PLoS One: Egy nukleotid polimorfizmus One-Carbon Anyagcsere és a rák a nyelőcső, a gyomor, a máj és a kínai népesség

absztrakt katalógusa

Egy szén-anyagcsere (folát anyagcsere) fontosnak tartják a carcinogenesisben miatt részvétele a DNS-szintézis és a biológiai metiláció reakciókat. Vizsgáltuk a társulások egyetlen nukleotid polimorfizmusok (SNP) a folsav metabolikus út és a kockázat a három GI daganatok egy populáció alapú eset-kontroll vizsgálatban Taixing város, Kína, a 218 nyelőcsőrák esetben 206 gyomorrák esetben 204 máj rákos megbetegedések, és 415 egészséges populációban ellenőrzéseket. A vizsgálat résztvevőit megkérdezett egy standardizált kérdőívet, és vérmintákat gyűjtöttünk után az interjúk. Mi genotipizált SNP a MTHFR katalógusa, MTR katalógusa, MTRR katalógusa, DNMT1 katalógusa, és ALDH2 katalógusa gének felhasználásával PCR RFLP, SNPlex, vagy TaqMan assay. Hogy figyelembe többszörös összehasonlítások és csökkenti az esélyét a hamis jelentéseket, mi foglalkoztatott félig Bayes (SB) zsugorodás elemzés. Miután zsugorodás és beállítása a potenciális zavaró tényezők, találtunk pozitív összefüggést MTHFR katalógusa rs1801133 és gyomorrák (bármely T vs. C /C, SB odds-arány [sbor]: 1,79, 95% hátsó határok: 1,18, 2,71) és a májrák (sbor: 1,51, 95% hátsó határok: 0,98, 2,32). Volt egy fordított összefüggést DNMT1 katalógusa rs2228612 és a nyelőcsőrák (minden G versus A /A, sbor: 0,60, 95% hátsó határok: 0,39, 0,94). Ezen kívül észlelt potenciális heterogenitás egész alkoholfogyasztás állapota legkülső kapcsolatos MTRR katalógusa rs1801394 a nyelőcső (hátsó homogenitás P katalógusa = 0,005) és a gyomorrák (hátsó homogenitás P katalógusa = 0,004), és a legkülső régiók témához MTR katalógusa rs1805087 májrák (hátsó homogenitás P katalógusa = 0,021). Közül nem alkoholfogyasztóknak a variáns allél (allél G) a két SNP fordított összefüggésbe hozható azzal a kockázattal jár ilyen rákok; míg a pozitív összefüggés volt kimutatható körében egyre alkoholfogyasztóknak. Eredményeink azt sugallják, hogy a genetikai polimorfizmusok kapcsolódnak egy-szén anyagcsere kapcsolatba hozható a rák a nyelőcső, a gyomor és a májban. Heterogenitás egész alkoholfogyasztás állapotát az egyesületek között MTR katalógusa / MTRR katalógusa polimorfizmusok és E daganatos rejtenek közötti kölcsönhatások alkoholfogyasztás és egy szén-dioxid-metabolikus út. Katalógusa

Citation: Chang SC, Chang PY, Butler B. Goldstein BY, ul, Cai L, et al. (2014) Egy nukleotid polimorfizmus One-Carbon Anyagcsere és a rák a nyelőcső, a gyomor, a máj és a kínai népesség. PLoS ONE 9 (10): e109235. doi: 10,1371 /journal.pone.0109235 katalógusa

Vágó: Nathan A. Ellis, University of Arizona, Amerikai Egyesült Államok

Beérkezett: február 5, 2014; Elfogadva: szeptember 9, 2014; Megjelent: október 22, 2014 katalógusa

Copyright: © 2014 Chang et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: Ez a munka támogatja részben a Nemzetközi Rákellenes Unió (UICC) Technology Transfer ösztöndíj (ICRETT) oda Dr. Li-Na Mu és az Alapítvány a szerzője Nemzeti Kiváló doktori értekezés PR Kínában, No. 200157, oda dr . Lin Cai. A tanulmány azt is részben az NIH National Institute of Environmental Health Sciences, National Cancer Institute, Department of Health and Human Services, ad ES06718, ES 011667, CA09142, valamint a Alper Research Program környezeti genomika a UCLA Jonsson Comprehensive Cancer Center és a UCLA Clinical Nutrition Research Unit. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

