номер копии ДНК профили желудка предшественника рака lesions

копий ДНК количество профилей желудка предраковых состояний рака
Аннотация
фон
хромосомной нестабильности (КИН) является наиболее распространенным типом геномной нестабильности в опухолях желудка, но его роль в злокачественная трансформация слизистой оболочки желудка до сих пор неясным. В настоящем исследовании мы задались целью исследовать, являются ли два морфологически различных категорий желудочных предраковых рака, т.е. кишечного типа и пилорического железы аденомы, будет носить различный характер изменения количества копий ДНК, возможно, отражает различные генетические пути желудочного канцерогенеза в этих два типа аденомы.
Результаты
Использование 5K BAC массива платформы CGH, мы показали, что наиболее распространенными аберраций разделяемые железы аденомы в 11-кишечного типа и 10 пилорических были доходы хромосом 9 (29%), 11Q ( 29%) и 20 (33%), а также потери хромосом 13q (48%), 6 (48%), 5 (43%) и 10 (33%). Наиболее частыми аберраций в кишечном типа желудочной аденомы были прибыли по 11q, 9q и 8, а потери на хромосомах 5q, 6, 10 и 13, в то время как в пилорического железы аденомы желудка они были прибыли по хромосоме 20 и убытки от 5q и 6. Тем не менее, не наблюдалось никаких существенных различий между этими двумя типами аденомы.
Заключение
Полученные результаты свидетельствуют о том, что прибыль от хромосом 8, 9q, 11Q и 20, а также потерь на хромосомах 5q, 6, 10 и 13, вероятно, представляют собой рано события в желудочном канцерогенезе. Фенотипическую лица, кишечная типа и пилорического железы аденомы, однако, не существенно (P = 0,8) различаются на уровне изменения числа копий ДНК.
Фон
рак желудка является вторым наиболее частым злокачественное во всем мире и прогноз этого злокачественного остается очень бедным [1]. Желудочный заболеваемость раком и смертность различаются между различными странами в пределах Европейского Союза [2]. В Нидерландах он занимает пятое место как причина смерти от рака, приблизительно с 2200 новых случаев каждый год [3]. Хирургическое вмешательство является лечением выбора в запущенных случаях рака желудка, в то время как местное эндоскопическое mucosectomy может быть целебным в ранних стадиях рака желудка. Обнаружение и удаление желудка неоплазий в начале или даже предраковые состояния будет способствовать сокращению смертности от рака желудка. Для достижения этой цели, лучше тесты для раннего выявления рака желудка необходимы, и улучшенное понимание биологии прогрессирования рака желудка имеет решающее значение в этом отношении.
Согласно модели Корреа, патогенез кишечника типа аденокарциномы желудка следует тропой хронического активного гастрита в связи с Helicobacter Pylori
инфекции, что приводит к атрофии слизистой оболочки, кишечная метаплазия с последующим интраэпителиальной неоплазии и, наконец, инвазивные аденокарциномы [4]. Генетическая характеристика образцов ткани в интраэпителиальной стадии неоплазии бы внести существенный вклад в наше понимание молекулярной патогенезе рака желудка. Тем не менее, эти поражения лишь в редких случаях обнаружены, возможно, из-за быстрого прогрессирования через эту стадию к раку, и, как правило, присутствуют только в тех частях образцов биопсии, затрудняя геномный анализ этих поражений. Анализ альтернативных предраковых может, таким образом, по крайней мере частично, быть заменой. Развитие рака желудка через стадию аденомы, хотя и менее распространенным, является такой альтернативный маршрут. Эти аденомы иногда обнаруживаются во время гастроскопии и присутствует в виде крупных поражений, которые гистологически показывают интраэпителиальной неоплазии, что делает их пригодными для геномного анализа. Желудочные аденомы имеют прямое злокачественного потенциала и составляют приблизительно 20% всех эпителиальных полипов [5, 6]. Желудочные аденомы может иметь классический трубчатые, тубулярно или ворсинок морфологию с преимущественно кишечная типа эпителия, но также может появиться как пилорического железы аденомы [6]. Пилорического железы аденомы возникают из глубоких мукоидного желез в желудке и сильно положительны для муцина 6 [7, 8]. Значительное количество желудочного аденомы уже показывают прогрессии к аденокарциноме. На первом диагнозе около 30-40% всех пилорического железы аденомы уже показывают фокус карциномы [9, 10]. Для кишечного типа аденомы это число ниже и колеблется от 28,5% для ворсинок аденомы и 29,4% для аденомы тубулярно типа только 5,4% в трубчатых аденомы [11]. Оба аденокарциномы, бывшие аденомы кишечного типа и бывшие пилорические железы аденомы, показывают железистых структур, в отличие от диффузного рака желудка типа.
