PLOS ONE: molekylärgenetisk analys av maginnehållet avslöjar Wild Torsk matar på Piscine Reovirus (PRV) Infekterade atlantlax med ursprung från en kommersiell fiskodling

Abstrakt

I mars 2012, fiskare som är verksamma i en fjord i norra Norge rapporterade att fånga torsk, en infödd fisk bildar en ekonomiskt viktig Fiskets i denna region, med ovanligt byte i deras magar. Det spekulerades att dessa kan vara lax, som inte är typiskt byte för torsk vid denna tid på året i kustzonen. Dessa observationer har därför rapporteras till norska Fiskeridirektoratet som en misstänkt interaktion mellan en lokal fiskodling och denna kommersiella fisket. Statistiska analyser av genetiska data från 17 mikrosatellitmarkörer genotypats på 36 delvis nedbrutet byte, prover av lax från en lokal fiskodling, och prover från den närmaste vilda populationen tillåts följande slutsatser: 1. bytet var atlantlax, 2. Dessa lax inte härrör från den lokala vilda populationen, och 3. den lokala gård var den mest sannolika källan till dessa byten. Ytterligare tester visade att 21 av de 36 byten infekterades med Piscine reovirus. Medan det potentiella sambandet mellan Piscine reovirus och sjukdomen hjärta och skelettmuskelinflammation är fortfarande under vetenskaplig debatt, hade denna sjukdom orsakad dödlighet av ett stort antal lax på gården i månaden före fiskarnas iakttagelser. Dessa analyser ger nya insikter i samspelet mellan tama och vilda fiskar

Citation. Glover KA, Sørvik AGE, Karlsbakk E, Zhang Z, Skaala Ø (2013) molekylärgenetisk analys av maginnehållet avslöjar Wild Torsk Feeding på Piscine Reovirus (PRV) infekterade atlantlax med ursprung från en kommersiell fiskodling. PLoS ONE 8 (4): e60924. doi: 10.1371 /journal.pone.0060924

Redaktör: Martin Krkosek, University of Toronto, Kanada

emottagen: 3 oktober 2012; Accepteras: 4 mars 2013, Publicerad: 19 april 2013

Copyright: © 2013 Glover et al. Detta är en öppen tillgång artikel distribueras enligt villkoren i Creative Commons Attribution License, som tillåter obegränsad användning, distribution och reproduktion i alla medier, förutsatt den ursprungliga författaren och källan kredit

Finansiering:. Denna studie finansierades av norska Department of Fisheries. Finansiärerna hade ingen roll i studiedesign, datainsamling och analys, beslut att publicera, eller beredning av manuskriptet

Konkurrerande intressen:.. Författarna har förklarat att inga konkurrerande intressen finns

Introduktion

En av de mest betydande miljöproblem i samband med kommersiell odling av atlantlax ( Salmo salar
L.) i marina netto pennor är inneslutning. Inom Norge, där statistik för antalet anmälda rymlingar registreras av den norska Fiskeridirektoratet (NDF) har det årliga antalet rymlingar varit i hundratusentals för de flesta år under perioden 2000-2011 [1]. Emellertid har den verkliga årliga antalet escapees uppskattats vara i miljoner på grund av underrapportering [2]. Odlad rymlingar kan sprida över långa avstånd [3], [4], kan komma floder [5], och kan visa en rad ekologiska [6] och genetiska interaktioner [7] - [12] med vilda artfränder. Således är det allmänt accepterat att odlad rymlingar utgör ett potentiellt hot mot integriteten för infödda befolkningar.

Tillämpningen av molekyl genetiska metoder för vilda bevarande och förvaltning av fisket, inklusive kriminaltekniska fall för brottsbekämpning och reglering är expanderande [13]. Typiska djurliv rättsmedicinska applikationer sträcker sig från arter identifieringar för morfologiskt oidentifierbara vävnader och prover, till befolkningen i ursprungs identifieringar för individer som misstänks ha tagits från platser där skörden regleras eller olagligt [14], eller till och med felaktigt hävdade [15]. Analys av magen och avföring innehåll från rovdjur har också varit föremål för omfattande genomförts, och som identifiering av byten på arten [16] - [20]., Familj [21], och även enskilt prov nivå [22]

NDF ansvarar för utveckling och genomförande av vattenbruk reglering i Norge. Medan utvandring av fisk från anläggningar kommersiella vattenbruk är inte olagligt i Norge, är bönder juridiskt bundna att rapportera ålar från sina gårdar. Trots detta utgör underrapportering en stor utmaning av NDF möter. Som svar på denna situation, genetiska metoder för identifiering av rymlingar tillbaka till sin ursprungsanläggningen har fastställts och resulterade i böter för företag som finns i strid med reglerna [23], [24].

