PLoS ONE: молекулярно-генетический анализ желудка Содержание показывает Wild Atlantic Cod Кормление на Piscine реовирус (ПРВ) Infected атлантического лосося, происходящий из промысловых рыб Farm

Абстрактный

В марте 2012 года рыбаки работают в фьорд в Северном Норвегия сообщила о ловле атлантическую треску, дикорастущего рыбы, образующую экономически важного морского промысла в этом регионе, с необычной добычей в их желудках. Было предположение, что это может быть атлантического лосося, которая не является типичной добычей для трески в это время года в прибрежной зоне. Таким образом, эти наблюдения были сообщены в Директорат по рыболовству Норвегии в качестве подозреваемого взаимодействия местной рыбной фермы и этого коммерческого промысла. Статистический анализ генетических данных из 17 микросателлитных маркеров генотипированных на 36 частично деградированных добычу, образцы лосося из местного рыбного хозяйства, а также образцы из ближайшего дикого населения позволили сделать следующие выводы: 1. Добыча были атлантического лосося, 2. Эти лосося не происходят из местной дикой популяции, и 3. местная ферма была наиболее вероятным источником этих жертв. Дополнительные тесты показали, что 21 из 36 жертвы были инфицированы PISCINE реовирус. В то время как потенциальная связь между PISCINE реовирус и болезни сердца и скелетных мышц воспаление все еще находится под научной дискуссии, эта болезнь была причиной смертности большого количества лосося на ферме в месяц до наблюдений рыбаков. Эти анализы обеспечивают новое понимание взаимосвязи между одомашненных и диких рыб
<р> Цитирование:. Гловер К.А., Sørvik AGE, Карлсбакк E, Чжан Z, Skaala Ø (2013) молекулярно-генетический анализ желудка Содержание показывает Wild Atlantic Cod Питаясь Пискин реовирус (ПРВ) Зараженные Atlantic Salmon Возникнув из коммерческого рыбхоз. PLoS ONE 8 (4): e60924. DOI: 10.1371 /journal.pone.0060924
<р> Редактор: Мартин Krkosek, Университет Торонто, Канада
<р> Поступило: 3 октября 2012 года; Принято: 4 марта, 2013 года; Опубликовано: 19 апреля 2013
<р> Copyright: © 2013 Гловер и др. Это статья с открытым доступом распространяется в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution, которая позволяет неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе, при условии, что оригинальный автор и источник кредитуются

Финансирование:. Это исследование финансировался норвежским Департамента рыбного хозяйства. Доноры не играет никакой роли в дизайн исследования, сбора и анализа данных, решение о публикации или подготовки рукописи
<р> Конкурирующие интересы:.. Авторы заявили, что не существует никаких конкурирующих интересов

