PLoS One: molekuláris genetikai vizsgálat a gyomortartalom feltárja Wild Tőkehal Etetés Piscine Reovírus (PRV) fertőzött atlanti lazac egy kereskedelmi Fish Farm

absztrakt katalógusa

2012 márciusában halászok működő fjord északi Norvégia számolt fogása atlanti tőkehal, a natív hal képező gazdaságilag fontos tengeri halászat ebben a régióban, a szokatlan zsákmány a gyomrukban. Azt feltételezték, hogy ezek lehetnek az atlanti lazac, ami nem jellemző csemege tőkehal ebben az időben az év a partvidéken. Ezeket az észrevételeket ezért jelentette a norvég Halászati ​​Igazgatóság a gyanúsított közötti kölcsönhatást a helyi halgazdaság és ez kereskedelmi halászat. A statisztikai elemzések a genetikai adatok a 17 mikroszatellit marker genotípus-on 36 részlegesen degradált ragadozó mintákat lazac a helyi halgazdaság, és mintákat a legközelebbi vadon élő populáció megengedett az alábbi következtetéseket: 1. A ragadozó lazac, 2. Ezek a lazac nem származhatnak a helyi vadon élő populáció, és 3. a helyi gazdaság volt a legvalószínűbb forrása ezeknek ragadozó. További vizsgálatok kimutatták, hogy 21 a 36 ragadozó fertőzött piscine reovírus. Míg közötti lehetséges összefüggést piscine reovírus, és a betegség a szív- és vázizom gyulladás még tudományos vita, ez a betegség okozta halálozás nagy számban lazac a gazdaságban a megelőző hónapban a halászok észrevételeit. Ezek az elemzések, hogy új betekintést közötti kölcsönhatásokat háziasított és vadon élő halak. Katalógusa

Citation: Glover KA, Sørvik AGE, Karlsbakk E, Zhang Z, Skaala Ø (2013) molekuláris genetikai vizsgálat a gyomortartalom feltárja Wild Tőkehal Etetés Piscine reovírus (PRV) fertőzött atlanti lazac egy kereskedelmi Fish Farm. PLoS ONE 8 (4): e60924. doi: 10,1371 /journal.pone.0060924 katalógusa

Vágó: Martin Krkosek, University of Toronto, Kanada katalógusa

Beérkezett: október 3, 2012; Elfogadva: március 4, 2013; Megjelent: április 19, 2013 katalógusa

Copyright: © 2013 Glover és mtsai. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: Ez a tanulmány finanszírozta a norvég halászati ​​Minisztérium. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

az egyik legjelentősebb környezeti kihívások kapcsolódó kereskedelmi kultúra atlanti lazac ( lazacok katalógusa L.) a tengeri hálórekeszekben az elszigetelés. Belül Norvégiában, ahol a statisztikák a bejelentett száma elszökött által rögzített Norvég Halászati ​​Igazgatóság (NDF), az éves számok a szökevények már a több százezer a legtöbb évben az időszak 2000-2011 [1]. Azonban az igazi száma évente elszökött már becslések szerint a több millió miatt aluljelentésnek [2]. Tenyésztett szökevények is eloszlassa a nagy távolságra [3], [4], beléphet folyók [5], és képes megjeleníteni egy sor ökológiai [6], valamint a genetikai kölcsönhatások [7] - [12] vad fajtársak. Így általánosan elfogadott, hogy a tenyésztett szökevények jelentenek potenciális veszélyt integritását őshonos populációkra. Katalógusa

Az alkalmazás a molekuláris genetikai módszerek élővilág megőrzése és halászati ​​gazdálkodás céljából, beleértve a törvényszéki esetekben a bűnüldöző és a szabályozás, bővülő [13]. Tipikus élővilág törvényszéki alkalmazások köre fajok azonosítókat morfológiailag azonosíthatatlan szövetek és minták, a népesség származási azonosítások az egyének gyaníthatóan vett helyeken, ahol a betakarítás szabályozott vagy illegális [14], vagy akár hamisan állította [15]. Elemzése gyomor és a bélsár tartalmat a ragadozók is részletesen végeztek, és feltéve azonosítása prédaállatok a fajok [16] - [20], család [21], és még az egyéni minta szintjén [22]. Katalógusa

az NDF felelősek a kidolgozása és végrehajtása az akvakultúra szabályozása Norvégiában. Míg menekülését halak kereskedelmi akvakultúra berendezések nem illegális Norvégiában, a mezőgazdasági termelők jogilag kötelesek jelenteni menekülését a gazdaságából. Ennek ellenére, eltitkolás nagy kihívást jelent, amellyel a NDF. Válaszul erre a helyzetre, a genetikai módszerek azonosításához szökevény vissza a származási gazdaságuk hoztak létre, és ennek eredményeként bírságot található vállalatok sértő rendeletek [23], [24]. Katalógusa