I mars 2012 , lokala fiskare som är verksamma i en fjord i norra Norge rapporterade att fånga torsk ( Gadus morhua
L.), som utgör en viktig kommersiellt fiske i denna region, med ovanligt bytesfiskar i deras magar. De flesta av dessa offer som var ca 30-35 cm lång, var delvis eller kraftigt försämrad, och som sådan var svårt att identifiera alla dem morfologiskt (Fig. 1). Ändå har de inte ser ut som sill ( Clupea harengus
L.) eller mindre gadoid arter som utgör en viktig del av torsk diet i denna region [25], [26], och det spekulerades av flera fiskare som dessa kan vara atlantlax. Medan torsk har varit kända för att inta Atlantic smolt vid migrering från sötvatten i flodmynningar och marina miljön [27], [28], inom några veckor att komma in den marina miljön i slutet av våren och början av sommaren, smolt har vanligtvis lämnat fjord områden och vandrar mot havsfoderplats. Som sådan var torsk inges vild lax av den observerade storlek och tid på året på denna plats anses ovanliga av de lokala fiskarna, och situationen rapporteras därför till NDF som en misstänkt interaktion mellan en lokal laxodling och denna kommersiella fisket. Här rapporterar vi en analys av bytet för att ta upp följande frågor: 1. Vilka arter är dessa byten, 2. Om de är lax, är det möjligt att identifiera dem som vild eller odlad (dvs., är detta en sällsynt naturlig fenomen eller är det en mänsklig inducerad), och 3. Om de odlad atlantlax, de kommer från en lokal gård

Material och metoder

metodik

den aktuella studien var utformad för att ta itu med de tre frågor som presenteras i inledningen. Diagnostiska markörer för identifiering av allvarligt skadad lax och regnbåge ( Oncorhynchus mykiss
) vävnader har nyligen utvecklat [29]. Emellertid var det första försöket vid identifiering av bytet genomförs med mycket polymorfa mikrosatellitmarkörer som vanligen genomförs i atlantlax populationsgenetik projekt. Motiveringen till detta var tvåfaldig. Först, för att kunna besvara frågorna 2 och 3, en allel-frekvensprofilen skulle behövas för varje byte för att matcha mot allel frekvensprofilerna för odlad och vild lax i regionen. För det andra, föreslog en kombination av tidigare erfarenheter med dessa mikrosatellitmarkörer på delvis nedbrutna prover, tillsammans med inspektion av bytet som om de var verkligen atlantlax, kan det vara möjligt att framgångsrikt genotyp proverna med dessa mikro.

prover

Denna studie är baserad på en fjord i norra Norge. Av juridiska skäl, den exakta placeringen av den torsk som fångas i denna studie, och den lokala fiskodlingen från vilka prover togs, förbli anonym. Under överinseende av NDF, var en totalt 36 byte prov från torsk magar av lokala fiskare (1-3 byte per torsk mage, all torsk fångas under perioden mars till April 2012). Dessa torsk fångades som en del av en kommersiell skörd och var döda på deras magar som samplas. Således har inga särskilda tillstånd som krävs för provtagning av magar torsk i denna studie. Både östra polartorsk North (NEAC) och norska kust torsk (NCC) är kända för att ligga till grund för denna kommersiella fisket vid den här tiden på året i denna region. Dock inga prover av eller uppgifter som registrerats från dessa torsk och som sådan är inte möjligt att utesluta dessa fiskar av endera typen.

Alla torsk fångades på en av sex platser i omedelbar närhet av den enda fisk gård i den region som innehåller lax överlappande i storlek med bytet, eller upp till maximalt 20 km ytterligare i fjorden. Utöver de 36 byten fångats i torsk magar, en enda lax post smolt, fångas i övervakningsnetto belägen omedelbart bredvid den enda lax gård i denna region, samplades (detta enskilda fiskar är det följande kallat "det escapee" och var ungefär lika stor som bytet). Från alla dessa prover var två vävnadsprover per individ tas för senare genetisk analys.