Felső gasztrointesztinális (GI) daganatok fő oka a morbiditás és mortalitás az egész világon. Alapján Globocan 2012 becslések, a gyomor, a máj, és a nyelőcsőrák az ötödik, hatodik és nyolcadik leggyakoribb rákos, illetve a globális előfordulása mintegy 2.189.829 új rákos esetek (15,5% -a), valamint 1.868.700 halálozás (22,8 % -a) [1]. Ezek többsége rákos megbetegedések (1694874 esetek 77,4%) fordulnak elő a kevésbé fejlett országokban. Egyedül Kína csaknem fele incidens GI daganatok (1.023.072 esetben 46,7%). [1] katalógusa

Folytatás kutatás tekintetében bevonásával egyetlen nukleotid polimorfizmusok (SNP) etiológiájában a három felső GI rákok eredményesnek bizonyult. Különösen érdekesek azok az SNP-k belül található részt vevő gének folát anyagcsere [2] - [4]. A folát fenntartja DNS stabilitását szabályozása által a DNS bioszintézis DNS-javítás és a DNS metiláció [5]. Daganatok alakulhat, amikor ez a reakcióutat szabályozatlan a kimerülése mikrotápanyagok vagy beépítése révén polimorfizmusok [5]. Számos enzimek vesznek részt egy-szén anyagcserét, beleértve a metiléntetrahidrofolát reduktáz (MTHFR), metionin-szintetáz (MTR), metionin-szintetáz-reduktáz (MTRR), DNS metiltranszferáz (DNMTs), és a mitokondriális aldehid dehidrogenáz 2 (ALDH2). MTHFR, MTR, és MTRR részt vesznek a DNS-szintézis, és a generációs S-adenozil-metionin (SAM) -A univerzális metil-donor a metiláció reakciókat. DNMTs katalizálják a DNS metiláció és szaporodni metilációs mintázat. ALDH2 felelős metabolizáló acetaldehid során keletkező alkohol lebomlását. Az alkohol és az acetaldehid gátolhatják folsav felszívódását és ronthatja a DNS metiláció [6]. Katalógusa

A szerepe folát és egy szén-dioxid-anyagcsere felső GI daganatok nem teljesen tisztázott. Állatkísérletek adott némi bizonyíték hatására alacsony folsav szintje az oxidatív stressz, a DNS metiláció, és hepatocarcinogenesis [7], [8]; míg a magas folsav bevitel növeli a globális DNS metiláció és csökkenti a gyomorrák kockázatát [9], [10]. Epidemiológiai vizsgálatok arra utaltak, hogy a genetikai polimorfizmusok gének egy szénatomos metabolikus útvonal lehet modulálni kockázata a nyelőcső és a gyomorrák. [4] Azonban közzétett eredmények nem meggyőzőek, és szűkebb a gének száma /vizsgált polimorfizmusok. Esetleges módosítás a kapcsolódó mikrotápanyagok és az ismert rizikófaktorok ritkán vizsgálták meg. Ezért figyelembe véve annak fontosságát, hogy egy szén-dioxid-anyagcsere felső GI rák fejlődését, megvizsgáltuk a szövetségek között nyolc SNP gének egy szén-dioxid-anyagcsere útvonal és a rák a nyelőcső, a gyomor és a máj a kínai populációban. Azt is értékelték heterogenitása szövetségek különböző rétegeit plazma mikrotápanyagok (beleértve a folsav, B12-vitamin, és a teljes homocisztein) és az ismert kockázati tényezői ezeknek rák. Katalógusa

Anyagok és módszerek katalógusa

Etikai nyilatkozat

Ez a tanulmány által mentesített intézményi felülvizsgálati tanács a University of California, Los Angeles (Certified Exempt 02-248). katalógusa

a vizsgálat felépítése és a lakosság katalógusa

a részletes leírását a vizsgálati terv már korábban publikált [11], [12]. Röviden, ez egy populáció alapú eset-kontroll tanulmány Taixing város, Jiangsu tartomány, Kína. Támogatható esetet újonnan diagnosztizált betegek kórosan vagy klinikailag igazolt nyelőcsőrák (között június 1. és december 30, 2000), a gyomorrák (a június 1 és december 30, 2000), és a májrák (a január 1 és június 30, 2000) jelentette a Taixing CDC tumor Registry. Bevonás további kritériumai többek között, hogy a 20 éves vagy idősebb, stabil egészségi állapota, mint egy orvos határozza meg, rezidensi Taixing 10 vagy több év, és a részvételi hajlandóság. Összesen 218 nyelőcsőrák esetekben 206 gyomor rákos megbetegedések, és 204 májrák esetekben részt, ami a 67, 65 és 57% -kal, az összes újonnan diagnosztizált rákos betegeknél.