Введение
<р> Одним из наиболее важных экологических проблем, связанных с коммерческой культурой атлантического лосося ( Salmo Салар
L.) в морских чистых ручках является сдерживание. В Норвегии, где статистические данные по количеству зарегистрированных беглецов регистрируются Норвежским директоратом по рыболовству (NDF), годовые числа беглецов было в сотни тысяч лет для большинства в период 2000-2011 [1]. Однако истинное ежегодное число беглецов, по оценкам, в миллионы из-за занижения [2]. Выращиваемых беглецы могут разойтись на большие расстояния [3], [4], могут заходить в реки [5], и может отображать целый ряд экологической [6] и генетических взаимодействий [7] - [12] с дикими сородичами. Таким образом, как правило, принято считать, что выращиваемых беглецы представляют собой потенциальную угрозу для целостности коренного населения.
<Р> Применение молекулярно-генетических методов для целей сохранения дикой природы и управления рыбным хозяйством, в том числе судебных дел для правоохранительных органов и регулирования является расширения [13]. Типичные дикой природы судебно-приложения варьируются от вида идентификаций для морфологически неустановленных тканей и образцов, чтобы население происхождения идентификаций для лиц, подозреваемых были взяты из мест, где регулируется урожай или незаконным [14], или даже ложно утверждал [15]. Анализ желудка и испражнений содержания от хищников также широко проводятся, и при условии идентификации предметов добычи на видов [16] - [20]., Семья [21], и даже на уровне отдельного образца [22]
<р> НДФ несут ответственность за разработку и осуществление регулирования аквакультуры в Норвегии. В то время как спусковое рыбы из коммерческих объектов аквакультуры не является незаконным в Норвегии, фермеры юридически обязаны сообщать анкерный из своих ферм. Несмотря на это, занижение представляет собой серьезную проблему, с которой сталкиваются НДФ. В ответ на эту ситуацию, генетические методы идентификации беглецов обратно на их ферме происхождения были установлены и в результате штрафов для компаний, найденных в нарушение правил [23], [24].
<Р> В марте 2012 , местные рыбаки, работающие в фьорд в Северной Норвегии сообщили ловить атлантическую треску ( Gadus тогкиа
L.), которая образует важный коммерческий промысел в этом регионе, с необычной добычей рыбы в их желудках. Большинство из этих хищных, которые были длиной примерно 30-35 см, были частично или сильно деградировали, и как таковое оно было сложно определить все из них морфологически (рис. 1). Тем не менее, они не были похожи на селедки ( Clupea кагещиз
L.) или меньше тресковых видов, которые составляют важную часть рациона питания трески в этом регионе [25], [26], и было предположение несколькими рыбаков, что они могут быть атлантического лосося. В то время как атлантическая треска, как известно, глотают атлантические смолтов лосося при миграции из пресной воды в устьевых и морской среды [27], [28], в течение нескольких недель с момента въезда в морскую среду в конце весны и в начале лета, смолты, как правило, осталось фьорд районы и мигрировать к океанической кормежки. Таким образом, COD глотания дикого лосося наблюдаемого размера и времени года в этом месте считается необычным местными рыбаками, и, следовательно, положение сообщили НДК как подозреваемый взаимодействия между местной фермы лосося и этого коммерческого рыболовства. Здесь мы приводим анализ добычи, чтобы ответить на следующие вопросы: 1. Какие виды их добычей, 2. Если они лосось, можно ли идентифицировать их как дикий или выращиваемых (то есть, это редкое природное явления, или это человек индуцированные) и 3. Если они выращиваемых атлантического лосося, они происходят из местной фермы?

материалы и методы

Методологический подход
<р> настоящее исследование было разработано для решения трех вопросов, представленных во введении. Диагностические маркеры для идентификации сильно деградированных атлантического лосося и радужной форели ( Oncorhynchus микижи
) тканей были недавно разработаны [29]. Тем не менее, первая попытка идентификации жертвы была проведена с высоко полиморфных микросателлитных маркеров обычно реализуются в атлантических лососей генетики проектов. Смысл этого был в два раза. Во-первых, для того, чтобы ответить на вопросы 2 и 3, с профилем аллель частоты будут необходимы для каждого из добычи, чтобы соответствовать в зависимости от частоты аллеля профили выращиваемых и дикого лосося в регионе. Во-вторых, сочетание прошлого опыта с этими микросателлитных маркеров на частично деградированных образцов, вместе с обследованием опустошения предположил, что если бы они действительно были атлантического лосося, то может быть обеспечена возможность успешно генотипу образцы с этими микроспутников.

