Interleukino-8 yra vienas labiausiai up-reguliuojama geno visą genomą profiliavimo H. pylori veikiami skrandžio epitelio cells

interleukino-8 yra vienas labiausiai up-reguliuojama geno visą genomą profiliavimo H. pylori
veikiami skrandžio epitelio ląstelės
Abstract
faktai
asociacijos tarp Helicobacter pylori infekcijos
ir viršutinės virškinimo trakto dalies liga yra nusistovėjusi. Tačiau tik maža dalis H. pylori
vežėjai susirgti, ir ten yra daug geografiniai skirtumai ligos penetrantiškumas. Paaiškinimas prie šio enigma yra ta, kad tarp bakterijos ir priimančiosios sąveikos. H. pylori
išorinės membranos fosfolipazę A (OMPLA) buvo pasiūlyta vaidinti vaidmenį šios bakterijos virulentiškumo. Šio tyrimo tikslas buvo į profilį svarbiausias mobiliųjų keliai ir biologinių procesų įtakos skrandžio epitelinių ląstelių per 24 val H. pylori
poveikio ir studijuoti uždegiminį atsaką į OMPLA + ir OMPLA -. H. pylori
variantai
rezultatai
Interleukinas-8 buvo svarbiausia iki reguliuojama genų ir atrodo, kad vaidinti svarbiausią vaidmenį epitelio ląstelių atsakas į H. pylori
infekcijos o patologiniai procesai, kurių metu skrandžio liga. MAPK ir NF-kappaB mobilieji keliai buvo stipriai aktyvuota, bet neatrodė, kad paaiškinti įspūdingas IL-8
atsakymą. Buvo pažymėta, reguliavimo TP53BP2
, kurių atitinkamu baltymu ASPP2 gali sąveikauti su H. pylori pervežimas CagA ir sukelia didelį p53 slopinimas apoptozės. Kitos reguliatoriai apoptozės taip pat parodė, abberant reguliavimą. Mes taip pat nustatė iki reguliavimą kelių onkogenų ir žemyn reguliavimo auglio slopinamojo genų anksčiau kaip per pirmąsias 24 h infekcijos. H.pylori
OMPLA etapas variacijos neatrodė įtakos uždegiminių epitelio ląstelių genų atsakymą šiame eksperimente.
Išvada
visą genomo analizės epitelio atsakas į H. pylori
poveikio, IL 8
parodė labiausiai pažymėta reguliavimą, ir dalyvavo daugelyje svarbiausių ląstelių reagavimo procesus infekcija. Nebuvo reguliacijos sutrikimas apoptozės, auglio slopinamojo genų ir onkogenų anksčiau kaip pirmoje 24 val H. pylori
infekcija, kuri gali atstovauti ankstyvus požymius, skrandžio Tumorigenesis. OMPLA +/- neturėjo įtakos ūmus uždegiminis atsakas į H. pylori pervežimas.
Faktai
H. pylori
yra nusistovėjusi kaip pagrindinė priežastis pepsinė opa ir į daugiapakopį kaskados pirmaujančių skrandžio adenokarcinoma iniciatorius. Nors skrandžio vėžys yra ketvirtoji dažniausia vėžio visame pasaulyje ir nusileidžia tik plaučių vėžį sukelia vėžį susijusių mirčių [1], yra puikių skirtumų šios ligos tarp Vakarų ir Rytų šalių pasiskirstymą. Į skrandžio vėžio sumažėjimas lygiuojasi H. pylori
paplitimas Vakarų pasaulyje, tačiau šis reiškinys nėra visiškai paaiškinti didelius geografinius skirtumus skrandžio vėžio platinimo. Priežastis, kodėl tik 1-2% H. pylori
-infected asmenims plėtoti skrandžio piktybinių navikų lieka nepaaiškinamas, ir apima tiek bakterijų padermių, svarbiausia CagA
statusą, priimančiosios genetikos ir aplinkos apsaugos aspektų skirtumus.