2012 márciusában helyi halászok működő fjord Norvégia északi jelentett fogása atlanti tőkehal ( Gadus morhua katalógusa L.), amely egyik fontos kereskedelmi halászat ebben a régióban, szokatlan ragadozó halak a gyomrukban. A legtöbb ilyen ragadozó volt körülbelül 30-35 cm hosszú, részlegesen vagy erősen leromlott, és mint ilyen, nem volt nehéz azonosítani mindet morfológiailag (1.). Mindazonáltal, nem néz ki, mint a hering ( Clupea harengus katalógusa L.) vagy kisebb gadoid tőkehalból fajok fontos részét képezik a tőkehal étrend ebben a régióban [25], [26], és azt gondolták, több halászok, hogy ezek lehetnek lazac. Míg az atlanti tőkehal már ismert, hogy lenyelik atlanti lazac évnél idősebb lazacok után elvándorlás édesvízi be torkolati és a tengeri környezet [27], [28], néhány héten belül a belépő a tengeri környezet, a késő tavasszal és kora nyáron, egy évnél idősebb lazacok jellemzően balra fjord területek és felé vándorolnak óceáni etető. Mint ilyen, tőkehal elfogyasztásának vad lazac a megfigyelt mérettel és évszaktól ezen a helyen tartották szokatlan a helyi halászok, és a helyzet így számolt be az NDF a gyanúsított közötti kölcsönhatást a helyi lazac farm, és ez a kereskedelmi halászat. Itt beszámolunk az elemzés a zsákmány érdekében a következő kérdésekre: 1. Milyen fajok ezek ragadozó, 2. Ha a lazac, ez lehet azonosítani őket, mint a vad vagy tenyésztett (azaz ez egy ritka természeti jelenségek, vagy ez egy ember által előidézett), valamint 3. Ha ők tenyésztett atlanti, nem származnak a helyi gazdaság? katalógusa

anyagok és módszerek katalógusa

Módszertani megközelítés katalógusa

a jelen tanulmány célja az volt, hogy foglalkozzon a három kérdés bemutatott bevezetése. Diagnosztikai markerek azonosításához a súlyosan degradálódott atlanti lazacot és szivárványos pisztrángot ( szivárványos pisztráng katalógusa) szöveteket nemrégiben kifejlesztett [29]. Azonban az első kísérlet azonosítása ragadozó végezzük rendkívül polimorf mikroszatellit markerek általánosan megvalósított lazac populációgenetika projektek. Az érvelés az volt, kétszeres. Először is, annak érdekében, hogy válaszoljon a kérdésekre a 2. és 3. allél-frekvencia profilt lenne szükség minden egyes ragadozó érdekében, hogy megfeleljen ellen allélgyakoriságát profilok tenyésztett és vadon élő lazacot a régióban. Másodszor, a kettő kombinációja a múltbeli tapasztalatok ezekkel mikroszatellit markerek részlegesen leromlott mintákat együtt ellenőrzést a zsákmány azt javasolta, hogy ha valóban az atlanti lazac, akkor lehet, hogy sikeresen genotípus minták ezekkel mikroszatellitekkel. Katalógusa

a mintákat

Ez a tanulmány alapját egy fjord található Észak-Norvégiában. Jogi okokból a pontos helyét a tőkehal készített ezen tanulmány, valamint a helyi halgazdaság, amelyből mintát vettek, nem derülhet ki. Felügyelete alatt az NDF, összesen 36 ragadozó mintát vettünk tőkehal gyomrot a helyi halászok (1-3 ragadozó per tőkehal gyomor, minden cod készített időszakban március-április 2012). E tőkehal elfogták részeként kereskedelmi aratás és halott után a gyomrukat, hogy a mintába. Így nincs külön engedélyre volt szükség a mintavétel a tőkehal gyomor ebben a vizsgálatban. Mindkét Északkelet Arctic tőkehal (NEAC) és norvég parti tőkehal (NCC) ismert, hogy az alapot e kereskedelmi halászat ebben az időben az év ebben a régióban. Azonban nem mintát sem rögzítettek adatokat ezekből tőkehal és mint ilyen, nem lehet kizárni ezeket a halakat vagy a másik fajta. Katalógusa