A kontrollokat véletlenszerűen kiválasztott között egészséges lakosok Taixing város a 02:03 frekvencia megfelelő arányt az egyesített ügyben csoport 5 éves korcsoportban (20-24 80-84), a szex és a lakóhely (falu falusi település, vagy egy városi lakossági blokk központi Taixing Város). Jelenleg 23 községben (vidéken) és egy központi város (városi terület) Taixing város. Minden vidéki település áll 10-12 falvak, és a központi városi terület áll 10-12 lakóépületek. Való bevonás további kritériumai ugyanazok voltak, mint az esetek. Összesen 464 potenciális ellenőrzéseket közeledett, és 415 (89,4%) beleegyezett, hogy részt. Katalógusa

epidemiológiai adatgyűjtés katalógusa

Az összes felvett esetek és kontrollok elkészült egy standard kérdőív által kezelt képzett kérdezőbiztosok. Interjúk került sor sem a résztvevők otthonában, a kórházak (az eset), illetve a megyei orvosi rendelő (az ellenőrzés). Rákos megbetegedések rendszerint megkérdezett 6 hónapon belül diagnózis. A kérdőív részletes adatokat a demográfiai tényezők, a jelenlegi magasság és a súly, a diétás történelem, dohányzás történetét, alkoholfogyasztás története, tea alkoholfogyasztási szokások, foglalkozási előzményeket, a családban előforduló rákos megbetegedések, és a fizikai tevékenység. Katalógusa

Laboratóriumi vizsgálatok

Minden tanulmány résztvevő számára egy 5 ml-es perifériás vérminta után interjúkat. DNS-t izolálunk a vérrögök, felhasználva a fenol-kloroform módszerrel. Hepatitis B vírus felületi antigén (HBsAg), IgG antitesteket a hepatitisz C vírus (HCV), valamint IgG antitesteknek CagA- Helicobacter pylori katalógusa (H. pylori
) mértük enzimhez kötött immunszorbens vizsgálattal (ELISA) készletek segítségével a reagens Társaság a Shanghai Kórház fertőző betegségekkel (Sanghaj, Kína), a Shanghai Huamei Biológiai Társaság (Sanghaj, Kína), valamint a reagens Társaság a Shanghai Biotechnology Industry Park (Pudong, Shanghai, Kína), ill. Plazma aflatoxin B1 (AFB1) -albumin adduktot szinteket határoztuk meg ELISA-vizsgálattal, a korábban leírt [13], az ingyenes aflatoxin (Supelco) az aflatoxin szabványoknak. Közötti összehasonlítás szabad és a kötött aflatoxin szabványok kiderült, egy log-lineáris kapcsolat, amely lehetővé teszi számunkra, hogy felbecsüljük az abszolút értékek a minták. A plazma folát és B12-vitamin szintjének mértük versenyképes radioassay jód 125-jelzett folát és kobalt 57-jelzett B12-vitamin, mint jelölőanyagok (Quantaphase II B12 /folsav radio kit, Bio-Rad, CA). A plazma teljes homocisztein (tHcy) mértünk a kereskedelemben kapható kemilumineszcens immunoassay rendszer (IMMULITE 1000 automatikus elemző, DPC, Los Angeles, CA). Katalógusa

Azért választottuk nyolc SNP-re MTHFR katalógusa, MTR katalógusa, MTRR katalógusa, DNMT1 katalógusa, és ALDH2 katalógusa gének alapján az alábbi kritériumoknak: 1) SNP amelyek funkcionális vagy potenciálisan funkcionális (SNP található, a kódolás, 3'- és 5'-nem transzlatált régió); 2) SNP-k korábban jeleztük, hogy részt felső GI rák; és 3) SNP minor allél gyakorisága legalább 5%, a National Center for Biotechnology Information SNP adatbázisban. Genotipizáláshoz a TaqMan ( MTR katalógusa rs1805087, MTRR katalógusa rs1532268 /rs1801394, és ALDH2 katalógusa rs886205), vagy a SNPlex ( DNMT1 katalógusa rs2228612 és ALDH2
rs2238151) vizsgálattal, a korábban leírtak (Applied Biosystems Life Technologies, Foster City, CA) [14], vagy a PCR-RFLP analízis ( MTHFR
rs1801133 és ALDH2
rs671) módosított a korábban publikált módszerek [15], [16]. Genotyping hívás aránya meghaladta a 97% -ot TaqMan és PCR-RFLP módszerek, és több mint 80% a SNPlex vizsgálatban. A reprodukálhatóság 98% volt a SNPlex assay (3% -os véletlen párhuzamos minták) [17], és 100% a TaqMan assay (10% -os véletlen párhuzamos minták). Katalógusa

