PLoS ONE: molekularno genetičke analize Želudac Sadržaj otkriva Wild bakalara hranjenje na piscini reovirusne (PRV) Infected atlantskog lososa podrijetlom iz komercijalnih ribnjaka

Sažetak pregled

U ožujku 2012. godine, ribari koji rade u fjorda u sjevernoj Norveškoj izvijestio lov bakalara, rodom ribu formira ekonomski važan morskog ribarstva na ovim prostorima, s neobičnim plijen u želucu. To se nagađalo da to mogu biti atlantskog lososa, koji nije tipičan plijen za bakalar u ovo doba godine u obalnom području. Ova zapažanja su stoga prijavio Upravi za norveškog ribarstva kao sumnja interakcije između lokalnog uzgajališta riba i ovog komercijalnog ribarstva. Statističke analize genetskih podataka iz 17 mikrosatelitni markera genotipiziran na 36 djelomično degradiranog plijen, uzorci su losos iz lokalnog ribnjaka, te uzorci od najbližeg divlje populacije dozvoljeno sljedeće zaključke: 1. plijen su Atlantic losos, 2. Ove losos da ne potječe iz lokalne divlje populacije, te 3. mjesni farma je najvjerojatniji izvor tih plijena. Dodatni testovi su pokazali da 21 od 36 plijena bilo je zaraženo piscini reovirusne. Iako je potencijal veza između piscini reovirusne i srce bolesti i upala skeletnih mišića je još uvijek u znanstvenoj raspravi, ova bolest je uzrokovala smrtnost velikog broja lososa u gospodarstvu u mjesecu prije ribarskih opažanja. Te analize pružiti nove uvide u interakcijama između pripitomljen i divlje ribe pregled

Izvor:. Glover KA, Sørvik AGE, Karlsbakk E, Zhang Z, Skaala O (2013) molekularno genetičke analize Želudac Sadržaj otkriva Wild bakalara Hranjenje na Piscine reovirus (PRV) zaraženo Atlantic Salmon Podrijetlom iz trgovačkog Fish Farm. PLoS ONE 8 (4): e60924. doi: 10,1371 /journal.pone.0060924 pregled

Urednik: Martin Krkosek, Sveučilište u Torontu, Kanada pregled

Primljeno: 3. listopada 2012. godine; Prihvaćeno: 4 ožujak 2013; Objavljeno: 19. travanj 2013 pregled

Copyright: © 2013 Glover i sur. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan

financiranja. Ova studija je financiran od strane norveške Odjela za ribarstvo. U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

Jedan od najznačajnijih ekoloških izazova vezanih uz komercijalne kulture atlantskog lososa ( Salmo Salar
L.) u morskim neto olovke je zatvorenost. Unutar Norveškoj, gdje su statistički podaci o broju prijavljenih bjegunaca zabilježio Uprave norveškog ribarstva (NDF), godišnji broj bjegunaca je u stotinama tisuća za većinu godina u razdoblju 2000-2011 [1]. Međutim, pravi godišnji broj bjegunaca Procijenjeno je da se u milijunima zbog podizvještavanja [2]. Farmama bjegunci mogu raspršiti na velike udaljenosti [3], [4], može ući rijeke [5], a može prikazati niz ekoloških [6] i genetski interakcije [7] - [12] s divljim dnigih vrsta. Dakle, općenito je prihvaćeno da obrađuje bjegunci predstavljaju potencijalnu prijetnju integritetu autohtonih populacija. Pregled

Primjena molekularne genetičke metode za očuvanje divljih životinja i upravljanja ribarstva svrhe, uključujući i forenzička slučajevima za provedbu zakona i propisa je širi [13]. Tipična biljni i životinjski svijet forenzička aplikacija u rasponu od vrste identifikacije za morfološki unidentifiable tkiva i uzoraka, kako bi se populacija podrijetla identifikacija za pojedince za koje se sumnja da su poduzete s lokacija na kojima je regulirano žetve ili ilegalne [14], ili čak i lažno tvrdio [15]. Analiza želuca i izmeta sadržaja iz grabežljivaca također je opsežno vodi i pod uvjetom identifikaciju predmeta plijena na vrste [16] -. [20], obitelj [21], pa čak i individualnoj razini uzorka [22] pregled

