broj DNK kopija profili želučane preteča raka lesions

DNA broja kopija profila želučanog raka prekursora lezija pregled apstraktne pregled Pozadina pregled, kromosomske nestabilnosti (CIN) je najčešći tip genomske nestabilnosti u želučanih tumora, ali njegova uloga u maligna transformacija sluznice želuca još uvijek nejasna. U ovom istraživanju, krenuli smo proučiti jesu li dva morfološki različite kategorije želučanog karcinoma prekursora lezija, odnosno crijevni tip i adenoma pilorusa žlijezde, će nositi različite uzorke DNK broja kopija promjene, možda odražava različite genetske putove želuca karcinogeneze u tim dvije vrste adenom. | Rezultati
Korištenje 5K BAC array CGH platformu, pokazali smo da je najčešći aberacije dijele adenoma žlijezda s 11 crijevna tipa i 10 pilorusa su dobici od kromosoma 9 (29%), 11q ( 29%) i 20 (33%), a gubici kromosoma 13q (48%), 6 (48%), 5 (43%) i 10 (33%). Najčešći poremećaji u crijevni tipa želučane adenom su dobici od 11q, 9q i 8, a gubici na kromosomima 5q, 6, 10 i 13, dok je u pyloric žlijezda želuca adenoma To su bili dobici na kromosomu 20 i gubici 5q i 6. Međutim, nije uočena značajna razlika između dvije vrste adenoma. pregled Zaključak
rezultati upućuju na to da dobici kromosoma 8, 9q, 11q i 20, i gubitaka na kromosomima 5q, 6, 10 i 13, vjerojatno predstavlja rano događaji u želučanoj karcinogeneze. U fenotipsku subjekti, crijevna tipa i adenoma pilorusa žlijezda, međutim, ne značajno (P = 0,8) razlikuju na razini DNA broj kopija promjena. Pregled Pozadina pregled, želučani karcinom je drugi najčešći zloćudni tumor u svijetu i prognoza ove maligne bolesti i dalje je vrlo loše. [1] Želučani incidenciji raka i mortaliteta su razlike između različitih zemalja unutar Europske unije [2]. U Nizozemskoj je na petom kao uzrok smrti od raka, sa oko 2.200 novih slučajeva svake godine [3]. Kirurgija s namjerom izliječenja je tretman izbora u naprednim slučajeva raka želuca, dok lokalna endoskopska mucosectomy može biti ljekovito početkom raka želuca. Otkrivanje i uklanjanje želučanih neoplazija u ranoj ili čak premalignog država će doprinijeti smanjenju smrti zbog karcinoma želuca. Da bi se postigao ovaj cilj, bolji testovi za rano otkrivanje raka želuca su potrebni, te bolje razumijevanje biologije želučanog raka progresije je presudno u tom pogledu. Pregled Prema Correa modelu, patogeneza crijevne tipa želučanog adenokarcinoma slijedi stazu kroničnog aktivnog gastritisa zbog Helicobacter pylori pregled, infekcije, što je dovelo do mukozne atrofije, intestinalne metaplazije slijede intraepitelna neoplazija i konačno invazivni adenokarcinom [4]. Genetska karakterizacija uzoraka tkiva u intraepitelne neoplazije fazi će znatno pridonijeti našem razumijevanju molekularne patogeneze raka želuca. Međutim, ove promjene su samo rijetko otkrije, vjerojatno zbog brzog napredovanja kroz ovu fazu ka rak, i obično su prisutne samo u dijelovima uzorka biopsije, ometanje genomske analize tih lezija. Analiza alternativnih prekursora lezija može, dakle, barem djelomično, biti zamjena. Razvoj karcinoma želuca kroz adenom fazi, iako je manje uobičajene, takav alternativni put. Ove adenoma povremeno su otkrivene tijekom gastroskopija i prisutan kao velikih oštećenja koja histološki pokazuju unutar neoplazija, što ih čini pogodnim za genomske analize. Želučani adenoma imati izravan maligni potencijal i čine oko 20% svih epitelnih polipa [5, 6]. Želučani adenomi mogu imati klasični cijevnom tubulovillous ili dlakavi morfologiju s pretežno crijevna tipa epitela, ali se može pojaviti i kao adenom pilorusa žlijezda [6]. adenoma pilorusa žlijezda proizlaze iz dubokih mukoidan žlijezde u želucu i jako pozitivna za mucin 6 [7, 8]. Znatan broj želučanih adenoma već pokazuju napredak u adenokarcinoma. Na prve dijagnoze oko 30-40% svih adenoma pilorusa žlijezde već pokazuju fokus karcinoma [9, 10]. Za crijevna tipa adenoma je taj broj manji i varira od 28,5% za dlakavi adenoma i 29,4% za tubulovillous adenoma tipa na samo 5,4% u cjevastih adenoma [11]. Oba adenokarcinoma, bivši crijevna tipa adenoma i bivši adenoma pilorusa žlijezda, pokazuju žljezdane strukture, za razliku od difuznog tipa raka želuca.