A statisztikai elemzés katalógusa

Mi használt Pearson-féle chi-négyzet próba Hardy-Weinberg (HWE) a felosztott genotípus frekvenciák a nyolc SNP az ellenőrzések csak. Vizsgálat HWE között az ellenőrzések egy általánosan használt előzetes minőség-ellenőrzési módszer genetikai asszociációs tanulmányok a szisztematikus genotipizálási hibákat független személyek. Elemeztük az egyes SNP-rák egyesület keretében co-domináns, log-lineáris, domináns, és recesszív genetikai modellek segítségével feltétlen logisztikus regressziós modellek kiszámításához esélyhányados (OR) és a 95% -os megbízhatósági intervallumok (CI). Összes tartalmazza korban hozzáillő kategória, szex, lakhely (város /falu), az oktatás (írástudatlanság /általános iskolai /magasabb középiskolás), testtömeg-index (BMI, folyamatos), a dohányzás csomag-évek (folytonos), alkoholfogyasztás gyakorisága ( soha /néha /gyakran /mindennapi), H. pylori fertőzés katalógusa (gyomorrák, a negatív /pozitív), HBsAg állapot (májrák, a negatív /pozitív) és a plazma AFB1-albumin addukt szinteket kvintilisekben (májrák, becsült ötöd: < 222,7, 222,7-344,2, 344.2- 442,6, 442,6-588,5, és > 588,5 fmol /mg). Állítsa a maradék zavaró hatásokat, kortól, mi is szerepel az eltérés az egyes személy életkora az átlagéletkor mindkét korcsoport [18]. Felhívjuk a figyelmet arra, hogy számos beállítási változók hatással lehet a genetikai variációk, mivel ezek a változók fordulnak elő utána. A legjobb, a becslések közvetlen genotípus hatását, és egyébként túl lehet beállítani vagy megszégyenül ellenőrizetlen tényezők befolyásolják a kiigazítás változók és az eredmények [19]. Így megnéztük becsléseket közvetlen genotípus hatása ellen kiigazított becslések csak kora és neme. Katalógusa

További végzett rétegzett elemzés ellenőrizni heterogenitása egész rétegek mikrotápanyagok vagy módosítható kockázati tényezők, mint például a plazma mikrotápanyagok (folsav, B12-vitamin, és tHcy), a dohányzási státusz, az alkoholfogyasztás, a H. pylori fertőzés katalógusa (gyomorrák), HBsAg állapot (májrák), és a plazma AFB1 szint (májrák). Mi használt becsült medián szintek ellenőrzések osztják ketté plazmaszintjét folát (12,76 nmol /l), a B12-vitamin (228,88 pmol /l), tHcy (9,5 umol /l), és AFB1 (388,95 fmol /mg). Használtuk a domináns genetikai modell, amely feltételezte, hogy a hatás a variáns allél domináns, ha az arány a legkülső régiók összehasonlításával variáns allél homozigóta a heterozigóták kisebb volt, mint hogy ha összehasonlítjuk heterozigóták közös allél homozigóta; különben használt a recesszív genetikai modell. Megvizsgáltuk heterogenitás egész rétegek segítségével likelihood ratio összehasonlításával modellek és anélkül termék szempontjából. Katalógusa

kockázatának csökkentése többszörös összehasonlítás műtárgyak és szórványos-adatok torzítás, akkor egy félig Bayes (SB) zsugorodása ( szankcionált valószínűség) becslésére szolgáló módszer genotípus együtthatók [20]; Az odds-arány becslések beszámolunk a antilogs ezen együtthatók. A zsugorodás becslés már ajánlott alaposan alternatívájaként jobb Bonferroni a statisztikai irodalomban nincs szükség sok tesztelés leletek összehasonlító tanulmányok [21] - [24]. A zsugorodás becslése helyett a változó az alfa szinten, visszafejlődés (zsugorodik) a becsléseket a nulla felé, olyan mértékben arányos a becsült varianciák és fordítottan arányos a korábbi varianciák v. A technika variancia játszik szerepet, amely analóg a korrigált α szintű, az, hogy a kisebb értékek megfelelnek a szigorúbb elutasítás /érzékelési kritériumok, az α = 0 és v = 0 egy alsó határértékének állítás, amely elutasítja a null lehetetlenné válik. A másik véglet az, amikor nem történt átsorolás az eredeti értékét α vagy egy hatalmas (gyakorlatilag végtelen) értéket v. Katalógusa

