Lehti, jossa tutkimus julkaistiin: Syövän löytö , American Association for Cancer Research -lehti
Tekijät:Yhteis-vanhemmat kirjailijat Andrea Sottoriva, PhD, MSc, Chris Rokos, evoluution ja syövän tutkija ja The Institute of Cancer Research -ryhmän johtaja, Lontoo ja Nicola Valeri, MD, PhD, Ruoansulatuskanavan syövän biologian ja genomiikan ryhmän johtaja syöpätutkimuslaitoksessa, Lontoo, ja konsultti lääketieteellinen onkologi Royal Marsden NHS Foundation Trustissa
Taustaa:"Yhdistämällä soluvapaan DNA:n usein pitkittäinen näytteenotto kasvaimen kehityksen matemaattiseen mallintamiseen, pystyimme tekemään tilastollisia ennusteita potilaista, joilla oli etenemisriski, "sanoi Sottoriva." Voimme myös määrittää, milloin syöpä tulee takaisin, potilaskohtaisesti. Tämä on ensimmäinen kerta, kun tällaista kvantitatiivista ennustamista on käytetty menestyksekkäästi syöpään. "
Vaikka lääkärit käyttävät usein kasvaimen biopsioita syövän genotyypin määrittämiseen, monilla kasvaimilla on kasvainten sisäinen heterogeenisyys, joka voi johtaa hoidon vastustuskykyyn; siksi, useita biopsioita ajassa ja avaruudessa tarvitaan ymmärtämään paremmin, miten kasvaimet kehittyvät vastustamaan hoitoa, selitti Valeri.
Nestemäiset biopsiat eivät ole invasiivisia, mahdollistaa kiertävän kasvaimen DNA:n keräämisen monissa ajankohtissa ilman lisäriskiä potilaalle. Lisäksi, kiertävän kasvain -DNA:n analyysi voi tallentaa kasvaimen sisäisen heterogeenisuuden paremmin kuin pieni pala kasvainta, sanoi Valeri.
Vaikka monet tutkimukset ovat keskittyneet soluttoman DNA:n (cfDNA) kliiniseen hyödyllisyyteen sairauksien seurannassa, nestemäisten biopsioiden käyttöä ennustavana välineenä sairauden etenemiseen kuluvan ajan arvioinnissa ei ole tutkittu perusteellisesti, Sottoriva totesi.
Tutkimuksen suorittaminen ja tulokset:Tutkijat analysoivat PROSPECT-C-tutkimuksen tuloksia, joissa arvioitiin sekä vasteen että vastustuskyvyn biomarkkereita EGFR-hoitoja vastaan potilailla, joilla oli villityypin RAS-metastaattinen kolorektaalisyöpä. Tuumoribiopsiat otettiin potilailta ennalta määrätyllä ajankohtalla ennen hoitoa (lähtötilanne) ja hoidon jälkeen (taudin eteneminen), ja joissakin osittain. Lisäksi, potilaat toimittivat plasmanäytteitä joka neljäs viikko taudin etenemiseen saakka.
Vaikka tavallinen kasvaimen genotyypitys luokitteli potilaat, joilla oli metastaattinen paksusuolen syöpä ja villityypin RAS, lähtötilanteen cfDNA:n analyysi paljasti, että monilla näiden potilaiden kasvaimista oli poikkeavuuksia RAS -proteiineissa, joka voi selittää, miksi ne olivat resistenttejä setuksimabille, EGFR -estäjä, huomautti Valeri. Lisäksi, lähtötason kasvaimen biopsiaytimien erittäin syvä sekvensointi paljasti RAS-mutaatioita, korostamalla edelleen kasvaimen genotyypitysmenetelmien rajoituksia, hän lisäsi.
Valeri ja hänen kollegansa loivat matemaattisia malleja, jotka käyttivät cfDNA- ja karsinoembryonaalisen antigeenin (CEA) tasoja yksittäisten potilaiden plasmasta ennustaakseen ajan etenemiseen. Tulokset validoitiin RECIST -mittauksilla radiologisen kuvantamistiedon perusteella.
CEA -mittauksia hyödyntävää matemaattista mallia sovellettiin kuuteen potilaaseen kliinisen etenemiseen kuluvan ajan ennustamiseksi. Näistä ennusteista, kolme oli 10 prosentin sisällä RECISTin mittaamasta etenemisajasta.
Erityisesti, korkean herkkyyden cfDNA -profiloinnilla luodut ennusteet mahdollistivat etenemisajan ennustamisen useita viikkoja etukäteen, verrattuna malleihin, joissa käytetään CEA -mittauksia.
CfDNA:sta kerättyjen tietojen avulla tutkijat voisivat luoda useita malleja, jotka perustuvat yksittäisten subkloonien ennustettuun kasvuun eri mutaatioiden ohjaamana. CfDNA:ta hyödyntävien mallien tarkkuus perustuu hallitsevien alikloonien tunnistamiseen potilailla, joilla on polyklonaalinen resistenssimekanismi, Valeri sanoi.
Kirjoittajan kommentit:"Uusien seurantatekniikoiden, kuten cfDNA:n, integrointi yhdessä kasvaimen ennustamisen matemaattisen mallinnuksen kanssa, voi tarjota mahdollisuuden toimia aikaisin, lopeta hoito, tai vaihda hoitoa pysyäksesi askeleen edellä sairautta, "sanoi Valeri." Menetelmämme mahdollistaa tarkemman ennusteen ja paremman hoidon seurannan seurannan. "
Tutkimuksen rajoitukset:Tutkimuksen rajoituksiin kuuluu pieni otoskoko, sen lisäksi, että keskitytään RAS -reittivirheisiin matemaattisissa malleissa, koska muut geneettiset ja ei-geneettiset tekijät aiheuttavat todennäköisesti resistenssiä ja taudin etenemistä, totesi Sottoriva. Tämä malli on tulevaisuudessa validoitava tulevissa kokeissa, hän lisäsi.
Tutkimuksessa tarkastellaan aerobiomeja,
Kielen mikrobeja voitaisiin käyttää haimasyövän diagnosointiin
E. coli -bakteerin leviäminen huonon wc -hygienian vuoksi,
Suolistobakteerit liittyvät vahvempiin lihaksiin vanhuksilla
Nenänielun mikrobiomin koostumus ja rakenne liittyvät COVID-19-taudin vakavuuteen
Ovatko naiset todennäköisemmin kehittyneet pitkään COVIDiin?
Ulosteensiirto tietyiltä luovuttajilta paremmin kuin toiset
Ulosteen mikrobiota- tai ulosteensiirto luovuttajalta on hyödyllinen potilaille, jotka ovat saaneet tappavan toistuvan tartunnan Clostridium difficile joka johtaa vaikeaan ripuliin, kipua ja usein v
Tyypin 1 diabetes liittyy suoliston mikrobiomiin ja geneettisiin tekijöihin
Ruotsin Lingköpingin yliopiston ja Floridan yliopiston uusi tutkimus on paljastanut, että lasten suolistomikrobiomi, jolla on suuri geneettinen riski sairastua tyypin 1 diabetekseen, eroaa selvästi la
Yleinen geneettinen muunnelma selittää, miksi immunoterapia epäonnistuu usein Crohnin taudissa
Syy siihen, miksi yleisesti käytetty lääkeryhmä ei ole tehokas joillakin Crohnin tautia sairastavilla potilailla, ei ole toistaiseksi tunnistettu. Kuitenkin, Exeterin yliopiston yhteistyö, Royal Devon