Il rilevamento di SARS-CoV-2 è associato alla prevalenza dell'RNA virale nei pazienti e nell'ambiente ospedaliero

Guardando cosa stava succedendo in tutto il mondo all'inizio del 2020, I ricercatori della University of California San Diego School of Medicine sapevano che la loro regione sarebbe stata presto colpita da un'ondata di pazienti con COVID-19, l'infezione causata dal coronavirus SARS-CoV-2. Si chiedevano come il virus persista sulle superfici, soprattutto negli ospedali, e sapevano di avere solo una piccola finestra di tempo per iniziare se volevano catturare un'istantanea della situazione "prima" -; prima che i pazienti con l'infezione fossero ammessi.

Dopo una telefonata una domenica sera tardi, una squadra radunata nella hall dell'ospedale il giorno successivo, pronto per il tampone.

Nello studio risultante, descritto l'8 giugno 2021 in microbioma , i ricercatori hanno tamponato le superfici della stanza dei pazienti prima, durante e dopo l'occupazione, e ripetutamente prelevati campioni dalla pelle, nasi e feci dei pazienti COVID-19 e dei loro operatori sanitari nel tempo. In totale, hanno testato 972 campioni ospedalieri per tracce di SARS-CoV-2 per due mesi.

Anche se sembra che viviamo con questo virus da molto tempo, lo studio delle interazioni tra SARS-CoV-2 e altri microbi è ancora nuovo, e abbiamo ancora molte domande. Più sappiamo su come un virus interagisce con il suo ambiente, meglio possiamo capire come si trasmette e come possiamo interrompere al meglio la trasmissione per prevenire e curare la malattia".

Sarah Allard, dottorato di ricerca, co-autore senior, assistente scienziato del progetto presso la UC San Diego School of Medicine e Scripps Institution of Oceanography

Le loro scoperte:il virus, o almeno la sua firma genetica, abbonda. Il team ha rilevato il virus sui pavimenti accanto ai letti dei pazienti con COVID-19 (il 39% dei campioni testati), pavimenti esterni alle stanze dei pazienti (29 percento) e superfici all'interno delle stanze (16 percento). Il rilevamento di SARS-CoV-2 tendeva ad essere più elevato durante i primi cinque giorni dopo l'insorgenza dei sintomi di un paziente.

I ricercatori sono pronti a sottolineare che solo perché possono rilevare le firme genetiche uniche del virus su una superficie, non significa che il virus sia in grado di infettare le persone. Da quando hanno iniziato lo studio, è stato ben documentato che SARS-CoV-2 si diffonde principalmente attraverso strette interazioni umane, mentre la trasmissione di superficie è probabilmente molto rara. Cosa c'è di più, nessuno degli operatori sanitari che si occupavano attivamente dei pazienti nello studio è risultato positivo al virus. Lo studio si è concentrato su un ospedale, ma i ricercatori si aspettano di trovare risultati simili in qualsiasi ospedale che tratti pazienti con COVID-19.

"Questo è enorme su così tanti livelli, " ha detto il co-autore senior Daniel Sweeney, dottore, medico di terapia intensiva e malattie infettive presso la UC San Diego Health. "Dobbiamo sapere se i nostri dispositivi di protezione individuale, DPI, è adeguato, e fortunatamente ora sappiamo che cose come le maschere, guanti, camici e visiere funzionano davvero. Questa pandemia è stata un disastro globale, ma sarebbe potuto andare anche peggio se i nostri operatori sanitari si fossero infettati, soprattutto se non ne sapevamo il motivo".

I virus in genere non escono da soli. Che si tratti di persone o superfici, fanno parte di comunità complesse note come microbiomi, che può includere una varietà di altri virus, batteri e microbi aggiuntivi. Alla ricerca del coronavirus, il team ha scoperto qualcos'altro:un particolare tipo di batterio del genere Rothia è stato trovato insieme a SARS-CoV-2 il più delle volte, indipendentemente dal luogo di raccolta. In altre parole, la presenza di Rothia prevedeva fortemente che avrebbero rilevato anche SARS-CoV-2 nello stesso campione.

"Perché quella relazione?" chiese Allard. "I batteri aiutano il virus a sopravvivere, o vice versa? O è solo che questi batteri sono associati alle condizioni mediche sottostanti che mettono i pazienti a maggior rischio di COVID-19 grave in primo luogo? Questa è un'area per la ricerca futura".

Lo studio è stato una sfida fin dall'inizio, ed è diventato più difficile quando l'unità di terapia intensiva dell'ospedale ha iniziato ad accogliere più pazienti con COVID-19. Il team ha progettato specificamente il proprio approccio per sfruttare le risorse esistenti per non stressare la catena di approvvigionamento necessaria per l'assistenza clinica e i test. In uno sforzo separato, alcuni membri del team e i loro colleghi hanno sviluppato tamponi alternativi per scopi di ricerca. Hanno raccolto i campioni nel modo più rapido ed efficiente possibile per ridurre al minimo l'interruzione della cura del paziente. I campioni sono stati trasportati al laboratorio in alcool, preservare il virus per l'analisi ma non esporre i ricercatori a organismi attivi.

"Molte persone hanno svolto molte ricerche di base e cliniche negli ultimi mesi, e l'abbiamo fatto bene, " Sweeney ha detto. "Abbiamo aggiunto alla nostra infrastruttura. Abbiamo acquisito l'esperienza. Spero che lo stesso tipo di concentrazione, la spinta e lo spirito portano avanti qualunque cosa accada".

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