Образцы
<р> Это исследование основано на фьорд, расположенный в Северной Норвегии. По юридическим причинам, точные местоположения трески, захваченной в данном исследовании, а также местной рыбной фермы, из которых были взяты образцы, остаются анонимными. Под руководством НДФ, в общей сложности 36 жертвы были отобраны из желудках трески местных рыбаков (1-3 добычу в желудке трески, все трески захваченное в период с марта по апрель 2012 года). Эти трески были захвачены в рамках коммерческого промысла и были мертвыми на их желудки в выборку. Таким образом, никаких конкретных разрешений не требовалось для отбора проб желудках трески в данном исследовании. И Северо-восток арктической трески (НЕАК) и норвежской трески прибрежных (НКК), как известно, составляют основу этого коммерческого промысла в это время года в этом регионе. Тем не менее, никаких проб, ни данных не были записаны из этих трески и как таковой не представляется возможным исключить эти рыбы любого типа.
<Р> Все трески были захвачены в одном из шести мест в непосредственной близости от единственной рыбы ферма в области, содержащей лосося перекрытия размером с добычей, или до максимум 20 км дальше в фьорд. В дополнение к 36 добычи, захваченной в желудках трески, один из лосося пост смолтов, захваченный в сети мониторинга, расположенного непосредственно рядом с единственной лососевой фермы в этом регионе, отбирали (этот человек рыба далее упоминается как "Беглец" и был аналогичные по размеру добычи). Из всех этих образцов, два образца ткани на одного человека были взяты для последующего генетического анализа.

Образцы лосося из единственной фермы в этом фьорде, который содержал рыбы перекрывание по размеру с добычей были также собраны. Эти рыбы были отобраны лица, занятых в NDF. Никаких особых разрешений не требовалось, чтобы попробовать эти рыбы, хотя рыба фермер дал доступ к своей ферме. Ближайшая альтернатива фермы выращивания рыбы перекрывание размером с добычей был расположен более чем в 100 км (120 км для самых отдаленных захватах трески) и не рассматривается как вероятный источник, и, следовательно, не пробы. Из локальной фермы, в общей сложности трех образцов, каждый из которых состоит из приблизительно 47 рыб, были взяты из трех отдельных клеток. Это представляло три генетические группы рыб на ферме, и в соответствии с протоколом отбора проб для установления генетической основы для идентификации беглецов обратно на их ферме происхождения [23], [24].
<Р> Образец дикого атлантического лосося, происходящих из ближайшей реки и в непосредственной близости от того, где были захвачены треска с добычей в их желудках была также включена в данное исследование. Этот дикий образец лосося состоял из 101 взрослых, захваченных рыбалка в реке в сезоны 2007 и 2008. Как эти рыбы были взяты в плен и впоследствии убиты для потребления спортивных рыбаков, не требовалось разрешения для принятия масштабных проб из этих мертвых рыб.

статус заболевания на ферме

сердце и воспаление скелетных мышц (HSMI) является инфекционным заболеванием [30] характеризуется широким воспалением и мультифокальной некрозом миоцитов в сердце и красной мускулатурой [31]. Вирус роман Пискин реовируса (ПРВ) недавно была обнаружена у рыб с HSMI. Этот вирус связан с заболеванием, показывает повышенный уровень вирусной нагрузки в больных рыб, и является потенциально ответственным за болезни [32], [33]. Тем не менее, PRV инфекции распространены в выращиваемого на фермах лосося в Норвегии, а также было зарегистрировано у здоровых рыб, включая дикого лосося [34]. Таким образом, роль PRV в HMSI остается на стадии обсуждения [34].
<Р> В период с января по февраль 2012 года (то есть за несколько недель до открытия лосося, как хищных в желудках диких трески) , местные фермы сообщили потери около 55000 рыб (данные из регистра NDF фермы биомассы). Возбудителем заболевания впоследствии был поставлен диагноз HMSI в феврале 2012 года этот диагноз был основан на клинических анализах рыбы с фермы местной ветеринарной службы, а впоследствии была подтверждена норвежским ветеринарного института с использованием гистопатология (поэтому, наличие или отсутствие PRV в этих больных рыб неизвестна).