NDF su odgovorni za razvoj i provedbu propisa akvakulture u Norveškoj. Dok je bjekstvo od ribe iz postrojenja komercijalne akvakulture nije ilegalno u Norveškoj, poljoprivrednici su po zakonu obvezni prijaviti bjekstvo iz njihovih gospodarstava. Unatoč tome, underreporting predstavlja veliki izazov s kojima se suočavaju u NDF. Kao odgovor na ovu situaciju, genetičke metode za identifikaciju bjegunaca natrag na farmi podrijetla su uspostavljeni i rezultiralo kazne za tvrtke koje se nalaze u suprotnosti s propisima [23], [24]. Pregled

U ožujku 2012 lokalni ribari koji rade u fjorda u sjevernoj Norveškoj izvijestio lov bakalara ( Gadus morhua pregled L.), koji čini važan komercijalni ribolov u ovoj regiji, sa neobičnim plijen u želucu. Većina tih grabljivica koje su bile otprilike duge 30-35 cm, bilo djelomično ili jako oštećen, te je kao takav bio je izazovno prepoznati svi oni morfološki (Sl. 1). Ipak, oni ne izgledaju kao haringe ( Clupea harengus pregled L.) ili manje gadoid vrsta koja čine važan dio COD prehrani na ovim prostorima [25], [26], a nagađalo se nekolicina ribari koji to mogu biti Atlantic losos. Dok bakalara su poznati uzimati atlantskog lososa smolts nakon migracije iz slatke vode u estuarijima i morskog okoliša [27], [28], u roku od nekoliko tjedana od ulaska u morski okoliš u kasno proljeće i rano ljeto, smolts su obično ostavili fjord područja i migrirati prema oceanskim hranilišta. Kao takav, bakalar konzumiranje divlji losos promatrane veličine i doba godine na ovoj lokaciji se smatra neuobičajeno strane lokalnih ribara, a situacija je, dakle, prijavljeno NDF kao sumnja interakcije između lokalnog losos farme i ove komercijalne ribarstvu. Ovdje smo izvješće analizu plijena u cilju rješavanja na sljedeća pitanja: 1. Što su vrste ovi plijen, 2. ako su losos, je li moguće identificirati kao divlja ili obrađuje (tj, je li to doista rijedak prirodni pojave ili je to ljudski inducirane), te 3. ako su uzgojeni Atlantic losos, jesu li potječu iz lokalne farme? pregled

Materijali i metode

Metodološki pristup pregled

Ova studija je dizajniran za rješavanje tri pitanja u uvodu. Dijagnostički markeri za identifikaciju ozbiljno narušen atlantskog lososa i kalifornijske pastrve ( Oncorhynchus mykiss pregled) tkiva su nedavno razvili [29]. Međutim, prvi pokušaj identifikacije plijena je provedeno s visoko polimorfnih mikrosatelitni markera obično provode u Atlantic genetika projekata losos stanovništva. Obrazloženje za to je dvojak. Prvo, kako bi se odgovorilo na pitanja 2 i 3, profil alel-frekvencija će biti potrebno za svaki od plijena kako bi se utakmica protiv frekvencije alela profila iz uzgoja i divljih lososa u regiji. Drugo, kombinacija dosadašnjih iskustava s ovim mikrosatelitni markera na djelomično degradiranih uzoraka, zajedno s pregledom plijen predložio da, ako su doista atlantskog lososa, možda će biti moguće uspješno genotip uzorke s tim microsatellites. Pregled

uzorci

Ova studija se temelji na fjorda nalazi u sjevernoj Norveškoj. Iz zakonskih razloga, točne lokacije na bakalar zarobljeni u ovom istraživanju, a lokalne ribogojilišta iz kojih su uzeti uzorci, ostati anoniman. Pod nadzorom NDF, ukupno 36 plijena uzorkovane su iz bakalara želucima lokalnih ribara (1-3 plijen po bakalara želuca, sve bakalar snimljene u razdoblju od ožujka do travnja 2012. godine). Ove bakalara su zarobljeni u sklopu komercijalne berbe i bili su mrtvi nakon što im se želudac bude odabran. Prema tome, nema posebnih dozvola potrebnih za uzorkovanje bakalar želuce u ovoj studiji. Oba Sjeverna istočno Arctic cod (NEAC) i norveški obalni bakalar (NVK) se zna da tvore osnovu ovog komercijalnog ribolova u ovo doba godine u ovoj regiji. Međutim, bez uzorci niti podatke zabilježene su iz tih bakalara i kao takva se ne može isključiti ove ribe bilo kojeg tipa. Pregled

