorky DNA boli získané od 134 pacientov, ktorí boli DGC rodáci z okresu Pesaro-Urbino, Marche, stredné Taliansko. Po operácii, diagnóza DGC sa nezávisle potvrdená dvoma patológmi. Pacienti boli klinicky hodnotená na miestne lekárske onkologického oddelenia nemocnice (d'Urbino), kde tiež dokončil demografické list vrátane ich osobná a rodinná anamnéza rakoviny. Údaje boli overené počas rozhovorov s ich onkológie lekárov a ich rodinnej anamnéze bol nájdenia k ≥3 generácií a priečne na 2 nd a 3 rd príbuzným. Na základe tohto vyhodnotenia, žiadny z pacientov s klinické kritériá pre známe familiárna rakovinových syndrómov. Kritériá pre zaradenie vhodných pacientov boli nasledovné: U belochov, rodák z študovaného zemepisnej oblasti a nedostatok rodinnej anamnéze rakoviny. Rovnaké kritériá plus nepochopenie osobné históriou rakoviny boli prijaté v kontrolnej skupine. kontrolné vzorky DNA boli získané od 55 zdravých príbuzných, ktorí boli buď prirodzené rodičia (n = 15), súrodenci (22), alebo pre deti (18) sledovaných pacientov DGC. Ako zdravé príbuzní neboli k dispozícii pre každého pacienta DGC vzorky DNA zo skupiny nepríbuzných zdravých jedincov (n = 45), identifikovaných cez kaluže bývalých i súčasných darcov krvi z nemocnice d'Urbino boli zahrnuté čím sa získa celkom 100 kontrol. Nesúvisiace kontroly boli náhodne vybrané s frekvenciou zodpovedajúce na prípady podľa veku a pohlavia. Priemerný vek pacientov DGC bez príbuznými bol 54,6 ± y 11.41SD, zatiaľ čo ich párových kontrol bolo 52,2 ± y 10.21SD. Všetci pacienti boli pýtali na ich fajčenie a pitie návyky. H. pylori
stav bol stanovený patologického vyšetrenia žalúdočných vzoriek pre prípady, a od krvi alebo dychové testy pre ovládacie prvky. Etické požiadavky boli overené a schválené vnútorné etickou komisiou (Nemocnica d'Urbino) a všetkých účastníkov štúdie dali písomný informovaný súhlas.
CDH1 intronové 2 zachovaným častiam a polymorfizmy
zachovaným častiam CDH1
intronom 2 (GenBank NC_000016) boli identifikované získavanie zodpovedajúcich človek, šimpanz, u potkanov a myší sekvencie z databázy NCBI (NCBI, Entrez nukleotidov) s následným porovnaním s použitím NCBI servera (NCBI, Basic Local Alignment Search Tool) a Invitrogen Vector NTI Advance ™ 9.0 softvér (softvér Accelrys Inc., San Diego, USA). Konzervované regióny sa jednalo o zmeny menej ako 5% sekvenčná medzi jednotlivými druhmi. Konzervované oblasti boli amplifikované PCR do prekrývajúce sa fragmenty s veľkosťou 200 bp. Zodpovedajúce priméry (pozri tabuľku 1 pre sekvencií a podmienok) boli navrhnuté pomocou online nástroj GeneFisher [15] a vyrábaný firmou Sigma-Proligo (Sigma-Aldrich Corporation, St. Louis, USA). Boli použité FastStart Taq DNA Polymerase (Roche, Bazilej, Švajčiarsko) a PTC-200 PCR stroje (MJ Research, Waltham, USA). Nasledujúce polymorfizmy sa nachádzajú (Ensemble GenomeBrowser [16]) v rámci zosilnenej regiónoch: 163 + 14184ΔAGGG (rs10673765, ktorý sa nachádza v PCR fragmentu C2F1), 163 + 14384C > T (rs9932686, C2F2), 163 + 37235G > A (rs1125557, C3F2 ), 163 + 37276T > a (rs9282650, C3F2), a 163 + 49526C > G (rs9931853, C4F1). TESS online nástroj [17] bola použitá na hľadanie domnelý transkripčných faktorov viazanie lokalít, ktoré môžu byť ovplyvnené vyššie uvedených variants.Table 1 PCR primery a podmienky

