Forskare beskriver mikrobiomkompositionen hos patienter som lider av IBD och PSC

Under 2012, Professor Jeroen Raes (VIB-KU Leuven Center for Microbiology) lanserade Flamish Gut Flora Project. Sekvensering av avföringsprover på över 3, 000 friska volontärer, Prof. Raes och hans team definierade gränserna för en normal, hälsorelaterad tarmmikrobiota. Nästa, laget vände sig till patientgrupper för att identifiera mikrobiomförändringar i samband med sjukdomar. Nyligen, de beskrev den så kallade B2-enterotypen, brist på vissa antiinflammatoriska bakterier. I dag, deras resultat om den höga förekomsten av just denna enterotyp i flera diagnoser publiceras i Naturmikrobiologi .

Jämförelse av mikrobiomer

Inflammatorisk tarmsjukdom (IBD) grupperar flera tillstånd som kännetecknas av kronisk inflammation i tarmkanalen, inklusive ulcerös kolit och Crohns sjukdom. Primär skleroserande kolangit (PSC) är ett kroniskt leversjukdom som involverar inflammation och ärrbildning i gallgången, ofta samtidigt med IBD. I deras nya studie, VIB-KU Leuven-forskarna beskriver mikrobiomkompositionen hos patienter som lider av IBD och PSC.

Prof. Jeroen Raes, VIB-KU Leuven

Över åren, många forskargrupper världen över har försökt beskriva mikrobiotaförändringar i samband med sjukdomar. Speciellt IBD är ett hett ämne inom mikrobiomforskning. Vår studie skiljer sig från dessa tidigare försök på tre fronter. Först, vi jämförde mikrobiota hos patienter med profiler från friska volontärer från vår Flemish Gut Flora Project -katalog med över 3, 000 mikrobiomer. Andra, i våra analyser, vi tittade inte bara på andelen olika bakterier som finns i avföringsproverna, men använde också en ny teknik för att kvantifiera deras överflöd. Tredje, vi korrigerade våra resultat för faktorer som lös avföring, ofta symptomatiskt vid de undersökta sjukdomarna, men påverkar resultatet av mikrobiomanalyser. "

Ett mikrobiellt fingeravtryck av sjukdom

Genom att kombinera sin unika expertis inom kvantitativ mikrobiomprofilering med sin kunskap om hälsorelaterad mikrobiotavariation, Leuven -forskarna identifierade en förändrad mikrobiomkonfiguration - även känd som en enterotyp - med hög prevalens bland patientgrupper. Medan denna enterotyp observerades hos 13% av friska frivilliga, det kunde identifieras hos 38 till 78% av PSC- och IBD -patienterna.

Prof. Séverine Vermeire, gastroenterolog vid UZ Leuven/KU Leuven, som deltog i forskningen, klargör:"Denna avvikande mikrobiomkonfiguration, som vi kallar B2 -enterotypen, kännetecknas av låga bakterier och biologisk mångfald. Det är särskilt bristfälligt i vissa antiinflammatoriska bakterier som Faecalibacterium. Faktiskt, vi upptäcker högre nivåer av tarminflammation hos patienter med B2 -enterotypen. Även bland friska individer, bärare av denna enterotyp har något högre nivåer av övergripande låggradig inflammation. "

Tarminflammation, mikrober, och depression

Förvånande, för bara några månader sedan, professor Raes laboratorium beskrev en liknande förändring av mikrobioter som kan associeras med lägre livskvalitet och till och med depression.

Professor Jeroen Raes säger:"Det verkar finnas en stor överlappning i mikrobiomförändringar som observerats i olika patientgrupper. Vi upptäckte B2 -enterotypen hos cirka 26% av deprimerade individer. Medan tarmmikrobioten har visat sig spela en roll i sjukdomsutvecklingen i, till exempel, ulcerös kolit och Crohns sjukdom, detta är mycket mindre klart för depression. Dock, Vi kommer att utforska sambandet mellan B2 -enterotypen och depression mer i detalj i framtida studier. "

Medan cirka 13% av friska individer kan klassificeras som bärare av B2 -enterotypen, forskarna betonar att detta inte borde vara en anledning till oro.

Professor Jeroen Raes:"Vid denna tidpunkt, vi kan inte göra några förutsägelser om sjukdomskänslighet eller risk baserat på en persons enterotyp. Dessutom, enterotyper är inte fixade och kan ändras av, till exempel, ändra din kost. De observerade kopplingarna mellan sjukdomar och mikrobiotakonstellationer innebär inte att tarmbakterierna faktiskt orsakar sjukdomen. Många personliga, livsstil, och miljöfaktorer är kopplade till en B2 -enterotyp. Dock, eftersom inflammation också visar sig vara en B2-associerad faktor hos vissa individer, vi kommer säkert att titta vidare på potentiell kausalitet. "

• Inflammatoriska markörtester är inte tillräckligt känsliga för att utesluta allvarliga tillstånd,
• Forskning belyser potentiella mål för att bekämpa Crohns sjukdom