H , pylori
Kancerogeninis apima netiesioginę veiklą bakterijų per lėtinis uždegimas skrandžio corpus gleivinės, taip pat tiesioginis veiksmas H. pylori
ant epitelinių ląstelių. Nuolatinį uždegimą yra susijęs su padidintu gamybos kelių Pro-uždegiminių citokinų, tokių kaip IL-1β, TNF-alfa, IL-6, IL-7 ir IL-8 [2], kurioje padidinti apoptozę, hiperproliferacija ir reaktyviųjų deguonies ir azoto rūšys sukelia DNR pažeidimus ir mutacijas. Be to, tiesioginis veiksmas H. pylori
ant epitelinių ląstelių, taip pat gali skatinti kancerogenezės. CagA
+
H. pylori
padermių švirkšti bakterijų produktus į epitelio ląsteles per sudėtingas IV tipo įpurškimo procesą, kuris aktyvuoja vidines ląstelių signalo perdavimo kelių, ypač mitogenu aktyvinto proteino kinazės šeimos (MAPK) kelias [3] ir branduolinės veiksnys kapa B (NF-κB), ir gali palengvinti epitelio-mezenchiminių perėjimas [4], kurie visi gali prisidėti prie neoplastinės transformacijos. Be to, tumoro vystymasis yra susijęs su proliferaciją ir apoptozės slopinimo [5, 6], kadangi pernelyg apoptozę manoma, kad skatinti skrandžio opų formavimąsi. Iš H. poveikis pylori
skrandžio epitelio apoptozės parodė prieštaraujančių įrodymų. Keletas in vitro tyrimai parodė, kad H. pylori
stimuliuoja apoptozę [7, 8], o kai in vivo tyrimai rodo, slopina apoptozę [9, 10]. CagA injekcija į skrandžio epitelinių ląstelių iki-reguliuoja kovos su Apoptozė MCL baltymų [11], ir trukdo apoptozė stimuliuojančio baltymų 2 p53 (ASPP2) [12]. ASPP2 slopinimo priežastys sustiprintas degradaciją p53, tokiu būdu panašus į DNR naviko virusų, tokiu būdu sumažinant Apoptozė veiklą, kuri gali paaiškinti padidėjusią riziką, susijusią su GC CagA
+
Helicobacter pylori infekcijos
.
Tannæs et al., anksčiau pranešė, kad H. pylori pldA
geną, kodavimo bakterijų išorinės membranos fosfolipaze A (OMPLA), rodo etapas variacijos todėl "ON" (OMPLA +) ir "OFF" (OMPLA - ) perjungimas OMPLA veiklos dėl spontaniškai nukrypimą per homopolimeras (C) trakto geno [13]. OMPLA + variantas buvo susijęs su padidėjusia bakterinės išlikimo rūgščioje aplinkoje, laikytis, hemolizės ir išleidimo ureazės ir Vaca palyginti su OMPLA - Variantas [14]. OMPLA taip pat buvo susijęs kitų virškinimo trakto patogenų [15] virulentiškumo, ir tarp OMPLA veiklos ir skrandžio uždegimas nuoroda buvo pasiūlyta ankstesniame tyrimo [16].
Nors skrandžio epitelio ląstelių atsako į H. pylori
ekspozicija buvo taikoma daugeliui eksperimentų, nes bakterijos atradimo 1984 [17], tik panaudojo keli tyrimai kDNR Mikrogardelė technologija [18-29]. Beveik visi šie eksperimentai buvo atliekami Azijos H. pylori
padermių, o ne autoriai palygino epitelio ląstelių atsaką į OMPLA + prieš OMPLA - bakterijos. Dabartinio tyrimo tikslas buvo ištirti laiko genų ekspresijos atsakymą skrandžio epitelinių ląstelių, veikiamų kliniškai gauta H. pylori
kamieno, ir išnagrinėti OMPLA indėlį uždegiminio atsako. Dėmesys buvo skiriamas svarbiausių biologinių reakcijų naudojant genų ontologija (go) sąlygas ir susijusias ląstelių signalinių kelius.
Rezultatai
studijuoti ląstelių morfologija po H. pylori
infekcija 3 ir 6 h, ne -exposed ir H. pylori
veikiami ląstelės buvo tamsintas ir nagrinėjamas imunofluorescenciniam mikroskopijos (1 paveikslas). Tiek 3 ir 6 h nebuvo reikšmingo skirtumo tarp OMPLA gebėjimą + ir OMPLA - Helicobacter pylori
laikytis AGS ląstelių, ir nebuvo jokių reikšmingų skirtumų tarp morfologinių pokyčių AGS ląstelių atsakas į poveikį dviejų variantų. Mes negalėjome nustatyti bet kokius statistiškai reikšmingus skirtumus tarp genų ekspresiją ląstelėse veikiami OMPLA + ir OMPLA - variantai, bet kuriuo metu taško per 24 val bendro kultūros (p
< 0,05). Todėl padarė išvadą, kad rezultatų analizė gali būti atliekama be papildomo atlygio skirtumų fazės pokyčio. 1 pav IMUNOFLUORESCENCIJOS vaizdai AGS ląstelių, veikiamų H. pylori. AGS ląstelės buvo ne veikiami arba veikiami OMPLA + ir OMPLA- H. pylori
esant 300 MOI: 1 ir bendro kultivuojamos 3 ir 6 val. Bakterijos buvo tamsintas su triušio prieš Helicobacter
antikūnų. Vaizdai buvo užfiksuoti fluorescencinės mikroskopijos.
