Ploche ONE: Molekulárna Genetická analýza obsahu žalúdka odhaľuje Wild Treska kŕmenie na Piscine reovirus (PRV) Infected atlantického lososa pochádzajúce z obchodného Fish Farm

abstraktné

V marci 2012, rybári pôsobiaci v fjordu v severných Nórsko hlásené lov tresky, natívne ryby tvoriaci ekonomicky dôležitý morský rybolov v tejto oblasti, s neobvyklou korisť v ich žalúdku. To bolo špekuloval, že by sa mohlo jednať losos, čo nie je typické korisťou pre tresky v tejto ročnej dobe v pobrežných oblastiach. Tieto pripomienky boli preto hlásených na nórskeho riaditeľstva pre rybolov ako podozrenie na interakcie medzi miestne rybie farmy a komerčného rybolovu. Štatistické analýzy genetických dát zo 17 mikrosatelitních markerov genotypu na 36 čiastočne degradované korisť, vzorky lososa z miestnej rybie farmy, a vzorky od najbližšieho divokej populácie je dovolené tieto závery: 1. korisť boli losos, 2. Tieto losos nepochádza z miestneho divokej populácie, a 3. miestne farma bola najpravdepodobnejšou zdroj týchto koristi. Dodatočné testy preukázali, že 21 z 36 koristi bolo infikovaných piscine reovirus. Aj keď možno súvislosť medzi Piscine reovirus a ochorenia srdca a kostrového svalstva zápalu je stále predmetom vedeckej debaty, táto choroba spôsobili úhyn veľkého množstva lososov na farme v mesiaci pred pozorovaním rybárov. Tieto analýzy poskytujú nové pohľady na interakciu medzi domestikované a voľne žijúcich rýb

Citácia :. Glover KA, Sørvik AGE, Karlsbakk E, Zhang Z, Skaala Ø (2013) molekulárnej genetická analýza obsahu žalúdka odhaľuje Wild Treska sa živí piscine reovirus (PRV) Infected Atlantic Salmon pochádzajúcim z obchodného rybie farmy. PLoS ONE 8 (4): e60924. doi: 10,1371 /journal.pone.0060924

Strih: Martin Krkosek, University of Toronto, Kanada

prijatá: 3. októbra 2012; Prijaté: 04.03.2013; Uverejnené: 19.dubna 2013

Copyright: © 2013 Glover et al. Toto je článok o otvorený prístup distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané

Financovanie :. Táto štúdia bol financovaný nórskym Ministerstvom rybolovu. Platcovia mal žiadnu úlohu v dizajne štúdie, zber a analýzu dát, rozhodnutie publikovať, alebo prípravu rukopisu

Konkurenčné záujmy: .. Autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú

Úvod

Jednou z najvýznamnejších ekologických problémov spojených s komerčným kultúrou lososa ( Salmo salar
L.) v morských čistých pera je jeho zadržanie. V rámci Nórsku, kde sú štatistické údaje o počte nahlásených utečencov zaznamenané nórskeho riaditeľstva pre rybolov (NDF), ročné počty utečencov bol v stovkách tisícov pre väčšinu leta v období 2000-2011 [1]. Avšak, skutočný ročný počet utečencov sa odhadovalo, že v miliónoch kvôli podhodnoteniu [2]. Chovanej utečenci môžu rozptýliť na dlhé vzdialenosti [3], [4], môže vstúpiť do rieky [5], a dokáže zobraziť celú radu ekologický [6] a genetickej interakcie [7] - [12] s divokými zvierat rovnakého druhu. Tak, to je všeobecne prijímanej že chovanej utečenci predstavujú potenciálnu hrozbu pre integritu pôvodných populácií.

Aplikácie molekulárne-genetických metód na účely ochrany voľne žijúcich živočíchov a riadenia rybolovu, vrátane súdnych prípadov presadzovania práva a regulácie je rozširovanie [13]. Typické voľne žijúcich živočíchov forenznej aplikácie siahajú od druh identifikácie pre morfologicky neidentifikovateľných tkanív a vzoriek, aby populácia pôvodu identifikáciou pre jednotlivcov existuje podozrenie, že boli prevzaté z miest, kde je zber regulovaný alebo ilegálne [14], alebo dokonca nepravdivo tvrdil, [15]. Analýza žalúdka a výkalov obsahu pred predátormi bol tiež rozsiahlo vykonávané, a za predpokladu, identifikáciu položky koristi u druhov [16] -. [20], rodina [21], a to aj individuálnej úrovni vzorky [22]