Prover av lax från det enda gård i denna fjord som innehöll fisk överlappande i storlek med bytet var också in. Dessa fiskar samlades in av anställda vid NDF. Inga särskilda tillstånd krävdes för att prova dessa fiskar, även om fiskodlaren gav tillgång till deras gård. Närmaste alternativa gården uppfödning fisk överlappande i storlek med bytet var belägen mer än 100 km bort (120 km bort för de mest avlägsna dumpar av torsk) och inte ses som en trolig källa, och därför inte ingick i urvalet. Från lokala gård, totalt tre prover, var och en bestående av ungefär 47 fiskar, togs från tre separata burar. Detta representerade de tre genetiska grupper av fisk på gården, och är förenlig med provtagningsprotokoll för att upprätta en genetisk grund för identifiering av rymlingar tillbaka till sina ursprungsanläggningen [23], [24].

Ett prov av vild atlantlax, med ursprung från närmaste floden och i omedelbar närhet till där torsk med byte i deras magar fångades ingick också i denna studie. Denna vilda prov lax bestod av 101 vuxna fångas genom att vinkla i floden i säsonger av 2007 och 2008. Eftersom dessa fiskar fångades och därefter dödas för konsumtion av sportfiskare har inga tillstånd för att ta omfattande prover från dessa döda fiskar som krävs.

sjukdomsstatus på gården

hjärta och skelettmuskelinflammation (HSMI) är en smittsam sjukdom [30] präglas av omfattande inflammation och multifokal nekros av myocyter i hjärtat och röd muskulatur [31]. Ett nytt virus, Piscine reovirus (PRV) har nyligen upptäckts i fisk med HSMI. Detta virus är associerat med sjukdomen, visar förhöjda virusmängd i sjuk fisk, och är potentiellt ansvarig för sjukdomen [32], [33]. Men PRV infektioner är vanliga i odlad lax i Norge, och har också dokumenterats i frisk fisk inklusive vild lax [34]. Därför förblir under debatt [34] roll PRV i HMSI.

Under perioden från januari till februari 2012 (det vill säga några veckor före upptäckten av lax liknande byte i magen på vild torsk) , rapporterade lokala gården förluster på cirka 55000 fisk (data från NDF jordbruksregistret biomassa). Den orsakande sjukdom senare diagnosen HMSI i februari 2012. Denna diagnos baserades på kliniska analyser av fisk från gården av en lokal veterinär, och bekräftades senare av den norska Veterinärinstitutet använder histopatologi (därför, närvaron eller frånvaron av PRV i dessa sjuka fiskar är okänd).

på grund av bakgrundsinformation om sjukdomsstatusen på gården, prover från bytet fångas i torsk magar, och enda escapee, analyserades med avseende på förekomst av PRV. Detta var på grund av att PRV kan finnas i bytet och escapee om de härrör från gården där HMSI hade orsakat dödlighet. PRV är också närvarande i vild norsk lax (även i fisk inte visar HMSI), om än i en lägre frekvens än i odlad undgått lax (13,4% jämfört med 55,2% prevalens respektive) [34]. Medan detta virus är normalt identifieras i hjärt- eller huvud-njurprover, på grund av den nedbrutna tillståndet i byte, endast muskelprover fanns tillgängliga för detta test. Analyser genomfördes av en Real Time PCR-analys företag, patogen Analyse AS, ackrediterat enligt den internationella standarden ISO 17025. Proverna analyserades med avseende PRV RNA vid patogen i enlighet med sina interna metoder för realtids PCR med hjälp av en analys (PRV -ST ") med inriktning på L3-genen, sekvens tidigare [32]. Sekvenserna för framåt- och bakåt primers för denna analys är 5'-TCAACCACCTCCACACAAAAGA-3 'och 5'-AACGAGTTGTGCGTGTGCC-3' respektive, och sonden VIC-5'-TTGGGATGTCGACGTTCT-3 '. Standardkurvan baserad på tiofaldiga utspädningar i tre exemplar hade en lutning av -3,25 (R ^{2 = 0,998), och effektiviteten (E = [10 1 /(- lutning)] - 1) var 1,030. Cut-off C _{T-värde var 37,0. PRV-ST-analys var inte ackrediterad vid tidpunkten för analys och detta arbete är första gången dessa markörer, som produceras av patogen AS, har publicerats.}}

Molekylära genetiska analyser

DNA-extraktion var genomfördes i 96-brunnsformat med ett kommersiellt tillgängligt kit (Qiagen DNeasy®96 Blood & Tissue kit). Varje 96-brunnars platta innefattade två tomma brunnarna som negativa kontroller. Rutin genotypning kontroll spelar en vanlig roll i genotypning i laboratoriet vid IMR [35], [36]. Var och en av de individuella byte och escapee isolerades två gånger för att kontrollera genotypning konsistens. DNA-kvantitet och kvalitet mättes inte.