Sve bakalara su zarobljeni u jednoj od šest lokacija u neposrednoj blizini samo riba farma u regiji koja sadrži losos preklapanja u veličini s plijenom, odnosno do maksimalno 20 km dalje u fjord. Osim 36 plijen zarobljen CoD želudaca, jedan losos nakon smolt, zarobljeni u vremenskom net nalazi odmah uz samo losos farmi u ovoj regiji, je uzorak (ta osoba ribe u daljnjem tekstu kao "Bjegunac", a bio je slične veličine do plijena). Iz svih tih uzoraka, dva uzorka tkiva po pojedinim su uzeti za kasnije genetske analize.

Uzorci lososa iz jedinog farmi u ovom fjordu u kojoj se nalazila riba preklapanja u veličini s plijenom također su prikupljeni. Ove ribe su uzorkovani od strane zaposlenih u NDF osoba. Nema posebne dozvole su potrebne za uzorak tih riba, iako riba seljak je dao pristup svojoj farmi. Najbliža Alternativa Farma za uzgoj ribe preklapanja u veličini s plijenom se nalazi preko udaljenosti od 100 km (120 km na najudaljenijim hvatanja za bakalar), a ne vide kao vjerojatno izvor, i stoga ne uzorkuje. Od lokalnih farmi, ukupno tri uzorka, svaki se sastoji od oko 47 riba, uzeti su iz tri zasebne kaveze. Ovaj predstavljaju tri genetske skupine ribe na farmi, te je u skladu s protokolom uzorkovanja za utvrđivanje genetske osnove za identifikaciju bjegunaca natrag na farmi podrijetla [23], [24]. Pregled

Uzorak divlje Atlantski losos, podrijetlom iz najbliže rijeke te u neposrednoj blizini mjesta na kojem su zarobljeni bakalar s plijenom u želucu također je uključen u ovu studiju. Ovaj divlji uzorak losos se sastojao od 101 odraslih snimljene ribolov u rijeci u sezonama 2007. i 2008. Kako su ove ribe zarobljen i nakon toga ubio za potrošnju sportskih ribolovaca, bile su potrebne nema dozvole za uzimanje uzoraka opsega od tih mrtvih riba.

status bolesti na farmi pregled

srcu i skeletnim mišićima upala (HSMI) je zarazna bolest [30] karakterizira opsežna upale i multifokalne nekroze miocita u srcu i crvenom muskulature [31]. Roman virus, riblji reovirusne (PRV) je nedavno otkrivena u ribi s HSMI. Ovaj virus je povezana s bolesti, pokazuje povišene količine virusa u oboljelih ribe, a potencijalno je odgovoran za bolest [32], [33]. Međutim, PRV infekcije su uobičajene kod uzgoja lososa u Norveškoj, a također je dokumentirano u zdrave ribe, uključujući divlji losos [34]. Dakle, uloga PRV u HMSI ostaje diskutabilna [34]. Pregled

U razdoblju od siječnja do veljače 2012. godine (to jest, nekoliko tjedana prije otkrića lososa kao plijen u želucima divlje bakalara) , lokalna farma prijavio gubitak od oko 55000 ribe (podaci iz NDF registra poljoprivrednih gospodarstava biomase). Uzročnik bolesti je kasnije dijagnosticirano kao HMSI u veljači 2012. Ova dijagnoza je na temelju kliničkih analizama ribe iz uzgajališta po lokalnom veterinarskog službenika, te je naknadno potvrđene od strane norveškog veterinarskog instituta pomoću histopatologiju (dakle, prisutnost ili odsutnost PRV u tim oboljelih riba nije poznat). pregled