Ključna značajka u patogenezi većine želučanih karcinoma, kao iu mnogim drugim čvrstih tumora je kromosomske nestabilnosti , što je rezultiralo u dobicima i gubicima od dijelova ili čak cijelih kromosoma [12]. Te kromosomske promjene mogu se analizirati poredbenom genomske hibridizacijom (CGH). Nekoliko prethodnih studija otkriti genetske promjene u želučanom adenoma u ovoj tehnici, što je dobitak na kromosomu 7q, 8q, 13q, 20q, a gubici na kromosomu 4p, 5q, 9p 17p i 18q [13-16]. Iako je neobično, i samo promatrati u adenoma s visokog stupnja intraepitelne neoplazije, visok stupanj pojačanja su otkrivena na kromosomima 7q, 8P, 13q, 17q i 20q [13-16]. U želučanog adenokarcinoma, dosljedno opisani kromosomske aberacije su dobici na kromosomu 3. kvartalu, 7p, 7q, 8q, 13q, 17q i 20q i gubitaka na kromosomu 4Q, 5q, 6q, 9p, 17p i 18q. Visoke razine pojačanja su u više navrata bila otkrivena na 7q, 8P, 8q, 17q, 19q i 20q [14, 17-23]. Ipak, promjene kromosomske aberacije, ili DNK broj kopija, nisu jedinstveni u rakom želuca [24]. Podgrupe s različitim uzorcima DNK broja kopija promjena može prepoznati, što su pokazala da je povezan s kliničkim ishodom, kao i [25].
U ovom istraživanju, krenuli smo na studij li dvije morfološki različite kategorije raka želuca prekursora lezije, tj crijevna tipa i adenoma pilorusa žlijezde, će nositi različite uzorke DNK broja kopija promjene, možda odražava različite genetske putove želučane karcinogeneze u dvije vrste adenoma. | Rezultati
DNA broja kopija promjene zabilježene su u 10 od 11 crijevna tipa adenoma i 9 od 10 adenoma pilorusa žlijezda. Prosječan broj kromosomskih događaja, definirana kao dobici i gubici, po tumora bio je 6,0 (raspon 0-18), uključujući i 2,9 (raspon 0-14) dobici i 3,0 (raspon 0-7) gubitaka. U crijevni tipa adenoma, a prosječan broj kromosomskih događaja po tumor bio 6.5 (raspon 0-18), od kojih 3.4 (raspon 0-14) dobici i 3.1 (raspon 0-7) Gubici, au pyloric žlijezde adenomi srednju brojevi su 5,4 (raspon 0-9), 2.4 (raspon 0-7) i 3.0 (raspon 0-7), pojedinačno.
u probavnom tipa želučane adenoma, najčešće aberacije uočene su dobici od kromosoma 8, 9q i 11q, a gubici na kromosomima 5q, 6, 10 i 13 godina u četiri adenoma (36,4%), dobit od kromosoma 11q23.3 je promatrana sa zajedničkim regiji preklapanja 2,6 Mb. Dobitak od kromosoma 9q zabilježeno je u četiri adenoma (36,4%) s 12,6 Mb zajedničkoj regiji preklapanja koja se nalazi na kromosomu 9q33.1-q34.13. Dobitak kromosoma 8 uočen je u tri adenoma (31%), od kojih su dvije adenoma je pokazao dobit od cijelog kromosoma 8, a treći adenom je pokazao dobit od kromosoma 8P-q22.3 s dodatnim 28,7 Mb dobitak na kromosomu 8q24.11 -qter. Osim toga, u prednosti su promatrane na kromosomima 1, 3, 7, 6p, 11P, 12P, 13q, 16, 17, 19, 20 i 22q. Nema povećavanje vidjeti u intestinalni tipa adenoma.
Brisanja na kromosomu 13 su kod sedam intestinalni tipa adenoma (64%). Od toga, pet je pokazao 11,9 Mb brisanje kromosoma 13q21.2-21.33 s dodatnim 7,7 Mb delecije na kromosomu 13q31.1-31.3. Druge dvije adenoma pokazala je 16.6 Mb brisanje 13q14.3-31. Delecije na kromosomu 6, kod šest adenoma (55%), s preklapajućom regijom od 68,9 Mb nalaze na 6cen-q22.1. Deleciju kromosoma 5q zabilježeno je u četiri adenoma (36%) sa zajedničkom području preklapanja smješten na kromosomu 5q22.1-q23.2. Osim toga, delecijom cijelog kromosoma 10 opažena je u četiri adenoma (36%). Ostali gubici uočene u intestinalni tipa adenoma se nalazi na kromosomima 8q, 9p, 10, 12q, 20q i 21. Pregled svih brojeva DNK kopija zastranjenja u crijevnoj tipa adenoma prikazana je u tablici 1.Table 1. Pregled DNK broj kopija mijenja u 11 crijevna tipa adenoma pregled pregled kromosomskih aberacija
pregled bočne klonove
pregled pregled tumora ID
dobici
gubicima
veličine pregled po segmentu (Mb) pregled
Početak pregled
End
1