A mi munkánkban rendelt előzetes szórás 0,50, és a korábbi medián OR = 1 (nincs összefüggés), ami 95% -os előzetes valószínűsége tartozó intervallum 0,25, 4. Ennek hatására a megfigyelt szervezetek felé null olyan mértékben, amely azt eredményezné, ha lett volna egy korábbi null kísérlet megfigyelése 4 /v = 8 esetben teljes és összevonták a jelenlegi adatok [20], [25]. Amikor eltérő réteg-specifikus SNP hatásokat hagytuk, például rétegzett elemzések, a technika variancia-ra csökkent 0,25, amely megfelel a variancia 0,50 az együttható a stratum-SNP termék (kölcsönhatás). Minden SB hátsó becslés, akkor a további biztosítani az irány (egyoldalas) SB P-értékeket, amelyek megegyeznek a hátsó valószínűsége, hogy a becsült pont van a rossz oldalon a null alá illesztett modell és a zsugorodás priusza [26], [27]. katalógusa

Összefoglalva az egyesületek a 8 SNP esetében mindhárom felső GI daganatok megkonstruáltuk poligenetikus kockázati pontszámot (PRS) [28]. Az SPE súlyozott összege kockázati genotípusa (a domináns vagy recesszív modell a rétegzett elemzés) számít, ahol a súly az egyes SNP határoztuk meg a félig Bayes-napló vagy a társulás minden rák a teljes mértékben korrigált modell. PRS-t csak becsült körében teljes genotípus adatokat az összes 8 SNP, amely magában foglalja 126 nyelőcsőrák esetben 125 gyomorrák esetben 142 májrák esetek, és 287 vezérlők. A (maximum mínusz minimum) a PRS egyes rákos volt osztva három, egymástól egyenlő távolságra kategória; ezek a tartományok voltak 0,11-2,05 A nyelőcsőrák, 0-1,91 gyomorrák, és 0-1,40 májrákot. Az adatok analíziseket végeztünk SAS 9.1.3 (SAS Institute, Cary, NC). Katalógusa

Eredmények katalógusa

Összehasonlítva lakosság ellenőrzések rákos megbetegedések jellemzően a dohányosok, alacsonyabb volt a BMI, és az alacsonyabb képzettségi szintek (1. táblázat). A nyelőcső és a gyomor rákos esetek idősebbek voltak, mint a kontroll, míg a májrák esetek voltak a legfiatalabbak. Máj rákos betegek voltak a legmagasabb a férfi-nő arány 3,53, és a legnagyobb valószínűséggel fogyasztanak alkoholt; nyelőcsőrák betegek ivott gyakrabban, mint a többi rákos esetek és a kontrollok ebben a vizsgálatban. Kockázati tényezők az egyes rákos helyre, nem tapasztaltunk eltérő gyakorisággal H. pylori fertőzés
között gyomorrák betegek és a kontrollcsoport. A kontrollokhoz képest, a máj rákos betegek mutatott nagyobb százalékban HBsAg pozitív (65 vs. 25%), anti-HCV-pozitív (9 vs. 3%), és nem volt magasabb plazma AFB1-albumin addukt szinteken (30 vs. 20% 5 ^{th egyötöd). katalógusa}

a 2. táblázat mutatja be az SB odds-arány becslések (sbor) minden egyes SNP-rák szövetség a nyolc SNP; Táblázat S1, S2, S3, S4, S5, S6 mutatja rétegzett társulásai és az 1. ábrán összegzi kiválasztott eredményeket. Genotípus eloszlás között vezérlők tűnt összeegyeztethetőnek Hardy-Weinberg, kivéve talán a DNMT1 katalógusa rs2228612, ami volt, P katalógusa = 0,010, az alábbiakban a hagyományos alfa szintje 0,05, de nagyobb, mint a Bonferroni- korrigált alfa szint 0,05 /8 = 0,006 (tesztelés mind a nyolc SNP). Ugyanakkor megjegyezzük, hogy a megfelelő torzíthatja vezérli távol egyensúly, ha a megfelelő tényezők egyaránt jár a SNP és a rák. Katalógusa

Korábban már beszámoltunk pozitív asszociációkat a T allél a MTHFR katalógusa rs1801133 a gyomor és a máj rák [11], [12]. A jelen elemzés szerint ezek a szervezetek maradtak után nyilvánvalóvá zavaró tényezők kiigazítás és SB zsugorodása (bármely T vs. C /C, teljes mértékben korrigált sbor: 1,79, 95% hátsó határok: 1.18, 2.71 gyomorrák; sbor: 1,51, 95% hátsó határértékek: 0,98, 2,32 a májrák). Ebben rétegzett SB elemzések, a szövetség között MTHFR katalógusa rs1801133 és gyomorrák megjelent erősebb az egyének között, akik alacsonyabb plazma folátszintjének magasabb plazma B12-vitamin vagy tHcy szintet, és a dohányosok között (1. ábra). Nem volt egyértelmű összefüggés az MTHFR katalógusa rs1801133 a nyelőcsőrák (2. táblázat és a táblázatok S1, S2, S3, S4, S5). Katalógusa