s obzirom na popratne informacije u vezi statusu bolesti na farmi, uzorci iz plijen zarobljen u bakalara želucima, a jedan bjegunac, analizirani su na prisutnost PRV. To je na temelju toga da PRV mogao biti prisutan u plijen i bjegunac, ako oni potječu iz uzgajališta na kojem su HMSI uzrokovane smrtnosti. PRV je također prisutan u divljem norveškog lososa (također u riba ne pokazuje HMSI), premda na nižoj frekvenciji nego u uzgojene pobjegao lososa (13,4% vs 55,2% prevalencije odnosno) [34]. Iako je ovaj virus se obično identificiran u srce ili glava-bubrežnih uzoraka, s obzirom na degradiranom stanju plijena, samo uzorci mišićnog bili dostupni za ovaj test. Analize su provedene od strane Real Time PCR analiza tvrtke, PatoGen Analyse AS, akreditiran prema međunarodnoj normi ISO 17025. Uzorci su analizirani na PRV RNA na PatoGen u skladu sa svojim in-house metode za Real Time PCR testom ( 'PRV Crkva sv ') ciljanje gen L3, prethodno sekvencionirao [32]. Sekvence za napredne i reverzne početnice za ovaj test su 5'-TCAACCACCTCCACACAAAAGA-3 'i 5'-AACGAGTTGTGCGTGTGCC-3', odnosno, i sonda VIC-5'-TTGGGATGTCGACGTTCT-3 '. Standardna krivulja na temelju deseterostruko razrjeđenja u trostruko imao nagib od -3.25 (R ^{2 = 0,998), a učinkovitost (E = [10 1 /(- nagib)] - 1) bio je 1.030. Odrezani C _{T vrijednost bila 37,0. PRV-ST analiza nije akreditiran u trenutku analize i ovaj rad predstavlja prvi put ove oznake, koje nastaju PatoGen AS, nisu objavljeni. Pregled}}

molekularno genetičke analize

ekstrakcija DNA je provedeno u 96-jažica formatu, koristeći komercijalno dostupne opreme (Qiagen DNeasy®96 Blood & Tissue kit). Svaki s 96 jažica uključuje dvije prazne jažice kao negativne kontrole. Rutinska kontrola genotipizacija ima standardnu ​​ulogu u genotipa u laboratoriju na IMR [35], [36]. Na taj način, svaki od pojedinačnog plijen i bjegunac su izolirani dvaput kontrolirati genotipizaciju konzistencije. Količina i kvaliteta DNK nije bio mjeren. pregled

Svi uzorci bili predmet genotipa sa skupa 18 microsatellites koji se koriste u laboratoriju za atlantskog lososa genetika projekata. Ta mjesta su povećani za tri multipleksa, koristeći standardne protokole za svježim tkiva (full genotipizacija uvjete dostupne od autorica na upit); SSsp3016 pregled (Genbank br. AY372820), SSsp2210 pregled, SSspG7 pregled, SSsp2201 pregled, SSsp1605 pregled, SSsp2216 pregled, [37], Ssa197 pregled, Ssa171 pregled, Ssa202 pregled [38], SsaD157 pregled, SsaD486 pregled, SsaD144 pregled [39], Ssa289 pregled, Ssa14 pregled [40], SsaF43 pregled [41], SsaOsl85 pregled [42 ], MHC sam
[43] i MHC II pregled, [44]. PCR proizvodi su analizirani na ABI 3730 Genetic Analyser te veličine od 500LIZ ™ veličine-standarda. Sirovi podaci se upravlja ručno dvaput prije izvoza za statističku analizu. Nema genotipiziranje nedosljednosti zabilježene su među tim ponovno analizirati uzorke. Pregled

Statistička analiza pregled

Nakon što je profil DNA je uspješno uspostavljena za pojedinog plijena, jedan bjegunac, lokalne farme i divlji losos iz a stanovništvo u regiji, nekoliko statističkih testova, obično provode u populacijsku genetiku studija, provedena su na tim podacima. To je, kako bi se prije svega rješavanje tri pitanja postavljena u uvodu. Za ova ispitivanja, jedini bjegunac je spojeno sa plijen na temelju pilot analizu dokumentira da je to genetski vrlo slični plijena (vidi rezultate). Dakle, za ove analize, uzorak plijen također uključuje jedinstvenu bjegunac. Pregled