1P-p36.11 pregled 26.68
RP11-465B22 pregled RP1-159A19 pregled 5q13.2-P23 0,2 pregled, 55.26
RP11-115I6 pregled CTB-1054G2
6p21.33-p21.1 pregled 13.78
RP11-346K8 pregled RP11-227E22 pregled 6p21.1 -q16.1 pregled 52.05
RP11-89I17 pregled RP3-393D12 pregled 9q33.1-34.2 pregled 17.32
RP11-27I1 pregled RP11-417A4 pregled 11q23.3 pregled 4,80 pregled RP11-4N9 pregled RP11-730K11 pregled 13q21.1-q31.3 pregled 39.63
RP11-200F15 pregled RP11-62D23 pregled 2 pregled, 1P -1p33 pregled 46.90
RP11-465B22 pregled RP11-330M19 pregled 6p21.33-p21.1 pregled 14.12
RP11-346K8 pregled RP11-121G20 pregled 6p21.1 -q16.2 pregled 54.91
RP11-554O14 pregled RP11-79G15 pregled 8P-q22.3 pregled 105,67 pregled GS1-77L23 pregled RP11-200A13 pregled 8q24.11 -qter pregled 28.65
RP11-278L8 pregled RP5-1056B24 pregled 9q33.1-q34.2 pregled 13.63 pregled RP11-85O21 pregled RP11-417A4 pregled 11p11.2 -q13.5 pregled 31.69
RP11-58K22 pregled RP11-30J7 pregled 11q23.3
2,62 pregled RP11-4N9 pregled RP11-62A14 pregled 12q13.11-P14 0,1 pregled, 10,57 pregled RP11-493L12 pregled RP11-571M6 pregled 13q21.1-q21.33 pregled 18.24
RP11-200F15 pregled RP11-335N6 pregled 13q31.1 -q31.3 pregled 12.49
RP11-533P8 pregled RP11-62D23 pregled 16p13.3-q21 pregled 57.26
RP11-243K18 pregled RP11-405F3 pregled 16q21-q22 0,1 pregled, 5.97 pregled RP11-105C20 pregled RP11-298C15 pregled 16q22.1-q24.3 pregled 22.46
RP11-63M22 pregled CTC-240G10 pregled 17
81,24 pregled GS1-68F18 pregled RP11-567O16 pregled 19 pregled 61.01 pregled CTB-1031C16 pregled GS1-1129C9 pregled 20q11.21-q11.23 pregled 5,09
RP3-324O17 pregled RP5-977B1 pregled 20q13.12-qter pregled 19.60
RP1-138B7 pregled CTB81F12 pregled 3 pregled -
- 4
6p21.1 pregled 3,32 pregled RP11-79J5 pregled RP11-121G20 pregled 6p12.3-q22.1 pregled 76,38 pregled RP11-79G12 pregled RP11-59D10 pregled 7 pregled 156,89 pregled RP11-510K8 pregled HTZ-3K23 pregled 8q22.3-q23.3 pregled 9,69 pregled RP11-142M8 pregled RP11-261F23 pregled 9q33.1-Q34 0,13 pregled 12.58
RP11-55P21 pregled RP11-83N9 pregled 11q23.3
3,04 pregled RP11-4N9 pregled RP11-8K10
13q21.2-q21.33 pregled 17.05
RP11-240M20 pregled RP11-77P3 pregled 13q31.1-q31.3
11.68 pregled RP11-400M8 pregled RP11-100A3
16q23.2-P24 0,3 pregled, 8,92 pregled RP11-303E16 pregled RP4-597G12 pregled 20P-q13.2 pregled, 53,40 pregled CTB-106I1 pregled RP5-1162C3 pregled 20q13.31-qter pregled 8,06 pregled RP5-1167H4 pregled CTB-81F12 pregled 22q pregled 33.72 pregled, XX-P8708
CTB-99K24
5 pregled 12q24.31-qter
11.75 pregled RP11-322N7 pregled RP11-1K22 pregled 6
3
193,37 pregled RP11-299N3 pregled RP11-279P10 pregled 6cen-q24.1 pregled 88.49 pregled RP11-91E17 pregled RP11-86O4 pregled 7 pregled 156,09 pregled RP11-510K8 pregled RP11-518I12 pregled osam pregled 144,26 pregled RP11-91J19 pregled RP5 -1118A7 pregled 13q21.1-q21.33 pregled 11.86
RP11-640E11 pregled RP11-452P23 pregled 13q31.1-q31.3 pregled 9.62
RP11-400M8
RP11-306O1 pregled 20q13.2-q13.31
1,41 pregled RP11-212M6 pregled RP4-586J11 pregled 7 pregled 5q21.1-qter pregled 80.52
CTC -1564E20 pregled RP11-281O15 pregled 10 pregled 132,19 pregled RP11-29A19 pregled RP11-45A17 pregled 13q21.33-31.1 pregled 8,76 pregled RP11-209P2 pregled RP11 -470M1
8 pregled 5q22.1-q23.2 pregled 13.28
RP11-276O18 pregled RP11-14L4 pregled 6p12.3-q22.1 pregled 74,37
RP11 -89l17 pregled RP11-149M1 pregled 9p21.1-pter pregled 31.18
RP11-147I11 pregled RP11-12K1 pregled 10 pregled 133,18 pregled RP11-10D13 pregled RP11 -45A17 pregled 13q14.3-q31.3 pregled 39.71
RP11-211J11 pregled RP11-306O1 pregled 17 pregled 77.65
GS1-68F18 pregled RP11-398J5
19 pregled 63.31 pregled CTC-546C11
CTD-3138B18
20 pregled 60.87
RP4-686C3 pregled RP4-591C20 pregled 22q pregled 31.25
XX -bac32 pregled HAT-722E9
9 pregled 5q14.3-q23.2 pregled 33.06 pregled RP11-302L17 pregled RP11-14L4 pregled 6p22.2-q22.3