KDNR profilį H. pylori
veikiami AGS ląstelės buvo lyginamos su neužkrečiama kontrolinių ląstelių šešių atskirų laiko kiekis per 24 val. 7498 chip zondai, atitinkantys 6237 žmogaus genų parodė, diferencinė ekspresija užkrėstų ląstelių, lyginant su kontroline ląsteles ne mažesniu nei 1 laiko taške (p
< 0. 05) (Papildoma failas 1: Lentelė S1). Iš esmės skirtingai išreikštas genų skaičius kiekviename laiko taške, palyginti su neužkrečiama AGS-ląstelės, ir kaip jos persidengia skirtingais laiko momentais yra pavaizduoti 1 lentelėje ir 2.Table 1 pav skaičius skirtingai reguliuojamų genų
Time

0.5

1

3

6

12

24

Iki reguliuojama
0
2
91
123
1679
2997
žemyn reguliuojama
0 pervežimas 1 pervežimas 26
65
2034
2492
viso
0
3
117
188
3713
5489
Taškų gerokai skirtingai reguliuojamų genų (p
< 0,05) kiekviename iš mėginių ėmimo laiko momentais po bendro inkubacijos H. pylori
AGS ląstelių laikotarpį
2 paveikslas Veno diagrama naudojama labai reguliuojamų genų. Veno diagramos skirtingai išreikštas genų H. pylori
-infected AGS ląstelių, palyginti su kontrolinės ląstelių (psl
< 0,05). Susikertančių apskritimai rodo sutampančias genus ne nurodytu laiku kiekis. AGS = neužsikrėtusiose kontrolė AGS ląstelės.
Buvo ne žymiai išreikštas genus 0,5 h, šiek tiek padidėjo į genų skaičius nuo 1 iki 6 h, ir 20 kartus padidėjimu nuo 6 iki 24 h. Nuo viena mėginių ėmimo vieta prie kito, dauguma genai persidengia, tačiau taip pat buvo diferencijuotai reguliuojami kiekvienu laiko momentu (2 paveikslas) nemažai unikalių genų. Maždaug 47% nuo bendro skaičiaus žymiai išreikštų genų buvo iki reguliuojama, ir 53% parodė, down-regulation palyginti su kontroline grupe. Tarp daugiau nei 6000 žymiai išreikštų genų, IL-8
buvo vienas labiausiai skirtingai išreikštas genas (3 paveikslas). 3 pav Hiarchical grupuojama labiausiai žymiai skirtingai reguliuojamų genų. Hiarchical grupuojama gerokai skirtingai reguliuojamų genų (log2FC > 1,5, p
< 0,05). Arrow taškų IL-8
.
Apie visus svarbius genus sąrašą buvo analizuojami asocijuotųjų Kioto enciklopedija genų ir Genomes (KEGG) signalą kelius iki keliu Express kiekvienu laiko momentu. Labai paveikė kelius ir atitinkamą poveikio koeficientas (IF) yra pateikiami 2 lentelėje greitai reaguoti signalo kelius, kad buvo žymiai paveikti įtrauktų epitelio ląstelių signalizacijos H. pylori pervežimas infekcija būdas, citokinų citokinų receptorių sąveika, Toll-kaip receptorių ( TLR) signalo perdavimo kelių, taip pat daug su vėžiu susijusios kelius ir imunologinę kelius. Tuo 1 h, IL-8
dalyvavo dauguma nukentėjusių signalo kelius. Po 3 ir 6 h, dauguma aukščiausią reitingą kelius turėjo keletą genų bendro, pavyzdžiui, NFKB1, NFKB2, NFKBIA, NFKBIE, BIRC2, BIRC3, JUND, CCND1
ir AKT3
. Fosfatidil signalizacijos sistema skiriamas didelis jei ne 6 val dėl vieno geno, PIK3C2B
, kuri žemyn reglamentuoja žurnalą 2FC nuo -0.58 reikšmės ir vaidina svarbų vaidmenį šiame kelyje. Po 12 h, labiausiai nukentėjo mobilieji keliai buvo leukocitų transendotelinę migracija, ląstelių adhezijos molekulių, DNR replikacija kelias, p53 signalizacijos kelias taip pat keletas vėžio susijusių keliai. Gana panašūs rezultatai yra matomi 24 valandas, tačiau kai kurie iš vėžio susijusių kelius toliau atstovavo žemyn sąrašą (duomenys nerodomas, tik TOP 10 2 lentelėje) .table 2 bėgant: KEGG mobilieji keliai ir genų ontologija
laikas
KEGG korinio kelias vardas
JEI
eiti reguliuojamų genų

Go down reguliuojamų genų
0,5
Jokių reikšmingų genai
Jokių reikšmingų genai
nėra reikšmingų genus
1
epitelio ląstelių signalizacijos Helicobacter pylori infekcijos
16,6
Ne reikšmingas GO
Jokių reikšmingų genai
citokinų citokinų receptorių sąveika
8.1
šlapimo pūslės vėžio
7,5 pervežimas Toll-tipo receptorių signalinio kelio pervežimas 6,6
Base ekscizija remontas
6,0
Pirminis imunodeficitas
5,9
kelius vėžio
5.4
3
epitelio ląstelių signalizacijos Helicobacter pylori infekcijos
17,8
antiapoptozės
Ne reikšmingas GO