Prvo, podaci su raspoređeni u populacijsku genetiku program (MSP) [45], koja je korištena za izračun niz sažetih statistike, i ulaznih datoteka za druge programe. Nakon toga, podaci se analiziraju u Genepop v3.3 [46] kako bi izračunali gena različitosti, Hardy Weinberg ravnoteže, i povezivanje neravnoteže između parova lokusa unutar uzoraka. Ribari egzaktni test (demorization 10 000, 100 serije, 5000 iteracija) proveden test za statističke značajnosti. Program LDNE [47] koji se koristi za izračun efektivne veličine populacije ( Ne pregled) za svaki od uzoraka. Ovaj program koristi jedan uzorak pristup procjeni Ne
temelji na stupnju LD promatranog unutar uzorka. Pregled

Genetička identifikacija plijena proveli su dva različita, ali besplatne metodoloških pristupa. Prvo, genetska zadatak pomoću Rannala & Mountain metoda računanja [48] kako je implementirano u programu GeneClass2 [49] je provedena. Ovdje, uzorci iz uzgajališta i od divlje ribe su korišteni kao unaprijed određenih potencijalnih izvora plijena (tj genetska osnovica). Nakon toga, direktna genetska zadatak je provedena. Ova metoda stavlja svaku nepoznatu ribu (tj pojedinac riba plijen) u referentnom uzorku koji sliči najviše. Ograničenje s izravnim zadatka je da se dodjeljuje potencijalni izvor stanovništvo svaki od nepoznatih uzoraka, bez obzira na apsolutnu stupanj sličnosti. To može biti prihvatljivo u "zatvorenim sustavima", gdje su zastupljeni svi potencijalni izvori nepoznatih uzoraka, međutim, u situacijama kao što je danas, gdje nisu svi potencijalni izvori su uključeni u početku, važno je da biste dobili procjenu stupnja sličnost između nepoznatog uzorka (e) i svakog osnovnog uzorka. To se postiže isključenjem, a svaki pojedinac je u odnosu na svakom osnovnom uzorku, a vjerojatnost pripadnosti (ili točnije, vjerojatnost ne pripadaju) izračunava. U konkretnom situacijom ovdje, odbacivanje svih osnovnih uzoraka sugeriraju da je plijen potječe iz izvora ne uzima uzorak. Pregled

Drugi pristup za identifikaciju plijen je izračunati vezivanja (također se spominju kao Bayesovim analizu klastera) korištenjem Struktura programa 2.2 [50], [51]. Individualno dodatak omogućava identifikaciju i raspored pojedine ribe genetičkim klastera (tj populacija ili genetske grupe), bez bilo "prije" u vezi stanovništva ili mjesto na kojem je nastala svaki pojedini uzorak. Time je omogućeno, na primjer, identifikaciju pojedinaca koji su miješane genetskog porijekla, te identifikaciju pojedinaca kada se pomiješa u uzorke pretežno drugih genetskih skupina. Program se izvodi pomoću primjesom model s korelirajućih učestalosti alela i bez prethodnog. Radi se sastojao od burn-in od 250 000 MCMC koraka, nakon čega slijedi 250 000 koraka. Program se izvodi sa svim uzorcima Detaljni uključeni, s brojem stanovništva postavljenih između k pregled = 1-8 s tri staze po k pregled. Vjerojatnost podataka su nacrtani, a najprikladnije k pregled utvrđena je na mjestu gdje je nagib dosegao plato [50]. Pregled

Rezultati

Unatoč tome što je djelomično probavlja (sl. 1), mikrosatelitne DNK profili su uspješno dobivene iz svih 36 plijena uzima uzorak od bakalara želuca, a jedan bjegunac snimljene u vremenskom net stavlja izvan lokalne farme. Dok su neki markeri nisu bili postignuti u nekim od DNA izolacije, kada se kombiniraju podatke iz oba izolata (nakon unakrsno ispitivanje za provjeru genotipizacija dosljednost), samo dva genotipova nedostaje od ukupno 629 mogućih genotipova za 37 riba analiziranih na 17 mikrosatelitni loci (tj > 99% genotipizacija pokrivenosti). To pod uvjetom da oba uvjerljive dokaze da je plijen su doista Atlantski losos, a dopušteno sljedeći korak u njihovu identifikaciju korištenjem populacijsku genetiku statistički pristup. Pregled

