PLoS ONE: Molekulinė genetinė analizė skrandžio turinį atskleidžia Laukiniai Atlanto menkė minta Piscine reoviruso (PRV) infekuotų Atlanto lašišų, kilusią iš komercinių žuvų ferma

Anotacija

2012 kovo žvejai, veikiančio Šiaurės Norvegijoje fiordo pranešė gaudyti Atlanto menkė, gimtoji žuvis, sudaranti ekonomiškai svarbus jūrų žvejybą šiame regione, su neįprastu grobio jų skrandžiai. Buvo spėliojama, kad jie gali būti Atlantinė lašiša, kuri nėra būdinga grobis menkių šiuo metų laiku priekrantėje. Todėl šios pastabos buvo pranešta, kad Norvegijos Žuvininkystės direktorato kaip įtariama sąveikos vietos žuvų ūkio ir šio verslinės žvejybos. Statistinės analizės genetinių duomenų nuo 17 mikrosatelitinių žymenų, kurių genotipas ant 36 dalies-nualintos grobį, mėginiai lašišų iš vietinių žuvų ūkyje, ir pavyzdžiai iš artimiausios laukinių gyventojų leista šias išvadas: 1. grobis buvo Atlanto lašiša, 2. Tai lašiša nebuvo kilę iš vietinės laukinės populiacijos, ir 3. vietinio ūkio buvo labiausiai tikėtina šaltinis šių grobį. Papildomi bandymai parodė, kad 21 iš 36 grobio buvo užsikrėtę PISCINE reoviruso. Nors potencialus ryšys tarp piscine reoviruso ir ligų širdies ir griaučių raumenų uždegimas vis dar mokslines diskusijas, ši liga sukėlė mirtingumą daug lašišų tą mėnesį prieš žvejų pastabas ūkyje. Šios analizės suteiks naujų įžvalgų apie sąveiką prijaukintų ir laukinių žuvų

nurodomoji dalis:. Glover K., Sørvik amžiaus, Karlsbakk El Zhang Z Skaala Ø (2013) Molekulinė genetinė analizė skrandžio turinį atskleidžia Laukiniai Atlanto menkė Mityba PISCINE reoviruso (PRV) užkrėstas Atlanto lašišų, kilusią iš komercinių žuvų ferma. PLoS ONE 8 (4): e60924. Doi: 10,1371 /journal.pone.0060924

redaktorius Martin Krkosek, University of Toronto, Kanada

Įstojo: spalio 3, 2012; Priėmė: Kovo 4, 2013 m Paskelbta: Balandžio 19, 2013

Visos teisės saugomos: © 2013 Glover ir kt. Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Šis tyrimas buvo finansuojamas iš Norvegijos Žuvininkystės departamento. Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Vienas iš svarbiausių aplinkosaugos problemų, susijusių su komercine kultūros Atlanto lašišos ( Salmo salar L.) pervežimas jūrų grynojo rašikliai yra kiautas. Per Norvegiją, kur statistika apie kuriuos pranešta escapees skaičius yra įrašytas Norvegijos Žuvininkystės direktorato (NDF), metinės numeriai escapees buvo tūkstančių daugumai metais šimtai laikotarpiu 2000-2011 [1]. Tačiau tikroji metinis skaičius escapees buvo manoma, kad milijonus dėl gauta nepakankamai [2]. Ūkiuose auginami bėgliai gali išsiskirstyti per ilgus atstumus [3], [4], gali įvesti upių [5], ir gali rodyti įvairių ekologinė [6] ir genetiniai sąveikos [7] - [12] su laukinių kitos jų. Taigi, ji yra visuotinai pripažinta, kad išauginta bėgliai gali kelti grėsmę vietinių gyventojų vientisumą.

molekulinės-genetinių metodų laukinės gamtos išsaugojimo ir žvejybos valdymo tikslais, įskaitant teismo atvejais teisėsaugos bei reguliavimo yra taikymas plečiasi [13]. Tipinis laukinės gamtos teismo prašymai svyruoti nuo rūšių identifikavimas ir morfologiškai nierozpoznawalnych audinių ir mėginių, kad gyventojai kilmės identifikacijos asmenims įtariama, kad buvo paimtas iš ten, kur derlius reguliuojamoje arba neteisėta [14] ar net melagingai teigė [15]. Analizė skrandžio ir išmatų kiekio nuo plėšrūnų taip pat buvo plačiai vykdoma, ir su sąlyga, nustatyti grobio daiktų rūšių [16] - [20]., Šeimos [21], ir net atskirų imties lygis [22]