kelius vėžio
16,9
reguliavimo retrovirusų genomo
nesmulkialąstelinis plaučių vėžys
14,2
replikacijos
MAPK signalinio kelio
14,2 pervežimas T -helper 1 ląstelių diferenciacija
apoptozę
12,5
neigiamą reguliavimo LPS-tarpininkaujant signalinio kelio
Adipocytokine signalizacijos kelią
12,3
neigiamas reguliavimas lygiųjų raumenų ląstelių migraciją
prostatos vėžys
11.4
reguliavimas ŽEMĖLAPIS kinazės aktyvumo chemotaksio
Toll-tipo receptoriaus signalo kelias
11,1
baltymų amino rūgščių dephosphorylation
T ląstelių receptorių signalizacijos kelią
10,5
neutrofilų aktyvacijos
B ląstelių receptorių signalizacijos kelias
9,9
pernešti paros laikrodis pervežimas 6 pervežimas fosfatidil signalizacijos sistemos
32,2
antiapoptozės
Reikšmingo GO
epitelinių ląstelių signalizacijos Helicobacter pylori infekcijos
15,5
reguliavimas retrovirusų genomo
nesmulkialąstelinis plaučių vėžys
14,2 pervežimas replikacijos
kelius vėžio pervežimas 12.4
, T-pagalbininkų 1 ląstelių diferenciacijos
apoptozę
11,6
neutrofilų aktyvacijos
Adipocytokine signalizacijos kelią
10,1
neigiamas reguliavimas I-kappaB
Toll-kaip receptorių signalinio kelio
8,9
kinazės /NF -KB kaskados
MAPK signalizacijos kelią
8,7
indukcija teigiamų chemotaksio
šlapimo pūslės vėžys
8,5
mieloleukemija dendritic ląstelių diferenciacija
B ląstelių receptorių signalinio kelio
8,3
12
Leukocitų transendotelinę migracija
309.7
ląstelių ciklo arešto pervežimas atsakas į išklojus baltymų
ląstelių adhezijos molekulės (CAM)
75,4
amino rūgštis, transportas
S adenosylmethionine biosintezės procesas
DNR replikacijos
25,0
pozityviai reguliuoti transkripcijos pervežimas ląstelės ciklo
20,0
atsakas į stresą
kelius vėžio
19,4
reguliavimo MAP kinazės veikla
p53 signalizacijos kelias
17,0
antigeno perdirbimo ir pateikimo pervežimas 15.7
MAPK signalinio kelio
13,2
nesmulkialąstelinis plaučių vėžys
12,2
paros ritmo
11,9
24
leukocitų transendotelinę migracija
80,3
keratinocitų diferenciaciją pervežimas cholesterolio biosintezės proceso
ląstelės ciklo
24,4
amino rūgštis, transportas
atsakas į išklojus baltymų
p53 signalizacijos kelias
20,9
keratinizacijos
izoprenoidą biosintezės procesas
paros ritmo
18,6 pervežimas angiogeneziniu pervežimas kreatino biosintezės proceso
DNR replikacijos
18,0
apoptozė
atsakas į oksidacinio streso pervežimas Adherens sankryžos
16,1
atsaką į stresą
kelius vėžio
14,9
ląstelės ciklo arešto
nukleotidų iškirpimas remonto
14,3
pirimidino nukleotidų apykaitos
ubikvitino tarpininkaujant proteolizė pervežimas 14,2
proceso pervežimas fosfatidil signalizacijos sistemos
13,7
indukcija teigiamų chemotaksio
labai paveikė KEGG korinio kelius ir praturtino Genų ontologijos terminų ( tik biologiniai procesai) (p
< 0,05) skirtingais laiko momentais šių bendradarbiavimo kultūros H. pylori
ir AGS ląsteles. Top 10 kelius /ontologijos įtraukti, kur skaičius viršija 10. Jei = poveikio koeficientas
Kadangi GO analizė tiesiog asocijuojasi skirtingai išreikštas genus su ontologijų, nėra bent rango tikrąją biologinę reikšmę atskirų genų ar ontologijų bandymas. Todėl mes įtraukti tik genus su log 2FC > 1,5 iš GO analize, išskyrus mažiau žymiai išreikštų genų, kurie buvo linkę sukelti klaidingą GO reitingą. Tik kategorijai pagal biologinių procesų terminai yra įtrauktos (2 lentelė), nes jie buvo Tyrimo dėmesio centre. Nėra GO sąlygos buvo praturtintas ne 0,5 ar 1 val laiko momentais. Tarp iki reguliuojamų genų ne 3-6 h, dažniausiai Associated kilmės garantijos buvo antiapoptozės, ir keli uždegimo ir antimikrobinės procesai, tokie kaip reguliavimo retrovirusų genomo replikacijos, t-pagalbininkas 1 ląstelių diferenciacija, chemotaksi, neutrofilų aktyvavimo ir imuninė aktyvacijos. Tuo 12-24 h greičiu, iki reguliuojama genų praturtintas ontologijos kaip ląstelės ciklo arešto, apoptozės, streso atsakas, aminorūgščių transporto, angiogenezę ir keratinizacijos, o tam tikri biosintezės procesai yra tarp žemyn reguliuojama sąlygomis.