Minden tőkehal elfogták az egyik hat helyen a közvetlen közelben az egyetlen hal gazdaság a régióban, amely a lazac átfedés méretű a zsákmányt, vagy legfeljebb 20 km-re, a fjord. Amellett, hogy a 36 ragadozó készített tőkehal gyomor, egy lazac utáni kétéves lazac, elfoglalták a monitoring nettó található, közvetlenül mellette az egyetlen lazac farm ebben a régióban, mintát vettünk (ez egyes hal a továbbiakban: "a szökevény", és mérete hasonló a ragadozó). Az összes ilyen mintát, két szövetminta fejenként vettünk későbbi genetikai elemzés. Katalógusa

A mintákat a lazacok az egyetlen gazdaság ebben fjord tartalmazó halat átfedés méretet a zsákmány is gyűjtöttünk. Ezek a halak vizsgáltak meg foglalkoztatottak a NDF. Nincs konkrét engedélyre volt szükség, hogy kóstolja meg ezeket a halakat, de a hal farmer hozzáférést biztosított a gazdaság. A legközelebbi alternatív farm nevelés hal átfedés méretű préda volt található több mint 100 km-re (120 km-re található a legtávolabbi rögzíti a tőkehal), és nem tekintik valószínű forrása, és ezért nem a mintába. A helyi mezőgazdasági, összesen három minta, amelyek mindegyike körülbelül 47 hal, vettünk három külön ketrecekben. Ez jelentette a három genetikai csoportok hal a gazdaságban, és összhangban van a mintavételi protokoll létrehozásáról genetikai kiindulási azonosításához szökött vissza a származási gazdaságuk [23], [24]. Katalógusa

A minta a vadon élő lazac, származó legközelebbi folyó és a közvetlen közelében, ahol a tőkehalat ragadozó gyomrukat foglyul is szerepel ebben a vizsgálatban. Ez a vad lazac minta 101 felnőtt elfogott horgászat a folyó a szezonban a 2007-es és 2008-as Mivel ezek a halak elfogták és meggyilkolták fogyasztásra sporthorgászok, nincs engedélye figyelembe termék minták e döglött hal volt szükség.

a betegség állapotát a gazdaságban katalógusa

szív és vázizomzat gyulladása (HSMI) egy fertőző betegség [30] jellemzi kiterjedt gyulladás és multifokális elhalása a szívizomsejtek a szív és a vörös izomzat [31]. Egy új vírus, piscine reovírusból (PRV) a közelmúltban kiderült, a halakban HSMI. Ez a vírus a betegséghez kapcsolódó, azt mutatja megemelt vírusterhelés a beteg hal, és potenciálisan a betegségért felelős [32], [33]. Azonban PRV fertőzések gyakoriak a tenyésztett lazac Norvégiában, és szintén leírták egészséges hal, beleértve a vadon élő lazac [34]. Ezért a szerepe PRV HMSI alatt marad vita [34]. Katalógusa

A január és február 2012 (azaz néhány héttel azelőtt, hogy a felfedezés a lazac, mint ragadozó a gyomor vad tőkehal) a helyi mezőgazdasági jelentett károk körülbelül 55000 hal (adatok NDF mezőgazdasági biomassza-nyilvántartás). Az okozó betegség később diagnosztizálták HMSI 2012. február Ezt a diagnózist alapján a klinikai vizsgálatok a halak gazdaságból egy helyi állatorvosi tiszt, és ezt követően megerősítette a norvég Állategészségügyi Intézet segítségével kórszövettani (tehát a jelenléte vagy hiánya PRV ezekben beteg hal ismeretlen). katalógusa