NDF yra atsakingas už plėtrą ir įgyvendinimą akvakultūros reguliavimo Norvegijoje. Nors užaugusių žuvų iš komercinių akvakultūros įrenginius, nėra neteisėta Norvegijoje, ūkininkai teisiškai privalo pranešti ištrūkti iš savo ūkių. Nepaisant to, gauta nepakankamai yra didelis iššūkis, su kuria susiduria NDF. Reaguodama į šią situaciją, genetiniai metodai escapees atgal į jų kilmės ūkį nebuvo nustatyta identifikavimo ir lėmė baudos už Rasta įmonių pažeidžiant taisykles [23], [24].

kovo 2012 vietos žvejai, veikiančio Šiaurės Norvegijoje fiordo pranešė gaudyti Atlanto menkė ( Gadus morhua
L.), kuris yra svarbus verslinės žvejybos šiame regione, su neįprastu plėšriųjų žuvų skrandžiuose. Dauguma šių plėšriųjų, kad buvo maždaug 30-35 cm ilgio, buvo iš dalies arba labai nualinta, ir kaip toks jis buvo sudėtinga identifikuoti visi jie morfologiškai (1 pav.). Nepaisant to, jie neatrodė kaip silkės (, Clupea harengus
L.) arba mažesni šeimos Menkinės rūšys, kurios sudaro svarbią dalį menkių dietos šiame regione [25], [26], ir jis buvo spėliojama, kelios žvejai, kad jie gali būti Atlantinė lašiša. Nors Atlanto menkė buvo žinoma, kad praryja Atlanto lašišų rituolių upon migracija iš gėlo į estuarijos ir jūros aplinkai [27], [28], per kelias savaites patekti į jūrų aplinką pavasario pabaigoje ir vasaros pradžioje, rituolių jau paprastai paliko fiordą plotai ir migruoti į vandenyno maitinimo pagrindais. Kaip, pavyzdžiui, menkės nurijimas laukinių lašišų iš užfiksuotų dydžio ir metų laiku šioje vietoje buvo laikoma neįprasta vietinių žvejų, todėl situacija pranešta NDF kaip įtariama sąveikos vietos lašišų ūkio ir šio verslinės žvejybos. Čia mes pranešti apie grobio analizę, siekiant spręsti šiuos klausimus: 1. Kas rūšys yra šios grobiu 2. Jei jie lašiša, tai galima nustatyti juos kaip laukinių arba auginamų (ty, tai retas gamtos reiškiniai ar tai žmogaus sukelta) ir 3. Jei jie išaugintos Atlanto lašišos, jie kilę iš vietos žemės ūkio?

medžiagos ir metodai

metodologinis požiūris

Šis tyrimas buvo skirtas spręsti tris klausimus pateiktus įvade. Diagnostikos žymekliai identifikavimo smarkiai nualintos Atlanto lašišų ir vaivorykštinių upėtakių (, Oncorhynchus mykiss
) audiniai Neseniai buvo sukurti [29]. Tačiau pirmasis bandymas identifikuoti grobio buvo atliktas su labai polimorfines mikrosatelitinių žymekliai dažniausiai įgyvendinami Atlanto lašišų populiacijų genetikos projektus. Dėl šios motyvai buvo dvejopas. Pirma, siekiant atsakyti į klausimus 2 ir 3 alelio dažnis aprašymą reikėtų kiekvienam grobio, kad atitiktų nuo alelio dažnio profilių ūkiuose auginamų ir laukinių lašišų regione. Antra, iš praeities patirtimi su šiomis mikrosatelitinių žymekliai iš dalies pažeista pavyzdžių, kartu su patikrinimo grobio derinys rodo, kad, jei jie iš tiesų buvo Atlanto lašišos, tai gali būti įmanoma sėkmingai genotipo mėginius šių mikrosatelitai.

mėginiai

Šis tyrimas yra įsikūrusi fiordą yra įsikūrusios Šiaurės Norvegijoje. Dėl teisinių priežasčių, tikslios vietos menkių perimta šioje studijoje, ir vietos žuvų ūkio, iš kurios buvo paimti bandiniai, likti anonimiškas. Prižiūrint NDF, 36 grobio iš viso buvo imami iš menkių skrandžiuose vietinių žvejų (1-3 auka už menkių skrandyje, visa perimta laikotarpiu nuo kovo iki 2012 balandžio COD). Šie menkės buvo perimta kaip komercinio derliaus ir mirę nuo jų skrandžiai yra imami. Taigi, jokių konkrečių leidimai buvo reikalingi mėginių ėmimo menkių skrandžius šiame tyrime. Tiek Šiaurės rytų Arkties COD (NEAC) ir Norvegijos pakrančių COD (VKEKK) yra žinoma, kad yra šio verslinės žvejybos pagrindą šiuo metų laiku šiame regione. Tačiau jokių, nei duomenų mėginiai buvo įrašyta iš šių menkių, ir kaip tokia ji yra neįmanoma išskirti šias bet kokio tipo žuvų.

