Den vanliga bakterien Escherichia coli (E. coli) , är en del av det normala tarmmikrobiomet hos både djur och människor, orsakar sällan några problem, med undantag för tillfällig anfall av kortlivad diarré. Dock, det kan bli skadligt under vissa förhållanden. I en sådan situation kan det orsaka matförgiftning, urinvägsinfektion, eller postoperativa infektioner efter kirurgiska ingrepp i tarmen. I cirka 41, 000 ärenden i Storbritannien, 2017-18, detta blev till allvarlig sepsis med blodförgiftning (bakterier i blodomloppet, eller bakteriemi), tillverkning E coli den vanligaste orsaken till blodförgiftning i England. I de flesta fall är detta en följd av urinvägsinfektion. Ungefär 17% till 18% av dessa patienter dör.
Tredimensionell teckning av bakterien Escherichia coli - Bildkredit:Kateryna Kon / ShutterstockMånga E coli stammar som orsakar bakteriemi har blivit antibiotikaresistenta under de senaste två decennierna, både hos djur och hos människor. De mest oroande av dessa är de som visar "Extended Spectrum Beta-Lactamase" (ESBL) aktivitet. Detta avser närvaron av vissa enzymer som förstör föreningar som penicillin och cefalosporin antibiotika, som har en "beta-laktam" -struktur. Förekomsten av ESBL är ofta också kopplad till resistens mot andra viktiga läkemedel, vilket gör dessa infektioner svåra att behandla. Enligt Livermore, "Cirka 10 procent av fallen [blodförgiftning eller sepsis] orsakas av mycket resistenta stammar med ESBL."
Sådana resistenta infektioner på grund av ESBL -släktlinjer blir inte bara vanligare, men de orsakar nästan dubbla dödligheten.
Fram till denna studie, vägen för spridning av resistenta E coli infektion var okänd - överförs den av mat som innehåller organismerna, eller från en smittad till en annan?
Studien
För att hitta svaret, forskarna utförde sekvensering på flera genomer E coli stammar som erhållits från en mängd olika källor - från blodprov från mänskliga patienter med bakteriemi, mänsklig avföring, avlopp från mänskliga bostäder, djuruppslamning eller avloppsvatten från djurbostäder, olika typer av kött, samt råa frukter och grönsaker. De tog prover under perioden augusti 2013 till december 2014, från olika platser i Storbritannien.
Forskarna fann ESBL- E coli i 90% av kulturerna från blodprov. Cirka 11% av människans avföringsprov innehöll ESBL- E coli , och 65% av detaljhandels kycklingprover. Ingen ESBL- E coli hittades i frukt eller grönsaker och bara några andra köttprover.
Till deras förvåning, de fann att en stam dominerade bland alla ESBL-positiva stammar från mänskliga prover-avföring, avlopp och blod. Detta var ST131 -stammen. Det stod för 64% av E coli isolerar från blod, 36% från avföring, och 22% från avloppsprover. Cirka 9% av avföringen E coli isolat producerade ESBL.
Andra ofta isolerade släktlinjer i blodomloppsisolaten inkluderade ST38 och ST 648, med CTX-M-15 som den vanligaste ESBL-enzymvarianten bland dessa. ST38 var också framträdande i avförings- och avloppsprover.
Det fanns också andra liknande stammar i dessa mänskliga prover. Dock, de resistenta stammarna av E coli från kött, speciellt från kyckling, samt från gödsel som innehåller avföring och avlopp från djur, följde en annan typkomposition. Istället för den dominerande ST131 i mänskliga prover, dessa kännetecknades av ST602, ST117 och ST23, med ESBL-enzymet mestadels CTX-M-1. ESBL- E coli fanns endast i 2% till 3% av nöt- och fläskprover.
Slutsatsen var att mänsklig infektion representerad av fekal, avlopps- och blodprovsisolat har lite att göra med korsföroreningar från animaliskt kött eller avfall. De flesta av dessa berodde på andra släktlinjer, särskilt ST131. Liknande, djurprov var sällsynta källor till mänskligt associerade ESBL- E coli .
De flesta blodförgiftningsfallen följde infektioner i könsorganen och drabbade patienter med en medelålder på 70 år. samma ESBL- E coli stammar dominerade i mänskligt blod, avföring och avlopp. Det finns inga bevis för att mänsklig infektion kommer från kyckling eller annat kött, eftersom dessa övervägande visar andra E coli släktlinjer.
Forskarna drar slutsatsen att mat inte är den primära källan till allvarlig och spridning E coli infektion hos människor, utan snarare sprider organismen sig mellan människor själva. Den mest troliga vägen är feko-oral, eller med andra ord, människors misslyckande med att tvätta händerna ordentligt efter toalettfunktioner leder till att organismen dröjer på händerna för att överföras till nästa föremål som kommer i kontakt med dem.
Lösningen är enkel och självklar:se till god toaletthygien, se till att äldre patienter är väl hydrerade och ta hand om urinkateter där de används för att förhindra urininfektioner, och behandla urininfektioner snabbt och adekvat för att förhindra blodförgiftning. Detta kommer att stoppa överföringen mellan människor som är ansvarig för majoriteten av ESBL- E coli infektioner hos människor. Att sterilisera näringskedjan är inte av stor fördel för att uppnå kontroll över denna överföring, men kommer att hålla infektionen inom djurpopulationen inom gränserna.