Hierarchinis klasterių iš 245 genai, kurių log 2FC > 1,5 suformuotas 5 skirtingas grupes (A-E), per atstumą ribą 0,54, (3 paveikslas). Kiekvienas klasteris buvo išnagrinėta GO ir korinių signalo kelią asociacijoms (3 lentelė). GO analizė reikšmingą sąlygas visiems grupių (p
< 0,05). 3 lentelė rodo, TOP 10 gerokai paveikė korinio signalo perdavimo kelių kiekvienoje grupėje, užėmė pagal IF. A grupė esančius 9 genus, ir parodė stabilius lygius bent 6-12 h kol rodo nuosmukį. Trys genai buvo įtraukti į kovos su apoptozinių procesų ir du genai dalyvauja MAPK signalizacijos. Tik 3 genai buvo skiriamas B grupė, kur buvo greitas ir stiprus padidėjimas išraiškos per pirmąjį 3 h, o po to mažėja. Iš 3 genų klasterius, IL-8 parsisiųsti ir CXCL2
atrodė diktuoti daugelis ūminių uždegiminių procesų, pavyzdžiui, chemotaksio, imuninio atsako ir neutrofilų activation.Table 3 Cluster profiliavimo: KEGG korinio kelius ir genų Ontologija
Laikinas aprašymą per 24 h
Cellular kelią pervežimas pervežimas poveikio koeficientas
Eiti skaičius

GO vardas
MAPK signalinio kelio
7,3 Eiti: 0.006.916
antiapoptozės
apoptozę
7,1 Eiti: 0.045.063
T pagalbininkas 1 ląstelių diferenciacija Eiti: 0.031.665
neigiamas reguliavimas LPS sąlygojamą signalinio kelio Eiti: 0.014.912
neigiamas reguliavimas lygiųjų raumenų ląstelių migraciją Eiti: 0.043.405
reguliavimas MAP kinazės veikla

epitelio ląstelių signalizacijos H. pylori
infekcijos
12,4 Eiti: 0006935
chemotaksį
citokinų citokinų receptorių sąveika
10,2 Eiti: 0006954
uždegiminio atsako
šlapimo pūslės vėžio
6,8 Eiti: 0.006.955
imuninis atsakas
Toll-kaip receptorių signalinio kelio
5,9 Eiti: 0045091
reguliavimą retrovirusinės genomo replikacijos
kelius vėžio
4.8 Eiti: 0.042.119
neutrofilų aktyvacijos Eiti: 0.050.930
indukcija teigiamų chemotaksio Eiti: 0030593
neutrofilų chemotaksį
GO: 0030155
reguliavimas ląstelių sukibimą Eiti: 0019722
kalcio tarpininkaujant signalizacijos
paros ritmo
20,0 Eiti: 0.006.915
apoptozė
MAPK signalizacijos kelias
10,7 Eiti: 0.006.950
atsakas pabrėžti
mTOR signalizacijos kelią
7,5 Eiti: 0.007.050
ląstelės ciklo areštas
Tight sankryžos
7.0
Į: 0030216
keratinocitų diferenciaciją
Jak-STAT signalinio kelio
6,7 eiti: 0.006.865
amino rūgštis, transportas
citokinų citokinų receptorių sąveika pervežimas 6,5 eiti: 0031424
keratinizacijos
reguliavimas autofagija pervežimas 6,4 Eiti: 0.008.652
aminorūgščių biosintezės procesas
p53 signalinio kelio
5,6 Eiti: 0.006.220
pirimidino nukleotidų apykaitos procesas
reguliavimas aktino citoskeleto
5,2
TGF-beta signalinio kelio
5,2
NK ląstelė citotoksiškumo
4,7 pervežimas pervežimas Melanogenesis pervežimas 8,3
GO: 0030146
diurezė
GnRH signalinio kelio
7,6 Eiti: 0030147
natriurezei
erbB signalizacijos kelią
6,7 Eiti: 0048661