Ключевой особенностью в патогенезе большинства рака желудка, как и во многих других солидных злокачественных новообразований, является хромосомной нестабильности , в результате прибылей и убытков частей или даже целых хромосом [12]. Эти изменения хромосомные могут быть проанализированы с помощью сравнительной геномной гибридизации (CGH). Несколько предыдущих исследований обнаружили генетические изменения в желудочном аденомы с помощью этой техники, будучи прибыли на хромосоме 7Q, 8q, 13q, 20q, и потери на хромосоме 4p, 5q, 9p 17p и 18q [13-16]. Хотя редко и наблюдается только в аденомы с высокой интраэпителиальной неоплазии, высокий уровень усилений были обнаружены на хромосомах 7Q, 8p, 13q, 17Q и 20Q [13-16]. В желудочных аденокарцином, последовательно описанные хромосомные аберрации прибыли на хромосоме 3q, 7р, 7Q, 8q, 13q, 17Q и 20Q и потери на хромосоме 4К, 5q, 6Q, 9P, 17p и 18q. усилений высоком уровне были неоднократно обнаружены на 7Q, 8p, 8q, 17Q, 19q и 20q [14, 17-23]. Тем не менее, хромосомных аберраций, или ДНК, число копий изменяется, не однородны в раке желудка [24]. Подгруппы с различными формами копий ДНК количество изменений может быть признано, что было показано, что связано с клиническим исходом, а также [25].
В настоящем исследовании мы задались целью изучить вопрос о том двух морфологически различных категорий рака желудка предраковых состояний, т.е. кишечного типа и пилорического железы аденомы, будет носить различный характер изменения количества копий ДНК, возможно, отражает различные генетические пути желудочного канцерогенеза в двух типах аденомы.
наблюдались
Результаты изменения числа копий ДНК в 10 из 11 аденомы кишечного типа и 9 из 10 пилорические железы аденомы. Среднее число хромосомных событий, определяется как прибылей и убытков, за опухоли составила 6,0 (диапазон 0-18), в том числе 2,9 (диапазон 0-14) прибыли и 3.0 (диапазон 0-7) потерь. В аденомы кишечного типа, среднее число хромосомных событий на опухоль составила 6,5 (диапазон 0-18), из которых 3.4 (диапазон 0-14) прибыли и 3.1 (диапазон 0-7) потери, а в пилорического железы аденомы среднее цифры были 5,4 (диапазон 0-9), 2,4 (диапазон 0-7) и 3,0 (диапазон 0-7) соответственно.
в желудочном аденомы кишечного типа, наиболее распространенными аберраций наблюдаемые были успехи на хромосомах 8, 9q и 11Q, а также потери на хромосомах 5q, 6, 10 и 13. в четырех аденомы (36,4%), наблюдалось усиление хромосом 11q23.3 с общей области перекрытия 2,6 Мб. Усиление хромосомы 9q наблюдалось в четырех аденомы (36,4%) с 12,6 Мб общей области перекрытия, расположенного на хромосоме 9q33.1-q34.13. Усиление хромосомы 8 наблюдалась у трех аденом (31%), два из которых аденом показал усиление всей хромосомы 8, а третий аденома показал прирост хромосом 8p-q22.3 с дополнительным 28,7 усилением Мб на хромосоме 8q24.11 -qter. Кроме того, наблюдались прирост на хромосомах 1, 3, 6р, 7, 11p, 12p, 13q, 16, 17, 19, 20 и 22q. Нет усилений не было замечено в аденом кишечного типа. Наблюдались
делеции на хромосоме 13 в семи аденом кишечного типа (64%). Из них пять показали 11,9 Мб удаления хромосом 13q21.2-21.33 с дополнительным 7.7 Мб исключение на хромосоме 13q31.1-31.3. Два других аденомы показали 16.6 Mb удаление 13q14.3-31. Делеция на хромосоме 6 наблюдалась у шести аденом (55%), с перекрывающейся области 68,9 Mb, расположенных на 6cen-q22.1. Делеция хромосомы 5q наблюдалась в четырех аденомы (36%) с общей области перекрытия, расположенного на хромосоме 5q22.1-q23.2. Кроме того, наблюдалось удаление всей хромосомы 10 в четырех аденом (36%). Другие потери, наблюдаемые в аденомы кишечного типа были расположены на хромосомах 8q, 9P, 10, 12Q, 20Q и 21. Обзор всех числа копий ДНК аберраций аденомы кишечного типа показан в таблице 1.Table 1 Обзор ДНК количество копий изменяется в 11 аденомы кишечного типа
<й>
аберраций хромосомных