Statistika Sažetak za kombinirane uzorku od plijena (koja je uključivala jednu bjegunac snimljene u mreži), uzorci iz lokalne farme i od rijeke pokazuju nekoliko trendova (tablica 1). Svi uzorci iz uzgajališta prikazuje manje genetske raznolikosti od uzorku od Rijeke, mjereno od bilo koje u ukupnom broju alela ili alelne bogatstvu koje zaobilazi probleme sa različitim brojevima pojedinaca koji predstavljaju svaki uzorak. Donja varijacija na polimorfnih genetskih markera je tipično za uzorke farmi u usporedbi s divljim uzorcima [52], [53], a povezana je s činjenicom da je riba uzorkovani u jednom kavezu često imaju ograničen broj roditelja [54]. Gotovo svi uzorci u HWE, međutim, LD zabilježeno je u oba uzorka Farma 1C i uzorku od plijena ribe. Ne pregled bio je vrlo nizak u uzorku plijen i dva od uzoraka iz uzgajališta. Za razliku od toga, Ne pregled bio je znatno veći u uzorku od divljeg lososa i farma uzorka 1B. Zbog svih ovih sažetih statistike, plijen sličila uzorke farma vrlo snažno, osobito 1C, dok su prikazani vrlo različite parametre na divljim uzorkom. Pregled

F _{ST je prosječno mjerenje genetske sličnosti između grupa uzoraka ili populacija. Uzeti zajedno, plijen su genetski jako različita na divlji losos, a neznatno razlikuje od uzorka farme 1A i 1B (Tablica 2). Ove plijen su genetski slične farme uzorka 1C. Svi uzorci domaće bili su genetski različiti na divlje uzorka, podržava opažanja iz zbirnih statističkih podataka iznesenih. Pregled}

Self-assignment simulacije uključujući uzoraka s farme i divlje populacije pokazalo je da u ukupnom poretku, 70% riba u to set uzoraka će biti pravilno dodijeljeni uzorka iz kojeg su nastali. Miss-zadatak je uzrokovan gotovo isključivo uzgojene ribe što je pogrešno stavljena u alternativni farme uzorak koji odražava preklapanja genetski profil između tih kaveza. Nitko od uzgoja ribe pogrešno dodijeljen divlje populacije, a samo 3 od 101 divlji losos pogrešno dodijeljen bilo koji od uzgoja uzoraka (sve su dodijeljeni Farm 1B). Dakle, ove simulacije pokazuju gotovo potpun potencijal prepoznati da li je plijen su više vjerojatno da će nastati iz ovog lokalnog gospodarstva (dakle i događaja ljudsko-induced) ili lokalne divlje populacije (a time i neobičnom prirodnom događaju). Pregled

Izravna dodjela (koja mjesta nepoznatog uzorka, što je u ovom slučaju bio 36 plijen i jednog lososa bjegunac snimljene u mrežu izvan farme, u genetski najsličniji osnovnog uzorka) stavi sve od plijena i jedan bjegunac u uzorcima poljoprivrednih, a niti jedan u divljinu uzorka (sl. 2). Isključenje testovi podržava ovaj, što pokazuje da je većina plijen i jedan bjegunac mogao biti uvjerljivo isključeni iz uzorka divlji losos, dok je samo jedan uzorak plijena mogao biti isključen iz svih uzgoja uzoraka (au tom slučaju divlja uzorka i ). pregled

Identifikacija plijen, a jedan bjegunac također je provedena pomoću smjesi analizu u programu strukture (sl. 3). Ovaj program ne uzima u obzir nikakve "prethodnike" za uzorke i svaki pojedinac može predstavljati mješavinu genetskih skupina ili skupine. Vjerojatnost podataka su nacrtani, a najprikladniji broj klastera k pregled, utvrđeno je da su četiri (mjesto gdje je nagib dosegnuo vrhunac) [50]. Potvrdilo rezultate iz drugih statističkih testova iznesenih, dodatak analiza pokazala je da je postojala velika genetska razlika između uzgoja lososa i divlji losos u ovom skupu podataka, i najvažnije, da su svi plijen, uključujući i jednog lososa bjegunac, usko su povezani s genetskim klastera zastupljenih u losos iz lokalne norveške farmi, a ne lokalne divlje populacije. Podaci za ostale brojeve klastera (tj k pregled postavljene između 2-8) dobiva se isti rezultati (podaci nisu prikazani). Pregled

Real-time PCR analize (PRV-ST test) detektira PRV RNK virus u 22 od plijena uzoraka 37. Pozitivni uzorci zastupljene 21 plijena stavke iz bakalara želucima i jednog lososa snimljene u vremenskom net stavlja izvan Norveške farmi. C _{T vrijednosti u rasponu od 27.8-35.3 (prosjek 33,0). Pregled}