The NDF sú zodpovedné za vývoj a implementáciu regulácie akvakultúry v Nórsku. Kým escapement rýb zo zariadenia komerčných akvakultúry nie je nezákonné v Nórsku, poľnohospodári majú zákonnú povinnosť hlásiť únik z ich fariem. Napriek tomu, hlásené všetky predstavuje veľkou výzvou NDF. V reakcii na túto situáciu, genetické metódy na identifikáciu utečencov späť do ich chovu pôvodu boli zavedené a malo za následok pokuty pre spoločnosti nájdené v rozpore s predpismi [23], [24].

V marci 2012 miestni rybári pôsobiaci v fjorde v severnom Nórsku hlásených lovu tresky ( Gadus morhua
L.), ktoré tvoria dôležitú komerčný rybolov v tejto oblasti, s neobvyklou korisť rýb v žalúdku. Väčšina z týchto koristi, ktoré boli približne 30-35 cm dlhé, boli čiastočne alebo silne degradované, a ako taký je to náročné identifikovať všetky morfologicky (obr. 1). Napriek tomu nevyzeral ako sleďa ( Clupea harengus
L.) alebo menšie gadoid druhov, ktoré tvoria dôležitú súčasť stravy tresky v tejto oblasti [25], [26], a to sa špekulovalo o niekoľkých rybári, ktoré by mohli byť losos. Kým Treska bolo známe, že prehltnúť atlantického lososa mladých lososov upon migráciu z sladkej vody do ústia riek a morské prostredie [27], [28], v priebehu niekoľkých týždňov od vstupu do morského prostredia v neskorom jar a začiatkom leta, mladých lososov typicky vľavo fjord oblasti a migrujú smerom oceánskych kŕmenie. Ako taký, treska požitím voľne žijúcich lososov pozorované veľkosti a ročnej dobe na tomto mieste bol považovaný za neobvyklý miestnymi rybármi, a situácia sa preto hlásených na NDF ako podozrenie na interakcie medzi miestnou lososov farmy a komerčného rybolovu. Tu sme správu analýzu koristi s cieľom riešiť tieto otázky: 1. Aké druhy sú tieto korisť, 2. Ak sú losos, je možné ich identifikovať ako voľne žijúce alebo chovanej (tj, je to vzácny prírodný javy alebo je to človek indukovanej), a 3. ak sú lososa, sa pochádzajú z miestnej farmy?

materiály a metódy

Metodický prístup

Táto štúdia bola navrhnutá tak, aby riešila tri otázky uvedené v úvode. Diagnostické markery na identifikáciu veľmi znehodnotenej lososa a pstruha dúhového ( Oncorhynchus mykiss
) tkaniva Nedávno boli vyvinuté [29]. Avšak, prvý pokus o identifikácii korisť bola vykonaná s vysoko polymorfných mikrosatelitních markerov bežne realizované v Atlantiku projektov losos populačnej genetiky. Úvaha pre toto bol dvojaký. Po prvé, za účelom vyriešenie otázok 2 a 3, by bolo potrebné vyvinúť profil alely frekvencie pre každý z koristi tak, aby zodpovedali proti alela frekvenčných profilov farmových a voľne žijúcich lososov v regióne. Po druhé, kombinácia minulé skúsenosti s týmito mikrosatelitních markerov na čiastočne degradovaných vzoriek, a kontrola koristi navrhol, že v prípade, že boli skutočne losos, môže byť možné, aby sa úspešne genotypu vzoriek s týmito mikrosatelitov.

vzorky

Táto štúdia je založená na fjordu sa nachádza v severnom Nórsku. Z právnych dôvodov, presné umiestnenie tresky zachytené v tejto štúdii a miestne rybie farmy, z ktorých boli odobraté vzorky, zostať v anonymite. Pod dohľadom NDF, celkom 36 korisťou boli odobraté vzorky z žalúdkov tresky zo strany miestnych rybárov (1-3 korisť za žalúdkom tresky, tresku všetky zachytené v období od marca do apríla 2012). Tieto treska boli zachytené ako súčasť komerčného zbere a boli mŕtvi pri ich žalúdky boli odobraté vzorky. Preto boli pre vzorkovanie žalúdky tresky v tejto štúdii nutné žiadne zvláštne povolenie. Oba Severnej východ Arctic treska (NEAC) a nórsky pobrežné treska (NCC) je známe, že tvoria základ tohto komerčného rybolovu v tejto ročnej dobe v tomto regióne. Avšak, žiadne vzorky ani údaje boli zaznamenané z týchto tresky, a ako také je možné vylúčiť tieto ryby u oboch typov.