<й>
Обрамление клоны

<й>
<й>
Опухоль ID

Прибыли

потерь
размер
сегмента (Мб)

Начало

Конец

1 1p-p36.11
26,68
RP11-465B22
RP1-159A19
5q13.2-Q23 0,2
55,26
RP11-115I6
CTB-1054G2
6p21.33-p21.1
13,78
RP11-346K8
RP11-227E22
6p21.1 -q16.1
52,05
RP11-89I17
RP3-393D12
9q33.1-34.2
17,32
RP11-27I1
RP11-417A4
11q23.3
4,80
RP11-4N9
RP11-730K11
13q21.1-q31.3
39.63
RP11-200F15
RP11-62D23 страница 2 1p -1p33
46,90
RP11-465B22
RP11-330M19
6p21.33-p21.1
14,12
RP11-346K8
RP11-121G20
6p21.1 -q16.2
54,91
RP11-554O14
RP11-79G15
8p-q22.3
105,67
GS1-77L23
RP11-200A13
8q24.11 -qter
28,65
RP11-278L8
RP5-1056B24
9q33.1-q34.2
13,63
RP11-85O21
RP11-417A4
11p11.2 -q13.5
31,69
RP11-58K22
RP11-30J7
11q23.3
2,62
RP11-4N9
RP11-62A14
12q13.11-Q14 .1
10,57
RP11-493L12
RP11-571M6
13q21.1-q21.33
18,24
RP11-200F15
RP11-335N6
13q31.1 -q31.3
12,49
RP11-533P8
RP11-62D23
16p13.3-Q21
57,26
RP11-243K18
RP11-405F3
16q21-q22 .1
5,97
RP11-105C20
RP11-298C15
16q22.1-q24.3
22,46
RP11-63M22
CTC-240G10
17 <бр> 81,24
GS1-68F18
RP11-567O16
19
61,01
CTB-1031C16
GS1-1129C9
20q11.21-q11.23
5.09
RP3-324O17
RP5-977B1
20q13.12-qter
19,60
RP1-138B7
CTB81F12 страница 3 - Форум -
4 <бр> 6p21.1
3,32
RP11-79J5
RP11-121G20
6p12.3-q22.1
76,38
RP11-79G12
RP11-59D10
7
156,89
RP11-510K8
CTB-3K23
8q22.3-q23.3
9,69
RP11-142M8
RP11-261F23
9q33.1-Q34 .13
12,58
RP11-55P21
RP11-83N9
11q23.3
3.04
RP11-4N9
RP11-8K10
13q21.2-q21.33
17,05
RP11-240M20
RP11-77P3
13q31.1-q31.3
11,68
RP11-400M8
RP11-100A3
16q23.2-Q24 .3
8,92
RP11-303E16
RP4-597G12
20P-q13.2
53,40
CTB-106I1
RP5-1162C3
20q13.31-qter
8,06
RP5-1167H4
CTB-81F12
22q
33,72
XX-P8708
CTB-99K24 страница 5 12q24.31-qter <бр> 11,75
RP11-322N7
RP11-1K22
6 страница 3 193,37
RP11-299N3
RP11-279P10
6cen-q24.1
88.49
RP11-91E17
RP11-86O4
7
156,09
RP11-510K8
RP11-518I12
8
144,26
RP11-91J19
RP5 -1118A7
13q21.1-q21.33
11,86
RP11-640E11
RP11-452P23
13q31.1-q31.3
9,62
RP11-400M8 <бр> RP11-306O1
20q13.2-q13.31
1,41
RP11-212M6
RP4-586J11
7
5q21.1-qter
80.52
КТК -1564E20
RP11-281O15
10
132,19
RP11-29A19
RP11-45A17
13q21.33-31.1
8,76
RP11-209P2
RP11 -470M1
8
5q22.1-q23.2
13.28
RP11-276O18
RP11-14L4
6p12.3-q22.1
74,37
RP11 -89l17
RP11-149M1
9p21.1-PTER
31,18
RP11-147I11
RP11-12K1
10
133,18
RP11-10D13
RP11 -45A17
13q14.3-q31.3
39,71
RP11-211J11
RP11-306O1
17
77,65
GS1-68F18
RP11-398J5 <бр> 19
63,31
CTC-546C11
СТД-3138B18
20
60,87
RP4-686C3
RP4-591C20
22q
31,25
XX -bac32
CTA-722E9
9
5q14.3-q23.2
33,06
RP11-302L17
RP11-14L4
6p22.2-q22.3 <бр> 8,44
RP11-91n3
RP11-88h24
6p12.1-q24.1
88.89
RP11-7h16
RP11-368P1
8
145,95 <бр> GS1-77L23
CTC-489D14
9q33.1-qter
13,60
RP11-91G7
GS1-135I17
10
133,18
RP11-10D13 <бр> RP11-45A17
11q23.3
3,16
RP11-4N9
RP11-215D10
13q14.3-qter
58,59
RP11-240M20
RP11-480K16
20q13.2-q13.31
1,96
RP11-55E1
RP5-832E24
21cen-q21.3
17,39
RP11-193B6
RP11-41N19
10
8q22.3-q23.3
12,93
RP11-142M8
RP11-143P23
10
134,52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q21.1-q21.33
18,03
RP11-322F18
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
8,99
RP11-533P8
RP11 -505P2
11
-
-
наиболее частым аберрация наблюдается в пилорического железы аденомы были прибыли по хромосоме 20 и потери на хромосомах 5q и 6. доходы по хромосоме 20 были замечены в четырех аденомы (40 %). Три аденомы показали прирост на 9,8 Мб хромосом 20q13.12-q13.33, и усиление целой хромосомы 20 наблюдалась в другом аденомы. Кроме того, успехи были замечены на хромосомах 1, 3q, 5q, 7, 9q, 11Q, 12Q, 13q, 15q, 17 и 22q. Один пилорического аденома железы показала уточнениями, расположенные на 12q13.2-q21.1 и 20q13.3-q13.33.
Пять пилорического железы аденомы (50%) показали потерю хромосомы 5q, два из которых потеряли целую хромосому руки, в то время как два аденомы показал 22.4 Мб удаление 5q11.2-q13.3 и один аденомы 40,3 Mb делеция 5q21.1-q31.2. Потеря хромосомы 6 наблюдалось в четырех пилорического железы аденомы (40%), три из которых показали полную потерю 6Q и один аденома показал 51,2 Mb удаление 6p21.1-q16.3. Другие хромосомные потери наблюдались на хромосомах 1p, 2q, 4, 9P, 10, 12q 13q, 14Q, 16, 18q, 20q и 21. Обзор числе копий ДНК аберраций пилорического железы аденомы показан в таблице 2.Table 2 Обзор количества копий ДНК изменяется в 10 пилорического железы аденомы
<й>
хромосомных аберраций