Rasprava pregled

Molekularna-genetske alate za prepoznavanje akvakulture objekt te u nekim slučajevima čak i specifična kavez podrijetla Atlanticu losos [23], [24], Atlantic cod [55], [56] i uzgoja kalifornijske pastrve [57] bjegunci su razvijeni. Međutim, ova studija predstavlja novu primjenu molekularne metode genetičkog u cilju pružanja tijela upravljanja uz mogućnost praćenja komercijalne akvakulture i njene interakcije s prirodnim okolišem. Osim toga, ova studija daje novi uvid u interakcije između pripitomljen i divlje ribe pregled

Četiri glavna zaključci mogu izvući iz tih analiza. 1. djelomično probavljena i morfološki teško identificirati plijen su otkrila da se Atlantic losos, 2. na temelju nekoliko neovisnih genetskih parametara, te losos plijen su identificirani kao uzgoja, a ne iz lokalne divlje populacije, čime se dokazuje da se to ljudsko izazvana, za razliku od prirodnih fenomena, 3. Unatoč djelomičnom probavu, većinu plijena , uključujući i jedan bjegunac, provodi mjerljive razine PRV. PRV je povezana sa bolešću HSMI [32], [33]. Ova bolest je uzrokovala značajnu smrtnost lososa na lokalnom gospodarstvu u neposrednoj vremenskom razdoblju prije plijen su zarobljeni u divljini bakalar, 4. genetski profil losos plijena, a jedan bjegunac, snažno uskladiti genetski profil ribe u lokalnom gospodarstvu. Iako je genetska sličnost nije nepobitan dokaz podrijetla [23], s obzirom na najbliži alternativni farmi da su ti pojedinci mogu imati teoretski je potekla iz nalazila se preko 100 km na drugom kanalu, ove analize pod uvjetom da je NDF s dovoljno "indicija" da se pokrene istraživanje tvrtke posjedovanje ovu komercijalnu akvakulturu centra na temelju potencijalnog pogrešno upravljanje. pregled

lososa farmi u istraživanom području je s HSMI dijagnosticiran samo nekoliko tjedana prije pojave iz uzgoja lososa u želucu lokalne bakalar. Stoga je plijen ponovno uhvaćen od bakalara želucima ispitani su na prisutnost PRV, iako su razine virus može odbiti nakon izbijanja [58]. Unatoč djelomičnom probavu plijena, kao i činjenica da su samo uzorci mišića bili dostupni, PRV virus još uvijek nije pronađen. Ipak, na temelju provedenih analiza ovdje, to nije moguće nedvosmisleno riješiti kako PRV zaražene uzgoja lososa ušao u prirodni okoliš. Oni mogu biti oboljelih mrtve ribe pohranjena u more (što bi predstavljati nezakonitu praksu u Norveškoj), a nakon toga proguta od bakalara s morskog dna ili su bjegunci prethodila na koju bakalar. S obzirom da je farma doživio značajnu smrtnost ribe (55000) kroz HMSI u razdoblju neposredno prije nego što je losos su zarobljene u bakalara želudaca, ukazuju na to da je bivši objašnjenje je najvjerojatnije. Pregled

Neovisno o tome kako je riba ušao u prirodni okoliš, ova studija pokazuje trofičkog prijenos kao mehanizam interakcije između uzgoj lososa i divlje populacije. Dok bakalara su dokumentirani na raniji po divljim Atlantski losos smolts migriraju iz slatke vode u more [27], [28], Atlantic losos nije uobičajeno prethodila na po bakalara u doba godine u kojem je provedena struja studija [25 ], [26]. Nadalje, kako bi se našim saznanjima, ova studija predstavlja prvi dokumentaciju bakalara konzumiranje Atlantski losos iz uzgajališta riba. Dakle, moguće je da je bakalar istražuju ovdje, a čini dio stanovništva u istraživanom području u ovo doba godine, su bili izloženi PRV. Sposobnost PRV virusa koja se prenosi na nove domaćina putem uzimanja zaražene plijen za sada je nepoznat, kao što je osjetljivost bakalara na virus. Međutim, PRV nije detektiran u 78 bakalar ni 850 drugih gadoids koji su nedavno uzorkovanih u Norveškoj i provjereno na ovim virusom [59]. Budući da PRV infekcije su uobičajene u divlji i uzgojeni losos u Norveškoj, a također se javljaju u divlje more pastrve ( Salmo trutta pregled L.) [34], to je vjerojatnije da je najčešći tip PRV je specifično za salmonida, te da bakalar nije osjetljiv. pregled

