Interleukiini-8 on suurin yksittäinen säädelty geeni koko genomin profiloinnissa helikobakteeri altistuvat mahalaukun epiteeli- cells

interleukiini-8 on yksi kaikkein säädelty geeni koko genomin profiloinnissa helikobakteeri
altistuvat mahalaukun epiteelisolujen
tiivistelmä
tausta
välinen yhteys Helicobacter pylori
infektion ja ylemmän ruoansulatuskanavan sairaus on vakiintunut. Kuitenkin vain pieni osa helikobakteeri
harjoittajien kehittää sairaus, ja on suuria maantieteellisiä eroja sairauksien penetrance. Selitys tähän arvoitus piilee vuorovaikutuksen bakteerin ja isäntä. Helikobakteeri
ulkokalvon fosfolipaasi (OMPLA) on ehdotettu olevan rooli virulenssiin tämän bakteerin. Tutkimuksen tavoitteena oli tutkia profiloida merkittävin solureiteillä ja biologiset prosessit vaikuttavat Mahan epiteelisoluissa aikana 24 h H. pylori
valotuksen ja tutkia tulehdusreaktiota OMPLA + ja OMPLA - H. pylori
variantteja.
tulokset
interleukiini-8 oli kaikkein merkittävästi säädelty geeni ja näyttää olla ensiarvoisen rooli epiteelisolujen soluvasteen helikobakteeri
infektio ja patologisten prosessien johtaa mahalaukun sairauksien. MAPK ja NF-kappaB solureiteillä olivat voimakkaasti aktivoitu, mutta ei näyttänyt selittää vaikuttava IL-8
vastausta. Siellä oli merkitty säätely ylöspäin TP53BP2
, jonka vastaavan proteiinin ASPP2 voivat olla vuorovaikutuksessa helikobakteeri
CagA ja aiheuttavan selvää p53 tukahduttamista apoptoosin. Muita sääntelyviranomaisten apoptoosin osoitti myös abberant sääntelyä. Olemme myös tunnistettu säätely ylöspäin useiden onkogeenien ja alas-säätely tuumorisuppressorigeeneille jo ensimmäisten 24 h infektion. H. pylori
OMPLA vaihevaihtelujakson ei näytä vaikuttavan tulehduksellinen epiteelisolujen geenin vaste tässä kokeessa.
Päätelmä
koko genomin analyysia epiteelin vastaus H. pylori
altistumista, IL 8
osoitti selvin ylössäätöä, ja oli mukana monissa tärkeimmistä soluvaste prosesseja infektio. Oli dysregulaatio apoptoosin, kasvaimen ja onkogeeneihin jo ensimmäisten 24 h H. pylori
-infektio, joka voi edustaa ensimmäisiä merkkejä mahalaukun kasvaimien syntyyn. OMPLA +/- eivät vaikuta akuuttia tulehdusreaktiota helikobakteeri
.
Tausta
H. pylori
on vakiintunut ensisijainen syy mahahaavan ja aloitteentekijä monivaiheinen Cascade johtaa mahalaukun adenokarsinoomaa. Vaikka mahasyövän on neljänneksi yleisin syöpä maailmassa ja toinen vain keuhkosyövän aiheuttavan syöpää liittyvien kuolemien [1], on merkittäviä eroja jakeluun tämän taudin välillä Länsi- ja Itä-Euroopan maissa. Lasku mahasyövän rinnasteinen H. pylori
esiintyvyys länsimaissa, mutta tämä ilmiö ei ole täysin selitä suuria maantieteellisiä eroja mahasyövässä jakeluun. Syy, miksi vain 1-2% H. pylori
infektoiduista yksilöt kehittävät mahasyöpäriskiin yhä selittämättä, ja sisältää sekä bakteerikantoja, tärkeintä Caga
asema, isäntä genetiikka ja ympäristönäkökohdat.