Visos menkės buvo perimta į vieną iš šešių vietų šalia tik žuvų žemės ūkio regione, kuriame lašišos dalinio sutapimo dydžio grobio, arba iki ne daugiau kaip 20 km toliau fiordo. Be to, į 36 grobio nufotografuotos menkių skrandžiuose, vieno lašišos po jauniklių, perimta monitoringo tinklą, esantis tiesiai prie vienintelio lašišų fermoje šiame regione, buvo atrinktas (tai individualus žuvis toliau kaip "pabėgėlis" ir buvo panašaus dydžio grobį). Iš visų šių mėginių, du audinio mėginiai vienam asmeniui buvo imtasi vėliau genetinę analizę.

Pavyzdžiai lašišos iš vienintelio ūkio šiame fiordo, kuriame buvo žuvų sutapimų dydžio su grobio taip pat buvo surinkti. Šios žuvys mėginius dirbančių NDF asmenys. Jokių specialių leidimų reikėjo paragauti šių žuvų, nors žuvis ūkininkas leido susipažinti su savo ūkyje. Artimiausias alternatyva žemės ūkio auginimo žuvis sutampa dydžio su grobiu buvo įsikūrusi už 100 km (120 km už tolimiausius sugavimo COD) ir nematė kaip galimą šaltinį, todėl nėra imami. Iš vietos žemės ūkio, trijų mėginių, kurių kiekvieną sudaro maždaug 47 žuvų iš viso, buvo paimti iš trijų atskirų narvelių. Tai sudarė tris genetinius grupes žuvų ūkyje, ir yra suderinamas su mėginių ėmimo protokolą, nustatyti genetinį bazinį siekiant identifikuoti escapees atgal į jų kilmės ūkį [23], [24].

pavyzdys laukinių Atlanto lašišų, atvežtos iš artimiausios upės ir šalia ten, kur menkė su grobio jų skrandžiai buvo perimta taip pat buvo įtrauktas į šį tyrimą. Tai laukinė lašiša imtį sudarė 101 suaugusiems sugautas meškerioti į 2007 metų ir 2008 metų laikais upės Kaip šios žuvys buvo perimta, o vėliau žuvo vartojimui sporto žvejų, buvo reikalaujama jokių leidimų atsižvelgiant masto mėginius iš šių negyvų žuvų.

ligos statusas ūkyje

širdies ir skeleto raumenų uždegimas (HSMI) yra infekcinė liga [30] būdingas platus uždegimas ir daugiažidininio nekrozė ląstelėse širdies ir raudonųjų raumenimis [31]. Naujų virusas, Robi reoviruso (PRV) neseniai buvo aptikta žuvis su HSMI. Šis virusas yra susijęs su liga, rodo, padidėjęs virusų kiekį sergančio žuvų, ir yra potencialiai atsakinga už ligos [32], [33]. Tačiau PRV infekcijos yra dažna Norvegijoje išaugintos lašišos, ir taip pat buvo dokumentuojami sveikos žuvys, įskaitant laukinių lašišų [34]. Todėl PRV vaidmuo HMSI lieka diskusijų [34].

Per laikotarpį nuo sausio iki 2012 m (ty, kelias savaites prieš lašišos kaip grobį atradimą laukinių menkių skrandžiuose) , vietinis ūkis pranešė nuostolius maždaug 55000 žuvų (duomenis iš NDF ūkio biomasės registre). Priežastinių liga vėliau buvo diagnozuotas HMSI 2012 vasario Ši diagnozė buvo pagrįsta klinikiniais tyrimais žuvies ūkyje vietinis veterinarijos pareigūnas, o vėliau buvo patvirtinta Norvegijos Veterinarijos instituto naudojant histopatologinio (todėl, buvimą ar nebuvimą PRV šiose sergančio žuvies nežinomas).