Mivel a háttér-információkat a betegség állapota a gazdaságban, akkor a mintákat a zsákmányt készített tőkehal gyomrot, és az egyetlen szökevény, elemezték jelenlétére PRV. Ez volt az alapja, hogy a PRV jelen lehetnek a zsákmányt, és a szökevény, ha származott farmon, ahol HMSI okozott halálozás. PRV is jelen van a vad norvég lazac (még a halak nem jeleníti HMSI), bár alacsonyabb frekvencián működik, mint a tenyésztett lazac megszökött (13,4% vs. 55,2% -os előfordulás -kal) [34]. Míg ez a vírus általában azonosított szív vagy a fej-vese mintákat, mivel a leromlott állapotban a ragadozó, csak izom mintákat rendelkezésre ehhez a vizsgálathoz. Az analízist végeztek egy Real Time PCR analízis cég, patogén Analyse AS, akkreditált nemzetközi szabványnak megfelelő ISO 17025 A mintákat PRV RNS patogén szerint a házon belüli módszereket Real Time PCR segítségével assay (PRV ST) megcélzó L3 gén szekvenálása korábban [32]. A szekvenciákat a forward és reverz primerek ebben a vizsgálatban az 5'-TCAACCACCTCCACACAAAAGA-3 'és 5'-AACGAGTTGTGCGTGTGCC-3' illetve, és a szonda VIC-5'-TTGGGATGTCGACGTTCT-3 '. A standard görbe alapján tízszeres hígítások három párhuzamosban volt meredeksége -3,25 (R ^{2 = 0,998), valamint a hatékonyság (E = [10 1 /(- meredekség)] - 1) volt 1.030. A cut-off C _{T értéke 37,0. A PRV-ST analízis nem akkreditált idején elemzés és ez a munka az első alkalom, ezen markerek által termelt patogén AS, tettek közzé. Katalógusa}}

A molekuláris genetikai vizsgálatok katalógusa

DNS extrakció végzett 96 lyukú formátumban egy kereskedelemben kapható készlet (Qiagen DNeasy®96 Blood & Tissue Kit). Mindegyik 96 lyukas lemez között két vakpróba lyukak negatív kontrollként. Szokásos genotípus-szabályozás játszik szabvány szerepet genotipizálási a laboratóriumban IMR [35], [36]. Így minden egyes ragadozó és a szökött izoláltunk kétszer, hogy ellenőrizzék genotipizálás összhang. DNS mennyisége és minősége nem volt mérhető. Katalógusa

Minden minta alá genotípus-egy sor 18 mikroszatellit amelyek a laboratóriumban használt atlanti lazac genetika projektek. Ezek loci amplifikáltunk három multiplex, szabványos protokollok friss szövetek (teljes genotipizáláshoz feltételek ről szerzők kérésre); SSsp3016 katalógusa (génbank nincs. AY372820), SSsp2210 katalógusa, SSspG7 katalógusa, SSsp2201 katalógusa, SSsp1605 katalógusa, SSsp2216 katalógusa [37], Ssa197 katalógusa, Ssa171 katalógusa, Ssa202 katalógusa [38], SsaD157 katalógusa, SsaD486 katalógusa, SsaD144 katalógusa [39], Ssa289 katalógusa, Ssa14 katalógusa [40], SsaF43 katalógusa [41], SsaOsl85 katalógusa [42 ], MHC I
[43] és a MHC II katalógusa [44]. A PCR-termékeket elemeztük egy ABI 3730 Genetic Analyser és méretezve 500LIZ ™ méretű szabványos. A nyers adatokat kézi vezérlésű előtt kétszer kiviteli statisztikai elemzés céljából. Nem genotipizálással következetlenségek észleltek ezek közül újra vizsgált minták. Katalógusa

A statisztikai elemzés katalógusa

Ha a DNS-profil sikeresen alakult az egyes ragadozó, az egységes szökött, a helyi gazdaság és a vadon élő lazac egy a régió lakossága, számos statisztikai tesztek, gyakran végrehajtott populációgenetika vizsgálatok folytak ezek az adatok. Ez volt annak érdekében, hogy az elsősorban a három feltett kérdésekre a bevezetőben. Ezekhez a vizsgálatokhoz, az egyetlen szökevény egyesítjük az ragadozó hal alapuló kísérleti elemzés dokumentálja, hogy genetikailag nagyon hasonlóak a ragadozó (lásd eredmények). Így ezek az elemzések, a zsákmány mintában is szerepelt az egységes szökött. Katalógusa

Először is, az adatokat rendezett egy populációgenetika programot (MSA) [45], amelyet kiszámításához használt számos összefoglaló statisztikákat, és a bemeneti fájlok más programok számára. Ezt követően az adatokat elemeztük Genepop V3.3 [46], hogy kiszámolja gén diverzitás, Hardy Weinberg, és kapcsolódási egyenlőtlenség párok között loci belül minták. A halászokat egzakt teszt (demorization 10 000 100 tételek, 5000 iteráció) hajtották végre, hogy teszteljék a statisztikai szignifikancia. A program LDNE [47] mint kiszámítani az effektív populáció mérete ( NE
) az egyes mintákban. Ez a program egy minta megközelítés becslésére Ne összehasonlítás alapján fokától LD belül megfigyelt mintát. Katalógusa

