PLOS ONE: Molecular análisis genético del contenido del estómago revela salvaje bacalao del Atlántico que introduce en Piscine reovirus (PRV) Infected salmón atlántico originario de un pez Farm

Extracto

En marzo de 2012, los pescadores que operan en un fiordo en el norte Noruega informó de la captura de bacalao del Atlántico, un pez nativo de la formación de una gran importancia económica de la pesca marina en esta región, con la presa inusual en sus estómagos. Se especuló que estos podrían ser el salmón del Atlántico, que no es presa típica de bacalao en esta época del año en la zona costera. Por tanto, estas observaciones fueron reportadas a la Dirección de Pesca de Noruega como sospechoso de interacción entre una piscifactoría local y esta pesquería comercial. Los análisis estadísticos de los datos genéticos de 17 marcadores microsatélites genotipo en 36 presas parcialmente degradada, las muestras de salmón de piscifactoría local, y las muestras de la población silvestre más cercana permiten las siguientes conclusiones: 1. La presa fueron el salmón del Atlántico, salmón 2. Estos no se originó a partir de la población silvestre local, y 3. la granja local era la fuente más probable de estas presas. Pruebas adicionales demostraron que 21 de las 36 presas se infectaron con reovirus piscine. Mientras que la relación potencial entre el reovirus piscine y el corazón de la enfermedad y la inflamación del músculo esquelético es aún objeto de debate científico, esta enfermedad ha causado la mortalidad de grandes cantidades de salmón en la granja en el mes anterior a las observaciones de los pescadores. Estos análisis proporcionan nuevos conocimientos sobre las interacciones entre los peces domésticos y salvajes

Visto:. Glover KA, Sørvik EDAD, Karlsbakk E, Zhang Z, Skaala Ø (2013) Molecular análisis genético del contenido del estómago Revela salvaje bacalao del Atlántico que introduce en las Piscine reovirus (PRV) Infected salmón atlántico originario de una piscifactoría comercial. PLoS ONE 8 (4): e60924. doi: 10.1371 /journal.pone.0060924

Editor: Martin Krkosek, Universidad de Toronto, Canada |

Recibido: 3 de octubre de 2012; Aceptado: March 4, 2013; Publicado: 19 Abril 2013

Derechos de Autor © 2013 Glover et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan

Financiación:. Este estudio fue financiado por el Departamento de Pesca de Noruega. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito

Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia

Introducción

Uno de los retos ambientales más significativos asociados con el cultivo comercial de salmón del Atlántico ( Salmo salar L.)
en jaulas marinas es la contención. En Noruega, donde las estadísticas sobre el número de fugitivos reportados son registrados por la Dirección de Pesca de Noruega (NDF), el número anual de los escapes ha sido de cientos de miles de años la mayoría en el período 2000-2011 [1]. Sin embargo, el verdadero número anual de fugados se ha estimado para ser de millones debido al subregistro [2]. escapados de granja pueden dispersarse a través de largas distancias [3], [4], puede entrar en los ríos [5], y puede mostrar una gama de ecológica [6] y las interacciones genéticas [7] - [12] con sus congéneres silvestres. Por lo tanto, en general se acepta que cultivan escapados representan una amenaza potencial para la integridad de las poblaciones nativas.

La aplicación de métodos de genética molecular para fines de conservación de la vida silvestre y de gestión de la pesca, incluidos los casos forenses para hacer cumplir la ley y la regulación es la expansión de [13]. aplicaciones forenses fauna típicas varían de especie identificaciones para los tejidos no identificables morfológicamente y muestras, a la población de las identificaciones de origen para las personas sospechosas de haber sido tomada de los lugares donde se regula la cosecha o ilegal [14], o incluso declarado falsamente [15]. Análisis de estómago y heces contenido de los depredadores también se ha llevado a cabo ampliamente, y siempre que la identificación de las presas en las especies [16] - [20]., Familia [21], y el nivel de la muestra, incluso individuales [22]

el NDF son responsables del desarrollo e implementación de la regulación de la acuicultura en Noruega. Mientras que el escape de peces de instalaciones de acuicultura comercial no es ilegal en Noruega, los agricultores están obligados por ley a reportar las fugas de sus granjas. A pesar de esto, el subregistro representa un gran desafío que enfrenta el NDF. En respuesta a esta situación, los métodos genéticos para la identificación de los escapados de nuevo a su explotación de origen se han establecido y se aplicaron multas para las empresas que se encuentran en violación de las normas [23], [24].