8,44 pregled RP11-91n3 pregled RP11-88h24 pregled 6p12.1-q24.1 pregled 88,89 pregled RP11-7h16 pregled RP11-368P1 pregled osam pregled 145,95
GS1-77L23
CTC-489D14
9q33.1-qter pregled 13.60
RP11-91G7 pregled GS1-135I17 pregled 10 pregled 133,18 pregled RP11-10D13
RP11-45A17 pregled 11q23.3 pregled 3.16 pregled RP11-4N9 pregled RP11-215D10 pregled 13q14.3-qter pregled 58.59
RP11-240M20 pregled RP11-480K16 pregled 20q13.2-q13.31 pregled 1,96 pregled RP11-55E1 pregled RP5-832E24 pregled 21cen-q21.3 pregled 17.39
RP11-193B6 pregled RP11-41N19 pregled, 10 pregled 8q22.3-q23.3 pregled 12.93
RP11-142M8 pregled RP11-143P23 pregled 10 pregled 134,52 pregled RP11-10D13 pregled RP11-122K13 pregled 13q21.1-q21.33 pregled 18.03
RP11-322F18 pregled RP11-335N6 pregled 13q31.1-q31.3 pregled 8,99 pregled RP11-533P8 pregled RP11 -505P2 pregled 11
- - pregled najčešći aberacija promatra u adenoma pilorusa žlijezde su dobici na kromosomu 20 i gubici kromosomi 5q i 6. dobici na kromosomu 20 viđeni su u četiri adenom (40 %). Tri adenoma pokazao 9.8 MB dobit od kromosoma 20q13.12-q13.33 i pojačanje cijelog kromosoma 20 zabilježeno je u drugom adenom. Osim toga, dobici su vidjeli na kromosomima 1, 3. kvartalu, 5q, 7, 9q, 11q, 12q, 13q, 15q, 17. i 22q. Jedan adenom pilorisa žlijezda pokazala pojačanja, koji se nalazi na 12q13.2-q21.1 i 20q13.3-q13.33.
Pet pilorusa adenoma žlijezda (50%) pokazali su gubitak kromosoma 5q, od kojih dvije su izgubili cijeli kromosom ruka, dok su dvije adenoma pokazao 22,4 Mb brisanje 5q11.2-q13.3 i jedan adenom 40.3 Mb brisanju 5q21.1-q31.2. Gubitak kromosoma 6 zabilježeno je u četiri adenoma pilorusa žlijezda (40%), od kojih su tri pokazale potpuni gubitak 6q i jedan adenom su imali 51,2 Mb brisanje 6p21.1-q16.3. Ostali kromosomske gubici zabilježeni na kromosomima 1P, 2Q, 4, 9p, 10, 12q 13q, 14q, 16, 18q, 20q, a 21. Pregled broj DNK kopija zastranjenja u adenoma u pilorusa žlijezda je prikazana u tablici 2.Table 2 Pregled broja DNK kopija mijenja u 10 adenoma pilorusa žlijezda pregled pregled kromosomskih aberacija

Bočne klonovi
pregled
tumora ID
dobici
gubitaka

veličina segmenta (Mb ) pregled
Početak
End
12 pregled 1q21.3-q23.3 pregled 9,95 pregled RP11-98D18 pregled RP11-5K23
1q42.13-Q43 pregled 14.07
RP11-375H24 pregled RP11-80B9 pregled 3Q pregled 111.59 pregled RP11-312H1 pregled RP11-23M2 pregled 5q35.1-Q35 0,3 pregled, 9,11 pregled RP11-20O22 pregled RP11-451H23 pregled 6q pregled 115,76 pregled RP11-524H19 pregled RP5-1086L22 pregled 7 pregled 156,09 pregled RP11 -510K8 pregled RP11-518I12 pregled 17 pregled, 77,48 pregled RP11-4F24 pregled RP11-313F15 pregled 20. pregled 63,47 pregled CTB-106I1
HTZ-81F12
13 pregled -
- 14 pregled 4
191,13 pregled CTC-963K6 pregled RP11-45F23 pregled 5q pregled 128,59 pregled CTD-2276O24
RP11-281O15 pregled 14q pregled 83,81 pregled RP11-98N22 pregled RP11-73M18 pregled 16 pregled, 89,71 pregled RP11-344L6 pregled RP4-597G12 pregled 20q13.2 -q13.33 pregled 10.84 pregled RP4-724E16
CTB-81F12 pregled 15 pregled 9q33.2-q34.3 pregled 16.81
RP11-57K1 pregled RP11-83N9 pregled 11q23.2-q24.3 pregled 16.04
RP11-635F12 pregled RP11-567M21 pregled 12q14.3-Q15 pregled 2.58 pregled RP11-30I11 pregled RP11-444B24 pregled 20q13.31-q13.33
6.86 pregled RP5-1153D9 pregled RP5-963E22 pregled 22q pregled 32.53 pregled, XX-p8708 pregled HAT-722E9
16 pregled 9q33.3-qter pregled 13.57
RP11-85C21 pregled GS1-135I17
10p12.1-qter pregled 110,28 pregled RP11-379L21 pregled RP11-45A17
11q23.1-q24.3 pregled 17.72
RP11-107P10 pregled RP11-567M21 pregled 13q31.1-q32.1
10,84 pregled RP11-661D17 pregled RP11-40H10 pregled 20q13.2-q13.31 pregled 1,96 pregled RP11-55E1 pregled RP4-586J11 pregled 17 pregled 1p34.3-pter pregled 35.59 pregled RP1-37J18
RP11-204L3 pregled 1p33-qter pregled 203.62 pregled RP4-739H11 pregled RP11-551G24 pregled 2q31.1-qter pregled 66.00