H . pylori
syövän synnyn liittyy epäsuora toiminta bakteerien avulla krooninen tulehdus mahan korpus limakalvon, ja myös suoraan toimintaan Helikobakteeri
epiteelisolujen. Jatkuva tulehdus liittyy parannettu tuotanto useiden proinflammatoristen sytokiinien, kuten IL-1β: n, TNF-α, IL-6, IL-7: n ja IL-8 [2], jotka lisäävät apoptoosia, hyperproliferaatiota ja reaktiivisten hapen ja typen lajit aiheuttavat DNA-vaurioita ja mutaatioita. Lisäksi suora toiminta Helikobakteeri
epiteelisolujen voi myös edistää syövän synnyn. Caga
+
helikobakteeri
kantoja pistää bakteeri tuotteita epiteelisoluihin kautta hienostunut tyypin IV injektio prosessi, joka aktivoi solunsisäisiä signalointireittejä, erityisesti mitogeeniaktivoidun proteiinikinaasin perhe (MAPK) polku [3] ja tumatekijä kappa B (NF-KB), ja se voi helpottaa epiteelin-mesenkymaalitransitioon [4], jotka kaikki voivat osaltaan neoplastisen transformaation. Lisäksi kasvainten kehittymiseen liittyy lisääntymistä ja apoptoosin esto [5, 6], kun taas liiallinen apoptoosi on arveltu edistää mahahaava muodostumista. Vaikutus Helikobakteeri
mahalaukun epiteelin apoptoosia on osoittanut ristiriitaisia ​​tietoja. Useissa in vitro tutkimuksissa ovat osoittaneet, että helikobakteeri
stimuloida apoptoosia [7, 8], kun taas jotkut in vivo tutkimukset osoittavat apoptoosin [9, 10]. CagA ruiskutus mahan epiteelisoluihin ajan säätelee antiapoptoottinen MCL proteiini [11] ja häiritsee apoptoosin stimuloiva proteiini 2 p53 (ASPP2) [12]. ASPP2 eston syitä parantaa hajoamista p53, samalla tavoin kuin DNA-syöpäviruksia, mikä vähentää apoptoottista aktiivisuutta, mikä voi selittää lisääntynyt riski GC liittyy CagA
+
H. pylori
infektion .
Tannæs et al. olemme raportoineet aiemmin, että H. pylori PLDA
geenin, joka koodaa bakteeri-ulkokalvon fosfolipaasi A (OMPLA), näyttää vaiheen muutoksen seurauksena "ON" (OMPLA +) ja "OFF" (OMPLA - ) kytkentä OMPLA toiminnan vuoksi spontaani lipsumiset homopolymeeri (C) suolikanavan geenistä [13]. OMPLA + variantti liittyi lisääntynyt bakteerien selviytymistä happamassa ympäristössä, sitoutuminen, hemolyysi ja vapauttamaan ureaasia ja VacA verrattuna OMPLA - variantti [14]. OMPLA on myös liitetty virulenssiin muiden ruoansulatuskanavan taudinaiheuttajien [15], ja yhteys OMPLA toimintaa ja mahan tulehdus on ehdotettu aiemmassa tutkimuksessa [16].
Vaikka mahalaukun epiteelisolujen vastauksena helikobakteeri
altistuminen on tehty monta kokeilua keksimisen jälkeen bakteerin vuonna 1984 [17], vain harvat tutkimukset ovat käyttäneet cDNA sirutekniikalla [18-29]. Lähes kaikki nämä kokeet on suoritettu Aasian helikobakteeri
kantoja, eikä kirjoittajat ovat verranneet epiteelisolujen vastaus OMPLA + vastaan ​​OMPLA - bakteereja. Tavoitteena nykyisen oli tutkia ajallinen geeniekspression vaste mahalaukun epiteelisolujen altistetaan kliinisesti saatu helikobakteeri
rasitusta, ja tutkia panos OMPLA on tulehdusreaktiota. Painopiste on asetettu tärkeimmät biologiset vasteet käyttämällä Gene ontologia (GO) ehdot ja niihin liittyvät solun signalointireitteihin.
Tulokset
tutkimiseksi solun morfologiassa seuraavat helikobakteeri
infektio 3 ja 6 h, ei -exposed ja H. pylori
altistetaan solut värjättiin ja tutkittiin immunofluoresenssimikroskoopilla (kuvio 1). Sekä 3 ja 6 h ei ollut merkittävää eroa kyky välillä OMPLA + ja OMPLA - H. pylori
kiinni AGS soluihin, ja ei ollut merkittäviä eroja morfologisia muutoksia AGS solut vasteena altistumisesta kaksi vaihtoehtoa. Emme pystyneet tunnistamaan mitään tilastollisesti merkitseviä eroja geenien ilmentyminen solujen välinen altistetaan OMPLA + ja OMPLA - vaihtoehdot milloin tahansa vaiheessa yli 24 tunnin yhteistyön kulttuuri (p
< 0,05). Siksi pääteltiin, että tulosten analysointi voidaan suorittaa ottamatta huomioon erot vaiheessa vaihtelua. Kuva 1 Immunofluoresenssikoe kuvia AGS solujen altistuvat helikobakteeri. AGS soluja ei altistunut tai alttiina OMPLA + ja OMPLA- helikobakteeri
MOI 300: 1 ja co-viljeltiin 3 ja 6 tuntia. Bakteerit värjättiin kaniinin anti-Helicobacter
vasta-aine. Kuvat otettiin fluoresenssimikroskopialla.