En marzo de 2012 , los pescadores locales que operan en un fiordo en el norte de Noruega informó de la captura de bacalao del Atlántico ( Gadus morhua
L.), que forma una importante pesquería comercial en esta región, con peces presa inusual en sus estómagos. La mayor parte de estas presas que fueron de aproximadamente 30-35 cm de largo, fueron parcial o muy degradadas, y como tal, era difícil de identificar a todos ellos morfológicamente (Fig. 1). Sin embargo, no se ven como el arenque ( Clupea harengus
L.) o gádidos más pequeñas que forman una parte importante de la dieta del bacalao en esta región [25], [26], y se especuló por varios pescadores que ellos podrían ser el salmón del Atlántico. Si bien el bacalao del Atlántico se han conocido a ingerir smolts de salmón del Atlántico sobre la migración de agua dulce en los estuarios y el medio marino [27], [28], a las pocas semanas de entrar en el medio ambiente marino en el final de la primavera y principios del verano, smolts han dejado normalmente fiordo áreas y migran hacia zonas de alimentación oceánicas. Como tal, el bacalao ingestión de salmón salvaje del tamaño y la época del año observada en este lugar se consideró inusual por los pescadores de la zona, y por lo tanto la situación informó a la FDN como sospechoso de interacción entre una salmonera local y esta pesquería comercial. Aquí, se presenta el análisis de la presa con el fin de responder a las siguientes preguntas: 1. ¿Qué especies son estas presas, 2. Si son el salmón, es posible identificarlos como salvajes o de cría (es decir, se trata de una rara natural fenómenos o es un ser humano inducida), y 3. Si se cultivan salmón del Atlántico, se originaron de una granja local?

Materiales y Métodos

enfoque metodológico

el presente estudio fue diseñado para hacer frente a las tres preguntas presentadas en la introducción. marcadores de diagnóstico para la identificación de salmón y trucha arco iris del Atlántico severamente degradada ( Oncorhynchus mykiss)
tejidos se han desarrollado recientemente [29]. Sin embargo, se llevó a cabo el primer intento de identificación de la presa con marcadores microsatélites altamente polimórficos aplicadas comúnmente en proyectos de genética de poblaciones de salmón del Atlántico. El razonamiento para esto era doble. En primer lugar, con el fin de responder a las preguntas 2 y 3, se necesitaría un perfil alelo frecuencia para cada una de las presas con el fin de que coincida en contra de los perfiles de frecuencia de los alelos de salmón de cultivo y silvestres en la región. En segundo lugar, una combinación de experiencias pasadas con estos marcadores de microsatélites en muestras degradadas parcialmente, junto con la inspección de la presa sugirió que si se tratara de salmón del Atlántico de hecho, puede ser posible determinar el genotipo de las muestras con éxito con estos microsatélites.

Las muestras

Este estudio se basa en un fiordo situado en el norte de Noruega. Por razones legales, la ubicación exacta del bacalao capturado en este estudio, y la granja local de pescado a partir del cual se tomaron muestras, permanecen en el anonimato. Bajo la supervisión del NDF, un total de 36 presas se tomaron muestras de los estómagos de bacalao por parte de los pescadores locales (1-3 presas por estómago de bacalao, todo el bacalao capturado en el período comprendido entre marzo abril de 2012). Estos bacalao fueron capturados como parte de una cosecha comercial y estaban muertos en sus estómagos se tomaron muestras. Por lo tanto, se requieren permisos específicos para el muestreo de los estómagos de bacalao en este estudio. Tanto el Norte al este de bacalao del Ártico (NEAC) y el bacalao de la costa de Noruega (NCC) se sabe que forman la base de esta pesquería comercial en esta época del año en esta región. Sin embargo, no hay ni muestras de datos se registraron a partir de estos bacalao y, como tal, no es posible excluir estos peces de cualquier tipo.