dėl papildoma informacija apie ligos statuso ūkyje mėginiai nuo grobio nufotografuotos menkių skrandžiuose, ir bendrosios pabėgėlis, buvo analizuojami už PRV buvimą. Tai buvo dėl to, kad PRV gali būti pateikti į grobį ir pabėgėlis, jeigu jie kilę iš ūkio, kur HMSI sukėlusį mirtingumą. PRV taip pat dalyvauja laukinių lašišų Norvegijos (taip pat žuvies nerodo HMSI), nors ir rečiau, nei išaugintos pabėgo lašišos (13,4% vs 55,2% paplitimą atitinkamai) [34]. Nors šis virusas paprastai identifikuojami širdies ar galvos inkstų mėginiuose, dėl pablogėjusios būklės grobio, tik raumenų mėginiai buvo galima šį testą. Tyrimai buvo atliekami realaus laiko PGR analizės bendrovės PatoGen Analyse AS, akredituota pagal tarptautinį standartą ISO 17025. Mėginiai buvo analizuojami PRV RNR PatoGen pagal savo in-house metodus realaus laiko PGR, naudojant testą ( "PRV -Šv) orientacija L3 geną, sekos anksčiau [32]. Numatomomis sekas ir atvirkštiniai gruntai šio tyrimo yra 5'-TCAACCACCTCCACACAAAAGA-3 "ir 5'-AACGAGTTGTGCGTGTGCC-3" atitinkamai ir zondas VIC-5'-TTGGGATGTCGACGTTCT-3 ". Standartinė kreivė remiantis dešimteriopai skiedinių trimis egzemplioriais turėjo -3.25 (R ^{2 = 0,998) nuolydį, efektyvumą (E = [10 1 /(- nuolydis)] - 1) buvo 1,030. Ribinė C _{, T vertė buvo 37,0. PRV-ST analizė nebuvo akredituoti analizės laiką ir šis darbas yra pirmasis laiką šie žymenys, pagamintas PatoGen AS, buvo paskelbti.}}

molekuliniai genetiniai analizuoja

DNR ekstrakcija buvo atlikta 96 šulinėlių formatu, naudojant atskirai įsigyjamu rinkinį (QIAGEN DNeasy®96 Kraują & Audinių kit). Kiekvienas 96 šulinėlių plokštelė įtraukti du tušti akutes kaip neigiamos kontrolės. Įprastiniai genotipo kontrolę atlieka standartinį vaidmenį genotipo į laboratorijos IMR [35], [36]. Tokiu būdu, kiekvienas individualiai grobio ir pabėgimams buvo išskirti du kartus kontroliuoti genotipa- nuoseklumą. DNR kiekis ir kokybė nebuvo vertinama.

Visi mėginiai buvo taikoma genotipo su 18 mikrosatelitai, kurie yra naudojami už Atlanto lašišų genetinius projektų laboratorija rinkinys. Šių lokusų buvo papildyta trimis multiplexes, naudojant standartinius protokolus šviežių audinių (pilnas genotipo nustatymo sąlygas galima gauti iš autorių pagal pageidavimą); SSsp3016
(GENBANK Nr. AY372820) SSsp2210
SSspG7
SSsp2201
SSsp1605
SSsp2216
[37] Ssa197
Ssa171
Ssa202
[38] SsaD157
SsaD486
, SsaD144
[39] Ssa289
Ssa14
[40] SsaF43
[41] SsaOsl85
[42 ] MHC Aš
[43] ir MHC II
[44]. PGR produktai buvo analizuojami ABI 3730 Genetic Analyser ir dydžio pagal 500LIZ ™ dydžio standartas. Pirminiai duomenys buvo kontroliuojama rankiniu būdu du kartus iki eksporto statistinės analizės. Nėra genotipa- neatitikimų nepastebėta tarp šių pakartotinai tirtų mėginių.

Statistinė analizė

Kai DNR profilis buvo sėkmingai nustatytas individualios grobį, bendros pabėgėlis, vietos ūkio ir laukinių lašišos gyventojų regione, keli statistiniai tyrimai, dažniausiai įgyvendinami populiacijų genetikos tyrimų, buvo atlikta šių duomenų. Tai buvo tam, kad pirmiausia spręsti tris klausimus kelia įvade. Šiems bandymams, bendra pabėgėlis buvo sujungtos su plėšriųjų žuvų pagrįstų bandomojo analizės dokumentais, kad ji būtų genetiškai labai panašūs į plėšriųjų (žr rezultatus). Taigi, šių analizių, grobis pavyzdys taip pat įtraukė vieną pabėgėlis.

Pirma, duomenys buvo suskirstyti į populiacijų genetikos programa (MSA) [45], kuris buvo naudojamas apskaičiuoti iš suvestinių statistinių duomenų spektrą, ir įvesties failai kitoms programoms. Vėliau duomenys buvo analizuojami Genepop v3.3 [46], kad būtų apskaičiuoti genų įvairovę, Hardy Weinberg pusiausvyrą, ir susiejimas disbalansui tarp porų lokusų per pavyzdžius. Žvejams tiksli testas (demorization 10 000; 100 serijų; 5000 iteracijų) buvo įgyvendintos siekiant patikrinti, statistinio reikšmingumo. Programa LDNE [47], kuris naudojamas apskaičiuoti efektyvų populiacijos dydį ( Ne
) už kiekvieną iš pavyzdžių. Ši programa naudoja vieną pavyzdį požiūrį į vertinimo Ne
remiasi LD pastebėjo per mėginio laipsnį.