teigiamą reguliavimą sklandžiai raumenų ląstelių proliferacija
kelius vėžio pervežimas 6,4 Eiti: 0.002.268
folikulinė dendritic ląstelių diferenciacija
epitelinių ląstelių signalizacijos H. pylori
infekcijos
5,7 Eiti: 0031583
aktyvavimo fosfolipaze d veiklos G-baltymu sujungto receptoriaus baltymo signalizacijos Eiti: 0014826
venų lygiųjų raumenų susitraukimas Eiti: 0002467
embrionų centro formavimas Eiti: 0.030.578
PDL kūnas organizacija Eiti: 0030195
neigiamas reguliavimas kraujo krešėjimo Eiti: 0043507
teigiamas reguliavimas JUN kinazės aktyvumo

antigeno tvarkymo ir pristatymas
13,7 Eiti : 0006695
cholesterolio biosintezės procesas
MAPK signalizacijos kelią
9,7 Eiti: 0006986
atsakymą į išklojus baltymų
šlapimo pūslės vėžio
6.2 Eiti: 0006916
kovos -apoptosis
kelius vėžio pervežimas 6.1 Eiti: 0006139
nukleobazės, -side, -tide ir nukleino rūgščių medžiagų apykaitos proceso
reguliavimas aktino citoskeleto pervežimas 6.1 Eiti: 0008299
izoprenoidą biosintezės procesas Eiti: 0006601
kreatino biosintezės procesas Eiti: 0009416
atsakas į šviesos poveikio Eiti: 0043154
neigiamas reguliavimas kaspazės veiklos Eiti: 0007566
embriono implantaciją
Laiko profiliai 5 pagrindinių grupių nustatytų hiarchical grupavimo 245 dauguma skirtingai išreikšta genų (p
< 0,05) ir susijusios genų ontologijos (tik biologiniai procesai) ir KEGG korinio signalo perdavimo kelių kiekvienos klasterio H. pylori
veikiami AGS ląsteles. Duomenų taškai, kuriuose yra nuo 0,5 iki 1, 3, 6, 12 ir 24 valandas nuo bendro inkubacijos. Klaida barai atstovauti ± standartinis nuokrypis išraiškos per klasterius. Top 10 išvardytos kur numeris didesnis kaip 10
C grupė ontologijos sudaro didžiausią grupę ir pateikta 150 genų, kurie neparodė, kol po 6-12 h kaita. Eiti terminai apoptozę ląstelės ciklo arešto ir streso atsaką genai buvo ženkliai praturtino, ir daugelis iš šių genų, pavyzdžiui, Birželis, GADD45A, DDIT3, MKNK2, DUSP1, RPS6KA5, FLNC
ir RASGRP
taip pat dalyvavo MAPK signalizacijos. Be to, CSF2RA
, IL24
, IL20R parsisiųsti ir onkogenas PIM1
dalyvavo Jak-Stat signalizacijos ir citokinų citokinų signalizacijos.
Klasterio plėtros parodė nedidelį padidėjo šoktels iki 12 h, po to link 24 h sumažėjimas. 13 genai buvo priskirtas šiam klasterio, įskaitant EDN1
, vienas iš stipriai vazokonstriktoriumi endotelino izoformų, kuri iš esmės prisodrinto visi iš išvardytų LOJ. NFKB2
, vienas iš dviejų NF-κB padaliniuose, HBEGF parsisiųsti ir ETS1
taip pat buvo įtraukti į šį klasterį.
Klasteris El įrodė 71 genus, kurie parodė žemyn reguliavimą po 6-12 h ir įtraukti FGFR3 parsisiųsti ir keletas šilumos šoko baltymas genus, kurie buvo įtraukti į MAPK signalinio kelio ir apoptozė slopinimo. Be to, keletas GO biosintezės procesai buvo praturtintas.