Todo el bacalao fueron capturados en una de las seis ubicaciones en las inmediaciones de la única peces granja en la región que contiene la superposición de salmón en tamaño con la presa, o hasta un máximo de 20 km más adelante en el fiordo. Además de los 36 presas capturadas en los estómagos de bacalao, un solo smolt mensaje salmones, capturados en la red de monitoreo ubicada inmediatamente al lado de la única granja de salmón en esta región, se tomaron muestras (este pez se denomina en adelante como "el fugitivo" y era similar en tamaño a la presa). De todas estas muestras, se tomaron dos muestras de tejido por individuo para el análisis genético más tarde.

Las muestras de salmón procedente de la única granja en este fiordo que contenía superposición de pescado de tamaño con la presa, también se recogieron. Estos peces fueron muestreados por las personas empleadas en el NDF. Se requieren permisos específicos para degustar estos peces, aunque el piscicultor dio acceso a su granja. La granja de cría alternativa más cercana superposición de pescado de tamaño con la presa se encuentra más de 100 km de distancia (120 km de distancia de las capturas más distantes del bacalao) y no se ve como una fuente probable, y por lo tanto no se tomaron muestras. De la granja local, un total de tres muestras, cada una compuesta de aproximadamente 47 peces, fueron tomadas de tres jaulas separadas. Esto representó los tres grupos genéticos de los peces en la granja, y es consistente con el protocolo de muestreo para establecer una línea de base genética para la identificación de los escapados de nuevo a su explotación de origen [23], [24].

Una muestra de salmón salvaje del Atlántico, también se incluyó originario del río más cercano y en las inmediaciones de donde fueron capturados el bacalao con la presa en sus estómagos en este estudio. Esta muestra de salmón salvaje consistió en 101 adultos capturados por la pesca con caña en el río en las temporadas de 2007 y 2008. Como estos peces fueron capturados y posteriormente asesinados para el consumo por los pescadores deportivos, se requieren permisos para la toma de muestras de escala a partir de estos peces muertos.

estado de la enfermedad en la granja

corazón y músculo esquelético inflamación (HSMI) es una enfermedad infecciosa [30] que se caracteriza por una extensa inflamación y necrosis multifocal de los miocitos en el corazón y la musculatura roja [31]. Un nuevo virus, Piscine reovirus (PRV) Recientemente se ha detectado en el pescado con HSMI. Este virus está asociado con la enfermedad, muestra de carga viral elevada en los peces enfermos, y es potencialmente responsable de la enfermedad [32], [33]. Sin embargo, las infecciones PRV son comunes en el salmón de piscifactoría de Noruega, y también se ha documentado en los peces sanos como el salmón salvaje [34]. Por lo tanto, el papel del PRV en HMSI sigue siendo objeto de debate [34].

En el período de enero a febrero de 2012 (es decir, unas semanas antes del descubrimiento de la presa de salmón-como en los estómagos de bacalao salvaje) , la granja local reportó pérdidas de aproximadamente 55.000 peces (datos de la granja NDF registro biomasa). La enfermedad causante fue diagnosticado posteriormente como HMSI en febrero de 2012. Este diagnóstico se basa en los análisis clínicos de peces de la instalación por parte de un funcionario veterinario local y fue confirmada posteriormente por el Instituto Noruego de Veterinaria en el examen histopatológico (por lo tanto, la presencia o ausencia de PRV en estos peces enfermos se desconoce).