RP11-205B19 pregled RP11-556H17 pregled 5q21.1-q31.2 pregled 40.27 pregled, CTD-2068C11 pregled RP11-515C16 pregled 5q31.3-qter pregled 39.06 pregled, CTD-2323H12 pregled RP11-451H23
6q
113.61 pregled RP11-89D6
CTB-57H24
10 pregled 134,52 pregled RP11-10D13 pregled RP11-122K13 pregled 13q31.1-qter
36.14 pregled RP11-388E20 pregled RP11-245B11 pregled 20q13.2-qter pregled 11.24
RP11-15M15
RP5-1022E24
18
5q11.2-q21 0,2 pregled, 51.24 pregled, CTC-1329H14 pregled RP1-66P19 pregled 6p12.1-q16.3 pregled 51.24 pregled RP11-7H16 pregled RP11-438N24 pregled 9pter-P13 pregled, 66,82 pregled GS1-41L13 pregled RP11-265B8 pregled 10 pregled 133,04 pregled RP11-10D13 pregled RP11-45A17 pregled 13q21.1-q21.33 pregled 18.39 pregled RP11-240M20 pregled RP11-335N6 pregled 13q31.1-q31.3 pregled 12.45
RP11-551D9 pregled RP11-100A3 pregled 21cen-q21.3
17.39 pregled RP11-193B6 pregled RP11-41N19 pregled 19 pregled 1p32.3-p21.1 pregled 50.40
RP11-117D22 pregled RP5-1108M17 pregled 5q11.2-P13 0,3 pregled, 24.64
RP4-592P18 pregled CTD-2200O3
13q12.11-q14.3 pregled 31.58
RP11-187L3 pregled RP11-327P2 pregled 15q12-Q26 0,3 pregled, 77,21 pregled RP11-131I21 pregled CTB-154P1 pregled 18q21.1-P23
31.31 pregled RP11-46D1 pregled RP11-154H12
22q13.2-qter pregled 10.02 pregled HAT-229A8
CTA-799F10
20
9p-P13
66,57 pregled GS1-41L13 pregled RP11-274B18
12q13.2-q21 0,1 (pojačanje)
19,50 pregled RP11-548L8 pregled RP11-255I14 pregled 12q21.2-qter pregled 55.56
RP11-25J3 pregled RP11-1K22 pregled 18q21. 31-P23 pregled 23.28
RP11-383D22 pregled CTC-964M9
20q13.13-q13.33 (pojačanje) pregled 14.62
RP5-1041C10 pregled RP5-1022E24
21 pregled 5p pregled 43.15 pregled, CTD-2265D9 pregled RP11-28I9 pregled 5q pregled 130,26 pregled RP11-269M20 pregled RP11-451H23 pregled 6p pregled 62.57 pregled CTB-62I11 pregled RP11-506N21 pregled 6q pregled 106,73 pregled RP11-767J14 pregled RP5-1086L22 pregled najčešćih aberacija dijele žlijezda adenoma i crijevni tipa i pilorusa bili dobitak kromosoma 9q (29%), 11q (29%), te 20q (33%) i gubitak kromosoma 5 (43%), 6 (48%), 10 (33%) i 13q (48%). Usporedbom crijeva tip i adenoma pilorusa žlijezda, CGH Multiarray otkrila osam klonova biti bitno drugačiji, šest od kojih su smještena na kromosomu 6q14-q21 (p = 0,02 do 0,05) i dva klona na kromosomu 9p22-P23 (p = 0,02 i 0,04) (Slika 1). Nema gena koji se nalazi na području obuhvaćena tih klonova su poznati kao uključeni u povezanim s karcinomom biološkim procesima. Ipak, CGH Multiarray Regija, nakon korekcije za mnogostrukosti, dala lažni stopu otkriće (FDR) 1 za svih tih područja, što ukazuje na značajne razlike između dviju različitih vrsta adenoma na kromosomskom nivou. Bez nadzora hijerarhijska klaster analiza dala je 2 klastera. Nema značajne udruge su pronaći ovdje (p = 0.8). Slika 1 Usporedba DNA broj kopija promjene u crijevnim i pilorusa tipa žlijezda želuca adenoma. P-vrijednost (Y-os) je izračunata za svakog klona koji se temelji na Wilcoxon testa sa vezama, a nanesen je na kromosomskim redom od kromosoma 1, 22 (X-os). Osam klonovi dosegli razinu značajnosti (p < 0,05)., Ali nije uspio da zadrži značajno nisku stopu lažnih otkriće nakon korekcije za višestruke usporedbe pregled Rasprava
obzirom na heterogenu fenotip od raka želuca, ova studija prvenstveno usmjeren usporediti broj kopija promjene između crijevne tipa adenoma i adenoma pilorusa žlijezda, kako bi se pronašli vodi prema genetskih putova uključenih u patogenezu raka želuca. Adenom za karcinom napredovanje se promatra u 30-40% adenoma u pilorusa žlijezda i na približno 5-30% od crijevni tipa adenoma (koja varira od oko 5% u cjevaste adenoma gotovo 30% za tubulovillous te vilozni adenom) [9-11], što upućuje na izravnu maligni potencijal tih dviju vrsta adenoma i stvaranje želučanog adenoma pogodan model za detekciju događaje u ranoj fazi želučane karcinogeneze.