CHSK bol zachytený na jednom zo šiestich miest v bezprostrednej blízkosti jedinej rýb farme v oblasti obsahujúce lososov prekrytie veľkosti s korisťou, alebo až maximálne 20 km ďalej vo fjorde. Okrem 36 korisť zachytené v žalúdku tresky, jeden losos po mladých lososov, zachytil v monitorovacej sieti sa nachádza hneď vedľa jediný z lososa farmy v tejto oblasti, bola odobratá vzorka (táto jednotlivé ryby je ďalej sa označuje ako "utečenca" a bol podobný vo veľkosti k koristi). Zo všetkých týchto vzoriek, dve vzorky tkaniva na individuálnu boli odobraté pre neskoršiu genetickú analýzu.

Vzorky lososa z jedinej farmy v tomto fjorde, ktorá obsahovala ryby prekrývanie vo veľkosti s korisťou boli zhromaždené. Tieto ryby boli odobraté vzorky osobami, ktoré zamestnávajú NDF. Žiadne zvláštne povolenie bolo požadované, aby ochutnať tieto ryby, aj keď chovateľ rýb umožnil prístup k ich farme. Najbližšie alternatíva farma chov rýb prekrývajúce sa čo do veľkosti s korisťou sa nachádza viac než 100 km (120 km ďaleko pre väčšinu vzdialených záchytu COD) a nie je vnímaná ako pravdepodobný zdroj, a preto neboli zaradení do vzorky. Z miestnej farmy, celkom tri vzorky, z ktorých každá sa skladá z približne 47 rýb, boli odobraté z troch samostatných klietok. To predstavuje tri genetické skupiny rýb na farme, a je v súlade s protokolom odberu vzoriek na určenie genetickú základňu pre identifikáciu utečencov späť do ich chovu pôvodu [23], [24].

Vzorka divokého lososa, pochádzajúce od najbližšej rieky a v bezprostrednej blízkosti k miestu, kde boli zachytené treska s korisťou v ich žalúdkoch bola tiež zahrnutá do tejto štúdie. Tento divoký losos vzorka obsahovala 101 dospelých osôb zachytených rybárčenie v rieke v sezónach 2007 a 2008. Pretože tieto ryby boli zachytené a následne zabitý pre vlastnú spotrebu športových rybárov boli požadované žiadne povolenie na odber vzoriek meradlo z týchto mŕtvych rýb.

stav choroby na farme

srdca a kostrových svalov zápalu (HSMI) je infekčné ochorenie [30] charakterizovaný rozsiahlym zápalom a multifokálne nekrózy myocytov srdca a červenú svaloviny [31]. Román vírus, piscine reovirus (PRV) nedávno bola zistená u rýb s HSMI. Tento vírus je spojená s ochorením, ukazuje zvýšenú vírusovú záťaž u chorých rýb, a je potenciálne zodpovedný za ochorenie [32], [33]. Avšak, PRV infekcie sú bežné v lososa v Nórsku, a bolo dokumentované v zdravej ryby, vrátane voľne žijúceho lososa [34]. Preto je úlohou PRV v HMSI zostáva pod debaty [34].

V období od januára do februára 2012 (teda pár týždňov pred objavením lososovej ako korisť v žalúdkoch divokej tresky) miestna farma hlásené straty vo výške približne 55.000 rýb (údaje z NDF register poľnohospodárskych podnikov biomasy). Kauzativní choroba bola následne diagnostikovaná ako HMSI vo februári 2012. Táto diagnóza bola založená na klinických analýz rýb z farmy miestnej veterinárnej stanice, a následne bol potvrdený nórskeho veterinárna ústavu pomocou histopatológie (teda prítomnosť alebo neprítomnosť PRV v týchto chorých rybách nie je známy).