CDNA profiilia helikobakteeri
alttiina AGS soluja verrattiin ei-tartunnan saaneiden ohjaus solujen kuusi erillistä ajankohtina 24 tunnin sisällä. 7498 siru antureista vastaa 6237 ihmisen geenejä osoitti ero ilmentymistä infektoiduissa soluissa verrattuna ohjata solujen peräti 1 ajanhetkellä (p
< 0 05) (Additional tiedosto 1: Taulukko S1). Määrä merkittävästi differentiaalisesti ilmentyvien geenien kussakin aikapisteessä verrattuna ei-tartunnan AGS-soluja, ja miten ne menevät päällekkäin eri ajankohtina on kuvattu taulukossa 1 ja kuviossa 2.Table 1 määrä eri tavoin säädeltyjen geenien
Time

0.5

1

3

6

12

24

Sääteli
0
2
91
123
1679
2997
alassäädetty
0
1
26
65
2034
2492
Yhteensä
0
3
117
188
3713
5489
määrä merkittävästi erilaisesti geenien (p
<0,05) kussakin näytteenoton ajankohtina ajan jälkeen koinkubaation H. pylori
in AGS soluissa
Kuvio 2 Venn kaavioita merkittävästi säännelty geenejä. Venn kaaviot differentiaalisesti ilmentyvien geenien H. pylori
infektoiduista AGS solujen kontrollisoluihin verrattuna (p
< 0,05). Risteävän ympyrät osoittavat päällekkäin geenien ilmoitettuina ajankohtina. AGS = ei-tartunnan saaneet kontrolli AGS soluja.
Ei ollut merkittävästi ilmentyvien geenien 0,5 h, maltillinen lisääntyminen geenien 1-6 h, ja 20-kertainen lisäys 6-24 tuntia. Alkaen yksi näytteenottopaikka seuraavaan, useimmat geenit ovat päällekkäisiä, mutta huomattava määrä ainutlaatuisia geenejä myös säädellään eri tavalla kunakin ajankohtana (kuvio 2). Noin 47% kokonaismäärästä merkittävästi ilmaistuna geenejä säädellään ylöspäin, ja 53% osoittivat alassäätöä verrattuna kontrolliin. Niistä yli 6000 merkittävästi ilmentyvien geenien, IL-8
oli kaikkein ilmentyvät eri geenistä (kuvio 3). Kuva 3 Hiarchical ryhmittely merkittävimmin säädellään eri tavalla geenejä. Hiarchical klusterointi merkittävästi erilaisesti geenien (log2FC > 1,5, p
< 0,05). Nuoli osoittaa IL-8
.
Luettelo kaikista merkittävistä geenien analysoitiin liittyvien Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomit (Kegg) signaali väylät Pathway Express kunakin ajankohtana. Vaikutti merkittävästi reittejä sitä vastaavan Impact Factor (IF) on esitetty taulukossa 2. Early vastesignaalin polkuja, jotka vaikuttavat olennaisesti sisältyi epiteelisolujen signaloinnin helikobakteeri
infektio koulutusjakson, sytokiini-sytokiinireseptorin vuorovaikutus, Toll-kaltainen reseptori ( TLR) signalointireittejä sekä monia syöpään liittyvien reittien ja immunologisten reittien. At 1 h, IL-8
oli mukana useimmissa vaikuttaa signaalien kulkureiteillä. 3 ja 6 h, useimmat korkein reittejä oli useita geenejä yhteisiä, kuten NFKB1, NFKB2, NFKBIA, NFKBIE, BIRC2, BIRC3, JUND, CCND1
ja AKT3
. Fosfatidyyli merkinantojärjestelmä osoitetaan korkea IF 6 tuntia, koska merkitystä yhden geenin, PIK3C2B
, joka säätyy alas log 2fc of -0,58 ja sillä on keskeinen rooli tämän reitin. Klo 12 h, vaikutti eniten solureiteillä olivat valkosolujen migraatiota, soluadheesiomolekyylit, DNA: n kahdentuminen koulutusjakson, p53 signalointireitille sekä useita syöpään liittyvien reittejä. Suhteellisen samanlaiset tulokset nähdään 24 h, mutta jotkut syöpään liittyvien reitit ovat edustettuina alempana luettelossa (tietoja ei ole esitetty, vain top 10 taulukossa 2) .table 2 Aika kurssin: Kegg solureiteillä ja geeni ontologian
