SARS-CoV-2-detektering associerar med viral RNA-prevalens hos patienter och sjukhusmiljö

Titta på vad som hände runt om i världen i början av 2020, University of California San Diego School of Medicine forskare visste att deras region sannolikt snart skulle drabbas av en våg av patienter med COVID-19, infektionen orsakad av coronaviruset SARS-CoV-2. De undrade hur viruset kvarstår på ytor, särskilt på sjukhus, och de visste att de bara hade ett litet tidsfönster för att komma igång om de ville ta en ögonblicksbild av situationen "före" -; innan patienter med infektionen var inlagda.

Efter ett samtal sent en söndagskväll, ett team som samlades i sjukhusets lobby nästa dag, redo att tappa.

I den resulterande studien, beskrev 8 juni, 2021 tum Mikrobiom , forskare rensade patientrumsytor innan, under och efter inflyttning, och upprepade gånger samlat prover från huden, näsor och avföring av COVID-19-patienter och deras vårdpersonal över tid. Totalt, de testade 972 sjukhusassocierade prover för spår av SARS-CoV-2 under två månader.

Även om det känns som att vi har levt med detta virus länge, studien av interaktioner mellan SARS-CoV-2 och andra mikrober är fortfarande ny, och vi har fortfarande många frågor. Ju mer vi vet om hur ett virus interagerar med sin omgivning, desto bättre kan vi förstå hur det överförs och hur vi bäst kan störa överföringen för att förebygga och behandla sjukdomen. "

Sarah Allard, Doktorsexamen, medförfattare, assisterande projektforskare vid UC San Diego School of Medicine och Scripps Institution of Oceanography

Deras resultat:Viruset, eller åtminstone dess genetiska signatur, florerar. Teamet upptäckte viruset på golven bredvid sängarna hos patienter med COVID-19 (39 procent av de testade proverna), golv utanför patientrum (29 procent) och ytor inne i rummen (16 procent). SARS-CoV-2-upptäckten tenderade att vara högst under de första fem dagarna efter att en patient började symptom.

Forskarna påpekar snabbt att bara för att de kan upptäcka virusets unika genetiska signaturer på en yta, det betyder inte att viruset kan infektera människor. Sedan de började studien, det har dokumenterats att SARS-CoV-2 sprids främst genom nära mänskliga interaktioner, medan ytöverföring sannolikt är mycket sällsynt. Vad mer, ingen av vårdpersonal som aktivt tog hand om patienter i studien testade positivt för viruset. Studien fokuserade på ett sjukhus, men forskarna förväntar sig att de skulle hitta liknande resultat på alla sjukhus som behandlar patienter med COVID-19.

"Det här är enormt på så många plan, "sa medförfattaren Daniel Sweeney, MD, kritiskt vård- och infektionssjukdomsläkare vid UC San Diego Health. "Vi måste veta om vår personliga skyddsutrustning, PPE, är tillräcklig, och lyckligtvis vet vi nu att saker som masker, handskar, klänningar och ansiktsskydd fungerar verkligen. Denna pandemi har varit en global katastrof, men det kunde ha varit ännu värre om våra vårdpersonal blev smittade, speciellt om vi inte visste varför. "

Virus hänger vanligtvis inte ensamma. Oavsett om det är människor eller ytor, de ingår i komplexa samhällen som kallas mikrobiomer, som kan innefatta en mängd andra virus, bakterier och ytterligare mikrober. På jakt efter coronaviruset, laget upptäckte något annat:en viss typ av bakterier från släktet Rothia hittades vid sidan av SARS-CoV-2 oftare än inte, oavsett insamlingsplats. Med andra ord, närvaron av Rothia förutsade starkt att de också skulle upptäcka SARS-CoV-2 i samma prov.

"Varför det förhållandet?" frågade Allard. "Hjälper bakterierna viruset att överleva, eller tvärtom? Eller är det bara att dessa bakterier är associerade med de underliggande medicinska tillstånden som sätter patienter i högre risk för allvarlig COVID-19 i första hand? Det är ett område för framtida forskning. "

Studien var en utmaning från början, och blev svårare när sjukhusets intensivavdelning började ta in fler patienter med COVID-19. Teamet utformade specifikt deras tillvägagångssätt för att utnyttja befintliga resurser för att inte betona den leveranskedja som behövs för klinisk vård och testning. I en separat insats, några i teamet och deras kollegor utvecklade alternativa pinnar för forskningsändamål. De samlade in prover så snabbt och så effektivt som möjligt för att minimera störningar i patientvården. Proverna transporterades tillbaka till laboratoriet i alkohol, bevara viruset för analys men inte utsätta forskare för aktiva organismer.

"Många människor har gjort mycket grundläggande och klinisk forskning de senaste månaderna, och vi gjorde det bra, "Sweeney sa." Vi lade till vår infrastruktur. Vi fick erfarenheten. Jag hoppas samma fokus, driv och ande gå vidare i det som kommer sedan. "

• Systemiska biomarkörer visar fördelaktiga effekter av aerob träning på hjärnans funktion hos äldre vuxna
• Näsa till hjärna:Nasal leverans av biofarmaka till hjärnan