Bár nem volt világos, átfogó közötti társulás SNP MTR katalógusa és MTRR katalógusa és bármilyen rák fő hatás elemzés (2. táblázat), heterogenitása szövetség javasolta, rétegzett elemzéseket alkoholfogyasztás, beleértve társulásai MTR katalógusa rs1805087 a májrák (homogenitás P katalógusa = 0,021), és a MTRR katalógusa rs1801394 mindkét nyelőcső (homogenitás P katalógusa = 0,005) és a gyomorrák (homogenitás P
= 0,004). Míg G allél hordozói MTR katalógusa rs1805087 fordítottan arányos volt a májrák között nem ivók (sbor: 0,57, 95% hátsó határok: 0,31, 1,04), ezeket pozitív összefüggésben áll a májrák között ivók (sbor: 1,48, 95% posterior határok: 0,85, 2,57) (1. ábra). Hasonlóképpen, G allél hordozói MTRR katalógusa rs1801394 fordítottan arányos volt a nyelőcső és a gyomorrák között nem ivók (sbor: 0,59, 95% hátsó határok: 0,37, 0,94 A nyelőcsőrák; sbor: 0,49, 95% hátsó határok: 0,30, 0,79 gyomorrák), de pozitív összefüggésben áll a rákos között ivók (sbor: 1,56, 95% hátsó határok: 0,95, 2,56 a nyelőcsőrák; sbor: 1,39, 95% hátsó határok: 0,83, 2,32 gyomorrák) ( 1. ábra). katalógusa

DNMT1 katalógusa polimorfizmus, rs2228612 fordított összefüggésbe hozható a nyelőcsőrák a domináns genetikai modell (minden G versus a /a, sbor: 0,60, 95% hátsó határok: 0,39 , 0,94) (2. táblázat). Közül három ALDH2
SNP, rs671 társult nyelőcsőrák a recesszív genetikai modell (A /A versus bármely G, sbor: 1,76, 95% posterior határok: 0,96, 3,24). Ebben rétegzett korrigált elemzések, ALDH2 katalógusa rs671 tűnt összefüggő nyelőcsőrák egyének között alacsonyabb plazma folátszintjének (A /A versus bármely G, sbor: 2,12, 95% hátsó határok: 1,01, 4,44) (1. ábra) . A ALDH2 katalógusa rs2238151 tűnt fordított összefüggésben áll májrák, ha összehasonlítjuk a T allél hordozók azoknak a C /C genotípus (kor és nem korrigált sbor: 0,47, 95% hátsó határok: 0,24, 0,92). Bár nem találtunk összefüggést ALDH2 katalógusa rs886205 és a rák fogékonyság fő hatás elemzések, stratum specifikus sbor azt javasolta, hogy ALDH2 katalógusa rs886205 pozitívan kapcsolódó gyomorrák résztvevők között magasabb plazma B12-vitamin szintek (sbor: 1,87, 95% posterior határok: 1,09, 3,20) (1. ábra).

kivételével elemzés egyetlen SNP modellek, mi is volt közös SNP analízis, beleértve az összes, a 8 SNP egy modell (3. táblázat). Az eredmények közös SNP analízis javasolt hasonló szervezetek, mint az egyetlen SNP modellek, de a 95% -os hátsó időközönként volt szélesebb. Katalógusa

Az elemzés PRS javasolt durván megkétszerezése esélye a nyelőcső és májrák egyének között a legmagasabb PRS kategória, mint azon a legalacsonyabb kategória (sbor: 2,06; 95% hátsó határok: 1.13, 3.77 a nyelőcsőrák és sbor: 2,09, 95% hátsó határok: 1.05, 4.17 a májrák), és valamivel kevesebb a konzisztenciát kategóriák gyomorrák. A folyamatos PRS elemzés, az eredmények azt mutatják, megkétszerezése esélye erre a három felső GI daganatok egy egység (log OR) növekedése PRS (4. táblázat). Felhívjuk a figyelmet arra azonban, hogy a PRS-elemzések nem veszik figyelembe a pontszám kivitelezés az adatokat, és így lehet túlbecsülni hatásait és alábecsülik változékonysága a kapott becslések. Katalógusa