Alla prover var föremål för genotypning med en uppsättning av 18 mikrosatelliter som används i laboratoriet för Atlantlax genetik projekt. Dessa loci amplifierades i tre multiplexer, med hjälp av standardprotokoll för friska vävnader (fullständig genotypning förhållanden som från författare på begäran); SSsp3016 (Genbank nr. AY372820) Review, SSsp2210
, SSspG7
, SSsp2201
, SSsp1605
, SSsp2216
[37], Ssa197
, Ssa171
, Ssa202
[38], SsaD157
, SsaD486
, SsaD144
[39], Ssa289
, Ssa14
[40], SsaF43
[41], SsaOsl85
[42 ], MHC I
[43] och MHC II
[44]. PCR-produkter analyserades på en ABI 3730 Genetic Analyser och som sorteras efter en 500LIZ ™ storlek-standarden. Rådata kontrollerades manuellt två gånger innan export för statistisk analys. Inga genotypning inkonsekvenser observerades bland dessa åter analyserade prover.

Statistisk analys

När en DNA-profil har framgångsrikt etablerat för den enskilda byte, den enda escapee, lokala gården och vild lax från en befolkningen i regionen, flera statistiska test, som vanligen genomförs i populationsgenetik studier, genomfördes på dessa data. Detta var för att i första hand ta itu med tre frågor som ställs i inledningen. För dessa tester, var enda escapee poolade med bytesfisk baserat på pilot analys dokumentera att det är genetiskt mycket lik bytet (se resultat). Således, för dessa analyser, bytet provet ingår också enda escapee.

Först var de uppgifter ordnade i en populationsgenetik program (MSA) [45], som användes för att beräkna en rad sammanfattande statistik, och indatafiler för andra program. Därefter data analyseras i Genepop V3.3 [46] för att beräkna gen skillnader, Hardy Weinberg jämvikt, och länkdisekvilibrium mellan par av loci inom prover. Fishers exakta test (demorization 10 000, 100 partier, 5000 iterationer) genomfördes för att testa för statistisk signifikans. Programmet LDNE [47] som används för att beräkna den effektiva populationsstorleken ( Ne
) för varje prov. Detta program använder en enda prov metod för att uppskatta Ne
baserad på graden av LD observerats i ett prov.

genetisk identifiering av bytet genomfördes av två olika men gratis metodologiska ansatser. Först genetisk uppdrag med hjälp av Rannala & Berg beräkningsmetoden [48] som genomförts i programmet GeneClass2 [49] genomfördes. Här proverna från gårdarna och i vild fisk används som förutbestämda potentiella källor till bytet (dvs den genetiska baslinjen). Därefter direkt genetisk uppdrag genomförts. Denna metod lägger varje okänt fisk (dvs den enskilda bytesfiskar) in i prov baslinjen att det liknar mest. En begränsning med direkt uppdrag är att den tilldelar en potentiell källa befolkningen att vart och ett av de okända proven oavsett den absoluta graden av likhet. Detta kan vara acceptabelt i "slutna system" där alla potentiella källor till de okända proven representerade, men i situationer som den nuvarande där inte alla potentiella källor ingår i baslinjen, är det viktigt att få en uppskattning av graden av likhet mellan det okända provet (er) och varje baslinje prov. Detta uppnås genom uteslutning, och varje individ jämförs med varje baslinje prov, och en sannolikhet av tillhörighet (eller mer korrekt, sannolikhet att inte tillhör) beräknas. I den specifika situationen här, skulle avslag från alla baslinjeprover tyder på att bytet härstammar från en källa inte ingick i urvalet.

