NIH-forskere udvikler ny prøveforberedelsesmetode til påvisning af SARS-CoV-2

Forskere ved National Institutes of Health (NIH) har udviklet en ny prøveforberedelsesmetode til påvisning af SARS-CoV-2, den virus, der forårsager COVID-19. Metoden omgår ekstraktion af virusets genetiske RNA -materiale, forenkling af prøveoprensning og potentielt reducering af testtid og omkostninger. Metoden er resultatet af et samarbejde mellem forskere ved National Eye Institute (NEI), NIH Clinical Center (CC), og National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIDCR).

Diagnostisk test er fortsat et afgørende værktøj i kampen mod COVID-19-pandemien. Standardtest til påvisning af SARS-CoV-2 involverer forstærkning af viralt RNA til påviselige niveauer ved hjælp af en teknik kaldet kvantitativ revers transkription PCR (RT-qPCR). Men først, RNA skal ekstraheres fra prøven. Producenter af RNA-ekstraktionssæt har haft svært ved at følge med efterspørgslen under COVID-19-pandemien, hindrer testkapacitet på verdensplan. Med nye virusvarianter, der dukker op, behovet for bedre, hurtigere test er større end nogensinde.

Et team ledet af Robert B. Hufnagel, M.D., Ph.d., chef for NEI Medical Genetics and Ophthalmic Genomic Unit, og Bin Guan, Ph.d., en stipendiat ved Ophthalmic Genomics Laboratory på NEI, brugte et chelateringsmiddel fremstillet af laboratorieforsyningsfirmaet Bio-Rad kaldet Chelex 100 harpiks til at bevare SARS-CoV-2 RNA i prøver til påvisning af RT-qPCR.

"Vi brugte nasopharyngeal- og spytprøver med forskellige virionkoncentrationer til at vurdere, om de kunne bruges til direkte RNA -detektion, "sagde Guan, hovedforfatteren af ​​en rapport om teknikken, som blev offentliggjort i denne uge i iScience. "Svaret var ja, med markant høj følsomhed. Også, dette præparat inaktiverede virussen, gør det mere sikkert for laboratoriepersonale at håndtere positive prøver. "

Hufnagels team fandt deres opdagelse ved at teste en række forskellige kemikalier ved hjælp af syntetiske og humane prøver for at identificere dem, der kunne bevare RNA i prøver med minimal nedbrydning, samtidig med at det muliggjorde direkte påvisning af viruset ved RT-qPCR.

For at validere testen, NIDCR's Blake M. Warner, D.D.S., Ph.d., M.P.H., og hans team indsamlede patientprøver (om forskningsprotokol NIH IRB 20-D-0094) og lagrede dem i enten virale transportmedier, eller den nyudviklede chelateringsharpiksbuffer ved NIH Symptomatic Testing Facility.

Prøverne i virale transportmedier blev testet af COVID-19-testteamet på NIH's Clinical Center, ledet af Karen M. Frank, M.D., Ph.d., ved hjælp af konventionel RNA-ekstraktion og RT-qPCR-test. Prøverne i chelateringsharpiksbufferen blev opvarmet, og det virale RNA var, derefter, testet med RT-qPCR. Det nye præparat øgede signifikant RNA -udbyttet til test, sammenlignet med standardmetoden.

Vi tror, ​​at denne nye metode har klare fordele ved at øge følsomheden, omkostnings- og tidsbesparelser til test. Metoden stabiliserer RNA ved stuetemperatur for lettere transport, opbevaring, og håndtering i kliniske omgivelser. "

Robert B. Hufnagel, M.D., Ph.d., Chef for NEI Medical Genetics and Ophthalmic Genomic Unit

NEI har beskyttet den intellektuelle ejendomsret omkring denne teknologi og søger partnere til co-udvikling/licensering. Kontakt [email protected] for mere information ..

• Ny evidensbaseret tilgang til at definere kulhydratfødevarer af høj kvalitet
• Forskere dokumenterer person-til-person overførsel af antimikrobiel resistent lungepest