NIH-forskere utvikler ny prøveforberedelsesmetode for å påvise SARS-CoV-2

Forskere ved National Institutes of Health (NIH) har utviklet en ny prøveforberedelsesmetode for å påvise SARS-CoV-2, viruset som forårsaker COVID-19. Metoden omgår ekstraksjon av virusets genetiske RNA -materiale, forenkle rensing av prøver og potensielt redusere testtid og kostnader. Metoden er et resultat av et samarbeid mellom forskere ved National Eye Institute (NEI), NIH Clinical Center (CC), og National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIDCR).

Diagnostisk testing er fortsatt et avgjørende verktøy i kampen mot COVID-19-pandemien. Standardtester for påvisning av SARS-CoV-2 innebærer å forsterke viralt RNA til påvisbare nivåer ved bruk av en teknikk som kalles kvantitativ revers transkripsjon PCR (RT-qPCR). Men først, RNA må ekstraheres fra prøven. Produsenter av RNA-ekstraksjonssett har hatt problemer med å følge med etterspørselen under COVID-19-pandemien, hindrer testkapasitet over hele verden. Med nye virusvarianter som dukker opp, behovet for bedre, raskere tester er større enn noensinne.

Et team ledet av Robert B. Hufnagel, M.D., Ph.D., sjef for NEI Medical Genetics and Ophthalmic Genomic Unit, og Bin Guan, Ph.D., stipendiat ved Ophthalmic Genomics Laboratory ved NEI, brukte et chelateringsmiddel laget av laboratorieforsyningsfirmaet Bio-Rad kalt Chelex 100 harpiks for å bevare SARS-CoV-2 RNA i prøver for påvisning av RT-qPCR.

"Vi brukte nasofaryngeal- og spyttprøver med forskjellige virionkonsentrasjoner for å evaluere om de kunne brukes til direkte RNA -deteksjon, "sa Guan, hovedforfatter av en rapport om teknikken, som publiserte denne uken i iScience. "Svaret var ja, med markert høy følsomhet. Også, dette preparatet inaktiverte viruset, gjør det tryggere for laboratoriepersonell å håndtere positive prøver. "

Hufnagels team fant sin oppdagelse ved å teste en rekke kjemikalier ved bruk av syntetiske og menneskelige prøver for å identifisere de som kan bevare RNA i prøver med minimal nedbrytning, samtidig som de tillater direkte påvisning av viruset ved RT-qPCR.

For å validere testen, NIDCRs Blake M. Warner, D.D.S., Ph.D., M.P.H., og teamet hans samlet pasientprøver (på Research Protocol NIH IRB 20-D-0094) og lagret dem i enten virale transportmedier, eller den nyutviklede chelateringsharpiksbufferen ved NIH Symptomatic Testing Facility.

Prøvene i virale transportmedier ble testet av COVID-19-testteamet ved NIHs Clinical Center, ledet av Karen M. Frank, M.D., Ph.D., ved bruk av konvensjonell RNA-ekstraksjon og RT-qPCR-testing. Prøvene i chelateringsharpiksbufferen ble oppvarmet og viralt RNA var, deretter, testet med RT-qPCR. Det nye preparatet økte RNA -utbyttet betydelig for testing, sammenlignet med standardmetoden.

Vi tror denne nye metoden har klare fordeler med å øke følsomheten, kostnads- og tidsbesparelser for testing. Metoden stabiliserer RNA ved romtemperatur for lettere transport, Oppbevaring, og håndtering i kliniske omgivelser. "

Robert B. Hufnagel, M.D., Ph.D., Sjef for NEI Medical Genetics and Ophthalmic Genomic Unit

NEI har beskyttet intellektuell eiendom rundt denne teknologien og søker partnere for samutvikling/lisensiering. Ta kontakt med [email protected] for mer informasjon ..

• Ny bevisbasert tilnærming til å definere karbohydratmat av høy kvalitet
• Forskere dokumenterer person-til-person overføring av antimikrobiell resistent lungepest