Pasinaudodami naujausių technologijų ir „didelių duomenų“ analizės galia, naujai įkurtos Arizonos COVID-19 genomikos sąjungos (ACGU) tyrėjai siekia geriau suprasti, kaip šis virusas gali vystytis, kaip ji perduodama ir kaip ji juda per visą populiaciją. Šis molekulinis epidemiologinis metodas sujungia tradicinius epidemiologijos metodus su evoliuciniu modeliavimu, pagrįstu didelės skiriamosios gebos viruso genomo analize.
ACGU mokslininkai seka COVID-19 sergančių pacientų mėginius, kad ištirtų viruso genetinius kodus, sekti skirtingas jo padermes, parodyti, iš kur yra kiekvienas mėginys, kur jis galėjo būti perduotas ir galbūt atskleisti išsamią informaciją, kuri galėtų suteikti svarbios informacijos diagnostikai, antivirusinių vaistų tikslus ir vakcinų kūrimą.
Tik naudodami genomo seką ir pažangias analizes galime visiškai suprasti šią ligą molekuliniu lygiu, ieško raktų, kad atskleistų jo paslaptis. Mes galime sekti kiekvieno paciento padermės genomą - to mes ir siekiame. "
Davidas Engelthaleris, TGen patogenų ir mikrobiomų skyriaus bendras direktorius ir docentas, infekcinės ligos šaka Flagstafe, žinoma kaip TGen North
Engelthaleris yra buvęs Arizonos valstijos epidemiologas ir valstybinis biologinės gynybos koordinatorius. Anksčiau jis dirbo Ligų kontrolės centruose (CDC), ir vadovavo vietiniams tyrimams, nacionaliniai ir tarptautiniai ligų protrūkiai daugiau nei 25 metus, pradedant 1993–1994 m. Arizonos hantaviruso protrūkiu. Jis koordinuos naujojo ACGU genomo SARS-CoV-2 viruso seką, kuris sukelia COVID-19 ligą.
Kiti Sąjungos įkūrėjai yra du pagrindiniai Arizonos infekcinių ligų mokslininkai:Paulas Keimas iš Šiaurės Arizonos universiteto ir Michaelas Worobey iš Arizonos universiteto
Keimas yra pasaulinis tokių ligų sukėlėjų kaip maras ir juodligė ekspertas. Po rugsėjo 11 -osios jis dirbo su FTB, kad išnaikintų „juodligės raidžių“ bylą. NAU, jis yra regentų biologijos profesorius, yra Cowdeno apdovanota mikrobiologijos katedra ir yra „Pathogen and Microbiome Institute“ (PMI) vykdomasis direktorius. Jis yra puikus TGen profesorius, „TGen North“ vienas iš direktorių ir eis ACGU direktoriaus pareigas.
"Genomo sekos idealiai tinka paskirstytiems moksliniams tyrimams, o Arizonos sąjunga labai remsis nacionaliniais ir pasauliniais tyrimais, kad galėtų stebėti ligą. Nepaisant to, labai svarbu, kad regioniniai ekspertai įsitrauktų į šį procesą, siekdami kuo didesnės naudos Arizonos piliečiams, “, - sakė Keimas.
Worobey yra Arizonos universiteto Ekologijos ir evoliucinės biologijos katedros vadovas, ir yra visame pasaulyje žinomas dėl savo darbo kovojant su virusinėmis pandemijomis. Naudojant genominę epidemiologiją, jis galutinai stebėjo ŽIV kilmę ir plitimą visame pasaulyje, taip pat nustatė, kodėl 1918 m. „Ispanijos gripo“ pandemija pražudė milijonus jaunų suaugusiųjų.
„Molekulinė virusų analizė suteikia esminių užuominų apie tai, kaip prasideda pandemijos ir kaip su jomis kovoti, - sakė Worobey. - Mes stengsimės pasinaudoti Arizonos talentų ir infrastruktūros turtu.
Arizonos COVID-19 genomikos sąjunga yra panaši į kitas grupes visame pasaulyje, kurios stengiasi įsitvirtinti kovoje su šiuo naujuoju koronavirusu. Greitas keitimasis duomenimis ir analizė buvo ir tebėra, kritiškas mokslui, medicinos ir visuomenės sveikatos supratimas apie pandemiją. Ironiška, pirmasis JAV COVID-19 epicentras, Sietlas, taip pat yra „NextStrain“ namai, interneto namai šio ir kitų patogenų genomo stebėjimui.
Arizonos mokslininkų konsorciumas tikisi, kad jų regioninė seka suteiks Arizonos sveikatos priežiūros paslaugų teikėjams ir viešosios politikos formuotojams pranašumą reaguojant į šią pandemiją.
Kaip ir „NextStrain“, ACGU viešai paskelbs savo išvadas ir bus atvirai prieinama epidemiologams ir virusologams visame pasaulyje.