Vzhľadom k podkladových informácií týkajúcich sa stavu choroby na farme, ukážky z koristi zachytené v žalúdkoch tresiek a jednotného utečenca, boli analyzované na prítomnosť PRV. To bolo na základe toho, že PRV by mohli byť prítomné v koristi a utečenca v prípade, že pochádza z farmy, kde sa HMSI spôsobila úmrtnosť. PRV je tiež prítomný v divokom nórskeho lososa (tiež v rybách nezobrazuje HMSI), aj keď na nižšej frekvencii ako u chovaných unikol lososa (13,4% vs. 55,2% prevalencia v tomto poradí) [34]. Aj keď tento vírus je zvyčajne uvedená v srdca alebo obličiek head-vzoriek, v dôsledku degradovaného stave koristi iba vzorky svalové boli k dispozícii pre tento test. Analýzy boli vykonané na základe analýzy spoločnosti Real Time PCR, patogény Analyse AS, akreditovanou v súlade s medzinárodnou normou ISO 17025. Tieto vzorky boli analyzované na PRV RNA v patogénov v súlade s ich metódami in-house pre real time PCR s použitím testu ( "PRV -st "), v ktorých gén L3, sekvenovania skôr [32]. Sekvencia vpred a vzad primery k tomuto testu sú 5'-TCAACCACCTCCACACAAAAGA-3 'a 5'-AACGAGTTGTGCGTGTGCC-3', respektíve, a sonda VIC-5-TTGGGATGTCGACGTTCT-3 '. Štandardná krivka založená na desaťnásobných riedení po trojiciach mal sklon -3.25 (R ^{2 = 0,998) a účinnosť (E = [10 1 /(- sklon)] - 1) bol 1,030. Cut-off C _{T hodnota bola 37,0. Analýza PRV-ST nebol akreditovaný v čase analýzy a táto práca predstavuje prvý čas tieto markery, produkované patogén AS, boli zverejnené.}}

molekulárne genetických analýz

extrakcie DNA bola vykonávané vo formáte 96 jamiek za použitia komerčne dostupného kitu (Qiagen Blood DNeasy®96 &Co. Tissue kit). Každá 96-jamková doštička zahrnuté dve prázdne jamky ako negatívne kontroly. Rutinné kontrola genotypu hrá štandardné úlohu v genotypu v laboratóriu na IMR [35], [36]. Tak, každý z jednotlivých koristi a utečenca boli dvakrát izolované pre riadenie konzistencie Genotypizácia. Množstvo a kvalita DNA nebola meraná.

Všetky vzorky boli podrobené stanovenie genotypu so sadou 18 mikrosatelitov, ktoré sa používajú v laboratóriu pre Atlantiku projektov lososa genetiky. Tieto loci boli zosilnené do troch multiplexov, s použitím štandardných protokolov pre čerstvé tkaniva (podmienky plný genotyping k dispozícii od autorov na požiadanie); SSsp3016
(Genbank č. AY372820), SSsp2210
SSspG7
SSsp2201
SSsp1605
SSsp2216
[37], Ssa197
Ssa171
Ssa202
[38], SsaD157
SsaD486
SsaD144
[39], Ssa289
Ssa14
[40], SsaF43
[41], SsaOsl85
[42 ] MHC aj
[43] a MHC II
[44]. PCR produkty boli analyzované na ABI 3730 Genetic Analyser a roztriedené podľa veľkosti štandardu 500LIZ ™. Nespracované údaje bola riadená ručne dvakrát pred vývozom pre štatistickú analýzu. Žiadne genotypizácia nezrovnalosti boli pozorované u týchto re-analyzované vzorky.

Štatistická analýza

Akonáhle sa profil DNA bol úspešne stanovený pre jednotlivé korisť, jediného utečenca, miestne farmy a voľne žijúceho lososa z A počet obyvateľov v tomto regióne niekoľko štatistické testy, bežne implementované v populačnej genetike štúdie boli vykonané na týchto údajoch. To bolo, aby v prvom rade zamerať na tri otázky položené v úvode. U týchto testov, jeden utečenec sa spojí s koristi rýb založených na pilotné analýzy dokumentuje, že je geneticky veľmi podobná tej koristi (pozri výsledky). Tak týchto analýz, vzorka korisť tiež jediný utečenca.