Analiza sadržaja želuca životinje ili fecesa korištenjem molekularne genetske metode je široko primijenjen na nizu svojti i bioloških pitanja [19], [60]. Ove metode su primarno radi identifikacije plijena na taksonomske klasifikacije, često vrste, obično uključuje analizu jednog ili malog broja gena koji daje traženu taksonomski sposobnost za vrste potencijalni plijen u pitanju [17], [18], [20]. U novije vrijeme, napredak u sljedeću generaciju sekvencioniranje dopustio snažne dopune ovih pristupa, što je dovelo do onoga što je nazvao kao DNK metabarcoding [61]. Iako ova studija ne predstavlja tehnološki napredak za takve molekularno genetičke metode, primjena mikrosatelitne analize DNA u prehrani analize osigurati identifikaciju izvan taksonomska klasifikacija je nova. Evo, to je moguće ne samo pokazati da je plijen bio Atlantic losos, ali da je najvjerojatniji izvor bio lokalna farma, a ne lokalna divlja populacija losos. Na kraju, bilo je moguće pokazati da je plijen nosio virus koji je bio povezan s bolešću koja uzrokuje značajnu smrtnost od uzgoja lososa. Dakle, ova studija predstavlja produžetak bioloških pitanja koja se može adresirati preko molekularno-genetičke analize sadržaja iz želuca. Drugi primjeri prehrane analize idu dalje od vrste identifikacija uključuje analizu na razini obitelji pokazati sinovsku kanibalizam u divljini [21], a smrtnost grabežljivaca Atlantic losos iz uzgoja, hibridne i divlje roditeljstva u prirodni riječni sustav (Skaala neobjavljeno). Također, identifikacija predmeta plijen na individualnoj razini je provedena, gdje mikrosatelitne analiza prehrane s Grenlanda morskih pasa ( Somniosus microcephalus pregled), zajedno s potrazi za DNK registra za sve Minke kitova ( Balaenoptera acutorostrata pregled) zarobljeni pod komercijalnim žetve u Norveškoj [62] dopušteno spajanje kita i morskog psa snima u oba vremena i prostora da razumiju kako njihovo kretanje i dijetalne navike [22]. pregled

Već više od deset godina, godišnji izvijestio bjekstvo od lososa s norveškim ribogojilišta je u nekoliko desetaka ili stotina tisuća [1]. To je vjerojatno da će biti podcijenjeni zbog nižom stopom, au razdoblju od 1998. do 2004. godine, procjenjuje se da je prosječna godišnja broj bjegunaca je 2,4 milijuna [2], što je više od godišnjeg broja divlji losos vraća u norveškom obala reproducirati u istom razdoblju. Dok je pozornost okružuje utjecaj bjegunaca prvenstveno je bila usmjerena na one koji žive za razliku od mrtvih [7], [9], [63], ova studija pokazuje da je zaražena virusom uzgojene ribe mogu biti ispuštene u okoliš na jedan način ili još. Analize u ovom slučaju ukazuju na potencijal za identifikaciju i praćenje takvih događaja. S obzirom na veličinu bjekstvo iz komercijalnih ribogojilišta, to predstavlja jedan od najznačajnijih invasions uzrokovane ljudskim izvornih populacijama vrsta koja je bila predmet selektivnog uzgoja. Dakle, ova situacija treba pratiti ne samo ekološki [6] i genetski [7] -. [12] interakcije, ali i interakcije bolesti pregled

priznanja

Tor Arne Helle i drugi radnici u Upravi norveškog ribarstva zahvalno su priznali za pomoć u koordinaciji uzoraka uzetih od ribara, a okupljanje je u pozadini informacija.

• PLoS ONE: Serum apolipoproteina CI i C-III su smanjene u želuca bolesnika: Rezultati MALDI-Based Peptidome i Immuno-Based Klinička Assays
• Prevrnut želuca Remedies