из-за фоновой информации о состоянии болезни на ферме, образцы из добычи, захваченной в желудках трески, и одного беглеца, анализировали на наличие PRV. Это было на том основании, что РПЖ может присутствовать в добыче и беглеца, если они произошли от фермы, где HMSI причинил смертность. ПРВ также присутствует в дикой норвежского лосося (также в рыбе не отображается HMSI), хотя и на более низкой частоте, чем в выращиваемых сбежавшего лосося (13,4% против 55,2% распространенности, соответственно) [34]. В то время как этот вирус обычно идентифицируется в сердце или головной почки образцов, из-за непригодного состояния добычи, только образцы мышц были доступны для этого теста. Анализы были проведены с помощью анализа компании ПЦР в реальном времени, PatoGen Analyse А.С., аккредитованной в соответствии с требованиями международного стандарта ISO 17025. Образцы анализировали на PRV РНК в PatoGen в соответствии со своими методами в доме для ПЦР в реальном времени с использованием анализа ( 'PRV -ST ') ориентации гена L3, секвенировали ранее [32]. Последовательности прямого и обратного праймеров для данного анализа являются 5'-TCAACCACCTCCACACAAAAGA-3 'и 5'-AACGAGTTGTGCGTGTGCC-3' соответственно, а зонд VIC-5'-TTGGGATGTCGACGTTCT-3 '. Стандартная кривая на основе десятикратных разведений в трех повторах имел наклон -3.25 (R ^{2 = 0,998), а эффективность (Е = [10 1 /(- наклон)] - 1) был 1,030. Отсечка C <суб> T значение составило 37,0. Анализ ПРВ-ST не был аккредитован во время анализа, и эта работа представляет собой первый раз, когда эти маркеры, выпускаемые PatoGen AS, были опубликованы.}

молекулярно-генетических анализов
<р> экстракции ДНК проводится в формате 96-луночного с использованием коммерчески доступного набора (Qiagen DNeasy®96 Blood &Amp; Tissue Kit). Каждый 96-луночный планшет включены две пустые лунки в качестве отрицательного контроля. Текущий контроль генотипирование играет стандартную роль в генотипирования в лаборатории на IMR [35], [36]. Таким образом, каждый из отдельных хищных и беглец были выделены два раза, чтобы контролировать консистенцию генотипирования. количество и качество ДНК не была измерена.
<р> Все образцы были подвергнуты генотипирования с набором 18 микроспутников, которые используются в лаборатории для атлантического лосося генетики проектов. Эти локусы были усилены в трех мультиплексов, используя стандартные протоколы для свежих тканей (условия полный генотипирования доступные от авторов по запросу); SSsp3016
(GenBank нет. AY372820), SSsp2210
, SSspG7
, SSsp2201
, SSsp1605
, SSsp2216
[37], Ssa197
, Ssa171
, Ssa202
[38], SsaD157
, SsaD486
, SsaD144
[39], Ssa289
, Ssa14
[40], SsaF43
[41], SsaOsl85
[42 ], MHC I
[43] и MHC II
[44]. Полученные ПЦР-продукты анализировали на ABI 3730 Genetic Analyser и размер, по размеру стандарта 500LIZ ™. Исходные данные регулировали вручную дважды перед экспортом для статистического анализа. Не наблюдалось генотипирования несогласованности среди этих повторно проанализированы образцы.