Debido a la información básica relativa a la situación sanitaria de la explotación, las muestras de la presa capturada en los estómagos de bacalao, y el único fugitivo, se analizaron para determinar la presencia de PRV. Esto fue sobre la base de que PRV podría estar presente en la presa y el fugitivo si no proceden de la granja donde HMSI había causado la mortalidad. PRV también está presente en el salmón noruego salvaje (también en los peces no presentan HMSI), aunque a una frecuencia más baja que en el salmón de piscifactoría escapado (13,4% vs. 55,2% de prevalencia, respectivamente) [34]. Mientras que este virus se identifica típicamente en muestras de corazón o la cabeza-renales, debido al estado de degradación de la presa, sólo las muestras musculares estaban disponibles para esta prueba. Los análisis se llevaron a cabo por una empresa de análisis de PCR en tiempo real, Patogen Analyse AS, acreditado según la norma internacional ISO 17025. Las muestras se analizaron para PRV ARN en Patogen de conformidad con sus métodos internos para PCR en tiempo real utilizando un ensayo ( 'PRV -ST ') de orientación del gen L3, secuenciado previamente [32]. Las secuencias de los cebadores directo e inverso para este ensayo son 5'-TCAACCACCTCCACACAAAAGA-3 'y 5'-AACGAGTTGTGCGTGTGCC-3', respectivamente, y la sonda VIC-5'-TTGGGATGTCGACGTTCT-3 '. La curva estándar sobre la base de diluciones de diez veces en los triplicados tenía una pendiente de -3,25 (R ^{2 = 0,998), y la eficacia (E = [10 1 /(- pendiente)] - 1) fue de 1,030. El punto de corte C _{valor de T era 37,0. El análisis del PRV-ST no fue acreditado en el momento del análisis y este trabajo representa la primera vez que estos marcadores, producidas por Patogen AS, han sido publicados.}}

análisis genéticos moleculares

Extracción de ADN se llevado a cabo en formato de 96 pocillos usando un kit disponible comercialmente (Qiagen DNeasy®96 Blood & Tissue kit). Cada placa de 96 pocillos incluye dos pozos en blanco como controles negativos. control de rutina de genotipos juega un papel estándar en la determinación del genotipo en el laboratorio a IMR [35], [36]. Por lo tanto, cada uno de la presa individuo y el fugitivo se aislaron dos veces para controlar la consistencia de genotipificación. cantidad y calidad de ADN no se midió.

Todas las muestras fueron objeto de genotipado con un conjunto de 18 microsatélites que se utilizan en el laboratorio para los proyectos de la genética de salmón del Atlántico. Estos loci fueron amplificados en tres multicines, utilizando protocolos estándar para tejidos frescos (condiciones de plena genotipado disponibles de autores que lo soliciten); SSsp3016 gratis (GenBank no. AY372820), SSsp2210
, SSspG7
, SSsp2201
, SSsp1605
, SSsp2216
[37], Ssa197
, Ssa171
, Ssa202
[38], SsaD157
, SsaD486
, SsaD144
[39], Ssa289
, Ssa14
[40], SsaF43
[41], SsaOsl85
[42 ], I del MHC
[43] y MHC II
[44]. Los productos de PCR se analizaron en un ABI 3730 Genetic Analyser y tamaño por un tamaño estándar 500LIZ ™. Los datos en bruto se controla manualmente dos veces antes de la exportación para el análisis estadístico. No se observaron inconsistencias de genotipos entre estas muestras volvieron a analizar.

El análisis estadístico

Una vez que un perfil de ADN se estableció con éxito para la presa individual, el único fugitivo, la granja local y el salmón salvaje de una población de la región, varias pruebas estadísticas, aplicadas comúnmente en los estudios de genética de poblaciones, se llevaron a cabo en estos datos. Este fue el fin de abordar principalmente tres cuestiones planteadas en la introducción. Para estas pruebas, el único fugitivo se agruparon con los peces presa basa en análisis piloto documentando que sea genéticamente muy similar a la presa (ver resultados). Por lo tanto, para estos análisis, la muestra presas incluyó también la única fugitivo.

En primer lugar, los datos se organizan en un programa de la genética de poblaciones (MSA) [45], que se utiliza para calcular una serie de estadísticas de resumen, y archivos de entrada para otros programas. A partir de entonces, los datos se analizaron en Genepop V3.3 [46] para calcular la diversidad de genes, equilibrio de Hardy Weinberg y desequilibrio de ligamiento entre pares de loci dentro de las muestras. La prueba exacta de Fisher (demorization 10 000; 100 lotes; 5000 iteraciones) se llevó a cabo para probar la significación estadística. El programa LDNE [47] tal como se utiliza para calcular el tamaño efectivo de la población ( Ne
) para cada una de las muestras. Este programa utiliza un enfoque de una sola muestra para estimar Ne
basa en el grado de LD observada dentro de una muestra.