Po prvé, bola údaje usporiadané v programe genetike populácie (MSA) [45], ktorý bol použitý na výpočet rozsah súhrnné štatistiky, a vstupné súbory pre iné programy. Potom sa dáta boli analyzované v Genepop V3.3 [46] pre výpočet génových odlišnosti, Hardy Weinberg rovnováha a väzbové nerovnováhe medzi dvojicami lokusov v vzoriek. Presný Test Rybári (demorization 10 000; 100 šarží, 5000 iterácií) bol zavedený pre testovanie štatistickej významnosti. Program Ĺdne [47], ako je použitý pre výpočet efektívnej veľkosti populácie (
Nie) pre každý zo vzoriek. Tento program využíva prístup jedna vzorka pre odhadovanie Nie
založené na stupni LD pozorovanou vo vzorke.

genetickej identifikácie koristi bolo vykonané dvoma rôznymi, ale zadarmo metodologických prístupov. Po prvé, genetická priradenie pomocou Rannala &Co. Mountain spôsob výpočtu [48], ako vykonávať v rámci programu GeneClass2 [49] bola vykonaná. Tu sú ukážky z fariem a z voľne žijúcich rýb boli použité ako vopred stanovených potenciálnych zdrojov koristi (to znamená, že genetická predvolené). Potom, priamy genetický úloha bol vykonaný. Táto metóda kladie každý neznámy ryby (to znamená, že jednotlivé korisť ryby) do základného vzorky, ktoré sa podobajú najviac. Obmedzenie s priamym úloha je, že priradí potenciálny zdroj populácii ku každému z neznámych vzoriek a to bez ohľadu na absolútny stupeň podobnosti. To môže byť prijateľné v "uzavreté systémy", kde sú zastúpené všetky potenciálne zdroje neznámych vzoriek, však, v situáciách, ako je tento, kedy nie všetky potenciálne zdroje sú zahrnuté v základnej línie, je potrebné získať odhad miery podobnosť medzi neznámej vzorky (ov) a každý predvolené vzorku. Toto je dosiahnuté vylúčenie, a každý jedinec je v porovnaní s východiskovou hodnotou každej vzorky, a pravdepodobnosť, ktoré patria (alebo presnejšie, pravdepodobnosť, ktoré nepatria) sa vypočíta. V konkrétnej situácii tu, odmietnutie zo všetkých základných vzoriek by naznačovalo, že korisť pochádzal zo zdroja, ktorý nie je vo vzorke.

Druhý prístup k identifikácii korisť bola pre výpočet prímesí (označovaný aj ako Bayesovský analýzy klastrov) s použitím program ŠTRUKTÚRA 2.2 [50], [51]. Individuálne prímes umožňuje identifikáciu a priradenie jednotlivých rýb ku genetickým klastrov (tj populácií alebo genetickej skupiny) bez akéhokoľvek "predchádzajúci", pokiaľ ide o populácie alebo umiestnení, z ktorého každý jednotlivý vzorku pochádza. To umožňuje, napríklad identifikácia osôb, ktoré sú zmiešané genetického pôvodu a identifikáciu osôb v zmesi na vzorky prevažne z iných genetických skupín. Program bol spustený pomocou prímesou model s korelovaných alel frekvenciou a bez predchádzajúcej. Beží sa skladala z vypálenia 250 000 MCMC kroky, nasledované 250 000 stupňov. Program bol spustený s všetky vzorky detailne v cene, s počtom obyvateľstva nastaviť v rozmedzí k
= 1-8 s 3 beží na k
. Pravdepodobnosť, že dáta boli vynesená do grafu, a najvhodnejšie k
bola stanovená v okamihu, keď je sklon plató [50].

Výsledky

Napriek tomu, že je čiastočne stráviteľné (obr. 1), profily mikrosatelitov DNA boli úspešne získané zo všetkých 36 koristi sa odoberali vzorky z žalúdkov tresky a jednotné utečenca zachytené v monitorovacej sieti umiestneným mimo miestnej farmy. Zatiaľ čo niektoré markery neboli zaznamenal v niektorých izoláciou DNA, pri kombinovaní dát z oboch izolátov (po krížovej kontroly pre overenie Genotypizácia konzistencie), iba dva genotypy chýbali celkom 629 možných genotypov pre 37 rýb analyzovaných 17 mikrosatelit loci (tj viac ako 99% genotypizácia pokrytia). To za predpokladu, ako presvedčivý dôkaz, že korisť boli skutočne lososa, a dovolil ďalší krok ich identifikácia pomocou populačnej genetiky štatistickému prístupu.