<й>
фланкирующих клоны

<й>
<й>
Опухоль ID

Прибыли

потери

размер сегмента (Mb )

Начало

Конец

12
1q21.3-q23.3
9,95
RP11-98D18
RP11-5K23 <бр> 1q42.13-Q43
14,07
RP11-375H24
RP11-80B9
3q
111.59
RP11-312H1
RP11-23M2
5q35.1-Q35 .3
9,11
RP11-20O22
RP11-451H23
6Q
115,76
RP11-524H19
RP5-1086L22
7
156,09
RP11 -510K8
RP11-518I12
17
77,48
RP11-4F24
RP11-313F15
20
63,47
CTB-106I1
CTB-81F12 <бр> 13
-
-
14 4
191,13
CTC-963K6
RP11-45F23
5q
128,59
СТД-2276O24 <бр> RP11-281O15
14Q
83,81
RP11-98N22
RP11-73M18
16
89,71
RP11-344L6
RP4-597G12
20q13.2 -q13.33
10,84
RP4-724E16
CTB-81F12
15
9q33.2-q34.3
16,81
RP11-57K1
RP11-83N9
11q23.2-q24.3
16,04
RP11-635F12
RP11-567M21
12q14.3-Q15
2,58
RP11-30I11
RP11-444B24
20q13.31-q13.33
6,86
RP5-1153D9
RP5-963E22
22q
32,53
XX-p8708
CTA-722E9
16
9q33.3-qter
13,57
RP11-85C21
GS1-135I17
10p12.1-qter
110,28
RP11-379L21
RP11-45A17 <бр> 11q23.1-q24.3
17,72
RP11-107P10
RP11-567M21
13q31.1-q32.1
10.84
RP11-661D17
RP11-40H10
20q13.2-q13.31
1,96
RP11-55E1
RP4-586J11
17
1p34.3-PTER
35.59
RP1-37J18 <бр> RP11-204L3
1p33-qter
203.62
RP4-739H11
RP11-551G24
2q31.1-qter
66,00
RP11-205B19
RP11-556H17
5q21.1-q31.2
40,27
СТД-2068C11
RP11-515C16
5q31.3-qter
39,06
СТД-2323H12
RP11-451H23
6Q
113.61
RP11-89D6
CTB-57H24
10
134,52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q31.1-qter <бр> 36,14
RP11-388E20
RP11-245B11
20q13.2-qter
11,24
RP11-15M15
RP5-1022E24
18
5q11.2-Q21 0,2
51,24
CTC-1329H14
RP1-66P19
6p12.1-q16.3
51,24
RP11-7H16
RP11-438N24
9pter-Q13
66,82
GS1-41L13
RP11-265B8
10
133,04
RP11-10D13
RP11-45A17
13q21.1-q21.33
18.39
RP11-240M20
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
12,45
RP11-551D9
RP11-100A3
21cen-q21.3
17.39
RP11-193B6
RP11-41N19
19
1p32.3-p21.1
50.40
RP11-117D22
RP5-1108M17
5q11.2-Q13 .3
24,64
RP4-592P18
СТД-2200O3
13q12.11-q14.3
31.58
RP11-187L3
RP11-327P2
15q12-Q26 .3
77,21
RP11-131I21
CTB-154P1
18q21.1-q23
31.31
RP11-46D1
RP11-154H12
22q13.2-qter
10,02
CTA-229A8
CTA-799F10
20
9p-Q13
66.57
GS1-41L13
RP11-274B18
12q13.2-Q21 0,1 (усиление)
19,50
RP11-548L8
RP11-255I14
12q21.2-qter
55,56
RP11-25J3
RP11-1K22
18q21. 31-Q23
23,28
RP11-383D22
CTC-964M9
20q13.13-q13.33 (усиления)
14,62
RP5-1041C10
RP5-1022E24 <бр> 21
5p
43,15
СТД-2265D9
RP11-28I9
5q
130,26
RP11-269M20
RP11-451H23
6p
62,57
CTB-62I11
RP11-506N21
6Q
106,73
RP11-767J14
RP5-1086L22
наиболее распространенные аберраций разделяемых железы аденомы и кишечного типа и пилорического были усиление хромосом 9q (29%), 11q (29%), и 20q (33%) и потеря хромосомы 5 (43%), 6 (48%), 10 (33%) и 13q (48%). Путем сравнения кишечного типа и пилорического железы аденомы, ГКГ Multiarray выявлено восемь клонов будут значительно отличаться, шесть из которых были расположены на хромосоме 6q14-Q21 (р = 0,02 до 0,05), а также два клона на хромосоме 9p22-p23 (р = 0,02 и 0,04, соответственно) (рисунок 1). Нет генов, расположенных в областях, охватываемых этими клонами не было известно, участвует в связанных с раком биологических процессов. Тем не менее, ГКГ Multiarray область, после введения поправки на множественность, дали уровень ложных обнаружения (FDR) 1 для всех этих регионов, указывает на отсутствие существенных различий между этими двумя различными типами аденом на хромосомном уровне. Неконтролируемое