Aika
Kegg solun reitin nimi
IF
nousevat geenien

GO alas geenien
0,5
Mitään merkittäviä geenejä
Mitään merkittäviä geenejä
Mitään merkittäviä geenejä
1
epiteelisolujen signalointi helikobakteeri-infektion
16,6
Ei merkittävää GO
Mitään merkittäviä geenejä
sytokiini-sytokiini- reseptorin vuorovaikutus
8,1
Virtsarakon syöpä
7,5
Toll-like-reseptori-signalointireitin
6,6
Base leikkaaminen korjaus
6,0
Ensisijainen immuunipuutos
5,9
Pathways syövän
5.4
3
epiteelisolujen signalointi helikobakteeri-infektion
17.8
antiapoptoosi
Ei merkittävää GO
Pathways syövän
16,9
asetuksen retrovirusgenomin
pienisoluinen keuhkosyöpä
14,2
replikaation
MAPK-signalointireitin
14,2
T -helper 1 solujen erilaistumista
Apoptosis
12,5
negatiivisen säätelyn LPS-välitteisen signalointireitin
Adipocytokine signalointireitin
12,3
negatiivisen säätelyn sileiden lihassolujen muuttoliike
Eturauhassyöpä
11.4
sääntely MAP-kinaasiaktiivisuuden kemotaksista
Toll-like-reseptori-signalointireitin
11,1
aminohapon defosforyloinnilla
T-solureseptorin signalointireitin
10,5
neutrofiiliaktivaatiota
B-solureseptorin signalointireitin
9,9
kulkeutuminen vuorokausirytmin kellon
6
Fosfatidyyli opastinjärjestelmästä
32,2
antiapoptoosi
Mitään merkittäviä GO
epiteelisolujen signalointi Helicobacter pylori-infektion
15,5
sääntely retrovirusgenomin
Pieni keuhkosyöpä
14,2
replikointi
Pathways syövän
12.4
T-auttaja 1 solujen erilaistumista
Apoptosis
11,6
neutrofiiliaktivaatiota
Adipocytokine signalointireitin
10.1
negatiivisen säätelyn I-kappaB
Toll-like-reseptori-signalointireitin
8,9
kinaasi /NF -kB cascade
MAPK -signalointireitistä
8,7
induktio positiivista kemotaksista
Virtsarakon syöpä
8,5
myelooisen dendriittisolujen erilaistumista
B-solun reseptoriin signalointireitin
8,3
12
Leukosyyttien migraatiota
309,7
solukierron pysähtymisen
vastauksena laskostumattoman proteiinin
Soluadheesiomolekyylit (CAM) B 75,4
aminohappovälityssysteemin
S-adenosylmethionine biosynteettinen prosessi
DNA: n kahdentuminen
25,0
positiivinen säätely transkription
Cell cycle
20,0
reaktiota stressiin
Pathways syövän
19,4
sääntely MAP-kinaasin aktiivisuus
p53 signalointireitin
17,0
antigeeni käsittely ja esittely
15,7
MAPK-signalointireitin
13,2
pienisoluinen keuhkosyöpä
12,2
vuorokausirytmin
11.9
24
Leukosyyttien migraatiota
80,3
keratinosyyttien erilaistumista
kolesterolin biosynteesireitin prosessi
Cell cycle
24,4
aminohappovälityssysteemin
vastauksena taittamaton proteiinia
p53 signalointireitille
20,9
keratinization
isoprenoid biosynteettisissä prosessi
vuorokausirytmin
18,6
angiogeneesiä
kreatiini biosynteettisissä prosessi
DNA: n kahdentuminen
18,0
apoptoosin
vastaus oksidatiivisen stressin
vyöliitos
16.1
reaktiota stressiin
Pathways syövän
14,9
solukierron pysähtymisen
nukleotidi- Leikkauskorjauksessa
14,3
pyrimidiininukleotidin metabolisen
Ubiquitin välittämän proteolyysin
14,2
prosessi
Fosfatidyyli opastinjärjestelmästä
13,7
induktio positiivista kemotaksista
vaikutti merkittävästi Kegg solureiteillä ja rikastettu Gene ontologia ehdot ( biologisia prosesseja vain) (p
< 0.05) eri ajankohtina seuraavien yhdessä viljelemisen helikobakteeri