La identificación genética de la presa se llevó a cabo mediante dos enfoques metodológicos diferentes pero complementarias. En primer lugar, la asignación genética utilizando la Rannala & método de la montaña de la computación [48] tal como se aplica en el programa GeneClass2 [49] se llevó a cabo. Aquí, las muestras de las granjas y de los peces salvaje se utilizaron como las posibles fuentes predeterminada de la presa (es decir, la línea de base genética). Después de ello, se llevó a cabo la asignación genética directa. Este método coloca cada pez desconocido (es decir, los peces presa individuales) en la muestra de referencia que más se parece. Una limitación con asignación directa es que se asigna una población fuente potencial de cada una de las muestras desconocidas con independencia del grado de similitud absoluta. Esto puede ser aceptable en "sistemas cerrados", donde están representadas todas las fuentes potenciales de las muestras desconocidas, sin embargo, en situaciones como la actual, donde no todas las fuentes potenciales se incluyen en la línea de base, es importante para obtener una estimación del grado de similitud entre la muestra (s) desconocida y cada muestra de la línea de base. Esto se logra mediante la exclusión, y cada individuo se compara con cada muestra de la línea de base, y una probabilidad de pertenencia (o más correctamente, la probabilidad de no pertenencia) se calcula. En la situación específica aquí, el rechazo de todas las muestras de referencia sugeriría que la presa originó a partir de una fuente no muestreada.

El segundo enfoque para identificar la presa era para calcular mezcla (también denominado como análisis de agrupamiento Bayesiano) usando el programa ESTRUCTURA 2.2 [50], [51]. mezcla individual permite la identificación y asignación de peces individuales a grupos genéticos (es decir, poblaciones o grupos genéticos) sin ningún tipo de "antes" con respecto a la población o ubicación desde la que se originó cada muestra individual. Esto permite, por ejemplo, la identificación de los individuos que son de origen genético mixto, y la identificación de los individuos cuando mezclan en muestras predominantemente de otros grupos genéticos. El programa se llevó a cabo utilizando un modelo de mezcla con frecuencias de los alelos correlacionados y no antes. Carreras consistían en un burn-in de 250 000 pasos MCMC, seguido de 250 000 pasos. El programa se ejecuta con detalladas incluidas todas las muestras, con el número de poblaciones establecidas entre los k =
1-8 con 3 carreras por k
. La probabilidad de los datos se representa gráficamente, y la más adecuada k
se determinó en el punto donde la pendiente alcanza una meseta [50].

Resultados

A pesar de ser parcialmente digerido (Fig. 1), los perfiles de ADN de microsatélites se obtuvieron con éxito de los 36 presas en la muestra de los estómagos de bacalao, y el único fugitivo capturado en la red de monitoreo colocado fuera de la granja local. Mientras que algunos marcadores no fueron anotados en algunos de los aislamientos de ADN, al combinar los datos de ambos aislamientos (después de la verificación cruzada para validar la consistencia de genotipado), sólo dos genotipos que faltaban de un total de 629 genotipos posibles de los 37 peces analizados a los 17 microsatélites loci (es decir, > 99% de cobertura de genotipos). Esto proporciona tanto una evidencia concluyente de que la presa era de hecho el salmón del Atlántico, y permitió que el siguiente paso de su identificación mediante una aproximación estadística genética de poblaciones.

