Vedci z NIH vyvíjajú novú metódu prípravy vzoriek na detekciu SARS-CoV-2

Vedci z Národných inštitútov zdravia (NIH) vyvinuli novú metódu prípravy vzorky na detekciu SARS-CoV-2, vírus, ktorý spôsobuje COVID-19. Metóda obchádza extrakciu genetického materiálu RNA vírusu, zjednodušenie čistenia vzorky a potenciálne zníženie času a nákladov na testovanie. Metóda je výsledkom spolupráce vedcov z Národného očného ústavu (NEI), klinické centrum NIH (CC), a Národný ústav zubného a kraniofaciálneho výskumu (NIDCR).

Diagnostické testovanie zostáva kľúčovým nástrojom v boji proti pandémii COVID-19. Štandardné testy na detekciu SARS-CoV-2 zahŕňajú amplifikáciu vírusovej RNA na detegovateľné hladiny pomocou techniky nazývanej kvantitatívna reverzná transkripčná PCR (RT-qPCR). Ale najprv, RNA sa musí extrahovať zo vzorky. Výrobcovia súprav na extrakciu RNA mali počas pandémie COVID-19 problémy udržať krok s dopytom, bráni testovacej kapacite na celom svete. Keď sa objavia nové varianty vírusov, potreba lepšieho, rýchlejšie testy sú väčšie ako kedykoľvek predtým.

Tím vedený Robertom B. Hufnagelom, M.D., Ph.D., vedúci oddelenia lekárskej genetiky a oftalmologickej genomiky NEI, a Bin Guan, Ph.D., pracovník laboratória oftalmologickej genomiky v NEI, použilo chelatačné činidlo vyrobené laboratórnou dodávateľskou spoločnosťou Bio-Rad s názvom živica Chelex 100 na konzerváciu RNA SARS-CoV-2 vo vzorkách na detekciu pomocou RT-qPCR.

„Použili sme vzorky nosohltanu a slín s rôznymi koncentráciami viriónu, aby sme zhodnotili, či by mohli byť použité na priamu detekciu RNA, “povedal Guan, hlavný autor správy o technike, ktoré tento týždeň vyšlo v iScience. „Odpoveď bola áno, s výrazne vysokou citlivosťou. Tiež, tento prípravok inaktivoval vírus, čím je pre laboratórny personál bezpečnejšie manipulovať s pozitívnymi vzorkami. “

Hufnagelov tím urobil svoj objav testovaním rôznych chemikálií pomocou syntetických a ľudských vzoriek na identifikáciu tých, ktoré by mohli zachovať RNA vo vzorkách s minimálnou degradáciou a súčasne umožniť priamu detekciu vírusu pomocou RT-qPCR.

Na overenie testu, Blake M. Warner z NIDCR, D.D.S., Ph.D., M.P.H., a jeho tím zhromaždili vzorky pacientov (podľa výskumného protokolu NIH IRB 20-D-0094) a uložili ich do vírusového transportného média, alebo novo vyvinutý pufor chelatačnej živice v zariadení na symptomatické testovanie NIH.

Vzorky v médiu na prenos vírusov testoval testovací tím COVID-19 v klinickom centre NIH, pod vedením Karen M. Frankovej, M.D., Ph.D., pomocou konvenčnej extrakcie RNA a testovania RT-qPCR. Vzorky v chelatačnom živicovom pufri sa zahriali a vírusová RNA sa potom, testované pomocou RT-qPCR. Nový prípravok výrazne zvýšil výťažok RNA dostupný na testovanie, v porovnaní so štandardnou metódou.

Myslíme si, že táto nová metodika má zrejmé výhody zo zvýšenia citlivosti, úspora nákladov a času na testovanie. Metóda stabilizuje RNA pri izbovej teplote pre jednoduchší transport, skladovanie, a manipulácia v klinickom prostredí. “

Robert B. Hufnagel, M.D., Ph.D., Vedúci oddelenia lekárskej genetiky a oftalmologickej genomiky NEI

NEI chráni duševné vlastníctvo okolo tejto technológie a hľadá partnerov na spoločný vývoj/licencovanie. Pre viac informácií kontaktujte [email protected]

• Nový prístup založený na dôkazoch k definovaniu vysokokvalitných uhľohydrátových potravín
• Vedci dokumentujú prenos prenosu antimikrobiálnej pneumonickej mory z človeka na človeka