Súhrnná štatistika pre kombinovanú vzorky koristi (ktorý zahŕňal jednotnú utečenca zachyteného v sieti), ukážky z miestnej farmy a od rieky demonštrovať niekoľko trendov (tabuľka 1). Všetky vzorky z farmy zobrazená menšie genetickú diverzitu, než je vzorka z rieky, merané buď celkovým počtom alel, alebo alelické bohatosti, ktorá obchádza problémy s rôznym počtom osôb, ktoré predstavujú každú vzorku. Nižšia kolísanie v polymorfných genetických markerov je typická pre vzorky poľnohospodárskych v porovnaní s divokými vzoriek [52], [53], a je spojená s tým, že rýb sa odoberú vzorky v jednej klietke často majú obmedzený počet rodičov [54]. Takmer všetky vzorky boli v HWE však LD bolo pozorované ako vo vzorke Farm 1C, a vzorkou dravých rýb. Nie
bolo vo vzorke korisť a dvoch vzoriek z fariem veľmi nízka. Na rozdiel od toho Nie
bola oveľa vyššia vo vzorke voľne žijúceho lososa a farma vzorky 1B. U všetkých týchto súhrnných štatistických údajov, korisť podobal vzorky poľnohospodárskej veľmi silno, a to najmä 1C, vzhľadom k tomu, že zobrazí veľmi rôzne parametre s divokým vzorky.

F _{ST je priemerná teplota genetickej podobnosti medzi skupinami vzoriek alebo populácií. Prijatá kolektívne, korisť boli geneticky veľmi zreteľné na lososov, a nepatrne odlišné od vzorky poľnohospodárskych 1A a 1B (tabuľka 2). Tieto korisť boli geneticky podobná farma vzorky 1C. Všetky vzorky farmy boli geneticky odlišné divokému vzorky, podporujúce postrehy zo súhrnných štatistík vyššie uvedených.}

Self-priraďovanie simulácie vrátane vzoriek z farmy a divokej populácie preukázali, že celkovo 70% rýb v tejto sada vzoriek by byť správne priradený do vzorky, z ktorého pochádza. Slečna-úloha bol spôsobený takmer výhradne chované ryby sú nesprávne umiestnené do alternatívnej farmy vzorky, ktorý odráža prekrývajúce sa genetický profil medzi týmito klietkami. Žiadny z chovaných rýb boli nesprávne priradené k divokej populácie, a to iba 3 101 lososov boli nesprávne priradené niektorého z chovaných vzoriek (všetky boli priradené k Farm 1B). Tak, tieto simulácie ukazujú, takmer kompletný potenciál určiť, či korisť je väčšia pravdepodobnosť, že pochádzajú z tejto miestnej farmy (a teda udalostí antropogénne) alebo miestne divokej populácie (a teda neobvyklé prírodné udalosti).

Direct priradenie (ktoré umiestni neznámej vzorky, ktorý je v tomto prípade bolo 36 korisť a ten, losos utečenec zachytené v sieti mimo farmu, do geneticky najviac podobné predvolené vzorku) rozmiestnených po koristi a jednotný utečenca na vzorky poľnohospodárskych a nikto do divokej vzorky (obr. 2). Vylučovacie testy podporoval to, čo ukazuje, že väčšina koristi a jednotného utečenca mohli byť presvedčivo vylúčená zo vzorky divokého lososa, zatiaľ čo len 1 dravých vzorky môže byť vylúčená zo všetkých chovaných vzoriek (av tomto prípade je divoký vzorky tiež ).

Identifikácia koristi a jeden utečenec bol tiež vykonaný pomocou analýzy prímesi v štruktúre programu (obr. 3). Tento program neberie do úvahy žiadne "priors" pre vzorky a každý jednotlivec môže predstavovať zmes genetických skupín alebo skupiny. Pravdepodobnosť, že dáta boli vynesená do grafu, a najvhodnejšie počet klastrov k
, bola stanovená na 4 (bod, kedy je sklon plató) [50]. Čo potvrdzuje výsledky z iných štatistických testov vyššie uvedených, analýza prímes preukázala, že tam bol veľký genetický rozdiel medzi lososa a voľne žijúcim lososom v tejto dátovej sady, a čo je dôležitejšie, že všetky koristi, vrátane jedného z lososa utečenca, boli úzko spojené s genetickými zoskupenia zastúpených v lososa z miestneho nórsky farmu, a to na miestnej divokej populácie. Dáta pre ostatné počty klastrov (tj k
nastaviť v rozmedzí 2-8) poskytla identické výsledky (dáta nie sú zobrazené).