Norėdami patvirtinti mikrogardeliq rezultatus, mes nusprendėme patikrinti IL-8
, nes tai buvo vienas labiausiai diferencijuotai reguliuojama geno tyrimą. iRNR ir baltymų buvo atrinkti tuo pačiu metu taškų ir studijavo RT-PGR ir IFA (4 ir 5 paveikslai). Įvyko IL-8 padidėjimas
mRNR pastebimas po 1 h ir siekė maždaug 3 val. IL-8
mRNR reagavimą vėliau sumažėjo į priekį 6 ir 12 valandų. Po 24 val ten buvo antra padidėjimas, tačiau su pažymėtiną dispersija tarp dviejų bandymų. 0,5 ir 1 h bendradarbiavimo kultūros, IL-8 baltymų kiekis buvo mažas ir neparodė kaita. Tarp 3 ir 6 h bendro kultūros, ten buvo reikšmingas IL-8 padidėjimo, dėl kurio parodė, jokios papildomos padidėjo po to, 6 h. 4 pav Laiko Žinoma IL-8 iRNR raiškos AGS ląstelių bendrai išaugintų H. pylori. Kiekybinė PGR analizė IL-8
raiškos H. pylori
-infected AGS ląsteles šešių skirtingų mėginių ėmimo vietų daugiau nei 24 val. Duomenų taškai yra trijų ląstelių kultūros vertybės atkartoja iš dviejų nepriklausomų eksperimentų A ir B linijos žymi apskaičiuotas vidurkis per kiekvieną iš eksperimentų.
5 paveikslas laiko kursą IL-8 baltymų raiškos AGS ląstelių bendrai išaugintų H. pylori. IFA analizė IL-8 baltymų raiškos H. pylori
-infected AGS ląstelių bent šešių skirtingų mėginių ėmimo vietų daugiau nei 24 val. Duomenų taškai yra trijų ląstelių kultūros vertybės atkartoja iš dviejų nepriklausomų eksperimentų A ir B linijos žymi apskaičiuotas vidurkis per kiekvieną iš eksperimentų.
Galiausiai norėjome įsitikinti, kad pasirinkta VRM buvo stabilus, atsižvelgiant į AGS geno išraiška. Mes naudojome IL-8
atsakymą kaip genų ekspresijos rodiklį ir AGS ląstelės buvo bendrai inkubuojami su H. pylori
už 3 h įvairių MOI du atskiri eksperimentai (6 paveikslas). Ten buvo kuklus IL-8
atsakas MOI 15: 1 ir 150: 1, su puikia padidėjimą MOI 300: 1. Yra tada buvo nežymus pokyčiai IL-8
išraiškos kaip 300: 1, kurie leidžia manyti, kad originalus užkratas 300: 1, buvo adekvatus išsiaiškinti biologinį atsaką neapkraunant ląstelių kultūros sistemą. 6 pav dozės atsakas IL-8 iRNR raiškos AGS ląstelių bendrai išaugintų H. pylori. Kiekybinė PGR analizė IL-8
raiškos H. pylori
-infected AGS ląstelės, bendrai inkubuojami 3 val. Duomenų taškai yra trijų ląstelių kultūros vertybės atkartoja iš dviejų nepriklausomų eksperimentų A ir B linijos žymi apskaičiuotas vidurkis per kiekvieną iš eksperimentų.
Diskusijos
Šiame tyrime mes įrodyti reikšmingas, nedelsiant reaguoti iš AGS ląstelių į a H. pylori
kamieno poveikio, gauta iš klinikinėje aplinkoje. Daugiau nei 6000 žmonių genai per pirmąsias 24 h bendro inkubacijos parodė statistiškai reikšmingą diferencialo reguliavimas.