žlijezda adenoma pilorusa predstavljati nedavno priznato entitet [8, 26]. Koliko je nama poznato, ova vrsta adenoma nikada nije bila analizirana pomoću polja CGH prije. Prosječan broj događaja u ovoj vrsti adenom je bio 5,4 (0-9), uz 2,4 (0-7), dobitaka i 3 (0-7) gubitaka. To se može usporediti s prosječnim brojem aberacija u crijevni tipa adenoma (6.5 (0-18), 3.4 (0-14) i 3,1 (0-7), respektivno). U adenoma pilorusa žlijezda, česti događaji su dobitak na kromosomu 20 i gubitaka na kromosomima 5q i 6, dok su crijevni tipa adenoma uglavnom pokazali dobitak na kromosomima 8, 9q i 11q, a gubici na kromosomima 5q, 6, 10 i 13. U ova studija, dobitak kromosoma 7 je manje nego se do sada [16] pronađeno. Iako su ti često promijenjeni regije razlikuju dvije vrste adenoma, hijerarhijska klaster analize nisu odvojiti skupine. Osim toga, CGH Multiarray Regija nije otkrio nikakve značajne razlike nakon korekcije za višestruke usporedbe. Ovaj nedostatak statistički značajnih razlika bi mogla biti s obzirom na ograničene veličine uzorka u kombinaciji s činjenicom da u cjelini, adenomi pokazati malo kromosomske aberacije. S druge strane, to jednostavno može biti da ti morfološki različite osobe ne razlikuju u smislu kromosomskih dobicima i gubicima. Pronalaženje nema značajnih razlika na kromosomskom nivou ne isključuje i druge genetske i biološke razlike, kao što su mutacije ili promotor metilacije status određenih gena. Pregled Odstupanja već otkriveni u adenoma mogu biti rani događaji u postupnom procesu akumuliraju promjene koje mogu izazvati napredovanje adenoma do karcinoma. Kao što se očekivalo, a prosječan broj kromosomskih događaja bila je niža u adenoma u usporedbi s karcinomima [13, 14, 27]. Osim toga, visoka razina pojačanja su rijetki u adenoma, a karcinomi često pokazuju visoku razinu pojačanja [13, 16].
Aberacije naći kako u crijevnoj tipa i pilorusa žlijezda adenoma, kao što su gubici na kromosomu 5q, također su često otkrivene u želučanim karcinomima [15, 19, 28]. Prethodni rezultati CGH pokazali znatno veći broj kromosoma 5q gubitaka u crijevni tipa karcinoma u odnosu na difuzni tip karcinoma [29]. Kromosom 6, također izgubio u obje vrste adenoma, često se briše u želučanim karcinoma kao što je određeno Loh studija [30, 31]. Štoviše, kromosom 6q brisanje je izvijestila da se uključe u ranoj fazi želučane karcinogeneze, jer kromosom 6q brisanja čest su slučaj u ranom stadiju raka želuca, a također u intestinalne metaplazije [31, 32]. Gubici kromosoma 10 i 13 su prethodno promatrane u adenoma na nižim frekvencijama. U želučanog karcinoma, i dobici i gubici kromosoma 10 i 13 su promatrana od strane prethodnih CGH studija [15, 19, 21, 33]. Kromosom 10 luke onkogena FGFR2
(10q26) i tumor supresorski geni PTEN /MMAC1 pregled (10q23) i DMBT1 pregled (10q25-Q26), oba su uključeni u karcinogeneze, što bi moglo objasniti promatranje dobitke i gubici kromosoma 10 u želučanog karcinoma [34-36]. Doista kromosoma 13 luke tumor supresorski geni, kao što BRCA2 Netlogu (13q12.3) i retinoblastom gena (RB1
) (13q14). Nasuprot tome, povećanje od kromosoma 13q je povezana debelog adenom-to-karcinoma napredovanja, i pojačanje kromosoma 13 uočen je u želučanom adenoma s teškim intraepitelne neoplazije [14, 37]. Točna uloga kromosoma 13 aberacije kod raka želuca, dakle, ostaje da se riješi.