Статистический анализ
<р> После того, как профиль ДНК была успешно создана для индивидуальной добычи, единственного беглеца, местной фермы и дикого лосося от а населения в регионе, несколько статистических тестов, обычно реализуются в популяционной генетике исследований, были проведены по этим данным. Это было сделано в целях решения прежде всего три вопроса, поставленных во введении. Для этих испытаний, единственный беглец объединяли с добычей рыбы на основе экспериментального анализа документации, чтобы быть генетически очень похожи на добычу (см результаты). Таким образом, для этих анализов, образец добычи также включал одного беглеца.
<Р> Во-первых, данные были организованы в программе популяционной генетики (MSA) [45], который был использован для вычисления спектра суммарной статистики, и входные файлы для других программ. После этого данные были проанализированы в GENEPOP V3.3 [46], чтобы вычислить ген разнообразность, Харди Вайнберга и неравновесия по сцеплению между парами локусов внутри образцов. был осуществлен для проверки статистической значимости точного критерия Ловцы (5000 итераций demorization 10 000;; 100 серий). Программа LDNE [47], используемый для вычисления эффективного размера популяции ( Ne
) для каждого из образцов. Эта программа использует один пример подход к оценке Ne
основана на степени LD, наблюдаемой в образце.
<Р> Генетическая идентификация жертвы была проведена двумя различными, но бесплатные методологических подходов. Во-первых, генетическое назначение с использованием Rannala &Amp; Метод вычисления Гора [48] как это реализовано в программе GeneClass2 [49] был проведен. Здесь, образцы из ферм и дикого рыб были использованы в качестве заранее определенных потенциальных источников добычи (то есть, генетический исходный уровень). После этого было проведено прямое генетическое назначение. Этот метод помещает каждую неизвестную рыбу (то есть, индивидуальная добыча рыбы) в базовом образце, что она напоминает больше всего. Ограничением с прямым назначением является то, что она присваивает потенциальный источник населения к каждому из неизвестных образцов, независимо от абсолютной степени сходства. Это может быть приемлемо в «закрытых системах», где представлены все потенциальные источники неизвестных образцов, однако, в таких ситуациях, как настоящее, где не все потенциальные источники включены в базовом сценарии, важно, чтобы получить оценку степени сходство между неизвестного образца (ов) и каждой базовой выборки. Это достигается за счет исключения, и каждый человек по сравнению с каждым базовым образцом, и вероятность того, принадлежность (или более правильно, вероятность того, не принадлежащее) вычисляется. В конкретной ситуации здесь, отказ от всех базовых образцов бы предположить, что добыча возникла из источника, не отобранного.
<Р> Второй подход к идентификации добычи в том, чтобы вычислить примесь (называемый также байесовского кластерного анализа) с использованием Структура программы 2.2 [50], [51]. Индивидуальное Добавка позволяет идентифицировать и назначение отдельных рыб к генетическим кластеров (т.е. популяций или генетических групп) без каких-либо "до" в отношении населения или место, откуда приходят каждый отдельный образец. Это позволяет, например, идентификация лиц, которые имеют смешанное генетическое происхождение, и идентификации лиц при смешивании в образцах преимущественно других генетических групп. Программа была запущена с использованием модели смеси с коррелированными частот аллелей и не ранее. Запускается состоял из выжигания 250 000 шагов MCMC, а затем 250 000 шагов. Программа была запущена с все образцы подробным включены, с количеством населения, установленные между к
= 1-8 с 3 работает на к
. Вероятность данных была построена, и наиболее подходящим к
была определена в точке, где наклон достигли плато [50].