ja AGS soluja. Top 10 polkuja /ontologiat sisällytettävä, jos määrä ylittää 10. IF = vaikuttavuuskerroin
Koska GO analyysi yksinkertaisesti liittää ilmentyvät eri geenien kanssa ontologiat, ei ole yritetty ranking todellinen biologista merkitystä yksittäisten geenien tai ontologioita. Siksi olemme mukana vain geenejä, joiden log 2fc > 1.5 GO analyysiin, pois lukien vähemmän merkittävästi ilmaisi geenejä, jotka todennäköisesti johtaa virheellisiin GO sijoitusta. Vain ehdot luokiteltu biologisia prosesseja ovat mukana (taulukko 2), koska nämä olivat Tutkimuksen kohteena. Ei GO termejä rikastettu 0,5 tai 1 tunnin ajankohtina. Niistä up geenien 3-6 h, useimmin liittyvien alkuperätakuiden olivat anti-apoptoosin, ja useat tulehdus- ja antimikrobisten prosesseja, kuten sääntely retrovirusgenomin lisääntymään, T-auttaja 1 solujen erilaistumista, kemotaksista neutrofiiliaktivaatiota ja immuunijärjestelmän aktivointi. Klo 12-24 h, ylös geenien rikastettu ontologiat kuten solukierron pysähtymisen, apoptoosin, stressin vastaus, aminohappo liikenne, angiogeneesi ja keratinization, kun taas tietyt biosynteettinen prosessit kuuluvat alassäädetty ehdot.
Hierarkinen ryhmittely 245 geenit, joiden log 2fc > 1.5 muodostivat 5 erillistä klustereita (A-E), etäisyydellä kynnyksellä 0,54, (kuva 3). Kukin klusteri tutkittiin GO ja solun signaalireitin yhdistysten (taulukko 3). GO analyysi merkitsevästi ehdoin kaikille klustereiden (p
< 0,05). Taulukossa 3 esitetään top 10 vaikutti merkittävästi solusignalointi väyliä kunkin klusterin, luokiteltu IF. Cluster A sisälsi 9 geenejä, ja osoitti tasainen tasolle 6-12 h ennen jolloin vähennys. Kolme geeniä olivat mukana antiapoptooppinen prosesseja ja kaksi geeniä olivat mukana MAPK signalointi. Vain 3 geenit siirrettiin klusterin B, jossa oli nopea ja tehokas ilmentymisen lisääntyminen ensimmäisten 3 h, jonka jälkeen lasku. Niistä 3 geenien klusterin, IL-8
ja CXCL2
näytti sanella monien akuuttien tulehduksellisten prosessien kuten kemotaksista, immuunivastetta ja neutrofiilien activation.Table 3 Cluster profilointiin: Kegg solureiteillä ja Gene ontologia
Ajallinen profiilin yli 24 tunnin
Cellular Pathway
Impact Factor
GO määrä

GO nimi
MAPK -signalointireitistä
7,3
GO: 0006916
antiapoptoosi
apoptosis
7.1
GO: 0045063
T- auttaja 1 solujen erilaistumista
GO: 0031665
negatiivinen sääntely LPS-välitteisen signalointireitin
GO: 0014912
negatiivisen säätelyn sileiden lihassolujen maahanmuutto
GO: 0043405
sääntely MAP-kinaasin aktiviteetti
epiteelisolujen signalointi helikobakteeri
infektio
12.4
GO: 0006935
kemotaksista
sytokiini-sytokiini- reseptorin vuorovaikutus
10.2
GO: 0006954
tulehdusreaktio
Virtsarakon syöpä
6,8
GO: 0006955
immuunivastetta
Toll-like-reseptori-signalointireitin
5,9
GO: 0045091
sääntely retroviruksen genomin replikaatio
Pathways syövän
4.8
GO: 0042119
neutrofiiliaktivaatiota
GO: 0050930
induktio positiivisten kemotaksista
GO: 0030593
neutrofiilikemotaksista
GO: 0030155
sääntely soluadheesion
GO: 0019722
kalsium-välitteisen signaloinnin
vuorokausirytmin
20,0
GO: 0006915
apoptoosin
MAPK signalointi polku
10.7
GO: 0006950
vastaus korostaa
mTOR signalointireitin
7,5
GO: 0007050
solukierron pysähtymisen
tiiviin liitoksen
