I punteggi di rischio poligenico da dati multi-popolazione potrebbero migliorare le previsioni IBD

Utilizzando i dati genetici di quasi 30, 000 persone, I ricercatori del Monte Sinai hanno costruito punteggi di rischio da una combinazione di set di dati che rappresentano popolazioni ancestrali distinte che migliorano la previsione del rischio di malattie infiammatorie intestinali (IBD), tra cui il morbo di Crohn e la colite ulcerosa. Lo studio è stato pubblicato su Gastroenterologia il 24 dicembre.

I ricercatori hanno scoperto che i punteggi di rischio poligenico, costruito utilizzando i dati di associazione di più popolazioni nella biobanca multietnica BioMe del Monte Sinai, previsioni IBD massimizzate per ogni popolazione nella biobanca. BioMe è uno sforzo a livello di sistema sul Monte Sinai che sta rivoluzionando la diagnosi e la classificazione delle malattie in base al profilo molecolare del paziente.

Lo studio ha mostrato che i punteggi di rischio calcolati dall'integrazione dei dati hanno migliorato significativamente le previsioni tra gli individui con ebreo ashkenazita, e ascendenza ispanica in BioMe, così come individui europei nella biobanca britannica, che contiene dati biologici e medici su mezzo milione di persone di età compresa tra 40 e 69 anni che vivono nel Regno Unito. Il potere predittivo era inferiore per i pazienti di origine africana, probabilmente a causa di set di dati di riferimento sostanzialmente più piccoli e di una diversità genetica sostanzialmente maggiore all'interno delle popolazioni di origine africana.

La capacità di prevedere con precisione il rischio di malattie genetiche negli individui di tutte le origini è una strada fondamentale che può influenzare positivamente gli esiti dei pazienti, poiché vengono presi in considerazione e sviluppati interventi precoci e persino misure preventive. Questi risultati supportano la necessità di una maggiore diversità genetica, compresi più dati sulle popolazioni afroamericane, per migliorare le previsioni sul rischio di malattia e ridurre le disparità sanitarie per tutte le popolazioni".

Judy H. Cho, dottore, Autore Senior di Atudy, Decano della genetica traslazionale e direttore del Charles Bronfman Institute for Personalized Medicine, Scuola di Medicina Icahn, Monte Sinai

Questi punteggi di rischio poligenico, che rappresentano una stima del rischio complessivo basata sulla somma dei molti, per lo più comune, varianti genetiche--sono state calcolate utilizzando i dati di associazione IBD da coorti con europei, Afroamericano, e origini ebraiche ashkenazite.

Inoltre, i ricercatori hanno valutato varianti rare nei geni associati a IBD ad esordio molto precoce all'interno di ciascuna popolazione e hanno scoperto che i portatori afroamericani di varianti LRBA non comuni mostravano una ridotta espressione di entrambe le proteine ​​LRBA e CTLA-4. Il deficit di LRBA aumenta la suscettibilità alle IBD e determina una minore espressione di CTLA-4, che può essere invertito con il farmaco antimalarico comunemente prescritto clorochina. Gli studi futuri del Laboratorio Cho si concentreranno sulla previsione di quali sottogruppi di pazienti potrebbero trarre vantaggio dal prendere di mira questo percorso.

"Poiché l'espressione ridotta di LRBA e CTLA-4 può portare a IBD, è incoraggiante che la clorochina sia in grado di recuperare parzialmente l'espressione, " dice il primo autore dello studio Kyle Gettler, dottorato di ricerca, borsista post-dottorato presso il Dipartimento di Genetica e Scienze Genomiche presso la Icahn School of Medicine del Monte Sinai.

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