Viso genomo asociacijos tyrimas atskleidžia galimus divertikulinės ligos genus

Daugiau nei pusė suaugusiųjų Vakarų pusrutulyje, vyresni nei 40 metų, žarnyne turi mažus išsipūtusius maišelius, vadinamus divertikuliais. Atsiranda dėl išorinio žarnyno gleivinės susilpnėjimo, šie maišeliai paprastai yra nekenksmingi.

Tačiau kai kuriems, šie maišeliai gali skausmingai uždegti ar užsikrėsti, kuriems reikia gydymo antibiotikais, arba rimtais atvejais, storosios žarnos pašalinimo operacija. Dabar, niekas nežino, kas sukelia divertikuliozę (tų maišelių susidarymą) ar divertikulitą (maišelių uždegimą).

Lillias Maguire, M. D., storosios žarnos chirurgas Mičigano medicinoje, nebuvo patenkintas tipiniais bendros uždegiminės ligos paaiškinimais, kuris sukelia daugiau nei 200, 000 hospitalizacijų JAV kasmet.

„Vyravo įtarimas, kad tai sukelia dieta, „Manoma, kad divertikulitas gali būti susijęs su mažu skaidulų kiekiu, - sako Maguire. kadangi žmonės, vartojantys tipišką vakarietišką dietą, yra gana užkietėję.

"Tačiau, kai atidžiau pažvelgsite, atrodo, kad šis paaiškinimas neišnyksta “.

Tyrimai parodė, kad divertikulitas yra paveldimas, sako Maguire, su identiškais dvyniais, kurių tikimybė susirgti šia liga yra panašesnė nei brolių dvynių. Tai rodo galimą genetinį komponentą.

Norėdami sužinoti daugiau, ji kreipėsi į Elizabeth Speliotes, M. D., Daktaras, gastroenterologijos docentas, Vidaus medicina, ir skaičiavimo medicina bei bioinformatika, kuri buvo labai susijusi su daugelio skirtingų ligų būsenų genetiniais tyrimais.

„Speliotes“ patarė Maguire'ui per viso genomo asociacijos tyrimą, siekdama ieškoti genų, kurie yra šios būklės pagrindas. Tyrimas paskelbtas žurnale Gamtos genetika .

Didelio masto analizė

Genomo masto asociacijos tyrimai, arba GWAS, yra palyginti nauja ir galinga priemonė, leidžianti pažvelgti į sudėtingų sąlygų, turinčių tiek genetinį, tiek aplinkos komponentą, genetiką ir nėra tiesiogiai perduodama iš tėvų vaikui.

Šie tyrimai priklauso nuo didelių genomų kolekcijų prieinamumo - ir didesnių, geresnis.

„Nėra jokio būdo padaryti tikrą GWAS 1 grupėje, 000 ar net 5, 000 žmonių vien todėl, kad genomas yra toks didelis, “ - sako Maguire.

Laimei, tokia kolekcija yra JK Biobank, kurioje yra daugiau nei 500 genetinės ir medicininės informacijos, 000 žmonių nuo 40 iki 69 metų. Tai precedento neturintis šaltinis, į kurį kreipiasi viso pasaulio mokslininkai, bandydami atskleisti įprastų ligų, tokių kaip širdies ligos, genetiką, vėžys ir demencija.

Šiuo atveju, duomenys turėjo potencialo. „Per medicininius įrašus, žinome, kad apie 28 m. 000 žmonių Jungtinės Karalystės Biobanke buvo paguldyti dėl divertikulito, "Maguire sako. Padedama" Speliotes "laboratorijos, ji palygino tuos žmones su maždaug 31 grupe, 000 žmonių iš Mičigano genomikos iniciatyvos UM.

Tikslas:rasti bendrų genetinių variantų, kurie galėtų nustatyti galimus ligos genus. „GWAS, mes ieškome genų variantų, būdingų tik asmenims, kurie yra susiję su genais, "Maguire sako." Jie nebūtinai tiksliai nustato genetines mutacijas, bet nurodo mus į genomo regioną, kuriame yra keli genai. "

Užmegzti naujus ryšius

Naudojant JK Biobank pavyzdį, tyrėjai nustatė 42 vietas, kurios buvo susietos su 99 dominančiais genais. Jie pripažįsta daugybę žmonių, padėjusių nustatyti tiek daug vietų.

"Tada mes atliekame didžiulį statistinį testą, kad pamatytume, kurie variantai yra stipriai susiję su divertikulitu, “ - sako Maguire.

Bet tai nereiškia, kad visi 42 būtinai yra reikšmingi. Vien tik mėginio dydis reiškia, kad kai kurie lokusai yra tik triukšmas, priduria ji.

Kai jie palygino 42 lokusus iš JK Biobanko su Mičigano genomikos iniciatyvos pavyzdžiu, aštuoni išėjo įprasti tarp dviejų grupių.

"Kai matome lokusų replikaciją populiacijose, tai leidžia mums jaustis labiau užtikrintai, kad egzistuoja stipri koreliacija, “ - sako Maguire.

Kas įdomu, vis dėlto, yra susiję su jų identifikuotais genais.

Atsižvelgiant į divertikulitą, „matomi genai atrodė prasmingi, "sako Maguire." Mes nustatėme jungiamojo audinio ląstelių genus, mūsų žinomi keliai yra susiję su kitais jungiamaisiais audiniais, išvarža, ir kitos ligos, tokios kaip aneurizminės kraujagyslių ligos, kurios taip pat yra susijusios su jungiamuoju audiniu. Mes tai matome ir pradedame galvoti, 'GERAI, mes pasiekiame kažką gero “.

Išvados praneša apie ateitį

Analizė suteikia naujų ir naudingų įžvalgų apie divertikulitą. Trisdešimt devyni Maguire'o rasti lokusai niekada nebuvo identifikuoti.

Maguire mano, kad jie gali tapti atspirties tašku pagaliau paaiškinti šios ligos kilmę.

„Galbūt ištyrę kai kuriuos mūsų tikslus, galėtume atsakyti, kodėl atsiranda ši liga, ir sukurti vaistą ar terapiją, kuri veiktų daug geriau nei tik ištraukti gaubtinės žarnos gabalėlį ar kartoti žmonėms kartotinius antibiotikų kursus, " ji sako.

Nė vienas iš šių atradimų, tyrėjai žino, būtų įmanoma be biobankų.

„Žmonės, kurie turėjo supratimą pradėti ir dalyvauti Mičigano genomikos iniciatyvoje, suteikė ir augina šį nuostabų šaltinį, kuris leis mums atlikti daug daugiau tyrimų, kad iš tikrųjų suprastume, kas vyksta su žmonėmis - ne tik sergant divertikulitu, bet ir su kitomis ligomis, ji sako. - Tai tik pradžia.

• Gydytojas, sergantis Guillain Barré sindromu, grįžta į įprastą gyvenimą
• Genetinė žarnyno mikrobiomos signalų perdavimo sistema