7,0
GO: 0030216
keratinosyyttien erilaistumista
Jak-STAT signalointireitin
6.7
GO: 0006865
aminohappovälityssysteemin
sytokiini-sytokiini- reseptorin vuorovaikutus
6,5
GO: 0031424
keratinization
asetukseen autophagy
6.4
GO: 0008652
aminohapon bio- prosessi
p53 signalointireitille
5.6
GO: 0006220
pyrimidiininukleotidin metabolisen prosessi
asetus aktiinisytoskeletonin
5.2
TGF-beeta signalointireitistä
5,2
Natural killer soluvälitteistä sytotoksisuutta
4,7
melanogeneesiprosessin
8,3
GO: 0030146
diureesi
GnRH signalointireitin
7.6
GO: 0030147
natriureesin
ErB signalointireitin
6.7
GO: 0048661
positiivinen säätely sileä lihassolujen lisääntymistä
Pathways syövän
6.4
GO: 0002268
follikulaarisen dendriittisolujen erilaistumisen
epiteelisolujen signalointi helikobakteeri
infektio
5.7
GO: 0031583
aktivointi fosfolipaasi D aktiivisuuden G-proteiiniin kytkeytynyt reseptori proteiinia signalointi
GO: 0014826
vein sileän lihaksen supistumisen
GO: 0002467
germinaalikeskuksen muodostumista
GO: 0030578
PML runko organisaatio
GO: 0030195
negatiivinen sääntely veren hyytymisen
GO: 0043507
positiivinen säätely kesäkuu kinaasiaktiivisuuden
antigeeni käsittely ja esittely
13,7
GO : 0006695
kolesteroli biosynteesireitin prosessi
MAPK -signalointireitistä
9.7
GO: 0006986
vastaus laskostumattoman proteiinin
Virtsarakon syöpä
6.2
GO: 0006916
anti -apoptosis
Pathways syövän
6.1
GO: 0006139
nukleotidiemäkseen, -puolelle, -tide ja nukleiinihappo aineenvaihduntaa
asetukseen aktiinisytoskeletonin
6.1
GO: 0008299
isoprenoid biosynteettinen prosessi
GO: 0006601
kreatiinia biosynteettisissä prosessi
GO: 0009416
vastaus valo ärsyke
GO: 0043154
negatiivisen säätelyn kaspaasiaktiivisuus
GO: 0007566
alkion istutusta
ajallinen profiilit 5 pääryhmään tunnistaa hiarchical ryhmittely 245 eniten ilmentyvät eri geenit (p
< 0,05) ja liittyvän geenin ontologiat (biologiset prosessit vain) ja Kegg solusignalointi reittejä kussakin klusteri helikobakteeri
alttiina AGS soluja. Datapisteet ovat 0,5, 1, 3, 6, 12 ja 24 h koinkubaation. Virhe pylväät edustavat ± keskihajonta ilmaisun klusterin sisällä. Top 10 ontologiat lueteltu Tässä luku on yli 10
Cluster C käsitti suurin klusteri, ja se sisälsi 150 geenit, jotka eivät näytä mitään muutosta vasta 6-12 h. GO termejä apoptoosin, solusyklin pysähtymiseen ja stressin vastaus geenejä merkittävästi rikastettu, ja monet näistä geeneistä kuten kesäkuu, GADD45A, DDIT3, MKNK2, DUSP1, RPS6KA5, FLNC
, ja RASGRP
olivat myös mukana MAPK signalointia. Lisäksi CSF2RA
, IL24
, IL20R
ja onkogeeni PIM1
osallistui Jak-STAT signalointi ja sytokiinien-sytokiinisignaloinnin.
Cluster D osoittivat maltillista korkeimmillaan 12 tuntia, mutta supistuu kohti 24 tuntia. 13-geenit siirrettiin tämän ryhmän, mukaan lukien EDN1
, yksi isoformien voimakas verisuonia supistava endoteliini, joka on rikastettu lähes kaikki luetellut alkuperätakuiden. NFKB2
, toinen kahdesta NF-KB alayksikköä HBEGF
ja ETS1
sisältyivät myös tässä ryhmässä.
Cluster E osoitti 71 geeniä, jotka osoittivat alassäätöä kuluttua 6-12 h ja mukana FGFR3
ja useat lämpöshokkiproteiiniin geenejä, jotka olivat mukana MAPK signalointireitin ja apoptoosin eston. Myös useat GO biosynteettinen prosesseja rikastettiin.