A genetikai azonosítása ragadozó végezte két különböző, de ingyenes módszertani megközelítések. Először is, a genetikai hozzárendelés a Rannala & Mountain számítási módszert [48] keretében végrehajtott program GeneClass2 [49] került sor. Itt a mintát a gazdaságok és a vad halak alkalmaztunk az előre meghatározott potenciális forrásainak a ragadozó (azaz a genetikai alapvonal). Ezután direkt genetikai hozzárendelés került sor. Ez a módszer nagy mindegyik ismeretlen hal (azaz az egyes ragadozó halak) a kezdeti minta, hogy ez hasonlít leginkább. Korlátokat közvetlen hozzárendelés, hogy hozzárendel egy lehetséges forrása populáció minden egyes ismeretlen minták függetlenül az abszolút hasonlóság mértéke. Ez elfogadható lehet "zárt rendszer", ahol az összes lehetséges forrásból az ismeretlen minták képviselik, azonban olyan esetekben, mint a jelen, ahol nem az összes lehetséges forrásból szerepelnek a kiindulási, fontos, hogy kap egy becslést, hogy milyen mértékű közötti hasonlóság ismeretlen minta (ek), és minden kezdeti minta. Ez úgy érhető el kizárás, és minden egyes összehasonlítjuk az egyes kiindulási minta, és egy valószínűségi tartozás (vagy pontosabban, valószínűsége nem tartozó) kerül kiszámításra. A konkrét helyzet itt, elutasítás az összes kiindulási minták arra utalnak, hogy a zsákmány származó forrásból nem vettek mintát. Katalógusa

A másik megközelítés azonosítására préda volt, hogy kiszámolja keverékben (más néven Bayes klaszteranalízis) segítségével a program felépítése 2.2 [50], [51]. Egyedi keveredés teszi azonosítását és hozzárendelését az egyes halak genetikai klaszterek (azaz populációk genetikai vagy csoportok) nélkül "előzetes" kapcsolatban a lakosság vagy a hely, ahonnan az egyedi mintákat származott. Ez lehetővé teszi, például egyének azonosítására, amelyek kevert genetikai eredetű, és egyének azonosítására, amikor kevert minták túlnyomórészt egyéb genetikai csoportok között. A programot futtatunk adalékszer modell korrelált allél frekvenciák és nincs előzetes. Fut állt egy burn-in 250 000 MCMC lépéseket, majd 250 000 lépésre. A program fut az összes minta részletezett benne, a számos populációk között állítható k katalógusa = 8/1 3 fut egy k katalógusa. Annak a valószínűsége, az adatok függvényében, és a legmegfelelőbb k katalógusa határozzuk meg azt a pontot, ahol a meredekség tetőzött [50]. Katalógusa

Eredmények katalógusa

Annak ellenére, hogy részben emésztett (1.), mikroszatellit DNS-profilokat sikeresen nyert mind a 36 préda mintavétele a tőkehal gyomrot, és az egyetlen szökevény készített monitoring nettó kikerülnek a helyi gazdaságban. Míg egyes markerek nem szereznek annak a DNS-izolálás, ha kombinálja adatokat mindkét izolátum (miután összevetése érvényesíteni genotípus-konzisztencia), csak két genotípus hiányoztak összesen 629 lehetséges genotípusok a 37 hal elemeztek 17 mikroszatellit lókuszok (azaz > 99% genotipizálás lefedettség). Ez adta mind meggyőző bizonyíték arra, hogy a zsákmány valóban atlanti lazac, és lehetővé tette a következő lépés az azonosítást használ populációgenetika statisztikai megközelítés. Katalógusa