Den andra metod för att identifiera bytet var att beräkna inblandning (även kallad Bayesiansk klusteranalys) med hjälp av program~~POS=TRUNC 2,2 [50], [51]. Individuell blandning medger identifiering och tilldelning av enskilda fiskar till genetiska kluster (dvs populationer eller genetiska grupper) utan "före" om befolkningen eller plats varifrån varje enskilt prov har sitt ursprung. Detta möjliggör, till exempel, identifiering av individer som är av blandad genetiskt ursprung, och identifiering av individer när det blandas in i prover övervägande av andra genetiska grupper. Programmet kördes under användning av en blandning modell med korrelerade allel frekvenser och ingen tidigare. Körs bestod av en burn-in 250 000 MCMC steg, följt av 250 000 steg. Programmet kördes med alla prover detaljerad inkluderas med antalet populationer som mellan k
= 1-8 med tre körningar per k
. Sannolikheten av data ritas och den lämpligaste k
bestämdes vid den punkt där lutningen nått en platå [50].

Resultat

Trots att delvis rötas (Fig. 1), mikro DNA-profiler var framgångsrikt erhållits från alla 36 byte prov från magen torsk och enda escapee fångas i övervaknings nätet placeras utanför den lokala gården. Medan vissa markörer inte bedömdes i någon av de DNA-isoleringar, när kombinera data från båda isolaten (efter dubbelkontroll att validera genotypning konsistens), endast två genotyper saknas totalt 629 möjliga genotyper för de 37 fiskar analyserade 17 mikro loci (dvs. > 99% genotypning täckning). Detta under förutsättning både avgörande bevis för att bytet var verkligen atlantlax, och tillåts nästa steg i deras identifiering med hjälp av en populationsgenetik statistisk metod.

Sammanfattande statistik för det kombinerade provet av bytet (som inkluderade enda escapee fångade netto), prover från den lokala gården och från floden visa flera trender (tabell 1). Samtliga prover från gården visade mindre genetisk mångfald än provet från floden, mätt som antingen det totala antalet alleler, eller allelisk rikedom som kringgår problemen med att ha olika antal individer som representerar varje prov. Lägre variation på polymorfa genetiska markörer är typiskt för jordbruksprov i jämförelse med vilda prov [52], [53], och är kopplat till det faktum att fisken samplas i en enda bur har ofta ett begränsat antal föräldrar [54]. Nästan alla prover i HWE dock LD observerades i både provet Farm 1C, och provet av bytesfisk. Ne
var mycket låg i provet av bytet och två av proverna från gårdarna. Däremot Ne
var mycket högre i provet av vild lax och gården prov 1B. För alla dessa sammanfattande statistik, liknade bytet gården proverna mycket starkt, särskilt 1C, medan de visade mycket olika parametrar till den vilda provet.

F _{ST är en genomsnittlig mätning av genetisk likhet mellan grupper prover eller populationer. Fattas kollektivt, bytet var genetiskt starkt distinkt till den vilda laxen och marginellt skiljer sig från prover gården 1A och 1B (tabell 2). Dessa byten var genetiskt liknar gården prov 1C. Alla jordbruks prover var genetiskt distinkta till den vilda provet stödja iakttagelser från de sammanfattande statistik som presenteras ovan.}

Självtilldelnings simuleringar inklusive prover från gården och den vilda populationen visade att totalt sett 70% av fisken i detta uppsättning av prover skulle vara korrekt tilldelas provet från vilken de har sitt ursprung. Miss-uppdrag orsakades nästan uteslutande av odlad fisk som felaktigt placeras i en alternativ gård prov som återspeglar den överlappande genetiska profilen mellan dessa burar. Ingen av de odlade fisken felaktigt tilldelas den vilda populationen, och endast tre av de 101 vild lax felaktigt tilldelas någon av de odlade proverna (alla tilldelades Farm 1B). Således är dessa simuleringar visar nästan fullständig potential att identifiera om bytet är mer benägna att ha sitt ursprung från denna lokal gård (och därmed en händelse människan orsakat) eller det lokala vilda populationen (och därför en ovanlig naturlig händelse).

Direkt uppdrag (som placerar det okända provet, som i detta fall var 36 byten och en lax escapee fångas i ett nät utanför gården, i den genetiskt mest liknande prov baslinjen) placerade alla bytet och den gemensamma escapee i jordbruksprover, och ingen i naturen provet (Fig. 2). Uteslutnings tester stödde denna, vilket visar att majoriteten av bytet och den gemensamma escapee kunde slutgiltigt uteslutas från provet av vild lax, medan endast ett byte prov kan uteslutas från alla de odlade proverna (och i så fall den vilda provet också ).

