Gebruikmakend van de kracht van state-of-the-art technologie en "big data"-analyse, onderzoekers van de nieuw gevormde Arizona COVID-19 Genomics Union (ACGU) proberen beter te begrijpen hoe dit virus zich kan ontwikkelen, hoe het wordt overgedragen en hoe het zich door de algemene bevolking beweegt. Deze moleculaire epidemiologische benadering combineert traditionele epidemiologische methoden met evolutionaire modellering op basis van analyse met hoge resolutie van het genoom van het virus.
ACGU-wetenschappers zullen monsters van COVID-19-patiënten sequencen om de genetische codes van het virus te analyseren, de verschillende stammen volgen, laat zien waar elk monster vandaan komt, waar het kan zijn verzonden en - mogelijk - details onthult die kritieke informatie kunnen opleveren voor diagnostiek, antivirale medicijndoelen en vaccinontwikkeling.
Alleen door gebruik te maken van genomische sequencing en geavanceerde analyses kunnen we deze ziekte op moleculair niveau volledig begrijpen, op zoek naar sleutels om zijn mysteries te ontrafelen. We hebben het vermogen om het genoom van elke stam van elke patiënt te sequensen - dat is waar we naar toe werken."
David Engelthaler, Co-directeur en universitair hoofddocent van de Pathogen and Microbiome Division van TGen, de besmettelijke ziektetak in Flagstaff bekend als TGen North
Engelthaler is de voormalige staatsepidemioloog en coördinator van de staatsbiodefensie in Arizona. Hij was voorheen bij de Centers for Disease Control (CDC), en heeft geleid tot onderzoeken van lokale, al meer dan 25 jaar nationale en internationale ziekte-uitbraken, te beginnen met de uitbraak van het hantavirus in Arizona in 1993-94. Hij zal de nieuwe ACGU's genomische sequencing van het SARS-CoV-2-virus coördineren, die de ziekte COVID-19 veroorzaakt.
De andere medeoprichters van de Unie zijn twee van de meest vooraanstaande wetenschappers op het gebied van infectieziekten in Arizona:Paul Keim van de Northern Arizona University en Michael Worobey van de University of Arizona
Keim is een wereldexpert in ziekteverwekkers zoals pest en miltvuur. Hij werkte samen met de FBI om de zaak "anthrax letters" na 9/11 op te lossen. Bij NAU, hij is een regentenhoogleraar in de biologie, heeft de Cowden Endowed Chair in Microbiology en is uitvoerend directeur van The Pathogen and Microbiome Institute (PMI). Hij is Distinguished Professor aan TGen, Co-Director van TGen North en zal dienen als Director van de ACGU.
"Genoomsequenties zijn ideaal voor gedistribueerde wetenschappelijke onderzoeksinspanningen en de Arizona Union zal sterk afhankelijk zijn van nationale en wereldwijde studies om de ziekte op te sporen. Desalniettemin, het is van cruciaal belang dat regionale experts deelnemen aan dit proces om de voordelen voor de burgers van Arizona te maximaliseren, ' zei Keim.
Worobey is het hoofd van de afdeling Ecologie en Evolutionaire Biologie van de Universiteit van Arizona, en is wereldberoemd vanwege zijn werk over virale pandemieën. Met behulp van genomische epidemiologie, hij heeft de oorsprong en de wereldwijde verspreiding van hiv definitief gevolgd en ook vastgesteld waarom de pandemie van de "Spaanse griep" in 1918 miljoenen jonge volwassenen heeft gedood.
"Moleculaire analyse van virussen levert cruciale aanwijzingen op over hoe pandemieën beginnen en hoe ze te bestrijden, "zei Worobey. "We zullen in dit streven profiteren van de rijkdom aan talent en infrastructuur van Arizona."
De Arizona COVID-19 Genomics Union is vergelijkbaar met andere groepen over de hele wereld die proberen voet aan de grond te krijgen in de strijd tegen dit nieuwe coronavirus. Snelle uitwisseling van gegevens en analyse is en blijft, kritisch voor wetenschappelijke, medisch en volksgezondheidsbegrip van de pandemie. Ironisch, het eerste Amerikaanse epicentrum van COVID-19, Seattle, is ook de thuisbasis voor NextStrain, het internethuis voor het volgen van het genoom van deze en andere pathogenen.
Het consortium van wetenschappers uit Arizona hoopt dat hun regionale sequencing zorgaanbieders en openbare beleidsmakers in Arizona een voorsprong zal geven bij het reageren op deze pandemie.
Zoals NextStrain, ACGU zal haar bevindingen openbaar en open beschikbaar maken voor epidemiologen en virologen over de hele wereld.
Onderzoekers gebruiken faagtherapie om alcoholische leverziekte met succes te behandelen
DNA-metabarcodering kan analyse van menselijke voeding verbeteren
Probiotica kunnen therapeutische voordelen bieden voor biopolaire patiënten
Hebben vrouwen meer kans om langdurig COVID te ontwikkelen?
COVID-19:hoe de ziekte eruit ziet
Wetenschappers veranderen bloed van type A in universeel type O,
Antioxidanten in voeding kunnen het risico op darmkanker verhogen,
nieuwe studie onthult Gezondheidsvoordelen van antioxidanten in voedsel zijn bewezen in een aanzienlijke hoeveelheid wetenschappelijke literatuur. Nutsvoorzieningen, een nieuwe studie toont aan dat te
Genetica kan de samenstelling van het microbioom meer beïnvloeden dan omgevingsfactoren
Onderzoekers die muizen bestuderen aan het Technion-Israel Institute of Technology hebben ontdekt dat het microbioom veel meer wordt beïnvloed door genetica dan door de geboorteomgeving van de moeder.
Nieuwe computationele modelleringsmethode voorspelt hoe darmmicroben in de loop van de tijd veranderen
Een nieuwe computationele modelleringsmethode maakt gebruik van momentopnamen van welke soorten microben in de darm van een persoon worden gevonden om te voorspellen hoe de microbiële gemeenschap in d