dopredný primer
reverznej primer
Tá *
Mg ++ †
DMSO ‡
C1F1
ccgccttaaagaaactcttg
accggtggcaaatactag
65 ° C
1,5 -
C1F2
tagaagggttgaacctgttc
tcttagtccacgagaagaag
65 ° C
1,5
-
C1F3
taggagagcttgtaacaagc
cactcggttctaccgaag
65 ° C
1,5 -
C2F1
tgtattagccacagagaag
ctaaaactagaccacgaag
65 ° C
1,5 štáty -
C2F2
gtcacaaaacagcttg
ccttccttgagcaaggc
65 ° C
1,5 -
C3F1
ttgcctaaggccccctttttgttc
gaatctgcgaagtctacatc
65 ° C
1,5
-
C3F2
acactagccacacatgggactcaag
tgctggtgtggattcaaatgtg
65 ° C
1,5 -
C4F1
acctccgcctcctgggttcaagc
ttcctcccgcttagtg
60 ° C
1.5 -
C4F2
tggccaggcctgtcttaaactc
ttcttaggtccgtgggtttttacg
65 ° C
1,5 -
C4F3
aaagtgctgggattacaggtgtgag
tcgataatcccgagaactc
55 ° C
1,0
+
C4F4
gaaccataggactttgactgatgg
actgatggttatccgggttcccttg
65 ° C
1,5 -
C4F5
agctgttgagctgtcatcacaatcc
gaatttcctacccgtctatggtagg
65 ° C
1,5 -
C5F1
tagtggggagtggggtcttagcttc
tcgttcaccctcctttcttcttacc
58 ° C
1,5 -
C5F2
gggcatgttgaaatatacccagtc
tctgagtaatagaggggtacgttgg
65 ° C
1,5 -
C5F3
cttgccagcgtgacagtg
cgaaaccccgtggagtag
65 ° C
1,5 -
C5F4
caggttggggctcctcgtcatactg
cttccgacgtgacttaaggaaagag
65 ° C
1,5 -
C5F5
gcttgtctcaactttcactgtc
gaatttcctacccgtctatggtagg
65 ° C
1,5 -
C6F1
tggtattcaggaggatgcag
acctacgatcgtaaaaagt
65 ° C
1,5 -
C6F2
cccatcaatgcttatttgttctt
gcctgggagacggagact
65 ° C
1,5 -
C6F3
tgggctgtttgagttttgttc
cggtgtaaaaggttcgtgac
65 ° C
1.5 -
* Tá teplotu žíhania; † Mg ++ - koncentrácie sú uvedené v mM; ‡ DMSO sa pridá pri 5% FC
jednovláknových konformační polymorfizmus
jednovláknových konformačního polymorfizmu (SSCP) bola použitá na skenovanie konzervovaný intronom 2 región, v 19 talianskych pacientov DGC na prítomnosť ďalšie časté, ale population- špecifické polymorfizmy. SSCP bola vykonaná, ako je popísané [18], s tou výnimkou, že ULS ™ 495 fluorofor (Kreato Biotechnology, Amsterdam, Holandsko) bol použitý namiesto rádioaktivity označiť fragmenty. Stručne povedané, 1 ul PCR produkt bol inkubuje sa s ním s 0,2 ul farbiva v 20 ul reakcii. . Gély boli kontrolované pomocou FX molekulárnej Imager (BIORADE, Hercules, USA) pri 488 nm
genotypu
nasledujúce restrikčné enzýmy boli použité pre stanovenie genotypu DNA variantov: 0,06 U /ul BsaXI pre 163 + 14184ΔAGGG, 1 u /ul Bani
pre 163 + 14384C > T, 0,2 u /ul MaeIII
pre 163 + 37276T > a a 0,4 u /ul Hpall
pre 163 + 49526C > G. Všetky enzýmy boli od New England Biolabs (Ipswich, USA) s výnimkou MaeIII predaj z Roche (Bazilej, Švajčiarsko). Reakcie boli inkubované cez noc a fragmenty boli separované na 4% (w /v) agarózovom géle