иерархический кластерный анализ дали 2 кластеров. Не было обнаружено никаких существенных ассоциаций здесь (р = 0,8). Рисунок 1. Сравнение ДНК число копий изменений в кишечных и привратника желудка аденомы типа железы. Р-значение (Y-ось) рассчитывали для каждого клона, на основе теста Вилкоксона со связями, и наносили на график в хромосомном порядке от хромосомы 1 до 22 (ось х). Восемь клонов достигли уровня значимости (р &л; 0,05)., Но не удалось сохранить значительно низкий уровень ложных обнаружения после коррекции для множественного сравнения
Обсуждение
Учитывая гетерогенный фенотип рака желудка, настоящее исследование в первую очередь направлены для сравнения изменения количества копий между аденом кишечного типа и пилорического железы аденомы, для того, чтобы найти ведет к генетическим путей, участвующих в патогенезе рака желудка. Аденома к карциноме прогрессия наблюдается в 30-40% пилорического железы аденомы и приблизительно 5-30% от аденомы кишечного типа (от примерно 5% в трубчатых аденом до почти 30% для тубулярно и ворсинок аденомы) [9-11], что указывает на прямую злокачественный потенциал этих двух типов аденомы и делая желудка аденомы подходящую модель для выявления ранних событий в желудочном канцерогенезе.
железы аденомы пилорического составляют недавно признанный объект [8, 26]. Насколько нам известно, этот тип аденомы никогда не анализировали с помощью массива CGH раньше. Среднее число событий в этом типе аденомы 5,4 (0-9), с 2,4 (0-7) прибыли и 3 (0-7) потерь. Это сопоставимо со средним числом аберраций в аденомы кишечного типа (6,5 (0-18), 3,4 (0-14) и 3.1 (0-7) соответственно). В пилорического железы аденомы, частые события были усиления на хромосоме 20 и потерь на хромосомах 5q и 6, в то время как аденомы кишечного типа в основном показали прирост на 8 хромосом, 9q и 11q, а потери на хромосомах 5q, 6, 10 и 13. В в настоящем исследовании, усиление 7-й хромосомы была менее распространена, чем найденных ранее [16]. Хотя эти часто измененные области отличаются между этими двумя типами аденом, иерархический кластерный анализ не отдельные группы. Кроме того, ГКГ Multiarray области не выявили каких-либо существенных различий после коррекции для множественных сравнений. Это отсутствие статистически значимых различий может быть из-за ограниченного размера выборки в сочетании с тем, что в общем случае, аденомы обнаруживают незначительную хромосомных аберраций. С другой стороны, это может быть просто, что эти морфологически разные сущности не отличаются с точки зрения хромосомных прибылей и убытков. Не найдя каких-либо существенных различий на хромосомном уровне не исключает другие генетические и биологические различия, такие как мутации или метилирования промоторов статуса специфических генов.
уже обнаружены в аденомах Аберрации могут быть ранние события в ступенчатом процессе накапливающихся изменений, которые могут вызвать прогрессирование аденомы к карциноме. Как и следовало ожидать, среднее число хромосомных событий была ниже в аденом по сравнению с карцином [13, 14, 27]. Кроме того, высокие усилений уровня являются редкостью в аденомы, в то время как раки часто показывают уточнениями высокого уровня [13, 16].