Результаты
<р> Несмотря на то, частично перевариваются (рис. 1), профили микросателлитная ДНК были успешно получены из всех 36 хищных отобранного из желудков трески, и одного беглеца, захваченной в сети мониторинга, размещенных за пределами местной фермы. В то время как некоторые маркеры не были забиты в некоторых изоляций ДНК, при объединении данных из обоих изолятов (после перекрестной проверки для проверки согласованности генотипирования), лишь два генотипов отсутствовали в общей сложности 629 потенциальных генотипов для 37 рыб, проанализированных на 17 микроспутника локусы (т.е. > 99% охват генотипирование). Это обеспечило как убедительные доказательства того, что жертва действительно были атлантического лосося, и разрешил следующий шаг их идентификации с использованием популяции генетику статистический подход.
<Р> Сводная статистика для комбинированной выборки добычи (который включал сингл беглеца захваченное в сети), образцы из местной фермы и от реки показывают несколько тенденций (таблица 1). Все образцы с фермы отображается меньше генетического разнообразия по сравнению с образцом из реки, как измерено либо общее число аллелей или аллельных богатству, которое преодолевает проблемы, имеющие различное число людей, представляющих каждый образец. Нижняя вариация на полиморфных генетических маркеров характерно для образцов ферм по сравнению с диким образцами [52], [53], и связан с тем, что особям в одной клетке, часто имеют ограниченное число родителей [54]. Почти все образцы в Hwe, однако, ЛД наблюдалось как в образце фермы 1C, и образцом хищных рыб. Ne
была очень низкой в ​​образце добычи и двух образцов из ферм. В отличие от этого, Ne
была значительно выше в образце дикого лосося и образца фермы 1B. Для всех этих кратких статистических данных, добыча напоминала образцы фермы очень сильно, особенно 1С, в то время как они показали очень разные параметры дикого образца.
<Р> F <суб> ST представляет собой среднее измерение генетического сходства между группами проб или популяций. Взятые в совокупности, добыча были генетически сильно отличаются от дикого лосося, и незначительно отличается от образцов фермы 1А и 1В (таблица 2). Эти жертвы были генетически похожи на образец фермы 1С. Все образцы фермы были генетически отличны от дикого образца, поддерживая наблюдения из сводной статистики, представленных выше.
<Р> Моделирование Self-назначения в том числе образцов с фермы и дикой популяции показали, что в целом, 70% рыбы в этом набор образцов будет правильно назначен на образец, из которого они произошли. Miss-назначение было вызвано почти исключительно выращенной рыбы быть неправильно помещен в альтернативный образец фермы, которая отражает перекрывающийся генетический профиль между этими клетками. Ни один из выращиваемых рыб были неправильно отнесены к дикому населению, и только 3 из 101 дикого лосося были ошибочно отнесены к какой-либо из культивируемых образцов (все были назначены на ферму 1В). Таким образом, эти модели демонстрируют почти полный потенциал, чтобы определить, является ли, скорее всего, происходит от этой локальной фермы (и, таким образом, вызванное человеком событие) или местного дикой популяции (и, следовательно, необычное естественное событие) добычей.
<р> Прямое назначение (которое помещает неизвестный образец, который в данном случае 36-расхищение и беглец один из лосося, захваченных в сети за пределами фермы, в генетически наиболее близкой по типу базового образца) помещают все жертвы и одного беглеца в образцах фермы, и ни в дикую природу образца (рис. 2). Тесты исключения поддержали это, демонстрируя, что большая часть добычи и одного беглеца может быть окончательно исключены из выборки дикого лосося, в то время как только 1 образец добычи могут быть исключены из всех культивируемых образцов (и в этом случае дикого образца также ).
<р> Идентификация жертвы и сингл беглец был также проведен с использованием анализа примеси в структуре программы (рис. 3). Эта программа не принимает во внимание любые «априорные» для образцов и каждый индивидуум может представлять собой смесь генетических групп или кластеров. Вероятность данных наносили на график, и наиболее подходящее количество кластеров K
, было определено, что 4 (точка, в которой наклон достигало плато) [50]. Подтверждая результаты других статистических испытаний, представленных выше, анализ примесей показал, что существует большое генетическое различие между выращиваемого на фермах лосося и дикого лосося в этом наборе данных, и, что важно, что все жертвы, в том числе одного беглеца лосося, были тесно связаны с генетическими кластеров, представленных в лосося из местной норвежской фермы, а не местной дикой популяции. Данные для других чисел кластеров (т.е. к
установленные между 2-8) дали одинаковые результаты (данные не представлены).
<Р> ПЦР в реальном времени анализ (ПРВ-ST анализ) обнаружен PRV РНК вируса в 22 из 37 образцов добычи. Положительные образцы представляли 21 копытных элементы из желудках трески и лосося единственного захваченного в сети мониторинга, размещенных за пределами норвежской фермы. C <суб> значения Т варьировалась от 27.8-35.3 (в среднем 33,0).