polymorfizmy 163 + 37235G > a. A 163 + 37276T > A boli zisťované genotypy na ABI Prism 7900 (Applied Biosystems, Foster City, USA) pomocou real-time PCR-based alelické diskriminácia testy od spoločnosti Applied Biosystems podľa pokynov uvedených.
sekvenovania
Zistené varianty boli overené priamym sekvenovaním pomocou USB thermosequencing kit (USB, Cleveland, USA) a licor 4000L DNA sekvenceru (licor, Lincoln, Nebraska USA).
Štatistická analýza
diferenciálnej rozdelenie medzi prípadmi a kontrolami boli posúdené × 2-testu (s df = 2 pre genotypy a DF = 1 pre alely) , Risk bola odhadnutá jednorozmerné analýzy a viacnásobné logistickej regresie (softvér Stata, StataCorp LP, College Station, USA). Χ 2-test (df = 2) bol tiež použitý na preverenie odchýlky od Hardy-Weinberg rovnováha. Vekové rozdiely medzi pacientmi nesúcich rôzne genotypy boli vypočítané za použitia 2-sledoval t-testu.
Haplotypu frekvencie boli rekonštruované z unphased genotypov a väzbové nerovnováhe (LD) medzi SNP bola odhadnutá pomocou SHEsis softvérovú platformu [19, 20]. Iba haplotypu s relatívnou početnosťou > 0,03 buď v prípadoch, alebo kontroly boli zahrnuté do analýzy. Globálna asociácia haplotypes s ochorením bola vypočítaná pomocou χ 2-testu (df = 7). 163 + 14184ΔAGGG a 163 + 14384C > T varianty neboli zahrnuté do konečnej analýze, pretože neboli informatívne. Združenie jednotlivých haplotypu s ochorením bol založený na 2 x 2 kontingenčných tabuliek v porovnaní s haplotypu A-A-C. LD bola vyjadrená ako r 2, s r 2 = 1 indikuje úplnú LD, r 2 = 0 neprítomnosť LD a R 2 < Boli identifikované 0,33 naznačuje minimálnu LD.
Výsledky
Šesť zachovaným častiam o celkovej veľkosti 3,2 kb vo CDH1
intronom 2. Na rozdiel od piatich známych polymorfizmy (CDH1
163 + 14184ΔAGGG (rs10673765), 163 + 14384C > T (rs9932686), 163 + 37235G > a (rs1125557), 163 + 37276T > a (rs9282650), a 163 + 49526C > G (rs9931853)), žiadne ďalšie bežné polymorfizmy špecifické pre talianske populácie v rámci štúdie boli objavený SSCP v šiestich oblastiach. for s polymorfizmus dĺžky reštrikčných fragmentov a alelické diskriminácie testov, relatívna frekvencia genotypov, ktoré vyplývajú z piatich variantov boli stanovené v prípadoch DGC a ovládacími prvkami. Sekvenovania náhodných vzoriek potvrdila príslušných genotypov. Všetky polymorfizmy boli v Hardy-Weinberg rovnováha oboch prípadov a kontrol (p > 0,19). Tabuľka 2 sumarizuje distribúciu genotypov a ich rozdiely medzi prípadmi a controls.Table 2 CDH1
intronom 2 genotyp rozdelenie medzi prípadmi DGC a kontrol
+ 14184ΔAGGG prípadov (n = 134)