genetinio identifikavimo grobio atliko dviejų skirtingų, tačiau nemokami metodologinių požiūrių. Pirma, genetinis užduotis naudojant Rannala & kaip įgyvendinamos programos GeneClass2 [49] buvo atliktas kalnų metodas skaičiavimo [48]. Čia iš ūkių ir laukinių žuvų mėginiai buvo naudojamas kaip anksto nustatytų galimų šaltinių grobio (t.y. genetinė pradine). Vėliau tiesioginis genetinis perleidimas buvo atliktas. Šis metodas vietose kiekvieną nežinomas žuvis (pvz, individualus grobis žuvis) į pradinio mėginio, kad ji panaši į labiausiai. Senaties su tiesioginiu pavedimu, kad ji priskiria galimą šaltinio gyventojus į kiekvieną iš nežinomuose mėginiuose, nepriklausomai nuo absoliutaus panašumo laipsnis. Tai gali būti priimtinas "uždarose sistemose", kur visi potencialūs šaltiniai nežinomuose mėginiuose atstovauja, tačiau tais atvejais, kaip antai šioje byloje, kai nėra visų galimų šaltinių yra įtraukti į pradinį, svarbu gauti iš laipsnio įvertinimą panašumas nežinomo bandinio (-ių) ir kiekvieno bazinio mėginyje. Tai pasiekiama atskirties, ir kiekvienas asmuo, palyginti su kiekvieno pradinis mėginys, ir priklausymo tikimybė (arba daugiau teisingai, tikimybė, nepriklausančius) yra skaičiuojamas. Konkrečioje situacijoje čia atmetimas iš visų pradinių bandinių būtų manyti, kad auka yra kilęs iš šaltinio nėra mėginiai.

antrąjį požiūrį nustatydama grobį buvo apskaičiuoti priemaišų (taip pat vadinama Bajeso klasterinės analizės), naudojant programos struktūra 2.2 [50], [51]. Individualus įmaišyti leidžia identifikuoti ir priskyrimą individualios žuvų genetinių grupių (pvz, populiacijų ar genetiniai grupių), be jokių "prieš" dėl gyventojų ar vietos, iš kurios kilę kiekvienas individas pavyzdys. Tai leidžia, pavyzdžiui, nustatyti asmenų, kurie mišrios genetinės kilmės ir identifikavimo asmenų, sumaišyta į mėginių daugiausia kitų genetinių grupių. Programa buvo paleisti naudojant sumaišymo modelį su koreliuotiems alelių dažnio ir prieš tai. Veikia sudarė įdirbio 250 000 MCMC žingsnių, po 250 000 žingsnių. Programa buvo paleisti visi mėginiai Detali įtrauktas, su nustatytais tarp gyventojų skaičiaus, K
= 1-8 su 3 kartus per K
. Iš duomenų tikimybė buvo brėžiamas ir tinkamiausia K
lėmė toje vietoje, kur nuolydis pasiekė plato [50].

Rezultatai

Nepaisant to, kad iš dalies suardomas (1 pav.), mikrosatelitinis DNR analitės buvo sėkmingai gauta iš visų 36 grobio atrinktų iš menkių skrandžiuose, ir bendrosios pabėgėlis nufotografuotos monitoringo tinklą dedamas ne vietos ūkyje. Nors kai kurie žymenys nebuvo įmetė kai DNR išskyrimas, derinant duomenis iš abiejų išskirtų (po kryžminio patikrinimo patvirtinti genotipo nuoseklumas), tik du genotipai buvo dingęs iš 629 galimų genotipų viso už 37 žuvis išanalizuotų 17 MIKROSATELITŲ lokusų (ty > 99% genotipo aprėptis). Tai jei abi įtikinamų įrodymų, kad auka iš tiesų buvo Atlanto lašiša ir leido kitą žingsnį savo identifikavimo naudojant Populiacijos genetiką statistiniu metodu.

Santrauka statistika Kombinuotosios imties grobio (kuris įtrauktas į vieną pabėgėlis nufotografuotą į tinklą), mėginiai iš vietinio ūkio ir nuo upės parodyti keletą tendencijų (1 lentelė). Visi mėginiai ūkyje rodomas mažiau genetinę įvairovę nei ėminį iš upės, kaip matuojama bet viso alelių, ar alelių gausos netenkate su turintys skirtingus numerius asmenims kiekvieną mėginį, atstovaujančių problemas. Mažesnis svyravimas polimorfinių genetinių markerių yra tipiškas ūkio mėginių, palyginti su laukinių mėginių [52], [53], ir yra susijęs su tuo, kad žuvų paimta į vieną narvas dažnai turi tam tikrą skaičių tėvų [54]. Beveik visi mėginiai buvo per HWE, tačiau LD buvo stebimas tiek bandinio ūkio 1C, ir plėšriųjų žuvų mėginys. Ne
buvo labai mažas, atsižvelgiant į grobį mėginio ir dvi mėginių iš ūkių. Priešingai, Ne
buvo daug didesnis laukinių lašišų ir sodybos mėginio 1B mėginyje. Dėl visų šių suvestinių statistinių duomenų, grobis priminė ūkių mėginių labai stipriai, ypač 1C, kadangi jie rodomi labai skirtingus parametrus į laukinių mėginyje.