Najčešće broja kopija dobici uočene su na kromosomima 8, 9q, 11q i 20. Posebno dobici kromosoma 8 i 20 su u skladu s prethodnim (polje) CGH studije u obje želučanog adenoma i želučanog karcinoma [13-16, 19, 25], koje impliciraju to kao događaje u ranoj fazi tumourigenesis. Iako je dobit od kromosoma 11q nije opisan kao česta pojava u adenom, u karcinomima dobitak ili pojačanje na kromosomu 11q je uobičajeno [13-16]. U ovom istraživanju dobit od kromosoma 11q često zabilježeno je u adenoma, što podrazumijeva maligni potencijal tih adenoma. Pregled Zaključak
Ovi podaci pokazuju da je dobit na kromosomima 8, 9q, 11q i 20. i gubitaka na kromosomima 5q, 6, 10 i 13 su rane događaje u želučanom karcinogeneze. Unatoč fenotipsku razlikama, crijeva tipa i adenom pilorisa žlijezde se znatno ne razlikuju na razini DNA broja kopija promjena.
Metode pregled materijalnih pregled Dvadeset jedan parafin-ugrađen želučani adenoma, 11 intestinalni tip i 10 adenoma pilorusa žlijezda, uključeni su u ovom istraživanju (Slika 2a i 2b). Tumorski i pacijenta podaci dani su u Tablici 3. Za svaki slučaj, prostor za tumor koji se sastoji od najmanje 70% tumorskih stanica ograničene na um hematoksilinom i eozinom 4 presjek obojeni tkiva. Susjedne sekcije 10-15 serijska tkiva od 10 uM su obojene hematoksilinom i odgovarajuća površina tumora microdissected uporabom kirurške oštricu. Konačna 4 uM poglavlje "sendvič" je napravljen i obojeni hemotoxylin i eozinom, usporediti s prvim klizača kao kontrolom. Nakon deparaffinization, DNA je izvađen metodom stupca bazi (QIAamp DNK mini kit, Qiagen, Westburg, Leusden, NL) [38] .table tri tumora i informacije o pacijentu pregled tumora ID-
vrsta adenoma
Grade od displazije
Spol pregled
pregled vrsta adenoma Dobi
tumora ID-
Stupnjevi dysplasie
Spol
Starost
1
crijevna pregled Umjereno pregled muški pregled, 75 pregled, 12 pregled pilorusa žlijezde pregled Umjereno pregled muški pregled 78 pregled 2 pregled, crijevnih pregled Umjereno Netlogu muški pregled 45 pregled, 13 pregled pilorusa žlijezdi pregled Blaga pregled muški pregled 50 pregled 3 pregled crijeva pregled Umjereno pregled muški pregled 80 pregled, 14 pregled pilorusa žlijezda pregled Teška pregled ženskih pregled, 76 pregled, 4
crijevnih pregled Umjereno
muški pregled, 79 pregled, 15 pregled pilorusa žlijezde pregled Umjereno pregled Ženski pregled 85 pregled 5 pregled crijeva pregled Umjereno pregled muški pregled, 76 pregled, 16
pilorusa žlijezde pregled Umjereno pregled muški pregled 63
6 pregled crijeva pregled Umjereno pregled Muški pregled 75 pregled, 17 pregled pilorusa žlijezda pregled Blaga pregled ženskih pregled 86 pregled 7 pregled crijeva
Blagi pregled Muški pregled 57 pregled, 18 pregled pilorusa žlijezda pregled Umjereno pregled ženskih pregled, 59 pregled, 8
crijevnih pregled Umjereno
Male Netlogu 64 pregled, 19 pregled pilorusa žlijezda pregled Umjereno pregled muški pregled, 69 pregled, 9
crijevnih pregled Blaga Netlogu muški pregled, 63 pregled, 20 pregled pilorusa žlijezda pregled Umjereno pregled ženskih pregled, 78 pregled, 10 pregled, crijevnih pregled Blaga Netlogu muški pregled, 75 pregled, 21 pregled pilorusa žlijezda pregled Umjereno pregled Muškarac pregled?
