Hyödyntämällä huipputekniikan ja "big data" -analyysin voimaa, äskettäin perustetun Arizonan COVID-19 Genomics Unionin (ACGU) tutkijat pyrkivät ymmärtämään paremmin, miten tämä virus voi kehittyä, miten se tarttuu ja miten se kulkee väestön läpi. Tämä molekyyliepidemiologinen lähestymistapa yhdistää perinteiset epidemiologiset menetelmät evoluutiomallinnukseen, joka perustuu viruksen genomin korkean resoluution analyysiin.
ACGU-tutkijat sekvensoivat näytteitä COVID-19-potilaista analysoidakseen viruksen geneettisiä koodeja, seurata sen eri kantoja, näyttää, mistä kukin näyte on peräisin, missä se on mahdollisesti lähetetty ja - mahdollisesti - paljastanut yksityiskohtia, jotka voivat tarjota kriittistä tietoa diagnostiikkaa varten, viruslääkkeiden kohteet ja rokotteiden kehittäminen.
Vain käyttämällä genomisekvensointia ja kehittyneitä analyysejä voimme alkaa ymmärtää tätä tautia täysin molekyylitasolla, etsii avaimia salaisuuksiensa avaamiseksi. Meillä on kyky sekvensoida jokaisen potilaan jokaisen kannan genomi - siihen pyrimme. "
David Engelthaler, TGenin patogeenien ja mikrobiomien osaston apulaisjohtaja ja apulaisprofessori, tartuntataudin haara Flagstaffissa, joka tunnetaan nimellä TGen North
Engelthaler on Arizonan entinen osavaltion epidemiologi ja valtion biodefense -koordinaattori. Hän työskenteli aiemmin tautien torjunnan keskuksessa (CDC), ja hän on johtanut paikallisten, kansalliset ja kansainväliset tautitapaukset yli 25 vuoden ajan, alkaen Arizonan hantaviruksen puhkeamisesta vuosina 1993-94. Hän koordinoi uuden ACGU:n SARS-CoV-2-viruksen genomisekvensointia, joka aiheuttaa COVID-19-taudin.
Unionin muut perustajat ovat kaksi Arizonan johtavaa tartuntatautitieteilijää:Paul Keim Pohjois-Arizonan yliopistosta ja Michael Worobey Arizonan yliopistosta
Keim on maailman asiantuntija patogeeneissä, kuten rutto ja pernarutto. Hän työskenteli FBI:n kanssa katkaistakseen "pernaruttokirjeet" -tapauksen syyskuun 11. päivän jälkeen. NAU:ssa, hän on Regentsin biologian professori, hänellä on Cowdenin mikrobiologian tuoli ja Pathogen and Microbiome Institute (PMI) -pääjohtaja. Hän on arvostettu professori TGenissä, TGen Northin apulaisjohtaja ja toimii ACGU:n johtajana.
"Genomisekvenssit ovat ihanteellisia hajautetulle tieteelliselle tutkimukselle, ja Arizonan unioni luottaa vahvasti kansallisiin ja maailmanlaajuisiin tutkimuksiin taudin seuraamiseksi. on ratkaisevan tärkeää, että alueelliset asiantuntijat osallistuvat tähän prosessiin maksimoidakseen Arizonan kansalaisten hyödyt, "sanoi Keim.
Worobey on Arizonan yliopiston ekologian ja evoluutiobiologian osaston johtaja, ja on maailmankuulu viruspandemioita koskevasta työstään. Käyttämällä genomista epidemiologiaa, hän on lopullisesti seurannut HIV:n alkuperää ja maailmanlaajuista leviämistä ja myös selvittänyt, miksi vuoden 1918 espanjalainen influenssapandemia tappoi miljoonia nuoria aikuisia.
"Virusten molekyylianalyysi tarjoaa ratkaisevia vihjeitä siitä, miten pandemiat alkavat ja miten niitä vastaan taistellaan, "sanoi Worobey." Me hyödynnämme Arizonan lahjakkuutta ja infrastruktuuria tässä pyrkimyksessä. "
Arizonan COVID-19 Genomics Union on samanlainen kuin muut ryhmät ympäri maailmaa, jotka pyrkivät saamaan jalansijaa tämän uuden koronaviruksen torjunnassa. Tietojen ja analyysien nopea jakaminen on ja on edelleen, kriittinen tieteelle, lääketieteellinen ja kansanterveydellinen käsitys pandemiasta. Ironisesti, ensimmäinen Yhdysvaltojen COVID-19-keskus, Seattle, on myös koti NextStrainille, Internet -koti tämän ja muiden patogeenien genomin seurantaan.
Arizonan tiedemiesten yhteenliittymä toivoo, että niiden alueellinen sekvensointi antaa Arizonan terveydenhuollon tarjoajille ja julkisen päätöksentekijöille edun reagoida tähän pandemiaan.
Kuten NextStrain, ACGU julkistaa havaintonsa ja on avoimesti epidemiologien ja virologien saatavilla kaikkialla maailmassa.