Real-time PCR analýzy (PRV-ST test) detekované PRV RNA vírus v 22 z 37 koristi vzoriek. Pozitívne vzorky zastúpené 21 položky koristi z žalúdkov tresky a jednotné lososa zachytené v monitorovacej sieti umiestneným mimo nórsky farmu. C _{hodnoty T pohybovali od 27.8-35.3 (priemer 33,0).}

Diskusia

molekulárne genetické nástrojov pre identifikáciu zariadenia akvakultúry a v niektorých prípadoch dokonca konkrétne klietka pôvodu Atlantiku losos [23], [24], treska [55], [56] a chovu pstruha dúhového [57] boli vyvinuté utečenci. Avšak, táto štúdia predstavuje novú aplikáciu molekulárne-genetických metód s cieľom poskytnúť orgánom pre správu s možnosťou monitorovať obchodné akvakultúry a jej interakciu s prírodným prostredím. Okrem toho táto štúdia poskytuje nové pohľady na interakciu medzi domestikované a voľne žijúcich rýb

Štyri hlavné závery možno vyvodiť z týchto analýz :. 1. čiastočne stráviteľné a morfologicky ťažké identifikovať obeť bola odhalená ako losos, 2. na základe niekoľkých nezávislých genetických parametrov, tieto lososy korisť boli identifikované ako chovnej a nie z miestneho divokej populácie, čo dokazuje, že sa to byť človek indukované, na rozdiel od prírodných javov, 3. Cez čiastkové trávenie, väčšinu koristi vrátane jediného utečenca, vykonáva detekovateľné hladiny PRV. PRV je spojená s ochorením HSMI [32], [33]. Táto choroba spôsobilo značnú úmrtnosť lososa na miestnej farme v bezprostrednom časovom období pred korisťou bol zachytený v divokej tresky, 4. genetický profil lososa koristi, a jednotný utečenca, rozhodne súhlasilo genetický profil ryby v miestnej farmy. Aj keď genetická podobnosť nie je jednoznačný dôkaz o pôvode [23], so zreteľom na najbližší alternatívne farmu, že títo jedinci by mohlo mať teoreticky pochádza zo bol umiestnený cez 100 km v inom fjordu, tieto analýzy za predpokladu, že NDF dostatočné "nepriamych dôkazov", aby začali šetrenie spoločnosti vlastniace tento komerčné zariadenia akvakultúry na základe potenciálneho mis-managementu.

losos farme vo študovanej oblasti bol diagnostikovaný s HSMI len niekoľko týždňov pred výskytom lososa v žalúdku miestneho treska. Preto je korisť zachytil z žalúdkov tresky boli vyšetrené na prítomnosť PRV, hoci hladina vírusu môžu klesať po vypuknutí [58]. Cez čiastočné trávenie koristi, a skutočnosť, že iba vzorky svalové boli k dispozícii, vírus PRV bol stále detekovaný. Avšak, na základe analýz vykonaných tu, že nie je možné jednoznačne vyriešiť, ako sa PRV infikovaných lososov vstúpil do prírodného prostredia. Mohli by byť chorý mŕtve ryby uložené do mora (ktorý by predstavoval nezákonný postup v Nórsku) a potom požiť tresky z morského dna, alebo boli utečenci predchádzal o nej tresky. Vzhľadom na to, že farma zažil významné úmrtnosti rýb (55000) cez HMSI v období bezprostredne pred tým, než losos boli zachytené v žalúdkoch tresky, naznačujú, že bývalý vysvetlenie je najpravdepodobnejší.

Nezávisle na tom, ako ryba vstúpila do prirodzeného životného prostredia, táto štúdia ukazuje, trofického prenosu ako mechanizmus pre interakciu medzi chov lososov a voľne žijúcich populácií. Kým Treska boli zdokumentované, aby predchádzali po divokých lososov všeobecných mladých lososov migrujúcich z sladkej vody do mora [27], [28], losos nie je zvyčajne predchádzal na dobierku na ročnom období, v ktorom bola aktuálna štúdie uskutočnenej [25 ], [26]. Okrem toho, ak je nám známe, táto štúdia predstavuje prvú dokumentáciu tresky požití lososa z rybej farmy. Je teda možné, že treska tu skúmané, a tvoriaci časť populácie v študijnom oblasti v tomto ročnom období, boli vystavení PRV. Schopnosť vírusu PRV, ktoré budú prenesené do nových počítačov prostredníctvom požitia infikovanej koristi je v súčasnej dobe neznáma, ako je náchylnosť tresky k vírusu. Avšak, PRV nebol detekovaný v 78 tresky ani 850 ďalších gadoids, ktoré boli v nedávnej dobe vzorke v Nórsku a vykonávaný screening na tento vírus [59]. Vzhľadom k tomu, PRV infekcie sú bežné v divokej a lososa v Nórsku, a tiež sa vyskytujú v divokej morského pstruha ( Salmo trutta
L.) [34], je pravdepodobné, že bežným typom PRV je špecifický pre lososovité ryby a že treska nie je náchylná.