H. pylori
infekcija buvo susijęs su tiek stimuliavimo ir slopinimo apoptozės. Kai ląstelių kultūrų eksperimentai rodo iki reguliavimą genų, susijusių su apoptozės [7, 8], kadangi kai in vivo tyrimai rodo, platinimo ir apoptozę slopinimą [9, 10]. Vaca toksinas buvo įrodyta, kad sukelti apoptozę kelių tyrimų [30-33], tuo tarpu CagA vaidmuo yra prieštaringi. CagA buvo susijęs su tiek stimuliacijos ir slopinimo apoptozės [11, 12, 34]. Tulžies ląstelės veikiamos CagA
+
H.pylori
labai mažą sėjimo kultūra (MOI 1: 1) įrodyta, padidintą ląstelių augimą, o ne MOI 200: 1, apoptozė skatino [35 ]. CagA gali net tiesiogiai neutralizuojamas proapoptozinis poveikį Vaca, kaip matyti iš AGS ląstelių [31]. Apoptozė vyksta po to, kai ląstelinių įvykių skaičius, dėl kurių vėl pradedamos kaspazės-3, kuri, kaip manoma, yra pagrindinis EFFECTOR apoptozės. Šioje studijoje, tiek slopinantis ir stimuliuojančių genai parodė reikšmingą diferencialinę išraišką, parodant H. pylori pervežimas įtaka apoptozės sudėtingumą: kaspazės inhibitorių HSPA5 parsisiųsti ir DHCR24
parodė panašų vėlai žemyn reguliavimą šilumos amortizatoriai genai HSPA1B, HSPB1
, kuris taip pat yra susiję su apoptozė stimuliacijos (klasterio E, 3 lentelė). Kita vertus, TNFAIP3, BIRC2, BIRC3 parsisiųsti ir SERPINB2
, taip pat susijęs su apoptozės slopinimas, parodė anksti ir nuolat iki reguliavimas sugrupuotos klasterio A. Tačiau teigiami reguliatoriai apoptozės PTPRH, TNFRSF12A, IL24, GADD45A, TRIB3, DDIT4, PHLDA4, PP1R15A parsisiųsti ir SQSTM1
visi buvo iki reguliuojama panašiai modelis po 6-12 h (C grupė). MCL1
, anti-aprotoninis genas išreiškė atsakydamas į CagA injekcijos [11] parodė padidinti iki reguliavimą per tyrimo metu. Nebuvo jokių reikšmingų pokyčių BCL-2 parsisiųsti ir labai mažai padidėjimas BAX
išraiškos mūsų tyrime, du svarbūs genai, kurie lemia ląstelių jautrumą kitų apoptozinių dirgiklius [36-39]. Pažymėtina, buvo pažymėta, reguliavimo TP53BP2
, svarbus naviko slopinamojo geno (GTG) Naudojant žmogaus vėžio, pirmiausia skatinančiu p53 skatinimą apoptozės genuose. Kita vertus, TP53BP2
yra kodavimo ASPP2 baltymą, kuris taip pat buvo parodyta, kad skatinti apoptozę nepriklausomai p53 [40-42]. Tačiau, Buti ir kt. Neseniai paaiškėjo, kad CagA švirkščiamas į skrandžio epitelinių ląstelių tikslinių ASPP2 baltymų slopina p53 tarpininkaujant apoptozę [12]. Padidėjęs TP53BP2
išraiška matyti mūsų studijoje, todėl gali sustiprinti šį poveikį didinant CagA-ASPP2 sąveiką sukelti padidėjęs slopinimas p53 tarpininkaujant apoptozės. Iš tiesų, dabartinis tyrimas parodė, kad p53 tikslinės genus apoptozės [43], pavyzdžiui, FAS
, DR4
, TNFRSF10B
(taip pat vadinama DR5 /KILLER pervežimas), DCR1
, DCR2
, P53AIP1
, CASP6
, APAF1 parsisiųsti ir BNIP3L
neparodė jokio reikšmingo padidėjimo ir BNIP3L
, CASP6 parsisiųsti ir APAF1
, pasiūlymo
ir BAX
parodė tik tiek padidinti. p53 tikslinės genai, reguliuojantys ne apoptozinių ląstelių procesus, įskaitant MDM2
, GADD45A
, CDKN1A
(taip pat žinomas kaip P21 WAF1 /CIP1 pervežimas), EGFR
, CCND1
, CCNG2
ir TGFA
parodė vidutinio sunkumo pažymėta reglamentavimą. Tai skirtumas genų ekspresijos nustatė tarp p53 tikslinių genų Šiame tyrime gali nurodyti selektyviai slopina p53 tarpininkaujant apoptozės dėl padidėjusios CagA-ASPP2 sąveika, suderinamas su Buti išvadas.
Nepaisant to, šis tyrimas nebuvo skirtas įvertinti, ar bendras suma slopinamasis ir stimuliuojantį signalų palengvino apoptozę arba proliferaciją epitelio ląstelių. Dabartiniai rezultatai rodo, apoptozės reguliavimo epitelio ląstelių sudėtingumą reaguojant į H. pylori
poveikio ir klasterinė analizė rodo, kad yra tam tikrų biologinių koordinavimas genų ekspresiją, reglamentuojančių apoptozę. Tai gali paaiškinti, kai kurių sudėtingų kancerogeninio mechanizmo H. pylori
skrandžio adenokarcinoma. Yra stiprus ryšys tarp H. pylori
infecton, ypač CagA
+ genotipas [44], ir skrandžio adenokarcinoma [45, 46], o taip pat kitų vėžio buvo siūloma, kad priglaustų, vaidmenį, H.pylori
[47, 48]. [29]. 0,05.

• Priėmimo diagnozę poveikis skrandžio ištuštinimo sunkiai sergantiems pacientams
• Poveikis neoadjuvantas chemoterapija su Panieka metalas-protocoll lyginant vien operacijos į išplitusio skrandžio karcinomą