Обсуждение
<р> Молекулярно-генетические инструменты для идентификации объекта аквакультуры и в некоторых случаях даже конкретная клетка происхождения для Атлантики лосось [23], [24], атлантической трески [55], [56] и выращиваемых радужной форели [57] беглецы были разработаны. Тем не менее, данное исследование представляет собой новое применение молекулярно-генетических методов в целях предоставления органам управления с возможностью мониторинга коммерческой аквакультуры и ее взаимодействие с окружающей средой. Кроме того, это исследование дает новое понимание взаимосвязи между одомашненных и диких рыб
<р> Четыре основные выводы можно сделать из этих анализов:. 1. частично переваривают и морфологически трудно идентифицировать добычу были выявлены быть семга, 2. на основе нескольких независимых генетических параметров, эти лосося добычей были идентифицированы как культивируемые и не из местного населения дикого, демонстрируя тем самым это будет индуцирована человек, в отличие от природных явлений, 3. Несмотря на частичное переваривание, большинство добычи , в том числе одного беглеца, осуществляется детектируемых уровней PRV. ПРВ ассоциируется с болезнью HSMI [32], [33]. Это заболевание вызвало значительную смертность лосося на местной ферме в непосредственной временной период до добычей будучи захваченной в дикой природе трески, 4. Генетический профиль лосося добычи, а также единого беглеца, сильно соответствует генетический профиль рыба в местной ферме. Хотя генетическое сходство не является однозначным доказательством происхождения [23], с учетом ближайшей альтернативной ферме, что эти люди могли бы теоретически возникла из располагался более 100 км в другой фьорд, эти анализы обеспечили NDF с достаточной "косвенные улики", чтобы инициировать исследование компании, владеющей этой коммерческой аквакультуры объекта на основе потенциального неправильного управления.
<р> лосось ферма в районе исследования был поставлен диагноз HSMI всего за несколько недель до появления выращиваемого на фермах лосося в желудке местного трески. Таким образом, жертва отбили от желудках трески исследовали на наличие PRV, хотя уровни вируса может снижаться после вспышки [58]. Несмотря на частичное переваривание добычи, а также тот факт, что только образцы мышц были доступны, вирус PRV был обнаружен до сих пор. Тем не менее, на основании анализов, проведенных здесь, это не представляется возможным однозначно решить, как ПРВ заражена выращиваемых лосося вошел в естественную среду. Они могут быть страдавшая мертвые рыбы, депонированные в море (который будет представлять собой незаконную практику в Норвегии), а затем поглощаются трески из морского дна, или они были беглецы, на которые предшествовал трески. Принимая во внимание, что ферма испытала значительную смертность рыбы (55000) через HMSI в период непосредственно перед семга были захвачены в желудках трески, свидетельствуют о том, что первое объяснение является наиболее вероятным.