Vahvista microarray tuloksia, päätimme tarkistaa IL-8
, koska tämä oli yksi kaikkein differentiaalisesti säänneltyjen geenin tutkimuksessa. mRNA: n ja proteiinin otettiin näytteitä samalla pistettä ja tutkittiin RT-PCR ja ELISA: lla (kuviot 4 ja 5). Lisääntyi IL-8
mRNA havaittavissa kuluttua 1 h ja korkeimmillaan se oli noin 3 tuntia. IL-8-
mRNA vaste laski sitten kohti 6 ja 12 h. 24 h oli toinen nousu, kuitenkin huomionarvoista varianssi kahden kokeita. 0,5 ja 1 h yhdessä viljelemisen, IL-8-proteiinin tasot olivat alhaiset, ja ei osoittanut mitään muutosta. Välillä 3 ja 6 h yhteistyön kulttuuri, oli merkittävä IL-8 lisäys, joka osoitti kasva enää 6 h. Kuva 4 aika-kurssi IL-8-mRNA ilmentyminen AGS soluissa viljeltiin yhdessä helikobakteeri. Kvantitatiivinen PCR-analyysi IL-8
ilmentyminen H. pylori
infektoiduista AGS soluja kuudessa eri näytteenottopaikoilla yli 24 tuntia. Tietopisteet ovat arvoja kolme soluviljelmässä replikoituu kahdesta itsenäisestä kokeesta, A ja B. viivat edustavat laskettu keskiarvo kussakin kokeessa.
Kuva 5 aika-aikana IL-8-proteiinin ilmentymisen AGS soluja viljeltiin yh- H. pylori. ELISA-analyysi IL-8-proteiinin ilmentymistä helikobakteeri
infektoiduista AGS soluja kuudessa eri näytteenottopaikoilla yli 24 tuntia. Datapisteet arvoja kolme soluviljelmässä rinnakkaisten kahdesta itsenäisestä kokeesta, A ja B. viivat esittävät laskettuja keskiarvo kussakin kokeessa.
Lopuksi halusimme varmistaa, että valittu MOI oli vakaa suhteen AGS geeniä ilmaisu. Käytimme IL-8
vasteen indikaattorina geenin ilmentymisen, ja AGS solut ko-inkuboitiin H. pylori
3 h ajan eri MOI kahdessa erillisessä kokeessa (kuvio 6). Oli vaatimaton IL-8
vastetta MOI 15: 1 ja 150: 1, jossa merkittävä nousu MOI 300: 1. Oli sitten vähäistä muutoksia IL-8
ilmentyminen yli 300: 1, mikä viittasi siihen, että alkuperäinen ymppiä 300: 1 oli riittävä saamaan aikaan biologisen vasteen ylikuormittamatta soluviljelmässä. Kuvio 6 Annos-vaste-IL-8-mRNA: n ekspression AGS soluja viljeltiin yhdessä H. pylori. Kvantitatiivinen PCR-analyysi IL-8
ilmentyminen H. pylori
infektoiduista AGS soluja, co-inkuboitiin 3 tuntia. Tietopisteet ovat arvoja kolme soluviljelmässä replikoituu kahdesta itsenäisestä kokeesta, A ja B. viivat edustavat laskettu keskiarvo kussakin kokeessa.
Keskustelu
Osoitamme tässä tutkimuksessa, on merkittävä, välitön vastaus AGS-solujen että altistuminen helikobakteeri
rasitusta saadaan kliinisessä ympäristössä. Yli 6000 ihmisen geeneistä osoitti tilastollisesti merkitsevä ero asetuksen ensimmäisten 24 tunnin koinkubaation.