11 pregled crijeva pregled Umjereno pregled ženskih pregled, 45 pregled, Slika 2 hematoksilinom i eozinom bojenja (izvornim povećanjem × 400) crijevne tipa (a) i pyloric žlijezde ( B) želučane adenomi. A. crijeva tipa adenom želuca koji se sastoji od nepravilno raspoređenih žlijezda sastoje od crijevna tipa epitela s eozinofilne citoplazme i proširene jezgre. B. pilorusa žlijezda adenom želuca koji se sastoji od gusto natrag na leđa pakiran žlijezde koja se sastoji od stanica s blijedo citoplazmi i malim okruglim hiperkromatskim jezgrama. Pregled genomske DNA dobivene iz periferne krvi iz deset normalnih pojedinaca se skuplja (bilo deset žena ili deset muškaraca , ovisno o spolu pacijenta iz koje je dobivena adenom), a koristi se kao kontrola referentnim DNK. pregled Array CGH
Array CGH provedena je u osnovi kao što je ranije [39] što je opisano. Ukratko, 300 ng tumora i referentna DNA, seksualni mismatch kao eksperimentalne kontrole, obilježene su slučajnim priming (Bioprime DNA označavanje System Invitrogen, Breda, NL), svaki u volumenu od 50 ul. Nisu uključeni nukleotidi uklonjeni su korištenjem ProbeQuant G-50 microcolumns (Amersham Biosciences). Cy3 označeni ispitni genomske DNA i Cy5 obilježeni referentni DNA se pomiješaju i ko istaloži 100 ug ljudske Cot-1 DNA (Invitrogen, Breda, NL) dodavanjem 0.1 volumena 3 M natrijevog acetata (pH 5,2) i 2.5 volumena ledeno hladnog 100% etanola. Talog se prikupi centrifugiranjem na 14.000 okretaja u minuti kroz 30 minuta na 4 ° C i otopi u 130 ul hibridizacija smjesa koja sadrži 50% formamid, 2 × SCC i 4% SDS. Hibridizacije Otopinu se grije 10 minuta pri 73 ° C da se denaturira DNA, nakon čega slijedi inkubacija 60-120 minuta na 37 ° C kako bi se omogućilo Cot-1 DNA za blokiranje koji se ponavljaju sekvence. Smjesa se hibridizira na niz koji sadrži oko 5000 klonove nanese u tri šire duž cijelog genoma s prosječnom rezolucijom od 1,0 Mb. Klonovi su se sastojale od Sanger BAC klona postavljen uz prosječnu rezoluciju tokom cijeloga genoma 1,0 Mb [40] je OncoBac podesite [41], a bira klonove interesa, koji se dobiva Dječjoj bolnici Oakland Research Institute (CHORI). Odabrani klonovi sadrže zbirku BAC klonova na kromosomu 6 popunjavanje praznine veće od 1 MB, i full-pokrivenost contigs na određene regije na kromosomima 8, 13 i 20. Hibridizacija je provedena u u hibridizacije stanice (Hybstation12 - Perkin Elmer life Sciences, Zaventem, BE) i inkubira 38 sata na 37 ° C. Nakon hibridizacije, stakalca su isprana u otopini koja sadrži 50% formamid, 2 × SCC, pH 7 za 3 minute na 45 ° C, a zatim 1 minutu koracima ispiranja na sobnoj temperaturi s PN pufera (PN: 0,1 M sodiumphosphate, 0,1% Nonidet P40, pH 8), 0.2 x SSC, 0,1 × SCC i 0.01 × SCC. stjecanje pregled slika i analiza podataka pregled slika iz polja su stečene skeniranjem (Agilent DNK microarray Scanner- Agilent Technologies, Palo Alto, USA ) i kvantifikacija intenziteta signala i pozadine za svaki spot za dva kanala Cy3 i Cy5 je izvela Imagene 5.6 softvera (Biodiscovery doo, Marina del Rey, CA, USA). Lokalno pozadina oduzeta je od signala su izračunate srednja intenzitet i tumore s referentnim omjere. Omjeri su normalizirani prema načinu omjerima svih autosoma. Klonovi loše kvalitete jednog triplikata i hibridizacije s standardna devijacija (SD) ≤ 0,22 i klonova s ​​> 50% vrijednosti koje nedostaju u svim adenoma su isključeni, ostavljajući 4648 klone za daljnju analizu. Sve kasnije analize su učinili s obzirom na klon poziciju iz UCSC May2004 blokadi Human Golden Path. Pregled Array CGH glatka [42, 43], je bio korišten za automatsko otkrivanje prijelomnih točaka kako bi se utvrdilo broj kopija dobitke i gubitke. Budući da se promatra varijacija u kvalitetu u DNA dobivene iz formalinom fiksiranih prevučeni parafinom želučanog tkiva primijenjeni su različiti parametri izglađivanje, ovisno o kvaliteti hibridizacije. Za niz CGH profile uz standardnu ​​devijaciju manji ili jednak 0,15, između 0,15 i 0,20, ili između 0,20 i 0,22, primijenjena zaglađivanje parametre za određivanje dobici i gubici bili su 0,10, 0,15 i 0,20 respektivno. Prijavite 2 tumora na referentni omjer iznad 1 bio je smatran pojačanja. Pregled, Statistička analiza pregled bez nadzora hijerarhijske analize skupine provedena je analizirati raspodjelu genomske profile svih adenoma koriste TMEV softver 3.0.3 [44] , Na temelju normalizirao, zaglađene dnevniku 2 tumora na normalnim omjerima intenziteta fluorescencije, hijerarhijskom stablu je konstruiran korištenjem parametara potpuna povezanost i Euklidova udaljenost. Pearsonov Hi-kvadrat test je korišten za analizu korelacije između klastera članstvo i vrsti adenom (SPSS 11.5.0 za prozore, SPSS Inc., Chicago, IL, USA).

• Regulacija veznog faktora rasta tkiva koči rast i invaziju želučanih stanica raka i slabi peritonejsku dissemination
• Veza između Helicobacter pylori genotipova i težini kronični gastritis, peptičkog ulkusa i želučane sluznice interleukin-8 razina: Dokazi iz studija na Bliskom istoku