Аберраций, найденные в обоих кишечном типа и пилорического железы аденомы, таких как потери на хромосоме 5q, также часто обнаруживаемых в желудочных карцином [15, 19, 28]. Предыдущие результаты CGH показали значительно большее количество потерь в хромосому 5q кишечного типа рака по сравнению с диффузным типа рака [29]. Хромосома 6, также теряется в обоих типах аденом, часто удаляется в желудочном карцином, как определено исследованиями Loh [30, 31]. Кроме того, сообщалось хромосома 6Q делеция участвовать в ранней стадии рака желудка, так как хромосома 6q делеций часто обнаруживаются в ранних стадиях рака желудка, а также в кишечной метаплазией [31, 32]. Потери хромосом 10 и 13 были ранее наблюдали в аденом на более низких частотах. В желудочных карцином, оба прибыли и потери хромосомы 10 и 13 были обнаружены в предыдущих исследованиях CGH [15, 19, 21, 33]. Хромосома 10 гаваней онкоген FGFR2
(10q26) и гены-супрессоры опухолей PTEN /MMAC1
(10q23) и DMBT1
(10q25-Q26), оба участвуют в канцерогенезе, которые могли бы объяснить наблюдение как выгоды и потери хромосом 10 в желудочных карцином [34-36]. Действительно хромосомы 13 гаваней гены-супрессоры опухолей, такие как BRCA2
(13q12.3) и гена ретинобластомы (RB1
) (13q14). В отличие от этого, усиление хромосомы 13q коррелирует с колоректальным прогрессии аденома-к-карциномой, и амплификация хромосомы 13 наблюдается в желудочном аденом с тяжелыми интраэпителиальной неоплазии [14, 37]. Точная роль хромосомы 13 аберрацией при раке желудка, поэтому еще предстоит решить.
Наиболее частая копия получает номер наблюдались на хромосомах 8, 9q, 11Q и 20. Особенно прирост хромосом 8 и 20 согласуются с предыдущими (массив) исследования CGH в обоих желудочных аденом и карцином желудка [13-16, 19, 25], о причастности это как ранние события в tumourigenesis. Хотя усиление хромосомы 11q не была описана как частое событие в аденомы, коэффициента усиления карцином или усиления на хромосоме 11q является общим [13-16]. В настоящем исследовании усиления хромосомы 11q часто наблюдалась в аденомы, подразумевая злокачественное потенциал этих аденомы.
Вывод изображения Эти данные указывают на то, что прибыль от хромосом 8, 9q, 11Q и 20 и потерь на хромосомах 5q, 6, 10 и 13 являются ранние события в желудочном канцерогенезе. Несмотря на фенотипические различия, кишечная типа и привратника аденома железы существенно не отличаются на уровне ДНК изменения количества копий.
Методы
Материал
Двадцать один парафином желудка аденомы, 11 кишечного типа и 10 пилорические железы аденомы, были включены в это исследование (Рис 2А и 2В). Опухолевые и данные пациента приведены в таблице 3. Для каждого случая, область опухоли, состоящую по меньшей мере на 70% опухолевых клеток была разграничена на гематоксилином в 4 мкм и эозином срез окрашивали ткани. Прилегающие 10-15 секций серийные ткани 10 мкм окрашивали гематоксилином и соответствующая область опухоли микродиссекции с помощью хирургического ножа. Секция окончательный 4 мкм "бутерброд" был сделан и окрашивали hemotoxylin и эозином, для сравнения с первого слайда в качестве контроля. После депарафинизации, ДНК экстрагировали методом колоночной основе (QIAamp ДНК Mini Kit; Qiagen, Westburg, Leusden, NL) [38] .table 3 Опухоль и информация о пациенте
Опухоль ID