Resumen estadístico de la muestra combinada de la presa (que incluía el single fugitivo capturado en la red), las muestras de la granja local y desde el río demuestran varias tendencias (Tabla 1). Todas las muestras de la granja muestran una menor diversidad genética de la muestra del río, medido ya sea por el número total de alelos, o riqueza alélica que evita los problemas de tener diferentes números de individuos que representan a cada muestra. menor variación en marcadores genéticos polimórficos es típico para las muestras de granja en comparación con las muestras silvestres [52], [53], y está relacionado con el hecho de que los peces muestreados en una sola jaula a menudo tienen un número limitado de los padres [54]. Casi se en HWE, sin embargo, LD se observó que todas las muestras, tanto en la muestra Granja 1C, y la muestra de peces presa. Ne
fue muy baja en la muestra de la presa y dos de las muestras de las granjas. Por el contrario, Ne
fue mucho mayor en la muestra de salmón salvaje y 1B muestra de granja. Por todas estas estadísticas de resumen, la presa se parecía a las muestras de la granja con mucha fuerza, especialmente 1C, mientras que muestran parámetros muy diferentes a la muestra salvaje.

F _{ST es una medición promedio de similitud genética entre los grupos de las muestras o poblaciones. Tomados en conjunto, la presa eran genéticamente muy distinta a la del salmón salvaje, y marginalmente diferente a la granja 1A y 1B muestras (Tabla 2). Estas presas eran genéticamente similares a la 1C muestra de granja. Todas las muestras de la granja eran genéticamente distintos a la muestra salvaje, apoyando las observaciones de las estadísticas de resumen presentados anteriormente.}

simulaciones Autoasignación incluyendo muestras de la granja y la población silvestre demostró que, en general, el 70% de los peces en este conjunto de muestras sería asignado correctamente a la muestra de la que se originaron. Miss-asignación fue causada casi exclusivamente por los peces que se coloca de forma incorrecta en una muestra agrícola alternativo que refleja el perfil genético de solapamiento entre estas jaulas. Ninguno de los peces de cultivo fueron asignados incorrectamente a la población silvestre, y sólo 3 de los salmones salvajes 101 fueron asignados incorrectamente a ninguna de las muestras de granja (todos fueron asignados a Granja 1B). De este modo, estas simulaciones demuestran potencial casi completa a identificar si la presa es más probable que se originó a partir de esta granja local (y por lo tanto un evento provocado por el hombre) o la población silvestre local (y, por tanto, un fenómeno natural inusual).

asignación directa (que coloca la muestra desconocida, que es en este caso fue el 36 presa y el fugitivo uno salmón capturado en una red fuera de la granja, en la muestra de referencia genéticamente más similares) colocado toda la presa y el único fugitivo en muestras de granja, y ninguno en la muestra salvaje (Fig. 2). pruebas de exclusión apoyaron esta, lo que demuestra que la mayoría de la presa y el único fugitivo podría ser excluido de manera concluyente a partir de la muestra de salmón salvaje, mientras que sólo 1 muestra la presa podría ser excluido de todas las muestras de granja (y en ese caso la muestra salvaje también ).

identificación de la presa y el fugitivo única también se llevó a cabo utilizando el análisis de la mezcla en la estructura del programa (Fig. 3). Este programa no toma en consideración las "probabilidades a priori" para las muestras y cada individuo puede representar una mezcla de grupos genéticos o clusters. La probabilidad de los datos se representa gráficamente, y el número más apropiado de grupos k
, se determinó que era 4 (el punto donde la pendiente alcanza una meseta) [50]. Confirmando los resultados de otras pruebas estadísticas presentadas anteriormente, el análisis de la mezcla demostró que había una gran diferencia genética entre el salmón de piscifactoría y el salmón salvaje en este conjunto de datos, y esto es importante, que toda la presa, incluyendo el fugitivo salmón sola, estaban estrechamente asociado con grupos genéticos representados en el salmón noruego de la granja local, y no a la población silvestre local. Los datos para otros números de grupos (es decir, k
establecidos entre 2-8) dio resultados idénticos (datos no presentados).

análisis de PCR en tiempo real (ensayo PRV-ST) detectaron PRV ARN virus en 22 de las 37 muestras de presa. Las muestras positivas representaron 21 presas de los estómagos de bacalao y el único salmón capturado en la red de monitoreo colocado fuera de la granja noruega. C _{valores de T variaron desde 27,8 hasta 35,3 (media 33,0).}