H. pylori
infektio on yhdistetty sekä stimulaation ja eston apoptoosin. Jotkut soluviljelmäkokeita osoittaa ylössäätöä liittyvien geenien apoptoosin [7, 8], kun taas jotkut vivo tutkimukset osoittavat lisääntymistä ja apoptoosin esto [9, 10]. VacA toksiini on osoitettu aiheuttavan apoptoosia useissa tutkimuksissa [30-33], kun taas rooli CagA on ristiriitaisia. CagA on liitetty sekä stimulaation ja eston apoptoosin [11, 12, 34]. Sapen solut altistetaan CagA
+
H. pylori
hyvin alhaisella ymppi (MOI 1: 1) havaittu olevan solun kasvun, kun taas MOI 200: 1, apoptoosi stimuloitiin [35 ]. CagA voi jopa suoraan antagonisoida proapoptoottinen vaikutus VacA, kuten nähdään AGS soluissa [31]. Apoptoosi tapahtuu sen jälkeen, kun useita solun tapahtumia, jotka johtavat kaspaasi-3, joka on ajateltu muodostavat perus efektori apoptoosin. Esillä olevassa tutkimuksessa, sekä estävä ja stimuloivia geenit osoittivat merkittäviä differentiaalikaavojen, osoittaa monimutkaisuus vaikutuksesta helikobakteerin
apoptoosiin: kaspaasi-inhibiittorit HSPA5
ja DHCR24
osoitti vastaavia myöhään alassäätöä lämpönä sokki geenit HSPA1B, HSPB1
, joka liittyy myös apoptoosia stimulaation (cluster E, taulukko 3). Toisaalta, TNFAIP3, BIRC2, BIRC3
ja SERPINB2
, liittyy myös apoptoosin esto, osoittivat varhain ja jatkuvasti ylössäätöä ryhmitelty klusterin A. kuitenkin positiivinen sääntelyviranomaisten apoptoosin PTPRH, TNFRSF12A, IL24, GADD45A, TRIB3, DDIT4, PHLDA4, PP1R15A
ja SQSTM1
olivat kaikki säädellään ylöspäin samansuuntainen kuluttua 6-12 h (cluster C). MCL1
, antiapoptoottisena geeni ilmaistu vastauksena CagA injektio [11], osoittivat yhä ylössäätö aikana tutkimuksen. Ei tapahtunut merkittäviä muutoksia BCL-2
ja hyvin vähän kasvua BAX
ilmaisun Tutkimuksessamme kaksi tärkeää geenejä, jotka määräävät solujen herkkyys muille apoptoottinen ärsykkeille [36-39]. Huomionarvoista on leimasi säätely ylöspäin TP53BP2
tärkeä tuumorisuppressorigeeniä (APT) ihmisen syövässä, lähinnä stimuloiva p53 edistäminen apoptoosin geenejä. Toisaalta, TP53BP2
on koodaus ASPP2 proteiinia, joka on myös osoitettu stimuloivan apoptoosia riippumatta p53: n [40-42]. Kuitenkin Buti et ai. osoittivat äskettäin, että CagA ruiskutetaan mahan epiteelisoluihin suunnattu ASPP2 proteiinia estävän p53-välitteisen apoptoosin [12]. Lisääntynyt TP53BP2
ilmentyminen näkyy myös tutkimuksessa, voi näin ollen voimistavat tätä vaikutusta lisäämällä CagA-ASPP2 vuorovaikutus aiheuttaa lisääntynyt inhibition p53-välitteisen apoptoosin. Itse asiassa nykyinen tutkimus osoitti, että p53 kohdegeenien mukana apoptoosin [43], kuten FAS
, DR4
, TNFRSF10B
(kutsutaan myös DR5 /Killer
), DCR1
, DcR2
, P53AIP1
, CASP6
, APAF1
ja BNIP3L
eivät osoittaneet mitään merkittävää kasvua, ja BNIP3L
, CASP6
ja APAF1
, BID
ja BAX
osoitti vain vähän lisäystä. p53 kohdegeenien säätelemällä ei-apoptoottisten solujen prosesseihin, mukaan lukien MDM2
, GADD45A
, CDKN1A
(tunnetaan myös nimellä P21 WAF1 /CIP1
), EGFR
, CCND1
, CCNG2
ja TGFa
osoittivat kohtalaisesta merkitään sääntelyä. Tämä ero geenien ilmentyminen kartoitettujen p53 kohdegeenien tässä tutkimuksessa, voi osoittaa selektiivinen inhibitio p53-välitteisen apoptoosin kohonneiden CagA-ASPP2 vuorovaikutus, sopusoinnussa Buti havainnoista.
Kuitenkin tässä tutkimuksessa ei ollut tarkoitus arvioida, kokonaissumma estävä ja stimuloivia signaaleja helpottanut apoptoosin tai leviämisen epiteelisolujen. Nykyinen Tulokset kuvaavat monimutkaisuutta apoptoosin sääntelyn epiteelisolujen vastauksena Helikobakteeri
altistuminen, ja klusterin analyysi viittaa siihen, että on olemassa jonkin verran biologinen koordinointi geenien ilmentymisen apoptoosin säätelyyn. Tämä saattaa selittää joitakin monimutkaisia ​​karsinogeenisia mekanismi helikobakteeri
mahalaukun adenokarsinoomaa. On vahvan yhteyden Helikobakteeri
infecton, erityisesti Caga
+ genotyyppi [44], ja mahalaukun adenokarsinooman [45, 46], ja myös muut syövät on ehdotettu satamaan rooli helikobakteeri
[47, 48]. 0,05.

• Vaikutus ottamista diagnoosin mahalaukun tyhjenemiseen kriittisesti sairaiden potilaiden
• Vaikutus neoadjuvanttikemoterapian kanssa PELF-protokollaa versus leikkaus yksin edenneen mahakarsinooman