Des scientifiques du NIH développent une nouvelle méthode de préparation d'échantillons pour détecter le SRAS-CoV-2

Des scientifiques des National Institutes of Health (NIH) ont développé une nouvelle méthode de préparation d'échantillons pour détecter le SARS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19. La méthode contourne l'extraction du matériel d'ARN génétique du virus, simplifiant la purification des échantillons et réduisant potentiellement le temps et le coût des tests. La méthode est le résultat d'une collaboration entre des chercheurs du National Eye Institute (NEI), le NIH Clinical Center (CC), et l'Institut national de recherche dentaire et craniofaciale (NIDCR).

Les tests de diagnostic restent un outil crucial dans la lutte contre la pandémie de COVID-19. Les tests standard de détection du SRAS-CoV-2 impliquent l'amplification de l'ARN viral à des niveaux détectables à l'aide d'une technique appelée PCR quantitative de transcription inverse (RT-qPCR). Mais d'abord, l'ARN doit être extrait de l'échantillon. Les fabricants de kits d'extraction d'ARN ont eu du mal à répondre à la demande pendant la pandémie de COVID-19, entraver la capacité de test dans le monde entier. Avec l'émergence de nouvelles variantes de virus, le besoin de mieux, des tests plus rapides est plus grand que jamais.

Une équipe dirigée par Robert B. Hufnagel, MARYLAND., Doctorat., chef de l'Unité de Génétique Médicale et de Génomique Ophtalmique NEI, et Ben Guan, Doctorat., membre du Laboratoire de génomique ophtalmique du NEI, a utilisé un agent chélatant fabriqué par la société de fournitures de laboratoire Bio-Rad appelé résine Chelex 100 pour préserver l'ARN du SRAS-CoV-2 dans des échantillons pour la détection par RT-qPCR.

"Nous avons utilisé des échantillons de nasopharynx et de salive avec différentes concentrations de virions pour évaluer s'ils pouvaient être utilisés pour la détection directe d'ARN, " dit Guan, l'auteur principal d'un rapport sur la technique, qui a publié cette semaine dans iScience. « La réponse était oui, avec une sensibilité très élevée. Aussi, cette préparation a inactivé le virus, ce qui rend la manipulation des échantillons positifs plus sûre pour le personnel de laboratoire. »

L'équipe de Hufnagel a fait sa découverte en testant une variété de produits chimiques à l'aide d'échantillons synthétiques et humains pour identifier ceux qui pourraient préserver l'ARN dans des échantillons avec une dégradation minimale tout en permettant la détection directe du virus par RT-qPCR.

Pour valider le test, Blake M. Warner du NIDCR, D.D.S., Doctorat., M.P.H., et son équipe ont collecté des échantillons de patients (sur le protocole de recherche NIH IRB 20-D-0094) et les ont stockés dans un support de transport viral, ou le tampon de résine chélatant nouvellement développé à l'installation de test symptomatique du NIH.

Les échantillons dans les milieux de transport viral ont été testés par l'équipe de test COVID-19 au centre clinique du NIH, dirigé par Karen M. Frank, MARYLAND., Doctorat., en utilisant l'extraction d'ARN conventionnelle et les tests RT-qPCR. Les échantillons dans le tampon de résine chélatrice ont été chauffés et l'ARN viral a été, alors, testé par RT-qPCR. La nouvelle préparation a considérablement augmenté le rendement d'ARN disponible pour les tests, par rapport à la méthode standard.

Nous pensons que cette nouvelle méthodologie a des avantages évidents d'augmenter la sensibilité, Gain de temps et d'argent pour les tests. La méthode stabilise l'ARN à température ambiante pour un transport plus facile, espace de rangement, et la manipulation en milieu clinique."

Robert B. Hufnagel, MARYLAND., Doctorat., Chef de l'Unité de Génétique Médicale et de Génomique Ophtalmique NEI

NEI a protégé la propriété intellectuelle autour de cette technologie et recherche des partenaires pour le co-développement/l'octroi de licences. Veuillez contacter [email protected] pour plus d'informations.

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