Namnet på bytet och enda escapee utfördes också med användning av inblandning analys i programstrukturen (Fig. 3). Programmet tar inte hänsyn till eventuella "priors" för proverna och varje individ kan representera en blandning av genetiska grupper eller klungor. Sannolikheten av data ritas och mest lämpligt antal kluster k
, bestämdes att vara fyra (den punkt där lutningen nått en platå) [50]. Bekräfta resultat från andra statistiska test som presenteras ovan visade inblandning analys att det fanns en stor genetisk skillnad mellan odlad lax och vild lax i denna datamängd, och viktigare, att alla bytet, inklusive enda lax escapee, var nära förknippade med genetiska kluster representerade i lax från lokala norska gården, och inte den lokala vilda populationen. Data för andra antal kluster (dvs k
in mellan 2-8) gav identiska resultat (data inte presenterade).

Realtids-PCR-analyser (PRV-ST-analys) detekteras PRV virus RNA i 22 av de 37 bytes prover. De positiva proven representerade 21 byten från torsk magar och enda lax fångas i övervaknings nätet placeras utanför den norska gården. C _{T-värdena varierade från 27,8 till 35,3 (medelvärde 33,0).}

Diskussion

Molekylär-genetiska verktyg för att identifiera anläggningen vattenbruk samt i vissa fall även specifika bur ursprungs för Atlantic lax [23], [24], torsk [55], [56] och odlad regnbåge [57] har rymlingar utvecklats. Men den aktuella studien är en ny tillämpning av molekylärgenetiska metoder för att ge förvaltningsmyndigheter möjlighet att övervaka kommersiella vattenbruk och dess samspel med naturen. Dessutom ger denna studie nya insikter i samspelet mellan tama och vilda fiskar

Fyra huvudsakliga slutsatser kan dras från dessa analyser. 1. delvis smält och morfologiskt svårt att identifiera offer avslöjades att vara lax, 2. Baserat på flera oberoende genetiska parametrar, var dessa lax byte identifieras som odlad och inte från den lokala vilda populationen, vilket visar att det är en mänsklig inducerad, i motsats till naturfenomen, 3. Trots partiell matsmältning, de flesta av bytet , inklusive enda escapee genom detekterbara nivåer av PRV. PRV är associerad med sjukdomen HSMI [32], [33]. Sjukdomen hade orsakat betydande dödlighet hos lax på den lokala gård i omedelbar tidsperiod innan bytet fångas i det vilda torsk, 4. Den genetiska profilen av lax byte, och enda escapee starkt matchade den genetiska profil fisken i lokala gården. Även genetiska likhet är inte entydig ursprungsintyg [23], med tanke på den närmaste alternativa gård som dessa personer kan ha teoretiskt härstammar från var belägen mer än 100 km bort i en annan fjord, dessa analyser gav NDF med tillräcklig "indicier" för att inleda en undersökning av företag som äger denna kommersiella vattenbruksanläggning på grundval av en eventuell felaktig hantering.

laxen gård i studieområdet fick diagnosen HSMI bara veckor före uppkomsten av odlad lax i magen av den lokala Torsk. Därför undersöktes bytet återerövras från torsk magar med avseende på förekomst av PRV, även virusnivåerna kan sjunka efter ett utbrott [58]. Trots partiell nedbrytning av bytet, och det faktum att endast muskelprover fanns tillgängliga, var PRV viruset fortfarande upptäcks. Ändå baserat på analyser här, är det inte möjligt att entydigt lösa hur PRV infekterade odlad lax in i naturen. De kan sjuka döda fiskar deponeras i havet (vilket skulle innebära en olaglig praxis i Norge) och därefter intas av torsk från havsbottnen, eller de var rymlingar predated lats mellan torsk. Med tanke på att gården hade upplevt betydande dödlighet av fisk (55000) genom HMSI under perioden omedelbart före laxen fångades i magen torsk, tyder på att den tidigare förklaringen är den mest sannolika.