+ 14184ΔAGGG kontroly (n = 100)
χ2-test
OR (95% CI) *, †
OR (95% CI) *, †
+ /+
+ /Δ
Δ /Δ
+ /+
+ /Δ
Δ /Δ
p
Δ /Δ vs + /+
+ /Δ vs + /+
128
4
2
96
3 foto 1
0,947
1,50 (0,13 - 16,78)
1,00 (0,21-4,57)
95,5% Sims 3%
1,5%
97%
1,5%
1,5%
14,2%
2,5%
+ 14384C > T prípadov (n = 134)
+ 14384C > T kontroly (n = 100)
χ 2 -test
OR (95% CI)
OR (95% CI)
CC
CT
TT
CC
CT
TT
p
TT vs CC
CT vs CC
130
2
2
98
1
1
0,895
1,51 (0,13 - 16,87)
1,51 (0,13 - 16,87)
97,0%
1,5%
1,5%
98,0% 1,0% 1,0%
12,3%
12,3%
+ 37235G > a prípadoch (n = 134)
+ 37235G > a kontroly (n = 100)
χ 2-test
OR (95% CI)
OR (95% CI)
GG
GA
AA
GG
GA
AA
p
AA vs GG
GA vs GG
30
56
48
37
50
13
0,0003
4,55 (2,09-9,93)
1,38 (0.75-2.55)
22,4%
41,8%
35,8%
37,0%
50,0%
13,0%
100%
40,6%
+ 37276T > a prípadoch (n = 134)
+ 37276T > a kontroly (n = 100)
χ 2-test
OR (95% CI)
OR (95% CI)
TT
TA
AA
TT
TA
AA
p
AA vs TT
CK vs TT
65
65
4
46
51 Sims 3
0,929
0,94 (0,20-4,42 )
0,90 (0,53-1,53)
48,5%
48,5%
3,0%
46,0%
51,0%
3,0%
1,9%
1,6%
49526C > G prípadov (n = 134)
+ 49526C > G kontroly (n = 100)
χ 2-test
OR (95% CI)
OR (95% CI)
CC
CG
GG
CC
CG
GG
p
GG vs CC
CG vs GG
34
82
18
30
58
12
0,727
1.32 (0.55-3.19)
1.25 (0.69-2.26)
25,4%
61,2% 13,4
%
30,0%
58,0%
12,0%
32,2%
22,5%
* OR hodnoty sú neupravené.
† percentuálny pod OR hodnotami odhaduje silu asociácie pre každý variant na zodpovedajúcej úrovni alebo na úrovni a za predpokladu, že hladina významnosti 5%
zo skúmaných variantov, len 163 + 37235G >. SNP bola významne spojená s ochorením v dôsledku nadmerného zastúpenia a-alely medzi GŘC prípadov (56,7% oproti 38% u kontroly, χ 2 = 16,1, p < 0,0001; pozri tabuľku 2). 163 + 37235AA genotyp bol 2,8 krát častejšie v prípadoch, v porovnaní s kontrolami. Zodpovedajúce pomer šancí (OR) navrhol výrazne zvýšené riziko vzniku DGC pre AA dopravcu vo vzťahu k GG nosičov (OR = 4,55, 95% CI = 2.09-9.93, p = 0,0002, sile združenie 100%, tabuľka 2). Žiadne významné zvýšenie rizika bolo zrejmé z nosenia GA-genotyp (OR = 1,38, 95% CI = 0,75 až 2,55, p = 0,3, výkon združenia 41%, tabuľka 2). Riziko DGC pre AA nosiče naďalej významný, keď boli najvzdialenejšie regióny upravené pre vek, pohlavie, príjem alkoholu a H. pylori
infekcii (tabuľka 3). U fajčiarov však spojené riziko bolo len na hranici významnosti (p = 0,089, tabuľka 3). Riziká spojené s ostatnými variantmi študovaných zostal nevýznamné po úprave (dáta nie sú uvedené). Žiadny vzťah bol zaznamenaný medzi 163 + 37235G > SNP a vek pri diagnóze (p > 0,16) .Table 3 Upravený ORS spojené s CDH1
intronom 2 163 + 37235G > Varianta
Variable