F _{ST vidutinis matavimas genetinio panašumo grupių mėginių ar gyventojams. Kolektyviai, grobis buvo genetiškai stipriai skiriasi su laukinės lašišos ir nežymiai skiriasi nuo mėginiai ūkio 1A ir 1B (2 lentelė). Šie grobis buvo genetiškai panašūs į ūkių imties 1C. Visi ūkio mėginiai buvo genetiškai skiriasi su laukinių mėginio, remti pastabas iš viršaus pristatė suvestinių statistinių duomenų.}

Savęs priskyrimas modeliavimai, įskaitant mėginius iš ūkyje ir laukinių gyventojų parodė, kad apskritai 70% šiame žuvies komplektas pavyzdžių būtų teisingai priskirtos prie mėginio iš kurio jie gauti. Miss-paskyrimas sukėlė beveik išimtinai ūkiuose auginamų žuvų buvo neteisingai dedamas į alternatyvią žemės ūkio mėginio, kuris atspindi sutapimo genetinę profilį tarp šių narvuose. Nė vienas iš auginamų žuvų buvo neteisingai priskirtas laukinių populiacijos, ir tik 3 101 laukinių lašišų buvo neteisingai skiriamas į darbą bet kultivuojamąjį mėginių (visi buvo skiriamas Farm 1B). Taigi, šios simuliacijos rodo beveik baigtas potencialas nustatyti, ar auka yra labiau tikėtina, kad jie kilę iš šios vietos ūkyje (taigi ir žmogaus sukeltas įvykis) arba vietos laukinių gyventojų (taigi neįprastas gamtos atveju).

Tiesioginis priskyrimas (kuris skiria nežinomo mėginio, kuris yra šiuo atveju buvo 36 grobis ir viena lašišos pabėgėlis perimta neto ne ūkyje, į genetiškai dauguma panašaus pradinis mėginys) pateikti visą grobį ir bendrosios pabėgėlis į žemės ūkio pavyzdžių, bet nė į laukinę gamtą mėginį (2 pav.). Atmetimo testai palaikė tai, parodant, kad grobio ir bendrosios pabėgėlis dauguma gali būti galutinai išbraukti iš laukinės lašišos mėginyje, o tik 1 plėšriųjų mėginyje gali būti pašalinti iš visų auginamų pavyzdžių (ir tuo atveju laukinių mėginio, taip pat ).

identifikavimas grobio ir bendroji pabėgimams taip pat buvo atliekami naudojant sumaišymo analizę programos struktūra (3 pav.). Ši programa neturi atsižvelgti į bet kokius "priors" Už mėginių ir kiekvienas asmuo gali atstovauti genetinių grupių ar grupių mišinį. Iš duomenų tikimybė buvo brėžiamas ir tinkamiausias skaičius klasterių K
, buvo nustatyta, kad 4 (vieta, kur nuolydis pasiekė plato) [50]. Patvirtindamas rezultatai nuo pirmiau pateiktais kitų statistinių testų, įmaišyti analizė parodė, kad ten buvo didelis genetinis skirtumas tarp išaugintos lašišos ir laukinių lašišų šį duomenų rinkinį, ir svarbiausia, kad visi grobį, įskaitant bendrosios lašišų pabėgėlis buvo glaudžiai susijęs su genetiniais grupių atstovaujamų lašišos iš vietinio Norvegijos ūkyje, o ne vietos laukinių gyventojų. Duomenys apie kitų skaičių grupių (ty K
nustatyti tarp 2-8) pateikė identiškus rezultatus (duomenys pateikiami).