Oberoende av hur fisken in i naturen, visar denna studie trofisk överföring som en mekanism för samverkan mellan laxodling och vilda populationer. Medan torsk har dokumenterats att predate på vild atlantlax smolt migrerar från sötvatten till havet [27], [28], lax är normalt inte föregick lats torsk vid tidpunkten för året då den aktuella studien genomfördes [25 ], [26]. Dessutom, till vår kunskap, representerar denna studie första dokumentation av torsk intag lax från en fiskodling. Således är det möjligt att torsken undersökt här, och utgör en del av befolkningen i det studerade området vid denna tid på året, har utsatts för PRV. Förmågan hos PRV-virus som skall överföras till nya värdar via intag av infekterade bytet är för närvarande okänd, som är mottagligheten hos torsk från Atlanten för viruset. Men PRV upptäcktes inte i 78 torsk eller 850 andra gadoids som nyligen ingick i urvalet i Norge och screenas för detta virus [59]. Eftersom PRV infektioner är vanliga i vild och odlad lax i Norge, och även förekommer i vild havsöring ( Salmo trutta
L.) [34], är det troligt att den gemensamma PRV typen är specifik för laxfiskar och att torsk är inte mottagliga.

Analys av djur maginnehåll eller avföring med hjälp av molekylärgenetiska metoder har i stor utsträckning på en rad taxa och biologiska frågor [19], [60]. Dessa metoder har huvudsakligen genomförts för att identifiera byten till en taxonomisk klassificering, ofta arter, vanligen med analysen av en enda eller ett litet antal gener som ger den önskade taxonomiska kapacitet för de potentiella bytesdjur i fråga [17], [18], [20]. På senare tid har framsteg inom nästa generations sekvensering tillåten kraftfulla tillägg till dessa metoder, vilket leder till vad som kallas DNA metabarcoding [61]. Medan den aktuella studien inte representerar inte en teknologiska framsteg för sådana molekylärgenetiska metoder, tillämpningen av mikro DNA-analys i kosten analys legitimera utöver en taxonomisk klassificering är ny. Här var det möjligt att inte bara visa att bytet var lax, men att den mest sannolika källan var en lokal gård och inte en lokal vild lax befolkningen. Slutligen var det också möjligt att visa att bytet genom ett virus som har förknippats med en sjukdom som orsakar betydande dödlighet hos odlad lax. Därför representerar denna studie en förlängning av de biologiska frågor som kan tas upp via molekylärgenetisk analys av maginnehållet. Andra exempel på diet analys som går utöver identifieringar arter innefatta analys till familjenivå för att visa filial kannibalism i naturen [21], och predation dödlighet av atlantlax av odlad, hybrid och vilda paren på ett naturligt flodsystem (Skaala opublicerad). Dessutom har identifiering av byten till individnivå utförts, där mikroanalys av dieten från Grönland hajar ( håkäringar mikrocefalus
), tillsammans med en sökning av en DNA-register för alla vikval ( Balaenoptera acutorostrata
) fångade i kommersiell skörd i Norge [62] tillåts ansluta val och haj fångar i både tid och utrymme för att förstå både sina rörelser och matvanor [22].

för mer än ett decennium, den årliga rapporterade gång av lax från norska fiskodlingar har varit i tiotals eller hundratals tusen [1]. Detta är sannolikt en underskattning på grund av underrapportering, och under perioden 1998-2004, är det uppskattas att den genomsnittliga årliga antalet rymlingar var 2,4 miljoner [2], vilket är högre än det årliga antalet vild lax återvänder till norska kust att föröka sig i samma period. Även uppmärksamheten kring effekterna av rymlingar har främst getts till dem vid liv i motsats till döda [7], [9], [63], visar denna studie att virusinfekterade odlad fisk kan frigöras till miljön genom en metod eller en annan. Analyserna i förevarande fall framhålls potentialen för att identifiera och spåra sådana händelser. Med tanke på omfattningen av utvandring från kommersiella fiskodlingar, utgör detta en av de mest betydande invasioner av infödda befolkningen människan orsakas av en art som har varit föremål för selektiv avel. Därför behöver denna situation övervakas för att inte bara ekologiska [6] och genetisk [7] -. [12] interaktioner, men också interaktioner sjukdoms

Tack till

Tor Arne Helle, och andra arbetare vid den norska fiskeri~~POS=TRUNC direktoratet~~POS=HEADCOMP är tacksamma för att få hjälp med att samordna prover som tagits från fiskare, och samla in bakgrundsinformation.

• PLOS ONE: Serum Apolipoproteiner CI och C-III reduceras i magcancer patienter: Resultat från MALDI-Based Peptidome och Immuno-Based Clinical Assays
• Magbesvär Remedies