Vita katalógusa

Megvizsgáltuk az egyesületek közötti nyolc SNP a részt vevő gének az egy-szén metabolikus útvonalnak, és fogékonysága nyelőcső, a gyomor és a máj rák egy kínai populációban. Alkalmazása után SB zsugorodás módszerek és kontrollálva potenciális zavaró, azt tapasztaltuk, hogy a T genotípusa MTHFR katalógusa rs1801133 pozitívan egyaránt jár a gyomor és a májrák. Azt is megállapították, inverz összefüggést a variáns G allélja DNMT1 katalógusa rs2228612 és a nyelőcsőrák. Ezen felül, a tanulmány szerint lehetséges vagy különbségek tapasztalhatók rétegeinek alkoholfogyasztás, beleértve társulásai MTRR katalógusa rs1801394 nyelőcső és a gyomorrák, a MTR katalógusa rs1805087 a májrák. Az esély a felső GI rákos elváltozást megduplázódott a kínai résztvevők egy egység (log OR) növekedése PRS. Katalógusa

Egy-szén anyagcserét, MTHFR visszafordíthatatlanul katalizálja a 5,10-metiléntetrahidrofolát (5, 10-methyleneTHF) az 5-metiltetrahidrofolát (5-methylTHF). A 5,10-methyleneTHF alapvető fontosságú a purin- és timidilát szintézis, és az 5-methylTHF egy ko-szubsztrátja remethylation homocisztein a metionin, amely tovább alakítunk SAM számára metilezési reakciók [5]. A MTHFR
C677T (rs1801133) polimorfizmus, ami egy alanin valinra helyettesítés azt eredményezi, hogy csökken az MTHFR enzim aktivitását [29], csökkent 5-methylTHF és felhalmozódásához 5,10-methyleneTHF vörösvérsejtekben [30]. katalógusa

alacsony MTHFR aktivitás megnövekedésével jár a rák kockázatát az alacsony vér 5-methylTHF és a károsodott DNS metiláció. Ezzel, azt is csökkenti a rák kockázatát növeli a rendelkezésre álló 5,10-methyleneTHF normál DNS-szintézis, és megakadályozza az uracil misincorporation és kromoszóma-törést [5]. Bár alátámasztó e hipotézisek gyenge és ellentmondásos [5], a in vitro katalógusa tanulmány azt javasolta, hogy a hatás MTHFR katalógusa rs1801133 DNS stabilitása és metiláció helyspecifikus és függhet a folsav a rendelkezésre álló [31]. Amikor folsav ellátás megfelelő, vagy magas, a T allél a MTHFR katalógusa összefüggésbe hozható a megnövekedett genomi DNS metiláció vastagbél rákos sejteket, de csökkent a DNS metiláció emlőrák sejtekben. Amikor folát kínálat korlátozott, ezt a változatot csökkenésével jár, és változatlan DNS metiláció vastagbél és a mellrák-sejtek, illetve [31]. Uracil misincorporation csökken, vastagbélrák expresszáló sejtek a MTHFR
T allél, és a megnövekedett emlőrák expresszáló sejtek ugyanazon variáns [31]. E helyspecifikus különbség részben magyarázatot adhat a különbség a rák kockázat a MTHFR katalógusa rs1801133 polimorfizmus [4]. Az epidemiológiai vizsgálatok, a T allél úgy tűnik, hogy csökken a veszélye a kolorektális és emlőrákok [32], [33], de növeli a rák a nyelőcső, a gyomor, a máj, húgyhólyag, méhnyak, és a tüdő [2] - [4], [34] - [36]. katalógusa

a jelen elemzés segítségével SB zsugorodás, megerősítettük azt a korábbi eredményei pozitív összefüggést a T allél a MTHFR katalógusa rs1801133 és a rák a gyomor és a máj ebben Taixing populációban [11], [12], ami arra utal, hogy a zavar a DNS metiláció ebből származó variáns jelentős szerepet játszik a gyomorban és a májban a karcinogenezis. Egy újabb metaanalízis számolt be hasonló szervezetek (T /T vs. C /C, OR: 1,40, 95% CI: 1,19-1,66 gyomorrák; OR: 1,21, 95% CI: 0,95-1,56 májrákot) [3], [4]. Ezen túlmenően, Zacho et al. [4] egy nagyobb összefüggés a MTHFR katalógusa rs1801133 és a gyomorrák között a vizsgálati csoportokban nélkül folsavval (OR: 1,60, 95% CI: 1,36-1,88), összehasonlítva az erĒdítményrendszer (OR: 1,15 , 95% CI: 0,81-1,63), ami hasonló a megállapítás egy erősebb szövetség egyének között alacsonyabb plazma folátszintjének. A nyelőcsőrák, adataink azt fokozott kockázata között MTHFR katalógusa rs1801133 T allél hordozók (bármely T vs. C /C, sbor: 1,25, 95% hátsó határok: 0,85, 1,84), ami egybevág egy meta-analízis 19 vizsgálat (C /T vs. C /C, OR: 1,47, 95% CI: 1,32-1,63; T /T vs. C /C, OR: 1,69, 95% CI: 1,49-1,91) [ ,,,0],2]. katalógusa