Realaus laiko PGR analizė (PRV-ST tyrimas) aptiko PRV viruso RNR 22 iš 37 grobio pavyzdžius. Teigiami mėginiai sudarė 21 grobį elementus iš menkių skrandžiuose ir bendrosios lašišos nufotografuotos monitoringo tinklą dedamas už Norvegijos ūkyje. C _{T reikšmės svyravo nuo 27.8-35.3 (vidurkis 33,0).}

Diskusijos

Molekulinė-genetiniai įrankiai nustatyti akvakultūros objektas ir kai kuriais atvejais netgi konkretus narvas iš kilmės Atlanto lašišos [23], [24], Atlanto menkė [55], [56] ir ūkiuose auginamų vaivorykštinis upėtakis [57] buvo sukurta bėgliai. Tačiau ši studija pristato naują taikymą molekulinės genetinės metodus, siekiant užtikrinti valdymo institucijoms galimybę stebėti komercinį akvakultūros ir jos sąveiką su gamtine aplinka. Be to, šis tyrimas suteikia naujų įžvalgų sąveiką prijaukintų ir laukinių žuvų

Keturi pagrindiniai išvadas galima padaryti iš šių analizių. 1. dalinai suardomas ir morfologiškai sunku nustatyti grobio buvo atskleista, kad Atlanto lašišos, 2. Remiantis kelių nepriklausomų genetinių parametrų, tai lašiša grobį buvo identifikuoti kaip ūkiuose auginamų ir ne iš vietos laukinių gyventojų, o tai įrodo, kad tai būtų žmogaus sukelta, o ne gamtos reiškinius, 3. Nepaisant dalinio virškinimą, dėl grobio dauguma , įskaitant bendrą pabėgėlis, atliekamas aptikti lygius PRV. PRV yra susijęs su liga HSMI [32], [33]. Ši liga sukėlė didelį mirtingumą lašišos vietiniame ūkyje nedelsiant laiko tarpą prieš grobis buvo nufotografuotos laukinių menkių, 4. Genetinė profilis lašišų grobio, ir bendrosios pabėgėlis, stipriai atitiko genetinę profilį vietinėje ūkinių žuvų. Nors genetiniai panašumas yra ne vienareikšmis kilmės įrodymas [23], atsižvelgiant į artimiausią alternatyvų ūkyje, kad šie asmenys gali turėti teoriškai kilęs iš buvo įsikūrusi daugiau nei 100 km atstumu kitoje fiordo, šios analizės jei NDF pakankamai "netiesioginiais įrodymais" siekiama inicijuoti pasikeitimą tyrimas bendrovės, kuriai priklauso šis komercinį akvakultūros objektas dėl galimo netinkamo valdymo pagrindu.

lašišų ūkio studijų srityje buvo diagnozuota HSMI vos kelioms savaitėms iki išaugintos lašišos išvaizdą į vietos skrandyje menkė. Todėl auka atsiėmė iš menkių skrandžiuose buvo išnagrinėti už PRV akivaizdoje, nors virusas lygis gali mažėti po protrūkio [58]. Nepaisant dalinio virškinant grobis, ir tai, kad tik raumenų mėginiai buvo gauti, PRV virusas buvo vis dar aptikti. Nepaisant to, remiantis analizės čia atliktų, tai nėra įmanoma vienareikšmiškai spręsti, kaip PRV užsikrėtę išauginta lašiša įrašyta natūralią aplinką. Jie gali būti serganti negyvas žuvis, pervestų į jūrą (kuri atstovauja nelegalią praktiką Norvegija) ir po to nuryti menkių iš jūros dugno arba jos buvo bėgliai ankstesni remiasi menkių. Atsižvelgiant į tai, kad ūkis patyrė didelį mirtingumą žuvų (55000) per HMSI laikotarpiu iš karto prieš lašiša buvo sugauta menkių skrandžiuose, rodo, kad buvęs paaiškinimas yra labiausiai tikėtina.

Nepriklausomos kaip žuvis įžengė į natūralią aplinką, šis tyrimas rodo, trofinė perdavimas kaip sąveika tarp lašišų augintojų ir laukinių populiacijų mechanizmą. Nors Atlanto menkė buvo dokumentuota, kad ankstesnė nuo laukinių Atlanto lašišų rituolių migruojančių iš gėlo į jūrą [27], [28], Atlanto lašišos paprastai nėra ankstesni nuo tuo metų laiku, kurioje buvo atliktas dabartinis tyrimas [25 menkių ], [26]. Be to, mūsų žiniomis, šis tyrimas yra pirmasis dokumentaciją Atlanto menkių nurijimas Atlanto lašiša iš žuvų ūkyje. Tokiu būdu, ji yra įmanoma, kad COD čia ištirti, ir jos dalį sudarantis į tyrimą zonos gyventojų šiuo metų laiku, buvo veikiami PRV. Iš PRV viruso gebėjimas būti perduodami naujų šeimininkų nurijus užkrėstų grobio šiuo metu nežinoma, kaip ir Atlanto menkių jautrumas viruso. Tačiau PRV nebuvo aptikta 78 menkių nei 850 kitų gadoids, kad neseniai buvo atrinkti Norvegijoje ir tikrinami dėl šio viruso [59]. Nuo PRV infekcijos yra dažna laukinių ir ūkiuose auginamų lašišų Norvegijoje, taip pat pasitaiko laukinių šlakių ( Salmo trutta
L.), [34], tai tikėtina, kad bendra PRV tipas yra būdingas lašišinių ir kad menkės nėra jautrūs.