Discusión

herramientas de genética molecular para identificar la instalación de acuicultura y en algunos casos incluso la jaula de origen específica para Atlantic salmón [23], [24], el bacalao del Atlántico [55], [56] y de cría de la trucha arco iris [57] fugados han sido desarrollados. Sin embargo, el presente estudio representa una nueva aplicación de métodos de genética molecular con el fin de proporcionar a las autoridades de gestión con la oportunidad de controlar la acuicultura comercial y su interacción con el entorno natural. Además, este estudio proporciona nuevos conocimientos sobre las interacciones entre los peces domésticos y salvajes

cuatro conclusiones principales se pueden extraer de estos análisis:. 1. El parcialmente digerido y morfológicamente difícil identificar la presa se reveló como el salmón del Atlántico, 2. en base a varios parámetros genéticos independientes, se identificaron estas presas como el salmón de piscifactoría y no de la población silvestre local, lo que demuestra que esto puede inducir a un ser humano, a diferencia de los fenómenos naturales, 3. a pesar de la digestión parcial, la mayoría de las presas , incluyendo el único fugitivo, llevado a niveles detectables de PRV. PRV se asocia con la enfermedad HSMI [32], [33]. Esta enfermedad había causado una importante mortalidad de salmones en la granja local en el período de tiempo inmediatamente antes de la presa de ser capturado en el bacalao salvaje, 4. El perfil genético de la presa de salmón, y el único fugitivo, coincide fuertemente el perfil genético de los peces en la granja local. A pesar de la similitud genética no es una prueba inequívoca de origen [23], teniendo en cuenta la granja alternativa más próxima que estos individuos podrían tener teóricamente originado a partir de que se encuentra a más de 100 km en otro fiordo, estos análisis proporcionan el NDF con suficientes "pruebas circunstanciales" para iniciar una investigación de la empresa propietaria de esta instalación de acuicultura comercial sobre la base del potencial de la mala gestión
.

la granja de salmón en el área de estudio fue diagnosticado con HSMI sólo unas semanas antes de la aparición de salmón de piscifactoría en el estómago de los locales bacalao. Por lo tanto, la presa recapturado de los estómagos de bacalao se examinaron para detectar la presencia de PRV, aunque los niveles de virus pueden disminuir después de un brote [58]. A pesar de la digestión parcial de la presa, y el hecho de que sólo las muestras de músculo estaban disponibles, todavía se detectó el virus PRV. Sin embargo, en base a los análisis realizados aquí, no es posible resolver de manera inequívoca cómo el PRV infectadas salmón de piscifactoría entró en el medio ambiente natural. Podrían estar enfermas peces muertos depositados en el mar (lo que representaría una práctica ilegal en Noruega) y posteriormente ingeridas por el bacalao desde el fondo del mar, o eran fugitivos fueron anteriores sobre por el bacalao. Teniendo en cuenta que la finca había experimentado una importante mortalidad de los peces (55000) a través de HMSI en el periodo inmediatamente anterior al salmón fueron capturados en los estómagos de bacalao, indican que la primera explicación es la más probable.

Independientemente de cómo los peces entrado en el entorno natural, este estudio demuestra la transmisión trófica como mecanismo de interacción entre el cultivo de salmón y de las poblaciones silvestres. Si bien el bacalao del Atlántico se han documentado que son anteriores a smolts de salmón del Atlántico silvestres que migran de agua dulce al mar [27], [28], el salmón del Atlántico está típicamente no es anterior al de bacalao en el momento del año en que se realizó el presente estudio [25 ], [26]. Por otra parte, a nuestro entender, este estudio representa la primera documentación de bacalao del Atlántico ingestión de salmón atlántico de piscifactoría. Por lo tanto, es posible que el bacalao investigado aquí, y formando parte de la población en el área de estudio en esta época del año, han estado expuestos al PRV. La capacidad del virus PRV que debe transmitirse a nuevos huéspedes a través de la ingestión de presas infectadas es desconocida en la actualidad, como es la susceptibilidad de bacalao del Atlántico al virus. Sin embargo, PRV no se detectó en 78 de bacalao ni otros 850 gádidos que recientemente se muestrearon en Noruega y se tamiza para este virus [59]. Ya que las infecciones son comunes en PRV silvestres y de cría de salmón en Noruega, y también se producen en la trucha salvaje mar ( Salmo trutta L.
) [34], es probable que el tipo PRV común es específico para los salmónidos y que bacalao no es susceptible.