összefoglaló statisztikák az egyesített minta a ragadozó (amely tartalmazza az egyetlen szökevény elfogott nettó), akkor a mintákat a helyi gazdaság és a folyó bizonyítani több trendek (1. táblázat). Minden mintát a gazdaságban megjelenő kisebb genetikai sokféleség, mint a mintát a folyó, mért vagy az összes allélszám vagy allél gazdagság amely kikerüli a problémák, különböző számú egyének képviselő minden mintánál. Alsó variáció a polimorf genetikai markerek jellemző mezőgazdasági minták összehasonlítása vad mintákat [52], [53], és kapcsolódik az a tény, hogy a hal a mintában egyetlen ketrec gyakran korlátozott számú szülő [54]. Szinte az összes mintákat a HWE azonban LD figyeltek meg mind a mintában Farm 1C, és a mintát a ragadozó halak. Ne katalógusa nagyon alacsony volt a mintában, a ragadozó és két mintát gazdaságok. Ezzel szemben, a Ne katalógusa jóval magasabb volt a mintában a vadon élő lazac és mezőgazdasági minta 1B. Mindezen összefoglaló statisztikákat, a zsákmány hasonlított a mezőgazdasági minták nagyon erősen, különösen 1C, mivel ezek jelennek nagyon különböző paramétereket a vad minta. Katalógusa

F _{ST egy átlagos mérési genetikai hasonlóság a két csoport között a minták vagy a lakosság. Taken együttesen a zsákmány genetikailag erősen eltér a vad lazac, és kismértékben különbözik, hogy a minták farm 1A és 1B (2. táblázat). Ezek ragadozó genetikailag hasonló mezőgazdasági minta 1C. Minden mezőgazdasági mintákat genetikailag eltérő a vad minta támogató megfigyelések az összesítő statisztikákat fent bemutatott. Katalógusa}

Self-hozzárendelés szimulációk, beleértve mintát a gazdaságban, és a vadon élő populáció bizonyította, hogy az általános, 70% -a hal ebben mintasorozat lenne helyesen hozzárendelni a minta, amelyből származnak. Miss hozzárendelés okozta szinte kizárólag tenyésztett hal helytelenül helyezik alternatív farm minta, amely tükrözi az átfedő genetikai profil között ketrecekben. Egyik tenyésztett halak tévesen rendelt a vadon élő populáció, és csak 3 101 vadon élő lazac tévesen rendelt bármely tenyésztett minták (összes osztottak Farm 1B). Így ezek a szimulációk bizonyítják szinte teljes potenciálját annak megállapítására, hogy a zsákmány nagyobb valószínűséggel származott ez a helyi gazdaság (és így az emberek által kiváltott esemény), vagy a helyi vadon élő populáció (és ezért szokatlan természeti esemény). Katalógusa

a közvetlen hozzárendelés (amely helyeken az ismeretlen minta, ami ebben az esetben is a 36 préda és az egy lazac szökött készített nettó kívül a gazdaság, a genetikailag leginkább hasonló a kezdeti minta) elhelyezett összes ragadozó és az egységes szökevény a mezőgazdasági minták, és egyik sem a vad minta (ábra. 2). Kizárás tesztek támogatta ezt, azt mutatja, hogy a többség a ragadozó és az egységes szökevény lehet meggyőzően zárni a mintából a vadon élő lazac, míg csupán 1 ragadozó mintát lehetett zárni az összes tenyésztett minta (és ebben az esetben a vadon élő minta is ).

azonosítása a zsákmány és az egységes szökevény is végzik keveredés elemzést a program szerkezetét (3.). Ez a program nem veszi figyelembe semmilyen "priusza" a minták és az egyes képviselhet keveréke genetikai csoportok vagy csoportosulások. Annak a valószínűsége, az adatok függvényében ábrázoltuk, és a leginkább megfelelő klaszterek számát A K
, meghatároztuk, hogy a 4. (az a pont, ahol a meredekség elért egy platót) [50]. Megerősítve eredményeket más statisztikai vizsgálatok A fent bemutatott, összekeverve elemzés megmutatta, hogy a nagy genetikai különbséget a tenyésztett lazac és a vadon élő lazac az adathalmazból és még fontosabb, hogy az összes zsákmányt, beleértve az egységes lazac szökött, szorosan összefüggő genetikai klaszterek képviselt lazacot a helyi norvég gazdaság, és nem a helyi vadon élő populáció. Az adatok más számú klaszter (azaz k katalógusa meghatározott 2-8) azonos eredményt adott (az adatok nincsenek feltüntetve). Katalógusa

Real-time PCR-analízis (PRV-ST teszt) kimutatható PRV vírus RNS 22 37 zsákmány mintákban. A pozitív minták képviselik 21 prédaállatok tőkehalból gyomor és az egységes lazac készített monitoring nettó kikerülnek a norvég gazdaság. C _{T értékek között mozgott 27,8-35,3 (átlag 33,0). Katalógusa}