163+37235

Cases

Controls

OR (95% CI)



n
%
n
%

Age
≤ Median
GG
17
20
20
34
1
GA
37 45
30
52
1,45 (0,65-3,25)
AA
29.
35
8
14
4.26 (1.55-11.77 ) Hotel > Medián
GG
13
25
17
40
1
GA
19
37
20
48
1.24 ( 0,48-3,24)
AA
19
37
5
12
4,97 (1,47 - 16,86)
sex
Žena
GG
13
20
20
34
1
GA
28
44
30
51
1.44 (0.60-3.42)
AA
23
36
9
15
3,93 (1,39 - 11,12)
Muž
GG
17
24
17
41
1
GA
28
40
20
49
1.40 (0.58-3.39)
AA
25.
36
4
10
6,25 (1,79 - 21,84)
Fajčenie
Nikdy
GG
17
24
25
42
1
GA
30
42
30
50
1,47 (0,66-3,26)
AA
25
35
5
8
7,35 (2.34-23.01)
Ever
GG
13
21
12
30
1
GA
26
42
20
50
1,20 (0,45-3,19)
AA
23
37
8
20
2,65 (0.86-8.16))
alkoholu
≤ 20 g /deň
GG
24
26
26
40
1
GA
35
38
31
48
1,22 (0,59-2,55 )
AA
34
37
8
12
4.60 (1.78-11.90) Hotel > 20 g /deň
GG
6
15
11
31
1
GA
21
51
19
54
2,01 (0,63-6,55)
AA
14
34
5
15
5,13 (1,23 - 21,36)
H. pylori
Negatívne
GG
2
11
16
37
1
GA
22
48
22
51
3,2 (1.00-10.26)
AA
19
41
5
12
12,16 (2,98 - 49,64)
Pozitívne
GG
25
28
21
37
1
GA
34
39
28
49
1,02 (0,472 -. 19)
AA
29
33
8
14
3,045 (15 /01-07 /08)
na určenie, či CDH1
163 + 37235-alela priznáva GŘC riziko samostatne alebo v kombinácii s iným IntronA 2 variantoch, haplotypu, ktoré sú výsledkom päť polymorfizmy boli rekonštruované a ich frekvencie boli odhadnuté v prípadoch a ovládacie prvky. Obe 5'-varianty neboli informatívny charakter a sú tak vylúčení. IntronA 2 haplotypu ukázal globálnej asociácie s ochorením (df = 7 × 2 = 24,09, p < 0,002). Všeobecne platí, že haplotypu, ktoré obsahujú 163 + 37235-alely boli častejšie v prípadoch, v porovnaní s kontrolami, pričom tri zo štyroch haplotypu s G-alely boli častejšie u kontrol (tabuľka 4). Najsilnejší asociácia s ochorením bolo pozorované pre AAG a haplotypu ATC (s 163 + 37235 v polohe 1). Naopak GAG a GTC haplotypu ukázala najsilnejšiu ochranu. Analýza väzbové nerovnováha uvedené do značnej miery chýba LD medzi skúmaných variantov (r 2 < 0,03; tabuľka 5), ​​čo naznačuje, že CDH1
163 + 37235G > SNP môže udeliť zvýšenú náchylnosť k DGC nezávisle na ostatných variantov investigated.Table 4 CDH1
intronom 2 haplotypu kmitočty medzi DGA prípadov a kontrol

Case (freq) †
Control (frekvencia) †
Fisherov p
Pearsonovho p
OR (95% CI)
AAC *
16,04 (0,060)
5,31 (0,027)
0,088 0,088
2,33 (0,86-6,34)
AAG
17,49 (0,065)
5,34 (0,027 )
0,056 0,056
2,55 (0,95-6,83)
ATC
73.09 (0,273)
35.43 (0,177)
0,015 0,015
1,74 (1,11 -2,74)
ATG
45,38 (0,169)
29.91 (0,150)
0,565 0,565
1.16 (0.70-1.92)
GAC
21,73 (0,081)
24,18 (0,121)
0,152 0,152
0.64 (0.35-1.18)
GAG
17.75 (0,066)
22.17 (0,111)
0,087
0,087
0,57 (0,30-1,09)
GTC
39,15 (0,146)
53,07 (0,265)
0,001 0,001
0,47 (0,30 - 0,75)
GTG
37,37 (0,139)
24,85 (0,123)
0,602 0,602
1,16 (0,67-1,99)
* haplotypu poradie: 163 + 37235G > a, 163 + 37276T > a, 163 + 49526C >G. Obe 5'-varianty neboli zahrnuté, pretože neboli ďalej deliť na haplotypu.
† čísla sa vzťahujú k číslam rekonštruovaných haplotypu medzi prípadmi (257) a ovládacích prvkov (192), pričom každý jednotlivec nesie dva chromozómy. Relatívna frekvencia sú uvedené v percentách. Nie všetky dáta genotyp bol zahrnutý do analýzy, pretože boli vynechané nízke frekvencie haplotypu.
Tabuľka 5 väzbové nerovnováhe medzi CDH1
intronom 2 polymorfizmy
r2 väzbové nerovnováha

163 + 14384C > T
163 + 37235G >, a
163 + 37276T >, a
163 + 49526C >G
163 + 14184ΔAGGG
0,001 0,000
0,001 0,001
163 + 14384C > T -
0,002 0,000
0,000
163 + 37235G >, a - -
0,028 0,000
163 + 37276T >, a -
- -
0,003 <

• Vzťah vaskulárny endoteliálny rastový faktor polymorfizmov génov a klinický výsledok u pacientov s pokročilou rakovinou žalúdka liečených FOLFOX: VEGF polymorfizmus u karcinómu žalúdka
• Predoperačné chemorádiotarapia lokálne pokročilou rakovinou žalúdka