MTR és MTRR két további fontos szerepet játszó enzimek egy szén-dioxid-anyagcserét. MTR katalizálja a metilezése homocisztein metionin. MTR
A2756G (rs1805087), egy közös SNP vezető a helyettesítés az aszparaginsav glicin, nagyrészt vizsgálták. Mindamellett látszólagos szövetség figyeltek meg rákban az alábbi helyeken: tüdő-, prosztata-, fej és nyak, a hólyag, a nyelőcső, a gyomor, mell, vagy vastagbél- és végbélrák [37] - [46]. MTRR regenerálja funkcionális MTR reduktív metiláció. Két közös polimorfizmusok, MTRR katalógusa A66G (rs1801394 alakítja izoleucinról metionin) és C524T (rs1532268, megváltoztatja szerin leucin), már jelezte regenerálódni MTR kevésbé hatékonyan [47]. G allél hordozói MTRR katalógusa rs1801394 hozták összefüggésbe fokozott kockázata hepatocelluláris karcinóma (HCC) [48]. Ezzel szemben, egyesületek nincsenek összhangban más rosszindulatú folyamatok, köztük nyelőcső laphámrák (ESCC), gyomorrák, és a vastagbélrák [37], [44], [49] - [53]. A legtöbb tanulmány, amely vizsgálta MTRR katalógusa rs1532268 nem jelentett egyesületek vastagbél, gyomor, emlő, és a tüdőrák [44], [51], [53] - [56]. Egy szem előtt kell tartani azonban, hogy a látszólagos ellentmondások és a jelentések, hogy nincs összefüggés csak tükrözi a várt változás P katalógusa -értékei ( "statisztikai szignifikancia"), ahelyett, hogy valódi konfliktusokat. Katalógusa

A vizsgálat során megfigyelték odds-arány változását az egyesületek közötti MTR katalógusa / MTRR katalógusa polimorfizmusok és a felső GI daganatok között az alkoholfogyasztás, még azután is, a konzervatív SB zsugorodás. Alkoholfogyasztás úgy tűnt, hogy módosított odds-arányok kapcsolatos MTR katalógusa rs1805087 májrák, és MTRR katalógusa rs1801394 a nyelőcső és a gyomorrák. G allél hordozói a két SNP-k pozitív összefüggésben áll a rákos között ivók, és fordítottan arányos a rák között nem ivók. Matsuo et al., Megfigyelhető, hogy hasonló vagy változása [57]: G /G genotípus hordozói MTR katalógusa rs1805087 magasabb volt a kolorektális rák kockázata között alkoholfogyasztóknak és alacsonyabb kockázat között nem ivók. Bár a funkcionális hatását MTR /MTRR katalógusa polimorfizmusok még nem állapították meg, hogy az eredmények biológiailag hihető, mint az alkohol árthatnak egy szén-dioxid-metabolizmus gátlása révén folsav felszívódását, elnyomja SAM szintézis, és rosszul hat a DNS metiláció [6]. Az alkohol is okozhat gátlását metionin szintáz aktivitás [6]. Ezért lehetséges, hogy a variáns allél a két MTR /MTRR
polimorfizmusok véd a felső GI daganatok alatt a környezet alkohol nélkül kitettséget. Azonban, akkor káros, ha egy szén-dioxid-anyagcsere megzavaró alkohol és metabolitjai. Katalógusa

ALDH2 részt vesz az alkohol lebontását oxidációjával acetaldehid, 2B humán rákkeltő, az ecetsav. A ALDH2
rs671 polimorfizmus-egy jól ismert variánsa fordul elő, hogy a kizárólag az ázsiai populációk-okoz alacsonyabb katalitikus hatékonysága ALDH2, és így teszi alacsonyabb képességét, hogy megszüntesse az acetaldehid [58]. A ALDH2 katalógusa rs671 A allél (lassú típusú) már összefüggésbe hozható a megnövekedett kockázata a fej-nyaki rák, valamint a nyelőcsőrák [59], [60]. Összhangban van a korábbi megállapításokat, azt tapasztaltuk, hogy pozitív összefüggés az A /A genotípus és a nyelőcsőrák ebben a vizsgálatban, és további számolt erősebb szövetség egyének között alacsonyabb plazma folátszintjének. Acetaldehid is zavarja folát anyagcsere [6].

• PLoS One: Gyomor Virtual Nem CT második generációs, Dual-Energy CT: Az előzetes tanulmány
• PLoS One: fény- és elektronmikroszkópos az európai hód (Castor fiber) Gyomor felfedése Egyedi morfológiai lehetséges általános biológiai jelentősége