Vita katalógusa

Molekuláris genetikai eszközök azonosítása az akvakultúra-létesítmény és bizonyos esetekben még a különleges ketrecben származási Atlantic lazac [23], [24], az atlanti tőkehal [55], [56], valamint a tenyésztett szivárványos pisztráng [57] szökevények fejlesztettek ki. Azonban a jelen tanulmány jelent egy új alkalmazás a molekuláris genetikai módszerek annak érdekében, hogy az irányító hatóságok számára arra, hogy figyelemmel kíséri a kereskedelmi akvakultúra és kölcsönhatása a természeti környezetet. Ezen túlmenően, ez a tanulmány új betekintést közötti kölcsönhatásokat háziasított és vadon élő halak. Katalógusa

Négy fő következtetések vonhatók le ezeket az elemzéseket: 1. A részlegesen emésztett és morfológiailag nehezen azonosíthatók ragadozó kiderült, hogy az atlanti lazac, 2. alapozva több, egymástól független genetikai paraméterek, ezek lazac zsákmány azonosítottak tenyésztett, és nem a helyi vadon élő populáció, így bizonyítva, hogy ez egy ember által előidézett, szemben a természeti jelenségek, 3. Annak ellenére, hogy a részleges emésztés, a többség a zsákmány , beleértve az egyetlen szökött végrehajtott kimutatható szintű PRV. PRV társul a betegség HSMI [32], [33]. Ez a betegség okozta halálozás jelentős lazac a helyi gazdaságban a közvetlen időtartam előtt ragadozó elfogták a vad tőkehal, 4. A genetikai profilja lazac ragadozó, és az egységes szökött, erősen illeszkedik a genetikai profilja a hal a helyi gazdaságban. Bár a genetikai hasonlóság nem egyértelmű származási igazolás [23], figyelembe véve a legközelebbi alternatív farm, hogy ezek a személyek lehetnek elméletileg származott volt található több mint 100 km-re egy másik fjord, ezek az elemzések, amennyiben a NDF elegendő "bizonyíték", hogy kezdeményez-e vizsgálatot a cég tulajdonos ezt a kereskedelmi akvakultúra-létesítmény alapján lehetséges hanyag kezelés. katalógusa

a lazac farm a vizsgált területen diagnosztizáltak HSMI néhány héttel megjelenése előtt a tenyésztett lazac a gyomorban, a helyi tőkehal. Ezért a zsákmány visszafoglalták tőkehal gyomrukat megvizsgálják a PRV, bár a vírus szintje csökkenhet, kitörése utáni [58]. Annak ellenére, hogy a részleges emésztése a zsákmány, és az a tény, hogy csak izom minta állt rendelkezésre, a PRV vírus még mindig kimutatható. Mindazonáltal alapuló elemzéseket végzett itt, nem lehetséges, hogy egyértelműen megoldani, hogy a PRV fertőzött tenyésztett lazac lépett a természetes környezetet. Ezeket ki lehetne megbetegített döglött hal letétbe a tengerbe (ami azt jelentené, törvénytelen gyakorlatnak Norvégia), majd lenyeli a tőkehal a tengerfenék, illetve voltak szökevények megelőzte amelyről a tőkehal. Tekintettel arra, hogy a gazdaság tapasztalt jelentős mortalitás hal (55000) keresztül HMSI a közvetlenül megelőző időszakra lazac elfogták a tőkehal gyomor, azt jelzi, hogy a korábbi magyarázat a legvalószínűbb. Katalógusa