тип Аденома

Оценка дисплазии

Пол
<бр> Age

Опухоль ID

тип Аденома

класс dysplasie

Пол

Возраст

1 <бр> кишечные
Умеренный
Мале
75
12
пилорического железы
Умеренная
Мужской
78 страница 2 кишечные
Умеренная
Мужчина
45
13
пилорического железы
Mild
Male
50 страница 3 Кишечные
Умеренный
Мужской
80
14
пилорических железы
Тяжелая
Женский
76 4
кишечными
Умеренный
Мале
79
15
пилорического железы
Умеренный
Female
85 страница 5 Кишечные
Умеренный
Мале
76
16
пилорического железы
Умеренная
Мужской
63
6
Кишечные
Умеренный
Мужской
75
17
Пилорических железа
Mild
Female
86
7
Кишечные <бр> Мягкая
Мужской
57
18
Пилорических железа
Умеренный
Женский
59
8
кишечными
Умеренная
Мужской
64
19
пилорических железа
Умеренный
Мужской
69
9
кишечными
Mild
Male
63
20
пилорического железой
Умеренный
Женский
78
10
кишечными
Mild
Male
75
21
Пилорических железы
Умеренный
Мужской
?
11
Кишечные
Умеренный
Женский
45 Рисунок 2
Haematoxilin и эозином (исходное увеличение × 400) кишечного типа (а) и пилорического железы ( Б) желудка аденомы. А. Кишечные типа аденома желудка, состоящий из беспорядочно расположенных желез, состоящих из кишечного эпителия типа с эозинофильной цитоплазмой и увеличенными ядрами. B. Пилорических железы аденома желудка, состоящей из плотно спина к спине упакованных желез, состоящий из клеток с бледной цитоплазмой и маленькими ядрами круглыми гиперхромными.
Геномную ДНК, полученную из периферической крови от десяти здоровых людей объединяли (или десять самок или десять самцов , в зависимости от пола пациента, от которого был получен аденома) и использовали в качестве эталонной контрольной ДНК.
Массив ГКГ