Analýza obsahu žalúdka zvierat alebo trusu pomocou molekulárno genetických metód bolo široko používané pre rad taxónov a biologických otázok [19], [60]. Tieto metódy boli v prvom rade boli vykonané pre identifikáciu položky koristi do taxonomickej klasifikácie, často druh, zvyčajne zahŕňať analýzu jedného alebo nízkym počtom génov, ktoré poskytujú požadované taxonomickej možnosť pre potenciálnych druhov koristi v otázke [17], [18], [20]. V poslednej dobe, pokroky v budúcom sekvenovania generácie umožnili silné prírastky týchto prístupov, čo vedie k tomu, čo sa nazýva ako DNA metabarcoding [61]. Aj keď táto štúdia nepredstavuje technický pokrok pre tieto molekulárne genetických metód, použitie mikrosatelitov analýzy DNA v strave analýze poskytnúť identifikáciu mimo taxonomickej klasifikácie je nová. Tu bolo možné preukázať nielen to, že korisťou bola losos, ale že najpravdepodobnejším zdrojom bol miestny farmy a nie miestne obyvateľstvo divoký losos. Konečne je tiež možné preukázať, že korisť vykonáva vírus, ktorý je spojený s ochorením, ktoré spôsobuje významné úmrtnosti lososa. Preto sa táto štúdia predstavuje rozšírenie biologických otázok, ktoré môžu byť riešené pomocou molekulárno genetickej analýzy obsahu žalúdka. Ďalšie príklady diéta analýzy prekračujúce identifikáciou druhov zahŕňajú analýzu na úrovni rodiny preukázať synovskou kanibalizmu vo voľnej prírode [21], a predácie úmrtnosť lososa chovaného na hospodárske účely, hybridné a divoký pôvod v prirodzenej riečny systém (Skaala nepublikovaný). Tiež identifikácia položky koristi na individuálnej úrovni bola vykonaná, kde mikrosatelity analýza stravy z Grónska Žraloky ( Somniosus microcephalus
), spolu s hľadaním registra DNA pre všetky vráskavcov malých ( Balaenoptera acutorostrata
) zachytený pod obchodným úrody v Nórsku [62] povolené pripojenie veľryby a žraloka zachytáva ako z hľadiska času a priestoru, aby pochopili aj ich pohyb a diétne návyky [22].

Už viac ako desať rokov, ročná hlásené escapement lososov z nórskych rybích fariem bolo v poriadku desiatok či stoviek tisíc [1]. Toto je pravdepodobne podhodnotený kvôli podhodnocovanie a v rokoch 1998 až 2004 sa odhaduje, že priemerný ročný počet utečencov bolo 2,4 milióna [2], ktorý je vyšší ako ročný počet voľne žijúcich lososov sa vracia do nórčiny pobreží reprodukovať v rovnakom období. Kým sa pozornosť obklopujúce vplyv utečencov primárne bol daný k tým nažive, na rozdiel od mŕtvy [7], [9], [63], táto štúdia ukazuje, že z rybieho chovu infikovaných vírusom sa môžu uvoľňovať do životného prostredia jeden z možných spôsobov alebo ďalší. Analýzy v tejto veci upozorniť na potenciál identifikovať a sledovať takejto udalosti. Vzhľadom na rozsah úniku z komerčných rybích fariem, čo predstavuje jednu z najvýznamnejších invázie ľudských motivované pôvodnej populácie podľa druhov, ktoré bolo predmetom šľachtenia. Z tohto dôvodu potrebuje táto situácia má byť monitorovaný nielen pre ekologické [6] a genetická [7] - [12]. Interakcia, ale aj interakcie choroba

Poďakovanie

Tor Arne Helle a ďalšie

• Ploche ONE: Sérum apolipoproteínu C-I a C-III sú redukované v žalúdku pacientok s karcinómom: Výsledky MALDI-Based peptidomu a immuno-Based klinickej Testy
• Žalúdočná nevoľnosť Opravné prostriedky