Análisis del contenido del estómago de los animales o las heces utilizando métodos de genética molecular ha sido ampliamente aplicado a una serie de taxones y cuestiones biológicas [19], [60]. principalmente se han llevado a cabo estos métodos para identificar los elementos de presa a una clasificación taxonómica, a menudo las especies, por lo general implica el análisis de una sola o de bajo número de genes que proporcionan la capacidad taxonómica que se requiere para las especies de presas potenciales de que se trate [17], [18], [20]. Más recientemente, los avances en la secuenciación de próxima generación han permitido potentes adiciones a estos enfoques, dando lugar a lo que se denomina como metabarcoding ADN [61]. Si bien el presente estudio no representa un avance tecnológico para tales métodos de genética molecular, la aplicación de análisis de ADN de microsatélites en análisis de la dieta para proporcionar una identificación más allá de una clasificación taxonómica es nueva. En este caso, fue posible no sólo demostrar que la presa fue el salmón del Atlántico, pero que la fuente más probable fue una granja local y no una población de salmón silvestre local. Por último, también fue posible demostrar que la presa lleva a un virus que se ha asociado con una enfermedad que causa una mortalidad significativa de salmón de piscifactoría. Por lo tanto, este estudio representa una extensión de las cuestiones biológicas que pueden ser abordados a través de análisis genético molecular del contenido del estómago. Otros ejemplos de análisis de la dieta van más allá de las identificaciones de especies incluyen el análisis a nivel de familia para demostrar el canibalismo filial en la naturaleza [21], y la mortalidad por depredación del salmón atlántico de piscifactoría de, híbrido y filiación salvaje en un sistema natural del río (Skaala sin publicar). Además, la identificación de las presas a nivel individual se ha llevado a cabo, donde el análisis de microsatélites de la dieta de los tiburones de Groenlandia ( Somniosus microcephalus
), junto con una búsqueda de un registro de ADN de todas las ballenas minke ( Balaenoptera acutorostrata
) capturado bajo la cosecha comercial en Noruega [62] permitió la conexión de la ballena y el tiburón captura en tiempo y espacio para comprender tanto su movimiento y los hábitos de la dieta [22].

Desde hace más de una década, el escape anual reportada de salmón de piscifactorías noruegas ha estado en las decenas o cientos de miles [1]. Es probable que esto sea una subestimación debido al subregistro, y en el período comprendido entre 1998 y 2004, se estima que el número medio anual de escapados fue de 2,4 millones de personas [2], que es mayor que el número anual de salmón salvaje de regresar a la noruega costa para reproducirse en el mismo período. Mientras que sobre todo se ha prestado atención en torno al impacto de los escapados a los que están vivos en lugar de muertos [7], [9], [63], el presente estudio demuestra que los peces de cultivo infectadas por virus pueden ser liberados al medio ambiente por un método u otro. Los análisis en el presente caso ponen de relieve el potencial de identificar y realizar un seguimiento de este tipo de eventos. Dada la magnitud de la fuga de las granjas de peces comerciales, esto representa una de las invasiones provocadas por el hombre más significativos de las poblaciones nativas de una especie que ha sido objeto de cría selectiva. Por lo tanto, esta situación debe ser monitoreado para no sólo ecológica [6] y la genética [7] -. [12] interacciones, sino también interacciones entre enfermedades

Reconocimientos

Tor Arne Helle, y otra

• PLOS ONE: Suero apolipoproteínas C-I y C-III se reducen en pacientes con cáncer de estómago: Los resultados de MALDI-Based Peptidome y Ensayos Clínicos Immuno-base
• Remedios malestar estomacal