Массив ГКГ проводили, по существу, как описано ранее [39]. Вкратце, 300 нг опухоли и ссылки на ДНК, секс-несоответствие в качестве экспериментального контроля, метили с помощью случайного праймера (Bioprime Этикетировочное System ДНК, Invitrogen, Breda, NL), каждый в объеме 50 мкл. Номера включены нуклеотиды были удалены с помощью ProbeQuant G-50 микроколонках (Amersham Biosciences). Су3 маркированы тест-геномной ДНК и Cy5 маркированы ссылка ДНК были объединены и совместно осаждают с помощью 100 мкг человеческой Cot-1 ДНК (Invitrogen, Breda, NL) добавлением 0,1 объема 3 М ацетата натрия (рН 5,2) и 2,5 объемов ото льда холодный 100% -ного этилового спирта. Осадок собирали центрифугированием при 14000 оборотов в минуту в течение 30 минут при 4 ° С, и растворяли в 130 мкл гибридизация смеси, содержащей 50% формамида, 2 × SCC и 4% SDS. Раствор гибридизацию нагревали в течение 10 минут при 73 ° C для денатурации ДНК, с последующим 60-120 минут инкубации при 37 ° С, чтобы позволить ДНК Cot-1, чтобы блокировать повторяющиеся последовательности. Смесь гибридизовали на массив, содержащий приблизительно 5000 клонов пятнистый в трех экземплярах и распространяться вдоль всего генома со средним разрешением 1.0 Мб. Клоны состоят из клона Sanger BAC набор со средним разрешением вдоль всего генома 1,0 Mb [40], то OncoBac установлено [41], а также отдельные клоны, представляющие интерес, полученные из детской больницы научно-исследовательского института Oakland (CHORI). Отобранные клоны содержат коллекцию BAC-клонов на хромосоме 6 заполнение пробелов размером более 1 Мб, а конти- полного охвата по конкретным регионам на хромосомах 8, 13 и 20. Скрещивание проводили в в гибридизация станции (Hybstation12 - Perkin Elmer Life Sciences, Завентем, BE) и инкубировали в течение 38 ч при 37 ° С. После гибридизации слайды промывали в растворе, содержащем 50% формамид, 2 × SCC, рН 7 в течение 3 минут при 45 ° С, а затем 1 минуту стирка при комнатной температуре с PN-буфере (PN: 0,1 М sodiumphosphate, 0,1% Нонидет P40, рН 8), 0,2 × SSC, 0,1 × SCC и 0,01 × SCC. приобретение
изображений и анализ данных
изображения массивов были получены путем сканирования (Agilent микроматрице ДНК сканер- технологии компании Agilent, Пало-Альто, США ) и количественное определение сигнальных и фоновых интенсивностей для каждой точки для двух каналов Cy3 и Cy5 проводили Imagene 5.6 программного обеспечения (Biodiscovery Ltd, Марина-дель-Рей, штат Калифорния, США). Местный фон был вычтен из сигнала были рассчитаны средние интенсивности и опухоли с учетом исходных соотношений. Соотношения были нормализованы по отношению к режиму соотношений всех аутосом. Клоны с плохим качеством одного из трех повторах и гибридизации со стандартным отклонением (SD) ≤ 0,22 и клоны с &GТ; 50% пропущенных значений во всех аденом были исключены, в результате чего 4648 клоны для дальнейшего анализа. Все последующие анализы были сделаны с учетом позиции клона от УСК May2004 заморозке человеческого Золотого Пути.
Массив ГКГ сглаживать [42, 43], был использован для автоматического обнаружения контрольных точек для определения прибыли от копирования цифровых и потерь. Так как изменение качества наблюдается в ДНК, полученной из фиксированных формалином погруженных в парафин тканей желудка, были применены различные параметры сглаживания, в зависимости от качества гибридизации. Для получения массива ГКГ профилей со стандартным отклонением, меньшим или равным 0,15, от 0,15 до 0,20 или от 0,20 до 0,22, приложенное сглаживания параметров для определения прибыли и убытки, были 0,10, 0,15 и 0,20 соответственно. Журнал <суб> 2 опухоли ссылаться на соотношение выше 1 рассматривается как усиление.
Статистический анализ
неконтролируемой иерархического кластерного анализа был проведен анализ распределения геномных профилей всех аденом с использованием программного обеспечения TMEV 3.0.3 [44] , На основе нормализованного сглаженной журнала <югу> 2 опухоли нормальных отношений интенсивности флуоресценции, иерархическое дерево было построено с использованием параметров полной рычажной и евклидово расстояние. Хи-квадрат Пирсона тест использовали для анализа корреляции между членством кластера и типа аденомы (SPSS 11.5.0 для окон, SPSS Inc, Чикаго, штат Иллинойс, США).

номер копии ДНК профили желудка предшественника рака lesions

Исследования

Исследования

Other Languages