Znanstveniki NIH razvijajo novo metodo priprave vzorcev za odkrivanje SARS-CoV-2

Znanstveniki Nacionalnega inštituta za zdravje (NIH) so razvili novo metodo priprave vzorcev za odkrivanje SARS-CoV-2, virus, ki povzroča COVID-19. Metoda zaobide ekstrakcijo genskega materiala RNA virusa, poenostavitev čiščenja vzorcev ter potencialno skrajšanje časa in stroškov preskusa. Metoda je rezultat sodelovanja raziskovalcev na Nacionalnem očesnem inštitutu (NEI), klinični center NIH (CC), in Nacionalni inštitut za zobozdravstvene in kraniofacialne raziskave (NIDCR).

Diagnostično testiranje ostaja ključno orodje v boju proti pandemiji COVID-19. Standardni testi za odkrivanje SARS-CoV-2 vključujejo ojačanje virusne RNA na zaznavne ravni z uporabo tehnike, imenovane kvantitativna PCR z reverzno transkripcijo (RT-qPCR). Toda najprej, RNA je treba izvleči iz vzorca. Proizvajalci kompletov za ekstrakcijo RNA so imeli težave s spremljanjem povpraševanja med pandemijo COVID-19, ovirajo preskusne zmogljivosti po vsem svetu. Z novimi različicami virusa, potreba po boljšem, hitrejši testi so večji kot kdaj koli prej.

Ekipa, ki jo vodi Robert B. Hufnagel, M.D., Doktor znanosti, vodja enote za medicinsko genetiko in oftalmologijo NEI, in Bin Guan, Doktor znanosti, sodelavec v Laboratoriju za oftalmološko genomiko pri NEI, je za ohranitev RNA SARS-CoV-2 v vzorcih za odkrivanje z RT-qPCR uporabil kelatno sredstvo, ki ga proizvaja laboratorijsko podjetje Bio-Rad, imenovano smola Chelex 100.

"Uporabili smo vzorce nazofarinksa in sline z različnimi koncentracijami virionov, da bi ocenili, ali jih je mogoče uporabiti za neposredno odkrivanje RNA, "je rekel Guan, vodilni avtor poročila o tehniki, ki je bil ta teden objavljen v iScience. "Odgovor je bil pritrdilen, z izrazito visoko občutljivostjo. Prav tako, ta pripravek je inaktiviral virus, zaradi česar je lažje laboratorijsko osebje ravnati s pozitivnimi vzorci. "

Hufnagelova ekipa je do svojega odkritja prišla s preizkušanjem različnih kemikalij z uporabo sintetičnih in človeških vzorcev, da bi identificirala tiste, ki bi lahko ohranile RNA v vzorcih z minimalno razgradnjo, hkrati pa omogočile neposredno odkrivanje virusa z RT-qPCR.

Za potrditev testa:Blake M. Warner iz NIDCR, D.D.S., Doktor znanosti, M.P.H., in njegova ekipa so zbrali vzorce bolnikov (po raziskovalnem protokolu NIH IRB 20-D-0094) in jih shranili v obeh medijih za prenos virusa, ali na novo razvitega kelatno-smolnega pufra v laboratoriju za simptomatsko testiranje NIH.

Vzorce v medijih za prenos virusa je testirala ekipa za testiranje COVID-19 v kliničnem centru NIH, vodi Karen M. Frank, M.D., Doktor znanosti, z uporabo običajne ekstrakcije RNA in RT-qPCR testiranja. Vzorci v puferju za kelacijsko smolo so bili segreti in virusna RNA je bila, potem, testirano z RT-qPCR. Novi pripravek je znatno povečal donos RNA, ki je na voljo za testiranje, v primerjavi s standardno metodo.

Menimo, da ima ta nova metodologija jasne prednosti povečanja občutljivosti, prihranek stroškov in časa za testiranje. Metoda stabilizira RNA pri sobni temperaturi za lažji transport, shranjevanje, in ravnanje v kliničnih okoljih. "

Robert B. Hufnagel, M.D., Doktor znanosti, Vodja enote za medicinsko genetiko in oftalmologijo NEI

NEI je zaščitil intelektualno lastnino okoli te tehnologije in išče partnerje za sorazvoj/licenciranje. Za več informacij se obrnite na [zaščiteno po e -pošti].

• Nov na dokazih temelječ pristop k opredelitvi visokokakovostnih živil z ogljikovimi hidrati
• Znanstveniki dokumentirajo prenos pljučno kuge, odporne na protimikrobno, z osebe na osebo