Iskorištavajući moć najsuvremenije tehnologije i analizu "velikih podataka", istraživači iz novoosnovane unije za genomiku COVID-19 u Arizoni (ACGU) nastoje bolje razumjeti kako se ovaj virus može razvijati, kako se prenosi i kako se kreće kroz opću populaciju. Ovaj molekularni epidemiološki pristup kombinira tradicionalne epidemiološke metode s evolucijskim modeliranjem na temelju analize genoma virusa visoke rezolucije.
Znanstvenici ACGU-a će sekvencirati uzorke pacijenata s COVID-19 kako bi analizirali genetske kodove virusa, pratiti njegove različite sojeve, pokazati odakle svaki uzorak potječe, gdje je možda prenesen i - eventualno - otkriti detalje koji bi mogli pružiti kritične informacije za dijagnostiku, ciljevi antivirusnih lijekova i razvoj cjepiva.
Samo pomoću genomskog sekvenciranja i naprednih analiza možemo početi u potpunosti razumjeti ovu bolest na molekularnoj razini, tražeći ključeve za otključavanje njegovih misterija. Imamo mogućnost sekvenciranja genoma svakog soja od svakog pacijenta - to je ono na čemu radimo. "
David Engelthaler, Ko-direktor i izvanredni profesor TGen-ovog odjela za patogene i mikrobiome, grana zaraznih bolesti u Flagstaffu poznata kao TGen North
Engelthaler je bivši državni epidemiolog u Arizoni i državni koordinator za bioodbranu. Prije je radio u Centrima za kontrolu bolesti (CDC), i vodio je istrage o lokalnim, nacionalne i međunarodne epidemije bolesti više od 25 godina, počevši od izbijanja hantavirusa u Arizoni 1993.-94. On će koordinirati genomski niz novih ACGU virusa SARS-CoV-2, što uzrokuje bolest COVID-19.
Drugi suosnivači Unije dva su vodeća znanstvenika zaraznih bolesti u Arizoni:Paul Keim sa Sveučilišta Sjeverna Arizona i Michael Worobey sa Sveučilišta Arizona.
Keim je svjetski stručnjak za patogene poput kuge i antraksa. Radio je s FBI -om na rješavanju slučaja "slova antraksa" nakon 11. rujna. U NAU -u, on je regenski profesor biologije, drži Cowden -ovu katedru za mikrobiologiju i izvršni je direktor Instituta za patogene i mikrobiome (PMI). On je ugledni profesor na TGenu, Su-direktor TGen North-a i bit će direktor ACGU-a.
"Genomske sekvence idealne su za raspodijeljene znanstvene istraživačke napore, a Arizona Union će se u velikoj mjeri oslanjati na nacionalne i globalne studije za praćenje bolesti. Ipak, od ključne je važnosti da se regionalni stručnjaci uključe u ovaj proces kako bi se povećale koristi za građane Arizone, "rekao je Keim.
Worobey je voditelj Odjela za ekologiju i evolucijsku biologiju Sveučilišta Arizona, i svjetski je poznat po svom radu na virusnim pandemijama. Koristeći genomsku epidemiologiju, definitivno je pratio podrijetlo i širenje HIV -a diljem svijeta te je također utvrdio zašto je pandemija "španjolske gripe" 1918. ubila milijune odraslih osoba.
"Molekularna analiza virusa daje ključne naznake o tome kako pandemije počinju i kako se s njima boriti, "rekao je Worobey." U ovom ćemo nastojanju iskoristiti bogatstvo talenta i infrastrukture Arizone. "
Genomska unija Arizone COVID-19 slična je drugim grupama diljem svijeta koje rade na uporištu u borbi protiv ovog novog koronavirusa. Brza razmjena podataka i analiza bila je i nastavlja biti, kritično za znanstveni rad, medicinsko i javno zdravstvo razumijevanje pandemije. Ironično, prvi američki epicentar COVID-19, Seattle, također je dom za NextStrain, internetski dom za praćenje genoma ovog i drugih patogena.
Konzorcij znanstvenika iz Arizone nada se da će njihov regionalni redoslijed pružiti pružateljima zdravstvene zaštite u Arizoni i kreatorima javnih politika prednost u odgovoru na ovu pandemiju.
Kao i NextStrain, ACGU će svoje nalaze učiniti javnim i otvoreno dostupnim epidemiolozima i virolozima diljem svijeta.