Független arról, hogy a halak belépett a természeti környezet, a tanulmány azt mutatja, táplálkozási transzmisszió mechanizmus közötti kölcsönhatás lazactenyésztő és a vadon élő populációk. Míg az atlanti tőkehal dokumentálhatóan korábbiak alapján a vadon élő lazac évnél idősebb lazacok vándorlását édesvízi a tenger [27], [28], az atlanti lazac jellemzően nem megelőzte upon által tőkehal idején évben, amelyben a jelenlegi vizsgálat során [25 ], [26]. Továbbá, a tudásunk, ez a tanulmány az első olyan dokumentáció tőkehal elfogyasztásának atlanti lazacot egy halgazdaság. Így lehetséges, hogy a tőkehal vizsgált ide, és annak részét képező lakosság a vizsgált területen ebben az évszakban, ki voltak téve a PRV. Az a képesség, PRV vírus, amelyet továbbítani kell új hosts keresztül lenyelés fertőzött ragadozó jelenleg ismeretlen, mivel a hajlam az atlanti tőkehal a vírusra. Azonban PRV nem volt kimutatható 78 cod sem 850 egyéb gadoids, melyek nemrég mintába Norvégiában, és átvizsgáljuk a vírus [59]. Mivel PRV fertőzések gyakoriak a vadon élő és a tenyésztett lazac Norvégia, továbbá előfordulnak vad tengeri pisztráng ( Salmo trutta katalógusa L.) [34], akkor valószínű, hogy a közös PRV típus specifikus lazacfélékre és cod nem hajlamos. katalógusa

elemzése állati gyomortartalom vagy ürülék molekuláris genetikai módszerek széles körben alkalmazzák számos taxon és a biológiai kérdések [19], [60]. Ezeket a módszereket elsősorban végeztek azonosítani prédaállatok egy rendszertani besorolás, gyakran faj, általában magában az elemzés egy egyetlen vagy kisszámú gént az előírt rendszertani képesség a potenciális zsákmány a kérdéses faj [17], [18], [20]. Újabban haladás következő generációs szekvenálás lehetővé tették erőteljes kiegészítéseket ezeket a megközelítéseket, ami az úgynevezett például DNS metabarcoding [61]. Míg a jelen tanulmány nem jelent a technológiai fejlődés az ilyen molekuláris genetikai módszerek alkalmazásával mikroszatellit DNS-analízis étrend elemzése, hogy azonosítás túl rendszertani besorolás újszerű. Itt lehetséges volt, hogy ne csak azt bizonyítják, hogy a zsákmány volt atlanti lazacot, de ez a legvalószínűbb forrása volt helyi mezőgazdasági és nem helyi vad lazac népesség. Végül, azt is lehet igazolni, hogy a zsákmány hordozott vírus, amely együtt jár a betegség okozza a jelentős halandósági tenyésztett lazac. Ezért ez a tanulmány kiterjesztését is jelenti a biológiai kérdések, hogy lehet kezelni a molekuláris genetikai analízis gyomortartalom. További példák a diéta elemzés túlmutat fajok azonosítókat tartalmazzák elemzés a család szintjén bizonyítani gyermeki kannibalizmus a vad [21], és ragadozó halálozás az atlanti lazac tenyésztett, hibrid és vad szülőktől természetes vízrendszerben (Skaala publikált). Emellett azonosítása prédaállatok egyéni szinten végeztek, ahol mikroszatellit analízis diéta grönlandi cápa ( Somniosus microcephalus katalógusa), valamint egy keresést egy DNS nyilvántartás minden csukabálna ( Balaenoptera acutorostrata katalógusa) mellett készített kereskedelmi aratás Norvégia [62] megengedett összekötő bálna és cápa ragadja a térben és időben egyaránt érthető mind a mozgás és a diéta szokások [22]. katalógusa

több mint egy évtizede, az éves számolt menekülését lazac norvég halgazdaságok már több tíz vagy százezer [1]. Ez valószínűleg alábecsüli miatt aluljelentésnek, és abban az időszakban 1998-2004, a becslések szerint az átlagos éves száma elszökött 2,4 millió volt [2], amely magasabb, mint az éves szám a vadon élő lazac visszatér a norvég partvonal reprodukálni ugyanebben az időszakban. Míg a figyelmet körülvevő hatása szökevény korábban elsősorban adni azoknak életben, szemben a halott [7], [9], [63], a jelen tanulmány azt mutatja, hogy a vírussal fertőzött tenyésztett halak is a környezetbe valamelyik módszer egy másik. Az elemzések a jelen esetben azt hangsúlyoztuk, hogy azonosítani és követni az ilyen események. Nagysága miatt az menekülését a kereskedelmi halgazdaságok, ez jelenti az egyik legjelentősebb ember által előidézett betörései őshonos populációkra egy faj, amely már alá a szelektív tenyésztés. Ezért ezt a helyzetet meg kell figyelni, hogy nem csak az ökológiai [6], valamint a genetikai [7] - [12] kölcsönhatásokkal, hanem betegség kölcsönhatások. Katalógusa

Köszönetnyilvánítás katalógusa

Tor Arne Helle és más