analizė gyvūnų skrandžio turinio ar išmatomis, naudojant molekulinius genetinius metodus buvo plačiai taikomas kaip taksonų ir biologinių klausimų [19] intervale [60]. iš pradžių buvo atliekami šie metodai nustatyti grobį elementus į taksonominę klasifikaciją, dažnai rūšys, paprastai dalyvauja apie vieną ar nedaug genų teikiančių reikiamą taksonominė galimybes potencialiems grobio rūšių aptariamų [17] analizė, [18], [20]. Visai neseniai, pasiekimai naujos kartos sekvenavimo jau leidžiamas galingas papildymus šių metodų, todėl tai, kas yra vadinama kaip DNR metabarcoding [61]. Nors ši studija nekelia technologinę pažangą tokių molekulinių genetinių metodų, iš mikrosatelitiniai DNR analizės taikymas dietos analizę pateikti asmens tapatybę po taksonominė klasifikacija yra romanas. Čia buvo galima ne tik įrodyti, kad auka buvo Atlanto lašišos, bet labiausiai tikėtina šaltinis buvo vietinis ūkis, o ne vietinė laukinės lašišos populiacija. Galiausiai, ji taip pat buvo suteikta galimybė parodyti, kad auka atliekama virusas, kuris buvo susijęs su liga, kuri sukelia didelį mirtingumą išaugintos lašišos. Todėl šis tyrimas atspindi iš biologinių klausimus, kurie gali būti sprendžiami per molekulinės genetinės analizės skrandžio turinio pratęsimo. Kiti pavyzdžiai dietos analizės peržengianti rūšių identifikavimas apima analizę į šeimos lygmeniu parodyti sūnaus kanibalizmas gamtoje [21] ir išnaikina mirtingumą Atlanto lašišos išaugintos, hibridinių ir laukinių tėvystės natūraliu upės sistema (Skaala nepublikuotą). Be to, buvo atliktas identifikavimas grobio daiktų individualiu lygiu, kur Mikrosatelitinis analizė dietos iš Grenlandijos ryklių ( Somniosus microcephalus
), kartu su DNR registre Ieškoti visų mažųjų banginių ( Balaenoptera acutorostrata
) perimta pagal komercinio derliaus Norvegijoje [62] leista prijungti banginis ir ryklys fiksuoja tiek laiko ir erdvės suprasti tiek jų judėjimą ir dietos įpročius [22].

Jau daugiau nei dešimtmetį metinis pranešė ištrūkti lašišos iš Norvegijos žuvų ūkių buvo dešimtis ar šimtus tūkstančių [1]. Tai gali būti nepakankamai įvertintas, nes gauta nepakankamai, o nuo 1998 iki 2004 m laikotarpiu, manoma, kad vidutinis metinis skaičius escapees buvo 2,4 mln [2], kuris yra didesnis nei metinio skaičiaus laukinės lašišos grįžta į Norvegijos pakrantės atgaminti tuo pačiu laikotarpiu. Nors dėmesys aplinkinių escapees poveikis pirmiausia buvo skiriamas tiems, gyvas, o ne miręs [7], [9], [63], dabartinis tyrimas rodo, kad viruso užkrėstas ūkiuose auginamų žuvų, gali būti išleidžiami į aplinką, vieno metodo ar kitą. Nagrinėjamu atveju analizes pabrėžti galimybę identifikuoti ir sekti tokius renginius. Atsižvelgiant į tai, užaugusių dydį iš komercinių žuvų ūkių, tai yra vienas iš svarbiausių žmogaus sukeltas invazijų vietinių populiacijos rūšių gyvūnams, kurie buvo taikomi selektyviai veisimui. Todėl reikia stebėti ne tik ekologinė [6] ir genetinės [7] Ši situacija - [12]. Sąveika, bet ir ligos sąveikos

Padėka

Tor Arne Helle ir kita darbininkai Norvegijos Žuvininkystės direktorato yra dėkinga pripažino pagalbos koordinuojant mėginius, paimtus iš žvejų ir rinkti į pagrindinę informaciją.

• PLoS ONE: Serumas apolipoproteinais PI ir C III sumažėja skrandžio vėžiu sergantiems pacientams: rezultatai nuo MALDI-Based Peptidome ir imuninės sistemos Pagal Klinikinė Assays
• Skrandžio veiklos sutrikimas Remedies