Независимо от того, как рыба вошел в природную среду, это исследование демонстрирует трофической передачу в качестве механизма взаимодействия лосося сельского хозяйства и диких популяций. В то время как атлантической трески были зарегистрированы, чтобы предшествуют на диких атлантического смолтов лосося, мигрирующих из пресной воды в море [27], [28], Атлантический лосось обычно не предшествовало на треска в то время года, в котором было проведено данное исследование [25 ], [26]. Кроме того, насколько нам известно, это исследование представляет собой первую документацию атлантической трески глотания атлантического лосося от рыбной фермы. Таким образом, вполне возможно, что треска исследовали здесь, являющиеся ее неотъемлемой частью населения в исследуемой области в это время года, были подвержены PRV. Способность вируса PRV для передачи новым хозяевам через поедание зараженной жертвы в настоящее время неизвестна, как это имеет место восприимчивость атлантической трески к вирусу. Тем не менее, ПРВ не был обнаружен в 78 трески, ни 850 других тресковых, которые были недавно отобранных в Норвегии и просеивают для этого вируса [59]. Так как PRV инфекции распространены в диких и выращиваемых лосося в Норвегии, а также встречаются в дикой морской форели ( Salmo trutta
L.) [34], вполне вероятно, что общий тип PRV является специфическим для лососевых и что треска не восприимчив.
<р> Анализ содержимого желудка животных или фекалий с использованием молекулярно-генетических методов широко применяется к целому ряду таксонов и биологических вопросов [19], [60]. Эти методы в основном были проведены, чтобы определить пункты добычу к таксономической классификации, часто виды, как правило, с участием анализ одного или низкого числа генов, обеспечивающих необходимую таксономическую способность для потенциальных видов жертв в вопросе [17], [18], [20]. В последнее время достижения в области следующего поколения последовательности позволили мощные дополнения к этим подходам, что приводит к тому, что называют как metabarcoding ДНК [61]. Хотя данное исследование не представляет собой технологический прорыв для таких молекулярно-генетических методов, применение анализа микросателлитных ДНК в анализе диеты, чтобы обеспечить идентификацию за таксономической классификации является новым. Здесь можно было не только продемонстрировать, что жертва была семга, но, что наиболее вероятным источником была местная ферма, а не местная дикая популяция лосося. И, наконец, можно было также продемонстрировать, что жертва несла вирус, который был связан с заболеванием, которое вызывает значительную смертность выращиваемых лосося. Таким образом, данное исследование представляет собой расширение биологических вопросов, которые могут быть решены с помощью молекулярно-генетического анализа содержимого желудка. Другие примеры анализа диеты, выходящие за рамки видов идентификаций включают в себя анализ на уровне семьи, чтобы продемонстрировать сыновней каннибализма в дикой природе [21], и хищничества смертности атлантического лосося, разводимых на ферме, гибридных и дикого происхождения в естественной системы реки (Skaala неопубликованный). Кроме того, идентификация предметов жертвой индивидуальном уровне был проведен, где микросателлитная анализ диеты из Гренландии акул ( Somniosus microcephalus
), вместе с поиском регистра ДНК для всех полосатиков ( Balaenoptera acutorostrata
) захватили в рамках коммерческого урожая в Норвегии [62] допускается подключение китов и акул захватывает во времени и пространстве, чтобы понять, как их движение и диеты привычки [22].
<р> на протяжении более десяти лет, годовой сообщил необлавливаемый лосося из норвежских рыбных ферм было в десятки или сотни тысяч [1]. Это, вероятно, будет занижена из-за занижения, так и в период с 1998 по 2004 год, по оценкам, среднее ежегодное число беглецов составляло 2,4 миллиона [2], что выше, чем ежегодное число дикого лосося, возвращающегося на норвежском береговой линии, чтобы воспроизвести в тот же период. В то время как внимание окружающих влияние беглецов была в первую очередь было уделено тем живым, а не мертвым [7], [9], [63], данное исследование показывает, что зараженные вирусом выращенной рыбы могут попадать в окружающую среду с помощью одного метода или другой. Анализы в данном случае выделить потенциал для выявления и отслеживания таких событий. Учитывая масштабы спуском от коммерческих рыбных ферм, это представляет собой один из наиболее значительных инвазий антропогенными нативных популяций с помощью видов, которые являются объектом селекции. Таким образом, эта ситуация должна контролироваться не только для экологической [6] и генетическая [7] - [12]. Взаимодействия, но и взаимодействия болезни

Выражение признательности
<р> Тор Арне Хелле, и другие

• PLoS ONE: Сыворотка Аполипопротеины C-I и C-III уменьшены в рак желудка пациентов: Результаты MALDI на основе Peptidome и имм…
• Расстройство желудка Средства правовой защиты